+ All Categories
Home > Documents > AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

Date post: 08-Jul-2020
Category:
Upload: others
View: 1 times
Download: 0 times
Share this document with a friend
14
¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤ AtCASTõĎïÿĎíĔ 6pjþċüÛÞĉÉs®Ô ]iÉKxÙR:¹ÖóĎĉ «U} (3.01<Kh) _eAw59 Y%li9tvP y¦?nB ¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤ r` AtCASTÉ~Ï mUc 1. õĎïÉpjþċüÛÞĉÙ^| 2. f·¾ĂÞåċÜĊÞ¦RNA-seqõĎïÙ ¹Ö 1 page 3 page ¢ page 14 page
Transcript
Page 1: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤ AtCASTõĎïÿĎíĔ ��6pjþċüÛÞĉÉs�®Ô ]iÉKxÙR:¹ÖóĎĉ �«U}� (3.01<Kh)

�_eAw59¥Y%li9tvP

y��¦?nB� �

¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤�

r`�

AtCASTÉ~Ï �mUc 1.  ��õĎïÉpjþċüÛÞĉÙ^| 2.  f�·¾ĂÞåċÜĊÞ¦RNA-seqõĎïÙ� ¹Ö

���

1 page

3 page ¢ page

14 page

Page 2: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

ホルモン A! ホルモン B! ホルモン C!

解析対象となる実験!

正の相関! 無相関! 負の相関!

Tag genes!

��6pj!þċüÛÞĉ1!

ďĂÞåċÜĊÞđĐ!

��6pj!þċüÛÞĉĒ!ďĂÞåċÜĊÞĒĐ!

発現変動の明確な遺伝子群(モジュール)を選抜し,相関係数を計算する.!

ĂÞåċÜĊÞ;¡�É��6pjs��[�AtCASTÈÓÖ�[É~Ï

úĎ÷

ÂDZUÉ��

àòì aÉs��

�És��

�[�\�u

pjþċüÛÞĉ�

b��ÉpjþċüÛÞĉ�

g�ÉE«s��

��ÉE«s��

g�ÉD«s�� g�D«s��

E«s�ÅD«s��

��ÉD«s��

1

Page 3: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

ĄìąĎĉs�ùòöČĎå�

,¸~ÏÄ]i¯Kx·Ã«Ö;¡¯ �Mİι§�

2

Page 4: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

�mUc�

•  �«Uđ ��õĎïÉpjþċüÛÞĉÙ^|�

•  �«UĒ f�·¾ĂÞåċÜĊÞõĎïÙ� ¹Ö

�«Uđ�

3

Page 5: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

^|·¾«ĂÞåċÜĊÞ;¡ÉäĎČĎ÷� ĕ^|�\®Ô�IɪÖ;¡-ÙåĈòå ùòöČĎå/ÅĈíöÉĀĎìË�

4

Page 6: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

ĄìąĎĉs�ùòöČĎå/

)åĈòåÄ�8¹ÖÅ ÞćíöĊĎïĎÇÆÄ

T7Ò �É��¯�Zι�

ĄìąĎĉÉL0ËÉĈčå�

s�ÉE¶ÇÆÉĈíö�

É;¡É�[�\ËÉĈčå�

âĈìøĉÉq�L0ËÉĈčå ď�È3�éÞöĐ�

;¡�&HÇÆÉ��L0�

5

Page 7: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

ĄìąĎĉÉL0ĀĎì�

GOE�>ùòöČĎå/Ë�p-value�«�100 ÎÄ ÉĈíöËĈčå�

b��É;¡È­³Öpj�

b��É;¡È­³Öpj�

6

Page 8: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

Ontology termÈÊ�>¯ªÕ¦�o�É�>Éi¯XÑ�·«ďdr¹Ì°Đ�

Biological process (BP)�

āĉĄčKx�

âĎäëčKx�

"9i�Kx�

3k2Kx�

GOE�>ùòöČĎå/�

7

Page 9: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

�«U2.¥ ĆĎêĎ¯f�·¾��6pjõĎïÙ� ¹Ö�

�«U2�

8

Page 10: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

κÊĂÞåċÜĊÞõĎïÉ� È«Ã�

õĎï� Ù�ÐÃ�¬VÊ/ÉÓ¬Ç îäąĈôÝĎÉ�.¯�ι§ ¨��©Ò¨�3È�!©Ù�ÚIJ¿¶«§ õĎïÙW*"·ÃÒÕ'Õ¹Ö¾Ðŧ�

$¯Â«Ã«ÖÅ´ØÊJ �rĹ Jº� ·Ã²¿¶«§ đÜĊÞÈ°đüÛÞĉ� ÈÇÕι§ ĖęėĝĘěĜĚÈ«ÃʦMAS5Ä�z·¾ õĎï�3ÊAnalyze using AGI codeÙ �ÚIJ¿¶«§�

9

Page 11: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

� õĎïÉf��

AffimetrixÉÜĊÞñòþÙ�ÁÃMAS5Äëæøĉ�Ù�z·Ã«Ö1+ /ÉÓ¬Çē�É�ÙmN·Ã²¿¶«§¼×�3É1+Ê @ÉĒ�ÙAGIèĎ÷Åëæøĉ�ÈÇÖÓ¬ÈmN·Ã²¿¶«§ ExcelÇÆÄ�Áãïý#�ÕôäíöÎ¾Ê .xls, .xlsx£Ä�8·Ã²¿¶«§�

RÙ�Á¾õĎïÉf�ďaffyûòçĎìĐ�

,¸üáĉðÈ�оCELüÛÞĉ®Ô�ÃÉ� üÛÞĉÙ �QÄf�¹Ö¾ÐÉRíåĈþöÑ� ĀĎì ¨See a sample format©ÉĈčå�ÈɻêÕι§�

10

Page 12: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

RNA-seqõĎïÉ� È«Ã�

õĎï� Ù�ÐÃ�¬VÊ/ÉÓ¬Ç îäąĈôÝĎÉ�.¯�ι§ ¨��©Ò¨�3È�!©Ù�ÚIJ¿¶«§ õĎïÙW*"·ÃÒÕ'Õ¹Ö¾Ðŧ�

$¯Â«Ã«ÖÅ´ØÈX��� ·Ã²¿¶« ��6µÅÉĈĎ÷SÉ�ÙđüÛÞĉ� ÈÇÕι§ ¼×½×É;¡#¯ÆÉ�ÈsF¹Ö®�ÚIJ¿¶«§�

11

Page 13: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

� õĎïÉf��

@É1�ÙAGIèĎ÷¦¼×�3¯ĈĎ÷ãßčöÈÇÖÓ¬ÈmN·Ã²¿¶«§ FPKMÇÆÙpj�Å·Ã� ·ÃÑ�[İι¯¦{C¯4=�Àι§ ExcelÇÆÄ�Áãïý#�Õôäíö£Ä�8·Ã²¿¶«§�

12

Page 14: AtCASTõ ïÿ í 6pjþ üÛÞ És ®Ô ]iÉKxÙR:¹Öó «U} (3.01

•  �zUcÉ�« (MAS5, RMA, GCRMA, FARMS, DFW)

•  RNAseqÅĂÞåċÜĊÞõĎïÉ�« (ðÞøăòåĊčì¦^�OC)�

��ĔõĎïÉ�«È«Ã�

ÍÅÚÆG�Dzb�(��

13


Recommended