⼭⽥⼀作1,松原正陽1,新町⼤輔2,⻘⽊ポール信⾏2,⽊下聖⼦2,成松久3

1)野⼝研究所 2)創価⼤学 3)産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループトーゴーの⽇シンポジウム2016 〜統合データベース、実りの時へ〜@東京⼤学弥⽣講堂 ⼀条ホール（東京都⽂京区）,２０１６年１０⽉５⽇（⽔）〜６⽇（⽊）

GlyTouCanPartner糖鎖データ連携のためのプログラム

ポスター番号：３４１０月６日（木）１３：４５〜１５：０５

要旨

GlyTouCanは国際糖鎖構造リポジトリです。本リポジトリを利⽤することにより、ユーザーは任意の糖鎖構造に対してグローバルに⼀意のアクセッション番号を割り当てることができます。登録できる糖鎖構造は単糖組成から様々な曖昧さを含む糖鎖、完全に構造の明確な糖鎖です。

糖鎖は分岐を含む複雑な化学構造であり、糖鎖研究では単糖の種類や結合位置が不明などの曖昧さを含む構造も利⽤される。我々は糖鎖構造を明確に す る た め 、 新 し い 糖 鎖 構 造 表 記 法 で あ るWURCS（PMID: 24897372）やGlyTouCan(国際糖鎖構造リポジトリ: https://glytoucan.org PMID: 26476458）を開発してきた。GlyTouCanは糖鎖構造に対してアクセッション番号を付与するとともに、糖鎖構造ハブとして様々なデータベースとの連携を進めている。このようなデータ

ベース連携のためのデータはGlyTouCan Partnerから提供される。GlyTouCan Partnerの⼀つであるG l y c o N A V I （ h t t p : / / g l y c o n a v i . o r g ） は、PDB（PMID: 14634627）やPubChem（PMID: 26400175）などの化学構造とGlyTouCanの糖鎖構造を橋渡しするデータをWURCSを利⽤することで提供している。本発表ではGlyTouCan PartnerによるGlyTouCanの利活⽤と糖鎖データの統合化について紹介する。

GlyTouCanpartnerのコンセプト

G00051MO

GlyTouCanEntryPage

Accessionnumber

LewisX

GlyTouCanh7ps://glytoucan.org

GlyTouCan partners provide glycan structure related information

G00051MO

GlyTouCanPartnerGlyTouCan:poster#36

Accessionnumber

GlyTouCanPartnerProgram

GlyTouCan Partner Programは、パートナーの組織・団体のデータベースエントリーとGlyTouCanのAccession Numberとの関係を登録するシステム•  Java Client, REST, SOAP

Licensed under a Creative Commons 表示2.1日本 license (c)2016 山田一作（公益財団法人野口研究所）

ChemicalComponents

Sugars

データベース連携のための処理フロー例

A#:Accessionnumber

GlycoCTRES1b:…

GlycoCT

mmCIFData_!GOF#_entry.id

mmCIF

TSVIDAC#WURCS…

TSV

GlycoCTRES1b:…

GlycoCT

V2000xyz……><ID>G00051MO

CTFile

TSVSID,REGID,CID

CSV

ID

WURCSWURCS=…

WURCS

IDWURCS

WURCS=…

WURCS

A#

CTFileV2000xyz… IDs

IDs

Query

ID

A#A#

A#CID&SID

A#CID&SID

SPARQLEndpoint

A#

GlyTouCanClientCLI(GTCC)API

CTFile

1.  WURCS:theWeb3uniquerepresentaZonofcarbohydratestructures,JChemInfModel.2014Jun23;54(6):1558-66.PMID:24897372DOI:10.1021/ci400571e

2.  GlyTouCan1.0--TheinternaZonalglycanstructurerepository,NucleicAcidsRes.2016Jan4;44(D1):D1237-42.PMID:26476458PMCID:PMC4702779DOI:10.1093/nar/gkv1041

3.  CTfileformats(MDLMOLfile),[h7p://accelrys.com/products/collaboraZve-science/biovia-draw/clile-no-fee.html]

4.  AnnouncingtheworldwideProteinDataBank,NatStructBiol.2003Dec;10(12):980.PMID:14634627DOI:10.1038/nsb1203-980

5.  PubChemSubstanceandCompounddatabases,NucleicAcidsRes.2016Jan4;44(D1):D1202-13.PMID:26400175PMCID:PMC4702940DOI:10.1093/nar/gkv951

6.  TheFiohACGG-DBMeeZngReport:TowardsanInternaZonalGlycanStructureRepository,Glycobiology(2013)23(12):1422-1424.DOI:10.1093/glycob/cwt084

参考⽂献

謝辞糖鎖構造情報について川嵜敏祐先⽣、Matthew Campbell先⽣、René Ranzinger先⽣のデータを利⽤させて頂き、奥⽥修⼆郎先⽣、Evan Balton先⽣、⾦城玲先⽣には貴重な助⾔とアドバイスを頂きました。⼼より感謝いたします。 本研究は、国⽴研究開発法⼈科学技術振興機構（JST）・バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）により実施されているライフサイエンスデータベース統合推進事業における「統合化推進プログラム」の助成により実施しました。

WhatdoesGlyTouCanPartnerprovide?

Species•  Taxon name •  Taxonomy ID

… LinktoNCBItaxonomy

Literature•  PMID

...•  LinktoNCBIPubMedEntry

ExternalID•  BCSDB•  GlycoEpitope•  GlycomeDB•  UniCarbKB

...LinktoPartnerEntry

ExternalID•  PubChemCID•  PubChemSID•  PDBe,PDBjRCSBPDB•  PDBchemicalcomponent

...LinktoexternalDBEntry

GlyTouCanEntry

Licensed under a Creative Commons 表示2.1日本 license (c)2016 山田一作（公益財団法人野口研究所）

データ形式変換

WURCSFramework(WFW):poster#35

WFW

GlycoCTCTFile

WURCSmmCIF

CTFile

TSV CSV