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Simulations num eriques des collisions atome-mol ecule pour … · 2018-03-13 · Simulations num...

Date post: 28-Jul-2020
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Simulations num eriques des collisions atome-mol ecule pour l’astrophysique. Duncan Bossion 1 , Yohann Scribano 1 1 Laboratoire Univers et Particules de Montpellier, UMR-CNRS 5299, Universit e de Montpellier *e-mail : [email protected] Contexte L’astrophysique mol e culaire e tudie les origines et l’ e volution de la mati e re constituant notre Univers. Les processus qui conduisent a la formation de ces mol e cules sont un enjeu primordial pour notre compr e hension de la physique du vivant. De plus ces mol e cules ont un r ^o le fondamental dans les processus de formation stellaire de notre Univers (depuis les toutes premi e res g e n e rations d’ e toiles jusqu’ a aujourd’hui). M ethode des Trajectoires Quasi-Classiques Il faut simuler le mouvement de 3 atomes, deux d’entre eux formant initialement une diatomique, le troisi e me entrant en collision avec celle-ci. A + BC (v; j ) ! 8 < : A + BC(v 0 ;j 0 ) processus in e lastique B + AC(v 0 ;j 0 ) processus r e actif A+B+C processus dissociatif v et j repr e sentent les nombres quantiques de vibration et de rotation. Hamiltonien nucl eaire : Approximation de Born-Oppenheimer[1] : le mouvement des e lectrons s’adapte instantan e - ment au mouvement des noyaux. La dynamique r e actionnelle des noyaux (r e arrangement des liaisons mol e culaires) s’eectue sur une surface d’ e nergie potentielle e lectronique (solution de l’ e quation de Schrodinger des e lectrons a g e om e trie des noyaux x e e) : H= 1 2m A 3 X j =1 p 2 j + 1 2m B 6 X k=4 p 2 k + 1 2m C 9 X l=7 p 2 l + V(q 1 ;q 2 ; :::; q 9 ) avecq i et p i les positions et impulsions des noyaux en coordonn e es cart e siennes et o u V(q 1 ,. . . ,q 9 ) repr e sente la surface d’ e nergie potentielle e lectronique. Formalisme quasi-classique utilis e [1] : Equations de Hamilton: dq j dt @H @p j =0 dp j dt + @H @q j =0 R e solution classique des e quations du mouvement pour une surface de potentiel e lectronique avec des conditions initiales et nales de la propagation impos e es pour reproduire les descriptions quantiques des e tats internes associ e es au fragment r e actif/produit d’o u le terme quasi-classique. Section ecace de collision : Echantillonnage de Monte Carlo: param e tre d’impactb entre l’atome et la diatomique, orien- tation et rotation de la diatomique par rapport a l’atome incident. Calcul de lasection ecace de r eaction par analyse de la statistique des trajectoires simul e es. P r (v;j ! v 0 ;j 0 ; b; E col )= N r (v 0 ;j 0 ; b; E col ) N(v;j;b;E col ) ; v 0 ;j 0 v;j (E col )=b 2 max P r (v;j ! v 0 ;j 0 ;E col ): avecb max le param e tre d’impact maximal,N r les trajectoires r e actives etN le nombre total de trajectoires. Ladeviation standart due a la m e thode Monte-Carlo est donn e e par : = v 0 ;j 0 v;j (E col ) r N N r NN r : Code XQCT (Fortran 90) Trois atomes A, B et C, syst e me e tudi e : A+BC A B C Calcul de l’ e tat quantique ( v, j ) de la diatomique BC par la m e thode quantique FGH [2]. Echantillonnage Monte-Carlo des param e tres de collision pour l’atome A. Int e gration des e quations de Hamilton par Runge-Kutta 5 a pas adaptatif. Identication du canal de sortie. R e actif : diatomique AB ou AC form e e, in e lastique : diatomique BC non d e truite. Assignement d’un e tat semi-classique par trajectoire (d’ e nergie donn e e) qui permet de d e nir par un sch e ma de type histogramme le nombre N r . Dissociation en A, B et C. Utilisation de M eso@LR Recherche de tous les e tats quantiques (v, j ) dans une gamme d’ e nergie. Lancement s e riel par script bash. 20 e nergies de collision (0.01-2.5 eV). Lancement en batch par SLURM. Simulation de 20 80 000 trajectoires. Obtention de la section ecace v;j (E col ). Calcul dek v;j (T). Performances : Dur e e typique de simulation d’une trajectoires : 0.09 s. Nombre d’ e nergies de collision : 20. Nombre moyen d’ e tats quantiques a prendre en compte par r e action : 250. Nombre de trajectoires total pour une r e action donn e e: Nbre de traj. Nbre d’E col Nbre d’ etats quantiques (v,j ) = 400 000 000. Temps CPU total pour une r e action donn e e : Trajectoires lanc e es en boucle dans le code Tps de sim. d’une traj. Nbre de traj. total = 10 000 h. Temps r e el utilisateur sur M e so@LR (utilisation du maximum de coeur disponibles) : Tps CPU / Nbre de coeur utilis es, en moyenne un temps r e el de moins de 2h. R eaction H+H 2 (v,j) ! H 2 (v 0 ,j 0 )+H Constante de vitesse sp e cique : k v;j (T) = 8k B T A;BC 1=2 1 (k B T) 2 Z 1 0 v;j (E col )E col exp E col k B T dE col On obtient un bon accord entre les r e sultats QCT et TIQM (m e thode quantique ind e pendante du temps) avec un co ^ u t num e rique bien inf e rieur. Perspectives Parall e lisation Open-MP du code, notamment la boucle sur les trajectoires, en garda propagateur de Runge-Kutta en scalaire (pour chaque trajectoire). Parall e lisation MPI du code, en vectorisant le propagateur (pour toutes les trajectoire Extension aux processus polyatomiques. References : 1.M. Brouard and C. Vallance. Tutorials in Molecular Reaction Dynamics. RSC Publishing, 2010. 2. D. G. Truhlar et J. T. Muckerman, Atom-Molecule Collision Theory : A Guide for the Experimentalist , R. B. Bernstein (1979) pp. 505-566. 3.A. I. Boothroyd, W. J. Keogh, P. G. Martin, and M. R. Peterson, J. Chem. Phys., 104, 7139-7152 (199 4. Mielke et al., J. Chem. Phys. 116, 4142 (2002). 5. F. Lique, Mon. Not. R. Astron. Soc. 453, 1 (2015)
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Simulations numeriques des collisions atome-molecule pourl’astrophysique.

Duncan Bossion1∗, Yohann Scribano1

1 Laboratoire Univers et Particules de Montpellier, UMR-CNRS 5299, Universite de Montpellier*e-mail : [email protected]

ContexteL’astrophysique moleculaire etudie les origines et l’evolution de la matiere constituant notre Univers. Les processus qui conduisent a la formation de ces molecules sont un enjeu primordial pournotre comprehension de la physique du vivant. De plus ces molecules ont un role fondamental dans les processus de formation stellaire de notre Univers (depuis les toutes premieres generationsd’etoiles jusqu’a aujourd’hui).

Methode des Trajectoires Quasi-Classiques

Il faut simuler le mouvement de 3 atomes, deux d’entre eux formant initialement une diatomique,le troisieme entrant en collision avec celle-ci.

A + BC(v, j)→

A + BC(v′, j′) processus inelastiqueB + AC(v′, j′) processus reactif

A + B + C processus dissociatifv et j representent les nombres quantiques de vibrationet de rotation.

Hamiltonien nucleaire :

Approximation de Born-Oppenheimer [1] : le mouvement des electrons s’adapte instantane-ment au mouvement des noyaux. La dynamique reactionnelle des noyaux (rearrangement desliaisons moleculaires) s’effectue sur une surface d’energie potentielle electronique (solution del’equation de Schrodinger des electrons a geometrie des noyaux fixee) :

H =1

2mA

3∑j=1

p2j +

1

2mB

6∑k=4

p2k +

1

2mC

9∑l=7

p2l + V (q1, q2, ..., q9)

avec qi et pi les positions et impulsions des noyaux en coordonnees cartesiennes et ou V(q1,. . . ,q9)represente la surface d’energie potentielle electronique.

Formalisme quasi-classique utilise [1] :

Equations de Hamilton :dqjdt− ∂H∂pj

= 0dpjdt

+∂H

∂qj= 0

Resolution classique des equations du mouvement pour une surface de potentiel electroniqueavec des conditions initiales et finales de la propagation imposees pour reproduire les descriptionsquantiques des etats internes associees au fragment reactif/produit d’ou le terme quasi-classique.

Section efficace de collision :

Echantillonnage de Monte Carlo : parametre d’impact b entre l’atome et la diatomique, orien-tation et rotation de la diatomique par rapport a l’atome incident.Calcul de la section efficace de reaction par analyse de la statistique des trajectoires simulees.

Pr(v, j → v′, j′; b, Ecol) =Nr(v

′, j′; b, Ecol)

N(v, j; b, Ecol); σv′,j′←v,j(Ecol) = πb2

maxPr(v, j → v′, j′;Ecol).

avec bmax le parametre d’impact maximal, Nr les trajectoires reactives et N le nombre total detrajectoires.La deviation standart due a la methode Monte-Carlo est donnee par :

∆σ = σv′,j′←v,j(Ecol)

√N −Nr

NNr.

Code XQCT (Fortran 90)

Trois atomes A, B et C, systeme etudie : A+BCA

B

C

Calcul de l’etat quantique (v, j) de ladiatomique BC par la methode quantique

FGH [2].

Echantillonnage Monte-Carlo desparametres de collision pour l’atome A.

Integration des equations de Hamilton par Runge-Kutta 5 a pas adaptatif.

Identification du canal de sortie.

Reactif : diatomique AB ou AC formee,inelastique : diatomique BC non detruite.

Assignement d’un etat semi-classique partrajectoire (d’energie donnee) qui permet

de definir par un schema de typehistogramme le nombre Nr.

Dissociation en A, B et C.

Utilisation de Meso@LR

Recherche de tousles etats quantiques

(v, j) dans unegamme d’energie.

Lancementseriel par script

bash.

20 energies decollision

(0.01-2.5 eV).

Lancement enbatch parSLURM.

Simulation de20×80 000trajectoires.

Obtention de lasection efficaceσv,j (Ecol).

Calcul de kv,j (T).

Performances :•Duree typique de simulation d’une trajectoires : 0.09 s.

Nombre d’energies de collision : 20.Nombre moyen d’etats quantiques a prendre en compte par reaction : 250.

•Nombre de trajectoires total pour une reaction donnee :Nbre de traj. × Nbre d’Ecol × Nbre d’etats quantiques (v,j) = 400 000 000.

•Temps CPU total pour une reaction donnee : Trajectoires lancees en boucle dans le code :Tps de sim. d’une traj. × Nbre de traj. total = 10 000 h.

•Temps reel utilisateur sur Meso@LR (utilisation du maximum de coeur disponibles) :Tps CPU / Nbre de coeur utilises, en moyenne un temps reel de moins de 2h.

Reaction H+H2(v,j) → H2(v′,j′)+H

Constante de vitesse specifique :

kv,j(T ) =

(8kBT

πµA,BC

)1/21

(kBT )2

∫ ∞0

σv,j(Ecol)Ecol exp

(−Ecol

kBT

)dEcol

On obtient un bon accord entre les resultats QCT et TIQM (methode quantique independantedu temps) avec un cout numerique bien inferieur.

Perspectives

•Parallelisation Open-MP du code, notamment la boucle sur les trajectoires, en gardant lepropagateur de Runge-Kutta en scalaire (pour chaque trajectoire).•Parallelisation MPI du code, en vectorisant le propagateur (pour toutes les trajectoires).•Extension aux processus polyatomiques.

References :

1. M. Brouard and C. Vallance. Tutorials in Molecular Reaction Dynamics. RSC Publishing, 2010.

2. D. G. Truhlar et J. T. Muckerman, Atom-Molecule Collision Theory : A Guide for the Experimentalist,R. B. Bernstein (1979) pp. 505-566.

3. A. I. Boothroyd, W. J. Keogh, P. G. Martin, and M. R. Peterson, J. Chem. Phys., 104, 7139-7152 (1996).

4. Mielke et al., J. Chem. Phys. 116, 4142 (2002).

5. F. Lique, Mon. Not. R. Astron. Soc. 453, 1 (2015)

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