Satisfaciendo la demanda de diagnóstico molecular

en Microbiología Clínica

Marzo 2011

Smartcycler®:

Plataforma inteligente para sus necesidades

Flexible y expandible: El instrumento Smartcycler es el único sistema modular de PCR en tiempo real con acceso aleatorio, que permite realizar hasta 96 tests diagnósticos (protocolos) diferentes al mismo tiempo. Cada posición está calibrada térmica y ópticamente, lo que permite realizar el mismo protocolo en las posiciones deseadas. El sistema Smartcycler es plug-and-play, y solo es necesaria una conexión USB para transformarlo en un equipo modular de hasta 6 x 16 = 96 posiciones. Rápido: Permite optimizar protocolos de PCR en un único ensayo, y puede entregar resultados en la mitad de tiempo que otros instrumentos de formato placa de 96 posiciones, debido a la rapidez de los ciclos de calentamiento y enfriamiento que permite la superficie plana de contacto de los irrompibles tubos plásticos especiales que utiliza el sistema. Gran flujo de trabajo: Un sistema modular de 2 equipos por sí solo puede procesar más volumen de trabajo que cualquier otro instrumento de 96 posiciones. Facultativos y técnicos pueden incrementar la eficiencia del diagnóstico en el laboratorio porque no es necesario agrupar muestras. Los resultados históricos pueden ser consultados, impresos y validados en cualquier momento, aunque el equipo esté en uso. Se puede crear e iniciar un ensayo nuevo mientras otros ensayos se están realizando. Optimización de ensayos: El acceso aleatorio permite optimizar ensayos que generen tamaños de amplicon diferentes, tiempos de ciclado y diseño de ensayo y disminuir los tiempos de obtención de los resultados.

Precisión del Instrumento

Curvas de crecimiento y segundas derivadas para 32 posiciones (2 bloques). Los datos pertenecen al ensayo #3 (tabla inferior). Ensayo de N. gonorrhoeae a 5000 copias

La robustez de los elementos óptico y térmicos generan resultados de gran reproducibilidad

Capacidad multiplex

Amplificación multiplex y detección de N.meningitidis (FAM), S.pneumoniae (Cy3), H. influenzae (TxR) y Control interno (Cy5).

Los ensayos multiplex permiten la detección de varias dianas presentes en una única muestra. El uso de multiples sondas permiten la detección de señal en 4 canales al mismo tiempo. Compatible con varias químicas de detección (TaqMan, Eclipse, Molecular beacons, Amplifluor, Scorpions, y fluoróforos intercalantes).

En la foto, se ven 7 módulos SmartCycler controlados por 2 ordenadores, en un laboratorio de microbiología clínica español, con capacidad de realizar en 1h30min, 112 test de PCR en tiempo real simultáneamente:

- 1 sistema con 4 módulos SmartCycler con capacidad de efectuar 4 x16 = 64 test de PCR en

tiempo real simultáneamente. - 1 sistema con 3 módulos SmartCycler con capacidad de efectuar 3 x16 = 48 test de PCR en

tiempo real simultáneamente

Rango dinámico

DNA M13mp18RF, con amplificación y detección de un amplicón de 71bp, utilizando como sonda TxR/BHQ2. Detección de 109 a 10 moléculas con 4 réplicas para cada concentración.

El sistema Smartcycler permite la detección de un rango muy amplio de concentraciones. Es posible crear una curva patrón, para conocer datos de concentración bacteriana ó viral.

Sensibilidad

Diluciones seriadas de 100pg a 10fg de DNA con sonda TaqMan marcada con Cy5/BHQ2

Los ensayos de sensibilidad se ven afectados por múltiples factores, incluyendo la preparación en el diseño de primers y sondas o las condiciones de optimización de la PCR. La detección de una sola copia es posible cuando el ensayo está perfectamente optimizado.

El corazón del sistema Smartcycler®: El módulo I-CORE®

Multiplexing: Hay 4 LEDs y 4 detectores que optimizan la capacidad multiplex. Los filtros de longitud de onda en cada uno de los detectores impiden el riesgo de fluorescencia cruzada. La señal óptica se mide en un ángulo de 90º para minimizar el riesgo de interferencias Termociclado rápido: La placas cerámicas permiten una transmisión de calor muy rápida al tubo de reacción, y los ventiladores disminuyen el tiempo de enfriamiento, mejorando la velocidad de las rampas de amplificación. A su vez, es posible configurar diferentes velocidades de calentamiento/enfriamiento para optimizar ensayos.

4 canales de detección

El sistema óptico permite la medición de la fluorescencia en 4 canales al mismo tiempo. Los filtros ópticos y los LEDs de alta intensidad optimizan la separación espectral. La calibración permite la detección de FAM y sondas intercalantes en el canal 1, Cy3, TET y Alexa532 en el canal 2, TexasRed en el canal 3 y Cy5, Alexa647 en el canal 4.

El módulo I-CORE

El tubo Smartcycler (SmartTube) es un producto de polipropileno diseñado para minimizar el riesgo de contaminación por amplicones, maximizar la transferencia de temperatura, y optimizar la sensibilidad óptica. La ventana de reacción forma un ángulo de 90º ideal para que la lectura de la fluorescencia sea óptima. El diseño plano permite transferir la temperatura muy rápidamente a la mezcla de reacción, reduciendo el tiempo de amplificación.

SmartTubeTM:

- Tubos con volumen de reacción - Sistema de tubo cerrado de hasta 25 μl ó 100 μl - Gran superficie de contacto - Tubos de polipropileno irrompibles - Angulo de lectura de fluorescencia óptimo a 90º

Rápida respuesta térmica. Rápida respuesta térmica. Disminución de las posibilidades de contaminación. Menos tiempo requerido por ensayo Máxima sensibilidad Máxima seguridad

Simple. Sensible El SmartCap es un tubo para el diseño de PCR de gran sensibilidad (Nested), pero que se lleva a cabo en un solo paso, sin necesidad de abrir el tubo, disminuyendo la posibilidad de contaminación Imagen del SmartCap, antes de ser ensamblado en el SmartTube

Cargar el reactivo fresco para la segunda reacción en el SmartCap. Cerrar y realizar la primera reacción

RealTime PCR-Nested: Aumento de sensibilidad

SmartCapTM:

Cargar el primer reactivo en el SmartTube. Colocar el SmartCap en la parte superior del SmartTube

Sacar el tubo del equipo. Cerrar la tapa del SmartCap y volver a introducir el tubo en el equipo. Realizar la segunda PCR.

SISTEMA SMARTCYCLER:

PCR EN TIEMPO REAL DE SEGUNDA GENERACIÓN

PANEL DE TÉCNICAS

o MENINGITIS BACTERIANAS Y ENCEFALITIS VÍRICAS o INFECCIÓN RESPIRATORIA BACTERIANA Y VÍRICA o PANEL INMUNODEPRIMIDOS Y CARGAS VIRALES EN TRANSPLANTES o PANEL ENFERMEDADES DE TRANSMISIÓN SEXUAL o INFECCIÓN GASTROINTESTINAL o INFECCIONES FÚNGICAS o INFECCIONES PARASITARIAS o INFECCIONES NOSOCOMIALES o INFECCIONES POR MICOBACTERIAS: MTB/ NTM o DETECCION RAPIDA DE RESISTENCIAS: BLEAS; MecA, VAN A, B, C o SEPSIS o FARMACO-GENETICA PARA ANTIVIRALES (Abacarvir-HIV y Ribavirina-HCV)

o REACTIVOS PARA OTRAS PLATAFORMAS o SISTEMA MAGICPLEX (SEEGENE) o SISTEMA ANYPLEX (SEEGENE)

NEW

NEW

MENINGITIS BACTERIANAS:

1. Meningococo / Neumococo 2. Listeria monocytogenes 3. Meningitis neonatal: S. agalactiae/ E. coli

ENCEFALITIS VÍRICAS:

1. Enterovirus

2. Tipado HSV 1/2

3. VZV 4. HHV6 5. HSV1, HSV2, VZV 6. CMV, EBV 7. HSV1, HSV2, VZV, CMV, EBV, HHV6

TOXOPLASMOSIS LCR:

Toxoplasma gondii

BORRELIOSIS (Enfermedad de Lyme):

Borrelia burgdorferi (CE)

1. Brucelosis

2. Leptospira

3. WNV (West Nile Virus)

4. Rubeola

5. Parotiditis

6. Tropherima whipplei

MENINGITIS BACTERIANAS Y ENCEFALITIS VÍRICAS

OTRAS INFECCIONES

7.

NEUMONÍAS BACTERIANAS COMUNITARIAS:

1. Bordetella pertussis / parapertussis 2. Neumolisina ultrasensible (Neumococo) 3. Mycoplasma / Chlamydia pneumoniae 4. Legionella spp. / L. pneumophila 5. Fiebre Q (Coxiella burnetii)

NEUMONÍAS BACTERIANAS NOSOCOMIALES: 1. Pseudomonas aeruginosa / Acinetobacter baumanii 2. Staphylococcus aureus / mecA 3. S. aureus / Panton-Valentine Leucocidina

MICOBACTERIAS

1. M. tuberculosis Complex / MNT (Micobacterias no tuberculosis)

2. M. tuberculosis Complex / Resistencias INH y RIF

3. Mycobacterium tuberculosis Complex

4. M. Avium NEUMONIAS FUNGICAS: ASPERGILOSIS INVASIVA / PNEUMOCYSTIS

1. Aspergillus fumigatus

2. Pneumocystis jiroveci NEUMONÍAS VÍRICAS:

1. Bronquilitis: Virus Respiratorio Sincitial/ Metapneumovirus 2. Bocavirus / Adenovirus

3. Gripe A/B tipado

4. Subtipado Gripe A (H1,H3, H1N1) 5. Gripe A/ H1N1 (Pandémica 2009)

6. Gripe A/ H5N1 (Gripe Aviar)

7. Gripe A/B tipado

8. RSV (Virus Respiratorio Sincitial) 9. hMPV (Metapneumovirus humano)

10. Gripe A/B/ RSV

11. ParaInfluenza 1/2/3

12. Detección Multiplex todos Virus Respiratorios

NEUMONÍAS BACTERIANAS / VÍRICAS / FUNGICAS

VIRUS CARGA VIRAL (SEGUIMIENTO CON KITS CUANTITATIVOS):

1. CMV CUANTITATIVO (CE)

2. EBV CUANTITATIVO (CE)

3. BKV CUANTITATIVO (CE)

4. HHV6 CUANTITATIVO (CE) 5. Parvovirus B19 CUANTITATIVO (CE)

LESIONES INMUNODEPRIMIDO:

1. Detección simultánea de 6 Herpesvirus 2. Detección simultánea de 3 Herpesvirus (HSV1,2,VZV) 3. Detección simultánea de CMV y EBV

4. Detección y tipado de Herpes Simplex 1/2

5. Detección de VZV 6. Detección de HHV6 7. Detección de Adenovirus 8. Detección de Poliomavius JC/BK 9. Detección de Toxoplasma gondii

1. Anyplex CT/NG

2. Ulceras gentales 1 (T. pallidum / H. ducreyi) 2 Linfogranuloma Venereo 3. MagicPlex CT/NG/UU/MG/MH

PANEL INMUNODEPRIMIDOS - TRANSPLANTE

PANEL ETS

PANEL PARÁSITOS SANGRE / TEJIDOS

INFECCIONES BACTERIANAS INTESTINALES:

1. Helicobacter pylori 2. VTEC stx1/2 3. Clostridium difficile 4. Clostridium perfringens 5. Campylobacter 6. Salmonella 7. Yersinia enterocolitica 8. Shigella flexneri 9. Tropheryma whipplei

INFECCIONES VÍRICAS:

1. Norovirus detección y tipado I/II 2. Diarreas víricas (Rota/Noro/Astro) en desarrollo

PARÁSITOS EN HECES:

1. Giardia lamblia 2. Cryptosporidium parvum 3. Entamoeba histolytica

1. Chagas (T. cruzii) 2. Plasmodium sp 3. Toxoplasma gondii 4. Leishmania sp

INFECCIÓN GASTROINTESTINAL

NEUMONÍA HOSPITALARIA ó NAV (Neumonía asociada a ventilación mecánica)

1. Kit PASM (Pseudomonas, Acinetobacter, Staphylococcus aureus, MecA)

CONFIRMACION en 1h35 min. de HEMOCULTIVOS POSITIVOS ó CEPAS:

1. Kit CTXE (Detección BLEAS CTX-M grupo 1, grupo 2 y grupo 9 ; Detección E. coli )

2. Kit PACI (Detección Pseudomonas aeruginosa y Acinetobacter baumanii)

3. Kit SAMA ó Kit SAPV (Detección Staphylococcus aureus y gen MecA) (Detección de Staphylococcus aureus y Leucocidina de Panton Valentine )

4. Kit NEUM

(Kit detección Neumolisina ultrasensible - Streptococcus pneumoniae-) 5. Kit identificación levaduras (Kit identificación Candida albicans, Candida glabrata y Candida krusei) SEPSIS, detección directa: 1. Screening candidemia (Candida sp)

2. Kit NEUM

(Kit detección Neumolisina ultrasensible - Streptococcus pneumoniae-) 3. Sepsis Screening / Identificación

INFECCION NOSOCOMIAL: NEUMONIA NOSOCOMIAL y SEPSIS

Desde colonias (Confirmación rápida) o directamente desde muestras clínicas o a partir de botellas de hemocultivo positivas

1. Kit CTXE

(Detección BLEAS CTX-M grupo 1, grupo 2 y grupo 9)

2. Kit KPCK (Detección Klebsiella pneumoniae/ Carbapenemasa KPC)

3. Kit IMVI (Detección Metalo-betalactamasas IMP/VIM)

4. Kit AMPC (Detección betalactamasas AmpC plasmídicas: CIT, DHA, ACC y EBC)

1. AnyPlex Van A, Van B, Van C 2. MagicPlex Van A, Van B, Van C

DETECCION RAPIDA DE RESISTENCIAS A BETALACTAMICOS

BLEAS, CARBAPENEMASAS Y AmpC PLASMIDICAS

DETECCION RAPIDA DE RESISTENCIAS A VANCOMICINA

SISTEMA SMARTCYCLER + SEEPREP:

NUEVOS REACTIVOS

MAGICPLEX (Máxima Sensibilidad en Real Time PCR)

1. Magicplex STI1 Amplification (100) 2. Magicplex CT/NG Real Time Detection (50) 3. Magicplex MG/MH/UU Real Time Detection (50) 4. Magicplex FLU A and Subtyping (H1,H3, 2009H1) (100)

5. Magicplex MTB Amplification (50) 6. Magicplex MTB Detection (50) 7. Magicplex HepaTrio Amplification (100) 8. Magicplex HepaTrio (Hepatitis A, B y C) Detection (100 test) 9. Magicplex VanR Amplification (100) 10. Magicplex VanR (VanA, VanB, VanC) Detection (100)

ANYPLEX (Real Time PCR convencional) 1. Anyplex FluA/NewH1N1 RT Detection (100 tests) 2. Anyplex FluA 3 Typing (H1, H3, 2009H1) RT Detection (100 tests) 3. Anyplex MTB/NTM RT Detection (100 tests) 4. Anyplex CT/NG RT Detection (50 tests) 5. Anyplex VAN R RT Detection (100 tests)

Kits Real Time para otras plataformas)

1. RealStar CMV PCR Kit cuantitativo 2. RealStar EBV PCR Kit cuantitativo 3. RealStar HSV PCR Kit cuantitativo 4. RealStar VZV PCR Kit cuantitativo 5. RealStar BKV PCR Kit cuantitativo 6. RealStar JCV PCR Kit cuantitativo 7. RealStar Chikungunya virus PCR Kit 8. RealStar RSV PCR Kit 9. RealStar Norovirus tipado I/II PCR Kit

10. RealStar Parvovirus B19 PCR Kit cuantitativo 11. RealStar Clostridium difficile toxina B PCR Kit y todos los kits de:

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