Overskrift her Navn på oplægsholder Navn på KU-enhed
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Centre for GeoGenetics
Second and third generation sequencing technologies
Morten Rasmussen, PhD
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Outline
• What was before? • All the new players
• 454 • Illumina • SOLiD • Helicos • PGM • Pacific Biosciences • Oxford Nanopores • Many more to come
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
What is first generation sequencing?
Centre for GeoGenetics
• Sequencing = read DNA code, A-C-G-T
• Sanger sequencing, 1977
• Dideoxy chemistry
• Read length 700-1000bp
• Requires PCR primer sites (>40bp)
• Often requires cloning
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
What is first generation sequencing?
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Introduction – second generation sequencing What is second generation sequencing?
Centre for GeoGenetics
1977
x 1
1998
x 384
2006
2007
2008
2011
x very big number
x even bigger number
x gigantic number
x big number
105 - >109 1 - 384
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Introduction – second generation sequencing Defining features of second generation sequencing
• Library
• Clonal Amplification
• Massively Parallel Sequencing
Centre for GeoGenetics
DNA from extract
Polished DNA
Adaptors
Library molecule
Library
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Second generation sequencing platforms
Centre for GeoGenetics
454
Illumina
SOLiD
Ion Torrent (PGM)
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
The GS FLX (454) platform
Centre for GeoGenetics
• Clonal Amplification
• Massively parallel sequencing
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
The GS FLX (454) platform
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Ion Torrent and Proton
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Introduction – second generation sequencing The Illumina (GAIIx) platform
Centre for GeoGenetics
• Clonal Amplification
• Massively parallel sequencing
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Illumina reaction flow
Centre for GeoGenetics
P5 P7 Index Insert
Read1 ReadIndex Read2
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Sequencing by Oligo Ligation and Detection
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
SOLiD 2-base encoding
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Third-generation sequencing
• Defined by no amplification • Simple sample preparation
Centre for GeoGenetics
Helicos PacBio Oxford Nanopore
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Helicos
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Pacific Biosciences - SMaRT
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Oxford Nanopore
Centre for GeoGenetics
Video
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Oxford Nanopore
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Current status (Mar 2012)
Company/technology
Current machine, some key characteristics
454 GS FLX+, 7-800bp length, 1M reads Illumina HiSeq 2000, 1.5B reads, up to 2x 100bp SOLiD (Life) 5500XL, 2B reads, up to 2x 60bp PGM (Life) Ion Proton, up to 200bp, 80M reads Helicos HeliScope, >1B reads, 25-35bp PacBio SMRT, ~150k reads, long reads (1-10kb) Oxford nano GridION, 2-8000 pores, long reads
(150kb?)
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Current status part 2
Company/technology
Current machine, some key characteristics
454 GS junior, 4-500bp reads, 100k reads Illumina MiSeq, 15M reads, up to 2x 250bp PGM (Life) Ion Torrent, 5M reads, 400bp Oxford Nano MinION, uncertain
Centre for GeoGenetics
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
22
Optical mapping (OpGen) Solid-State Enzymatic restriction
DNA extraction
DNA stretched and immobilized
Scan fluorescent images, convert to digital data
Enzyme digest and fluorescent stain to
single DNA molecules
Digital data converted to single-molecule map set
Cells gently lysed to extract long genomic DNA molecules (> 150 kb)
DNA captured on charged glass slides in parallel channels of
single DNA molecules
23
What do people do with Whole Genome Maps?
Comparative Genomics
Strain Typing
Whole Genome Sequence Assembly
24
Tekst starter uden punktopstilling For at få punkt-opstilling på teksten, brug forøg indrykning For at få venstre-stillet tekst uden punktopstilling, brug formindsk indrykning
Overskrift her
For at ændre ”Enhedens navn” og ”Sted og dato”: Klik i menulinjen, vælg ”Indsæt” > ”Sidehoved / Sidefod”. Indføj ”Sted og dato” i feltet for dato og ”Enhedens navn” i Sidefod
Experimental design
Sample preparation
Data generation
Analyses
Centre for GeoGenetics