Total-group tetrapods (Tetrapodomorpha)Dipnomorpha

DipnoiPorolepi-formes

CoelacanthsOnycho-

donts

limbedtetrapods

Meg

alic

hthy

s

Outgroup

Goo

loog

ongi

a

Rhizo-dontidae

‘Osteo-lepididae’

Youn

gole

pis

Gui

yuP

saro

lepi

s

Ach

oani

a

Ony

chod

us

Stru

nius

Gav

inia

Mig

uash

aia

Dip

loce

rcid

es

Latim

eria

Pow

icht

hys

Sty

loic

hthy

s

Dia

bole

pis

Dip

teru

s

Dip

norh

ynch

us

Gly

ptol

epis

P

orol

epis

Ken

icht

hys

Tung

seni

a

Bar

amed

a

Gyr

opty

chiu

s

Ost

eole

pis

Gog

onas

us

Med

oevi

a

Cla

daro

sym

blem

a

Bee

laro

ngia

Can

owin

dra

Koh

aral

epis

Mar

sden

icht

hys

Spo

dich

thys

Tris

ticho

pter

us

Eus

then

opte

ron

Pan

deric

hthy

s

Tikt

talik

Aca

ntho

steg

a

Icht

hyos

tega

‘Osteolepiformes’

Cano-windridae

Megal-ichthyidae

‘Tristicho-pteridae’

Elpistostegalia

Total-group tetrapods (Tetrapodomorpha)Dipnomorpha

DipnoiPorolepi-formes

CoelacanthsOnycho-

donts

limbedtetrapods

Meg

alic

hthy

s

Outgroup

Goo

loog

ongi

a

Rhizo-dontidae

‘Osteo-lepididae’

Youn

gole

pis

Gui

yuP

saro

lepi

s

Ach

oani

a

Ony

chod

us

Stru

nius

Gav

inia

Mig

uash

aia

Dip

loce

rcid

es

Latim

eria

Pow

icht

hys

Sty

loic

hthy

s

Dia

bole

pis

Dip

teru

s

Dip

norh

ynch

us

Gly

ptol

epis

P

orol

epis

Ken

icht

hys

Tung

seni

a

Bar

amed

a

Gyr

opty

chiu

s

Ost

eole

pis

Gog

onas

us

Med

oevi

a

Cla

daro

sym

blem

a

Bee

laro

ngia

Can

owin

dra

Koh

aral

epis

Mar

sden

icht

hys

Spo

dich

thys

Tris

ticho

pter

us

Eus

then

opte

ron

Pan

deric

hthy

s

Tikt

talik

Aca

ntho

steg

a

Icht

hyos

tega

‘Osteolepiformes’

Cano-windridae

Megal-ichthyidae

‘Tristicho-pteridae’

Elpistostegalia

a

b

Supplementary Information of “The earliest known stem-tetrapod

from the Lower Devonian of China”

Jing Lu1, Min Zhu1, John A. Long2, Wenjin Zhao1, Tim J. Senden3, Liantao Jia1 & Tuo Qiao1

1Key Laboratory of Evolutionary Systematics of Vertebrates, Institute of Vertebrate Paleontology and Paleoanthropology, Chinese Academy of Sciences, P.O Box 643, Beijing 100044; 2Natural History Museum of Los Angeles County, Los Angeles, California 90007; 3Department of Applied Mathematics, Research School of Physics and Engineering, The Australian National University, ACT 0200, Australia. I. Supplementary Figures

Supplementary Figure S1. Phylogenetic placement of Tungsenia shown in the strict and 50% majority-rule consensus trees. (a) The strict consensus tree of the 5 shortest trees. (b) The 50% majority-rule consensus tree of the 5 shortest trees.

1

Supplementary Figure S2. One selected shortest tree showing the apomorphic features at different nodes.

2

Total-group tetrapods (Tetrapodomorpha)

Dipnom

orphaDipnoi

Porolepi-form

es

Coelacanths

Onycho-donts

limbed

tetrapods

Megalichthys

Outgroup

Gooloogongia

Rhizo-

dontidae‘O

steo-lepididae’

Youngolepis

Guiyu

Psarolepis

Achoania

Onychodus

Strunius

Gavinia

Miguashaia

Diplocercides

Latimeria

Powichthys

Styloichthys

Diabolepis

Dipterus

Dipnorhynchus

Glyptolepis

Porolepis

Kenichthys

Tungsenia

Barameda

GyroptychiusOsteolepis

Gogonasus

Medoevia

Cladarosymblema

Beelarongia

Canowindra

Koharalepis

Marsdenichthys

Spodichthys

Tristichopterus

Eusthenopteron

Panderichthys

Tikttalik

Acanthostega

Ichthyostega

‘Osteolepiform

es’

Cano-

windridae

Megal-

ichthyidae‘Tristicho-pteridae’

Elpistostegalia

1

9

2

8

15

7

16

17

19

25

22

20

21

18

23

24

2627

28

29

30

31

32

3334

3

4

56

10

1112

1314

Supplementary Figure S3. Tungsenia paradoxa gen. et sp. nov. Parietal shields in dorsal (a, V15132.1) and ventral (b, V15132.2) views; right mandible (V15132.7) in lateral (c), dorsal (d) and medial (e, line drawing) views. Abbreviations: fe.v, fenestra ventralis; fo.icor, intercoronoid fossa; fo.pcor, precoronoid fossa; f.pin, pineal foramen; gp.so, group of pores for cutaneous sensory organs; la.Co, lateral portion of coronoids; n.ioc, notch for infraorbital canal; P, parasphenoid; p.in, internasal pits; pit, anterior pit line; pl.Id2, pit-line of infradentary 2; plh.Md, horizontal part of mandibular line; Prart, prearticular; p-mc, preoperculo-mandibular sensory canal; ri.in, internasal ridge; soc, supraorbital canal; Sym, symphysial area; t.Co, coronoid tusk; t.de, dentary teeth; t.Psym, parasymphysial plate tusk. Scale bar, 1 mm.

Supplementary Figure S4. Comparison of the paraspheonid among stem-lungfish Youngolepis, finned stem-tetrapod Tungsenia and Eusthenopteron. Modified from refs. 22 and 27. The parasphenoid of Tungsenia is broad, and its lateral sides are anteriorly diverging, as that of Styloichthys and basal dipnomorphs. Abbreviations: P, parasphenoid. Not to scale.

3

n.ioc

f.pin

pit

soc

ri.in

P

p.infe.vt.Cola.Co

la.Cot.Psym

t.Psym

t.De

gp.so

pl.Id2

p-mc

Prartp-mc

Sym

ca

b

d

e

fo.icorfo.pcor

Youngolepis(stem-lungfish) Tungsenia

Eusthenopteron(stem-tetrapod)

P P

P

cav.nc cav.nc

socolf

soc

cv

re.papre.pin

cc.II

c.sup.oph

gr.r.pal

cv

fo.hy c.a.ci+r.pal

c.v.pitioc

soc

c.a.ci+r.pal

a b

d

fe

c

a b c

d e

jucMx

Lap.SQP

p.SQP

SqSq

Sq+Qj+Pop

QjQj

JuJu Ju

JuJu

Po Po

PoPo

Po

Pop

pl.Sqpl.Qj

Sq+Qj+Pop

Pop

p.SQP

Supplementary Figure S5. Tentative reconstructions of the cheek plate in selected finned tetrapods. (a) Tungsenia, (b) Kenichthys, and (c) Thursius wudingensis. The inferred large postorbital (in pink) and narrow jugal (in green) of Tungsenia similar to the condition in the rhizodont Barameda. (d) Lateral view of the head of the rhizodont Barameda; (e) Lateral view of the head of typical ‘osteolepiform’, showing the postorbital as large as the jugal. Modified from refs. 1, 33 and 36. Abbreviations: Ju, jugal; Po, postorbital; Pop, preopercular, Qj, quadratojugal; Sq, squamosal. For other abbreviations see Supplementary Figure S3. Not to scale.

Supplementary Figure S6. Selected transverse CT slices. Through nasal cavity (a), olfactory tract (b), epiphysial cavity (c), opening for optic nerve (d), hypophysial fossa (e) and canal for pituitary vein (f). Abbreviations: c.a.ci+r.pal, canal for internal carotid artery plus canal for palatine artery; cav.nc, cavity of nasal capsule; c.sup.oph, canal for superficial ophthalmic nerve; cv, cranial cavity; c.v.pit., canal for pituitary vein; c.II, canal for optic nerve; fo.hy, hypophysial fossa; gr.r.pal, groove for palatine artery. olf, olfactory tract; re.pap, recess for parapineal organ; re.pin, recess for pineal organ. For other abbreviations see Supplementary Figure S3. Not to scale.

4

c.II

c.hyp

?PT

cv

fo.hy

c.II

?PT c.hyp

cv cv

fo.hyc.hyp fo.hy

fo.hy

c.hyp

ca

f

PTad.hy

PT

ad.hy

‘PT’

‘PT’

c.II

b d f

e

Supplementary Figure S7. Selected CT slices through the anterior part of the hypophysial fossa. The red crosses indicate the position of the unidentified recesses, which topologically correspond to the paired neurocranial structures housing the pars tuberalis in living urodeles. (a) Transverse slice; (b) Lateral view; (c) Horizontal slice; (d) Outline of the lateral view of the cranial cavity. Abbreviations: c.n.pro, canal for profundus branch of trigeminal nerve; c.III, canal for oculomotor nerve; c.V2+V3, canal for maxillary and mandibular branch of trigeminal nerve; ?PT, paired tongue-like recesses at the front of the hypophysial fossa, possibly housing the pars tuberalis. For other abbreviations see Supplementary Figures S3 and S6. Not to scale.

Supplementary Figure S8. Comparisons among the paired tongue-like recesses of Tungsenia (a-b), the ‘PT’ of Glyptolepis (c-d), and the PT of living urodele Ambystoma (e-f). Modified from refs. 25 and 47. Abbreviations: ad.hy, adenohypophysis; PT, pars tuberalis. For other abbreviations see Supplementary Figures S3, S6 and S7. Not to scale.

5

?PTfo.hy?PT

fo.hy ?PT

c.V2+V3

c.II

c.III

c.n.procav.nc

cv

ba

c

d

?PTfo.hy

cv

olf

mes

olf olfolfolf

mes

mesmes

Tungsenia Youngolepis(stem-lungfish)

Eusthenopteron(stem-tetrapod)

Dicksonosteus(placoderm)

Xenacanthus(elasmobranch)

Supplementary Figure S9. Comparison of brain cavities (dorsal view) in selected gnathostome taxa drawn to same anterior–posterior length. The short olfactory tracts, the anteriorly extending brain cavity and the elongate mesencephalon of Tungsenia are similar to those of fossil sharks and placoderms. Horizontal green arrow indicates the midpoint of the orbits. Modified from refs. 22, 27 and 48. Abbreviations: mes, mesencephalon. For other abbreviations see Supplementary Figure S6. Not to scale. II. Supplementary Table Supplementary Table S1: Vertebrate fauna from the Posongchong Formation of northeastern

Yunnan

Agnathans Sanqiaspis zhaotongensis Liu, 1975 Qingmenaspis microculus Pan and Wang, 1981

Zhaotongaspis janvieri Wang and Zhu, 1994 Lungmenshanaspis yunnanensis Wang et al., 1996

Placoderms Petalichthyid (Brevipetalichthys gracilis Ji and Pan, 1999) Arthrodire (Yiminaspis shenme Dupret, 2008)

Antiarchs (Wang et al., 1996) Sarcopterygians onychodont indet. (Zhu and Janvier, 1994)

Tungsenia paradoxa Lu et al., gen. et sp. nov. Arquatichthys porosus Lu and Zhu, 2008 Qingmenodus yui Lu and Zhu, 2010 Euporosteus yunnanensis Zhu et al., 2012

6

7 

III. Supplementary Methods  (1) Character list Characters are based on refs. 1, 4, 8, 39, 49‐58. 1. Position of orbits: lateral and widely separated (0); dorsal and close together (1).   2. Proportion of skull roof (measured as length from tip of snout to posterior margin of 

postparietals) lying anterior to middle of orbits: <50% (0); ≥50% (1).   3. Parietal portion of skull roof relative to postparietal portion in length: parietal portion 

roughly as long as postparietal portion (0), parietal portion much longer postparietal portion (1), parietal portion much shorter than postparietal portion (2).   

4. Orientation of anterior tectal and lateral rostral relative to (anterior) external nostril: dorsal/ventral (0); posterior/anterior (1).   

5. Postrostral: absent (0); postrostral mosaic of small variable bones (1); large median postrostral, with or without accessory bones (2); paired E bones (3).   

6. Number of nasals: many (0); one or two (1).   7. Paired nasals meet in midline of skull: absent (0); present (1). 8. Position of anterior external nostril: facial (0); edge of mouth (or marginal) (1); palatal 

(2).   9. Position  of  posterior  nostril:  external,  far  from  jaw margin  (0);  external,  close  to  jaw 

margin (1); palatal (2).   10. Posterior nostril enclosed posteriorly by preorbital or preorbital process of premaxilla: 

absent (0); present (1).   11. Dermintermedial process: absent (0); present (1).   12. Palatal opening surrounded by premaxilla, maxilla, dermopalatine, and vomer (“choana” 

sensu stricto): absent (0); present (1). 13. B‐bone: absent (0); present (1). 14. Number of supraorbitals: one (0); two (1); more than two (2).     15. Relative size of anterior (or anteriormost) supraorbital (prefrontal, posterior tectal of 

Jarvik) and posterior (or posteriormost) supraorbital (postfrontal): similar (0); prefrontal much bigger (1).     

16. Contact between parietal and supraorbital: present (0); absent (1). 17. Dermosphenotic: absent (0); present (1).   18. Intertemporal: present (0); absent (1). 19. Number of tectals: one (0); two or more (1).   20. Paired bones anterior to parietals: absent (0); present (1).   21. Anterior margin of parietal: between or in front of orbits (0); slightly posterior to orbits 

(1); much posterior to orbits (2).   22. Width of ethmoid relative to length from snout tip to posterior margin of parietals: more 

than 80% (0); 70 – 79% (1); 50 – 69% (2); less than 50% (3).   23. Pineal foramen: present (0); absent (1). 24. Pineal eminence (in those taxa with no pineal foramen): absent (0); present (1). 25. Location of pineal foramen/eminence: level with, or anterior to posterior margin of 

orbits (0); well posterior to orbits (1).   26. Parietals surround pineal foramen/eminence: yes (0); no (1).   

8 

27. Dermal intracranial joint: absent (0); present (1).   28. Margins of postparietals and parietals participating in dermal intracranial joint: smooth 

(0); jagged (1) 29. Postparietals narrow to a point posteriorly: no (0); yes (1).   30. Proportions of postparietal  shield: not very wide posteriorly  (0); very wide posteriorly 

(1).   31. Spiracular notch: absent‐small (0); narrow groove (1); wide notch (2).   32. Number of marginal bones alongside postparietal: single (0); two or more (1).   33. Extratemporal:  absent  (0);  present  lateral  to  tabular  (1);  present,  separating  lateral 

extrascapular from squamosal (‘postspiracular’ condition) (2).   34. Contact between extratemporal and supratemporal: absent (0); present (1).   35. Posterior margin of tabulars: anterior to posterior margin of postparietals (0); level with 

posterior margin of postparietals (1).   36. Extrascapular bones: present (0); absent (1).   37. Anterior margin of median extrascapular: long (0); very short (1).   38. Median extrascapular overlap: median extrascapular overlapped by lateral extrascapulars 

(0); median extrascapular overlapping lateral extrascapulars (1); median extrascapular abutting lateral extrascapulars (2).   

39. Internasal septum: narrow (0); broad (1).   40. Internasal pits: undifferentiated or anterior palatal fossa (0); shallow paired pits with 

strong midline ridge (1); deep pear‐shaped pits (2); absent (3). 41. Fenestra ventralis: absent (0); present (1); common ventral fenestra for anterior and 

posterior nostrils (2). 42. Postorbital process on braincase: present (0); absent (1).   43. Tectum orbitale: narrow (0); extensive (1). 44. Large median opening and several small dorsolateral openings in postnasal wall: absent 

(0); present (1).   45. Ethmoid articulation for palatoquadrate: placed on postnasal wall (0); majority of facet 

located anterior to postnasal wall (1); extends posteriorly to the level of N.II (2). 46. Eyestalk or unfinished area for similar structure: absent (0); present (1).   47. Postorbital pillar: absent (0); present (1). 48. Autopalatine fossa bearing unfinished articular surfaces: absent (0); present (1). 49. Basipterygoid process: small knob‐like process (0); developed as a broad platform (1). 50. Position of exit of pituitary vein:  in front of basipterygoid process  (0); dorsal to vertical 

portion of basipterygoid process (1). 51. Descending process of sphenoid (with its posterior extremity lacking periostegeal lining): 

absent (0); present (1). 52. Unconstricted cranial notochord: absent (0); present (1).   53. Endoskeletal intracranial joint: absent (0); present (1).   54. Orientation  of  intracranial  joint  or  fissure:  vertical  or  anteroventrally  slanting  (0); 

posteroventrally slanting (1).   55. Position of intracranial joint or fissure relative to cranial nerves: joint through profundus 

foramen (0); joint through trigeminal foramen (1).   

9 

56. Proportion  of  neurocranium:  ethmosphenoid  shorter  than  or  equal  in  length  to otoccipital (0); ethmosphenoid much longer than otoccipital (1).   

57. Articulation facet with hyomandibular: single‐headed (0), double‐headed (1). 58. Relative  positions  of  hyomandibular  facets:  dorsal  directly  above  ventral  (0);  ventral 

anterior to dorsal (1); dorsal anterior to ventral (2). 59. Hyomandibular  facets  in  those  taxa where  they straddle  the  level of  the  jugular  canal: 

narrowly separated or confluent (0), broadly separated (1). 60. Vestibular fontanelles: absent (0); present (1).   61. Anterior  margin  of  vestibular  fontanelle  anterior  to  posterior  margin  of  basicranial 

fenestra: no (0); yes (1). 62. Accessory fenestration in otic capsule: absent (0); present (1). 63. Parachordal plates: separated from the otic capsule by cartilage or a persistent fissure (0); 

sutured or co‐mineralised with the otic capsule (1).   64. Otoccipital fissure: absent (0); present (1). 65. Basicranial fenestra: absent (0); present (1).   66. Supraotic cavity proper: absent (0); present (1).   67. Posttemporal fossae: absent (0); present (1).   68. Extent  of  crista  parotica:  does  not  reach  posterior  margin  of  tabular  (0);  reaches 

posterior margin of tabular (1).   69. Otical process (an outgrowth from the lateral wall of the braincase penetrated by the 

branches of the r. oticus lateralis): absent (0); present (1). 70. Foramina (similar to infradentary foramina) on cheek bones: absent (0); present (1). 71. Quadratojugal, squamosal and preopercular fused: no (0); yes (1). 72. Postorbital bone: contributes to orbital margin (0); excluded from orbital margin (1).   73. Jugal extends anterior to middle of orbit: no (0); yes (1).   74. Lacrimal posteriorly enclosing posterior nostril: absent (0); present (1).   75. Lacrimal excluded from orbit: no (0); yes (1).   76. Contact between postorbital and lacrimal: absent (0); present (1). 77. Jugal‐quadratojugal contact: absent (0); present (1).   78. Most posterior major bone of cheek bearing preopercular canal ('preopercular') 

extending forward, close to orbit: absent (0); present (1).   79. Contact between most posterior major bone of cheek bearing preopercular canal 

('preopercular') and maxilla: present (0); absent (1).   80. Number of cheek bones bearing preopercular canal posterior to jugal: one (0); two (1).   81. Bone bearing both quadratojugal pit‐line and preopercular canal: absent (0); present (1).   82. Verticle bar‐like preopercular: absent (0); present (1).   83. Subsquamosals: absent (0); present (1).   84. Preoperculosubmandibular: absent (0); present (1).   85. Vomer proportions: not much broader than long (0); much broader than long (1).   86. Vomeral area with grooves and raised areas: absent (0); present (1).   87. Vomerine fangs: absent (0); present (1). 88. Anteromedial process of vomer: absent, vomers separated (0); present (1); absent, 

vomers in close contact (2).   89. Posterior process of vomers: absent (0); short (1); long (2).   

10 

90. Articulation of vomers: vomers not articulating with each other (0); vomers articulating with each other (1).     

91. Parasphenoid: protruding forward into ethmoid region of endocranium (0); behind ethmoid region (1).   

92. Position of parasphenoid: beneath sphenethmoid part of endocranium (0); beneath sphenethmoid and otico‐occipital part (1).   

93. Parasphenoid denticle field: terminates at or anterior to level of foramina for internal carotid arteries (0); extends posterior to foramina for internal carotid arteries (1).   

94. Denticulated field of parasphenoid: without spiracular groove (0); with spiracular groove (1).   

95. Relationship  of  vomer  to  parasphenoid:  no  contact,  or  simple  abutment  (0); dorsal/ventral  overlap  anteriorly;  side  to  side  overlap  between  posterior  processes  of vomers and lateral sides of parasphenoid (1).   

96. Shape  of  parasphenoid:  lozenge‐shaped  (0);  broad,  splint‐shaped  (1);  slender, splint‐shaped (2).   

97. Lateral  sides  of  parasphenoid:  parallel  or  slightly  diverging  anteriorly  (0);  converging anteriorly (1).    (New character, illustrated in Supplementary Figure S4) 

98. Posterior carotid opening in parasphenoid: large (0); small (1); absent (2).   99. Shape of spiracular chamber: very large, steeply inclined anteriorly (0); acutely inclined 

anteriorly (1); horizontal (2).   100. Articulation of pterygoids: pterygoids not articulating with each other (0); pterygoids 

articulating with each other (1).   101. Posterior margin of palatoquadrate: sloping forward (0); erect or sloping backward (1).   102. Dentition of palatoquadrate complex: marginal teeth (0); tooth plates (1).   103. Number of fang pairs on ectopterygoid: one (0); two (1); none (2).   104. Proportions of entopterygoid: anterior end level with processus ascendens (0); anterior 

end considerably anterior to processus ascendens (1).   105. Dental plate: denticles on entopterygoid or naked bone (0); tooth plate on 

entopterygoid (1); dentine plate on entopterygoid (2).   106. Number of dermopalatines: multiple (0); single (1). 107. Palatal fangs mesial to marginal tooth row: yes (0); no (1).   108. Tooth‐bearing median rostral: absent (0), present (1).   109. Subterminal mouth: absent (0); present (1). 110. Premaxilla: absent (0); present (1).   111. Enlarged anterior tooth on premaxilla: absent (0); present (1).   112. Premaxillae with inturned symphysial processes: absent (0); present (1).   113. Maxilla: absent (0); present (1).   114. Posterior expansion of maxilla (maxilla cleaver‐shaped): present (0); absent (1).   115. Posterodorsal process of maxilla: present (0); very weak or absent (1).   116. Posteriorly deep maxilla: present (0); absent (1).   117. Contribution by maxilla to posterior margin of cheek: present (0); absent (1).   118. Strong ascending flexion of symphysial region of mandible: absent (0); present (1). 119. Anterior projection of the dentary forming a dorsal border for the anteromesial rugosity 

and symphysial plate: absent (0); present (1). 

11 

120. Protrusion of lower jaw in front of skull: absent (0); present (1). 121. Anteroventral lower jaw profile: rounded (0); squared off (1). 122. Large ventromesially directed flange of symphysial region of mandible: absent (0); 

present (1).   123. Teeth of outer dental arcade: several rows of disorganized teeth (0); two rows, with large 

teeth lingually and small teeth labially (1); single row of teeth (2). 124. Flange‐like extension composed of Meckelian ossification and prearticular that extends 

below ventral margin of infradentaries: absent (0), present (1).   125. Length of dentary: long (0); short with lip fold (1).   126. Marginal teeth on dentary: present (0); absent (1).   127. Teeth of dentary: reaching anterior end of dentary (0); not reaching anterior end (1).   128. Dentary fang pair: absent (0); present (1).   129. Accessory tooth rows on dentary: present (0); absent (1).   130. Dermal ornament on each infradentary: even (0); separate “starburst” on each bone (1).   131. Infradentary foramina: always present (0); variable (1); always absent (2).   132. Splenial: not sutured to prearticular (0); sutured to prearticular (1).   133. Mesial lamina of splenial: absent (0); present (1).   134. Suture between splenial and anterior coronoid: absent (0); present (1).   135. Postsplenial: present (0); absent (1). 136. Raised crest on angular: absent (0); present (1).   137. Angular and prearticular: separated by ventral exposure of Meckelian bone (0); in 

contact (1).   138. Surangular: absent (0); present (1).   139. Parasymphysial tooth whorl: present (0), absent (1). 140. Fang pair on parasymphysial dental plate: absent (0); present (1). 141. Parasymphysial dental plate (= foremost coronoid of stem sarcopterygians): long with 

posterior corner, sutured to anterior coronoid, denticulated or with tooth row (0); short, rounded, not sutured to anterior coronoid, denticulated (1); absent (2). 

142. Tooth row on parasymphysial dental plate: absent (0); present (1).  143. Mesial parasymphysial foramen: absent (0); present (1).   144. Coronoids (sensu stricto, excluding parasymphysial dental plate or foremost bone of the 

coronoid series): present (0); absent (1). 145. Number of coronoids (sensu lato, including parasymphysial dental plate but 

parasymphysial tooth whorl): more than three (0); three (1).     146. Fangs of coronoids (sensu stricto): absent (0); present (1).   147. Marginal denticle band on coronoids: broad band, at least posteriorly (0); narrow band 

with 2‐4 denticle rows (1); single tooth row or absent (2).   148. Coronoid fangs larger than marginal teeth: yes (0); no (1).   149. Fangs on anterior coronoid recognisable because noticeably mesial to vertical lamina 

and marginal tooth row: (0) yes; (1) no.   150. Fangs on anterior coronoid recognisable because much bigger than marginal teeth: yes 

(0); no (1).   151. Fangs on middle coronoid recognisable because noticeably mesial to vertical lamina and 

marginal tooth row: yes (0); no (1).   

12 

152. Fangs on middle coronoid recognisable because much bigger than marginal teeth: yes (0); no (1).   

153. Fangs on posterior coronoid recognisable because much bigger than marginal: yes (0); no (1). 

154. Coronoid proportions: posterior coronoid similar in length to, or shorter than middle coronoid (0); posterior coronoid significantly longer than middle coronoid (1).   

155. Number of fang pairs on posterior coronoid: one (0); two (1); none (2).   156. Anterior end of prearticular: not forked (0); forked (1).   157. Prearticular: rear part with conspicuous horizontal ledge (0); rear part flat (1).   158. Prearticular‐dentary contact: present (0); absent (1).   159. Longitudinal dorsal ridge on prearticular: absent (0); present (1).   160. Teeth radial rows on prearticular: absent (0); present (1).   161. Anterior mandibular (precoronoid) fossa: absent (0); present (1).   162. Labial pit: absent (0); present (1). 163. Retroarticular process: absent (0); present (1).   164. Meckelian bone exposed immediately anterior to first coronoid: yes (0); no (1).   165. Hyomandibula orientation: posteroventral, distally terminating near jaw joint (0); almost 

horizontal  orientation,  opercular  process  high  up  dorsally  (1);  very  short,  laterally directed (2).   

166. Foramen in hyomandibular: absent (0); present (1). 167. ‘Urohyal’ morphology: dorsoventrally compressed and rod‐like, may bifurcate posteriorly 

(0); vertical plate (1). 168. Sublingual rod: absent (0); present (1). 169. Opercular: present (0); absent (1). 170. Number of branchiostegal rays per side: ten or more (0); two to seven (1); one (2); none 

(3).   171. Median gular: present (0); absent (1).   172. Size of median gular: small (0); large (1).   173. Submandibulars: absent (0); present (1).   174. Width of submandibulars: narrow (0); broad (1).   175. Pore clusters: absent (0); present (1).   176. Ethmoid commissure: present (0); absent (1).   177. Course  of  ethmoid  commissure: middle  portion  through median  rostral  (0);  sutural 

course (1); through bone center of premaxilla (2).   178. Direction  of  anterior  pit‐line  on  parietal  shield:  antero‐posterior,  reaching  or  almost 

reaching  parietal‐postparietal  border  (0);  essentially  transverse,  anterior  or  almost anterior to pineal foramen/eminence (1).   

179. Middle and posterior pit‐lines on postparietal: posteriorly situated (0), mesially situated (1).   

180.   Course of supraorbital canal: straight (0); lyre‐shaped (1).   181. Posterior end of supraorbital canal:  in postparietal  (0);  in parietal  (1);  in  intertemporal 

(2). 182. Contact of  supraorbital  and  infraorbital  canals:  in  contact  rostrally  (0); not  in  contact 

rostrally (1).   

13 

183. Contact between otic and supraorbital canals: not in contact (0); in contact (1). ‐144   184. Otic (postotic) canal: runs through skull roof (0); follows edge of skull roof (1).   185. Otic (postotic) canal enters postparietal: no (0); yes (1).   186. Infraorbital canal follows premaxillary suture: no (0); yes (1).   187. Premaxilla canal‐bearing: yes (0); no (1).   188. Sensory canal or pit‐line associated with maxilla: absent (0); present (1).   189. Jugal canal: present (0); absent (1).   190. Anterior portion of preopercular canal: present (0); absent (1).   191. Course  of  mandibular  canal:  not  passing  through  most  posterior  infradentary  (0); 

passing through most posterior infradentary (1). 192. Anterior  pit‐line of  lower  jaw: not  developed  into  enclosed  canal  (0);  developed  into 

enclosed canal linking oral and mandibular canals (1).   193. Middle  pit‐line  of  lower  jaw:  not  developed  into  enclosed  canal  (0);  developed  into 

enclosed oral canal or intermediate morphology (1).   194. Supracleithrum and postemporal: enlarged, bigger than scales (0); small, scale‐like 

bones (1); lost from shoulder girdle (2). 195. Anocleithrum sensu stricto: exposed (0); subdermal (1).   196. Orientation of cleithrum: vertically oriented: tilted less than 10 degrees caudally (0); 

angulated: tilted over 10 degrees caudally (1).   197. Cleithral ornamentation: present (0); absent (1). 198. Dorsal cleithrum (AL of the Placodermi), ventral cleithrum (AVL of the Placodermi) and 

pectoral spine (SP of the Placodermi): not fused (0); fused (1).   199. Dorsal end of cleithrum: pointed (0); broad and rounded (1).   200. Paired pectoral spines: absent (0); present (1).   201. Posterior process of cleithrum or pectoral spine: present (0); absent (1). 202. Relationship of clavicle to cleithrum: ascending process of clavicle overlapping cleithrum 

laterally (0); ascending process of clavicle wrapping round anterior edge of cleithrum, overlapping it both laterally and mesially (1). 

203. Contact margin for clavicle on cleithrum: straight or faintly convex (0); strongly concave (1). 

204. Clavicle  ascending  process:  clavicle  has  rod‐like  ascending  process  (0);  clavicle  lacks rod‐like ascending process (1). 

205. Interclavicle: absent (0); present (1). 206. Interclavicle: small, unornamented (0); large, ornamented (1). 207. Triradiate scapulocoracoid: absent (0); present (1).   208. Attachment of triradiate scapulocoracoid to cleithrum: tripodal, via three processes (0); 

via a single dorsal process of scapulocoracoid that lies flush against internal surface of (1); complete fusion between surfaces of the scapula and cleithrum (2).   

209. Subscapular foramen/fossa: absent (0); present (1).   210. Coracoid plate: absent (0); present and extends ventromedially (1).   211. Glenoid position: elevated from plane formed by clavicles (0); offset ventrally to lie at 

same level as clavicular plane (1).   212. Glenoid orientation: posterior and/or ventral orientation (0); lateral component to 

glenoid orientation (1). 

14 

213. Endoskeletal supports in pectoral fin: multiple elements articulating with girdle (0); single element ("humerus") articulating with girdle (1). 

214. Axis of pectoral fin skeleton: no more than 5 axial elements (0); more than 5 axial elements (1).   

215. Pectoral fin radials: most axial elements bearing only preaxial radials (0); symmetrical array of preaxial and postaxial radials (Archipterygial pectoral fin) (1). 

216. Shoulder joint polarity: caput humeri convex (0); caput humeri concave (1). 217. Body of humerus: cylindrical (0); flattened rectangular (1).   218. Deltoid and supinator process on humerus: present (0); absent (1). 219. Caput humeri: rounded to hemispherical shaped (0); subrectangular, much wider than 

high (1); elongate (bifid or strap‐shaped) (2). 220. Short ventral process on entepicondyle: absent (0); present (1). 221. Entepicondyle size: entepicondyle narrow relative to humerus shaft length (0); 

entepicondyle as broad as or broader than humerus is long (1). 222. Ectepicondylar process: terminates proximal to epipodial facets (0); extends distal to 

epipodial facets (1).   223. Area proximal to radial facet: short, cylindrical leading edge, with no muscle scars (0); 

enlarged, sharp leading edge, with areas for muscle attachments (1).   224. Articulations for more than two radials on ulnare: absent (0); present (1). 225. Anterior  termination of ventral  ridge: adjacent  to  the  caput humeri  (0); offset distally 

toward the proximodistal mid – region of anterior margin of humerus (1). 226. Postaxial process on ulnare: present (0); absent (1).   227. Ventral ridge orientation: diagonal to long axis of the humerus (0); perpendicular to long 

axis of humerus (1). 228. Pectoral fin radials: jointed (0); unjointed (1).   229. Radial length: longer than humerus (0); shorter than humerus (1).   230. Radial facet: faces distally (0); has some ventrally directed component (1). 231. Radius and ulna facets: in same transverse plane (0); stepped, in different planes (1). 232. Shape of radius: bladelike (0); subcylindrical (1). 233. Termination of  radius:  radius and  intermedium  terminate at different  levels  (0);  radius 

and intermedium terminate at same level (1). 234. Intermedium shape: narrow, tapered (0); broad or flared (1).   235. Transverse joint at the  level of the ulnare,  intermedium and radius: absent (0); present 

(1).   236. Digits: absent (0); present (1).   237. Dorsal and anal fins: present (0); absent (1).   238. Posterior radials in posterior dorsal fin: not branched (0); branched (1). 239. Basal scutes (on fins): absent (0); present (1).   240. Median fin spines: absent (0); present (1). 241. Caudal fin: heterocercal (0); triphycercal (1); diphycercal (2). ‐191   242. Relative  size  of  epichordal  and  hypochordal  lobes  of  caudal  fin:  epichordal  lobe  less 

developed  than hypochordal  (0);  epichordal  and hypochordal  lobes equally developed (1); epichordal lobe developed than hypochordal (2).   

243. Supraneural spines: present (0); absent (1).   

15 

244. Epichordal radials in caudal fin: absent (0); present (1).   245. Well‐ossified ribs: absent (0); present (1).   246. Expanded ribs: absent (0); present (1).   247. Imbricate ribs: absent (0); present (1). 248. Scarum: absent (0); present (1).   249. Ossified supraoccipital plug for the attachment of the supraneural ligament: present (0); 

absent (1).   250. Scales: rhombic (0); round (1); intermediate between rhombic and round (2).   251. Anterodorsal process on scale: absent (0); present (1).   252. Median boss on round scale: present (0), absent (1). ‐201 253. Scales with interlocking pegs and sockets: absent (0); present (1). 254. Long basal segments of lepidotrichia in pectoral fin: no (0); yes (1).   255. Interlocking lepidotrichia: absent (0); present (1). 256. Pore‐canal network: present (0); absent (1).   257. Dermal bone surface with large openings of pore canals: absent (0); present (1).   258. Enamel lining of pore canals: absent (0); present (1).   259. Westoll‐lines: absent (0); present (1).   260. Rostral tubuli: absent (0); present (1). 261. Rostral organ: absent (0); present (1). 262. Resorption and redeposition of odontodes + enamel: lacking (0); partially developed (1); 

developed (2).   263. Plicidentine:  absent  (0);  simple  or  generalized  polyplacodont  (1);  labyrinthodont  (2); 

dendrodont (3).    (2)  Expanded  taxon‐by‐character matrix with  263 morphological  characters  for  38  taxa. Data are interleaved to facilitate copying and pasting into NEXUS format.    Guiyu                       000‐2100010000?110‐0100‐1011???11??0??120???2?1?0?0110???????????????0???0???1?00????0???0100000‐2?????????0?100101?01???010000?0?2???0??10‐?‐?0011????????0?100???0????01??0??00?000?00???1101??????00100?????????????????????????????????????1?????????01‐1??0‐‐‐0000   Psarolepis             0?1????00110????1??0100‐1010??0????0??12001021100101101?0????001010?01???0???100?0?0?0??00100000‐2?0????0??1?101101001???110001000000000010‐0‐?001100000000001000000??????00???00?00000?000110100???0[01]0100??100?0???0??????????????????????????1???????????????1100?010   Achoania                 0??????00110???????0?00‐1?10??????????12001021100111101????????1?????????0???????????0??001000?0‐2?0????0??1?101?????1???110001000000000010‐0‐?00??????????001000000???????????????01??????1???00???0???????????????0??????????????????????????????????????????11?0?0??   Strunius                 002?????????0???11?00?10??10???10‐???????????????????????????????????0???????001

16 

?000????????????????????0??0?1?110??01???11000????0????0???????????????????0??0000??????02??11??????[12]???0??10?000???01?0?0????0?????????????????????????????0?0011???????1??0?00‐?????0   Onychodus               00202000010001?0?1000010?1110001110002120???2000010111??0??1?101?????0000‐00‐0011000????0?100000‐200000000000111101001???010001000200000010‐0‐000010?????0200100000000??031‐10?00?10?0?0000101100010010010000‐1000001???101000?????0?00?????0?0011??000??1010000‐???0?0   Gavinia                   00??1????????2??????????????????????????????????????????1?0??????????0?????????01?0?????????????????0????????1???????0????2?10?????????1??????????????????????????1??1??0????????????????00???10????????????????????????????????????????????0?00000??????1??0?10‐???1??   Miguashaia             000?1000???002?001?00?10?1110??10‐?0???????????????1?????????????????00??????0?11000???????????????01???0??0?1??0‐‐‐‐0???121100???2???11?01‐0‐?0000????????0?100001??????31‐0‐?0??102?1?100?01100?????0010??0‐??????????????????????????????0?0000??0????10?0?10‐???1?0   Diplocercides       00??1?0001?002?001?00?10?111???00‐?0?0??01??1000?101111?1?00?110101?000??‐???0?11000??????0010?1???01???0????1??0????0???0[12]1100???2???11?01‐0‐?0000????????0?100001??10?0?1‐0‐????10??1?1???01000???0?1010??0‐??????????????????????????????0?00111?0????10?0?10‐???1??   Latimeria               00?01??0010002?001100?10??10???00‐??????01?01000?101111?1?00?000101??00??‐?????11000??0?0?0000?1???01???00?0?1?00????0???02110????0????1??1‐0‐?0000????????0?100001??10?031‐0‐?01??1?01?11??01100???0010?1??0‐0?????100??0?????????1????????0?00111??????1??0?00‐??01?0   Styloichthys         0?1????0??000???1??00?0‐0?110101??????11101001101111111?1?00?11?11???11?0???‐0?01?00?0??000010010??0????0??0?1??110010???011001???0???00?10‐?‐?0???????????0010000?0??????????101?01200?011001100???011011????1?0???1????????????????????????????????????01?1??1100001?   Youngolepis           001??0?010100???1??01011010‐000110100?111010000011110‐‐?11110111010111100100‐0?0100001100000110100?0000?0?0001001100100001?100000‐000000010‐2‐0011000000000001000000????0100101010011001011001100??00110110???10????1????????????????????????????????????01‐1??10101021   Powichthys             001?1000001000‐11010100‐110‐000110100112101100001111101011110?111?0?1?0??100?01???11?0100010110101?000?001?001001111100001100010?‐100000010‐2‐0011000000000001000000?????10010101001100001100?100??00110110???10????????????????????????????????????????000‐1??10101021   Porolepis               

17 

00??100000000101011010111110010010100112101110011101110011?1??0?1??1000001000011001100100010010101?000000??001001111100000200010?‐200000010‐2‐0011200000000011001000010?01001000001110101100011000100110110????1??0?????????????????????????0?00?????????00‐1?010100023   Glyptolepis           00??1000000000‐101101011011001001010011211011001110111001?1???0?1?1100000100001100110010001011010100000001000100111110000020001000100000010‐2‐00112000000000010010000100011‐10‐0?0111010110001100010011011001011??0011110000???0???0??????0?01000000000002010100‐‐‐00‐3   Diabolepis             001??0?110101??110?02011010‐0001??10??10101000001?0?0‐‐??????1??????0???????????????0100000011010??0?1??1??00100?????00000?01000?‐200‐00011‐2‐01‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐0?001010???????????001?011?01011???100??????????????????????????????????????????????????????????????10111020   Dipterus                 00??3002200‐11?111?12?10?10‐00?10‐1001?02010?00?1??00‐‐????0?0100???00000???10?100010??20?11?‐0‐?0?111?11??0?0??0‐‐‐‐0???0?011?0??20??00011‐2‐?1‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐0?001?1??????0?001101‐?0111100???01111?1?0110111?????????1111???????????0????????0100000?1????201010101110?0   Dipnorhynchus       00??1?0220?‐1??111112?0‐?10‐???10‐?0???02??0?00?1??00‐‐???00?01101?????????????10?????????11?‐?‐???11???2??0?0??0‐‐‐‐0???0?011????2???00?11‐2‐?1‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐0?00101????????????01‐?01110?0?????111?????1??????????????????????????????????????????????????00?1??10?1?0?0   Kenichthys             0010??00101001001?00000‐011000011000001010100000100111?0????????1????1100100‐0?0100000?0000010021??0?00?0??0010011001000012000000‐2000000110000001000000000001001000????0?00101010012010011001100???01101?0????0??????????????????????????????1??????????00‐1??10000021   Gooloogongia         00?0110020?101001100000‐10101001110010??110?????????110??????????????000100000110000?????????????????0?????001001100101110200001002?00?0??10000001?000000????????0?0????0?00??‐??00????0000??????010011011??10??????10?????????1?1?0???0????0?0000???000?1‐0?100‐‐‐?0??   Barameda                 0010110020?101001100000‐00111001110012??1???????1???1????????????????0?0000000110?000?120100??021??0?0?0010001101100101110200001002000000110000001?0???????00?001011????0?00??‐02001201000000??????001101100101?00001000010010000100000?010???0??????000?1‐1?100‐‐‐00?1   Gyroptychius         00?0200020110??01100000‐001000?110000010110??00?1?01110012110???1??000000001001101000?110100?00212?0?00?0?00010011001000002?000??‐2?0?????1000?00????????0000?00??0?????020[01]1?1??1012?10000??????0000?????1???????????0?????????????????????0?1?211??????0?‐?0?10?000?1 

18 

  Osteolepis             00?0[12]000201101001100010‐001000?11000001?110000001?011100101??0??1?100000000000110100?01???0010?212?000??0??001001100100000200000?‐200000?11000?0011??????????1?010?001??02001010200120100000011000000110110010????????0????????????1????????0010001?0000?00‐100100000?1   Gogonasus               00?02000201101001100010‐00100021100000101100000010011100101100111?100000000000110100001201001011121000000100010011001000002000000‐1000?00?100000011000000000010010101111020010??20012?1000000?1001?00110110110?00000100011110[01]010000010?100???1000???000100‐10?10000021   Medoevia                 00?????02011010011?0?00‐0010001110100010110000001001110010110???1??000000000001?0?0000110100?0121210?0000?00010011001000002000000‐2100??0?1000000110000000000?0010101111020010???00???100000?????000011???0110?00000???00110100?0?00?0????????1??????????0?‐?0?10?000?1   Cladarosymblema   00?120002011010011000010‐‐1000?11010001011001000100111001010‐???1110000000000011010010110110?00212?0?0??0??0011011001000002000010‐2100??0?1000000110000000000?00101001??02001?1?20012?10000???1??0000?????0????00000??00????????????????????????????????00?‐?0?10?000?1   Megalichthys         00?120002011010011000010‐‐1000111010001011001000100111001010‐?1?1?1?00000000001???001?110100100212?000000100011011001000002000010‐2100?00?10000001?00000000001001010????0?00??1020012010000???10000001101101101000001000010010000001001??00?00100010?000?00‐?0010?000?1   Beelarongia           00?0200020?10???11?0000‐00100111100010???????????????????????????????001000000110100????????????????????????0???1100100???2?0????‐?????????0???0????????????????????????0?????????012?100???????????0?????0?????????????01??????????????????0?1??????????0?‐?0?10?000??   Canowindra             00??2000???10??????0000‐101001?1101010???????????????????????????????001000000110100????????????????????????0???1???1000002?0????02????????0???0????????????????????????0?????‐??00????00?????1??0000?????0???????????0?????????????????????0?0?00???????1?0?0?0‐‐?00??   Koharalepis           00??20?0???10??011?0010‐10100111101010???????????????????????????????001000000110100??1????????????0?0?10???0???11001000002?0????‐2????????0???0????????????????????????02001?1??0012?100????????0??0?????????????????0?????????????????????0????????????0?‐?0?10?000?1   Marsdenichthys     00?0210020?101001100010‐00100011101000??????????????1????????????????0?0000000110100??????????021??0????0?0001?01100100???2?0000002?0??????010?001?000000???????????????020010‐?200????0000???1??00001101?0????????????????????????0?????

19 

???0?1??????????1?0?0?0‐‐?00??   Spodichthys           00??2?0020?10??011?0020‐0010001110100?0011000000??0?11?0111110111?110??0????????????00?22100?0?21??0??010?000100110010000020?000002100?0011010000120000000001?0?1?00??????????‐?20012?100??????????00?????1????0????????????????????????????????????????11?0???0‐‐?00?1   Tristichopterus   00?0200020?10??011?0020‐001000?1201000??1???????????1??011111???1??1?000000?0?????000?1??1????221??0?0010?0001001100100???2?0000?02100??0?10100001200000000?1?????0???????????‐????????00?????????0?0?????1???????????0001?????????1????????001?00101????1?0?0?0‐‐????1   Eusthenopteron     00102000201101001100030‐001000112010000011000000100111011111101111110000000000110100001221001022120000110100010011001000002000000021000001101000012000000110110010000111020010‐021012010000001100000011011101010000010000100100000000010010000101110100001000000‐‐?00?1   Panderichthys       10101001201101001101030‐100‐00210‐10000011000000100111?11011001?1?1000000000101101000012110010221?2000010100110011111000002000010021000011101000012000000101110010002011020110‐02?00201000000110010101101111101111111000112?00100101100010101?00221?110?000‐1100‐‐?00?2   Tiktaalik               11?0100120?101100101030‐000‐00210‐11‐‐?01?????????0?????1????????????0??10[01]1101101000??21100?0221?201?010??011001111100000200001002?00?0??1?1000012000000120?1?0100020?11?011?‐????0???????0?????10101101?11??111111101?1121011101001100101?1?0???1?111??0?‐?100‐‐‐00?2   Acanthostega         11?0011120?101100101020‐000‐00210‐11‐‐00110??0001?0?0‐‐10?‐1?0110?1?00001010101101000?120110?0021?210021011001001111100000200001112111001?1101100021111111211110000121?01‐??0‐‐?2??020?000000?100211111011?01112111110001121011?1?1010?1?1?1100?22111101000‐?100‐‐‐00?2   Ichthyostega         11?0011120?101100101020‐000‐00210‐11‐‐001?0???0?1?0?0‐‐10?‐1?0110?0?00001010101101000012011010021??10021011001001111100000?0000111211100111001100021111111211110000121??1‐1‐0‐‐02?0020?00000011?02‐0111011?0111211011000112?011?1?1011?11??110002211111101??0100‐‐?00?2   Tungsenia               00?????01010???????0?00‐0010??0???????111010000?100111???????????????11?0???‐????????0?00000?0010??????????0?1??110010?000??00000‐200?000111000001200000000001001000??????00??101??1?01??11001100???01101????????????????????????????????????????????????00‐1??10?00021    

20 

(3) Characters and character states defining major clades shown in Supplementary Figure S2. Asterisks indicate ambiguous character states resolved using DELTRAN. Character state is (1), unless marked otherwise.  Node 1: 18*; 21(0); 54; 62*; 65*; 78(0); 81*; 181(2); 189(0); 190; 200(0); 201; 213*; 219*; 

240(0) Node 2: 23; 26*; 47(0)*; 146(0); 170(3); 171; 179; 205(0); 250; 253(0) Node 3 (Onychodonts): 3(2)*; 80*; 112; 173*; 198*; 241; 242 Node 4 (Coelacanths): 14(2); 57*; 118(0)*; 123(2); 125; 136; 163; 255; 261 Node 5: 17(0)*; 33(0)*; 80*; 101; 113(0)*; 124*; 135*; 138(0)*; 139*; 147(0)*; 183*; 185* Node 6: 32(0); 42*; 45*; 64(0)*; 66(0)*; 67*; 91(0)*; 96*; 199; 241; 242; 243* Node 7: 3*; 25(0)*; 40; 41; 45(0); 49; 57*; 63; 70*; 71*; 91(0)*; 93; 96*; 114; 115(0); 117; 

118(0)*; 177*; 180; 186; 187; 188(0); 198*; 199; 202; 207; 256* Node 8: 10(0)*; 11; 14*; 28(0); 47(0)*; 59; 60*; 79*; 87*; 106*; 147(2)*; 173*; 219(0)*; 

257(0); 262(2) Node 9 (Dipnomorpha): 21; 23; 24; 26*; 27(0); 35; 74*; 94; 98(0); 141(2); 145; 181; 258; 260 Node 10: 16*; 19*; 38*; 70(0); 71(0); 80; 81(0); 84; 214*; 215*; 216*; 238*; 254* Node 11: 40(2)*; 44; 83; 91*; 98; 115*; 116*; 127 Node 12 (Porolepiformes): 11(0); 17(0); 27; 30; 32(0); 45; 48; 55(0)*; 63(0); 123(2)*; 161; 179; 

183; 185; 187(0); 208; 260(0); 263(3) Node 13: 13; 21(2); 40(0)*; 53(0)*; 102; 105; 125; 139; 144; 158(0); 160; 162; 175(0)*; 259 Node 14 (Dipnoi): 8(2)*; 9(2); 20; 33(0)*; 41(2); 52(0)*; 60(0)*; 62(0); 65(0)*; 91*; 92; 100; 

101*; 110(0); 113(0)*; 126; 176; 182(0); 192; 193 Node 15 (Tetrapodomorpha): 9*; 50(0); 139; 161; 183; 263* Node 16: 40(0); 96(2); 97; 123(2)* Node 17: 9(2); 12; 42; 43(0); 55(0)*; 70(0); 71(0); 80; 81(0); 88(2); 90; 177(2); 186(0); 187(0); 

218*; 221* Node 18 (Rhizodontidae): 6; 29; 34; 37; 119; 120; 121; 128; 226*; 250; 254*; 256(0) Node 19: 5(2); 31; 62(0); 67*; 82; 167*; 168*; 170(2)*; 195(0); 239*; 243* Node 20: 68(0); 88 Node 21: 58(0)*; 147* Node 22: 163*; 204 Node 23: 95; 99*; 165; 219 Node 24 (Megalichthyidae): 4; 23; 35*; 45; 60(0); 85; 111; 128; 132* Node 25: 104; 252(0)* Node 26 (Canowindridae): 30; 37; 72 Node 27: 25; 35* Node 28: 35*; 141*; 250; 256(0) Node 29: 22(2)*; 39(0)*; 61*; 89(2)*; 132*; 157*; 203 Node 30: 33(2); 95(2)*; 245* Node 31: 22(3); 56; 154 Node 32 (Elpistostegalia): 1; 5; 8; 20; 27(0); 31(2); 33(0); 77; 89; 99(2); 115; 116; 128; 137; 

165(2); 172; 180(0); 194; 196; 208; 209; 210; 211; 212; 217; 219(2); 221(0); 223; 226*; 229; 233*; 235; 237; 239*; 241(2)*; 242(2)*; 246; 250(0); 254; 263(2) 

21 

Node 33: 2; 15; 17(0); 36; 73; 155(2); 169; 220*; 222 Node 34 (limbed tetrapods): 5(0); 6; 7; 22(2); 53(0)*; 57(0); 65(0)*; 75*; 89(0); 91; 95(0); 100; 

103(2); 107*; 129; 130; 133; 134; 141(0); 142; 143; 146(0); 148; 149; 150; 151; 152; 153; 156*; 159*; 161(0); 164; 173(0); 194(2); 197; 206*; 208(2); 225; 227; 232; 236*; 244*; 248* 

  IV. Supplementary References  

47  Atwell,  W.  J.  The  morphogenesis  of  the  hypophysis  in  the  tailed  amphibia.  The Anatomical Record 22, 373–390 (1921). 

48  Schultze, H.‐P. in The Skull, Vol. 2: Patterns of Structural and Systematic Diversity. (eds. Hanke J. & Hall B. K.)189–254 (Chicago Univ, 1993). 

49  Cloutier,  R. & Ahlberg,  P.  E.  in  Interrelationships  of  Fishes.  (eds.  Stiasnny M.  L.  J., Parenti, L. R. & Johnson G. D.) 445–479 (Academic Press, 1996). 

50  Zhu, M. & Schultze, H.‐P. in Major Events in Early Vertebrate Evolution: Palaeontology, Phylogeny, Genetics and Development. (ed. Ahlberg P. E.) 289–314 (Taylor & Francis, 2001). 

51  Zhu, M., Yu, X.‐B. & Ahlberg, P. E. A primitive  sarcopterygian  fish with an eyestalk. Nature 410, 81–84 (2001). 

52  Daeschler, E. B., Shubin, N. H. & Jenkins, F. A. A Devonian tetrapod‐like fish and the evolution of the tetrapod body plan. Nature 440, 757–763 (2006). 

53  Long,  J.  A.,  Young,  G.  C.,  Holland,  T.,  Senden,  T.  J.  &  Fitzgerald,  E.  M.  G.  An exceptional Devonian fish from Australia sheds light on tetrapod origins. Nature 444, 199‐202 (2006). 

54  Friedman,  M.  Styloichthys  as  the  oldest  coelacanth:  implications  for  early osteichthyan interrelationships. J. Syst. Paleontol. 5, 289–343 (2007). 

55  Ahlberg, P. E., Lukševičs, E. & Mark‐Kurik, E. A near‐tetrapod from the Baltic Middle Devonian. Palaeontology 43, 533–548 (2000). 

56  Zhu, M.,  Yu,  X.‐B., Wang, W.,  Zhao, W.‐J. &  Jia,  L.‐T.  A  primitive  fish  provides  key characters bearing on deep osteichthyan phylogeny. Nature 441, 77–80 (2006). 

57  Zhu,  M.  et  al.  The  oldest  articulated  osteichthyan  reveals  mosaic  gnathostome characters. Nature 458, 469–474 (2009). 

58  Holland, T. et al. A new species of Barameda (Rhizodontida) and heterochrony in the rhizodontid pectoral fin. J. Vertebr. Paleontol. 27, 295–315 (2007).