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Rev 3.0 CFX オプティカルモジュール搭載システム MiniOpticon リアルタイム PCR システム CFX Manager クイックガイド
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CFX オプティカルモジュール搭載システム
MiniOpticon リアルタイム PCR システム
CFX Manager クイックガイド
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本ガイドは以下の項目について簡易的に説明しています。詳細は操作方法については、取扱説
明書をご参照ください。
・ システム準備
・ Run 実行
・ データ解析
・ 遺伝子発現解析
・ Custom Data View
・ User Preferences
・ シャットダウン
Run 実行編で Plate 設定を説明していますが、Run 終了後にもデータファイルの Plate 設定を変更
することが可能です。
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システム準備
CFX オプティカルモジュール搭載システムの起動 起動する前に本体と PC が USB ケーブルで確実に接続されていることを確認します。装置本体背面の電源スイッチを押して、起動します。
MiniOpticon システムの起動 起動する前に本体と PC が USB ケーブルで確実に接続されていることとリッドが閉じていることを確認して、装置本体背面の電源スイッチを押して、起動します。
コントロール用 PC の起動 PC の電源スイッチを押して、起動します。
ソフトウェア起動
デスクトップにあるショートカットアイコンをダブルクリックします。
起動したソフトウェア画面の左側に接続されている装置のアイコンが表示されるのを確認します。
下記の Startup Wizard ウインドウが開いていない場合には、Startup Wizard ボタンを
クリックします。
デフォルトでは Startup Wizard ウインドウが表示されます。新しく実験を始める場合には、(1) Run setup を選択して、(2) Run を実行したい機種名を選択して、(3)User-defined をクリックします。 Run Setup ウインドウが開きます。
注意: Select run type 中の PrimePCR ボタンは国内で
は現在未対応の機能です。
電源スイッチ
1 2
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電源スイッチ
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Run 実行
SYBR Green（もしくは EvaGreen）系で Run したい場合を例に設定方法をご説明いたします。
Protocol（プリセットプロトコールを編集）
↓
Plate（プリセットプレート設定を選択）
↓
Start Run（Run 開始）
Run Setup ウインドウ
(1)Protocol タブ→(2)Plate タブ→(3)Start Run タブと進めていくことで、Run ができます。
操作フロー
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Protocol（プリセットプロトコールを編集）
Run Setup ウインドウの Protocol タブ
(1) 一般的に PCR プロトコールがすでにプリセットされていますので、Express Load から行いたい
PCR 条件に近いプロトコールを選択します。
(2) 選択したプロトコールを修正するには Edit Selected…ボタンを押して、編集画面 Protocol Editor を呼び出します。
新しくプロトコー
ルを作成
過去に作成した
プロトコールを呼
出
(1)
プリセットのプロト
コールを選択
(2)
呼び出したプロトコ
ールを編集
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Protocol 編集
Protocol Editor ウインドウ
(3) Sample Volume に 1 ウェルあたりの容量を入力。
(4) 変更したいステップをクリックして選択。温度、時間をダブル
クリックして、値を変更。下部分のテキスト部でも可。
(5) PCR のサイクルを作るための GOTO ステップをクリックして
選択。下部分のテキスト部でも可。
(6) GOTO ステップ（サイクルを作るステップ）は、どこのステップ
まで戻って、何回繰り返すか（行いたいサイクル数-1）を入力。
緑 カ メ ラ の ア イ コ ン は
Plate Read ステップを示
し、ここでデータを取得 赤 カ メ ラ の ア イ コ ン は
Melt Curve ステップを
示す
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ボタンの説明
便利な機能～温度グラジェント機能～
温度グラジェントの設定方法を示します。Step Options もしくは Insert Gradient にて温度グラジェン
トの設定を行います。最低温度と最高温度を入力すると、各行での温度が自動的に割り振られま
す。
ステップの追加
グラジェントステップの追加。詳細は以下参照。
GOTO ステップの追加
Melt Curve ステップの追加
ステップへの Plate Read の追加
すでに Plate Read が付加されているステップの場合、Remove
Plate Read の表示に変わり、Plate Read をはずすことが可能
ステップのオプション（Gradient、Ramp Rate などを変更可能）
ステップの削除
最低温度と最高温度
時間を入力
CFX96 例 CFX384 例
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Protocol 編集完了
(7) Protocol の編集が終わったら、
Protocol Editor 右下の OK ボタン
をクリック。もし編集を保存しない
場合は Cancel ボタンをクリック。
“Do you want to save the
changes to ….”という表示が出る
ので、Yes を選択し、ファイル名を
つけて保存します。
(8) Run Setup ウインドウに戻る
ので、次の Plate に進めるために、
右下の Next ボタンをクリック
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Plate（プリセットプレート設定を選択）
Run Setup ウインドウの Plate タブ
すでにいくつかのプレート設定がプリセットされていますので、すべてのウェルを測定する場合に
は Express Load から該当するプリセットプレート設定を選択します。
(1)プレートの設定を編集するには、プリセットもしくは既存のファイルを呼び出した後、Edit
Selected…ボタンを押すか、もしくは新規でプレート設定を行う場合には、Create New…ボタンを
押して、編集画面 Plate Editor を表示させます。
プリセットのプレ
ート設定を選択
選択したプレート
設定を編集
新しくプレート設
定を作成
過去に作成した
プレート設定を
呼出
使用するプレート（チューブ）と Plate Type の
表 示 で 色 に 違 い が あ る 場 合 に は 、 Plate
Editor のメニュー
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Plate Type の変更
(2) Plate Editor
ウインドウのメ
ニ ュ ー か ら
Settings をクリ
ック
(3) Settings から Plate Type を選び、実際に
使用するプレート（チューブ）と同じ色（White
か Clear）を選択
注意: CFX384 オプティカルモジュールおよび
MiniOpticon は White のみ使用可能
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現在選択されているプレート（チューブ）の色
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スキャンモード/蛍光色素の設定
(4) スキャンモードから SYBR Green または FAM の
みを使用する場合は SYBR/FAM only を、他の蛍光
色 素 を 使 用 す る 場 合 は All Channels を 選 択 。
（MiniOpticon は All Channels のみ） 注意: スキャンモードは測定後変更できません。
(5) 使 用 す る 蛍 光 色 素 を 選 択 す る た め に 、 Select
Fluorophores ボタンをクリック。
(6) 使用する蛍光色
素にチェックを入れ
る。
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（例: CFX96 での All Channels 設定の場合）
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サンプルタイプ/ターゲット名を設定する
(7) 設定したいウェルをドラッグ（１ウェルならクリック）。
(8) Sample Type からサンプルの種類を選択。
未知サンプル = Unknown
スタンダード = Standard
テンプレート無しコントロール = NTC RT 逆転写無しコントロール = NRT
(9) 測定する蛍光色素をチェック。Target Name に遺伝子名
（プライマーセット名）を入力。入力を確定するには Enter キ
ーを押してください。一度入力した Target Name はポップアッ
プメニューから選ぶことも可能。
サンプル名を入力する
(10) ウェルを選択した上で、
Sample Name にサンプル名
称を入力。入力を確定するに
は Enter キーを押してください。
一度入力した Sample Name
はポップアップメニューから選
ぶことも可能。
プレート設定例
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リプリケートを設定する
(11) ドラッグして、ウェルを選択。
(12) Replicate Series をクリック。
(13) リプリケートの設定を行って、Apply ボタンをクリック。
プレート設定例
（リプリケート設定済み）
リプリケートの方向を設定
リプリケートの開始番号入力
リプリケートの数入力
(トリプリケートなら 3 を入力)
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スタンダードの値を入力する
(14) ドラッグして、ウェルを選択。
(15) Dilution Series をクリック。
(16) スタンダードの設定を行って、Apply をクリック。
例: Standard 1 の濃度は 1.00E+06 = 1x106（1,000,000）で、
Standard 1→ Standard 3 に向かって 10 倍ずつ希釈されていく設定
(17) スタンダードの単位（Units）の変更はメニューの Settings
> Units から該当する単位を選択。
希釈倍率を入力
希釈系列の最初と最後のリプリケート番号を入力
希釈系列の最初の濃度を入力
希釈系列で増加 or 減少の設定
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蛍光色素ごとに設定する場合はここで選択
（１波長測定では表示されない）
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プレート設定例
（スタンダード設定済）
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Plate 編集完了
(18) Plate の編集が終わった
ら、Plate Editor 右下の OK ボ
タンをクリック。もし編集を保
存しない場合は Cancel ボタン
をクリック。
“Do you want to save the
changes to ….”という表示が
出るので、Yes を選択および
ファイル名をつけて保存しま
す。
(19) Run Setup ウインドウに戻
るので、次の Start Runに進め
るために、右下の Next ボタン
をクリック
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Start Run（Run 開始）
Run 可能な装置の情報がリスト表示されるので、Run を
実行した装置にチェックをつける。
1 台のみの場合あらかじめチェックがついているので、
ついていることを確認。
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リッドを開く（CFX オプティカルモジュール搭載システム）
(2) Open Lid ボタンをクリックする
ことで、本体のリッドを開く。
プレート（チューブ）のセット（CFX オプティカルモジュール搭載システム）
CFX96 の場合、プレート
もしくは 8 連チューブをブ
ロックにセットします。
8 連チューブは左図のよ
うに左右均等に配置しま
す。
CFX384 の場合、プレートをセットします。
リッドを閉じる（CFX オプティカルモジュール搭載システム）
(3) Close Lid ボタンをクリックす
ることで、本体のリッドを閉じる。
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リッドを開く（MiniOpticon）
(2’) 緑のハンドルを確実に最後までひねり、サーマルサイクラー部に手を添え、本体のリッドを水
平に開く。この際、緑のハンドルを持たないように注意してください。
プレート（チューブ）のセット（MiniOpticon）
プレートもしくは 8 連チューブをブロックにセットしま
す。
8 連チューブは左図のように左右均等に配置します。
リッドを閉じる（MiniOpticon）
(3’)サーマルサイクラー部に手を添え、本体のリッドを水平に動かして最後まで確実に閉じる。緑
のハンドルをゆっくり回してロックする。
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Start Run
(4) Start Run ボタンをクリック。
データファイルの保存する場所を聞いてくるので、データファイル名を入力して保存します。
Run 中は Status 画面が表示されます。
Status ウインドウ
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Run Status: 実行中のプロトコール情報を確認でき
る。
Add Repeats: リピート数を追加するこができる。最
大 100 リピートまで。（MiniOpticon では機能しませ
ん）
Skip Step: 強制的に次のステップへ進めることがで
きる。GOTO ループ内の場合、ループから抜け出す
ことができる。
Stop: 強制終了。
Pause: 実行中のステップで一時停止
Real-time Status: 実行中の蛍光データをリアル
タイムに確認できる。
Plate Setup: プレート編集用のメニュー
が表示される。View/Edit Plate=プレート
編集ができる。Replace Plate File=プレー
ト設定を別のPlateファイルに変更ができ
る。Add PrimePCR File=国内では現在見
対応。
Time Status: 実行中の Run の残り時間を表示。
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データ解析
プロトコールが終了すると、自動的に解析画面が表示されます。過去のデータファイルを開いて解
析を行う場合は、メニューの Open > Data File…にてデータファイルを指定します。
Data Analysis 画面メニュー
Data Analysis 画面のあらゆるグラフやデータはコピーやエクスポートすることが可能です。右クリ
ックして表示されるメニューから該当メニューを選択します。
エクセルのエクスポートでは Excel 2007 形式、2003 形式を
選んで保存してください。
File: データファイルの保存やリピートランが可能。
View: ラ ン ログ確認やタブのカスタマイズが可能。
Settings: 解 析のモードや増幅曲 線 の 色 の 変更が可能。
Export: 数 値データの出力が可能。
Tools: レポートの出力が可能。
Manage Well Group: Well Group Managerを開く。
Well Group: 作成したWell Group を切り替える。
Analysis Mode: Fluorophore またはTarget を選択。 複数の蛍光色素を測定した場合には Fluorophore を選択。 SYBR Green のように１波長測定で複数のターゲットがある場合にはTarget を選択。Target を選択することで、Target 別に Threshold line や検量線が設定される。
Plate Setup: プレート編集用のメニューが表示される。View/Edit Plate=プレート 編 集 が で き る 。 Replace Plate File=プレート設定を別の Plate ファイルに変更がで き る 。 Add PrimePCR File=国内では現在未対応。
グラフまたはデータシート上で右クリック
データシート上での右クリックでの表示例
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Quantification タブ
増幅曲線、検量線のデータを確認できます。
蛍光増幅曲線グラフ
Threshold Line はオートで設定されていますので、特に変更する必要はありません。
ただし変更することも可能です。直接 Threshold Line をドラッグするか、右クリックして表示される
Baseline Threshold を選んで、Threshold の値を直接入力して指定する方法の二通りです。
グラフ上でドラッグした領域を拡大表示することも可能です。
検量線グラフ
データシート ウェルセレクタ
増幅曲線グラフ
いずれかのデータにカーソルを合わせると全ての情報がハイライトされる
Threshold Line
元のスケールに戻すには右クリックメニューの Set Scale to Default を選択
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ウェルセレクタ
クリックされたウェルの蛍光曲線やデータが表示されます。
（注: 非選択のウェルは解析から除外されているわけではありません。）
ウェルセレクタ上で右クリックして表示される、Well Labels では Sample Type 別、Target Name 別、
Sample Name 別で表記を変更することが可能です。
ウェルの除外方法
除外したい増幅曲線上も
しくはウェルで右クリック
し た 後 に 、 表 示 さ れ る
Exclude from Analysis を
選択することで、ウェルを
解析から除外することが
できます。
除外されたウェルはウェ
ルセレクタでは濃グレー
で表示されます。
除外ウェルを復帰させるには、右クリックメニューから Include in Analysis を選択します。
選択…データ表示
非選択…データ非表示
除外ウェル
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検量線
データシート
Cq 値、ウェル番号等の簡単な情報が表示されます。
チャートオプション
チャート上で右クリックすると、チャートの軸やグリッドの変更ができる Chart Options を選択することができます。
Trace Style
チャート上で右クリックすると、各ウェル、各サンプルタイプ別で増幅曲線の色を変更することがで
きる Trace Style を選択することができます。
R^2: 相関係数
×…サンプル
○…スタンダード
E: 増幅効率
データシート上で右クリック
↓
Export to Excel
↓
データを Excel 形式で出力
Trace Style ウインドウ
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Well Group の設定（オプション）
違う実験系を同じプレート上で行う場合、Well Group を設定することで別々に解析することができ
ます。
(a) Well Group ボタンをクリックして、Well Group Manager ウインドウを開く。
(b) Add をクリック。 (c) 1 グループに設定したいウェルをドラッグして、選択。 (d) グループ名を入力。他のグループを作成する場合は、続けて(b)～(d)を繰り返す。 (e) 設定終了したら、OK をクリック。
(f) 各 Well Group でのデータの切り替えは Well Group と表示されている横のポップアップメニューから Well Group 名を選択。
a
b
c
d
e
f
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Analysis Mode の変更
SYBR Green のように 1 波長での測定データでは、デフォルト（Analysis Mode: Fluorophore）の場合、
複数の Target の検量線が一つに合わさっていますので、それを別々の検量線に変更する必要が
あります。その場合 Target ごとに Well Group を作成し、それぞれの Well Group ごとに選択しなお
して、検量線を確認することも可能ですが、Analysis Mode を Target に変更することで、一度に各
Targetの検量線を確認することができます。もちろん Unknownサンプルの濃度も各Targetの検量
線を元に算出されます。
注意： View/Edit Plate にて Target Name を入力しておく必要があります。
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Quantification Data タブ
（CFX Manager v2.0 以降、Threshold Cycle = Ct という表記から、Quantification Cycle = Cq という表記に変更され
ております。表記変更のみで算出方法は変更されていません）
Quantification Cycle
Cq 値
Ct Mean
Ct 平均値
Starting Quantity
初期量
SQ Mean
初期量平均値
データシート上で右クリック
↓
Export to Excel
↓
データを Excel 形式で出力
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Melting Curve タブ
Melt Curve の Melt Peak グラフで各ウェルがシングルピークであることを確認します。
Melt Curve Data タブでは Melt Curve の Tm 値などの数値データが確認でき、Quantification Data
タブ同様 Export も可能です。
Melt Peak グラフ Melt Curve 元グラフ
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レポートの作成
どのタブでもデータをまとめて表示するレポートを作成することができます。
(1) Tools メニューから Report を選択。
Report ウインドウ
(2) 表示させた
い情報にチェッ
ク。
(3) Update
Report で情報
を更新。
(4) Save → PDF ファイルとして保存。
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2
3
4
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遺伝子発現解析
Gene Expression タブの機能を利用することで、サンプル間のターゲット遺伝子の相対値を棒グラ
フ化させることが可能です。
遺伝子発現解析を行うには、Plate 設定で、比較したいサンプルには必ず Target Name と Sample
Name を入力しておく必要があります。最低でも Target Name で２種類、Sample Name で２種類の
設定が必要です。Target Name のうち、ひとつはリファレンス遺伝子となります。
Plate 設定例
Gene Expression タブ（Experimental Settings）
(1) Plate 設定が終了したら、Gene Expression タブへ移動。下記のような表示がされて「1. Define
Target and Sample names using」がオレンジ色だった場合には、再度 Plate 設定が必要です。
(2) Experimental Settings ボタンを押して、リファレンス遺伝子とコントロールの指定を行う。
Target Name
Sample Name
2
1
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リファレンス遺伝子の指定
(3) Targets タブを選択。
(4) リファレンス遺伝子
と し た い 遺 伝 子 の
Reference チェックボッ
クスをクリック。
(5) 各遺伝子の増幅効
率で 100%以外を用いる
た め に は Show
Analysis Settings チェッ
クボックスをチェック（通
常はチェックがついている）。
(6) Auto Efficiency チェックボックスはデフォルトでチェックされている。もし同じ実験プレート上で検
量線が設定されていれば、検量線から導かれた増幅効率が自動的に適用される。または各遺伝
子であらかじめ分かっている増幅効率を入力することも可能。
コントロールサンプルの指定
(7) Sample タブを選択。
(8) コントロールとしたい
サンプルの Control チェ
ックボックスをクリック。
コントロールサンプルの
すべての遺伝子は1とし
て表示され、各サンプル
の遺伝子はコントロール
を元とした相対値が表
示される。
(9) グラフ表示させたくないサンプルがあれば、Show Chart のチェックをはずす。
(10) 設定が終了したら、OK ボタンをクリック。
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6
7
8
9
10
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Gene Expression タブ（解析モードのオプション）
(a) Mode: ドロップダウンメニューから解析モードを選択。
Normalized Expression ΔΔCq: リファレンス遺伝子の量比を
用いて補正を行った後のターゲット遺伝子の相対値
Relative Expression ΔCq: リファレンス遺伝子による補正しな
い各遺伝子の相対値
(b) Graph Data: ドロップダウンメニューから選択して、グラフ
の表示の基準を 1（control）とするか、0 とするかを選択。Log
スケールの場合は、Graph Data オプションは非表示。
(c) Control Sample: コントロールとするサンプルを変更するこ
とができる。
(d) Show Chart Settings: チェックをつけると、X-Axis、Y-Axis、Scaling、Error Type、Chart Error
Bar Multiplier の設定ができる。
・ グラフ上で右クリックして Sort を選択すると、X 軸の表示順序を変更できます。
・ グラフ上で右クリックすると、グラフを図としてコピーまたは保存することが可能です。
Gene Expression タブ（スプレッドシート）
スプレッドシートに遺伝子発現解析の結果が表示されます。
・ カラムのヘッダをクリックすると、カラムの値に基づいてソートされます。
・ スプレッドシート上で右クリックすると、Excel 形式もしくは他の形式でデータをエクスポートするこ
とができます。
グラフ表示の左側のボタンでグラフの種類を変更することができます。
Bar Chart:サンプル間の発現量の比較を棒グラフ形式で表示
Clustergram: 各サンプル間、遺伝子間での近似性を表示
Scatter Plot: ２つのサンプル間で発現量のアップおよびダウンレギュレーションを表示
Volcano Plot: ２つのサンプル間で発現量差と有意差（p-value）の相関を表示
Heat Map: ２つのサンプル間で発現量差をプレート形式で表示
Results: 各数値データを表示
a
b
c
d
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Custom Data View Custom Data View はさまざまなデータを一覧するために使用します。
データ一覧の表示状態を保存す
るには Save as Preset をクリック
プリセットのデータ一覧の表示状
態を変更するにはここから選択
デー タ一 覧を 表示 させるに は
Custom Data View をクリック
一覧表示の行数、列数を増減
（最大 3）することが可能
各データの上部のポップアップメニ
ューから表示させたいデータを選択
一覧のプリセットの削除、名称変更
するには Manage Preset をクリック
一覧のプリセットを削除
一覧のプリセットの名称変更
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User Preferences
デフォルトで設定、表示されるパラメータを変更することができます。メインウインドウの User メニューから User Preferences を選択して、User Preferences ウインドウを呼び出し、各設定タブを開いてデフォルト設定を変更します。
シャットダウン システムのシャットダウンは、Run が完全に終了していることを確認した後に、まず CFX Managerを終了（メインウインドウのメニュー File > Exit） します。ソフトウェアを終了した後に、CFX オプティカルモジュール搭載システム、MiniOpticon のそれぞれ後方にある電源スイッチを切ります。
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