7/21/2018

1

Pathway analysis with Metaboanalyst and KEGG

Stephen Barnes, PhDProfessor of Pharmacology & Toxicology

sbarnes@uab.edu

Files in mummichog results folder

Open the file. It’s on your thumb drive.

7/21/2018

2

Identification of each observed ion

Select and copy the KEGG IDs

7/21/2018

3

Go to Metaboanalyst

Select here

7/21/2018

4

Transfer the KEGG IDs into the box, select the input type and submit

Listed metabolites 

7/21/2018

5

No records?

Proceed to bottom of the table

Search unknown on KEGG to identify metabolite

Choose a species

7/21/2018

6

Statistical analysis selection

7/21/2018

7

Tyrosine metabolism pathway

Move the mouse over the red box to reveal the metabolite

7/21/2018

8

Summary table

Click on matched metabolites in the table

7/21/2018

9

Click on KEGG (right side of table)

Pathway mapping with KEGG

• KEGG, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

• A comprehensive resource of genes, proteins and metabolites

• Has a Pathway tool

• https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

7/21/2018

10

Enter the KEGG IDs into the box

Press the “Exec” button below the table

These are the IDs that weren’t recognized

7/21/2018

11

7/21/2018

12

Questions?