Membranproteiner

Kapitel 12

Membranproteiner

Integrala membranproteiner

Perifera membranproteiner

Colicin A

Paradox: MembranproteinSom är lösligt både i vatten och instopppat i membran

Alternativ Konformation i lösning jämfört med i membran

Bakterierhodopsin

Bakterierhodopsin

Retinal, ljusabsorberande pigment

RetinalBlå= grundtillstånd

Röd=exciterat tillstånd

Rhodopsin

Proton förflyttning hos rhodopsin

Proton förflyttning hos rhodopsin

Proton förflyttning hos rhodopsin

Porin

Trimer av porin

K+-kanalen

K+-kanalen

K+-kanalen

K+-kanalen

K+-kanalen

”från sidan” ”uppifrån”

Fotosyntetiska pigment

Klorofyll

Ubikinon

Diffraktionsfoto på fotosyntetiska reaktionscentrat

Fotosyntetiska reaktionscentrat

Fotosyntetiska pigment

Schematisk bild över reaktionscentrat

Light harvesting complex, LH2

Light harvesting complex, LH2

Light harvesting complex, LH2

Light harvesting complex, LH1

LH1, LH2 och reaktionscentrat

Energiflöde via LH2 och LH1 till reaktionscentrat

Hydropathy plot

• Beräkna utgående från ett ”fönster” (19 aa) hydrofobiciteten och plottar mot sekvensen

• Kan förutsäga vilka delar av en transmembranhelix som är inbäddad i membranet

• Kan även användas för cytosoliska proteiner, vilken information får man då?

Hydropathy plot

Hur beräknas dessa skalor?

Några exempel från PDB

• K+-kanalen

• Rhodopsin

• Colicin A

Signaltransduktion kap 13

Topologi cH-rasp21

Topologisk brytpunkt

Bindning av GTP till aktiva ytan

Inbindning av GTP till transducin

Komformationsändringar hos transducin

Transducin

Komformationsändringar hos transducin

G protein, Transducin, heterotrimer

G protein, Transducin, heterotrimer

G protein, Transducin, -subenheten

Phosducin, regulator av GTPase aktivitet

Phosducin, blockerar bindningTill -subenheten

Phosducin bindning till transducin dimer

Human growth hormone

Four-helix bundle

Human growth hormone receptor

Immunoglobulinfold

Bindningsyta för HGH

Bindning av HGH till HGH receptor 1:2 komplex

Osymmetrisk bindning av HGH

Bindning av Prolactin receptor till HGH 1:1 komplex

Hormon receptor interaktion

Hormon receptor interaktion

Tyrosinkinas familjen

Src Tyrosinkinas

• Signalprotein som kontrollerar celltillväxt• Signalering sker med hjälp av fosforylering

av tyrosiner• Hundratals olika Tyrosinkinaser som är

närbesläktade, ”Knock-out” ofta ingen effekt

• Onkogen, genen alltid aktiv ger ohämmad celltillväxt, utveckling av cancer

Src Tyrosinkinas, SH2 domänen

Src Tyrosinkinas, aktiv och inaktiv form

Från: PDB, ”molecule of the month”

From: Time Magazine 28 May 2001

Tyrosinkinas med inbunden Gleevec (Cancermedicin)

Några exempel från PDB

• Transducin

• G protein trimer

• Inbinding av GTP/GDP kolla konformationsändring