תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית• כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •

שימוש באללים 'מולקולרים'•

שיטות מיפוי נוספות

When doing GENETIC mapping,Molecular Markers can be used as a locus

Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)

AACGTCATCG vs. AACGTTATCG

Microsatellites (variable # of short repeats)

CGCGCG vs. CGCGCGCGCG vs. CGCG

Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)

SNP leading to a loss/gain of a restriction cut site

When doing GENETIC mapping,Molecular Markers can be used as a locus

They are mile-markers ,not destinations!

אבני דרך, ולא יעדים!

Almost all SNPs, Microsatellites, etc. are SILENT)display no new phenotypes ,(

and there are millions of them

Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP?

USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype”

B= bad hair, DominantSNP1 ..ACGTC..SNP1’ ..ACGCC..

SNP2 ..GCTAA..SNP2’ ..GCAAA..

SNP3 ..GTAAC..SNP3’ ..GTCAC..

X

XSNP1’ ..ACGCC..SNP1’ ..ACGCC..

SNP2’ ..GCAAA..SNP2’ ..GCAAA..

SNP3’ ..GTCAC..SNP3’ ..GTCAC..

SNP1 ..ACGTC..SNP1 ..ACGTC..

SNP2 ..GCTAA..SNP2 ..GCTAA..

SNP3 ..GTAAC..SNP3 ..GTAAC..

F1

START with Inbred lines-

SNPs are homozygosed

B

Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP?

USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype”

B= bad hair, Dominant

X

B/b b/b

B/b

B/b

b/b

b/b

1’/1 25%

1/1 25%

1’/1 25%

1/1 25%

1’/1 1/1

SNP1 ..ACGTC..SNP1’ ..ACGCC..

SNP2 ..GCTAA..SNP2’ ..GCAAA..

SNP3 ..GTAAC..SNP3’ ..GTCAC..

2’/2 47%

2/2 3%

2’/2 3%

2/2 47%

2’/2 2/2

3’/3 25%

3/3 25%

3’/3 25%

3/3 25%

3’/3 3/3

SO…B is 6 cM from SNP2, and is unlinked to SNP 1 or 3

B 2’ / b 2

Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP?

USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype”

B= bad hair, Dominant

X

B/b b/b 1/1’ 1/1

SNP1 ..ACGTC..SNP1’ ..ACGCC..

SNP2 ..GCTAA..SNP2’ ..GCAAA..

SNP3 ..GTAAC..SNP3’ ..GTCAC.. 2/2’ 2/2 3/3’ 3/3

SO…B is 6 cM from SNP2, and is unlinked to SNP 1 or 3

We have the ENTIRE genome sequence of mouse, so we know where the SNPs are

Now-do this while checking the sequence of THOUSANDS of SNPs

MOST SNPs

The fewClose SNPs

Microsatellites (variable # of short repeats)- on a Pedigree (אילן יוחסין)

CGCGCG

vs. CGCGCGCGCG

vs. CGCG

~1990

תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית• כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •

שימוש באללים 'מולקולרים'• mapping" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים •

function”

שיטות מיפוי נוספות

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

דרך 'לתקן' את אמדן החסר?Mapping function

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

• POINT 1: Between two genes together in meioses: *If no crossovers occur between them, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).

• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . .

• POISSON - predict the Gaussian curve of classes of crossovers, especially CLASS of ZERO crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

POINT 1

• POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).

• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . .

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

(Cases of 1 or more crossovers)RF = 1/2

(1 – class with zero crossovers)RF = 1/2

When crossovers are relatively rare ,the POISSON DISTRIBUTION formulaPredicts the occurrence of each class:

fi = (e-mmi)/i!We’re interested

in the ‘Zero’ class

POINT 2POINT 1

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

(1 – class with zero crossovers)RF = 1/2

For Zero class:

• POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).

• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . .

• POISSON - predict the Gaussian curve of classes of crossovers, especially CLASS of ZERO crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

• POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).

• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, then predict the Gaussian curve of all classes of crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.

”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים

תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית•

כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •

שימוש באללים 'מולקולרים'• mapping" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים •

function”

2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –•

שיטות מיפוי נוספות

40% board

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

44%

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

assume they are unlinked

ההשערה (היפותיזה) שאנחנו בודקים: "A & B"אינם בתאחיזה

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

P~0.007

בתאחיזהכן B ו-Aואומרים ש-

לא בתאחיזהB ו-Aש-

התוצאות

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

/היפותזה

R/_ Y/_

התוצאות

Epistasisהתוצאות בהחלט החזיקו את ההשערה של

0.975 > P > 0.9