+ All Categories
Home > Documents > Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre...

Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre...

Date post: 13-Aug-2020
Category:
Upload: others
View: 0 times
Download: 0 times
Share this document with a friend
36
Transcript
Page 1: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

������� �� �������

�� ���� �� �� ������� �� ���� ���������

������� �� ��� �� �� ����������

������ ������

���������� � ���� � �� �� ���� ����

�������� �� ��������� �� ������������ �� ������������ �� ������

���� �������� �� ������

��������� ����

Page 2: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

Page 3: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

����� ��� �������

� �������� �� ��� �������� ������� �� ��������������� ���� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ���� ��������� �� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �

����� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ������ ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ������ ������������ �� �������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �

��� ���� � ������ ��� ������ � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ����� ��� ��� ������! �� "���� ��������� ��������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � ����� ��� ��� �#$"% � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��& �������!������� �� ��� �!�� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ����' (������� �� �� ������� ��� �#$"% � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � �'��) ����������� �� ��� � ������ ��� ������ ��� ��� �#$"% � � � � � � � � � � � � ��

� ������������� ����� *��+� ������� �� �� �������� �� ��� ���,-����� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ����� ����������� �� ��� �� �.����� �.������ -� �.���� �� ���,-����� � � � � � � � � � � � � ����� "������������ ��� ��/�������� ��������-���� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� "��0� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ������� "��,��� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ������� "��,1�� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ������& %�2 "��0� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ������' "���� "��,����� 1�����, � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

��& 3���������� �� %�2 "��0� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

� ���� �� ����� ����� #!����� �� ��! �4���� �� ������� �� � �4��� �������� � � � � � � � � � � �'��� #!����� �� ������ �- �� ��� �!�� ��� ���������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

����� ��� �- �� ��� �!�� ������� ����� �� ������ �� �� �������!������� � ������� ��� �- �� ��� �!�� ������� ��� �� ������ �� �� �������!������� � � ��

��� #!����� �� �#$"% ��������� � ������ ����� �� ������ � � � � � � � � � � � � � ����& ��������� ����������� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ��

Page 4: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

& ����� ��� �������

Page 5: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

'

� ��������

1�� ���������� ���������� ����������� �������������� �� ���� �� 5���������� ������ �!�������� ����� ������ "�� � ����� ����� �6 ��� ��������� �� +��� �� �� �,��-��� ���� ������ �� ���������-� ��� ������������� �� �.��5���������� �� ��� ����� �� �������� �� �������� �5� �� �������� ������� ��������� ���� �� ��5����������� 1�� �������� �������� �� ������������ ��5��� ����� ���� �������� 7��������6 �����������6 ���86 �� ��� ������������� �� ���5������� ��� ����� ��������������� �� �� 5���������� +��������

1�� ������! �� "���� $9��������� :;���&< �� ��� �������� �,������ :=���)< ��������� ��!�� �� ������ 1�� �������� ���� �������-������� �������� -� �� ������������� �� �,��-���� ����� ������������ �� ��� ������ ���� ���������� ��� ��� ����� �� 5���������� �� ��� ���� ���������

��������6 ��� ������! �� "���� $9��������� �� ���������� ���6 ���� ��� +��������� ��������6�� ������� �� ����� �.������������� ��� ��/�������� �������� ���������� �� �.���������� ������������ �� ��������� ����������� ����9���������� �.��� ����� �.�� �!������� ��� ������! ��"���� $9���������6 �������� ������! �� "���� ��������� ������� -� �.������������� 7�#$"%86� ����� ��������� ��� ����� ����� �� ������������ ������ -� ��� ���������� �!�� :( �<� $���+���6��� ����,��� �.������������ �� �� �������� ��� ��� �#$"% ���� ��� �����-���� ������������� 1���� ��� ������ �.������ �� �� 5���������� ��� �#$"% ��� �� >� ��� ���������� ��������� -��! ���������� ���� �� �.����� ��� �������� �,�������

��� ����� ���������� ��������������6 ��� �5��� ������� �� �������� ��� ���������� �� 5����������+������� ��� �������� �,������6 ����� �� ��� ��������� ���������� �� ����� ��� �����!���������� �.����� �.������������ �� ���� ��������� ���� �� ������ ������� �� ����� �����6 ������ ������ +�������� �� ��� �#$"%� "�� � ���-���6 ��� �5��� �������� �� �������� ��� ���������� �� ��� �� �.�������� ��� ������ ��������� 7����� �.������8� ��� �������� ��������������� ��� � ������ ��� ����� -� ���� ���� ��� ������� � �,��-��� �.����������� ������������ ��� 5�������� � �� ����� � 7���,-����8� 1.���������� �������� � ����� ������������ �� � -� �.���� ��%�2 "��0� :?�� �<6 �� ��������-��� �������� �� ����������� ��� ���,-������

��� �� ������� � �� � �������6 ��� ����������� ��� ������! �� "���� ��������� ������� -��.������������� �� ��� ����������� ������� � ��� �� �.����� �.������� 1� ������� � �������� ����@ ��� ��/�������� ��������-���� �� ����������� ��� ���,-����� �� ������ �������� ���.���������������6 �� �AA6 ��� ����������� �� ��� �5��� ���5��������� #���6 �� ������� � +��� ������� �� ��� ����� �� ��� �5��� ������ �� �� ��� �������� �� ��� �� �5��� ��������

Page 6: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

)

Page 7: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�������� �

�������� �� ���� ���������

���� ��� � ������ � ���� �

��� � �������6 ��� ������������� �.����� �� +��������� ��� ������! �� "���� ���������������� -� �.������������� ��� �� �.��� �������� B��5��� ���� �� ����9;���� ��������

:( �<� %�� ������������� ������ �� �������� �� ��� �!�� �� �.����� �.������� "�� �����5�������� �� �� �������� �� �������!������� �� �.����� �.������6 �������� �� ������ ����������������� ��������� ������ ��� �������� �� ��� -� �.���� �� *; 7��������� ��� �� ��� 8:1( ��<�

��� ����������

���� �� �������� ��� �������� �� �!������� ��� ������! �� "���� :( �< �� ����� ������� �� ����-��� ���� ���� ���������� ��� �4���� ����� ����� �.�� ���������� ���������� ����/������� ���������� "�� �� �������� �.������������� -� ���������� �!��6 �� ���-��� �#$"%�������� ��! ��5��! �������� 7� �� �8 �������� -� ���� ���� C �� ������� ����������� ���������� ������6 �� ����� �� ��������� �� �� �4��� ������������ #���� ������ � ������� � 6 ��+������ ��� ������ �� ������������ �� ����������� �� �.���������� �� �� ����-��� ��5���� C ����� �������� �� �� ���� � ��������� � ����������� 7� � �����8 �� �� �4��� � 6 �7�8 ������� �� �� �4��� � ��� ��4��� �� ���7�7�88 ������� �� �� �4��� � ��� ���5��

�� �.��� ��� ���������� �� ������� �� �����-����� ��� ����� ��� ����� �.� �#$"%� #� +���6���� �� ���� �� ����������� ��� �� ���5���� ������� � �������� 7��� �!����� � �������� � ������ ��������86 �� �������� 7�8 �� ��� ��������� 7�8 �� ���� �� 4���� �������� ��� � �����������6 �� ���������� ��� ��������� ��� ������� -� ���� �.� ������ �� "���� �������� ������������ ��� ����5����� � +��� �.������� -� ���� ���� � �������� ��� ��� ���� �!���+ �� ����������� ��������

��� � ������ �� � ��������

����� ��������

��!����� �"� #������� �� ��� ������� ������ �� ���������������$" �� ������ ��"���� �������� ������ -� �.������������� ������� �� � �� ��� � D 7� � ��� � �� � ��� ���8 �� �� �

� � D ��� �� � � � ��� �� � �������� �� ����!�� � �����"

Page 8: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ��� �� ������� �� ��� ��� ���� �������� � ���������������

���� � ��� � �

���� � ��� � �

���� � ��� � �

���� � ��� � �

�� ��� ��

�� ��� ��

�� ��� ��

�� ��� ��

� �

��� ��� E �#$"% �� ��! �4���� ���������� �� � ��������

� � D ��� �� � � � ��� �� � �������� �� ����!�� � ����������� �� � � D ��"

� ��� � 7�� 8� �� �� #��� ��� $�������� ����%���"

� � �� � 7�� 8� �� �� #��� ��� $�������� �!�� "

� �� � �� �� �� �����&� ��� ��� �'����"

� � � 7�� 8� � � � 7�� � ���8� ��� ��� #��� ���� ����� ������ �!���� ( ��� �)��� ����� ���( �� � � � �� � ��� *� � � ��� �� �� � ��"

� ��� � 7�� 8��

�� �� #��� ��� � �����&� �� �#" ���7�8 �� �� ���+�� ��� � �� � �� '�&��$������������ �� �� �����&� � " ���� ,-�./0( ���7�8 �� '� ��� ��� �� ���� ���$������������ %� ������ '� �� %� ��� �� � ���� �����%� ��� �� �� ��� �� �� �� �� � � � �� ��� �� � �������� �� � ���������� ��� � ����� ���'��� �� �$�� ����� �$�� ����&�'� %� ��� ��������� ���� �# � �$���)� �� �� �� '��������"

� � � �� �� �� #��� ��� $����&����� � ������ '�"� � � �� �� �� �� #��� ��� $������ ���"

��� ��� D ������� � � � ���� ��% ����� � �� �$�������� �� �����&�� ����������������'�� %� � �����&� � ���'� � �� �� ���� ��� �� ���� � ��� ������ '�� ���� '��� ��������" 1� �����&� $�� ����� � � � �� �� �# ��� �� 1� ����� � ����������� � ����� �� ����� ��� � 2� 3��� � �� ����� ������'�� � �*��� ��������� �$�� ����'�� ��� ��"1� ������� ���+ ���7�8 �� ��� �$'��'���� � ��� �� ��( ��� �)���� � ��� ����������'���( �� �$���� � ��� � � �� �����&� ��������� �� �$�� ����� ������'�� � �*������������ � ��� ������ ���� 4 �� ����'��"

��� ������� �.��������� �������� ���������� �.�������� ��� ������! �� "���� ��������� �!�#$"%�

%������ �"�" 1� &�� /"/ ��'���� � � ����� � ���� ��� ����� �� *��)�� ��� �'���� ����� � �*��� ���������" 1�� �� �!� '�� ������'��� �� ������ �� � �� ��� ������ ����� �!�� �������� ������ �� � ��"

����� ���� �����

#� �.��������� ��� ���5�! ����������� ���� :1"F�'<6 �� ���������� �.� �#$"% ��� 4����������� �� ����� �� � �,��-��� �� ���������� ���������� �� ��� �,��-���� ��������� ��� �,��-������ ���������� �������� �5� ��! �,��� �� ����������� C ��� ����������� ����-���� ��������� �!��5��������� 7���� �� �����������8 �� ��� ����������� ������� ��� �.��������� � ������

Page 9: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ����������� �� ����������� �

3� �����&� � � ������ ��� � ��������� �� �� ��� �� �� � ��7�8 ��� �� ������ �� >��������� �� ���� ��

3� �����&� �� �# ���7�8 � ������ ��� � ��������� �� �� ��� �� �� � ����7�7�88 D�7�8� ���7�7�88 D �

3�� ���������� � ��� ���� ����������'�� ��� �� ������� � �� � ���7�8 7�"�" �� �� ������ ��>����� � ������� � ���� ���� ���� �.������� �� � ��� �������� � ����� � ����� �� �.������� ���� ���� �� ���� ����������8� B� �� ���� � � �������7�8�

3�� ���������� � ��� ���� �� �!� �� ���� ��� ������������� ��� �� ������� ���+ ���7�8� B� �� ����� � �������7���7�88�

3�� ���������� �� ��� ���� ��!������� ������������� ��� �� ��� �� �� ���������� �� -� ������ �������� � 6 �� ��� �� ������ �������7��� ��8 �� �� ���������� ��� ������������� ��� �� ��5���������� � ���7��8 A � ��7��8 ���� ��� ��� � � ���7��8 �- � ��� �� ������� � ������ �5����� ��� �� ��� G�����������6 ��� �.����� C

�������7��� ��8 D 7���7��8 �� � ���7��8 A � ��7��88 � 77�� D ��8 7���7��8 � � ���7��888

"�� �!�������6 ��� ������ �������7� ��8 �.�������� ��� ����������� ��5�������� ����������������� �� ��� �� �� ���������� �� -� ������ � ������� � �

��!����� �"�" 1� �'���� ��� $� �'���� � �� �� ������� '� �� %� �$������������ � �� '� ��� ����� � �4� %��� � ����� ��� �������'� �� D 7� ���8 ,1�5670 �� �� �

� � D �� � 7�� 8�

� �� D 7�� H 8 �H �� �� !��� ��� ��� ������ �� �� 7� ��8�� �� �� ���� ��� � ����� ��� ������ �� ���� ��� � ����� ��� ��� ���� �� ���� ��� � ����� ��� ����%� �"� 1� ���� ��� � ����� ��� ��� ��� �� '� ��� �� � �� ��� �

7� �8�� 7� ��8 �����

� ��� � �������7�8 ��7��8 D

��7��8 �� ���7�8 � ���7��8 �� ���7��8�7��8 A � �����

��� � �� ���7��8� ��7��8 � �7��8

� 1� ���� ��� � ����� ��� ����%� � �� '� ��� ��� � � ��� �

7� �8��� 7� � ��8 �� ������

�����

���7�8 ���7��8� � D� � ���7��8 A � ��7��8�7��8 � �7��8 � �7��8

��� ��7��8 D

� �� �������7��� ��8�7��8 �����

����� ������������� � �������

��� :( �<6 ���� �� �������� ��� ���������� �� �������� ��5��� �������� �.�������������� �� �������� ��� �#$"%�

&�������� �"�" 1�� �����%���� $����������� '� � � ����� � ��� ��'�������� ��� ��� �����"

����������� �"�" �� �'���� � �� �� ������� �� � ��� ��� ������ $� �����" ����������( ������ � ��� �'� �� ��� �'����� � �� �� � ��� �'����� � �� �� �!�� ���� ��)��� �����!�� *� �� '���� � ����� �� �'����� � �� �� �������� ,���890( � ( ��� ����'���� ( ������� �����" :� ��� ������'� '�� $����������� '� � � ����� � ��� ��'�������� ��� ��� �'����� ��� �� �!�� �� ���� ��)��� ��� � ��� ��� ��� �����"

Page 10: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

� ��� ��� �� ������� �� ��� ��� ���� �������� � ���������������

$���+���6 ���� ��� ��� ������! �� "���� ��������� :* ��<6 �� �� ������ �� "���� ���9>������� ������6 ����� �� �#$"% ��� �������

��� ����� �� ������ ��� ������

����� � � ��� ����� �� �� ���� ������� � �� ���

1.����,�� �.� ������ �� "���� �������� ����� ��� �� ��� �� �.����� �.������ ���������$���+���6 �.����� �.������ �.� ������ �� "���� �������� ������6 �� ����-��� ��5������6 �����6������������ ��� ��� ��������6 ��� � ������ �� "���� �������� ������6 �� �������� ���������� �� ������.����� �.������ ���� � �������� ��� �� ������� $'� � � :* ��<� 3�� ����� �.������ ������� ������ ������ � ������ ����� �� ��� �� ��! ����������� �����5���

��!����� �"�" ��� ����� �.������ � $� �'���� � �� �� ������� �� � ����� 7� 8 �% ��� � �����&� �'���� � � � �������� $��'��� ���� �����'� ������� �� ���"

1�� ��'��� ���� � ��� � �� 4��� ���� � !� � �� ��� �� �� �� �� ����������'���(���� � !� � !� � ���( �" # ��� �� " �D # � 7�� ��8 � �������7�8�

!� ����'���� � �� ���� � �� � �� ����� ��� ����������'�� �� ���� �!���� %� �$��� �� �% �$�� �� �� �'� ��� �� ������"

����� ��� �� 5������ ���� �� ������� �6 ��� ���,-����6 �� ��� ��� ������� ������ ����� ������ �����������6 ��� 4���� ��� ��� +���� ��������

%�� �5��� 5 �� ��� ����������� ����������� �� ������� �.�� ����� �.� ������ �� "������������ ���� �� �� +���� !��!� � ��� �� �� � !� � �� �5� � " � �� �� �� # � ����� %����� !��� 5������� ����� �� !� D � %�� ��5��� ������ ����� ��� ����������� ������������ ��� �� +����!��!� � ����� �5� � " � � ��� 1� �,��-��� ��� ��� 4���� ������������ ��� �� ������ � � ����7�8����� �� �� ��� ��� �.��������� �� � ����� �� �� �9-��� ����� �� �� "9-��� ������6 ��� D �

��� � � ��� ��

�� ���� � ������ � ��'������� � �������� ��� �� ��� 7 *;8 �� �������� ��� �� �� ���������6 �� ���� ��� +���� ������� �.� ���,-���� +������ �����5���� � 5��������

� �� �����!���� � ���� �� �!����������� �� � :�G" �<� "�� �����6 ��� ��� *;6 �.�������6�.����������� �� �.��������� ���� �� �����!���� ��������� �� � 7$7��88� 1� ���� � 5��� �� �� ������� +���� ������� �� +��� �� $7��8�

#���� ������ � �������� �.����������� 6 ������ � � �.�������� ��� �������� �� �

��!����� �"'" ��� ������� �� D 7�� �8 � �� D 7�� �8 ��� '�&���� �� �� D �� � � �� D � ��"

"�� 5������� �.��������� ����� ��! ��������6 ��� ��������� �.����������� ���� ��� ��� +����������� �� �� 5���������� ��� ������ �/����� �� �� +����� ��������� ����� �������� ������ ��� �� �� ���������� ��� �,��-���� �.����������� �� �� ����������6 � ��� ������6 �� �������������

��!����� �"�" ��� � D 7� 8 �� ������ $'� � �" ��� ����� ��� �� �� � � ������ ��� �$���� � �� � %������7�8�( ���� � ���( ��� �� ������ �( �7��8 � ���

�� ���� ����7��8"

��!����� �"(" �� '��)'������� � �� $� ����� �� �� �'������ ��� � �� ��� � ������ � ����� ���� � � !����� ���������� & D &� &� &� � � � �!�� &� D 7� ��8 �% �� ��� ��� ����� ����� � � � ��� ��� ��� �� � � ��"� �� ���'� � '��)������ � �� �� &( ��� ��!��� '� ��� �� #��� ��� �����7&8 D

����� �"

#���� ������� �� ����� � D 7� 8 �� �� ���������� ������� �� 6 �� ����� � � D 7� � �8������ -� ������ �� � ��� �� ��� �� �� ��� ������� ��� �� ��� ��5��� C

Page 11: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ������ �� �� �� ��� ������� ��

E %�� ������ �� ��5�� ������� �� �� �4��� ����-��� �� ��� ��� ������! �� "������������ C � � D� � ���7�� 8 A � ��7�� 8

E � ��� ������ �� �� ����-��� ��5���� C

�� %�� �/����� ��� ���������� �� 5�������� C �� �D % !� � !�� A !� �5� !�� �

�� %�� ���������� ����� ��� 5�������� �� ���������� -� ��� ����������� ����������������� ����� ��� �� �� 7�� �������� ��� �!����� �� �������� �� G�����9;��I0�� : ��)�<86

�� %�� �>����� ��� ����������� ������5�� �! ����������� ��5�������� �������������� C

��� � �������7� ��8 �7��8 � !�� � �7��8

&� %�� ������ �� +���� ������� � ��5�� ������� �� �������� ��� �!������.���������� �� G��,�9J������� :*�� �<�

�����)�� �"�" 1�� �)��&���� � � !�������� ��'������ �$'�������� ���� ��� ��� ����� ��������������'��� ��� � �)��&���� $���&��� ���� � �� ��!���� ���&��� ��������� %� �$��� �� � �� � �� "

1�� ��� ���� �� !�� ��!�� '�&������ *� �� '���� �� !� !� ( �� �� ������� �� #�� �� ����!��� �)���� � ���� �� ( ���� � �� ��� � ��� ����� ���� ����������'��� ����� ��'��� ��� ��"

3�� +��� ������� ���� �������� �.��������� ��� ������� �.�� �����6 �� ��� �� �.������.������ �.� ������ �� "���� �������� ������� ���������� �� �� ��������� ������� � �������.������������ ��� ������ �.������� ���� ������� ��6 ������� �� �� ����� �.������ ��������6 ��� ���������� ������ �� ������ ��� ����������� �������� ���� ������ �� ����-��� ��������5� >��.-� ��� ��� ��� ������� ������� ����� ���>-� ����� �����������

����� � � ��� �����

*���+�� ����� �� ������ �� ���+������

1� ������� �! �#$"% �.��� ��� ���������� #� �/��6 ������ ������� �� ���������� ��� �#$"%��������� ���� �� ���������� ���6 ��� �������� ��� ������ �.������ �� ��5��� ��� 4���� ������ ���� �4��� ����-��� �� ��� ��� ������! �� "���� ��������� ��������� �� ���������� ��� ���������� ��������� ���� :( �< ��� �� ��������� ��� ����������

"�� ������������6 �� ��������� �� 5�������� ���� �� ������� �� ��� �.��� ���������� �/�������� �� ��� ��� ����� ���� �� �!��� � ���6 � ������ �� ����������� ��� ����������� ��������6.��� �� ������ � �� �� �# �� ���� 4���� ����������6 �"�" �� ������� �� ��� ��������� �! 5��������������5�� -� ��� ����������� ���5���

�� �� ����� �.������ ��� ��>��� ������� ��� � ������� �� � �������6 �� +���� ����������� ������� �.���6 ����6 ��� �������5���� 1� ��5���� +���� ���������� ��� ���� �.� ���,-���� �5� �������������� ��������� >��.-� � 5��������6 �- � ��� �� ������ �� ����������� �������������� ��� ��������� �� �� ����� C�

�� � '� � ����� � �������7�8 ���'�� A � � �A ���'�� � �������� �7��� � � � ���8 � �������7�8� �� 7��� � � � ���8 � �

��

%������ �� ������ ����

%�� �������� �� �.�!����� � ��� �!�� � ������� �.�� ������ %�� ������� �.�� ��������� �� ������� � �� �4��� +���� �� ��� �.�� ����� �.� ������ �� "���� �������� �������� ����� ������� ������ ��� ���������� ��������������6 �� ��� ������ � ���������� ���,�������� �6�������������

Page 12: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

����� ��� �� ������� �� ��� ��� ���� �������� � ���������������

���� � D 7� 8 �� ����� �.������ � �#$"% ����� �� C

D

�������������������������������

�� � !� � ���� � !� � ���� � !� � ���� � !� � ������ � !� � !� � ������� � !� � !� � ������� � !� � !� � ������� � !� � !� � ������� � !� � !� � ������� � !� � !� � ���

7���8

%�� �������� ���� �� ��6 �� �� �� 7�!������ ���� ��������� ��� 5�������� !�6 !�6 !�8 �������5��6 �� �� �� �� �.��� ���� � ���6 ��� �������� �� �� ��� ������� �� ��� ������ ��������� �� �� ����� ������ �� ������ ��� 1� �����-��� ������ ������� -� �/���� �� ��������� ��5�������� !� � !�� A !� 7�� �>����� ��� ���������� !�� 8 ��� ����� ��� ����������� ���5�� �� -��.�!������ �� �� ���������� ����������������6 ��� 1� ������� ��5���� ����� C����������������

���������������

�� � !� � ���� � !� A !�� � ���� � !� A !�� � ���� � !�� � ������ � !� � !� � !�� � ������� � !� � !� � !�� � ������� � !� � !� � ������� � !� A !�� � !� � !

�� � ���

���� � !� A !�� � !� � ���

���� � !� A !�� � !� � ���

7���8

1.������ ��5���� ������� -� ��������� �� 5������� !�� "�� � +����6 ��� �������� �� �������� ��G�����9;��I0��� ������@��� ��� ��������� ��� ����������� �� �� ����-��� ��5���� C����������������

���������������

�� � !� !� � ���� � !�� � !� !� � �� � !���� � !

�� � !� !� � �� � !

��

���� A !�� !� !� � ��� A !����� A !� � !�� � !� !� � ��� A !� � !������ A !� � !

�� � !� !� � ��� A !� � !

��

�� � !�� � ������ � !�� � !

�� � ���

���� � �!�� � ������� � �!�� � ���

7���8

1� �������� �� G�����9;��I0�� ������� ����� -� ������ �� �� �,��-��� ����� ��� �������� ���� �������� �� ��� ��������� �� !� ���� ��+������� � ����! -� ��� ��>������� 1� �,��-��� �������� ����� ����5����� � �,��-��� ����������� ���-�� ������ �������������6 ��� �������� C����������������

���������������

��!7 ����8 � !�� � �����!7 ����8 � !�� � ����� � !� � ������ � !�� � !

�� � ���

���� � �� � !�� � !� � ��� � ������ � �� � !�� � !� � ��� � ���� � ��� � !

�� A !� � �� A ���

�� � ��� � !�� A !� � �� A ����� � ��� � !�� A !� � !

�� � �� A ���

�� � ��� � !�� A !� � !�� � �� A ���

7��&8

Page 13: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ��� ��������� �� ������ ����� ��

1� �����-��� ������ ������� -� ����� �� +���� ������� � �������� #��� �.��� ��� ����������� ���� ���� ��� ������ �! ����������� �� ������������ ��� ���,-������ %�� ��5��� �������� ����� ��� ����������� ������� �� ��� ����� �����-���� ������ �� ��5��� ��� 4���� �!�������� -� �.�����.�� *;� #���� ��������� ��� ����������� �� ��� ����������� � ���������� ���,���������� ����6 ��� ��5��� +�������� 5��� �� �� ��5����� ����������� ������� ������ ��� ���������������� ��� �����!�� 7�"�" ������� �� >� ����� ��� �� 5��������8 ���� � ��� �.�� ��5�������������� ��� �� ������� ������

,��������������

1� ����������� �� ���,-����� ��� �������������� ��-�� �4���� �� ����� �� ���� ��� �� �������������� ������� ���� ���� �� �� ��� �#$"%6 ���� �� ���� ��� �������� �� �������� ���������!������� ��� ���,-����� -� �.���� �� *; :1( ��<� #��� ������� -� ��������� � ������������ ��� ����������� �� ��5��� ��� 4���� �������������� ��� ��� *;�

��������� ���� �������!������� �� �.�!����� ���������� C ���� ��5���� -� ������ �� �� ��������� ��� ����� �� �� �� ��� ��� 4���� �������� ��� �� ������� C��������

�������

��!7 ����8 � !�� � �����!7 ����8 � !�� � ����� � !� � ������ � !�� � !

�� � ���

���� � �� � !�� � !� � ��� � ������ � �� � !

�� � !� � ��� � ��

7��'8

� ����-��� ��5������6 ���� �������!������� �>��� ��� ������ �! ������ ����������6 ��� �������� �� ��5������ ��� 4���� ����������

$���+���6 ��� �� 5���������� �� ������������ �� �4�����6 �� �������!������� �.��� ��� � �����-�����>�� C ����� ��� ��������� 5������� �� ���� �� � ��5��� � �� ��5����6 ���� 5������������� 4���� �/����� �� � �������� �.������ �� ������� �� 5��������� ����� �.������ � �#$"%� ���������6 ���� �4�6 � ����� �.4���� ���������� ��� ������� � �,��-��� ������

��� �������������� �� ���� ����

%�� �� 5����� ������������� -� ��� ���������� �� �.������� ��� �� ���� �� �� ������ ��� ����������� ��� �� �������� �� �������!������� ��� ��/������ �� ��� ��������� ��� �� ��� �!��� %���5��� ��� ������� ��� �����-����� +������ ������4K��� �� +����� ���,�������� �� �������-����� �� ��>��6 ��� ������ ���5��� � ������-��� ��5��� C

&�������� �"�" 1� ����������� ��� $� ������ � �� � ��� �� #���� ��� ������'�� �������� ��� ���� �� �� � ������� �� �� ������ ����� � � D 7� 8 ��� ��� %� �� #��� �� ����� ����� �!� �� � �� ����� ��� ������ � ���� ����������'�� ���� ������ �!�� �� �� ��� �� ����������'������� �� � �� ����� ��� �� � �� �$�� � ����� �� �� ��'��� ���� ��!�� �� �� �� ��#�� � �

�� A ��� � �� A ��� 7��)8

�� � ��� � �� � ��� 7���8

����������� �"�" ��� �� ������ � � D 7� � �8" :� �� � � D 7� 8 �� ������ ����� �" ������ ������� � �� '����� �� ���( ��� �������� �� �� ������ ��������� � ������ �� ��������� ��������( �$�� �%����� � ������ ��� #���� � ���" ��� �������� ��� ������� ��(��� �� ������ �( ���� ����� ���� ����������'��� ��( �� � ��( �� ��!������ � �� � �� ��� �����'����� �!��( �� ���" ��� �������� � ��� �� �� �� � �� ���� �� ������ � ���� �� � �" ������� ��� �� '����� �� ��� ��� �� � ��� &�� ��� ��������"

Page 14: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�&��� ��� �� ������� �� ��� ��� ���� �������� � ���������������

1� ������ ��� ���( ��� ��� #���� ��������( � �� #���� ��!�� � �

D

���������������

�� � !� � ���� � !� � ���� � !� � ������ � !� � !� � ������� � !� � !� � ������� � !� � !� � ���

7���8

��� �������� �� � �� �$�� � ����� �� �� ��'��� ���� ��!�� �� �� �� ��#�� � �

�� A ��� � �� A ���

�� � ��� � �� � ���

;������� '�������� �� ������ � �� �� %� ��� �� � �� ���� �� � ��� ������<���� ������� �� �� �)��&���� � !������� !� � !�� A !� ��� � �� ��� ����� ���� �� �!�� %� �$����� ���� �� ����� ��� '�����������'��( ��" ;��� ��&�� � �� ��� �$���� ��� �� �)��&���� �� ��� ��!������� !� � !� � !��A!�" ���� �� #��'��( ��� '����!��� ��� ��'��� ���� � ��� � %� ��!��� �������� �'� )�� � =�������� >?��" ��� �� ����� ����� ���������

�������

�� � !� !� � ���� � !�� � !� !� � �� � !������ A !�� !� !� � ��� A !����� A !� � !

�� � !� !� � ��� A !� � !

��

�� � !� � ������ � �!�� � ���

7���8

:� �� �4� %��� ��� �� ��� ���� �� � ������� �� ��� ������ ��#'������� � !� ��� ��#'������� �'�&���� �� ������ ��'�������" ��� !�4��� ���'��� ���� �$�� #���� ���4'����� ������*@ ���������� ���!�� � !� � !� � ���A!�" �� �*��� �� �������� !� � ���!

�� �!�� ����A!� � !�"

A� �� �'��� � ������ � !��A!� � ��A���" ��� �������( ��� ��!��� ���� ������ ��'��'��� �� ��� � ��!�� � � ��� ���� �� ��� �� �� !�� � !� ���������

�������

���� � !�� � ����� � �� � !�� � �� � ������ � ��� � !�� � ��� A ����� � !� � ���� � ��� � !� � �� A ����� � ��� � !� � �� A ���

7��� 8

� �� ���'�� �� #���� �������� �4� %��� ��� ���( ��� �!��� �7� "8 ��� � �� � �� ( �� � �� A��� � �� � ��� � �� � �7� " #8��� � ��� A ��� " ��� �� '������ �� �� �4� %��� ��'��'��� �������� � �� � �

���� � !�� � ����� � !� � ��

7����8

A� ��� � %� ��� ��� ��( ����� ��� �� ��� ���� �� ���4'������ ����� �� '�!����� ��'��'������ (��� ��� � !��A!� � ��A ���( � ����� �� �$�� ��� ������ � �!�� ��� ��� ���� �� �� !��A!��� ��� ��!��� '���� �� ��� ���� �� ���!������ ��� �� �� !�� � !�( %� ��!��� �

�� � ��� � !�� A !� � �� A ��� 7����8

;� � !'��� �� ��� �� ���'��� � � ! � �$)4�� )%��� � '���� "3����( �� �4� %��� ������� �� �� #�� ���� ������*@ �� �� #���� � ��������� ���4'����� � ���$�� ��� ������ � �!�� ��� � ��� ��� ���� ��" 1� ����������� ��� �!�� �� ��� � �� �������������� ��� �� � ��� ���� �"

Page 15: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� �������� �� �� ������� ��� ��� � �'

A� ��� � %� '���� ��� �$������� ��� ��!����" ��� �� #����( ��� ���������� ��� ��� �����'�� � ��� �������� �� �� ������ ����� � �$���� ��� %� �� #��� �� ����� ��� �� �!� � �� ����� ��������� ����� �� ��� �� ����� ���� ��� �� ����������'��� ��� �� �� � �� ����� ��� �� �� ���'��� �� �� ������ ����������'� �� '�&�� � ������ �� �� ��� �� ����� ���� � � �$������ ��'��� ���� ��� �� �� ����� " � ��A��% �$�� !'��� '�� ���� �� ���%��� ���( ���� ��&�� ���� �� ��� ���� � ���4'����� '�!�� ������� �� ��� �� ������ � �!�� ��� ��� ���� �� �� �����'����'���� �� !� � !� ( � ����� � ��� �$�!��� ��� ������ %� �� !'��� ���� #���� ���4'������"���� ����� �� ����������� ��� %� �$��� �� ��� �� ������ ���� ��� ���� �" 1� �'��� � �� ��������� '���� �'�"

��� � ������� ��� �� ������� ��� �� !"

&�������� �"�" � �� ���'� � '��)'������� & D 7� ��8 7� ��8 � � � �!�� �� '� � � �� D 7�� ��8(

�� �� �������� � ���� ���� � �)���� ( D 7�� �8�� 7�� �8

�� � � � �� �� �� �� D��"

����������� �"�" ;� � '����� �� ��� �� �� ��� � ��� � �� ���!� ���'��( ��� �� )'���%��� /( ��� ���� �� ��� ��� ,5�6B0";���������� ( ���� ����� �� &���)� �� �������( ��� ������<���� ��� ���� �� �� �)��&���� � !������� !� � !� A !� �% �� ����'���� � �� ����� ��� ��'��" ��� '��������� ���� � ��� !��������������'��� �� ����� ���� '�����������'��� � � ( �!�� �����( ��� ��'��� ���� ������'���" ;�� '� ��������������� %� �� ������� ���� � ���+�� ���� � � �)��&���� � $���&��� � ��!������ %���������� �� �� !�������� ���������� ���� �!��" ��� ��� ������� � �� �� '����� �� ���( ���'������ � ������!�� ��� ��� ��'��� ���� ���� �!�� �� ����� ���� '�����������'���" ;��� �� ��� ���� �� ���4%��� �� ����� ��� ����������"

��� ������ ���� ���� �� #��� ��� �)���7� &8 ��( '� �� ���'� � '��)'������� &( ���� ����)��� '� � �� D 7�� ��8 �� !���� %� �)���� �� !�������� ! ����������� ��� � � ��� � ���� � !���� �� �� ��� ��� � �"

��� ��� �� � !�������� ����������� ��� � � �� !�������� ��� ��� ���� $����������� ����� ���� ����������'��� ��� �� �����&� � � �� !�������� ��� ��� ���� $�������� �� ����� ���� ��������������'��� ��� �� �����&� �" ;�� ����%���� ����� ���� ��� �� ����� ������ �� '� '� ��'��� ��'��'������ "

�'� ������� ��� �� #��� ��� ��( %� �)��� !������� !� ������ �� ��� ���� �� � �

�)���7�� &8 D

�������!7�����7&8 A �� � ��7� &8 �����7&88 �� �� � ����)�7�8

��!7�����7&8 A �� � ��7� &8 �����7&88 �� �� � 7�������7�8� ����)�7�88

�����7&8 �����

�% # �� �� ��� �� � ����� ��'����� � '�&�� %� � �� �� �� �� '�����������'�� ��� �$'� � 7�� ��8(� � � �� �$����� ����������� %� �$'� � ��� ����� �� � '� '� ��'�� ��� �!��� '�����������'��� � � � � � �� �� ������ � �$����� ����������� %� �$'� � ��� ����� �� '� �� �� �!� ��� ������%��� #��� � �$����� ����������� %� �$'� � ��� ����� �� �� �!��� ����������'��" �� ��� �������7&8 � �����7&8 A �� � ��7!� &8 ��� �� �� '�����������'�� �!�� �� �7��8 �$� ��&�� �� " ����������( ������ � �� �)���7H &8 D "

��� �� ����� ��� ����������'��( �)���7� &8 ����'���� � �� ���� ���� � ���� ��'�� � �� �������� ���� ���� � *� �� ��'�� ��� ���� �� '�����������'�� �!�� �� ���"

��� ������ ���� ���� ��� ��� �$'� �� ���'� � '��)'������� &( ��� ��!��� ���� ���� ��)���� ( �� �� �)���7&8 �� �� ��� ��� � �( ���� �� �%�&�� � �� ������ � �� �'���� ��� ��$'��)'������� � ��"

Page 16: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�)��� ��� �� ������� �� ��� ��� ���� �������� � ���������������

� ��� $��� �� ��� �� D � � ��� � �������7��8( ��� �!��� �)���7�� &8 D ��!7�����7&8A�����7�� &8 �����7&88 D ��!7 A �� � �����7&88 ����� �������( �� � �� � �����7&8 � �� ������ �� ��� �$��'�� ���( �� ����� ��� ����������'�� ����'�����������'�� �!�� �� �� ��� � ��� � �� � � � �� � ��� ���" ���� �)���7�� &8 � �� " 3���� � �� ��� ��'��� ���� � � ��� ���� !'��� '���"

� ��� $��� ��� � �������� �� �� D�� � �� �)��� �� ��#�� � �� ��� ��'��� ���� � �"��� 7���� ����8 �$'� � �� �� %� ��� �� � 7�� ��8 ��� �� �� � �� ";�����<���� ��� ��� ��� �� �� � %������7�� �8" ����� �� � �������7��8 � �� �� �������7����8(��� �!��� �)���7�� &8 D �������7&8" ��� � �� ��� � ��� ����� ���� ����������'��� ��� 7�� ��8(���� ����� �� � � �������7��8( ��� �!��� �)���7�8 �������7&8" ��� ����'���� ( �)��� �� ��#�� � � ��� � ��� � �������7��8�( � ��� � �� �� � %�������7��8"

��� ��� �� ������ �� �� %� ��� �� � � ��� �� �� � �� " ��� �!��� '�������� ��� ����� �)����� �� �� ��� ��� � ���" ��� �� #����( ��� �!��� �� ��&�� ���� ��� �

� 1� ����� ��� �� '� �� ����������'�� ��� �$'� � 7�� ��8 � �� ��� � ��� �$'� � 7���� ����8" A�#� ����� �� ��&�� �� ������� �� 1� ����� ��� �� �� �� �!� ��� �$'� � 7���� ����8" ��� �!��� ����� �

�)�����7�� &8 D ��!7�������7&8 A �� � ����7&8 �����7&88

D ��!7�����7&8 A � A �� � 7����7&8 A �8 �����7&88

D ��!7�����7&8 A �� � ��7&8 �����7&88

D �)���7�� &8

� 1� ����� ��� �� �$�� ��� �� �!� ��� �$'� � 7���� ����8" ��� �!��� �����( � ����%������'��� �( �)�����7�� &8 D �)���7�� &8"

3���� ��� � �������7��8 � �������7����8 �)�����7�� &8 D �)���7�� &8" ;���� ��� ���)��&���� ��� �� ��� ���� � ��� �� �� ��� ����� ���� �� ��� �� ����������'���( �)�����7�� &8�� �� ��� ��� � ���"

� 1� ����� ��� �� �� ��!������� ����������'��" ��� �!��� ����� ����7�� &8 D ( $�% �)�����7�� &8 D��!7�������7&8 A �� �����7&88" 3����( �)�����7�� &8 �� " ��� �������( �����7&8 ����

7&8 A �� � �������7&8 A �� � �������7&8 A �� ( $�% �)�����7�� &8 � �������7&8 A �� "=�������� ( ��� �!��� ���� �� � �)����� � �������7&8 � �� "

� 1� ����� ��� �� � '�+%� '� '� ��'�� � ��� � ��������7��8 �)�����7�� &8 D �)���7�� &8" ;������� �� �)��&���� ��� ��� ��� ���� �� ��� �� �� ��� ����� ���� �� �� '� '� '�����������'���(�)�����7�� &8 !'��� � ��� ��'��� ���� � ���"

=�������� ( ��� �!��� ���� '���� �'� �� �)����� �� ��#�� ���" 1$����� ��� �� ��� ���������� � � ��� ��!�� "

&�������� �"'" � �� ���'� � �)���� ( D 7�� �8�� 7�� �8

�� � � �( �� �� �������� ����� ���� � '��)'������� & D 7� ��8 7� ��8 � � � �!�� �� '� � � �� D 7�� ��8 �� �� �� �� D��"

����������� �"'" �������� �� ��� �4���� � �)���� � ������� $'� � � ( D 7�� �8��

7�� �8�� � � � �!�� �� ��� ��� ��� �)��� ������ �" �'� ������� �� !��� ��� �� ���� ��

��� ��7��8 D � �

����7��8 D

� �� �� �� ��!������� ����������'�� ��� �� �����&� ���

��7��8 A �� �#��� � �� �#� �����

Page 17: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ���������� �� ������ �� �� �� ��� ������� �� ��� ��� � ��

3!�� �� �#� D � �� �#��� �� �� !���� ������'�� %� ���� ��� �� ��� ��� � ���" A� �� ��������'��� � ��� ��� �� �$'��)'������� & D 7� ��8 7� ��8 � � � ���� � � �� ��'�� ��� !���� �'����"

�� ��! ��������� �����������6 ��� ��������� �� ������-��� ��5����

&�������� �"�" ��� � �����( �$�������� �� �� � &���)� �� ������� �� ��� ��� %��$�������� �� �� � ��� ��� ������������ �'����"

��# $��������� �� ���� �� ������ ��� ������ ���� ���

�� !"

%�� �� ������������� �� �� ��� ����������� ������� �! �#$"%� 1� ������� �� ��� ������� ��� ������ ��� �#$"% ��� ��������� � ��� �/���� ��� ��� ������! �� "���� ����������1�� ��/������� ��������� ���� ��� ��������� ��������� ��� ������� �� ����� ��� ����������� �������� ����� ����������� �� ����� ��5�����

� C ����� L> C ����� L"��,-����$��� C ��+����� L;�����$��� C ������ �� ��������� LG������$���������� C -��� �� ��������� L����������� �� ����� ��� ����������� �������� G������$���������� -� �� ����� 5�������������� �� ���,-���� "��,-����$��� -� � ���,-���� 5��� �� ��������� ������ -� �� ��������� �������� �� ��� �� �� ����� ���������������������� �� ������ ;�����$��� -� �� ������ 5��������� �� ������� ���+ �� �� ����� ������ ���������� ��� ����������� ���5�� -� ������ � ������� ���+��� ����� ��� ����������� ���5�� �� .����

������ ���� ;�����$��� �� ������ ��� ���������� � ������� �� ��� �� �� ����� �������������� ����� ��� ����������� ���5�� �� " �D � ����� �� �� ���������� ���5� ������ .����

�>���� -� ;�����$��� �� ��������� !� � !�/�� ������������ �� ���,-���� "��,-����$��� ������� -� �� ������ ��� ���������� ;�����$���,� 7"��,-����$��� ��� ���95���8 *����

�>���� �� -� �� ����� ��� ����������� �������� G������$����������/�� ,�(������� G������$����������

/�� ���

*�0���&�� �1 ;������� �� �������������� ��� ����������� �������� 7�����-���� �.������� C �� ����������� � D 7� 8 L �������� C �� ����� ��� ����������� �������� G������$����������8

Page 18: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

����� ��� �� ������� �� ��� ��� ���� �������� � ���������������

� C ����� L%�2"��,������ C ��+����� L������������"��,������ C ��+����� L%�2;��0��� C 2����� �������� L%�2�,#������$���������� C -��� �� ��������� L �������$���������� C -��� �� ��������� L����������� �� ������ ��� ���������� � ������� �� �� ����� ��5���� %�2�����������;����! -��� ������ 5�������������� �� ���,-���� �������������� ������������"��,������ � ���,-���� �� �� ����� ������������ �� ������� ���+ �� �� ����� ������ ���������� �� ����� ��� ����������� ������������� �� �� ����� ������ "��5����,#������$����������-� ������ � ������� �� �� ����� ������������ �� ������� �� �� ����� ��5���� C %�2;��0��� D ; ����7�� 8 A � ��7�� 8������ �� ������� ���+ �� �� ����� ��5���� ���������� �� ����� %�2�,#������$���������� ��� ����������� ��5�������� �������������� �� �� �������5���� ���������� �� ����� �������$���������� ��� ����������� ����������������� 7����� �� ���� ������������������ �� ����� ������ �� �� �� �� ���� ��� ���� �� ����� ��5����8��� ����� ��� ����������� ��5�������� �������������� �� .����

�>���� -� %�2"��,������ ��� ���������� ������5�� -� �� ���������� ��5�������� ������������������������ C �� � !� � ��

/�� ������ ����� ��� ����������� ���5�� �� �� �� ����� ������6 �� �.������������� ��� -� �������$���������� .����

#/���� ���� ������������"��,������ �� ��������� �� 5������� !� � !�� A !�/�� ������ ����� ��� ����������� ����������������� �� � ��������������� �� .����

(�������� ����� ��� ����������� �� ������������"��,������ ���� ��������� !� �����5���� ������� -� +���� ������4K��� ��� ������ ��+�������� �� �����������>���� ���� %�2"��,������ ����� ��� ���������� �� ������������"��,������ ������������� !� �.�����5���� ����>���� ���� %�2"��,������ ��� ���������� ��5����� C ����� ��� ������ ��+�������� �� !����5��� 4���� ��+�������� �! ������ ���������� �� !�

/�� ���;�������� �� ���,-���� %�2"��,������ �����(������� �� ���� 7%�2;��0���6%�2"��,������8 �� ������� �� ����� ��5����

*�0���&�� �1 ;������� �� �������������� �� �� ����� ��5���� 7�����-���� �.������� C �� ����������� � D 7� 8 �� �� ���������� ������ �� L �������� C �� ����� ��5���� � � D 7� � �88

�� �.���� ���������� �.������������ �� ����������� �� �AA � ���� �� �.���� �.����,�� ���������! �� "���� ��������� �.��� ������ "�� � +����6 ��� �5��� ������ �� ������ -� ����������-��� �!����� �� ����������� ��� ���,-������ �.��� � ���5��� �� ��� ������ ������� ������ ������� ��5����

Page 19: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

��������

�������� ����

1.������ � ����� ����� � �� �.������ � ���5������� �����6 � ���� ��� �.����,�� ��� ������!�� "���� :(1M &<�

����� ��� ������� �.�� �����+�� �������� ������ �� $�N$0 �� �� ��! ������ �� ������ �.����� �.������ ��� ������! �� "���� ��������� C

E �� 6 ����� �� �� �������� � ������ ��� ������ �.������ :* ��< LE ��������6 ����� �� �� �������� � ������ ��� �������� :� �&<�

����� ������ �.�!����� C

E 1� ��� � ������ ��� ����� �.������ �.� ������ �� "���� �������� :* ��< LE 1� ��� �� �.������� 7����������8 ��� ������ �.� ������ �� "���� �������� :1( ��< LE 1� ��� �� �.������� 7����������8 ��� �������� �.� ������ �� "���� �������� :M(( '< LE 1� ��� �� �.������� -� ������ �.������ �.� ������ �� "���� �������� ������ -� �.��������������� �������� �� �������!������� :1( &< L

E 1� �������� ��������� �.� ������ �� "���� �������� 5��� � ������� ���������� :�( &< LE 1� �������!������� � ������ ��� ������ ��� ������! �� "���� ��������� ������� -� �.�������������:1( ��< L

E 1� 5���������� -� �� 5����� �� ������������ �� ��� �������� ����������

����� �.�/��� �� �� ��� �������� � ������ ��� ������ ��� �#$"%� �� �.���� ����.������������6 ���� �� 6 ��� ����������� �� ��� �!�� � ������ ��� ������ ��� ������! ��"���� ��������� ������� -� �.�������������� "�� � +����6 ��� ��5��� ������ -� �� ��������-����!����� �� ����������� ��� ���,-������

%�� ������ ��� ���-�5����� �������� ������ ���������� ���������� �� ��� ���,-������ %������4K������ �5� �� ������������� �� ������9��� ��� ��� ����������� ��������-���� �� ������������� �� ��>��� ���6 � ����6 ���4���� ����� ���! �� �.�� �� �����9��

��� %��&� ������� ��� �� �� ���� ��� ��� ���'(�����

��!����� �"�" �� ���4%��� ���!��� �� ������ �� � �������� � ���� � ���� � ������ !�� ������ �������� �� �� �� ��#�� � ������ �� $��'��� ���� ���'������ %� ������� � �� �������"

��!����� �"�" �� �������� � � �� �� � ���4%��� ��� �'������������ #���'�( � ��; ����%�� %��������, �������( �� � ������� �� � �� �$�������� ����� �$�� ����� ��� $� ������ �� � ����������� ���� ��!�� � � #���'��� � �� � � D � � D �"

3����� �"�" �� ��� �� �$�������� �� ���4%���� ���!���� � �� "

��

Page 20: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

� ��� ��� �� �� ������������

��!����� �"�" �� ���4%��� � � �� �� ����'� �$�� ���� � * � �� �� �� � � �! � �� � � * �!� � * " D � � � �� ��" �� ���4%��� ����'� �� � ���4 ���"

1�� ���,-����� %%� ����-����� ��! ���������������� ����� C ��� ��5��� 4���� ������� ���� ����� �������� �� ���������� ����������6 ���� ���� � �������� �� �������������

������������� �� ������ �� ���������

��!����� �"'" ��� '� �� ���( � ���4%��� � � �� �� � �������� � ��� ���� $� �4� %������ ���� " 3!�� �� �� � ��� �� ��������( ��� �!��� �

� D �! � �� ���! D �� ��! �� ��! ���

�!�� �� � ��� � �� ( �� � ��� �% ������ � � ����������� ������ �!���� � ������$'��� ����( � ������ $��'��� ���� ����� ��� �� � � ������ $��'��� ���� � ��� ��"

��!����� �"�" � �� ���'�� �� �� ���� � � ���� � � !�� �� � � �� ( � ����� 7� �8 �� �� =9��������������� $� ���4%��� ���!��� ��; � ��� � D �! � �� ��A�! �"

������������� �� ������ �� 0�����������

��!����� �"(" ��� + D �!� � � � !�� � �� � �������� �� � !�� ���" ) D��

��� *�!� (����������� ���'����� � !�� ��� � +( �� � � �

� ���� �!� �� ������� �� �" � �� � � � #� *� � ��

� ��� ����

��� *� D �� �� ����������� ���!��� �� ���� �� %� �� #��� ���� �!� � ���"

3����� �"�" �� ��� �������,-��7+8 ������� �!���� � ����,-��7+8( �%%����,-��7+8( � �)�!�,-��7+8��$�������� �� ������������ ���������� ������� �!���� ������5��( ����( ��5�!��� � !�� ��� �+"

��!����� �"�" ����� �� � �� ��� �� � � � D + ����,-��7��8 ����'���� � �$�������� �������������� ���!���� � !�� ��� � + ��� �$�� ���� � � " �� �� *� "

���� ������� �.�� �!���� � 5���� �� � �� >�� � �4��� ���+ ���� �� ���������� ��5�!��

�����)�� �"�" �������,-��7+8 �� � ������ ���( � ����,-��7+8 � �*��� �����&������ #���'�(� �)�!�,-��7+8 � ���4 ��� �����&������ #���'� � ����,-��7��8 � ���4 ��� ��;"

��!����� �"4" ��� � � �� � ���4%��� ��;"� �� !�� �� � � � �� � ���� � � 2� � !�� �� � � �� �� � ���� � #���� �� � � �$�� ����� ��� %� �� #���� �� �����&���� � "

� �� !�� �� � � �� �!�� � �D ( �� � ��4�� �� ��4�� � �� ���� ��� �� ���� � � ��� �D � � �A *� � � ��� � ���� � � � � * � �� "

� �� !�� �� � � �� �� �� ��� � � � �� � � �� ��� �� �� �� ��4��� � � "

&�������� �"�" �� ���4%��� ��; � � �� �� *� �� ����'���� '� ��� � �������� �� � ��� ��.( � ��4��� /( � ���� � � � � ���� � � #���� �� � � � "

1� ������ � D 7./ � �8 �� � �,��-��� ����������� � � � ���� �% �

� D �������,-��7.8 A � ����,-��7/8 A ����,-��7��8

�% C ����'���� � �� ����� � ���?�D�?�"

��!����� �"�" � �� ���'��� �� �� ����� 0 � ���� � / � ���� ( � ����� 70/8 �� �� O9��������������� $� ���4%��� ���!��� ��; � ��� � D � �)70 8 A � ��7/8 �% � �)7�8������� �!���� � ��7�8� ����'���� � �$��!������ ���!��� ������� �!���� �$��!������ ���� �!�� ��!�� ��� ��&��� � �� �� ���� � "

Page 21: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ���������� �� ������ �� ���� ��� �������� � ������ �� ������� ��

�������������� ���������

��!����� �"�5" �� �4� %��� � ��� ���� �� � $� ���4%��� ��; � �� � ������� �� ��������������� � � �$�� � �4� %��� � ��� ���� �� � �"

�� ����%��� ���������( � �4� %��� &'��'��� �� � D 7./ � �8 $� ���4%��� ��; � �� � ������� �$�� �$���� � ��� � �4� %��� &'��'��� �� �� D 7.� /� � � � �8 �D � � � �� �� .� � ./� �/� � � � � � � � �"

��!����� �"��" ��� E�����'���� � ��� �� � � '���!���� � %� �� F�����'���� � ��� �� ��� ���4%�����$����� ����'���� �� ��� ��� ����"

&�������� �"�" �� ���4%��� ���!��� ��; ��� �� F�����'���� � ��� � �� E�����'���� � ������������ ��������� ,3=�.90"

3�� ��������������� ������� �� �������� �.� ���,-���� �.������� �� ��������� ��� ������������ �,��-���� �.����������� �� �� �/����� ��� �����+��������� �����

&�������� �"�" 1� ���������� � ���������( �� ����� $�� ����'���� � ��� �������� � �����&����� ��� ���'����� ��� �� �����%���� ���4���������� '���!���� � ,3=�.90"

1� �����!���� �� �� 5���������� �.��������� ����� � =9���,-���� �� �� � O9���,-���� �� ���������� ����� 5���������� ������� ��! ������� C � ���9� �� �� � �� � �� � ���9� ���� � �� � P

�� ��� +���� �� ��������� -� �� �����-��� ������� �� 5�������� ���������� �� ���� ������������� �� �����+��� �� =9��������������� �� �� �

1� ��!�-��� �����-��� ���6 � �����6 �9%" ������ :GB�'<� $���+���6 ���� �����!���� ��������� ���� �� �����-��� ������� ����� �� �������� ������5��

�� �!���� ��� ��������� ��� ������ �.�� ��������������� -� �.���� �� ������� ��� ��������������������������� �� ����5��� ��� ���������� 7� ������������8 �����������

��� $��������� �� ���� �� �)����� �) ����� (� �)��� ��

���'(�����

��� !� ��������� ��� �* ������� ++����(�����

�� �!���� � ������ ������ �� ��������-���� ������ �� �N�AA ��� �� ����������� �� ���,-������%�� ������������� �� ��� ����������� #���� ����-����� ����� � ������ ������ �� ������ ������ .�� ����6 � ��5�� ��� ����������� �.����� ���������� �.�!����� �� ��� ���,-������ .��������6 ���� ��� ��������������� ��� ���,-�����6 ������ �� �� ������� ���� �� ����� ���������� C���� ������� �����6 ��� �������� ��� ����������������� �� �� ���,-�����6 -� �� ������������������ ����������� �� ������0�5� :���)'<� "�� ���0�� ��� �������� ������� -� �� ���������� ������,-�����6 �� ��������-���� �������� ��� ������� �� �������� � ���� ��� ��/������� �������� ��������-����6 ��� ��5��� ���� ��� ���! �� ��������������� �� ��� ��������

��������� �.!�"���6 �.���� �� 5���������� ���5������� � ���� �� �.3��5������� �� �������:==J$�'<6 ������� �� �� ������ ��������-��� �� ����������� �� ���,-������

����� ���

=������������6 "��0� ��� �� ��� �����-���� ��������-���� �� ����������� �� ���,-����� -��5��� 5 �� >��6 ��� �.������ �� %����� !�#$��� � ��" :="(��< � ���� �� O#(�;�M� ��.���� ������6 "��0� �.��� ��� �� ��������-��� ������������� � ���� �- ���� � ����� ���������� ������ �������� � ���6 ��� ����� �� "��0� �� ���� ��� �����������6 �� ��������-��� �.������ ��������� ��� ����� �� ������� ������

Page 22: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�� ��� ��� �� �� ������������

����� �� ���

"��,��� � ����� �������������� ��@� �� ���� � ���� �� �.�(��� ��� ���� %���� �� =��5����&���� :J����<� #��� �� ���� �� �� �������� �� ���������� ���� �� ;��I0�� ����� �� �� ����������������� �� �.���������� �� ������0�5� ������ ��� =��5�� 1�O����� 1� ��������-��� � ����������� �� �� �>���.��6 ��� ���� "��0�6 "��,��� �.��� ��� ������������� �� ���� � ����� ������������� ��� ��������-���� �!������ ���� � ������ ���������

����� �� !��

"��,1�� ��� �� ��5������ �� �� ��������-��� "��,��� ������������ ���5�������� ��� ����%����

�� =��5�� ��&���� :1����<� #��� ��������� �� ����� -� >�� ������-���� ���� ��������� ����� ��+�������������� �� ��� ��������-���� %�2 "��0� �� "���� "��,����� 1�����, C ������������ -� �������-����6 ���� �� ������ ��� �� �������� ��� ���,-����� %%�6 .���9-�9���� ������������� �5� ������������� ������� ����� �� ! 1�

����" ��# ���

%�2 "��0� ��� �� ��������-��� �������� ��� *������� '���6 ��� �� ����������� ������,-����� ��5�!�� ���� ��� ���������� �� ��� ������������ ���� �!������� -� �.���� �� ����������������� :?�� �<� #��� ��� ����� �� � �� ����� �.���� ��� 4���� �������� ���� ��� �������������5�������� ���� ���� �� � �.�� �AA� #��� ��� ������ �� "��,��� �� �� "��0�� ��� ���5����������� ����� ����5�� ��� �� ������ �� �������� ��� ������� ����� �� )& ����� 1� ������� �� �� �������� ������ ����������� �� ��� ������� �� ��������� ��5��� 4���� �����5���� �� ��������6 ����������� ������ ����� �� ���� � ���6 %�2 "��0� ������ �� ������ ��� ���,-����� %%�� %�2 "��0� ����-����.�5������ �.4���� ��� -� ����������� ��� ���������� ��� ����� ������

����$ � �� �� %��� !��� �

1� "���� "��,����� 1�����, 7""18 ��� �� ��������-��� �� ����������� �� ���,-����� �������� %�2 "��0�6 ���5�������� ��� �.�������� �� (������ ��� � ��" :*(Q= �<� #��� �.����/������� �� � �.���� ��� ������ �� �AA� 1� ""1 +� �� �����-��� ��������-��� ������������ �������� ��� ���,-����� ��5�!�� %%�6 ���� ������ �� %�2 "��0� ������ ��������� �������������-���� 1� ""1 ��� ��� ���������� �� ��� ����� ��������-���� �� � �.���� ������ ������������ �� ���������� �� ����5��� ���������� ��� ����������� ��� �� +���� !A��1A'�2 �D ��#��� ��� ����-������� �,�������

������ �5������6 �� ��� ��� ��������6 ���� ��� ���������� ��� ����� M%3 M"1�#��� ������ ����+��� 4���� �������� �5� ����� �� ����������� �� %�2 "��0�6 � �� ��� �

+��� ����+����� ���� �����-��� ��� �.��������������� �� ��� �5���� -� �/�����

��� ,������� �� "�- !��.�

%�2 "��0� ��� �� ��������-��� ������ �� �� #��� ������ �.�/���� ��� ���������� ��������������� ��� �5��� ������ ��� �������� ��� �������� �� ���� �������� �! ������ ��� �#$"%�

"�� ��5���� ��� �����-��� �� ������������6 %�2 "��0� ������� ��� ������� ����9���������� ���� ������� ����+��� �� ����� �� ���+������ �� ����� �� 5������� 3�� ������6 -� �� ����������6������ �� �������� -� ��� �,�� �.������� �.��������� ������� ������ C

E ������� ����9��������� C .��� �� ��������-��� G�� �� � ��������� ������4 7M;"8 �� �������� �������� L

E ������� ��������� ���� �� ��������� ��� �� ������ 7����� �� �� � )& ����8 �5�6 ����+���6��� 5���������� ������� �� � ������������ ��5����� L

E ������� ���� ���� ����

Page 23: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ����������� �� ��� �� � ��

����� ��� ������ �� 5���6 ��� ���������� ����������� �.� ���������� -� ���� C �� �!���� ��� ����������� ����������� ��� ��� ��������� ��� ������� �.�� ��� ����������� ���� ��! ���������������������� � �4���6 %�2 "��0� +��� �� ���������� ����� ��� ������������ �������������� �� ��� ��,��������!�

1� +����� ��� ��>��� ������� �� �� ����-��� ���� �� ��������-��� � ����� ������������ 7�� ���5����.������ ���������� �� �������� ��� ���������� ������� � ���8� ��� � �� ���6 �� ������������ ���,-����� ���� ������ ��

�� �.������ ������ �.� ��� ����� ���5��� CE : � �� � � � ����< ����������� �� ��������� �.��������� ��!� A � � �A ���!�� A � D LE :� � �� � � � ����< ����������� �� ��������� �.����������� ��!� A � � �A ���!�� A � LE : �� � � � ����< ����������� �� ������ �� �������� 7�� � � � ���8 LE :� �� � � � ����< ����������� �� ��,�� �� �������� 7�� � � � ���8 LE :� � �� � � � ����< ����������� �� ������ 7��3� � � � ���3�8 LE :� � �� � � � ����< ����������� �.�!�������� ��� ! �� 7��3�8!� A � � �A 7���3�8!�� A �3��1� ����� �.� 5���� 7���������6 ����������� � �!�������� ���8 ��� ��+������ �� +������ �

����!���

"�� ������� ��� ������������ �������6 ��� �>����� � ��������� ���� �� 5����6 ����� �� ��!�-����� �� ������-��� ��������� "�� ��� �� ��������6 �� ����� ����� �� ���+����� � ����� �� %�2 "��0�6+���� �5� �� ��� ���� �� �� ��������-����

%�2 "��0� ������ �.�/����6 ����� �����6 ��� ����������� ��5����� �� ��� ���,-����� CE ���� �� �� ���������������� �������� � ���,-����� 3�� +��� ���� ������������ �/�����6 �����! �,��� �� ��������������� � ���,-���� ���� ����������� L

E B�������� �� �� ������ ��� ����������6 ��� ������������ �� �� �� ������ �� ��������� �.����,-���� L

E B�������� �� �� ��������� �� � ������ �� ���������� �.� ���,-���� LE ������������� �� �.����������� �5� � ���� ���,-���� LE ���� �� �.��5������ ��5�!� �� ��! ���,-����� LE �>�� �� ���������� LE ���������� �� ���������� � ���,-���� LE $��� � 5��� �� �� ���,-���� LE $��� �� �.������� �.� ���,-���� ���� � ���� LE $��� �� �.��������� �� ��! ���,-����� LE ���������� �� 5������� -� �.��������� �.� ���,-���� LE �>�� �� ���������� �� ���>�����6 ����.��� ��4�� -� %�2 "��0� �� ��� �5��� ������������6 ���� �����6 �� ��� �!�� ��� ������

�.������ ��� �#$"% �� ��� �� ������� ��5���6 ��� ������ ���������� ��� �������! ��������� ����� �5��� ������ ���-�� �5��� �/���� ���� ����������������

��� ����� �� � ���� � � �������� � � ��������� ��� � � ����� �� ��� ������� ���� � ��� ��� � � ����������� �� ���� �� � ! ����� � "������ ! ��� ��� � �� �� #����� �� ��$% �� � � � �������� � �� � &� !� ! ��� � �������� � � �� ���� �� �!������ ! �� �'���� � ��� (������ )� �� � (� �� � �*+ ,� - �� � � ���� �����% � � ��$% �� �� #�� ��� )�� � ����� � �* �!! ��� . ���(�'� �/�� � � �������� � � ��������� ��� � � �����0� ��� � ��� � ��$% �� �� #�� ��� )�� � �� �� � �� �� � &� �� � &* ��� ���� 0� � ������ �� �!! �� ��� ��� ��0�0���1% (� +

Page 24: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�& ��� ��� �� �� ������������

Page 25: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

��������

��� � �����

"�� 5������� �� ��� +������������ �� ����� ���������������6 ��� �.�5��� ������� �� � ������������ �.�!������� ��� � �� ���6 ��� ������ ���������� ��� �������! ��������� �!���� ��������� ���5���� ��� � ������� �����6 ��� ��� ������� �� �� ����� ����� �� �������������� �� � �!����� ��-�� ������ �� ��! �4���� �� ������� �� � ���� ���������"�� ��� ����������� ��� ��/������� ����� ��� �!�� �� �������!������� -� �.���� ��� *; -����5��� � �!����� �- �� ������ ��� ������ �������� �� �� ��+��� ��� �5� �� ������ ��� �������!��� #���6 ��� �������� ��� �������� ����������� ������� �� ��� ����� �� ��� �5��� �������

��� ������� �� ���� �/���� �� �������� ��� �� �/���

���������

��� ���� ������6 ��� ��������� �� ������ �� "���� �������� ������ -� �.������������� ���� ���� ����

1� ����� �������� ��� �� ��5���� C ���

��� ����� � !� � �� � !� � &

1�� �4���� ��������� �! ����� �� �� �� ���� ����� ��! ��������� � �������� � D �� ;��� ����������� �� �� ���� �� ��� ���������� � � +���6 ��� ����������� �� �� ��6 ���� �� ���������� �� ������5�� ���� �� ����� ��������6 ��� �� ��5��� ��� ����� �� �� ���������� ���

"�� �� ��� �� �� ����� �� ����� ��������6 ��� �������� �� ����� �� ������� �� �� ����-�����5���� C ��

���� ����

� � !� � �� � !� � '

1� ���� �� � �� ��������� ��������� -� ���� �� �� ���� ��� 1� ���� ���������� ���5� 7�� �������8����� �� ����� �� ��� ��� ���

"�� �� ��� �� �� ����� �� ����� ��������6 ��� �������� �� ����� �� ������� �� �� ����-�����5���� C �

������ � !� � �

�'

Page 26: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�) ��� ��� �� ���� �� !�"�

1� ���� ���������� ������������� �� ������� ��� ����� �� ���������� ��� � ��6 ��� �������� �� ������� �� ������ �� C �

������ � !� � �

��� �� ����� ��6 �� ���� ���������� ������������� �� ������� ��� ��� %�� �������� ����� �� ������� C �

���� ������ �� ��� 5���

�� �� ����� ��� ��� ���������� �������� 1.���������� ��� ����5�� -� �� ������������

��� �� �!�����6 ��� 5�,��� �.�� �.������4K� >����� �� +���� ���������� ���,������� �� �,��� � !� A !� � �� 1� �������� ����� 5�� �� �������!������� ��������� ��� � �������� �����-� ������ �� �.���������� �!��� �.��� ���� � �� ��� 5�������� �� ������� �� �������� �� ���������� ��� �5��� ������������� ���� ������ 1� ������ ��� ����� �������� ��� �� ��� �!�� -� ������ ���,-����� ��������� �!������� -� ��� ����� 5�� �� �������!�������� 1� ����� ���5�,�� �������� ��� �� ��5��� C

RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR� E $ � � ��RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR�� E $ & � ��RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR�� E $ � � ��RRRRRRRRRRRRRRRRRRRR�� E $ � � �&RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRE����� � ;��0���� 7 8 " � 7 8 " �� 7�8 " � 7 8 " &G����� ������ � $ �$ � � �� � $ �$ � � & � $ � � $ �RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRERRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRE����� ��;��0���� 7 8 " � 7 8 " � 7 8 " �� 7�8 " &G����� �����$ & � '� � $ &

Page 27: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ���� �� �� ������ �� �� ������ ����� ��� ���������� ��

� � $ �$ � � �RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRERRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRE����� ��;��0���� 7�8 " � 7 8 " � 7 8 " � 7 8 " &G����� ������ � $ �$ � � �RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRERRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRE����� ��;��0��� 7 8 " �� 7�8 " � 7 8 " � 7 8 " &G����� �����$ � � �� � $ �RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRERRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRE����� �&;��0��� 7 8 " � 7 8 " � 7 8 " � 7 8 " &G����� �����RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRE

��� ������� �� � ����� �(� �� ���� ���� ��� � �������

����� � � &� �� � ���� �� � ����� ���� �� �� ���� ��� � ��� ������ ��

#������ -� �������� �� �#$"% �� �� ���� ���� %�� ������ ��������6 �� � ��6 �� +��� ���� �������!������� �>��� ���� ��� ������ ��� ������� � ��� �!��6 �� �.���� �.��� ��� �����>��� ������ �-�� ���� �� ��� ��������� �5��� ��� ��������� ������ �� �� 5���������� ��������� �,��-�����

������������ �� ������� �� ��� ��6 ��6 �� 1� ��� �������� ����� 5�� �.���������� �� ���������>-� ������������ ���� �� ��� ������ �� ���� ������� ����� -� �� ����� ��5���� C

�������

��� �� �����

� !� � & � !� � && � ! � &

Page 28: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�� ��� ��� �� ���� �� !�"�

��

��

��

���

� � ��� � �

���

� � ��� � �

��

��

�� ��� ��

�� �&� &�

�� ��� ��

�� ��� ��

�� ��&� �&�

�� �&� ��

�� ��� ��

� � �

��� ��� E 3� ������ �� "���� �������� ������ -� �.�������������

��

��

���

� � ��� � �

���

� � ��� � �

���

� � ��� � �

��

���

� � ��� � �

�� ��� ��

�� �&� &�

�� �&� &�

�� ��� ��

�� ��&� �&�

�� �&� ��

�� ��� ��

� � �

��� ��� E �#$"% ��� ����� �� ��� �!�� ������� ��� �� ����� �� �� �������� ���������!�������

1� ��� �!��6 ��6 +����� �� ����� ������� ��� C�����������

��� �� ���������

� !� � & � !� � && � ! � &� � !� A !� � )

����� ��6 ���� �� ����� ������ 5�� �� �������!�������6 �� ���������� � ��� �������6 ���� �� �.������ ���� �� ����� ������ ��� �� �������� �!���� #� �/��6 ��� ����������� !� D !� D ! D &6���� ����� !�A!� ������ ����� -� �6 � �� ��� �������� -� )� 1� �������!������� �>��� ���6 ����������6 ��� ������ ������� ��� �� ��� �� ��

�� �� �!�����6 �� ��� �!�� ����� �� ������ �� �' ����������� ����� �� �� �������!�������������� �� ������ �� �� ������������ %�� ������ ���������� ������� �� �!����� ��� ���������6 ���� ������� ��6 �� ��� �!�� ������� ��� �� ������ �� �� �������!��������

����� � � &� �� � ���� �� � ����� ���� �� �� ���� ��� � ��� ������ ��

#�5�������� ���������� �� ������ �� "���� �������� ������ -� �.������������� �� �� ������'� ��� � ��6 �.��������������� �!��� ������� �) ������ ����� �� �� �������!������� �.��

Page 29: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ���� �� �� ��� � ��������� �� ����� ������ �� ������� ��

���

� � ��� � �

��

���

� � ��� � �

��

��

�� ��� �� �� �&� ��

�� ��� ��

�� �&� &�

�� ��� ��

� � �

��� ��� E 3� �#$"% ���� � ��� ������� ��������� �� +���� ���,�������

������� �� ��� ��� �!����� ������� �� +��� �� �������� ������ ������� 5�� �� �������!���������������� ������� ������ �.������ � 5��������� ������ ��� ������ � �#$"%� 1��� �� �.����,����� ��������� ������ 5�� �� ��� �������� �� 5�� �� ��� �!��6 �� ��5���� �� ��4���� ���������-� ���� ��� ������ ����������� �� ��� ��� �������� � ������ ����� �� ������� #� �/��6 �� ����������� �� �������� ��� �!������ ��� ������� �� �������!������� �� �� ��� �!�� ����������� �4��� ������ �� ������ �.������ �� �� �����������6 ���� �- �.�� �� �� ������ +��� ������4K����� +���� ���,�������� ����� +���� ���,������� �������4K� ������ ���� �� ��� ��� ������ ��5�����6���� ���� ��� �5��� ��� ��������� �-�� ���� �� ��� ��������� �/���� �� 5���������� ��� ��,��-����

1� ��� �!�� �� �� ��� �������!���� ���������6 ��� �� ������ �� �� ���� ���6 �� �������� �& ������������ ;��� �� �������� �������5����� ��� ������ �� ��������6 ��� ����5���� �� ������� ������ ��� �� ������� �� ��� ���� ��������� �� +��� �� +���� ������� ���,�������� 1������ ������ ��� �� �/�� �� ��5���� C����

������ ������

� � !� � ' � !� � �� � !� A !� � '

����� +���� ���,������� �.� ��� �.����� �� �� ��� ��� ������ ��5����� �� ���� �������4K� ���� ���� �� �� ���������� ��5����6 -� ��5��� ��6 ���� ���������� ���5� ���� �� ����� ������������ 3� �������� ������� �� +��� �� �� ��� �!�� �� �� �������!������� ��5��� ������ � �4��� �������� ������ �� �� �����������6 ���� �5� ��� ������ �� �� ���� ��� �������������� �������-�����������������

��� ������� �� �� !" ��������� �� ���+�� ��� ��

������

%�� ������ ���������� ������� �� ������ �� �� ���� ��&6 ������ �������� ��� *������������������� ��� �������� �� �������6 ��� ��������6 �� ��� ��� ������ # 6 �� ������� �� ��� 7�������������8

��� ������� ����� �� ����� �������� �� ����� �� ��� ������ ����� ��/��������� ���������� �� ������� ��� C ������

�����

��� � � �� � ������������ D ���!� � �� A � � !�� � !� � !�

Page 30: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

� ��� ��� �� ���� �� !�"�

��

����

��

��

��� �� � �

�� �� � �

����� ��

����� ��

����� ��

����� ��

����� ��

��������� ������

��

��� ��& E 3� ������ �� "���� �������� ������ -� �.������������� ��������� � ������ ������� ������

��

��

��

���

� � ��� � �

���

� � ��� � �

��

���

� � ��� � �

���

� � ��� � �

�� ��� ��

�� �&� &�

�� �&� &�

�� ��� ��

�� ��� ��

�� ��&� �&�

�� �&� ��

�� ��� ��

� � �

��� ��' E 3� ���� ������ �� "���� �������� ������ -� �.������������� ��������� � ����������� �� ������

Page 31: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

���� ����������� ���������� ��

B� ������ �� CE 1� ������� �� ��� 7�������������8 �� ����� ��� �� ������� C �� 5���� ������� �������� � D 7� � � �8�

E "�� # �6 7�������������8 ��� ������� ����� �� �� ����� �� �����1� ���� �� ���������� 7����3��8��� ��� ������ L ��� ���������6 ��� ������ �� �� ���� 7��8������� ����� ��/��������� M���������������6 �� ������� �� ��� �� ��6 ��� # �6 ��� � ���������������� ���-���� � ���� ��� �� 7�������������86 �� ������ �� ��� ��! 4����� ����! �������� ��������

%�� �5��� ������ � ������ ���� ����� ��������������� � ��� ���,������ ����� �� �� "�(6�.���� �� 5���������� ���5������� � ���� � �))* �� %�� �������� ���� ��� ��������� �������6 -���5��� �� ��� ���������� �� �� ��������� ���� 1.����� �� ��������� ��������������� ������ ��5������� �� ��� ������ 7��8��� ��� ���� �� +���� �������� �����6 ���-�� ����� ���� �� �� �������7�������������86 ��� �������� �� ����� ��5���� C������

�����

��� � � �� � ����������!� D ��)!� � �� � !�� � !� � !�

�� ������ ��� �.����� ��� ������������ �.�� ������� �� +��� �.� �#$"% ��� 4���� ���������� �� ������ �� ������ �������� #� �/��6 �� ������ ��� ���� ������ 7�7��8 A �7�8 D � ���7��8A�7��8 D � ��������� ��! ��5������� � ������ ������ �� �.������������7��8A�7� 8 ������ 5�������� �� ���������8 L ����6 ���� ��� �.�5��� 56 �� ������ �� ��� ������ ��� �������� ��� �������� �� ���������� ��� ��������� ���������� ��� �� �#$"% �� �� ���� ��'6 ������� ������� �� �� ���� ����

��� ��������� � �� ������

"�� 5������� �� ��� +������������ �� ����� ��������������� � ��� �!�� � ������ ��������� ��� �#$"%6 ��� �5��� ������� ��� ��������� �5� �! ��������� ��� "�(6 �.������ 5���������� ���5������� � ���� � �))*� ��� ��������� ���� ���� ���������� #� ����� ������� �� ���6 ����� ��������������� ��� ��� ����� �� ���� �� "�(� ���� ��� ����4K��� ��-������������ ;���6 �.�� ����6 �� �>�� �� � ����� �.������ ��� �� ���5��� �.��������������� �� ��������� �������� � ��� ���,������ 7�� ����� +���6 ��� ���6 �5��� ��� ����������� �������� �������� �� �AA ��6 ��5�����������6 ������ -� �� ��������-��� ��� ���+������� �� %�2"��0�8� .���� ����6 ����� +��� ���������� �.��>�� �.�� ��5���� ��������������� 5����� -��� ���������� �.������� ����� ���������������6 ������ �� �� ������� �� �� ������������ ��!�����6+�������� �� � ��� ��������� ��� ������ �� �� ��������� %�� ���������� �� � ���>����� ��������� ����� ��������������� � ��� �!���

�2���� �'� ���� ��� ��� �� �� ! �� ������0� �� !! �� � ��� �������+ ��� ���� 3��� � � � ��� ��� �� � ���� ��� �!� �����

Page 32: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�� ��� ��� �� ���� �� !�"�

Page 33: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

��

�� �����

� ��� �� � ����� ������� �� #�6 ��� �5��� ����������6 ���� �� �� ��� ������! �� "������������� ������� -� �.�������������6 �.��������� ����� �.�������� ��� ���� � ������ ��� �������� �� ������� �������������� �������� � ������� %�� �5��� ��� ������� �������� � ������������ ���6 -� �.���� �� ���,-�����6 �� �.����� �.������ �� �� ������!� 1� �����-��� �� �.������������������ ����������� ��� ��� �#$"%6 �.���������� �� �� ������� ��� +��������� %�� �.�5��� ������������� �� 6 �� ����� �� ��� � ������ ��� ������ �� �.���� ������

"�� � +����6 ��� �5��� � ����� -� �� ��������-��� �!����� �� ����������� ��� ���,-����� C%�2 "��0�� M�4�� -� ����6 ��� �5��� � ��������� ��� �,��-���� �.��������� ��� �� >� ���� � ������ �������� �� ��� ������� -� �� ����� �� ��� ������ ��� �� +���� ������� L ��� � ��������������� �� ������ �.��������� ����� ������� ��������� �� ���5��� � ����� �/���� �� �AA6 �� �� ������� ������ ���>-� �������������� ���� �� �

%�� �5��� ���� ������� ��� ���-���� +������ ������4K���6 ���� �� ������� �.�� ����� �.��#$"%6 �� +���� ���������� ���,�������� %�� �5��� ����� �!����� �� �������� ���������� �������� ��� ����������� �� �� �������!������� ����!�6 � ���6 ��� ���������� ��� ������� �!������ �.������ ������� ��� �� ��� �!���

%���� ���5��� ����� ���������� �� �.������������� ��� ���+������� �� ����� ��������������������� +������ ���������� �.��>�� �.�� ��5���� ��������������� ��� �.�� ���4K��� �� ������������6��� ������� ������� �� � ���>�� ��� ��������� �� ���������� ����� ��������������� � ����!�� � ������ ��� ������ ��� ������! �� "���� ��������� ������� -� �.�������������� %����������� ����� ��5��� ������� ��� ����� �� ��� ���� �� �.���������� ��� ��������� ���,���������

Page 34: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�&

Page 35: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

����������

:� �&< (�>��5 ��� ��� �5�� 1� ���� � �����, �+ ����� �������� �)���� ���� ;��� ���������6 ��)7�8 C���E��'6 ���&�

:�G" �< � �5��6 S� G0��6 ��� �� "��II�� B� ������� ��������������� �+ ��5�! ���,�������� �� ;� �����6 T�9�� M��6 ��� %� $�0�,���6 �������6 �� )��� ���� ��# D���(��������&� �# )� =��� A� ���� ����� ;��&���� �# �� )��� ���� ��# D���6 ����� �' E�) � J���� ������� "��������6 � ��

:* ��< *������ *�������� ��� ;���� ��I� ;������� ��� 5��������� �+ ���� ����������,����� ���� ���� ����� ����� A��� �����" ��# D" ��&"6 ��7�8 C�'�E���6 �����

:*�� �< *� *��������� 1� �������� ��� ������ �.����� ��� �.����,�� ��� ������! ���������� ��H� ���&�%�� ��'����� ��� �� �4� %���� -'��� �#� ���-$9../�6 ����� ��'E�� 6 $�����6G����6 � �� =����� ������

:*(Q= �< (������ *������6 #���� (��6 #��� Q�/������6 ��� "������ ;� =���� "������, �������� ��5�! ���,����� ��� ��� ����� ���,����� ������,� �� ��������&� �# )� 6 )A� ���� ����� �4������ �� � � �� 3���4���6 ����� ���E���� ��������9O�����6 � ��

:���)'< %� O� ������0�5�� ��������� +�� ������ � ������� +����� +�� ��� ���9������5��������� �+ �,���� �+ ������ ������������ �"�"�"-" ;��� � ����� �� )��� ��� ���� )��� ���� �)4����6 '7�8 C�'�E�)�6 ��)'�

:�( &< G���0 �����I ��� B��5��� 7=�8 (�!� ������� ����������� +��� ���� "���� ������ ����� �������� �� =�� ) A� ���� ����� I��?�)�� �� 3 ��� � F��� �� ��� �#;�� ���� �4� ��� �3F�;�$.J�6 1����� 73S86 ��������� � &�

: ��)�< M�*� ���I��� 1����� ���&������& �� �� �������� "������� 3��5�����, "����6 ��)��

: ��� < � 1� ���� $����� ���������� ��� 5��������� �+ �����9����� ������� �,������ ����������&� �# )� �� ���� ����� D��?�)�� �� 3 ��� �� !��� �� ��� �� )�� #�� �� �� � � �4� ���6 ����� ���E���� ��������9O����� %�2 F��06 ���6 ��� �

:GB�'< (� ;� G���� ��� ?� *� B����� B� ��� �����!��, �+ +�� ���,������ ��� ������������������� �� )��� ���� ���&������&6 �� C���E�&'6 ���'�

:M(( '< M������ M����,6 B��5��� 7=�8 (�!6 ��� B��5��� 7G�8 (�!� ����� ���� ������������ ����,��� �+ ���� "���� ����� �)���4 �� ���� ��� �# 1�&�� ���&������& ���1��"������� A��� �� ����� �� ��� 3���4��� �� F��� �� ��� �# -��� �!� �4� ���6 � '� ���������

:=���)< $����� =��I������ $�� �����, �+ �,���� �������� �� ��������&� �# )� // ) 3����A��� �4������ �� 1�&�� �� ;��� �� ������� �1A;� $6K�6 ����� ���E���6 %�2*���2�06 %�2 ?����,6 ���)�

:==J$�'< $����� �� =��I�����6 "��9=��� =�6 ��� =�2��� J���9$��� =,��� C $�� ��!������������ �� A��� -�������� �4� ��� �4������6 ����� ')E)'6 ���'�

:="(��< %� =���2���6 F�#� "��,6 ��� "� (�����/� O��������� �+ ����9���� �,����� ���������� �������� ����,���� =����� �� )�� �� �4� �� ����&�6 ��7�8 C�'�E��'6 ���������

:?�� �< *� ?������� ���5�! ���,����� ������,6 ������� ����� �������� �5������� ������ CNN222�������+�N���5�N *��������?������N��2���0������6 ;��� � ��

�'

Page 36: Morgan Magnin – Professor Bioinformatics & e-Learning ... · 1 6 c. rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre rrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrre ; 0 78 "7 8 "

�) �������� ���

:1����< O� 1������� "��,��� C � ������, +�� ����������� ����������I�� ���,������ �5��������� ���� CNN����9��������+�N �������N���,���N6 ;��� �����

:1"F�'< S�� M�������� 1�����6 "�� "���������6 ��� J��� F�� ;����9��0��� +�� ����9�����,������ �� ��������&� �# )� /. ) A� ���� ����� �4������ �� =����� ��� �#;��� � ��� �)���46 ����� )�E��� ��������9O�����6 ���'�

:1( ��< ����� 1��� ��� B��5��� =� (�!� #!������5����� ��� ����,��� �+ �������� �!���������� ����� ����� �� ��������&� �# )� 7 ) A=3; ���#������ �� ���� �� )���������� ����� #���5��� �����6 � ��

:1( ��< ����� 1��� ��� B��5��� 7=�8 (�!� ����� ���� ����� �������� �+ � ���� "�������� �� �)� /. ) A� ���� ����� I��?�)�� �� �� �� �� � �� ���#������� �����(�����$.H�6 ����� ��&E���6 3�����6 3��6 ��������� � �� �### ������� �����,�

:1( &< ����� 1��� ��� B��5��� 7=�8 (�!� � ����������� ����� ������ +�� ��� ����� ����,����+ �������� �!������ ���� "���� ����� �� �)� 97 ) A��� A� ���� ����� -���������4� ��� �4������( �-���$.J�6 1�����6 "������6 ������ � &� �### ������������, "�����

:;����< ;� ;������� 3���4�� �� �'����� � �� �� �������'�� � ������� ��� �� �4� %������ ���'��� 3��5������� "�� ��������6 $�����6 �����

:;���&< "� ;� ;������ 3 � 4 �# )� -���!������� 4 �# ;��� ��& �4� ���" ��5��� C 3��5�����+�����6 "� $�����6 ���&�

:( �< B��5��� =� (�! ��� ����9;���� ��������� #!������� ��� ������! �� "���� �9��������� ��� �� ������������� �� �.������������� �� �4���� �����9������ �� H����&�%�� ��'����� ��� �� �4� %���� -'��� �#� ���-$9../�6 ����� ���E�&�6 $�����6G����6 � �� =����� ������

:(1M &< B��5��� (�!6 ����� 1���6 ��� M������ M����,� (����� �5��������� ���� CNN222���,���9�������+�N��,�N�N��N������N$����(���N����N��+�2���9�9�����6 � &�

:J����< � S� J����� 3 ������4 #�� ���& ���4)���� ����� ����� ;�����.� ������6 B����� �����3��5�����,6 ���5�����6 B�����6 �����

:F���< $������� F����� ��� *����9=����� ��������/� #���� 5��������� �+ �������� �������� �,������ =���" �� )�� �4� " ���"6 ��7�8 C���E��'6 �����


Recommended