HIV Sequence Compendium 2013D67N Pol 222 330 K70R Pol 225 330 D110 catalytic site Pol 265 330...

HIV

-1Pr

otei

ns

V

HIV-1/SIVcpz Proteins

ContentsV-1 Introduction . . . . . . . . . . . . 311V-2 Annotated features . . . . . . . . . 312V-3 Sequences . . . . . . . . . . . . . 314V-4 Alignments . . . . . . . . . . . . . 320

V-4.1 Gag . . . . . . . . . . . . . . 320V-4.2 Pol . . . . . . . . . . . . . . 328V-4.3 Vif . . . . . . . . . . . . . . 342V-4.4 Vpr . . . . . . . . . . . . . . 346V-4.5 Tat . . . . . . . . . . . . . . 348V-4.6 Rev . . . . . . . . . . . . . . 350V-4.7 Vpu . . . . . . . . . . . . . . 352V-4.8 Env . . . . . . . . . . . . . . 354V-4.9 Nef . . . . . . . . . . . . . . 368

V-1 Introduction

The HIV-1/SIVcpz protein alignments are based on the com-plete genome nucleotide alignment, but in some cases a few se-quences were removed because they were too short to be infor-mative (especially in Nef), had many stop codons or a strangesegment of amino acids. As with the other alignments in thiscompendium, they are intended to display the genetic variationof the world-wide HIV epidemic in a compact form. They areannotated in more detail than the complete genome nucleotidealignment.

HIV Sequence Compendium 2013 311

HIV

-1Proteins

HIV-1/SIVcpz Proteins Annotated features

V-2 Annotated features

Features of HIV-1 annotated in the alignment that follows.

Feature Protein Location Page

Gag start, p17 start Gag 1 320membrane binding Gag 1-30 320phosphorylation site Gag 112 320p17 end Gag 132 320p24 start Gag 133 322CyPA binding Gag 205-241 322major homology region Gag 285-304 322p24 end Gag 364 324p2 start Gag 365 324p2 end Gag 377 324p7 start Gag 378 324Zn motif Gag 392-404 324Zn motif Gag 413-425 324p7 end Gag 432 324p1 start Gag 433 324p1 end Gag 448 326p6 start Gag 449 326Vpr binding Gag 455-460 326Vpr binding Gag 489-494 326p6 end, Gag end Gag 501 326Pol start Pol 1 328Gag-Pol TF start Pol 1 328Gag-Pol TF end Pol 56 328protease start Pol 57 328protease end Pol 155 330p66, p51 RT start Pol 156 330M41L Pol 196 330D67N Pol 222 330K70R Pol 225 330D110 catalytic site Pol 265 330polymerase motif Pol 337-342 332T215Y Pol 370 332K219Q Pol 374 332p51 RT end Pol 595 334p15 RNase H start Pol 596 334p66 RT, p15 Rnase H end Pol 715 336p31 Integrase start Pol 716 336p31 Integrase end Pol 1004 340Pol end Pol 1004 340Vif start Vif 1 342Vif end Vif 193 344Vpr start Vpr 1 346oligomerization Vpr 1-41 346amphipathic α-helix Vpr 17-33 346H(S/N)RIG motifs Vpr 71-83 346frameshift in HXB2 Vpr 72 346Vpr end in HXB2 Vpr 79 346Vpr end Vpr 98 346

312 HIV Sequence Compendium 2013

Annotated features HIV-1/SIVcpz Proteins

HIV

-1Pr

otei

ns


Tat start Tat 1 348C-rich region Tat 22-37 348nuclear localization Tat 49-57 348exon 1 end Tat 72 348exon 2 start Tat 73 348Tat end Tat 102 348Rev start Rev 1 350exon 1 end Rev 25 350exon 2 start Rev 26 350NLS Rev 34-49 350Leu-rich effector domain Rev 75-83 350Rev end Rev 117 350Vpu start Vpu 1 352transmembrane domain Vpu 1-27 352cytoplasmic domain Vpu 28-82 352α-helix Vpu 43-51 352phos Vpu 53 352phos Vpu 57 352α-helix Vpu 58-70 352Vpu end Vpu 83 352Env start Env 1 354signal peptide end Env 30 354gp120 start Env 31 354glycosylation NVT Env 88-90 354CD4 binding Env 124 354V1 Env 131-156 354glycosylation NDT Env 136-138 354glycosylation NSS Env 141-143 356glycosylation NCS Env 156-158 356V2 Env 158-196 356glycosylation NIS Env 160-162 356glycosylation NDT Env 186-188 356glycosylation NTS Env 197-199 356CD4 binding Env 196 356glycosylation NKT Env 230-232 356glycosylation NGT Env 234-236 356glycosylation NVS Env 241-243 356glycosylation NGS Env 262-264 356glycosylation NFT Env 276-278 358CD4 binding Env 279 358glycosylation NTS Env 289-291 358glycosylation NCT Env 295-297 358V3 Env 296-331 358glycosylation NNT Env 301-303 358V3 tip Env 312-315 358glycosylation NNT Env 339-341 358glycosylation NKT Env 356-358 358CD4 binding Env 365 358V4 Env 385-418 358glycosylation NST Env 386-388 358glycosylation NST Env 392-394 358glycosylation NST Env 397-399 358glycosylation NNT Env 406-408 360


HIV

-1Proteins

HIV-1/SIVcpz Proteins Sequences


CD4 binding Env 425 360glycosylation NIT Env 448-450 360CD4 binding Env 455 360V5 Env 460-471 360glycosylation NES Env 463-465 360CD4 binding Env 469 360fusion peptide Env 512-527 360gp120 end Env 511 360gp41 start Env 512 360immunodominant region Env 588-607 362glycosylation NAS Env 611-613 362glycosylation NKS Env 616-618 362glycosylation NHT Env 624-626 362glycosylation NYT Env 637-639 362transmembrane domain Env 685-704 364gp41 cytoplasmic tail start Env 705 364glycosylation NGS Env 750-752 364glycosylation NAT Env 816-818 364cytoplasmic tail end Env 857 366gp41 end Env 857 366Env end Env 857 366Nef start Nef 1 368myristoylation Nef 2-7 368acidic cluster Nef 62-65 368poly-P helix Nef 69-78 368phosphorylation Nef 77-81 368HXB2 premature Nef end Nef 124 368normal Nef end Nef 207 370

V-3 Sequences

Sequences included in the HIV-1 protein alignments.

Name Accession Proteins Author Reference

B.FR.83.HXB2 K03455 All Wong-Staal, F. Nature 313(6000):277-284 (1985)A1.AU.03.PS1044_Day0 DQ676872 All Li, B. J Virol 81(1):193-201 (2007)A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 JQ403028 All Henn, M.R. PLoS Pathog 8(3):E1002529

(2012)A1.ES.06.X2110 FJ670523 All Cuevas, M.T. ARHR 26(9); 1019-25 (2010)A1.IT.02.60000 EU861977 All Riva, C. ARHR 24(10); 1319-25 (2008)A1.KE.06.06KECst_001 FJ623487 All Tovanabutra, S. ARHR 26(2); 123-31 (2010)A1.RU.11.11RU6950 JX500694 All Baryshev UnpublishedA1.RW.07.pR463F JX236677 All Baalwa, J. Virology 436(1):33-48 (2013)A1.SE.95.SE8538 AF069669 All Carr, J.K. AIDS 13(14); 1819-26 (1999)A1.TZ.01.A341 AY253314 All Arroyo, M.A. ARHR 20(8):895-901 (2004)A1.UA.01.01UADN139 DQ823357 All Saad, M.D. ARHR 22(8):709-714 (2006)A1.UG.07.p191845 JX236671 All Baalwa, J. Virology 436(1):33-48 (2013)A1.ZA.04.04ZASK162B1 DQ396400 All Rousseau, C.M. J Virol Methods 136(1-2):118-125

(2006)A2.CD.97.97CDKTB48 AF286238 All Gao, F. ARHR 17(8):675-688 (2001)A2.CM.01.01CM_1445MV GU201516 All Carr, J.K. Retrovirology 2010 Apr 28;7:39


http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=K03455

http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=DQ676872

http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=JQ403028

http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=FJ670523

http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=EU861977


http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=JX500694


http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=AF069669

http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=AY253314





http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=GU201516

Sequences HIV-1/SIVcpz Proteins

HIV

-1Pr

otei

ns


A2.CY.94.94CY017_41 AF286237 All Gao, F. ARHR 17(8):675-688 (2001)B.AR.04.04AR143170 DQ383750 All Pando, M.A. Retrovirology 3 , 59 (2006)B.AU.04.PS1038_Day174 DQ676871 All Li, B. J Virol 81(1):193-201 (2007)B.BO.09.DEMB09BO001 JX140656 All Hora UnpublishedB.BR.06.06BR1119 JN692480 All Sanabani, S.S. PLoS ONE 6(10):E25869 (2011)B.CA.07.502_1191_03 JF320424 All Rolland, M. Nat Med 17(3); 366-71 (2011)B.CH.04.HIV_CH_BID_V4408 JQ403042 All Henn, M.R. PLoS Pathog 8(3):E1002529

(2012)B.CN.10.DEMB10CN002 JX140658 All Hora UnpublishedB.CO.01.PCM001 AY561236 All Sanchez, G.I. Am J Trop Med Hyg 74(4); 674-7

(2006)B.CU.99.Cu19 AY586542 All Sierra, M. JAIDS 45(2):151-160 (2007)B.CY.09.CY266 JF683807 All Kousiappa, I. ARHR 27(11); 1183-99 (2011)B.DE.04.HIV_DE_BID_V4131 JQ403037 All Henn, M.R. PLoS Pathog 8(3):E1002529

(2012)B.DK.07.PMVL_011 FJ694790 All Vinner, L. APMIS 119(8); 487-97 (2011)B.DO.05.05DO_160884 EU839597 All Nadai, Y. PLoS ONE 4(3):E4814 (2009)B.ES.09.P2149_3 GU362881 All Cuevas, M.T. ARHR 26(9); 1019-25 (2010)B.FR.08.DEMB08FR002 JX140654 All Hora UnpublishedB.GE.03.03GEMZ004 DQ207940 All Zarandia, M. ARHR 22(5):470-476 (2006)B.HT.05.05HT_129389 EU839602 All Nadai, Y. PLoS ONE 4(3):E4814 (2009)B.JM.05.05JM_KJ108 EU839605 All Nadai, Y. PLoS ONE 4(3):E4814 (2009)B.JP.05.DR6538 AB287363 All Sakamoto UnpublishedB.KR.07.07KYY4 JQ341411 All Cho, Y.-K. ARHR 29(4); 738-43 (2013)B.NL.00.671_00T36 AY423387 All Geels, M.J. J Virol 77(23):12430-12440 (2003)B.PE.07.502_2649_wg8 JF320019 All Rolland, M. Nat Med 17(3); 366-71 (2011)B.PY.03.03PY_PSP0115 JN251906 All Eyzaguirre UnpublishedB.RU.11.11RU21n JX500708 All Baryshev UnpublishedB.TH.07.AA040a_WG11 JX447156 All Rolland, M. Nature 490(7420); 417-20 (2012)B.TT.01.01TT_CRC50069 EU839608 All Nadai, Y. PLoS ONE 4(3):E4814 (2009)B.TW.94.TWCYS_LM49 AF086817 All Huang UnpublishedB.UA.01.01UAKV167 DQ823362 All Saad, M.D. ARHR 22(8):709-714 (2006)B.US.11.ES38 JN397362 All Buckheit, R.W.3. Nat Commun 3, 716 (2012)B.UY.02.02UY_TSU1290 JN235958 All Eyzaguirre UnpublishedB.VE.10.DEMB10VE001 JX140659 All Hora UnpublishedB.YE.02.02YE507 AY795904 All Saad, M.D. ARHR 21(7):644-648 (2005)C.AR.01.ARG4006 AY563170 All Carrion, G. ARHR 20(9):1022-1025 (2004)C.BR.07.DEMC07BR003 JX140663 All Hora UnpublishedC.BW.00.00BW07621 AF443088 All Novitsky, V. J Virol 76(11):5435-5451 (2002)C.CN.98.YNRL9840 AY967806 All Qiu, Z. ARHR 21(12):1051-1056 (2005)C.CY.09.CY260 JF683803 All Kousiappa, I. ARHR 27(11); 1183-99 (2011)C.ES.07.X2118_2 EU884500 All Fernandez-Garcia,

A.ARHR 25(1); 93-102 (2009)

C.ET.02.02ET_288 AY713417 All Brown, B.K. J Virol 79(10):6089-6101 (2005)C.GE.03.03GEMZ033 DQ207941 All Zarandia, M. ARHR 22(5):470-476 (2006)C.IL.98.98IS002 AF286233 All Rodenburg, C.M. ARHR 17(2):161-168 (2001)C.IN.03.D24 EF469243 All Dash, P.K. Retrovirology 5(1):25 (2008)C.KE.00.KER2010 AF457054 All Dowling, W.E. AIDS 16(13):1809-1820 (2002)C.MM.99.mIDU101_3 AB097871 All Takebe, Y. AIDS 17(14):2077-87 (2003)C.MW.93.93MW_965 AY713413 All Brown, B.K. J Virol 79(10):6089-6101 (2005)C.SN.90.90SE_364 AY713416 All Brown, B.K. J Virol 79(10):6089-6101 (2005)C.SO.89.89SM_145 AY713415 All Brown, B.K. J Virol 79(10):6089-6101 (2005)C.TZ.02.CO178 AY734556 All Arroyo, M.A. AIDS 19(14):1517-1524 (2005)






http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=JN692480

http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=JF320424














http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=AB287363























http://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/d_search.comp?sa_genbankaccession=EF469243







HIV

-1Proteins



C.US.98.98US_MSC3018 AY444800 All Tovanabutra, S. ARHR 21(5):424-429 (2005)C.UY.01.TRA3011 AY563169 All Carrion, G. ARHR 20(9):1022-1025 (2004)C.YE.02.02YE511 AY795906 All Saad, M.D. ARHR 21(7):644-648 (2005)C.ZA.10.DEMC10ZA001 JX140669 All Hora UnpublishedC.ZM.02.02ZM108 AB254141 All Tatsumi UnpublishedD.CD.83.ELI K03454 All Alizon, M. Cell 46(1):63-74 (1986)D.CM.10.DEMD10CM009 JX140670 All Hora UnpublishedD.CY.06.CY163 FJ388945 All Kousiappa, I. ARHR 25(8); 727-40 (2009)D.KE.97.ML415_2 AY322189 All Fang, G. J Infect Dis 190(4):697-701 (2004)D.KR.04.04KBH8 DQ054367 All Cho, Y.-K. ARHR 29(4); 738-43 (2013)D.SN.90.SE365 AB485648 All Takekawa UnpublishedD.TD.99.MN011 AJ488926 All Vidal, N. JAIDS 33(2):239-246 (2003)D.TZ.01.A280 AY253311 All Arroyo, M.A. ARHR 20(8):895-901 (2004)D.UG.08.p191859 JX236672 All Baalwa, J. Virology 436(1):33-48 (2013)D.YE.02.02YE516 AY795907 All Saad, M.D. ARHR 21(7):644-648 (2005)D.ZA.90.R1 EF633445 All Jacobs, G.B. ARHR 23(12):1575-8 (2007)F1.AO.06.AO_06_ANG125 FJ900269 All Guimaraes, M.L. Retrovirology 6, 39 (2009)F1.AR.02.ARE933 DQ189088 All Aulicino, P.C. ARHR 21(2):158-164 (2005)F1.BE.93.VI850 AF077336 All Laukkanen, T. Virology 269(1):95-104 (2000)F1.BR.07.07BR844 FJ771010 All Sanabani, S.S. Virol J 2009 Jun 16;6:78F1.CY.08.CY222 JF683771 All Kousiappa, I. ARHR 27(11); 1183-99 (2011)F1.ES.11.DEMF110ES001 JX140671 All Hora UnpublishedF1.FI.93.FIN9363 AF075703 All Laukkanen, T. Virology 269(1):95-104 (2000)F1.FR.96.96FR_MP411 AJ249238 All Triques, K. ARHR 16(2):139-151 (2000)F1.RO.96.BCI_R07 AB485658 All Takekawa UnpublishedF1.RU.08.D88_845 GQ290462 All Fernandez-Garcia,

A.ARHR 25(11):1187-1191 (2009)

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320H

IVSequence

Com

pendium2013

Gag

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

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B.FR.83.HXB2 MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTVATLYCVHQRIEIKDTKEALDKIEEEQNKS...KK...K.AQQ...........A.....AADT.....G.......HSN.Q..VSQNY 132G.KE.93.HH8793_12_1 ----X-X----K--A----X-T-------R---L------M----L-------A---Q--MS----AIX--T--IK--F----------PK--V-------EEV-KI-K--...QQ...-.I--...........-.....-R-E.....-.......N-S.-..----- 132G.NG.09.09NG_SC62 .#---------K--A------------R-RM--L-----------L------SA---Q--MM-----I---T--IK--F-----------K--V-------EEV-KI-K--...QQ...E.K-K...........-......................ANS.-..----- 125G.PT.x.PT3306 -----------K--A-------Q------R---L--------K--L------ST---Q--M-K---AV---T------------------K--VR------EEV-KA-K-G...Q-.....K--...........-.....-M-E.....E.......NNS.-..----- 131G.SE.93.SE6165_G6165 --------T--K--A----------R-S--I--L-----------L--D----A---Q--MR---------T--IK----A------------V-------EEV-KI-K--...QE...-.I--...........-.....-M-K.....-.......N--.-..----- 132H.BE.93.VI991 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HIV

SequenceC

ompendium

2013321

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Gag

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322H

IVSequence

Com

pendium2013

Gag

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

p24 start CyPA binding major homology regionB.FR.83.HXB2 PIVQNIQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKA.FSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRVHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMT...NNPP...I.PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFR 294G.KE.93.HH8793_12_1 -----A-------------------------.---------------------------------------D-----------I--PQ----P---I-------------N-----R---...S---...-.-----------------------V-------------- 294G.NG.09.09NG_SC62 -----A-----------K--------I----.---------T-----------------------------D---D-------L--QQ---V----I-------------------T---...----...-.-----------------------V-----K-------- 287G.PT.x.PT3306 -----A-------------------------.---------------------------------------D-----------I--PQ----P---I-D-----------------R--A...S---...V.-----------------------------K-------- 293G.SE.93.SE6165_G6165 -----A---------T---------------.----------------------L----------------D-----------M--QQ---FP---I-------------S-----T---...G---...-.-----------------------V-------------- 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HIV

SequenceC

ompendium

2013323

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Gag

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324H

IVSequence

Com

pendium2013

Gag

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

major homology region p24 end p2 start p2 end p7 start Zn motif Zn motif p7 end p1 startB.FR.83.HXB2 DYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLV.QNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMS...QV.T..N...SAT.I.MMQRGNFR.NQ.RKIVKCFNCGKEGHTARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDC.T...E.RQANFLGKIWPS.YKG. 443G.KE.93.HH8793_12_1 ------F--------T----G---D----.-----------R----G----------------------------...-A.-..G...A-AA-.---KS--K.GP.KRNI----------L-------------------------.-...-.----#-------.N--. 443G.NG.09.09NG_SC62 ------F--------T----G---D----.-----------R----G----------------S-----------...-A.-..-...ASAA-.---KS--K.GP.--NI----------L----------------R--------.-...-.-----------P.HS-. 437G.PT.x.PT3306 ------F--------T--------D----.-----------R----G----------------S-----------...-A.S..G...A-..V.T--K---K.GP.KRMI----------L----------------R--------.-...-.------------.H--. 441G.SE.93.SE6165_G6165 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HIV

SequenceC

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2013325

HIV-1Proteins

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Gag

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326H

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Gag

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HIV-1 Proteins

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HIV

SequenceC

ompendium

2013327

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

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----THPL.VGV....QT---CAK-P.......-...........EGEA......P-A.............R.G-ADS-Y...CPSNGDGPH.E..RR-.....L--IN-----MMAVRVQ-H-CQ---------S-FCNLQ-K-Q----T--------P-SE-YN-PVQ 116CPZ.US.85.US_Marilyn ----T-VP.IVERGIKET--LPGK-E.......G-..........H-S-N-GFR-SR-.............-.SDTG-T-.KG..........K..-AL..-A----I-------LR--VA--IV-------------DNIQIE-T-R---M---------K---HVN-- 123

HIV

SequenceC

ompendium

2013329

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Polprotease end p66, p51 RT start M41L D67N D110 catalytic site

K70R

B.FR.83.HXB2 ICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSIN 291A1.AU.03.PS1044_Day0 ---KR------------------MXX-------X---------------------------A------T----D-------------------I--------------------------------------------------------------N-----------T- 291A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ---K-------------------M--------------------T-----------------------T---N---------------------------------------------------------------------------------H-S------------- 291A1.ES.06.X2110 ---K-------------------M---L----------------------------------------T----D--------R----------I-------------------------------------------------------------K-------------- 291A1.IT.02.60000 ---K-------------------M----------X--------------------X------------K---X---------------------------------------------------------X-----------X-X-----------XXX---------X- 291A1.KE.06.06KECst_001 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330H

IVSequence

Com

pendium2013

PolH

IV-1/SIVcpz

Proteins

HIV-1 Proteins

protease end p66, p51 RT start M41L D67N D110 catalytic siteK70R

B.FR.83.HXB2 ICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSIN 291G.KE.93.HH8793_12_1 -S-K------------I------M--------------------------------------------T-------R----------------I---R----------------------------------------------------------S-----------T- 289G.NG.09.09NG_SC62 -E-K--------R---I------M-------------------------------------K---E--T---M--------------------I---------------------------------------------I----------------N------------- 290G.PT.x.PT3306 ---KR-----------I------M--------------------------------------------T------------------------I------------R------------------------S------------------------S-----------L- 290G.SE.93.SE6165_G6165 -S-K-----I------I------M-----------------------------R--------------T---K---E----------------I---------------------------------------------------------------------------- 288H.BE.93.VI991 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HIV

SequenceC

ompendium

2013331

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Polpolymerase motif T215Y

K219Q

B.FR.83.HXB2 NETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPD.KKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAE 460A1.AU.03.PS1044_Day0 ----------------------------------Y-AK----I--------------------A------A---S--F----.--------------------------N----E---------------------A----K--------A----D-VT----------- 460A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 -------------------------A----------T---E---------------W--E---A------A---S--F----.--------------------------Q----------------------------------------A----DIVT----------- 460A1.ES.06.X2110 ------------------------------------LK--E-I--------------------A------A---S--F----.-------------------------------------------------------V--K-------------DIVTM---------- 460A1.IT.02.60000 -----X---------------------------X--X------------X---X---------X----X-X---X--FX---.--------X-----------------M--D-------------------------L-IK--------A----DI-T--K-------- 460A1.KE.06.06KECst_001 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332H

IVSequence

Com

pendium2013

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IV-1/SIVcpz

Proteins

HIV-1 Proteins

polymerase motif T215YK219Q

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HIV

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2013333

HIV-1Proteins

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HIV-1 Proteins

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HIV

SequenceC

ompendium

2013335

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Polp66 RT, p15 Rnase H end p31 Integrase start

B.FR.83.HXB2 NQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVLFLDGIDKAQD.EHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKC.QLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVAS 796A1.AU.03.PS1044_Day0 ------H----------S--------------------R-----------K--G-D----S-------------------S---R-----------E.D--R------T---------II------C----.-------------------------------------- 796A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ------H--H-------S--------------------R-----------E---------S-------------------K---R-----------E.---R------------H---I------------.------------------------------I------- 796A1.ES.06.X2110 ------H----------S--------------------R-----------K--G-D----S-------------------S----I----------E.D--R----------------I------------.----------------M--------------------- 796A1.IT.02.60000 ------H----------X--------------------R--A-V------K--E------S-------------------S---------------E.D--------K-----------------------.------------------------X-X-------X--- 796A1.KE.06.06KECst_001 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336H

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Proteins

HIV-1 Proteins

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HIV

SequenceC

ompendium

2013337

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

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338H

IVSequence

Com

pendium2013

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IV-1/SIVcpz

Proteins

HIV-1 Proteins

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HIV

SequenceC

ompendium

2013339

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

PolPol end

p31 Integrase end

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340H

IVSequence

Com

pendium2013

PolH

IV-1/SIVcpz

Proteins

HIV-1 Proteins

Pol endp31 Integrase end

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HIV

SequenceC

ompendium

2013341

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Vif

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342H

IVSequence

Com

pendium2013

Vif

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

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HIV

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2013343

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Vif

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HIV

SequenceC

ompendium

2013345

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Vpr

Vpr start frameshift in HXB2 Vpr endoligomerization Vpr end in HXB2

amphipathic α-helix H(S/N)RIG motifs

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346H

IVSequence

Com

pendium2013

Vpr

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

Vpr start frameshift in HXB2 Vpr endoligomerization Vpr end in HXB2

amphipathic α-helix H(S/N)RIG motifs

B.FR.83.HXB2 MEQAPEDQGPQREPHNEWTLELLEELKNEAVRHFPRIW.LHGLGQHIYETYGDTWAGVE.AIIRILQQLLFIH#FRIGCRHSRIGV.TR....QRR.A.RNGASRS* 96G.KE.93.HH8793_12_1 ---V----------Y---A-----G-----------P-.---------N------E---.-L-----------.-----Q-----I.-L....R--.V.---P---- 97G.NG.09.09NG_SC62 -K------------Y---I-G------V--------P-.---------N------E---.--TK---------.-----Q-----I.-P....---.V.-D-SG--- 97G.PT.x.PT3306 --------------Y---------D-----------P-.------Y--S------E---.----M--------.Y----Q-----I.IP....R--.V.-D-S---- 97G.SE.93.SE6165_G6165 --------------Y---A-----------------L-.---------N------E---.-------------.-----Q-----I.-P....R--.V.-D-PG--- 97H.BE.93.VI991 ---------------------------S-----Y--P-.--D------N------E---.----T------A-.-----Q-----I.--....---.V.---P---- 97H.BE.93.VI997 -----------------*---------S--------D-.--Q------N------G---.-L--T--------.-----H-----I.I-....---.V.---P---- 96H.CF.90.056 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HIV

SequenceC

ompendium

2013347

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

TatTat start C-rich region nuclear localization exon 1 end exon 2 start Tat end

B.FR.83.HXB2 MEPVDPRLEPWKHPGSQPKTACTNCYCKKCCFHCQVCFITKALGISYGRKKRRQ.RRRAHQNSQTHQA..........SLSKQPTS.QPR.GD.PTGPKE*KKKVERETETDPFD* 100A1.AU.03.PS1044_Day0 -D--X-N----N------T---NK-------Y--PS--LN-G------------.--GPP-GNKNY-X..........PVP---IP.-TQ.R-.S---E-P-----SKA---R--- 102A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ------N-----------T-P-S--------W------LK-G----------KH.--GT-PS-KD--N..........P-----IP.-TQ.R-.S--QE-S-----SKA-A-R--- 102A1.ES.06.X2110 -D----N----N------A---NK-------Y---A--LN-G------------.---TP-SNKD--T..........PIP---LP.-TQ.-N.S---E-S-----SKA-A-R-A- 102A1.IT.02.60000 -D----N----N----------SK-------W------LN-G-----------R.--GTP--NKD--N..........PIPN--LP.RTQ.RV.Q---E-S-----SKA---R--- 102A1.KE.06.06KECst_001 -D----N----N----R-T-P-NK-------Y--P---LN-G------------.--GPP---KD--N..........PVP---LP.-TN.RI.S---E-S--E--NKA-A-R--- 102A1.RU.11.11RU6950 -D----N----N----------S--------W---L--LK-G-----------H.--GTPHS-KD--N..........PI----LP.HTQ.R-.Q---E-SA----SKA---R-A- 102A1.RW.07.pR463F 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348H

IVSequence

Com

pendium2013

TatH

IV-1/SIVcpz

Proteins

HIV-1 Proteins

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HIV

SequenceC

ompendium

2013349

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Rev

Rev start exon 1 end exon 2 start NLS Leu-rich effector domain Rev endB.FR.83.HXB2 MAGRSGDS.DEELIRTVRLIKL..........LYQSNPP.PNP.EG.TRQARRNRRRRWRERQRQIHSISERILGTYLGRSAEPVPLQLPPLERLTLDCNEDCG.TSGTQ.......GVGS.......PQILVESPTVLESGTKE* 116A1.AU.03.PS1044_Day0 --------.--D-LKAI-I--X..........------Y.-K-.R-.-----K-------A-----D-------S-C---P----------I-------H----.-----QSQGTET---R.......--VS----GI------N- 124A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ------ST.-----QA--I--I..........------Y.-K-.R-.-----K-------A-----D-------S-C--------A---------R---S--S-.-----QSQGAET---R.......--VSG--SVI-G---ES- 124A1.ES.06.X2110 --------.----L-AI-I---..........------Y.-K-.K-.----QK-------A-----D-L-Q-V-S-C---P-----F----I---C---H-G--.-----QSQGAET---R.......--VSG---DI-D--A-N- 124A1.IT.02.60000 -------A.----L--I-I--I..........---T--Y.-E-.R-.S----K-------A-----D-------S-C------------------R---S----.-----QPQGTET---G.......---SM--SSI-GP-A--- 124A1.KE.06.06KECst_001 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350H

IVSequence

Com

pendium2013

Rev

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

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HIV

SequenceC

ompendium

2013351

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Vpu

Vpu start α-helix α-helix Vpu endtransmembrane domain cytoplasmic domain

phos phos

B.FR.83.HXB2 T....QPIPI.....VAIVAL.VVAIIIAIVVWSI......VIIEYRKILR....QRKIDRLIDRLIERAEDSGNESEGEISAL.......VEMG.VEMGHHA.PWDV.DD...L* 82A1.AU.03.PS1044_Day0 M....T-LE-.....WS--G-.---L-------T-......-G---K-L-K....--------E-IR------------DTDE-....ALL.....I---NYD.LGND.IN...-- 82A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 M....S-LE-.....Y--AG-.I--L-------T-......-G---KRL-K....--R-----E-IR----------D-DAEE-....STL.....--V-DR-.LLV-.NN...-- 82A1.ES.06.X2110 M....S-LY-.....W---G-.---L-L-----T-......-G--C-RV-K....--------E-IR------------DTEE-....SRL.....ID--DYD.LGID.NI...M- 82A1.IT.02.60000 M....S-LQ-.....C--I--.--VG-------T-......-G----RL--....----N---E-IR------------DAEE-....SKL.....--V-DYD.LL-D.NN...V- 82A1.KE.06.06KECst_001 M....--LE-.....W---G-.I--L-L-----T-......IG---K-L-K....-----K--E-I-----------D-DTEE-....STL.....-D--DYD.LG-D.HNL..-- 83A1.RU.11.11RU6950 M....T-LE-.....Y--A--.--VF-------T-......-G----RL-K....--------E-IR------------DEEE-....STL.....M---NL-.LL-D.NN...V- 82A1.RW.07.pR463F 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352H

IVSequence

Com

pendium2013

Vpu

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

Vpu start α-helix α-helix Vpu endtransmembrane domain cytoplasmic domain

phos phos

B.FR.83.HXB2 T....QPIPI.....VAIVAL.VVAIIIAIVVWSI......VIIEYRKILR....QRKIDRLIDRLIERAEDSGNESEGEISAL.......VEMG.VEMGHHA.PWDV.DD...L* 82G.KE.93.HH8793_12_1 M....-SLE-.....S---G-.I--F-A--I--T-......-LVQ--E-RK....---VE-----IR------------DREE-....ATL.....M---DFD.--VG.-N...-- 82G.NG.09.09NG_SC62 M....-SLE-.....A---G-.I--F-A--I--T-......-F------RK....-KR--S-LN-IR------------DTEE-....ATL.....-D-VDFD.--VG.NN...-- 82G.PT.x.PT3306 M....L-LQ-.....F--AG-.IL-G-A--I--T-......-F-Q-KE-RK....-K--EKIL--IR------------DTDE-....AAL.....----NFD.--VG.-I...-- 82G.SE.93.SE6165_G6165 M....-SLV-.....L---G-.I--F-A-----T-......-F----E-RK....-KR-GK-L--IR----------D-DTEE-....VTL.....----DFD.--VG.-N...-- 82H.BE.93.VI991 M.....N-LG.....IG-G--.---F-------T-......AY-----L#K....--------E-IR----------D-DTEE-....SKL.....-----LN.LGY-.A-...-- 80H.BE.93.VI997 M.....Y-IG.....IG-G--.I--F-------T-......-Y-----LVK....-K------Q-I--G--------D#..#E-....STM.....--R--LT.FGY-.A-...-- 77H.CF.90.056 M.....Y-LG.....LG-G--.--TF---VI--T-......-Y---K-LV-....-K------E-IG----------D-DTEE-....SKL.....M----LN.LGY-.A-...-- 81H.GB.00.00GBAC4001 M.....Y-LG.....IG-G--.I--G-LC-I--T-......-YL----LVQ....-KR----LE-IR----------D-DTEE-....STL.....--R--LN.LGY-.A-...V- 81J.CD.97.J_97DC_KTB147 M....--LD-.....A---G-.I--V---VI--T-......-F-----V--....--------N-IR----------D-DTDE-....EKL.....----P-D.L-N-.N-...-- 82J.CM.04.04CMU11421 M....NSLQ-.....AS---X.---FFL-VXA-XV......AY---X-LV-....--R--K-X--IRX-E-----D-D-DTEE-....AKL.....----P-D.L-N-.--...-- 82J.SE.93.SE9280_7887 M....I-LQ-.....A----F.I---FL--GM-T-......-Y---K-L--....-----K----IR----------D-DTEE-....ADL.....--R-P-D.L-N-.N-...-- 82J.SE.94.SE9173_7022 M....VSLQ-.....------.I--FFL--C--T-......-Y---K-L--....-----K--N-IR----------D-DTDE-....AEL.....----P-D.L-N-.N-...-- 82K.CD.97.97ZR_EQTB11 M....V-LT......-G-I--.-A-L-L--I--T-......AYL----VV-....-KR-NW-F--IR------------DTEE-....AAL.....G-T--LI.LG-I.NN...-- 81K.CM.96.96CM_MP535 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M.....QLE-.....-L-ILF.IALMLV--FA-IA......AYK--K-LQQ....V-R-E--Q--IRS---------D-DEIL-....VEEL....MQVHQ-QVNP-WM-RILFW- 87CPZ.GA.88.GAB1 M.....TLLV........GL...-L-LVGLIA-N-CIWGYIIKWG--RYK-HRL.ETE-E--NLI-R----------N--EEERL...EQL.....IHNYN-NNHF..ANPMFD-- 89CPZ.TZ.06.SIVcpzTAN13 MIKVVVGNLEQNVVG-LVIII.-LVGGG-LIA-I-......IKERN-ERQH....--L-E--VR--S.....IDSGI-EDEE.F....QWLN....FDPDN-.......NPRDWI- 84CPZ.US.85.US_Marilyn M....LNWFE.....IGLI--.GIEG-LVVII-GL......-ARLW-Q-KIKENT-QE-QN-LE-IRI-E-------D--EEETL...AKL.....LSSLELD......NPRI.V- 85

HIV

SequenceC

ompendium

2013353

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Env

Env start*

signal peptide end gp120 start* *

glycosylation NVT*

CD4 binding* *

V1glycosylation NDT

B.FR.83.HXB2 MRVKEKYQH.......LWRWG....WRWGTM.LLGM.LMI.CSAT.E.KLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVL.VNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLT.PLCVSLKCTDLKND....TNT........ 140A1.AU.03.PS1044_Day0 --A-GIQMN.......-HCL.....LK----.I---.IL-.---A.-.QR------------D-E----------------------------------IN-.X----E------N-----Q------------------.----T-N-SHEVIF....NS-........ 139A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ---MGMQRN.......YPH-.....-K--IV.-FWL.-I-.-N--.-.--------------D-V--------------------------------H-IP-.A----E------N------T----------------A.----T-E-N-ANRT....NI......... 138A1.ES.06.X2110 --A-GIQRN.......SQDL.....LT----.I--L.IIL.---A.D.N-------------D-D----------------------------------IP-.-----E------N------T-----------------.----T-N-GHNDTL....--X........ 139A1.IT.02.60000 -KARGMQRN.......YQNL.....------.IFW-.IIM.-K--.-.N------------RD-E------------------------------D---IM-.D----E------N-----QT-----------------.----T-N-QEPNVT....NSN........ 139A1.KE.06.06KECst_001 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354H

IVSequence

Com

pendium2013

Env

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

Env start*

signal peptide end gp120 start* *

glycosylation NVT*

CD4 binding* *

V1glycosylation NDT

B.FR.83.HXB2 MRVKEKYQH.......LWRWG....WRWGTM.LLGM.LMI.CSAT.E.KLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVL.VNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLT.PLCVSLKCTDLKND....TNT........ 140G.KE.93.HH8793_12_1 ----GIERN.......WQHL.....-K---L.I--L.VI-.---S.N.N------------ED-K------------S--R--I-----------D---IP-.G-------V------------------E---------.----T-N---ANVT............... 136G.NG.09.09NG_SC62 -K--GIQKN.......WPPL.....-T-W-L.I--L.VI-.-N-..D.N------------ED-E-P----------S--K------------------IG-.E----Y------N--------------E---------.----T-N-VT-NCT....DA-........ 138G.PT.x.PT3306 -K--GIQMN.......WQHL.....-----L.I--L.VIF.---S.N.N------------ED-D-V----------S--S--I-----------S---IE-.K--V---S----N--------------EG--------.----T-N--NAYAN....VTS........ 139G.SE.93.SE6165_G6165 ---TGIQRN.......W*HL.....-K---L.I--L.VI-.---S.N.N------------ED-D----------S-SA-S------------------IIM.E----Y------N--------------E---------.----T-N---VT-K....G-K........ 138H.BE.93.VI991 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-----IQRN.......WQYL.....-TMWXL.I--L.XI-.---S.N.N------------ED-X-P-----N----S--K--X---------------MT-.E----P------N------D-------E------M--.----T-T--NATCN....KTN........ 13944_BF.CL.00.CH80 ---RGMQRN.......WQHL.....GK--LL.F--I.-I-.-N--.-.---------------------------------------------------ID-.P-----------N------T-VV--------------.----T-E--NATAT............... 13645_cpx.FR.04.04FR_AUK ---R-TQRN.......WQHL.....G---IL.F--I.-L-.---A.D.N-------------D-Q---------------K------------------ID-.-----R------N------T--------------Q--.----T-N-N-IT-R............... 13646_BF.BR.07.07BR_FPS625 ---RGMQRN.......WQH-.....GK--LL.F--I.-T-.--T..-.-------------R----------------K-A------------------I-M.G------D----P------T-----------------.----T-E-NAA-TN............... 13547_BF.ES.08.P1942 --AR-IKKN.......YQQ-.....-KG-IL.---I.---.-N-EKSE--------------------------------A------------------ML-.K-----------N--D---------------------.----T-N-NNTVTT............... 13848_01B.MY.07.07MYKT021 -----TQGN.......WLN-.....-K---L.I--L.VV-.---S.D.N------------RD-E-A---------QVE--------------------IH-.E-----------S-----Q--V---------------.----T-N-SEKITI....SGN........ 13949_cpx.GM.03.N26677 ---M-TWM#.......-QN-.....--G-LL.I---.---.--GA.G.N---------------K------------SK-A--------------H-R--K-.E-------V---------------V--E---------.----T-N--NV-TN....NS-........ 13851_01B.SG.11.11SG_HM021 ----GIRKN.......WQHL.....--G-IL.F--I.---.-N-..-.--------------------------R------------------------LP-.E-----------Y-A---Q--V---------------.----T-N--TA-FE............... 13552_01B.MY.03.03MYKL018_1 -----TQMN.......WPHL.....-K---L.I--L.VI-.---S.-.N-------------D-D-----------HE--A------------------IH-.E-----------K-A---Q--V---------------.----T-N--NATVA....DHN........ 13953_01B.MY.11.11FIR164 -----TQMN.......WPNL.....-K---L.I--L.VX-.---S.D.-------------RD-D--------X--HE-----I---------------IH-.E------X----K-A---Q--V-D-------------.----T-T--NANLT....NIN........ 13954_01B.MY.09.09MYSB023 ----GTQMT.......WPSL.....-T--IL.MI-L.VI-.---S.N.N------------RD-E-----------HE--M--I---------------IL-.E-----------K-AD--Q--V---------------.----T-H-ASANVT....GKN........ 13955_01B.CN.10.HNCS102056 -K-RVTQMS.......WLNL.....-I---L.IT-L.VIM.--TS.D.N------------RD-E-----------HV--M------------------IY-.E------K.---N--D-----V----E----------.----T----NA-FN....NT-GG...... 140O.BE.87.ANT70 -KAM--RNKK......--TL.....YLAMAL.......ITP-LSL.R.Q-YA---A-----ED--PV-------NLTS--K--I--SQ-------T-Y-YP-.H---DD--I---Y-----Q---------------QM-.F---QME--NIAGT............... 133O.CM.91.MVP5180 -K-MK-NNRK......S-SL.....YIAMAL.......L-P-LSY.SKQ-YA---S-----E--APV-------NLTS--Q--I--SQ---------H-FP-.G---D--DI---Y--D----------E------E-M-.F---QMN-V--QTNK.............. 135O.CM.98.98CMA104 -KAMK-KNKR......--IL.....YIVMGL.......ITP-LSS.S.QFYA---A-----EN-NPV-------NLTSP-Q--I--AQ---------H-YP-.H---DR-DI-E-Y-----Q---TD--E--------M-.FM--QME-N-INTTN.............. 134O.FR.92.VAU -KAMG-RNRK......-GI-.....CLILAL.......I-P-LSC.N.Q-YA---S-----ED-KP--------NLTS--Q--I---Q-------S-N-YE-.K---DK--I-E-Y--D--Q----D----------QM-.F---QMN---I--S....IT-TNSPLNSN 144O.SN.99.99SE_MP1299 -K-M-QRNRK......-GIL.....CIVMAL.......ITP-LSY.N.QHYA---A-----E---PV-------NLTS--Q--I--SQ-------S-Y-YP-.TK--D---I---Y-----Q-------E-------QM-.F---QMN--NYVQG....NY-NNSSI... 141O.US.10.LTNP -KAM-RKNRR......S-IL.....CIVMVL.......I-P-LTS.K.Q-YA-I-A-----ED-APV-------NLTSQ-Q-----AQ-------S-N-YT-.H---DK-DI---Y-----Q-------E-------QM-.FM--QMN---H.................. 130O.US.97.97US08692A -K-MK-KNKK......-GVIL....CIVLGL.......I-P-LSS...N-YA---A-----E--EPV-------NLTS--Q-----SQ-------T-H-YP-.R---DK--I---Y--D--Q-------E-------QM-.F--IQMN---IQINSKENNS-NDSSINPI 148N.CM.02.DJO0131 V-MMGMQIG.......WPFF.....CLMISL.........TIGS..K.-Y-A---------RDVE-V---------HS--A--I---Q------------P-.D----P----E-K-A--VQ-------E----------.----TMN-SNSNGNRTTDEKE........ 136N.CM.04.04CM_1015_04 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-K-MK-KKNS......-GNL.....EICLAL.IMYF.NA-SYT.S.G.TRY----------RD-KI-----A--SLTSX-Q--I---Q-------R-I--RI.D----S--I-D-Y--T--Q------------------.V---TMX-S-CSTV............DCT 140P.FR.09.RBF168 --AMK-KKNS......-GNL.....GICLAL.VIYF.NA-S-A.S.G.IHY----------RN-EV-----A--SLTSK-Q--I---Q-------T-I-IPI..----S--I---Y--T--Q------------------.I---TMN-SECHRE............... 136CPZ.CD.06.BF1167 VE*-KMKMA.......-LIG.....-ILTIIFCCKLGIG.........TYYT-------------P------S--VAS-QP--I----N---L--Q-Y-IPI..-I-TE---ET-Y---E-KK-L---FQ----------.-F--KMN-SEFTRNSTTGN-ATKNNTSLE 145CPZ.CM.05.SIVcpzMT145 -K-MGMKYY.......W--NS....C-SISIK-ILIGWIAS-FGE.-.NW-----------R--K----------S-S--A--I---Q-------T----L-.P----E----E-Y--D--Q-------E----------.----T-T-NNPT-T............... 140CPZ.GA.88.GAB1 -K-M--KKRD......WNSL.....SIITIITII...-LTP-LTS.-..------------HD-DPV---------HS--A--I---Q-------S----F-.P--I-S------N--D---------------------.----T-Q-SKANFSQA............. 138CPZ.TZ.06.SIVcpzTAN13 VEL-KMKN........SSGLI....LTLI-T.I-..GIGF....S...TYYA--F-------D--PP-------DVAS-QA--I----N---L--H-Y--P-.P--SIE-D-ST-Y---E-KT-L---FQ--F-------.-F-IRMT-ANVTEATTTTPP-TSTSTTEP 146CPZ.US.85.US_Marilyn -K-M--KKRL......WLSY.....CLLSSLIIP..G-......S...S--A---------RDVE------------KQ-A--I---Q------------H-.P----K-D--E-N-A---Q--------------I---.----TMT-LNPDSN............... 131

HIV

SequenceC

ompendium

2013355

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Env

glycosylation NSS*

glycosylation NDT*

glycosylation NTS* * *

glycosylation NKT* *

glycosylation NGSV1 V2 glycosylation NGT

glycosylation NCS CD4 binding glycosylation NVSglycosylation NIS

B.FR.83.HXB2 .........NSSS........G..RMIM..EKGEIKNCSFNISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDN....D..................TTS...YKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGS 264A1.AU.03.PS1044_Day0 .LNNSTHSNKTLN........N..NT-E..M-E-VR---Y-VT-VL-D-K--I-SL--R--VV--G-.....................NSDSE...-I-IN----T------------------T---Y------D-D-------K-----------K---T-------- 272A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ........................NITE..-EFKV------MT-IL-D-K--MH-L--RT-VVQ-GS...................NSSERYK...-R-IN----A-----------------------------D-E-------M-----------K--A--------- 260A1.ES.06.X2110 ...........TA........P..VNNT..MRE-VR---Y-MT-EL-D-QK-VFSL-----VVS-N-......................SSSQ...-R-IN----A----------------------------RDNK-------R--------------A---X----- 261A1.IT.02.60000 ..DTSYNNS-VTQ........Y..NNSN..G-E-M-------T-EL-D-TK-V-SL------V-TGS..................NSSNSSEE...-R-IN----AM-------T-------------------KD-N-------------------K------------ 274A1.KE.06.06KECst_001 .....TTQD-TTN........A..TPTL..-P---------MT-EL-D-K--V--L--R--VVQ-N-............DTQSTNGTSDG-GE...-R-IN----A--------T--------------------D-K-------K---S----------I--------- 278A1.RU.11.11RU6950 ...NSTSYN----........N..SSDS..WVEVMR-----VT-EL-D-KK-V-SL--R---VSTGS.....................NDSEQ...-R-IN----AV-------T-------------------KDTN-T-K---K-----------K------------ 270A1.RW.07.pR463F ..........................AD..MRE--------MT-EL-DRRR-M-SL--R---V--NK...................SRENNSE...-R-IN----A----------------------------KDTE-------K-----------K------------ 256A1.SE.95.SE8538 ..........--H........S..YNVT..NMQ-M------VT-EL-D-R--VTSL-----VV--GG...................NDTNS-Q...-R-IN----A--------T-------------------RDEN-------K-----------K------------ 265A1.TZ.01.A341 ........................NSTE..DREGM------MT-EL-D-K-QV-SL--R---EK-NS....................SNNNSE...-R-VN----A--------T--------------------DTE-------K-----------K------------ 260A1.UA.01.01UADN139 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PSTSTPTSASTTY........S..GEK-..-D--M------VT-IL-D-M-T-F-L--R--VV-L--....SS.................S--...-R-IN--S-T-------I---------------------D-G-----T-R-----------K------------ 278B.GE.03.03GEMZ004 .SDFA.....NN-........A..VNSK..MDT-V------VT----D-M-----L--TV--V--E-....-..................NS-...-R-IN------------I-------------------------D-K-Q-K------------------------ 266B.HT.05.05HT_129389 .CPEYSKTKPNMT........R..ELNE..TIE--R----D-APITKD----N--L--T--LV--KK....EN..................N-...-R--------T----------------------------D-W-----------S-------------------- 274B.JM.05.05JM_KJ108 ..RNDTNSTVGTN........D..GLRI..KQ------T---T--TNE--.-GN-I-DT--VVQAGE....N..................NN-...-R-I----------------------------------RD-K-------K------------------------ 269B.JP.05.DR6538 .NRT......NT-........T..TSVP..DREPM-----DVT--L-D-IT----L--RP-VV---Q....TNNTYNNT...........YST...-R-IH------------M----------------------NS-------------------K------------ 274B.KR.07.07KYY4 ..........N--........T..EKV-..-E--M------VT-N-GN--K--R-I-D---VVQ-ED....NG.................---...-I-RH---------------------------------KD-G-------K-----------M------------ 263B.NL.00.671_00T36 .....NITGSNNN........S..NLEQ..MAR--S------T-T-KN-R-R-F-LLS----V----....-..................SY-...-M-IN---------------Q-------T----------D-K-------K------------------------ 267B.PE.07.502_2649_wg8 ............N........S..MGGT..---GM-------A.KSKD-...GR-I-D-V-VVK-NG....SSDND..............SAI...-R-I-------------IT-------------Y--I---D-R-------K------------------------ 257B.PY.03.03PY_PSP0115 .........XNXT........-..EIM-..DX----------T-T--D-------L-----VV--GE....-NS................N--...-R-I--------------T--------------------------K----------X----------------- 263B.RU.11.11RU21n .....................N..NSSI..-GS-M-------T--MKKG-K----L--N--VVQ---....ND.................-S-...-R-I------V------L-----------------I--------------D----------K------------ 254B.TH.07.AA040a_WG11 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356H

IVSequence

Com

pendium2013

Env

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

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glycosylation NDT*

glycosylation NTS* * *

glycosylation NKT* *

glycosylation NGSV1 V2 glycosylation NGT

glycosylation NCS CD4 binding glycosylation NVSglycosylation NIS

B.FR.83.HXB2 .........NSSS........G..RMIM..EKGEIKNCSFNISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDN....D..................TTS...YKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGS 264G.KE.93.HH8793_12_1 .....................TVANESV..SAQ---------T-E--DRKR----L--R--V---ND....-SSNSTG...........NYSN...-R-IN--V-T-K------D-D---------G-------KE-E-------Q-----------K------------ 265G.NG.09.09NG_SC62 .....YIGNYTKT........N..YTCE..--DK-V--T---T-E--DRRK--H-L--R--V-----.....................NNSSE...-R-IN--V-T-K--------------------------RD-N-T-K-E-K---S-------------------- 267G.PT.x.PT3306 ....NSTSTGN-T........V..SPVV..GNK-L-------T-EL-D-QKQ---L-----VEQ-SD....G.................SNN-...-R-IN--V-T-K--------D-----------Y---V-RD-N-T-----Y------------------------ 269G.SE.93.SE6165_G6165 .RNNSTDNSTETN........N..STVD..NP---------VT-E--D-KK-------R--VV--N-.......................A-N...-R--H--V-T-K------T-D---------T-------RD-E-------K-----------K------------ 269H.BE.93.VI991 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.NSRTTPASPT-D........A..GRVN..ISEIM-----KMT-E--D-TRR---L--RQ--V--SG....RP.................ND-...-I-IN------K------N--------------------DRN-------------------K------------ 272J.SE.93.SE9280_7887 ...........T-........N..SSVS..SPDIMT------T-E--N-RKQ---L--RQ-VV---S......................NNKN...-I-IN------K--------Q------------------D-N-----S-K-----------K------------ 261J.SE.94.SE9173_7022 .........D-N-........S..ASNN..SPEIM------VT-E--N-RKQ---L--RQ-VV--NS......................DNK-...-I-IN------K--------Q----------------------------K-----------K------------ 263K.CD.97.97ZR_EQTB11 .....ANKNDTNI........N..ATVT..STD---------T-ELKD-KKRVS-L------VQ-KQ....SEINQ.............SESE...DR-IN----TV-----------------------------N-C------------------K------------ 272K.CM.96.96CM_MP535 .......NSTNNA........T..STVV..SPA---------T-E-KD-KK--S-L--R--VL-LNG....EGNNS..............S-E...-R-IN----T---T----T-------------------KD-R-------K-----------K------------ 26601_AE.AF.07.569M 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NNSSRVNNSTD-T........N..TSKT..NPL-LFQ----TT-IVKD-Q-TQQ-L--RA-LTKL--......................DNST...-R-IN---TT--------N---L--Q------Y-LM---QTG-------NKTVITH-----K-T-----I---T 273P.FR.09.RBF168 ..ASCNNNSS--V........N..XTAD..NPLDLFK----TT-VLKD-K-GQQ-L--RT-L-ALNE....................TANN-L...-R-IN---TT--------T---L--Q------Y-LM---Q-G-------NQTVITH-----K-T-----I---T 269CPZ.CD.06.BF1167 D.......................KIKSNLTSL-MYE-F--QT-EF-D-KKQI-SL---E--MKDK-....................DSTN--...-Y-IN---TA---E-E-S----V--Q----P-Y-M---KDEN-R-K-N--T-RI-H---S-F-MIA-A-H---- 269CPZ.CM.05.SIVcpzMT145 ..........-CT........N..STDD..RL-DMR-----VT-EL-D-KRQV-SL--VE--TA-G-.......................NST...-R-IN---TA-------T----------------L----DIDYK-NET-K-----H-----K--AT---I---- 262CPZ.GA.88.GAB1 .....................KNLTNQTSSPPL-M------VT-EL-D-KKQV-SL--VE-VVNLG-......................ENNT...-RIIN---TA-------T---------------------D-D-S-K-K-------H-----K---T----I--- 262CPZ.TZ.06.SIVcpzTAN13 PTSKT................T..VNTSEI-DYKVL-----QT-EF-D-KKNI-SL--RE-VMKESQ..................NKTNNSEY...-Y-HN---TA---S-S-S-------R------Y-M----DAN-T-A-E-----V-H-----M-MIASW-H---T 277CPZ.US.85.US_Marilyn .....................S..SAVN..TTDIMR------T-EL-D-KKQV-SL--VD-LAH-N-........................NT...-R-IN---TA-------T------------P--------E-D-K-K-E-K-----------K---T---II--- 249

HIV

SequenceC

ompendium

2013357

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Env

glycosylation NTS* *

glycosylation NNT glycosylation NKT CD4 binding* *

glycosylation NSTglycosylation NFT V3 V4

glycosylation NCT V3 tip glycosylation NSTCD4 binding glycosylation NNT glycosylation NST

B.FR.83.HXB2 LAE.EEVVIRSVNFTDNAKTIIVQLNTS..VEINCTRPNN.NTR.KRIRIQRGP..GRAFVT....IG.KI.GNMRQAHCNISRAKWNNTLKQIASKLREQ..FGN.....N....K..TIIFK.Q....S.SGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLF...NSTW.FN. 397A1.AU.03.PS1044_Day0 ---.NRTM---K-I---KEN-----TEP..-N-T-I----.---.-SV--..--..-QT-YA....T-EI-.-DI-K---VVNKTE--KN--KVVVQ--TY..-K......-....-..--S-T.N....H.------VT--------------TSE--...-R--.NA. 403A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ---.GKIM---E-L-----I------E-..-S--------.---.-SWH-..--..-Q--YA....MDDIL.-DI-K-Q--VN-TA-E---QK--TQ--IM..YN...........-..--E--.N....-.----L--T--------------T-E--...----.ND. 390A1.ES.06.X2110 ---.---M---E-ISN---N-----KEP..-N-T-A--G-.---.TSV--..--..-Q--YA....T-DI-.-DI------V---A--K--QEVVKQ--KY..-V......-....E..--T-T.N....-.----------------------TSG--...----.P-. 392A1.IT.02.60000 ---.-------E-I-----------AKP..-N-T-I----.---.-S---..--..-QT-YA....T.DI-.-DI-X-Y-FVN-TE-----QK-SK--GAY..-K......-....-..----R.N....-.-X--L--T--------------T-A--...----.NE. 404A1.KE.06.06KECst_001 ---.--IK---E-I-S-S-N----FVKP..-N-T-I----.---.-G---..--..-Q--Y-....T.EI-.-DI---Y-T-NGSE-----REV-EQ-SNR..TN......I....T..K---A.N....P.----L--M--T-----------TSR--...----.N-. 408A1.RU.11.11RU6950 ---.K--M---E-I---G-I-----TE-..-S-T----G-.---.TS---..--..-QT-YA....T-DVX.-DI-R-Y--V--TE--S--QK-STQ--RY..-H......-....-..----R.N....-.----V-VT--------------T-E--...----.DG. 401A1.RW.07.pR463F ---.NGIR---E-I-N---------DRP..-Q--------.---.-SE--..--..-QT-YA....TNAI-.-DI-K----V-K-E--E-VRRV-EQ-EKY..-K......-....-..--K-T.N....-.----L--T--------------TSA--...D---.RF. 387A1.SE.95.SE8538 --R.-K-M---E-I-N-V-N-----KEP..--------G-.---.-S---..--..-Q--YA....T-EV-.-DI------V------K--HEV-KQ--TY..-N......-....-..----T.N....-.----L--T--TV----------TSG--...----.SS. 396A1.TZ.01.A341 ---.R--R---E-IAN---N----FASP..-K---I----.---.-SY--..--..-QT-YA....T.DIV.-DI------V--TD-----RLV-NQ--KY..-S......-....-..----T.N....-.----L--T--------------TSG--...----.TT. 390A1.UA.01.01UADN139 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---.K-IM---E-L-N---V------ET..I---------.---.-S--F..--..-Q--YA....T-DI-.-DI-----EVNGT---E--QKVKE--K-S..YN......KKNI.TFGN-T-E.-....-.T---L--TM---I-R-------TSK--...--SX.MX. 407G.ES.09.X2634_2 ---.GKIM---E-I-N----------KT..ID-T------.---.-S-TL..--..-K--YA....T-GI-.-DI--------GTD-K-MIGNVTEG-K-I..--......-....-..S---Q.P....P.I---L--T--------------TSE--...--SY.L-S 403G.GH.03.03GH175G VT-.--II-Q-E-V---S-V----F-DT..--------G-.---.RS--F..--..-Q--YA....T-DI-.--I-----IVNGE---QVIQKVKTH-E-I..YN...........-..----S.S....-.A---L--T------R-------TSR--...-NET.G-. 405

358H

IVSequence

Com

pendium2013

Env

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

glycosylation NTS* *

glycosylation NNT glycosylation NKT CD4 binding* *

glycosylation NSTglycosylation NFT V3 V4

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YEK.-KTKVYHT-V-N-P.PLL-KF-ET..IH-T-E-TG-.---.GQVQ-..--..-MT-YN....RENIF.-DT-K-F-YVNATE-RR--EMAKTA---A..TK..............KPTLNIT....R.PK----VENFW---Q-------L-KWI...-E--.L-E 407CPZ.US.85.US_Marilyn --T.KN-TV--K--A-...I-L--FSEG..-NMT-I--G-.--V.GNVQL..--..-MT-YN....-PKIV.-DV-E------KLT-EKQR-YTLEIIKKEANLT..............KVELI.P....N.A-----V-NMML----------TIP--...-M-Y.N-. 377

HIV

SequenceC

ompendium

2013359

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Env

glycosylation NNT*

CD4 binding*

CD4 binding CD4 binding gp120 end gp41 startV4 glycosylation NIT glycosylation NES fusion peptide

V5glycosylation NST

B.FR.83.HXB2 .S...TWST.....EGSNNT......EGSDT...IT.LPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGG.....NSN.........NE.SEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTKAKRRVV..Q....REKRA.V...G.IGALFLG. 521A1.AU.03.PS1044_Day0 TD.........QLNSTEDS-......ALNE-...-I.-------V-----TP-Q-------R-A---E------I------.....-D-T........ST.N-T----------------------R-----I---T------..-....-----.-...-.---V-I-. 528A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 T-............NT-QG-......NNNS-...--.-------FV----R--Q-------K-K-Q-I-------------.....KGKS........-I.T-----E--N-K------------------------------..E....-----.-...-.L--V---. 512A1.ES.06.X2110 ST........WNANTSIQES......NST-N...--.-Q--------L--RA---I-----Q-A-Q-I------I------.....-NGT........-N.T---------------------------------SR------..G....-----.-...T.---V---. 518A1.IT.02.60000 NN.............TISTN......SAEEN...--.-------------R--Q-I-----A-X-E-X-------------.....GG-S........SI.N-T--------------------------I-----R------..E....-----.I...-.L--A---. 525A1.KE.06.06KECst_001 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TG......-ESSNGTE-S........NETGS...--.I------V-----G--R-------E-N-T-R-------------......DGN........GT.T-T----------------------E-K---I---T------..E....-----.A.....L--M---. 516C.YE.02.02YE511 ....MFN--YMPNST...-S......TSNS-...--.-------------G--R-------A-N-T-T-------------......GKD........--.--T----------------------E-K---I---A------..E....-----.A...-.M------. 520C.ZA.10.DEMC10ZA001 ..................E-......T-NG-...-I.----------------R-------A-N-T---------------.NTTD-TTN........-N.T-V------NIK-------------E-K---I----------..E....-----.-...-.---M---. 511C.ZM.02.02ZM108 ........-YYWNST...TG......NSNSN...--.I--K---------E--R-------A-K-T-A-------------..VSNKTDA........-K.T-T---I--N---------------E-Q---L----------..E....-----.-...-.---VI--. 537D.CD.83.ELI SA.........WNNITES-N......STNTN...--.-Q-------K-.VAGR--I-----ERN-L---------------.....IN-.........ST.N-T----------------------Q---------R------..E....-----.I...-.L--M---. 518D.CM.10.DEMD10CM009 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KA........................GNNGS...-F.-----R--V-------R-------A-V---N-S-----------.....ED-.........SS.TDTL-------K-----------------------R---Q--..N....-----.-...-.---V---. 512F2.CM.97.CM53657 NA................MN......RSNGI...--.-----R--V----R--R----A--A---Q-N-S----I------.....KN-.........TN.NDTL-----------------------------------Q--KRE....-----.-...-.---VL--. 514G.BE.96.DRCBL NIS.......................-NN--...--.-N-K----VR---R--Q-------A-N-T-R------I------.....DN-.........ST.-----------KN----------T---KS--I---R-R----..E....-----.-...-.V--I---. 512G.CM.10.DEMG10CM008 ..........................NSTGN...--.--------VR---R--Q-------A-K-T-I-------------.....-N-S...........I-T---A----K---------------K---I---R-R----..G....-----.-...-.L--V---. 512G.CN.08.GX_2084_08 TT........................TNNT-...--.--------VR---R--Q-------A-N-T-R------------A.....-N..........TG.N-T--------------------I---K---I-----R----..-....-----.-...-TM------. 517G.CU.99.Cu74 N-........................T-NGP...FK.--XK----VR---R--Q-------A-N-T-V-------------.....TN-T........-R.T-V---A-------------R------K-------X-R----..E....-----.-...-.MR-V---. 523G.ES.09.X2634_2 ..........................TSN--...--.--------VRL--R-EQ-------E-N-T-R--------V----.....-NDT........K-.N-T---A--------------------K---I---R-R----..G....-----.A.....L--I---. 516G.GH.03.03GH175G ..........................STNTN...--.---K----VR---R--Q-------E-E---D-T----I------.....---NT.......-N.T-T--------------------T---KS--I---R-R----..E....-----.-...-.L--V---. 520

360H

IVSequence

Com

pendium2013

Env

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

glycosylation NNT*

CD4 binding*

CD4 binding CD4 binding gp120 end gp41 startV4 glycosylation NIT glycosylation NES fusion peptide

V5glycosylation NST

B.FR.83.HXB2 .S...TWST.....EGSNNT......EGSDT...IT.LPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGG.....NSN.........NE.SEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTKAKRRVV..Q....REKRA.V...G.IGALFLG. 521G.KE.93.HH8793_12_1 ..........................ISNG-...--.---GX---VRL--R--Q---S---ARN-T-K-------------.....-A-NA.......S-.T-T---A--N-K----N----------K---------R----..G....-----.-...-.V--V---. 508G.NG.09.09NG_SC62 DT........................ITN--...-M.--------VR------Q-------E-S-T-R--------M----.....-N-T........-K.T-T---S----------------I---K--EI--G--R----..-....-----A-...-.M------. 514G.PT.x.PT3306 I-.............QY--S......YEN--...--.--------VR---R--Q-------A-N-T-V--------E----.....-L-NSINTTE..PK.N-----V----KN------------R-K-------R-R----..G....-----.....-.---VIF-. 530G.SE.93.SE6165_G6165 N-........................SENG-...--.---K----VR---R--Q-------A-N-E-N-S----I------.....-N-NTNT.....S-.-----------------------T---KS------R-R----..E....-----.-...-.L--V---. 524H.BE.93.VI991 S-......YTNDTYNSNSTE......DITGN...--.-Q-K----V----R--Q-------R-N-T-I------I--F-RN.....-T-............NVT--------------------------------E-R----..E....-----.-...-.M--F---. 527H.BE.93.VI997 DN.............INMPN......DTGKN...--.--------V----R--Q-------K-S-T-V------I--Y-ED.....KG-.........-D.NVT--------------------------------E-R----..E....-----.-...-.M--F---. 520H.CF.90.056 HT...........NYT--D-......K-NEN...--.--------V----R--R-------Q-N-M-V------I--I-E-.....-AS.........A-.NYT----------------------------I----TR----..E....-----.-...-.M--S---. 513H.GB.00.00GBAC4001 ND..............TG-G......TDNS-...--.---K---------R--Q-------Q-N-T-V------I--L-RY.....VD-.........GT.NVTL---------------------Q-----I-----R----..E....-----.-...-.M--F---. 520J.CD.97.J_97DC_KTB147 N-TV......................TINE-...V-.---K-R--VR---R--Q-I-----A-N-T-T-------------.....-TKES.......-S.--T---T----K----N------I--V--------R------..E....-----I-...-.M--V---. 521J.CM.04.04CMU11421 KN........................DTNS-ANYTI.I--K-R--VR------Q-I-----E-N-T--------I------.....DK-STSN.....-S.T-----T----K-------------E---------R------..E....-----.L...-.---V---. 525J.SE.93.SE9280_7887 N-...........I-AT-D.......TSXA-...--.I--K----VR---RT-Q-I-----A-N-T-T-------------.....-RGNGSE.....-G.T-T---T--N-K-------------E----------------..E....-----.-...-.---V---. 516J.SE.94.SE9173_7022 NN...........IKDT-S-......NDNT-...--.I--K----VR---RT-Q-I-----A-N-T-K-------------.....-R-GSE......-G.T-T---T--N-K-------------EL---------------..E....-----.-...-.---V---. 518K.CD.97.97ZR_EQTB11 ..........................-EDT-...--.I---------------Q-I----TA-N-T-R-----MI------.....-D-NT.......RT.E-T----------------------Q-----I---R-R----..-....-----.-...-.-------. 516K.CM.96.96CM_MP535 ...........................ENG-...--.------------------I-----A-S-N-------MI------.....-N..........TH.N-T----------------------Q-----I---R-R----..-....-----.-...-.L--V-F-. 50701_AE.AF.07.569M 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HIV

SequenceC

ompendium

2013361

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Env

immunodominant region* *

glycosylation NKS glycosylation NYTfusion peptide glycosylation NAS glycosylation NHT

B.FR.83.HXB2 FLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWNASWS.NK.........S.L...EQIWNHTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELDKWASLWNWFNITN 677A1.AU.03.PS1044_Day0 -------------I-----------------S-----------M-K------------V--L-----------------------N----NT--.--.........N.K...SE--DKM--LQ--K--S---QI-YN------T---I------A-----N-----D-SQ 684A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 -------------I---A-------------S-------------K------------V-------Q------------------N----S---.--.........-.Q...-D--GNM--LQ-EK--S----I-YE-L------------D--A-------------S- 668A1.ES.06.X2110 -------------L-----------------S---Q---------K------------V--L------------------I--P------YT--N--.........-.Y...DE--KNM--LQ--K-XSS--DQ-YN---K------I---D--A-----D-----D-SK 675A1.IT.02.60000 -------------L-----------------S----------Q--X------------V--------------------------S---XS---.--.........-.H...DD---NL---Q-XK------NI-YN---Q-XS-------D--A-----------D--- 681A1.KE.06.06KECst_001 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362H

IVSequence

Com

pendium2013

Env

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

immunodominant region* *

glycosylation NKS glycosylation NYTfusion peptide glycosylation NAS glycosylation NHT

B.FR.83.HXB2 FLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWNASWS.NK.........S.L...EQIWNHTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELDKWASLWNWFNITN 677G.KE.93.HH8793_12_1 -------------I-----V-----------S--------------------------V--L----R------------------N--------.--.........T.Y...ND--DNM--IQ-----S---QQ-Y---------------D--A--N-----T--D--K 664G.NG.09.09NG_SC62 --S----------L--------------------------------------------V--M-----------------------N----V---.-R.........-.Y...D---DNM--IQ----VR---QQ-YT--K-A---------D--A--S-----D--A-SK 670G.PT.x.PT3306 -------------I-----V-----------S--------------------------V--L----R---P--------------N----T---.--.........-.H...DY--KNL--VQ-E---S---QE-YN-L-VA-T---Q---D--S--------D--D-SH 686G.SE.93.SE6165_G6165 -------------I-----V-----------G--------------------------L--------------------------N----V---.--.........-.Y...NE--DNM--I--E-------YQ-Y--L------------D--A--Q--------G--R 680H.BE.93.VI991 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HIV

SequenceC

ompendium

2013363

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Env

transmembrane domain glycosylation NGS*

glycosylation NATgp41 cytoplasmic tail start

B.FR.83.HXB2 WLWYIKLFIMIVGGLVGLRIVFAVLSIVNRVRQGYSPLSFQTHL.PTP.RG.PDRPEGIEEEGGERDRDRSIRLVNGSLALIWDDLRSLCLFSYHRLRDLLLIVTRIVE.LLGRR.......GWEA.......LKYWWNLLQYWSQELKNSAVSLLNATAIAVAEGTDRV 829A1.AU.03.PS1044_Day0 ------I--------I-----------IS--------------T.-N-.E-.L---GRT------QG--------S-F---A-------------------S----T--.---HSSLKGLRL---G.......---L----V-------I---N-YDTI-----GW---- 843A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ------I--------I------T----I---------------T.-N-.E-.L---GR-------QG-G------S-F---A-------L---------FA--AA-T--.---HNSLKGLRL---G.......---LG---L--GR--RV--IT--D----T--GW---- 827A1.ES.06.X2110 -----RI--------I-----------IK-------------LT.-N-.-E.L---RR-------QG-G------S-F---A-------------Q---FV-----A--.---HSSLKGLRL---G.......---LG---I--IR---I--I---DT---VI-GW---I 834A1.IT.02.60000 ------I---V----I-----------I--------------LT.-N-.E-.----GR-------QG--------S-F---A---------------K-FVS-AA-T--.----SSLKGLRL---G.......---L----V--GR---------IDTI-----GW---- 840A1.KE.06.06KECst_001 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364H

IVSequence

Com

pendium2013

Env

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

transmembrane domain glycosylation NGS*

glycosylation NATgp41 cytoplasmic tail start

B.FR.83.HXB2 WLWYIKLFIMIVGGLVGLRIVFAVLSIVNRVRQGYSPLSFQTHL.PTP.RG.PDRPEGIEEEGGERDRDRSIRLVNGSLALIWDDLRSLCLFSYHRLRDLLLIVTRIVE.LLGRR.......GWEA.......LKYWWNLLQYWSQELKNSAVSLLNATAIAVAEGTDRV 829G.KE.93.HH8793_12_1 ------I--------IS-K-I-----------K---------LT.HHQ.-E.-----R-------Q-K-------S-F---A-----------------FI--AA-T--.---HNSLKGLRL---G.......---L----L--GR------IN--DTI-----NW---- 823G.NG.09.09NG_SC62 ------I--------I-FK-----F-----------------LP.HHQ.-E.-----R---G---Q---------S-L---A---V-------------FIS-AA-TA-.----SSLQGLRL--AG.......---L----L--G-------I--VDTL--V-GNW---- 829G.PT.x.PT3306 -----RI--------I-----------I-------------ILP.HHQ.-E.-----R---G---Q---K-------F---A-----------------FI---A-A--.----SSLKGLRL---G.......---L----L--G----S--IN--DTV-V---NW---- 845G.SE.93.SE6165_G6165 ------I--------I--------------------------LT.HHQ.-E.---------G---QG-G--V---S-F-P-------------------SI---A-T--.----SSLKGLRL---G.......---L----L--GR------I---DTV-----NW---- 839H.BE.93.VI991 -----RI-------II-----------------------L--LI.-NQ.--.----RE-------Q-----------F-P-V-E---N------R------S--A-T--.-----.......----.......--LLG---L--G-------I----T-----------I 835H.BE.93.VI997 ------I--I---A-I----I-------G-------------LI.-N-.--.-------------Q--G--V-----F-PIV------------RL---S----I-T--.-----.......-R--.......---L-------G-------IN---T---V-------I 828H.CF.90.056 ------I--------I----I---------------------LV.-N-.--.------T--G---Q-----V-----F-PVV-------S----RL--------V-T--.-----.......-R--.......---L-------G-------ID---T----------GI 821H.GB.00.00GBAC4001 ------I---VI--XI------T----I-S------------LT.-NA.-R.-------------QG----TP--S-FFI-V-Q--WN------R---------A-T--.-----.......----.......---L-------G--------N---T---V-------I 828J.CD.97.J_97DC_KTB147 -----RI--------I----I----A-------------L--LI.-N-.T-.V---GE---G---QG-T------S-F---A-----------------FV---A-T--.T----.......---I.......---LG--VC--G-------I-----------A----I 829J.CM.04.04CMU11421 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HIV

SequenceC

ompendium

2013365

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Env

*cytoplasmic tail end

gp41 endEnv end

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366H

IVSequence

Com

pendium2013

Env

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

*cytoplasmic tail end

gp41 endEnv end

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HIV

SequenceC

ompendium

2013367

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

cpzProteins

Nef

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B.FR.83.HXB2 MGGKWSKSS.VIGWPTVRERMRRA.......................EP.AADRVGAASRDLEKHGAITSSNTAATNAACAWLEA.QEE...E.E.VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQ.RRQDILDLWIYHTQGYF.PD*QNYTPGP.GVRYP 135A1.AU.03.PS1044_Day0 -------R-.SK--SEI--KI-QT....P...................T.--EG---V-K--D----V----V..NHPS-T----.---...G.-.-----R---------F-G-F---F--------D---Y-X.K--E-----V-N-----.--W-------.-I--- 134A1.CH.03.HIV_CH_BID_V3538 ---------.IV---EI------T....P...................A.--EG---V-----R--------------S------.---...-G-.-----R---------F-G--------------D---Y-R.K--E-----V-N-----.--W-------.-T-F- 137A1.ES.06.X2110 -------RRREVE-TE-----QQT....P...................A.--SG---V-Q--D----V----I..NHPS------.--D...-.-.-----R-----------G-F---F--------D-----K.K--E-----V-------.--W-------.-I--- 135A1.IT.02.60000 ---------.IV---E----I---....PAPA................-.--RG--PV-Q--D-Y--V--R--ST---T------.--D...-.-.-----R-----------G--------------D---Y-R.K--E-----V-------.--W-K-----.-I--- 139A1.KE.06.06KECst_001 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368H

IVSequence

Com

pendium2013

Nef

HIV-1/SIV

cpzProteins

HIV-1 Proteins

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B.FR.83.HXB2 MGGKWSKSS.VIGWPTVRERMRRA.......................EP.AADRVGAASRDLEKHGAITSSNTAATNAACAWLEA.QEE...E.E.VGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQ.RRQDILDLWIYHTQGYF.PD*QNYTPGP.GVRYP 135G.KE.93.HH8793_12_1 -------R....---A----I-QT....PIRQTPP...............--EG---V-Q--AR----------TN-PD------.---...DS-.-----R----V--------F---F--------D---Y-K.K--------V-N---F-.--W-------.-T-L- 139G.NG.09.09NG_SC62 -EN-----.....--A----I--T....P...................A.--EG-----Q--TR---------SDR-PDV-----.-Q-...DS-.-----R-------------F--GF--------D--TY-K.Q--------V-N-----.--W-------.-I--- 133G.PT.x.PT3306 --A----V-.IV---EI---L--TRQN.PPA.................A.--VG-----Q--AR------R----N-PD------.---...-S-.-----K-----------G-F---F-----------VY-K.Q-R------V-N-----.--W-------.-I--- 142G.SE.93.SE6165_G6165 ---------.IV---E----I-NT....PT....................--EG---V-Q--DR-----------N-PD------.---...DS-.-----R---------F-G-F---F--------D---Y-K.K--E-----V-N-----.--W-------.-T-F- 137H.BE.93.VI991 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HIV

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2013369

HIV-1Proteins

HIV-1/SIV

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Nef

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370H

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cpzProteins

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HIV

SequenceC

ompendium

2013371

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HIV Sequence Compendium 2013D67N Pol 222 330 K70R Pol 225 330 D110 catalytic site Pol 265 330...

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