Protein Data Bank (PDB)

Base de datos de estructuras 3D de proteínas: PDB

www.rcsb.org/pdb/

- El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos que recoge las estructuras tridimensionales (determinadas experimentalmente) de macromoléculas biológicas.

Protein Data Bank (PDB)

Página principal del Protein Data Bank

Pincha aquí para acceder a datos

estadísticos

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base de datos

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Datos estadísticos del Protein Data Bank

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Protein Data Bank (PDB)

- Más del 90% de las estructuras almacenadas en el PDB corresponden a proteínas

Estructuras almacenadas en el PDB (Febrero de 2008)

Protein Data Bank (PDB)

Estructuras almacenadas en el Protein Data Bank

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Búsquedas en el Protein Data Bank (PDB)

Introduce aquí el término de búsqueda. Por ejemplo: equinatoxin

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Resultados de la búsqueda

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NMR

Difracción de Rayos-X

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Pinchando en cada pestaña se accede a distintos tipos de

información

Por defecto, aparece la

información que resumen los parámetros

estructurales

Un registro del Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB)

Parámetros estructurales (1)

Los parámetros en color azul son

datos primarios obtenidos

experimentalmente

Datos de los autores del trabajo y del

artículo donde se ha publicado el trabajo

Protein Data Bank (PDB)

Parámetros estructurales (2)

Clasificación estructural de

la proteína

Función de la proteína

Familia a la que pertenece

la proteína

Los parámetros en color azul son

datos primarios obtenidos

experimentalmente

Los parámetros en color rojo son datos

obtenidos tras analizar los datos primarios

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Un registro del Protein Data Bank

PDB ID (Identificador)

Pinchando aquí te puedes descargar el fichero pdb para

visualizarlo después con

RASMOL

Ayuda

Pinchando aquí se puede ver directamente

el fichero pdb en 3D (necesitas tener el plug-in CHIME instalado en tu

ordenador)

Hay varias opciones para

visualizar la molécula

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Estructura de un fichero pdb: encabezamiento

Protein Data Bank (PDB)

Estructura de un fichero pdb: secuencia

Protein Data Bank (PDB)

Estructura de un fichero pdb: estructura secundaria

Protein Data Bank (PDB)

Estructura de un fichero pdb: coordenadas atómicas

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Estructura de un fichero pdb: conexiones - final

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Vista en 3D de la proteína (se requiere el plug-in CHIME)

Protein Data Bank (PDB)

Propiedades biológicas y

químicas de la proteína

Propiedades biológicas y químicas

Protein Data Bank (PDB)

Detalles experimentales sobre cómo se ha obtenido la

estructura

Detalles experimentales

Protein Data Bank (PDB)

Detalles sobre la estructura

primaria

Detalles sobre la estructura primaria

Secuencia en formato FASTA

Enlace a la base de datos UNIPROT

Estructura primaria y estructura secundaria

Protein Data Bank (PDB)

Detalles sobre la geometría de la molécula

Detalles sobre la geometría de

la molécula

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Bibliografía

Capítulo 11: Working with Protein 3D-structures