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BaseSpace - genomics cloud computing -
ver. 2012/Nov/21
イルミナテクニカルサポート
癸生川絵里(Eri Kibukawa)
ベーススペースの使いかた
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Course Objectives
– BaseSpaceとは
– BaseSpaceのインターフェイス
– BaseSpaceその他リソース
– 今後のBaseSpace
– 装置からの接続とデータ転送
– 実績とさまざまな使いかた
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メールアドレスを持つ人なら誰でも、解析や情報のやりとりをクラウド上で行う事ができる”環境”です。
シーケンサから出力されるデータを自動で取り込むことができます。
BaseSpace とはどんなもの?
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クラウド ・・・クラウドコンピューティング
ネットワークは雲マークで表すことが一般的に多い
(通常はインターネット)
↑ クラウド = 雲
クラウド とはどんなもの?
ネットワーク、特にインターネットをベースとしたコンピュータの利用形態。
データを自分のパソコン等のマシンではなく、インターネット上に保存する使い方、サービスのこと。
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↑ クラウドコンピューティング
クラウド とはどんなもの?
クラウド(雲)コンピューティング
– ユーザはインターネットの向こう側からサービスを受け、サービスを利用する。保有・運用管理・アップグレードは行なわず、
どのサービスをどのくらい利用するか決め、サービス料がかかる場合は支払う。
従来のコンピュータ利用
– ユーザがコンピュータのハードウェア、ソフトウェア、データなどを、
自分自身で保有・運用管理・アップグ
レード
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BaseSpaceの着想イメージ
プラットフォームは Cloudで
プラグ&プレイ
コミュニティー
セキュア スケールする
ツール類はApp ストアで
ユーザの選択肢
競争
1クリックで使用権を購入
信用/レーティング
のように。 のように。
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BaseSpace Ecosystem の概念図
Electronic Medical Record
Medical History
Drugs & Immunization
Patient Schedule
Reference Content
Lab Data
Genomic Data
Diagnostic Images
Scanned
Charts
App Space
Public Databases
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BaseSpace は‘クラウド’上に構築されたサービスです.
BaseSpace は”Amazon Web Services” をその土台のクラウド環境として使っています。
ユーザはBaseSpaceをウェブブラウザから使います。
basespace.com からログイン頂ければつかえます。
– イルミナ製品をお持ちの方も、お持ちでない方も、つかえます。
BaseSpace は現在ベータ版ですがMiSeqのデータを無料で使えるようにしています
(ユーザ数 3000以上、2012年10月現在。)
What is BaseSpace?
いくつか項目をあげてみます
cf. http://aws.amazon.com/security
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BaseSpace インターフェイス
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BaseSpace basespace.illumina.com ログイン
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BaseSpace Dashboard – ダッシュボート(top page)
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“Runs”
~ シーケンシングランのエリア ~
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Runs エリア top
Next
自分がownerのRunと、他者からシェアされたRunのリスト表示
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Runs > Overview
Overview >
↓ Run エリアが選択されている
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データダウンロード
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Runs > Samples
Samples >
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SAV (Sequence Analysis Viewer)機能 (Runs >Charts)
Charts >
リアルタイムで、シーケンシング中のメトリクスモニタリングが可能(終了後の使用も可能)
それぞれのチャートを拡大利用可能
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Runs > RunSummary
RunSummary >
SAV のサマリ タブ 相当
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Runs > Indexing QC
SAV のインデクス タブ 相当
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Runs > Sample Sheet
サンプルシート情報の確認
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Runs > Files
イルミナランフォルダのディレクトリ構成とデータ確認が可能
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Runs > Files 個別のファイルの閲覧、ダウンロードも可能
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シェアリング/ データ共有/ invite 機能
2通りのシェア方法
( * Runs > Overview編)
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2通りのシェア(招待)機能
1) メールアドレスによるシェア 2) 一意のリンクアドレスによるシェア
Emailアドレスを入力
メッセージも送りたい場合は一つ下のフィールドに入力
Invite ボタンを押す
▲▼で、Read Only, Writeなど権限を選択可能
リンクの場合は、GetLInkを押すことにより
一意のリンクが生成される
(ブルーの背景のURL)
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シェア(招待)機能
招待メールが出されます
招待された方がAccept
を押すとシェア完了
Acceptが了承されたことがownerにメール通知される
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シェアの取り消し、および一意のURLの削除
メールアドレスによる非シェア 一意のリンクアドレスを抹消
Xを押す>Save Settingsで確定
リンクの場合は、Deactivateを押すことにより
一意のリンクが抹消されます。
その後再びGet Linkを押すことで新しいURLを
もう一度生成することも可能です。
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“Projects”
~ Project ベースのエリア ~
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Runs
Q30やSAVの機能、ランのログ、バイナリのベースコールファイル等、シーケンシングラン、ランクオリティーに関するメトリクスやデータを利用・チェックしたい場合に便利なエリア。
Projects
FASTQ自動生成以降の、二次解析の実行や解析時のログ、解析結果を利用・チェックしたい場合に利用するエリア。
2つのエリア、 Runs と Projects
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BaseSpaceにアップロードされたランデータは、ユーザ作成のサンプルシートに基づき、自動でデマルチプレックスされ、プロジェクト名毎のグループとしてまとめられます。
Runs から見えるデータと、Projectsから見えるデータは、それぞれに対しパーミッション(権限)が設定でき、シェアしたいコラボレータがいる場合、Ownerは権限をそれぞれ別個に与え、制御することができます。
例)
ランデータだけが見える人
ランデータだけが見え/書き込める人
解析結果だけが見える人
解析結果だけが見え/書き込める人
Ownerには全権限があります。
(Ownerを後から他の人に譲る(変更)することが可能になる予定です。)
2つのスコープ Runs と Projects
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Project エリア top
Next
自分がownerのProjectと、他者からシェアされたProjectのリスト表示
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Project エリア > Overview 例1
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Project エリア > Overview 例2
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Projectエリア top から Appボタンで後続解析を実行
選択可能なAppが表示され、実行すること
が可能です。
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Project エリア> AppSessions
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Project エリア>App session > overview
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Projectエリア > App Session > App results > Samples
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Projectエリア>App Session > App results > Files
各Appにて出力される実行結果 (レポート, 変異リスト, アノテーション,
メタデータ等)は 、全てProjectsエリアの App Resultsとしてアクセス可能となります.
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Projectエリア > App Session > App Results > overview
ここにNote内容が反映される
Project Note機能
プロジェクトについてのNoteやメモを記入
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BaseSpace その他リソース
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Contact Supportからのメールで開発チームに直接メールが届けられます。
Give feedbackから、新機能のご要望等を投稿し、また他の人の投稿に一票を投じることができます。
Feedback とサポート
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その他リソース
Help FAQ ! Terms Settings Blog
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BaseSpaceブログ blog.basespace.illumina.com
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API details, reference & sandbox
Guide to creating an App
Tutorials
Videos
SDKs in Java/Python/.NET
Open Source Samples
Community group
feedback
開発者向けポータルサイト developer.basespace.illumina.com
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今後のBaseSpace
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MiSeq Reporterに実装されている解析ワークフローは勿論 BaseSpaceでも可能です。随時最新のワークフローを提供します。
HiSeq 1500/2500からも接続できるようになります。
(データを圧縮してアップロードします. 現在Early Accessフェーズ)。
HiSeq対応のAppをリリース予定です。
– iSAAC+GATK free integrated workflow
現在、Project エリアからベータAppをいくつか実行可能です(順次追加予定)
2012年いっぱいは他社製の有料Appもお試し無料です。
BaseSpaceはログインしますと、デフォルトで2つのランフォルダがデモとしてありますので、こちらでAppをお試し可能です。
Appsが1月に公開
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BaseSpace Appsの拡充、レーティングの実装
* ベータ版からはまだ見えません
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Coming Soon: SaaSとしてのApps (Software as a service)
エリアからAppを選びます。
サンプルを選択し解析をスタート
Appsはベンダーにより有料(価格)/無料が提示され、
有料の場合はサンプル処理毎に課金される予定
* ベータ版からはまだ見えません
課金Appと無料Appの両方を提供できるように
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様々なアプリケーション分野の主要ベンダーの参加
最もよく使われているアカデミックツール類の提供 – BWA+GATK
– Tophat+Cufflinks
– Broad IGV
さらなるソフトをBaseSpaceに実装テスト中
ファーストApp パートナー
Strand Life Sciences
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* ベータ版からはまだ見えません(開発中)
ストレージ
登録時、1TByte無料で使用可能な状態
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http://blog.basespace.illumina.com/?s=pricing
* USモデル(予定)
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それでは、さっそく使ってみましょう
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BaseSpace basespace.illumina.com ログイン
MyIllumina(iCom)
アカウントをお持ちの方はそのまま
新規ユーザ登録(Sign up)
メールアドレスと
名前が必要
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はじめてのログイン後
サンプルとしてあらかじめ
2ランほどのデータが共有されておりますので、こちらで遊んでみて下さい。
装置をお持ちの方は、次頁へ
https://basespace.illumina.com/s/flRIEtUDLckW
https://basespace.illumina.com/s/10LqnNZbDBCN
https://basespace.illumina.com/s/CWDKXszRUpUV
https://basespace.illumina.com/s/5aw1nmzLnkhz
https://basespace.illumina.com/s/SM88Z6ZpbRNG
https://basespace.illumina.com/s/5w75fU56uHNq
https://basespace.illumina.com/s/r5t3HYfD1F3r
https://basespace.illumina.com/s/8fPIHc
https://basespace.illumina.com/s/KsxdfW
http://t.co/KL4UPElv
https://basespace.illumina.com/s/yKhueteNhcsq
https://basespace.illumina.com/s/yzs86yjoAMGd
その他 publicになっているイルミナ提供データ (BaseSpaceのシェア機能によるURL);
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シーケンス開始時に、BaseSpace連携機能を選択
1
2
*MiSeqの例
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“コントロールPC(local PC)でもデータ解析を複製”にチェックを入れる(推奨)ことでバックアップにもなり運用がロバストに
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BaseSpaceへのデータ転送が可能になっている状態
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データの流れ、どこからBaseSpace ?
Analyze image
basecalling
various analysis and re-analysis
Report/visualization
Image capture
convert basecalled files into FASTQ
ここからBaseSpace上
MCSやHCS
/RTA ソフトウェア
ここで装置からBaseSpaceに
1サイクル進み次第、逐次データをアップロード
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MiSeqからのBaseSpace 利用数の推移
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利用の仕方はさまざまです。
2セットのデータを
物理的に別々の場所に保有 ローカルデータ
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利用の仕方はさまざまです。
Wet Lab
Informatics Lab
居室からシーケンシングの進捗をリアルタイム
モニタリング
シーケンス終了後すぐ、ドライの実験が始められます。
解析結果を閲覧しディスカッション
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利用の仕方はさまざまです。
シーケンシングコアラボ
依頼元 A
Run毎やProject毎にシーケンシング結果を分配。
依頼元が素早く結果を確認することができる。
依頼元 B
依頼元 C
Project A
Project C
Project B
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利用の仕方はさまざまです。
各段階のサーベイで必要なファイルやチャートを統合的にすぐ確認できるので、素早く診断・対応
このQualityの原因は
どこにあるのか…?
テクニカルサポート
これは~という理由に起因するものですので次のステップは~が
すぐにできます
このランのQ30が〇〇と思います。
ランは以下の通り;
https://basespace.illumina.com/s/8fPIHc
Invite!
ラン中やラン後にメトリクスの異変に気付いたときなど
* 問題が解決した後はシェアを解除可能
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ようこそ BaseSpace Ecosystem へ。
みなさまのご参加をお待ちしております。
Thank You!
Electronic Medical Record
Medical History
Drugs & Immunizatio
n
Patient Schedule
Reference Content
Lab Data
Genomic Data
Diagnostic Images
Scanned
Charts
App Space
Public Databases