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8/20/2019 BALDAUF 1993, Animals and Fungi Are Each Other's Closest Relatives
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P r o c .
N a t l .
A c a d .
S c i .
USA
V o l . 9 0 , p p . 1 1 5 5 8 - 1 1 5 6 2 ,
D e c e m b e r 1 9 9 3
E v o l u t i o n
A n i m a l s
a n d
f u n g i a r e e a c h o t h e r ' s
c l o s e s t r e l a t i v e s :
C o n g r u e n t
e v i d e n c e
f r o m
m u l t i p l e
p r o t e i n s
SANDRA L . BALDAUF*
AN D J E F F R E Y D . P A L M E R t
* I n s t i t u t e
f o r
M a r i n e
B i o s c i e n c e s ,
N a t i o n a l
R e s e a r c h
C o u nc i l o f C a n a d a ,
H a l i f a x ,
N S ,
C a n a d a ,
B3H
3 Z 1 ;
a n d
t D e p a r t m e n t
o f
B i o l o g y , I n d i a n a U n i v e r s i t y ,
B l o o m i n g t o n ,
I N
4 7 4 0 5
C o m m u n i c a t e d b y
D a v i d D i l c h e r , S e p t e m b e r
1 7 ,
1 9 9 3
ABSTRACT
P h y l o g e n e t i c
r e l a t i o n s h i p s
a m o n g p l a n t s , a n -
i m a l s , a n d
f u n g i w e r e e x a m i n e d
b y
u s i n g
s e q u e n c e s
f r o m
2 5
p r o t e i n s . F o u r i n s e r t i o n s / d e l e t i o n s
w e r e f o u n d
t h a t a r e
s h a r e d
b y t w o
o f t h e
t h r e e t a x o n o m i c g r o u p s
i n q u e s t i o n , a n d
a l l f o u r
a r e u n i q u e l y
s h a r e d b y
a n i m a l s
a n d f u n g i r e l a t i v e t o
p l a n t s ,
p r o t i s t s ,
a n d b a c t e r i a .
T h e s e i n c l u d e a 1 2 - a m i n o
a c i d i n s e r t i o n
i n
t r a n s l a t i o n
e l o n g a t i o n
f a c t o r
l a
a n d
t h r e e s m a l l g a p s
i n
e n o l a s e .
M a x i m u m - p a r s i m o n y
t r e e s w e r e c o n s t r u c t e d f r o m
p u b l i s h e d
d a t a f o r
f o u r
o f t h e m o s t
b r o a d l y s e q u e n c e d
o f
t h e 2 5
p r o t e i n s ,
a c t i n ,
a - t u b u l i n ,
, - t u b u l i n ,
a n d
e l o n g a t i o n
f a c t o r
l a ,
w i t h t h e l a t t e r
s u p p l e m e n t e d
b y t h r e e n e w
o u t g r o u p s e q u e n c e s .
A l l
f o u r p r o t e i n s
p l a c e a n i m a l s
a n d
f u n g i
t o g e t h e r
a s a
m o n o -
p h y l e t i c
g r o u p t o
t h e e x c l u s i o n o f p l a n t s a n d
a b r o a d
d i v e r s i t y
o f
p r o t i s t s .
I n
a l l
c a s e s ,
b o o t s t r a p a n a l y s e s s h o w n o
s u p p o r t
f o r
e i t h e r a n a n i m a l - p l a n t
o r
h f n g a l - p l a n t
d a d e .
T h i s
c o n g r u e n c e
a m o n g m u l t i p l e
l i n e s
o f
e v i d e n c e
s t r o n g l y s u g g e s t s ,
i n c o n t r a s t
t o t r a d i t i o n a l
a n d
c u r r e n t c l a s s i f i c a t i o n ,
t h a t a n i m a l s a n d
f u n g i
a r e s i s t e r g r o u p s
w h i l e
p l a n t s c o n s t i t u t e
a n i n d e p e n d e n t
e v o -
l u t i o n a r y
l i n e a g e .
T h e t r a d i t i o n a l c l a s s i f i c a t i o n
o f f u n g i
a s
p l a n t s
h a s
b e e n
l a r g e l y r e p l a c e d
o v e r t h e p a s t
t h r e e
d e c a d e s b y
t h e f i v e -
k i n g d o m
c l a s s i f i c a t i o n
o f W h i t t a k e r
( 1 ,
2 ) .
I n
t h i s
s c h e m e ,
t h e
t h r e e
m a j o r
m u l t i c e l l u l a r g r o u p s - a n i m a l s ,
f u n g i ,
a n d
g r e e n
p l a n t s - a r e
e a c h g i v e n
t h e
s t a t u s o f k i n g d o m s
d e r i v e d
f r o m
d i f f e r e n t
p r o t i s t a n
l i n e a g e s
o f u n c e r t a i n
a f f i n i t i e s .
M o r e r e -
c e n t l y ,
h o w e v e r ,
b a se d o n
a
c o m b i n a t i o n
o f u l t r a s t r u c t u r a l
a n d b i o c h e m i c a l
c h a r a c t e r s ,
C a v a l i e r - S m i t h
( 3 ) p r o p o s e d
t h a t
a n i m a l s a n d
f u n g i
a r e c l o s e l y
r e l a t e d a n d
s h a r e
a m o s t r e c e n t
common
a n c e s t o r s i m i l a r t o
p r e s e n t - d a y
c h o a n o f l a g e l l a t e s .
M o l e c u l a r
p h y l o g e n i e s
o f
r i b o s o m a l
R N A
( r R N A )
s e q u e n c e s
h a v e a l t e r n a t i v e l y p l a c e d
e i t h e r
p l a n t s
o r
f u n g i
a s m o r e
c l o s e l y
r e l a t e d t o
a n i m a l s
w i t h a b o u t
e q u a l f r e q u e n c y ( 4 - 9 ) .
H o w e v e r , t h e
m o s t r e c e n t
a n d
c o m p r e h e n s i v e
rRNA
a n a l y s i s
s u p p o r t e d
a n i m a l s
a s
t h e s i s t e r
g r o u p
t o f u n g i ( 9 ) ,
a s
d i d
a n
a n a l y s i s
o f
a
s u b s e t
o f
e l o n g a t i o n
f a c t o r
l a
( E F - l a )
s e q u e n c e s
( 1 0 ) .
T h e
o n l y
a n a l y s i s o f
t h i s
q u e s t i o n u s i n g
m u l t i p l e
l i n e s
o f
m o l e c u l a r
e v i d e n c e u s e d
r R N A ,
t r a n s f e r
RNA
( t R N A ) ,
a n d
p r o t e i n s e q u e n c e s
a n d s u p p o r t e d p l a n t s
a s t h e s i s t e r
g r o u p
t o
t h e a n i m a l s
( 1 1 ) .
H o w e v e r ,
t h i s
a n a l y s i s
w a s c r i t i c a l l y
l i m i t e d
b y
t h e
n a r r o w
r e p r e s e n t a t i o n
o f
m a j o r
t a x o n o m i c g r o u p s
a v a i l a b l e
a t
t h e t i m e .
We
h a v e r e e x a m i n e d
t h i s
q u e s t i o n b y
u s i n g
s e v e r a l d i f f e r e n t
p r o t e i n s ,
e a c h
r e p r e s e n t i n g
a
w i d e
d i v e r s i t y
o f
e u k a r y o t i c
p h y l a ,
a s w e l l
a s
b y
s u r v e y i n g
a
l a r g e
n u m b e r o f
p r o t e i n s
f o r
d i a g n o s t i c
i n s e r t i o n s
a n d d e l e t i o n s .
From
t h e s e ,
we f i n d
m u l t i p l e
l i n e s
o f
d a t a a l l
s h o w i n g
t h a t
a n i m a l s
a n d
f u n g i
a r e m o s t
c l o s e l y
r e l a t e d t o
e a c h
o t h e r
t o
t h e
e x c l u s i o n o f
a b r o a d
d i v e r s i t y
o f
e u k a r y o t i c p h y l a , i n c l u d i n g
p l a n t s . t
T h e
p u b l i c a t i o n
c o s t s o f
t h i s
a r t i c l e
w e r e
d e f r a y e d
i n
p a r t b y p a g e c h a r g e
p a y m e n t .
T h i s a r t i c l e
m u s t
t h e r e f o r e
b e
h e r e b y
m a r k e d
a d v e r t i s e m e n t
i n a c c o r d a n c e
w i t h
1 8
U . S . C .
§ 1 7 3 4
s o l e l y
t o i n d i c a t e
t h i s
f a c t .
MATERIALS
A N D METHODS
An
i n t e r n a l p o r t i o n
o f t h e E F - l a
g e n e
w a s
a m p l i f i e d
f r o m
G i a r d i a
l a m b l i a ,
T r y p a n o s o m a
b r u c e i ,
a n d
S t a p h y l o t h e r m u s
m a r i n u s b y
t h e
p o l y m e r a s e
c h a i n
r e a c t i o n ( P C R ) .
DNA
w a s
a m p l i f i e d
t h r o u g h 4 0 c y c l e s o f
1
m i n a t 9 2 ° C ,
1 . 5
m i n a t
5 0 ° C
o r
5 5 ° C , a n d
2
m i n
a t
7 2 ° C
w i t h
a
s e t
o f
1 6 - a n d
3 2 - f o l d
d e g e n e r a t e p r i m e r s .
P r o d u c t s w e r e
c l o n e d ,
a n d
s e q u e n c e
w a s
d e t e r m i n e d
o n b o t h s t r a n d s
f o r a t l e a s t t h r e e
i n d e p e n d e n t
c l o n e s .
C l o n e s w e r e
h y b r i d i z e d
t o
S o u t h e r n
b l o t s
o f
a t
l e a s t
t w o
d i f f e r e n t
r e s t r i c t i o n d i g e s t s e a c h
o f
t o t a l
DNA f r o m
T .
b r u c e i ,
P a r a m e c i u m
a u r e l i a ,
a n d
s i x d i f f e r e n t a r c h a e b a c t e -
r i a ,
a n d G .
l a m b l i a
DNA f r o m f o u r i n d e p e n d e n t
s o u r c e s .
T h i s
c o n f i r m e d
t h e
o r i g i n
o f e a c h PCR
p r o d u c t
a n d a l s o s h o w e d
t h e
g e n e
t o
b e s i n g l e c o p y
i n a l l t h r e e t a x a .
T h e S .
m a r i n u s ,
T .
b r u c e i , a n d G . l a m b l i a
s e q u e n c e s
c o r r e s p o n d
t o
a m i n o
a c i d s
2 0 - 3 0 4 , 2 0 - 4 2 2 ,
a n d 6 3 - 3 0 4 o f
a n i m a l
E F - l a ,
r e s p e c -
t i v e l y .
S e q u e n c e s
w e r e a l i g n e d o n
a
S u n
w o r k s t a t i o n
u s i n g
t h e
W i s c o n s i n
G e n e t i c s C o m p u t e r
G r o u p
p r o g r a m
P I L E U P
( 1 2 )
w i t h d e f a u l t
g a p p e n a l t i e s .
A l i g n m e n t s w e r e t h e n
m o d i f i e d b y
e y e
t o m i n i m i z e
i n s e r t i o n / d e l e t i o n
e v e n t s . F o r p h y l o g e n y
r e c o n s t r u c t i o n , i d e n t i c a l
o r n e a r l y
i d e n t i c a l
s e q u e n c e s
w e r e
i d e n t i f i e d
b y
p a i r w i s e c o m p a r i s o n s ,
a n d a
s i n g l e r e p r e s e n t a -
t i v e
w a s c h o s e n
f o r
e a c h
s e t .
F o r
t h e
f o u r
p r o t e i n s
a n a l y z e d ,
a t o t a l o f
f i v e
s h o r t a m i n o -
a n d c a r b o x y l - t e r m i n a l
r e g i o n s
w e r e o m i t t e d ,
a s
t h e s e
w e r e
n o t
a l i g n a b l e
w i t h c o n f i d e n c e
a m o n g
a l l s e q u e n c e s ; f o r E F - l a ,
a s i n g l e r e g i o n
a m b i g u o u s
a m o n g
a r c h a e b a c t e r i a
w a s i n c l u d e d
a n d s c o r e d a s
m i s s i n g
d a t a f o r
t h e s e
t a x a . A l l a l i g n m e n t s
a n d t h e
c o o r d i n a t e s
o f
d e l e t e d r e g i o n s
a r e a v a i l a b l e f r o m
S . L . B . u p o n
r e q u e s t .
M a x i m u m - p a r s i m o n y
t r e e s
w e r e
d e r i v e d
f r o m a m i n o
a c i d
s e q u e n c e s
b y u s i n g
P A U P
3 . O r ( 1 3 ) .
S h o r t e s t t r e e ,
d e c a y
( 1 4 ) ,
a n d a l t e r n a t i v e t o p o l o g y
s e a r c h e s
u s e d 5 0
r e p l i c a t e s
o f r a n -
dom
a d d i t i o n
w i t h
b r a n c h s w a p p i n g b y
t r e e
b i s e c t i o n -
r e c o n n e c t i o n ( T B R ) .
I n
a l l
c a s e s ,
a l l
s h o r t e s t
t r e e s
w e r e
f o u n d w i t h i n
t h e f i r s t o n e t o
f o u r r a n d o m
r e p l i c a t e s ,
s u g g e s t -
i n g
t h a t
t h i s
h e u r i s t i c s e a r c h
s t r a t e g y
w a s e f f e c t i v e
i n
i d e n -
t i f y i n g
a l l
m o s t - p a r s i m o n i o u s
t r e e s
( D .
S w o f f o r d ,
p e r s o n a l
c o m m u n i c a t i o n ) .
I n
a d d i t i o n ,
w h e n t r e e s w e r e
t r i m m e d o f
c l o s e l y
r e l a t e d
t a x a ,
a l l s h o r t e s t t r e e s
w e r e
f o u n d
o n
t h e
f i r s t
r e p l i c a t e
a n d d i s c o v e r e d o n
a l l
s u b s e q u e n t
r e l i c a t e s , s u g g e s t -
i n g
t h a t
a n y
s e a r c h
i s l a n d s
( 1 5 )
t h a t
m i g h t
e x i s t w e r e
r e -
s t r i c t e d t o
t e r m i n a l c l a d e s .
B o o t s t r a p
a n a l y s e s
( 1 6 )
u s e d
1 0 0
r e p l i c a t e s
o f
s i m p l e
a d d i t i o n , h o l d i n g
o n e
t r e e a t
e a c h
s t e p .
Due
t o
c o m p u t e r
m e m o r y
l i m i t a t i o n s ,
a l l d a t a s e t s
e x c e p t
E F - l a
r e q u i r e d
t r i m m i n g
f o r
e i t h e r
d e c a y a n d / o r
b o o t s t r a p
a n a l y s e s
a s
i n d i c a t e d
i n t h e
f i g u r e l e g e n d s ,
a l t h o u g h
t h i s w a s
s t i l l i n s u f f i c i e n t t o a l l o w
d e c a y
a n a l y s i s
o f a c t i n .
A l l t r e e s
a r e
r o o t e d
w i t h
k i n e t o p l a s t i d s
e x c e p t
f o r
t h e
E F - l a
t r e e ,
w h i c h
i s r o o t e d
w i t h t h e
a r c h a e b a c t e r i a .
A l l d a t a s e t s
w e r e a l s o
a n a l y z e d
b y
d i s t a n c e
w i t h t h e
P H Y L I P 3 . 5 C
( 1 7 )
p r o g r a m s
P R O T I S T
( w e i g h t s
b a s e d
o n
D a y h o f f
P A M
0 0 1
a n d / o r
G e o r g e -
A b b r e v i a t i o n :
E F - l a ,
e l o n g a t i o n
f a c t o r
l a .
t T h e
s e q u e n c e s
r e p o r t e d
i n
t h i s
p a p e r
h a v e
b e e n
d e p o s i t e d
i n t h e
G e n B a n k d a t a
b a s e
( a c c e s s i o n
n o s .
L 2 3 9 5 7 , L 2 3 9 8 4 ,
a n d
L 2 5 8 6 8 ) .
1 1 5 5 8
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P r o c . N a t l .
A c a d . S c i .
USA
9 0
( 1 9 9 3 )
1 1 5 5 9
H u n t - B a r k e r c a t e g o r i e s )
a n d
F I T C H .
E F - l a
a n d
p - t u b u l i n
n u c l e o t i d e s e q u e n c e s
w e r e
a n a l y z e d - w i t h
t h i r d p o s i t i o n s
d e l e t e d - b y
b o t h p a r s i m o n y ( 1 3 )
a n d d i s t a n c e ( D N A D I S T ,
a l l
c h a n g e s
w e i g h t e d e q u a l l y ;
r e f .
1 7 ) .
RESULTS
F o u r
G a p s U n i t e A n i m a l s a n d
F u n g i . I n
t h e c o u r s e o f
o u r
w o r k
( 1 8 )
o n
E F - l a
( a l s o
k n o w n a s E F - T u ) ,
we d i s c o v e r e d
a
g a p
o f
1 2 a m i n o
a c i d s
i n a n o t h e r w i s e
h i g h l y c o n s e r v e d
r e g i o n
o f
t h e
p r o t e i n
w h i c h
a p p e a r s
t o
b e
a n
i n s e r t i o n ( F i g . 1 A ) .
T h i s
s e q u e n c e
i s f o u n d i n
a l l
a n i m a l a n d
f u n g a l
E F - l a p r o t e i n s
b u t
n o t
i n
t h o s e
o f
a n y
o t h e r o r g a n i s m
e x a m i n e d ,
i n c l u d i n g
p l a n t s ,
s i x
d i v e r s e
p r o t i s t s ,
a n d a r c h a e b a c t e r i a
( F i g . 1 A ) .
T a k e n
t o g e t h e r , t h e
c o n s e r v e d s i z e , s e q u e n c e , a n d
p l a c e m e n t
o f t h e
i n s e r t i o n
a l l
m a k e i t u n l i k e l y
t h a t t h i s s e q u e n c e
w a s
e i t h e r
i n s e r t e d
t w i c e
i n d e p e n d e n t l y ,
o n c e i n a n i m a l s
a n d o n c e
i n f u n g i , o r p r e s e n t
e a r l i e r b u t d e l e t e d
i n d e p e n d e n t l y
a n d
p r e c i s e l y
i n
o n e
o r m o r e o f t h e o t h e r
l i n e a g e s .
T h e s i m p l e s t
i n t e r p r e t a t i o n
o f
t h i s
g a p i s a
s i n g l e
i n s e r t i o n e v e n t i n a
common a n c e s t o r s h a r e d s o l e l y
b y a n i m a l s a n d
f u n g i .
An
e x t e n s i v e
s e a r c h
o f
t h e n u c l e o t i d e
a n d
a m i n o
a c i d
s e q u e n c e
d a t a
b a s e s
i d e n t i f i e d
2 4
a d d i t i o n a l
p r o t e i n s
f o r
w h i c h p l a n t , a n i m a l ,
f u n g a l , a n d o u t g r o u p
s e q u e n c e s
w e r e
a v a i l a b l e a n d
a l i g n a b l e
w i t h
c o n f i d e n c e .
T h e s e
a r e a c t i n , a -
a n d
P - t u b u l i n s ,
a l c o h o l d e h y d r o g e n a s e ,
c a l m o d u l i n ,
c a t a -
l a s e ,
c i t r a t e s y n t h a s e ,
C u - Z n a n d
F e - M n
s u p er o x i d e d i s m u -
t a s e s , e l o n g a t i o n
f a c t o r
G , e n o l a s e ,
f r u c t o s e b i s p h o s p h a t a s e ,
g l y c e r a l d e h y d e - 3 - p h o s p h a t e
d e h y d r o g e n a s e ,
h y d r o x y m e t h -
y l g l u t a r y l - C o A
r e d u c t a s e ,
m a l a t e
d e h y d r o g e n a s e ,
p h o s p h o -
g l y c e r a t e
k i n a s e , p h o s p h o g l u c o s e
i s o m e r a s e , p y r u v a t e
k i -
n a s e ,
RNA
p o l y m e r a s e
I I l a r g e s t s u b u n i t , t r i o s e p h o s p h a t e
i s o m e r a s e , v a c u o l a r
A T P a s e
s u b u n i t s
1
a n d
2 ,
a n d t h e 6 0 -
a n d
7 0 - k D a h e a t
s h o c k
p r o t e i n s .
A n a l y s i s o f
t h e 2 4 p r o t e i n s r e v e a l e d o n l y
t h r e e
g a p s ,
a l l i n
e n o l a s e ,
t h a t u n i t e d t w o o f
t h e
t h r e e
g r o u p s
o f
i n t e r e s t . L i k e
t h e
E F - l a
i n s e r t i o n ,
t h e
t w o
d e l e t i o n s
a n d
o n e
i n s e r t i o n
i n
e n o l a s e
a r e
a l l
u n i q u e l y
s h a r e d
b y a n i m a l s a n d
f u n g i
( F i g .
1 B ) .
P a r s i m o n y a n a l y s e s i n d i c a t e
a e u k a r y o t i c o r i g i n o f
t h e
p l a n t e n o l a s e
( d a t a
n o t s h o w n ) , r u l i n g o u t
a
p o s s i b l e
e u b a c -
t e r i a l / p l a s t i d a n c e s t r y
f o r t h i s
p r o t e i n
( a c y t o p l a s m i c
e n -
z y m e ;
r e f .
2 0 ) .
A l t h o u g h
t h e
e n o l a s e
g a p s
a r e s m a l l ( o n e
o r
t w o a m i n o a c i d s ) a n d ,
i n
t w o c a s e s , a r e i n
r e g i o n s a f f e c t e d b y
a d d i t i o n a l
i n s e r t i o n s
a n d d e l e t i o n s ,
t h e
s i m p l e s t
i n t e r p r e t a -
t i o n i n e a c h c a s e
i s
a s i n g l e e v e n t
i n
a n e x c l u s i v e
common
a n c e s t o r o f a n i ma l s a n d f u n g i .
A
An
F u
P 1
P r
A r
1 2 a m i n o
a c i d i n se r t i o n
2 0 2
*
* *
o
24 6
X l
GDNMLEPSPNMPWFKGWKITRKEGSGSGTTLLEALDCILPPSRP
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GDNMLEASDRLPWYKGWNIERKEGKADGKTLLDALDAILPPSRP
, O v
GDNMLEPSANMPWFKGWSVERKEGTMTGKTLLEALDSVVPPQRP
Sc
GDNMIEATTNAPWYKGWEKETKAGVVKGKTLLEAIDAIEQPSRP
Mr GDNMLDESTNMPWFKGWNKETKAGSKTGKTLLEAIDAIEPPVRP
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............
PTLLEALDQINEPKRP
, T e
GDNMIERSTNLDWYKG
............
PTLLEALDQINEPKRP
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LTLIGALDNLEPPKRP
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GDNMLERSDKMEWYKG
............
PTL LEA L D AIVEPKRP
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PTLIGALDSVTPPERP
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GDNIMEKSDKMPWYEG ............
PCLIDAIDGLKAPKRP
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GDNVTHKSTKMPWYNG
............
PTLEELLDQLEIPPKP
H h G D N IA EES E HT G WY D G
............
EILLEALNELPAPEPP
***
0 *0
0
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* *
B
An
F u
P 1
A r
E u
M o l e c u l a r
P h y l o g e n e t i c S u p p o r t
f o r a n A n i m a l - F u n g a l
C l a d e . F o u r
c r i t e r i a w e r e
s e t f o r s e l e c t i n g p r o t e i n s f o r
e x -
t e n s i v e p h y l o g e n e t i c
a n a l y s i s . P r o t e i n s
w e r e c h o s e n
t h a t
w e r e
( i )
> 3 0 0
a m i n o
a c i d s l o n g , ( i i )
a v a i l a b l e f r o m
m u l t i p l e
r e p r e s e n t a t i v e s e a c h
o f
a n i m a l s , p l a n t s , a n d
f u n g i ;
( i i i )
a v a i l -
a b l e f r o m
a r a n g e o f
p r o t i s t a n l i n e a g e s ;
a n d ( i v )
f r e e
f r o m
p r o b l e m s
o f g e n e
d u p l i c a t i o n ,
s u b s t i t u t i o n ,
o r
h o r i z o n t a l
e v o l u t i o n
a t
r e l e v a n t
t a x o n o m i c
l e v e l s .
T h e s e
p r o t e i n s
g a v e
t h e m o s t
c o n s i s t e n t r e s u l t s - i . e . ,
b r a n c h i n g
p a t t e r n s
w e r e
l e a s t
a f f e c t e d b y
i n c l u s i o n
o r e x c l u s i o n o f i n d i v i d u a l
t a x a .
I n c l u s i o n
o f m u l t i p l e r e p r e s e n t a t i v e s
o f i n g r o u p a s
w e l l
a s
o u t g r o u p l i n e a g e s
i s e s p e c i a l l y
i m p o r t a n t i n p h y l o g e n y
r e -
c o n s t r u c t i o n
i n o r d e r t o a v o i d s y s t e m a t i c
e r r o r s i n
t h e
p l a c e m e n t o f
l o n g , s p a r s e l y s a m p l e d
b r a n c h e s ( 2 1 ) .
O f t h e
2 5
t o t a l p r o t e i n s
o n l y
4
c u r r e n t l y
s a t i s f y
t h e a b o v e
c r i t e r i a : a c t i n ,
a - t u b u l i n ,
, B - t u b u l i n ,
a n d E F - l a . A l t h o u g h
t h e s e
f o u r
p r o t e i n s
i n c l u d e s o m e
d u p l i c a t i o n , p r e l i m i n a r y
r e s u l t s h a v e s h o w n
t h a t a l l
d u p l i c a t i o n s a r e
r e s t r i c t e d t o
i n d i v i d u a l t e r m i n a l c l a d e s
( s e e
F i g . 2 )
a n d
a r e t h e r e f o r e
i r r e l e v a n t t o t h e b r a n c h i n g o r d e r
a m o n g m a j o r g r o u p s .
F o r
E F - l a ,
t h e
l e a s t
b r o a d l y r e p r e s e n t e d
o f
t h e
f o u r
p r o t e i n s ,
a
w i d e r
d i v e r s i t y
o f
o u t g r o u p
t a x a
w a s
p r o v i d e d
b y
s e q u e n c i n g
t h e c o r r e s p o n d i n g g e n e
f r o m
t h e
e a r l y - b r a n c h i n g
p r o t i s t s
G .
l a m b l i a a n d
T .
b r u c e i
a n d
f r o m t h e a r c h a e b a c t e r i u m S .
m a r i n u s .
W i t h o u t e x c e p t i o n ,
t h e
m a x i m u m p a r s i m o n y
t r e e s f o r a l l
f o u r p r o t e i n s
p l a c e d
a n i m a l s a n d f u n g i t o g e t h e r
a s s i s t e r
l i n e a g e s
t o t h e
e x c l u s i o n
o f a l l
o t h e r e u k a r y o t e s ,
i n c l u d i n g
p l a n t s ( F i g .
2 ) . B o o t s t r a p a n a l y s e s
s h o w e d v a r y i n g
l e v e l s o f
s u p p o r t
f o r
t h e a n i m a l - f u n g a l
c l a d e
( 1 0 0 f o r a - t u b u l i n ,
8 5
f o r , B - t u b u l i n ,
5 3
f o r
E F - l a ,
a n d 2 8
f o r
a c t i n ) b u t
n o
s u p p o r t
f o r e i t h e r a n a n i m a l - p l a n t
o r
f u n g a l - p l a n t
c l a d e
( < l . 0 o f o r
a c t i n ,
0 . 0
f o r a l l
o t h e r s ) . T r e e s u n i t i n g
p l a n t s
w i t h e i t h e r
a n i m a l s
o r
f u n g i
r e q u i r e d
a n a d d i t i o n a l
3 2 o r 3 4
s t e p s , r e s p e c t i v e l y ,
f o r
t h e
a - t u b u l i n
t r e e , a n
a d d i t i o n a l 1 3
o r
1 4
s t e p s
f o r
t h e
, - t u b u l i n
t r e e ,
8
o r
1 0
s t e p s f o r t h e
E F - l a
t r e e ,
a n d
a n
a d d i t i o n a l
5 s t e p s f o r e i t h e r
t o p o l o g y f o r a c t i n .
A l t h o u g h p l a c em en t
o f t h e r o o t
i n
a l l
t r e e s e x c e p t
E F - l a i s
e s s e n t i a l l y
a r b i t r a r y ,
i t
s h o u l d b e
n o t e d t h a t
t h e r e i s n o w a y
t o r o o t a n y
o f t h e s e t r e e s
s o t h a t a n i m a l s - f u n g i
a r e n o t
m o n o p h y l e t i c ,
u n l e s s e i t h e r
a n i m a l s
o r
f u n g i a r e
u s e d
a s
t h e
a c t u a l r o o t .
T h u s , p a r s i m o n y
a n a l y s i s
o f a l l
f o u r
p r o t e i n s
s u p p o r t s
t h e
s a m e c o n c l u s i o n
a s
s t r u c t u r a l
( i n s e r t i o n /
d e l e t i o n ) d a t a ,
t h a t
a n i m a l s
a n d f u n g i
a r e
m o s t
c l o s e l y r e l a t e d
t o e a c h o t h e r .
a a
d e l e t i o n
2
a a
i n s e r t i o n
a a
d e l e t i o n
3 0
_ 4 0
8 0
_
9 0
2 6 0
2 7 0
Hs
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Gg TVEVD L HTAKGHF.RAA VPSG
N K T I G P A L I E K K I S V V E Q E K I
GMDVAASEFC..RDGRYDLD
X l T VEVDLYTC KG LF. RAAVPSG NEFLGPALCTQNLNVVEQEKI
GMDVAASEFY..RDGKYDLD
Dm
T VEVDLTTELG LF. RAAVPSG N D T L G P E L I K A N L D V V D Q A S I
G M D V A A S E F Y . . K D G Q Y D L D
S c TVEVELTTEKGVF.RSIVPSG
NDVIAPAFVKANIDVKDQKAV
G LDCASSEFF..K DG K YDLD
Ca TVEVD FTTD KGL F.RSIVPSG NDIIAPALIKAKIDVVDQAKI
AMDVASSEFY..KDG K YDLD
A t TVEVDIHTSNGIKVTAAVPSG NNIIGPALIGK..DPTQQTAI
GMDVAASEFYS.EDKTYDLN
L e T VEVDVHISNG V FARAAVPSG N S I I G P A L V G K . . D P T D Q T G L
GMD VAASEF Y G.KD KS Y D L N
Zm TVEVD VGLS D GS Y A R GA VPSG
NNIIGPAIVGK..DPTEQVEI
GMDVAASEFFGEK DKT YDLN
Cr
---------------------
N A I I A P A L K G M . . D P V K Q A E I
GMDVASSEFYT.EDGMYDLD
H h TVEADVLTESGGFGRGKAPSG
REEALPRLIGE.VHAGNQRDV
GLDVARAELYDDEADGYVYD
Z m
TVEVDVTLEDGSFGRAAVPSG N N E I A N A I I G L . . E A E D Q E L I
A L D A A S S E F Y N K D Q N I Y D L K
E c TVEAEVHLEGGFVGMAAAPSG N G P I A Q A L I G K . . D A K D Q A G I
--------------------
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o . . * * * * *
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*
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*
F I G .
1 . A
1 2 - a m i n o a c i d
i n s e r t i o n i n E F - l a a n d t h r e e s m a l l g a p s
i n e n o l a s e a r e
a l l
s h a r e d
u n i q u e l y
b y a n i m a l s a n d
f u n g i .
P o r t i o n s
o f
a m i n o
a c i d
( a a ) s e q u e n c e
a l i g n m e n t s
a r e s h o w n f o r
E F - l a
( A )
a n d e n o l a s e
( B ) .
N u m b e r s
a b o v e
t h e
s e q u e n c e f r a g m e n t s
i n d i c a t e t h e i r p o s i t i o n
i n t h e
o v e r a l l
a l i g n m e n t .
W i t h i n
t h e
a l i g n m e n t
g a p s
a r e
i n d i c a t e d
b y
d o t s ;
m i s s i n g d a t a ( i n c o m p l e t e s e q u e n c e s )
a r e
i n d i c a t e d b y d a s h e s .
U n i v e r s a l l y
c o n s e r v e d
s i t e s
a r e
d e n o t e d a b o v e
a n d
b e l o w
t h e
a l i g n m e n t b y s t a r s ;
s i t e s w i t h
o n l y c o n s e r v a t i v e s u b s t i t u t i o n s
( 1 9 ) a r e s h o w n
b y o p e n
c i r c l e s .
R e l a t i v e l y
c o n s e r v e d
p o s i t i o n s
a r e d e f i n e d
a s
s i t e s
s u s t a i n i n g o n l y
o n e
o r
t w o
n o n c o n s e r v a t i v e s u b s t i t u t i o n s
a n d a r e d e n o t e d
b e l o w t h e e n o l a s e
a l i g n m e n t
b y
d o t s .
L e t t e r s
t o
t h e
l e f t
o f
t h e b r a c k e t s
i n d i c a t e
m a j o r t a x o n o m i c g r o u p s
( F u ,
f u n g i ;
A n ,
a n i m a l s ;
P 1 ,
p l a n t s ; P r ,
p r o t i s t s ;
A r ,
a r c h a e b a c t e r i a ; E u , e u b a c t e r i a ) ;
l e t t e r s t o
t h e
r i g h t
o f t h e b r a c k e t s i n d i c a t e s p e c i e s
( A t ,
A r a b i d o p s i s
t h a l i a n a ; C a ,
C a n d i d a a l b i c a n s ;
C r ,
C h l a m y d o m o n a s
r e i n h a r d t i i ; D d ,
D i c t y o s t e l i u m d i s c o i d e u m ;
Dm, D ro s o p h i l a m el a n o g a s t e r ; E c ,
E s c h e r i c h i a
c o l i ;
E g ,
E u g l e n a
g r a c i l i s ;
E h ,
E n t a m o e b a h i s t o l y t i c a ; G g ,
G a l l u s
g a l l u s ; G I ,
G i a r d i a l a m b l i a ; H h , H a l o b a c t e r i u m
h a l o b i u m ;
H s , Homo
s a p i e n s ;
L e ,
L y c o p e r s i c o n e s c u l e n t u m ;
O v ,
O n c h o c e r c a
v o l v u l u s ;
M r ,
Mucor r a c e m o s u s ; S c ,
S a c c h a r o m y c e s
c e r e v i s i a e ; S s , S u l f o l o b u s
a c i d o c a l d a r i u s ;
T e ,
T r i t i c u m a e s t i v u m ;
X l ,
X e n o p u s
l a e v i s ;
Z m ,
Z e a
m a y s ; Z y ,
Z y m o m o n a s
m o b i l i s .
E v o l u t i o n :
B a l d a u f
a n d P a l me r
Page 3
8/20/2019 BALDAUF 1993, Animals and Fungi Are Each Other's Closest Relatives
http://slidepdf.com/reader/full/baldauf-1993-animals-and-fungi-are-each-others-closest-relatives 3/5
1 1 5 6 0
E v o l u t i o n :
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c c h a r o n y c e s
1 '
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S c h i z o s a c c h a r o r n c ' s
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S c h i z o s s o c h a n y c e s
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1 0
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P A c n t r o t w ' u s
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X e n o p u s
2 '
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D r W o p h i a h y d e l
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r k n o g s t e r
2-
C o l e t o t r k h u m
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A s p e r g i l u s
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2
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S c h i z o p h y l l u m *
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1 P l s u m
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P l s u m
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B a b d o p s i a 1
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b o t t o m
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p a g e . )
P r o c .
N a t l . Acad
S c i . USA
9 0
( 1 9 9 3 )
Page 4
8/20/2019 BALDAUF 1993, Animals and Fungi Are Each Other's Closest Relatives
http://slidepdf.com/reader/full/baldauf-1993-animals-and-fungi-are-each-others-closest-relatives 4/5
Page 5
8/20/2019 BALDAUF 1993, Animals and Fungi Are Each Other's Closest Relatives
http://slidepdf.com/reader/full/baldauf-1993-animals-and-fungi-are-each-others-closest-relatives 5/5
1 1 5 6 2
E v o l u t i o n : B a l d a u f
a n d
P a l m e r
s h o w e d
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r o u g h l y e q u a l s p l i t
b e t w e e n
a n i m a l s - f u n g i
a n d
a n i m a l s - p l a n t s , w i t h
n o n e
s u p p o r t i n g p l a n t s - f u n g i .
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e v e r ,
m o s t o f t h e s e
d a t a s e t s a r e
e x t r e m e l y s m a l l ,
o f t e n w i t h
o n l y a
s i n g l e v e r y
d i s t a n t
o u t g r o u p
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o n l y
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s i n g l e
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f u n g a l
s e q u e n c e .
N o n e t h e l e s s , we
c a n
c o i q c l u d e
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t h e r e
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t h i s
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t h e
t r a d i t i o n a l
c l a s s i f i c a t i o n o f f u n g i a s
p l a n t s . T h e
f a c t
t h a t
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t h e d a t a
s u p p o r t
o n l y
t w o o f t h r e e
p o s s i b l e
a l t e r n a t i v e s
s u g g e s t s t h e
p r es e n c e o f
a
s p e c i f i c
a r t i f a c t
o r
a r t i f a c t s
w h i c h ,
c o n s i d e r i n g
t h e
s t r e n g t h
o f
o u r
r e s u l t s
a n d o t h e r s ( 9 ) ,
a r e
e i t h e r
d r a w i n g
p l a n t s
a n d a n i m a l s
t o g e t h e r o r
p u s h i n g
a n i m a l s
a n d f u n g i
a p a r t .
P o s s i b l e s o u r c e s
o f
a r t i f a c t
i n c l u d e
u n e q u a l
r a t e s
o f
s e q u e n c e
e v o l u t i o n a n d
p a r a l o g o u s o r
h o r i z o n t a l
e v o l u t i o n . A
s t r i k i n g
e x a m p l e
i s
g l y c e r a l d e h y d e - 3 - p h o s p h a t e
d e h y d r o g e n a s e ;
w i t h
y e a s t s a l o n e
r e p r e s e n t i n g
f u n g i ,
a n i m a l s
a n d
p l a n t s
f o r m a s t r o n g c l a d e
i n
t h e
g l y c e r a l d e h y d e - 3 -
p h o s p h a t e
d e h y d r o g e n a s e t r e e , b u t w h e n
a b r o a d d i v e r s i t y
o f
o t h e r
f u n g i
a r e
i n c l u d e d , t h e s e
d i s p l a c e p l a n t s a s
t h e c l o s e s t
r e l a t i v e
t o a n i m a l s ( r e f .
2 8 ;
S . L . B .
u n p u b l i s h e d ) .
T h e r e f o r e ,
we
e m p h a s i z e a g a i n
t h a t
p r o t e i n s u s e d
i n p h y l o g e n y r e c o n -
s t r u c t i o n
s h o u l d i n c l u d e
a b ro a d
r e p r e s e n t a t i o n
o f i n g r o u p a s
w e l l a s
o u t g r o u p l i n e a g e s ,
b o t h
t o
h e l p
a s s e s s
o r t h o l o g y a n d
t o
m i n i m i z e
r a t e
a r t i f a c t s .
We f i n d
t h a t a l l
p a r s i m o n y -
a n d
d i s t a n c e - b a s e d
a n a l y s e s
o f
f o u r
l a r g e a n d
d i v e r s e
d a t a
s e t s
s u p p o r t
a
s i s t e r - g r o u p
r e l a -
t i o n s h i p
b e t w e e n
a n i m a l s
a n d
f u n g i .
T h e
v a r y i n g
l e v e l s
o f
b o o t s t r a p
s u p p o r t
f o r a n i m a l s - f u n g i a r e c o n s i s t e n t
w i t h
t h e
t e n d e n c y
o f
b o o t s t r a p v a l u e s
t o b e
i n v e r s e l y
r e l a t e d t o t h e
s i z e a n d
c o m p l e x i t y
o f
t h e
d a t a
s e t s
a n a l y z e d ( 2 9 ) .
T h i s
i s
a p p a r e n t l y
d u e t o
t h e
i n a b i l i t y
o f t h e
b o o t s t r a p ,
a s
c u r r e n t l y
i m p l e m e n t e d
( 1 6 ) ,
t o t e s t
o t h e r
t h a n
s t r i c t l y
m o n o p h y l e t i c
g r o u p s
( 2 9 ) .
We
c h o s e
t o
c i r c u m v e n t t h i s
p r o b l e m b y d e l e t i n g
a n
e n t i r e
c l a s s
o f
s e q u e n c e s
o f l e s s
i m m e d i a t e
i n t e r e s t ,
t h e
r e l a t i v e l y - d e r i v e d p r o t i s t s , i n o r d e r
t o f u r t h e r
e x a m i n e
r e l a -
t i o n s h i p s a m o n g
o u r
p r i m a r y g r o u p o f
i n t e r e s t ,
p l a n t s /
a n i m a l s / f u n g i . T h e r e s u l t s
o f t h e s e
a n a l y s e s
s h o w t h a t a l l o u r
d a t a
s e t s
d o , i n
f a c t ,
s t r o n g l y s u p p o r t
a n i m a l s - f u n g i o v e r
e i t h e r
a l t e r n a t i v e , c o n s i s t e n t
w i t h
t h e
c o m p l e t e
l a c k
o f
b o o t -
s t r a p
s u p p o r t
f o r
t h e
l a t t e r ,
e v e n w i t h
a l l t a x a i n c l u d e d . T h i s
u s e
o f
t h e
b o o t s t r a p t o
t e s t a l t e r n a t i v e
m o n o p h y l e t i c g r o u p s
i s b o t h
a n
a p p r o p r i a t e
a n d
h i g h l y
i n f o r m a t i v e
a p p l i c a t i o n
o f
t h e m e t h o d
( J .
F e l s e n s t e i n ,
p e r s o n a l
c o m m u n i c a t i o n ) .
R e -
c e n t
f i m d i n g s
a l s o
s h o w
t h a t
u n d e r
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w i d e
r a n g e
o f
c o n d i t i o n s ,
g r o u p s
s u p p o r t e d
b y b o o t s t r a p
v a l u e s
a b o v e
70 h a v e a
>95
p r o b a b i l i t y o f
r e p r e s e n t i n g
t r u e
c l a d e s
( 3 0 ) .
D e s p i t e
t h e
p o t e n t i a l
p o w e r
o f
i n s e r t i o n s a n d
d e l e t i o n s a s
p h y l o g e n e t i c
m a r k e r s ,
o u r r e s u l t s
s u g g e s t
t h a t
t h e y
a r e
p r o b a b l y t o o r a r e t o b e
r e l i e d
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c o n s i s t e n t l y
f o r
p h y l o -
g e n y
r e c o n s t r u c t i o n .
T h e r e f o r e ,
s e q u e n c e - b a s e d
p h y l o g e -
n i e s , o f b o t h
p r o t e i n s
a n d
r R N A s ,
w i l l
n e c e s s a r i l y
c o n t i n u e
t o b e
t h e
f o c u s o f
e f f o r t s t o e l u c i d a t e
e v o l u t i o n a r y
r e l a t i o n -
s h i p s
a m o n g
e u k a r y o t e s .
H o w e v e r ,
e a c h
p h y l o g e n y
w i l l
h a v e
t o b e
i n t e r p r e t e d
w i t h
c a u t i o n ,
a s n o
s i n g l e
g e n e
o r
p r o t e i n
i s
l i k e l y
t o
r e p r o d u c e
a
c o m p l e t e l y
a c c u r a t e t r e e w i t h a l l
b r a n c h e s
s t r o n g l y s u p p o r t e d .
R a t h e r t h e
a c c u m u l a t i o n o f
c o n g r u e n t
e v i d e n c e f r o m
m u l t i p l e i n d e p e n d e n t
s o u r c e s ,
m o -
l e c u l a r
a n d ,
i n a s m u c h a s
p o s s i b l e ,
n o n m o l e c u l a r ,
w i l l b e
r e q u i r e d .
We t h a n k
S .
A l e y ,
T .
C a v a l i e r - S m i t h ,
J .
F e a g i n ,
F .
G i l l i n ,
J .
G o g a r t e n ,
D .
K a y ,
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A .
W e i n e r
f o r
G i a r d i a
DNA;
J .
P r e e r a n d
L .
P r e e r f o r
P a r a m e c i u m
DNA;
S .
B u r g g r a f
a n d K .
S t e t t e r f o r c r e n -
a r c h a e b a c t e r i a l
D N A s ;
M .
S o g i n f o r
t h e u s e
o f u n p u b l i s h e d
d a t a ; a n d
S .
Em s
f o r
t e c h n i c a l
a s s i s t a n c e .
We
a l s o t h a n k R .
H o e h , J . F e l s e n -
s t e i n , J . L o g s d o n ,
M .
S o g i n , a n d
D . S w o f f o r d f o r h e l p f u l
d i s c u s s i o n s
a n d C
D e l w i c h e ,
D .
E d g e l l , R .
H o e h , J . L o g s d o n , R .
P r i c e , M .
R a g a n ,
a n d A .
R o g e r
f o r c r i t i c a l
r e a d i n g
o f
t h e m a n u s c r i p t . T h i s
w o r k
w a s
s u p p o r t e d
b y
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A l f r e d
P .
S l o a n p o s t d o c t o r a l f e l l o w s h i p t o
S . L . B .
a n d
M . W .
G r a y
a n d
b y
g r a n t s f r o m t h e
N a t i o n a l
S c i e n c e
F o u n d a t i o n
a n d
t h e N a t i o n a l
I n s t i t u t e s
o f H e a l t h
t o
J . D . P .
1 .
W h i t t a k e r ,
R .
H .
&
M a r g u l i s ,
L .
( 1 9 7 8 )
B i o s y s t e m s 1 0 ,
3 - 1 8 .
2 .
R a v e n ,
P . N .
J o h n s o n ,
G .
B .
( 1 9 8 9 ) B i o l o g y ( T i m e s
M i r r o r /
M o s b y
C o l l e g e ,
S t .
L o u i s ) ,
2 n d E d .
3 .
C a v a l i e r - S m i t h , T .
( 1 9 8 7 )
i n
E v o l u t i o n a r y B i o l o g y
o f
t h e
F u n g i ,
e d s .
R a y n e r ,
A . D .
M . ,
B r a s i e r ,
C . M . &
M o o r e ,
D .
( C a m -
b r i d g e
U n i v .
P r e s s ,
C a m b r i d g e ) ,
p p .
3 3 9 - 3 5 3 .
4 .
H a s e g a w a , M . ,
I i d a ,
Y . ,
Y a n o , T . - a . , T a k a i w a , F . &
I w a b u c h i ,
M .
( 1 9 8 5 )
J . M o l .
E v o l .
2 2 ,
3 2 - 3 8 .
5 .
C e d e r g r e n , R . ,
G r a y ,
M .
W . ,
A b e l ,
Y .
S a n k o f f ,
D .
( 1 9 8 8 ) J .
M o l .
E v o l .
2 8 ,
9 8 - 1 1 2 .
6 .
S o g i n ,
M .
L . , G u n d e r s o n ,
J .
H . ,
E l w o o d ,
H .
J . ,
A l o n s o ,
R . A .
&
P e a t t i e ,
D .
A .
( 1 9 8 9 )
S c i e n c e 2 4 3 , 7 5 7 7
7 .
H e n d r i k s ,
L . ,
De
B a e r e , R . ,
V a n d e
P e e r ,
Y . , N e e f s , J . ,
G o r i s ,
A .
& De W a c h t e r ,
R .
( 1 9 9 1 )
J . M o l .
E v o l .
3 2 , 1 6 7 - 1 7 7 .
8 .
K r i s h n a n ,
S . ,
B a r n a b a s ,
S .
&
B a r n a b a s ,
J .
( 1 9 9 0 )
B i o s y s t e m s
2 4 , 1 3 5 - 1 4 4 .
9 .
W a i n r i g h t , P .
O . , H i n k l e , G . ,
S o g i n ,
M .
L .
&
S t i c k e l ,
S .
K .
( 1 9 9 3 ) S c i e n c e
2 6 0 ,
3 4 0 - 3 4 2 .
1 0 . H a s e g a w a ,
M . , H a s h i m o t o ,
T . ,
A d a c h i ,
J . , I w a b e , N . &
M i y a t a , T .
( 1 9 9 3 ) J .
M o l .
E v o l . 3 6 ,
3 8 0 3 8 8
1 1 .
G o u y ,
M .
L i ,
W . - H .
( 1 9 8 9 )
M o l .
B i o l . E v o l .
6 , 1 0 9 - 1 2 2 .
1 2 .
D e v e r e u x ,
J . ,
H a e b e r l i , P .
&
S m i t h i e s , 0 .
( 1 9 8 4 ) N u c l e i c A c i d s
R e s . 1 2 ,
3 8 7 - 3 9 5 .
1 3 .
S w o f f o r d ,
D .
L . ( 1 9 9 1 )
PAUP:
P h y l o g e n e t i c
A n a l y s i s
U s i n g
P a r s i m o n y , V e r s i o n 3 . O r
( I l l i n o i s N a t u r a l
H i s t o r y
S u r v e y ,
C h a m p a i g n ,
I L ) .
1 4 . D o n o g h u e ,
M .
J . ,
O l m s t e a d ,
R . G . ,
S m i t h ,
J . F .
&
P a l m e r ,
J . D .
( 1 9 9 2 ) A n n .
M i s s . B o t . G a r d . 7 9 ,
3 3 3 - 3 4 5 .
1 5 .
M a d d i s o n , D .
R . ( 1 9 9 1 ) S y s t . Z o o l .
4 0 ,
3 1 5 - 3 2 8 .
1 6 .
F e l s e n s t e i n ,
J .
( 1 9 8 5 )
E v o l u t i o n 3 9 ,
7 8 3 - 7 9 1 .
1 7 .
F e l s e n s t e i n ,
J .
( 1 9 9 1 )
P h y l o g e n y
I n f e r e n c e
P a c k a g e
[ P H Y L I P
3 . S C ]
( U n i v .
o f
W a s h i n g t o n , S e a t t l e ) .
1 8 . B a l d a u f , S . L . &
P a l m e r ,
J .
D .
( 1 9 9 0 )
N a t u r e
( L o n d o n )
3 4 4 ,
2 6 2 - 2 6 5 .
1 9 .
D a y h o f f ,
M .
O . ,
E c k ,
R .
V . &
P a r k ,
D . M .
( 1 9 7 2 )
A t l a s
o f
P r o t e i n
S e q u e n c e
a n d S t r u c t u r e
( N a t .
B i o m e d .
R e s .
F o u n d . ,
S i l v e r S p r i n g ,
M D ) .
2 0 .
V a n
D e r
S t r a e t e n , D . , R o d r i g u e s - P o u s a d a , R .
A . ,
G o o d m a n ,
H . M .
V a n
M o n t a g u e ,
M .
( 1 9 9 1 ) P l a n t C e l l
3 ,
7 1 9 - 7 3 5 .
2 1 .
S w o f f o r d , D . L .
&
O l s e n , G . J .
( 1 9 9 0 )
i n
M o l e c u l a r
S y s t e m a t -
i c s , e d s .
H i l l i s ,
D . M .
M o r i t z ,
C .
( S i n a u e r ,
S u n d e r l a n d ,
M A ) ,
p p . 4 1 1 - 5 0 1 .
2 2 .
R a f f , E .
C . ( 1 9 8 4 )
J . C e l l B i o l .
9 9 ,
1 - 1 0 .
2 3 .
G r a y ,
M . W.
( 1 9 9 2 )
I n t . R e v .
C y t o l .
1 4 1 ,
2 3 3 - 2 5 7 .
2 4 .
R a g a n ,
M . &
L e e ,
A . R .
( 1 9 9 1 )
i n
T h e
U n i t y o f E v o l u t i o n a r y
B i o l o g y ,
e d .
D u d l e y ,
E . C .
( D i o s c o r i d e s ,
P o r t l a n d ,
O R ) , V o l . 1 ,
p p .
4 3 2 - 4 4 1 .
2 5 .
J a m e s - C l a r k ,
H .
( 1 8 6 8 )
A n n .
M a g .
N a t .
H i s t o r y
1 ,
1 3 3 - 1 4 2 .
2 6 .
L e a d b e a t e r ,
B . S .
C .
( 1 9 8 3 )
J . M a r i n e B i o l .
A s s o c .
6 3 , 1 3 5 - 1 6 0 .
2 7 .
M a r t i n , G . W.
( 1 9 6 0 )
M y c o l o g i a 5 2 , 1 1 9 - 1 2 9 .
2 8 .
S m i t h ,
T .
L .
( 1 9 8 9 )
P r o c . N a t l . A c a d .
S c i .
USA
8 6 , 7 0 6 3 - 7 0 6 6 .
2 9 .
S a n d e r s o n ,
M .
J .
( 1 9 8 9 )
C l a d i s t i c s
5 ,
1 1 3 - 1 2 9 .
3 0 .
H i l l i s ,
D . M . &
B u l l ,
J .
J .
( 1 9 9 3 ) S y s t .
B i o l .
4 2 ,
1 8 2 - 1 9 2 .
3 1 .
C o f f i n s ,
O ' N . R .
( 1 9 8 7 )
i n
E v o l u t i o n a r y
B i o l o g y o f
t h e
F u n g i ,
e d s .
R a y n e r ,
A . D .
M . , B r a s i e r ,
C . M .
&
M o o r e ,
D .
( C a m -
b r i d g e
U n i v .
P r e s s ,
C a m b r i d g e ) , p p .
2 7 1 - 2 8 3 .
P r o c .
N a t l . Acad
S c i .
USA
9 0
( 1 9 9 3 )
