Aix-Marseille University Mediterranean Institute of...

Les Eucaryotes unicellulaires

Aix-Marseille University

Mediterranean Institute of Oceanography (MIO)

Licence SME - UE 12 Microbiologie

1

unicellulairesCharles F.

Boudouresque

1

www.com.univ-mrs.fr/~boudouresque

Charles F. Boudouresque

Email : [email protected]

2

Citation :

Boudouresque C.F., 2012. Les Eucaryotes unicellulai res. Première partie. www.com.univ-mrs.fr/~boudouresque Diapositives 1-81.

Pour ceux qui veulent en savoir plus, notez bien !

3

Chapitre 5. Pages 119-157 Chapitre 7. Pages 203-260

4

1. Introduction

5

La notion de microbe

LOUIS PASTEUR

Le terme de microbe est créé par Charles-Emmanuel Sédillot, un chirurgien ami de Pasteur, au 19 ème siècle

Son sens a souvent

6

LOUIS PASTEURSon sens a souvent changé depuis

Aujourd’hui : microbe = Procaryotes (Archées, Bactéries) + virus + Eucaryotes unicellulaires

�� Microbiologie

Les 4/5 de la Les 4/5 de la matière de matière de l’univers l’univers = = matièmatiè--rere obsobs--curecure

1998 : 3/4 1998 : 3/4 de l’Univers de l’Univers

= énergie = énergie obscureobscure

7

�� La La matière matière ‘visible’ = ‘visible’ = 5% de l’Univers5% de l’Univers

‘L’important, c’est ce qui ne se voit pas ’

�� Sur Terre : 10 20 individus d’Eucaryotes contre 4-6 10 30

d’individus de Procaryotes (6 milliards de fois moins)

�� Sur Terre : Eucaryotes = 1/3 seulement de la biomasse (2/3 pour les Procaryotes)

8

Le Petit Prince (Antoine de Saint-Exupery) D’après :- Whitman et al., 1998. Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 95 : 6578-6583.- Mering et al ., 2007. Science , 315 : 1126-1130.

�� Les Eucaryotes : 5% seulement de la diversité phylétique (taxons d’ordre supérieur)

(comme pour la matière visible dans l’Univers !)

�� Les organismes pluricellulaires : < 1% de la divers ité phylétique

Chez un Homme, 90 % des cellules sont des Bactéries et des Archées, appartenant à ~1 000 espèces :Tube digestif, peau, bouche, vagin, etc.

Chez un individu, environ 1 500 000 gènes de Procary otes, soit 50-65 fois notre génome. Au total, 98.0 à 98.5 % des gène s que nous

D’après :- Qin et al., 2010.- Salthun-Lassale, 2010

9

Chez moi aussi ?

fois notre génome. Au total, 98.0 à 98.5 % des gène s que nous transportons sont directement bactériens et archéen s

Rôle des Procaryotes du tube digestif : digestion, protection contre des espèces pathogènes et fourniture de vitamines

(Il s’y ajoute les gènes humains d’origine bactérienne et archéenne)

Bouche (56)

Peau (48)

Œsophage

Les Bactéries et Archées symbio-tiques (généralement mutualistes et spécifiques) d’un Homme en bonne santé

Bacteroidetes

Actinobacteria

Proteobacteria

Autres phylums

Firmicutes

10D’après Dethlefsen et al., 2007. Nature, 449 : 811-818

Colon (195) Vagin (5)

Estomac (25)

Œsophage (43)

Arbre du vivant

D'après 31 gènes univer-sels chez les organismes dont le génome est complètement séquencé

La longueur de la branche a été raccourcie, pour des raisons graphiques

Les Eucaryotes

11D'après Ciccarelli et al. (2006)

Diversité phylétique : l’écrasante domination des Procaryotes et des unicellulaires

Les Eucaryotes pluricellulaires

La diversité génétique des Eucaryotes est dérisoire par rapport à celle des Procaryotes

Exemple, au sein du genre Pseudomonas(une centaine d’espèces) (gammaprotéo-bactéries)

P. fluorescens P. aeruginosa

Autant de différences qu’au sein des Vertébrés (Métazoaires)

12

bactéries)

P. stutzeriP. putida

P. stutzeri

Au sein de l’espèce Pseudomonas stutzeri

Autant de différences qu’au sein des oiseaux

Lalucat et al., 2006. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 70 (2) : 510-547

Embryo-phytesCharo-phycées

ChlorophycéesPrasinophycées

Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères

Chlorarach-niobiontes

STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES)

ALVÉOLÉS (= ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA)ALVEOLATA)

RHIZARIARHIZARIA

Cen-tro-heli-da ? Actino-

phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s

ARCHAEPLASTIDA ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE)(= PLANTAE)

Ellobiopsidés

BicosoécidésPicobiliphytes ?

KatablépharidesCRYPTO-

Trentepolio-phycéesUlvophycées

Zygnémato-phycées

Les Eucaryotes ? Un monde d’unicellulaires

D’après King (2004), modifié

PluricellulairesUnicellulairesPartiellement unicellulaires

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-

lia Retorta-mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides

Acrasiobiontes (= Heterolobosa)

Percolobiontes

ChromobiontesOobiontes

EXCAVATESEXCAVATES DISCICRISTATESDISCICRISTATES

AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA)

OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires

PlacozoairesSpongiaires

Microsporidies

BasidiomycètesAscomycètes

Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

LECA

Si vous vous intéressez aux seuls dauphins, baleines, tortues

Vous vous intéressez à la couleur, au cuir des sièges, au look

Ce qui compte, c’est la mécanique,

14

Ce qui compte, c’est la mécanique, l’électronique embarquée, etc.

Dans un écosystème, la mécanique, l’électronique embarquée, ce sont les Procaryotes et les Eucaryotes unicellulaires. Or, c’est là que se situent les principaux déficits de connaissance

La planète Terre est un monde de La planète Terre est un monde de La planète Terre est un monde de La planète Terre est un monde de

microbes (d’unicellulaires) microbes (d’unicellulaires) microbes (d’unicellulaires) microbes (d’unicellulaires)

Même les Eucaryotes sont Même les Eucaryotes sont Même les Eucaryotes sont Même les Eucaryotes sont

dominés par les unicellulairesdominés par les unicellulairesdominés par les unicellulairesdominés par les unicellulaires

15

Les microbes peuvent se passer de Les microbes peuvent se passer de Les microbes peuvent se passer de Les microbes peuvent se passer de

nousnousnousnous

Nous ne pouvons pas nous passer Nous ne pouvons pas nous passer Nous ne pouvons pas nous passer Nous ne pouvons pas nous passer

des microbesdes microbesdes microbesdes microbes

1. Introduction

2. Unicellulaire vs pluricellulaire

16

Que signifie ‘ pluricellulaire ’ ?

(1) Les cellules sont physiquement connectées (par exemple : pores)

Exemples : Cyanobactéries

17

(2) Il y a des échanges de matière et d'information entre cellules

Tous les intermédiaires : organismes coloniaux, organismes unicellulaires échangeant matière et information (bactéries, diatomées, etc.)

La diatomée (straménopiles) Chaetoceros atlanticus : coloniale

La chlorophycée (chlorobiontes) Pediastrum boryanum : coloniale

18

Choanoflagellé (opisthochontes) colonial

Où commence la pluri-cellularité ?

19Choanoflagellé unicellulaire

Portion d'un Porifera (métazoaires) : pluricellulaire

Les Chlorarachniobiontes(Rhizaria)

Des amibes à pseudopodes(filopodes) réunies par leurs pseudopodes : coloniales ? Pluricellulaires ?

Chlorarachnion reptans

20

21

Tissus de l'hôte

Labyrinthe du labyrinthu-lobionte

Cellule du labyrinthu-lobionte

Labyrinthulobiontes (stra-ménopiles) : coloniaux ou pluricellulaires ?

La gammaprotéobactérie

D’après Ball, 2007. Nature , 449 : 388

Fausses couleurs

22

La gammaprotéobactérie des sols Shewanella oneidensis : des nanofils (100 nm de diamètre) entre cellules ��

transport des électrons vers la surface

1. Amibes uninucléées (n) (gamétogène)

2. Reproduction asexuée par fission binaire (n) (gamétogène)

3. Plasmogamie �� cellule géante. Phagocytose de

8. Agrégation (10 000 à 2 000 000 cellules) (n)

12. Carpo-conidie (n)

13. Germination de la carpoconidie (n)

Biocycle de Dictyostelium discoideum (Amoebobiontes)

Phagocytose de cellules du gamétogène

4. Caryogamie. Zygote ��cyste (2n)

5. Germination du cyste (2n)

6. Amibes uninucléées (2n) (sporogène)

7. Méiose �� spores (n)

9. ‘Mound ’ : début du carpoconidiogène (n)

10. ‘Slug ’. Déplacement du carpoconidiogène (n)

11. Fixation et forma-tion du ‘ Fruting body ’ du carpoconidiogène (n)

Dictyostelium discoideum . D’après

Biocycle de Dictyostelium discoideum (Amoebobiontes)

24

discoideum . D’après Pennisi, 2009. Science , 325 : 1196-1199.

Unicellulaire ou pluricellulaire ?

Unicellulaire et pluricellulaire !

Dans le cas des dasycladophycées (Archaeplastida), cas limite :

Quelques genres à cellule géante (jusqu'à 10 cm), u ninucléée : Acetabularia , Polyphysa , etc.

25Acetabularia mediterranea Acetabularia crenulata

EvolutionUnicellulaire �� pluricellulaire

La pluri-cellularité est une homoplasie par convergence

L’ancêtre commun des eucaryotes (LECA) était unicel lulaire

26

L'uni-cellularité peut être un caractère secondaire ( perte de la pluri-cellularité)

Exemples : chez les Fungi (opisthochontes) : Saccharomyces , Candida

Elle a émergé à plusieurs reprises, indépendamment, chesz les procaryotes et les eucaryotes

La pluricellularité est une La pluricellularité est une La pluricellularité est une La pluricellularité est une

homoplasie par homoplasie par homoplasie par homoplasie par

convergenceconvergenceconvergenceconvergence

27

Entre unicellularité et Entre unicellularité et Entre unicellularité et Entre unicellularité et

pluricellularité : tous les pluricellularité : tous les pluricellularité : tous les pluricellularité : tous les

intermédiairesintermédiairesintermédiairesintermédiaires

1. Introduction


3. L’arbre des Eucaryotes

28

D'après Wolfe-Simon et al. (2005)

Les trois domaines (= empires) classiques

29LUCA

MIMIVIRUS

Homme

Arabidopsis thaliana (Viridiplantae)

Fungi

Aeropyrum pernix

Pyrococcus abyssi

Archaeoglobus fulgidus

ARCHÉES EUCARYOTES

91

100

98 100100

Les mimivirus : un 4°domaine (= empire) du vivant

Un énorme génome : 1.2 Mbp

De nombreux gènes jamais rencontrés chez des virus : amino-acyl tranfert RNA

Escherichia coli

Mycobacterium tuberculosis

Bacilus subtilis

0,2 substitutions/site

BACTÉRIES

100

100

Arbre phylogénétique construit à partir des séquences de 7 protéines universellement conservées dans les organismes cellulaires, et toutes présentes chez Mimivirus

D’après Raoult et al ., 2004. Science , 306 : 1344-1350

tranfert RNA synthétases, peptide release factor 1, translation initiation factor 1, etc.

LUCA



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés

D’après Baldauf (2003, 2008), Adl et al. (2005), Boudouresque (2011), Burki et al. (2012), très simplifié (Boudouresque, original)

Bicosoécidés

Les 10 règnes d’Eucaryotes

Picobiliphytes ?


Trentepolio-phycées

Ulvophycées

Zygnémato-phycées

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-lia Retorta-

mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires


MicrosporidiesBasidiomycètesAscomycètes

Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

LECA

Règne animal et règne Règne animal et règne Règne animal et règne Règne animal et règne

végétal ? Termes végétal ? Termes végétal ? Termes végétal ? Termes

coutumierscoutumierscoutumierscoutumiers

Révolution !Révolution !Révolution !Révolution !

32

Révolution !Révolution !Révolution !Révolution !

10 règnes d’Eucaryotes (en 10 règnes d’Eucaryotes (en 10 règnes d’Eucaryotes (en 10 règnes d’Eucaryotes (en

plus des règnes de plus des règnes de plus des règnes de plus des règnes de

Bactéries et d’Archées)Bactéries et d’Archées)Bactéries et d’Archées)Bactéries et d’Archées)

1. Introduction



4. Eucaryotes photosynthétiques vs non photosynthétiques

33



Rhodo-biontes


Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes

Euglyphides -Paulinella

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées

La photosynthèse est dispersée dans l’arbre des Eucaryotes

Tous (±) photosynthétiques

En partie photosynthétiques

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)


mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

Bactérie à un-dulipodium ?

ADN procaryotique

Appareil cinétique Noyau ADN eucaryotique

a

Mitochondrie

b

Endosymbioses primaires

35

Alpha-protéo-bactérie

Cyano-bactérie

Chloroplaste

c



Rhodo-biontes


Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées

D'après Baldauf (2003, 2008), Boudouresque et al . (2006) et Boudouresque (2011)

L’arrivée de la photosynthèse (endosymbiose primaire) chez les Eucaryotes

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)


mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

Le mécanisme des endosymbioses secondaires

a Eucaryote non photosynthétique

Phagotrophie Digestion

37

b Eucaryote non photosynthétique

Phagotrophie Digestion

Phagotrophie Kleptoplastie

En vert : gènes de la photosynthèse, partagés entre le chloroplaste et le noyau

La kleptoplastie

Exemple actuel : le mollusque nudibranche Elysia , qui broute des Codium(Viridiplantae, Archaeplastida)

Brouteur de MPOs : ne digère pas les chloroplastes. Les envoie dans ses cellules

38

Elysia viridis

Codium fragile

Les chloroplastes ne s'y re-produisent pas, mais peu-vent survivre. Ils fournissent les polysaccharides photosynthétisés à Elysia

Le mécanisme des endosymbioses secondaires

c Eucaryote non photosynthétique

Phagotrophie Kleptoplastie + karyokleptie

39

d Eucaryote non photosynthétique

Phagotrophie

Phagotrophie

Kleptoplastie + karyokleptie

Endosymbiose secondaire ou tertiaire

On a gagné ! On est photosynthétiques !

Endosymbiosis in progress

Vaucheria litorea (Chromo-biontes, Stramé-nopiles)

40

Elysia chlorotica(Mollusques, Métazoaires)

- Chloroplastes : obligatoires pour Elysia chlorotica

- Au moins 2 gènes nucléaires de Vaucheria (impliqués dans la photosynthèse) sont présents dans le génome de Elysia (HGT)

- Mais il manque encore à Elysiade très nombreux gènes Jared Worful in Pennisi (2006)

Elysia chlorotica

41Photo Mary Rumpho

La double membrane du chloroplaste : un reste de l’endosymbiose primaire

La quadruple membrane du chloroplaste : un reste de l’endosymbiose secondaire

42

Thylakoïde

Membrane vacuolaire de l’eucaryote

Plasmalemme de l’eucaryote

Plasmalemme de la cyanobactérie

Membrane vacuolaire de l’eucaryote prédateur

Tous ces cas, tous les intermédiaires, se rencontrent dans la nature actuelle

Le chloroplaste a ainsi été exporté , comme un kit , avec ses gènes (gigantesque HGT – Horizontal Gene Transfer )

43

Le processus serait récent (~250-300 Ma)

Transfer ) - Depuis les rhodobiontes (‘voie rouge’) ou les chlorobiontes (‘voie verte’)- Vers la plupart des autres règnes



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

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véol

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hrom

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Chl

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iont

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Viri

dipl

anta

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Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées

Etoile rouge : endosymbiose primaire à l’origine du chloroplaste chez les eucaryotes

Endosymbioses secondaires . En vertvert , la ‘voie verte’, en roserose la ‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

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Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées



Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

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hrom

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Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

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Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

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Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

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bion

tes Euglyphides

Ret

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Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées



Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

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s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

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Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

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Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

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olés

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Viri

dipl

anta

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Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées

Etoile rouge : endosymbiose primaire à l’origine du chloroplaste chez les Eucaryotes


Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

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Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

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Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

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olés

Chl

orob

iont

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Viri

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Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

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Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées



Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

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ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

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Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

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tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées



Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

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véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées



Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

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véol

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hrom

alvé

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Chl

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Viri

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Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

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bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

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s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées



Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

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Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

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véol

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Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

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Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

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véol

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hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

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Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

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cobi

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s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées



Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

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-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

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hrom

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Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

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Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

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alvé

olés

Chl

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Viri

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Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

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bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées


Endosymbioses tertiaires . En vertvert , la ‘voie verte’, en roserose la ‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes

Glauco-cysto-

biontes

Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées


Quelques endosymbioses secondaires et tertiaires en cours

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)

Para-basa-


Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

55

Le chloroplaste : un kitque l’on a volé, jeté, dont on a changé. Comme un iphone

Avec ou sans iphone, un dinosaure reste un dinosaure, un Fucusreste un Fucus , un Homo sapiens reste un H. sapiens

Endosymbioses primaires : Endosymbioses primaires : Endosymbioses primaires : Endosymbioses primaires :

la photosyntèse (+ la photosyntèse (+ la photosyntèse (+ la photosyntèse (+

mitochondrie et appareil mitochondrie et appareil mitochondrie et appareil mitochondrie et appareil

cinétique) arrive chez les cinétique) arrive chez les cinétique) arrive chez les cinétique) arrive chez les

EucaryotesEucaryotesEucaryotesEucaryotes

56

Endosymbioses Endosymbioses Endosymbioses Endosymbioses

secondaires (et tertiaires) : secondaires (et tertiaires) : secondaires (et tertiaires) : secondaires (et tertiaires) :

la photosynthèse se répand la photosynthèse se répand la photosynthèse se répand la photosynthèse se répand

chez les Eucaryoteschez les Eucaryoteschez les Eucaryoteschez les Eucaryotes

1. Introduction



4. Eucaryotes photosynthétiques vs non photosynthétiques

5. Quelques remarque nomenclaturales

57

5. Quelques remarque nomenclaturales



Rhodo-biontes


Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées

D’après Boudouresque (2011), mis à jour

Ce que la coutume a nommé ‘végétaux’ photosynthétiq ues et non-photosynthétiques (il manque les procaryotes cyanobactéries, planctom ycètes et actinobactéries)

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)


mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

D'après Wolfe-Simon et al. (2005)

‘Végétaux’ ‘Végétaux’ photosynthéphotosynthé--tiquestiques et non et non photosynthéphotosynthé--tiquestiques

59



Rhodo-biontes


Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées

Le terme coutumier ‘champignons’’ : un ensemble polyphylétique

Il manque ici les procaryotes : planctomycètes et actinobactéries


Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)


mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES



Rhodo-biontes


Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés




Ulvophycées

Zygnémato-phycées

Le terme coutumier ‘protozoaires’ : un ensemble polyphylétique

En bleu : taxons revendiqués par les ‘botanistes’ et les ‘zoologistes’


Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)


mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires



Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

Si l'on vous dit " les algues n'existent pas d'un point de vue scienti fique ", ne demandez pas : "mais alors, comment faut-il les nomm er ?"

Il n'est pas nécessaire de nommer cet ensemble hétéroclite (comme les algues)

Malgré des ressem-blances !

62

Un ensem-ble hétéro-clite : les champi-gnons

63

Un ensemble hétéroclite : les ‘protozoaires’

64

Le classification actuelle ?

- Les agrafeuses vont avec les agrafeuses- Les drapeaux avec les drapeaux

65

- Les drapeaux avec les drapeaux- Les stylos avec les stylos- Les monuments avec les monuments !

Elle est logique, naturelle !

Que cherche-t-on ?

A utiliser un terme qui donne une information

Un taxon �� information phylogénétique + caractères partagés

Plancton �� information écologique

Organismes photosynthétiques �� information fonctionnelle

66

Organismes photosynthétiques multicellulaires (MPOs ) ��information morphologique + fonctionnelle

Eucaryotes unicellulaires �� information taxonomique + morphologique

Algues, champignons, protozoaires, végétaux, phytop lancton, etc. �� aucune information

Autant dire "truc", "machin" et "chose"

Protistes ?1. Little et Jones (Dictionary of Botany) :

Un ensemble hétérogène d’organismes Eucaryotes unic ellulaires, coloniaux ou multicellulaires

67

Protistes ? E u c a r y o t e s

Unicellulaire Pluricellulaire

Mobile

1. Little et Jones

68

Non-mobile

Bactéries et Archées



2. Dalage et Métaillé (Dictionnaire de biogéographi e végétale) :

Micro-organisme constitué par une seule cellule : p rotophyte, protozoaire, bactérie, etc.

69



Mobile

1. Little et Jones

2. Dalage et Métaillé

70

Non-mobile






3. Wikipédia (classification classique) :

71


Règne du vivant regroupant les êtres vivants mobile s et unicellulaires : protozoaires (animaux) et protophytes (végétaux) [ 4. Mais le tableau joint inclut les Rhodobiontes, non mobiles, généralement pluricellulaires]



Mobile

1. Little et Jones


3. Wikipédia classique texte

72

Non-mobile




Mobile

1. Little et Jones



4. Wikipédia

73

Non-mobile


4. Wikipédia classique tableau






74



5. Wikipédia (classification phylogénétique) :

Le règne des protistes n’est plus pertinent






75



5. Wikipédia (classification phylogénétique) :

Le règne des protistes n’est plus pertinent

6. Parent (Dictionnaire des sciences de l’environne ment) :

Organisme unicellulaire Eucaryote



Mobile

1. Little et Jones



4. Wikipédia

76

Non-mobile


4. Wikipédia classique tableau

6. Parent

Sans définition, autant dire ‘machin’ !

Sans définition, autant dire ‘machin’ !

La définition que je recommande :

Protiste = eucaryote unicellulaire(photosynthétique ou non, mobile

77

(photosynthétique ou non, mobile ou non)

Mais indiquer obligatoirement cette définition quand le terme est utilisé

En conclusion : Si vous ne maîtrisez pas la classification actuelle, c'est la classification actuelle qui vous submergera

Car cela ira très vite

78

Pour que la science avance :- Donner un nom correct à chaque chose- Changer de nom quand la science a changé

Appeler un chat un chat

79

Llamar al pan pan y al vino vino

To call a spade, a spade

Llamar al Llamar al Llamar al Llamar al

pan pan y al pan pan y al pan pan y al pan pan y al

80

pan pan y al pan pan y al pan pan y al pan pan y al

vino vinovino vinovino vinovino vino



Rhodo-biontes


Labyrinthulobiontes

Ciliés

Dinobiontes

Apicomplexes

Radio-laires

Forami-nifères




RHIZARIARHIZARIA


phryda

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Chl

orob

iont

es

Viri

dipl

anta

e

Phytomyxea

Haplo-sporidies

Str

epto

bion

tes Euglyphides

Ret

aria

Cer

cobi

onte

s


Ellobiopsidés

Bicosoécidés

Les Eucaryotes

Picobiliphytes ?



Ulvophycées

Zygnémato-phycées

Crocus

Fougère

Ulva

Delesseria

Chara

Gymnodinium Alexandrium Plasmodium(paludisme)

Paramécie

Cafeteria

Foraminifères

Tetra-selmis

Lobosa

Mycétobiontes

Chytridiomycètes

Fun

gi

Choanoflagellés

Mét

a-zo

aire

s (=

ani

-m

aux)


mona-dines

Euglé-noïdes

Kinéto-plastides


Percolobiontes




OPISTHO-CHONTES

HAPTOBIONTES

Chr

omal

véol

ésC

hrom

alvé

olés

Eugléno-biontes

Archamaeba

Uni

chon

tes

Diplo-mona-dines

Oxymo-nadines

Bicosoécidés

Eumétazoaires


MicrosporidiesBasidiomycètes

Ascomycètes

Mésomycétozoaires

Katablépharides

CryptophytesBIONTES

Entamoeba hysto-litica (dysenterie)

Amanite (ex-champignons, pro parte )

Homo sapiens Elysia Undaria

Cystoseira

AxinellaTrypanosoma(maladie du sommeil)

Radiolaires

Trichomonas vaginalis (maladie sexuellement transmissible)

Emiliania (à l’ori-gine de la craie)

Oobionte (ex-cham-pignons, pro parte)

Euglena

Naegleria (amibe des piscines)

Nosema (cause mortalité des abeilles)

Diatomée

Date post:	16-Sep-2018
Category:	Documents
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