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The R Reference Index - STAT - Home · 2002-04-17 · Contents 1 The base package...

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The R Reference Index The R Core Team Version 1.4.1 (2002-01-30) Copyright ( c ) 1999, 2000 R Development Core Team. R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under the terms of the GNU General Public License. For more information about these matters, see http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html.
Transcript
  • The R Reference Index

    The R Core Team

    Version 1.4.1 (2002-01-30)

    Copyright ( c©) 1999, 2000 R Development Core Team.

    R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome toredistribute it under the terms of the GNU General Public License. For more informationabout these matters, see http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html.

  • Contents

    1 The base package 1.Alias-deprecated . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.Script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2abbreviate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3abline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4abs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5add1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5aggregate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7AIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9AIC.logLik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10airmiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11airquality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11alias . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12all . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14all.equal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15all.names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17anova.glm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17anova.lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19anscombe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20any . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21aov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22aperm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23append . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24apply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25approxfun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26apropos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27args . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29Arithmetic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30array . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31arrows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32as.environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33as.function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33as.POSIX* . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34assign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35assocplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37attach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38attenu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39attitude . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

    i

  • ii CONTENTS

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  • CONTENTS iii

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    invisible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284IQR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284iris . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285is.empty.model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286is.finite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 287is.function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289is.language . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290is.object . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290is.R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291is.recursive . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291is.single . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292islands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292Japanese . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293jitter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306kappa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307kronecker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308labels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309lapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310Last.value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312legend . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314length . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 316levels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317levels.factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318library.dynam . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322license . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323LifeCycleSavings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324link.html.help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 325list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326list.files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 328lm.fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330lm.influence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332lm.summaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333lm.summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 334load . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 335localeconv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 336locales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 337locator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 338log . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339Logic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 340logical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 340Logistic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 341logLik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342logLik.glm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 343logLik.lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 344loglin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 345Lognormal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347longley . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348lower.tri . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349

  • CONTENTS vii

    lowess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 350ls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 351ls.diag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352ls.print . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353lsfit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 354Machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357mad . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357mahalanobis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358make.link . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359make.names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360make.socket . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361make.tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362manova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362margin.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363mat.or.vec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364match . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364match.arg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365match.call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366match.fun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367matmult . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368matplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371max.col . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 372mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373median . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 374Memory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 374memory.profile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 376memory.size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377merge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381missing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383model.extract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 384model.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386model.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387model.tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 388morley . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389mosaicplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 390mtcars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 392mtext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 394n2mfrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 396NA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 396na.action . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 397na.fail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398name . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399naprint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 400naresid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401nargs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 402

  • viii CONTENTS

    nchar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 402nclass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 403NegBinomial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 404nextn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 406nhtemp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 406nlevels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407nlm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407noquote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 410Normal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 411NotYet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 412nrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413NULL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413numeric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 414object.size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 415octmode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 415offset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 416on.exit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 417optim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 417optimize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 421options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422OrchardSprays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 426order . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 427outer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 428p.adjust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 429package.contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 430package.dependencies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431package.skeleton . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431packageStatus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 432page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 433pairs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 433pairs.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 435palette . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 436Palettes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 437panel.smooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 438par . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 439Paren . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 444parse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 445paste . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 446pdf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 447persp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 448phones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450pictex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 451piechart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 452PkgUtils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 454PlantGrowth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 454Platform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 455plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 456plot.default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 457plot.density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 459plot.factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 460plot.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 461plot.histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 462

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    plot.lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 463plot.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465plot.ts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 466plot.window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 467plot.xy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 468plotmath . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 469pmatch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 475png . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 476points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 477Poisson . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 479poly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 480polygon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 481polyroot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 482pos.to.env . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 483postscript . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 484power . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487ppoints . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 488precip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 489predict . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 489predict.glm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 490predict.lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 491preplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 493presidents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 493pressure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 494pretty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 495Primitive . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 496print . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 497print.coefmat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 497print.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 499print.default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 500print.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 501print.ts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 502proc.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 502prod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503profile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 504proj . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 504prompt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 506prop.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 507pushBack . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 508qqnorm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 509qr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 510QR.Auxiliaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 512quakes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 513quantile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 514quit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 515R.home . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 516R.Version . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 516Random . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 517Random.user . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 520randu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 522range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 523rank . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 524

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    RdUtils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 524read.00Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525read.ftable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 526read.fwf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 527read.socket . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 529read.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 530readBin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532readline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 535readLines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536real . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 537Recall . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 538recordPlot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 538rect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 539reg.finalizer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 540relevel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 541REMOVE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 541remove . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 542remove.packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543rep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543replace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 544replications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 545reshape . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 546reshapeLong-deprecated . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 548reshapeWide-deprecated . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 549residuals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 550restart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 551rev . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 551rgb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552rivers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 553rle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 553Round . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 554round.POSIXt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 555row . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 556row/colnames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 557rowsum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 558Rprof . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 559rug . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 560Rwin configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 561sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 561save . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562savehistory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 564savePlot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 565scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 565scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 566screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 569sd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 570se.aov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 571se.contrast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 571search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573seek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573segments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 574select.list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 575

  • CONTENTS xi

    seq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 576seq.POSIXt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 577sequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 578sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 579shell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 580shell.exec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 581SHLIB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 581showConnections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 582sign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 583SignRank . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 584sink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 585sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 586slotOp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 587solve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 587sort . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 588source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 589Special . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 590splinefun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 591split . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 593stack . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 594stackloss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 595standardGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 596stars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 596start . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 599Startup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 600stat.anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 602state . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 602stem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 603step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 604stop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 606stopifnot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 607str . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 608stripchart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 610strptime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 611strsplit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 613structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 614strwidth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 615strwrap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 616subset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 617substitute . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 618substr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 619sum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 621summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 621summary.manova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 622sunflowerplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 623sunspots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 625svd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 626sweep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 628swiss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 628switch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 629symbols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 630symnum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 632

  • xii CONTENTS

    Sys.getenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 634Sys.info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 635sys.parent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 636Sys.putenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 637Sys.sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 638sys.source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 639Sys.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 640system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 641system.file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 642system.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 643t . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 644table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 645tabulate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 646tapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 647taskCallback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 648taskCallbackManager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 650taskCallbackNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 651TDist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652tempfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 653termplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 654terms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 656terms.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 656terms.object . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 657text . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 658textConnection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 660time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 661Titanic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 662title . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 663ToothGrowth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 664toString . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 665trace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 666traceback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 666transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 667trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 668Trig . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 669try . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 670ts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 671ts-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 672tsp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 673Tukey . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 674type.convert . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 675typeof . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 676UCBAdmissions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 676Uniform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 677unique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 678uniroot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 679units . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 680unlink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 681unlist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 682unname . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683update . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 684update.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 685

  • CONTENTS xiii

    update.packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 685url.show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 687USArrests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 688USJudgeRatings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 688USPersonalExpenditure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 689uspop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 690VADeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 690vector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 691volcano . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 692warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 693warnings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 694warpbreaks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 694weekdays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 695Weibull . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 696weighted.mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 697weighted.residuals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 698which . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 699which.min . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 700Wilcoxon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 701winDialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 702window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 703windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 704winextras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 706winMenus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 707with . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 708women . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 709write . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 710write.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 711writeLines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 712xfig . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 713xtabs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 714xy.coords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 715xyz.coords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 716zcbind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 717zip.file.extract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 718

    2 The ctest package 719ansari.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 719bartlett.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 721binom.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 722chisq.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 724cor.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 725fisher.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 728fligner.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 730friedman.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 731kruskal.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 733ks.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 735mantelhaen.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 736mcnemar.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 739mood.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 740oneway.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 741pairwise.prop.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 742pairwise.t.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 743

  • xiv CONTENTS

    pairwise.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 744pairwise.wilcox.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 745power.prop.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 745power.t.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 746print.pairwise.htest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 747print.power.htest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 748prop.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 749prop.trend.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 751quade.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 752shapiro.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 753t.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 754var.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 756wilcox.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 757

    3 The eda package 761line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 761medpolish . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 762smooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 763

    4 The lqs package 767cov.rob . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 767lqs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 769predict.lqs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 771

    5 The methods package 773.BasicFunsList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 773as . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 773BasicFunctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 777class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 778Classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 779ClassUtils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 780GenericFunctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 786getClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 789getMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 790is . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 792languageEl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 794Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 794MethodsList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 797MethodsList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 799MethodSupport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 800methodUtilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 800new . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 801promptClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 803promptMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 804recover . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 805representation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 806RMethodUtils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 807Session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 810setClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 811setGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 814setMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 816setSClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 818show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 819

  • CONTENTS xv

    showMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 821slot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 822substituteDirect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 824validObject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 824

    6 The modreg package 827ksmooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 827loess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 828loess.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 830modreg-internal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 831plot.ppr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 831ppr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 832predict.loess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 835predict.smooth.spline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 836rock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 838scatter.smooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 838smooth.spline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 839supsmu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 842

    7 The mva package 845ability.cov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 845as.hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 846biplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 847biplot.princomp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 848cancor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 849cmdscale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 850cutree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 852dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 853dist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 854factanal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 855Harman23.cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 859Harman74.cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 859hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 860identify.hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 862kmeans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 863loadings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 864prcomp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 865princomp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 867rect.hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 869screeplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 870summary.princomp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 871varimax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 871

    8 The nls package 873asOneSidedFormula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 873BOD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 874ChickWeight . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 874clearNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875CO2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 876DNase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 877formula.nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 878getInitial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 878Indometh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 879

  • xvi CONTENTS

    Loblolly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 880nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 881nls.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 883nlsModel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 884NLSstAsymptotic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 885NLSstClosestX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 886NLSstLfAsymptote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 887NLSstRtAsymptote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 887numericDeriv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 888Orange . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 889plot.profile.nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 890predict.nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 891profile.nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 892profiler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 893profiler.nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 894Puromycin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 896selfStart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 897selfStart.default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 898selfStart.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 899setNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 900sortedXyData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 901SSasymp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 902SSasympOff . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 903SSasympOrig . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 904SSbiexp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 905SSfol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 906SSfpl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 907SSgompertz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 908SSlogis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 909SSmicmen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 910SSweibull . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 911Theoph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 912

    9 The splines package 915asVector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 915backSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 916bs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 917interpSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 918ns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 919periodicSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 920polySpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 921predict.bs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 922predict.bSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 922splineDesign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 924splineKnots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 925splineOrder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 925xyVector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 926

    10 The stepfun package 927ecdf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 927plot.stepfun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 929stepfun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 930

  • CONTENTS xvii

    11 The tools package 933checkFF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 933checkTnF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 934codoc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 934QA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 936tools-internal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 937undoc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 937

    12 The ts package 939acf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 939ar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 941ar.ols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 944arima0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 946austres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 948beavers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 949BJsales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 950Box.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 951cpgram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 952diffinv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 953embed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 954EuStockMarkets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 954filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 955kernapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 956kernel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 957lag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 959lag.plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 960LakeHuron . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 961lh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 962lynx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 962na.contiguous . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 963nottem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 963plot.acf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 964plot.spec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 965PP.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 966spec.ar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 967spec.pgram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 968spec.taper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 970spectrum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 971stl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 973stlmethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 975sunspot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 976toeplitz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 977treering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 978ts-internal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 978ts.plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 979ts.union . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 980UKDriverDeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 981UKLungDeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 981USAccDeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 982

  • xviii CONTENTS

    13 The tcltk package 983TclInterface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 983TkCommands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 985tkpager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 989TkWidgetcmds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 989TkWidgets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 992

    Index 995

  • Chapter 1

    The base package

    .Alias-deprecated Create Alias (Pointer) to R Object

    Description

    .Alias creates an alias to another (part of) an R object which is more (memory-) efficientthan usual assignment.

    Usage

    .Alias(expr)

    Arguments

    expr an R expression; typically a name.

    Details

    Use as new

  • 2 .Script

    Examples

    mop

  • abbreviate 3

    abbreviate Abbreviate Strings

    Description

    Abbreviate strings to at least minlength characters, such that they remain unique (if theywere).

    Usage

    abbreviate(names.arg, minlength = 4, use.classes = TRUE,dot = FALSE)

    Arguments

    names.arg a vector of names to be abbreviated.

    minlength the minimum length of the abbreviations.

    use.classes logical (currently ignored by R).

    dot logical; should a dot (".") be appended?

    Details

    The algorithm used is similar to that of S. First spaces at the beginning of the word arestripped. Then any other spaces are stripped. Next lower case vowels are removed followedby lower case consonants. Finally if the abbreviation is still longer than minlength uppercase letters are stripped.

    Letters are always stripped from the end of the word first. If an element of names.argcontains more than one word (words are separated by space) then at least one letter fromeach word will be retained. If a single string is passed it is abbreviated in the same manneras a vector of strings.

    If use.classes is FALSE then the only distinction is to be between letters and space. Thishas NOT been implemented.

    Value

    A character vector containing abbreviations for the strings in its first argument. Duplicatesin the original names.arg will be given identical abbreviations. If any non-duplicatedelements have the same minlength abbreviations then minlength is incremented by oneand new abbreviations are found for those elements only. This process is repeated until allunique elements of names.arg have unique abbreviations.

    The character version of names.arg is attached to the returned value as a names argument.

    See Also

    substr.

  • 4 abline

    Examples

    x

  • abs 5

    See Also

    lines and segments for connected and arbitrary lines given by their endpoints. par.

    Examples

    data(cars)

    z

  • 6 add1

    Usage

    add1(object, scope, ...)add1.default(object, scope, scale = 0, test = c("none", "Chisq"),

    k = 2, trace = FALSE, ...)add1.lm(object, scope, scale = 0, test = c("none", "Chisq", "F"),

    x = NULL, k = 2, ...)add1.glm(object, scope, scale = 0, test = c("none", "Chisq", "F"),

    x = NULL, k = 2, ...)

    drop1(object, scope, ...)drop1.default(object, scope, scale = 0, test = c("none", "Chisq"),

    k = 2, trace = FALSE, ...)drop1.lm(object, scope, scale = 0, all.cols = TRUE,

    test=c("none", "Chisq", "F"),k = 2, ...)drop1.glm(object, scope, scale = 0, test = c("none", "Chisq", "F"),

    k = 2, ...)

    Arguments

    object a fitted model object.

    scope a formula giving the terms to be considered for adding or dropping.

    scale an estimate of the residual mean square to be used in computing Cp.Ignored if 0 or NULL.

    test should the results include a test statistic relative to the original model?The F test is only appropriate for lm and aov models or perhaps for glmfits with estimated dispersion. The χ2 test can be an exact test (lm modelswith known scale) or a likelihood-ratio test or a test of the reduction inscaled deviance depending on the method.

    k the penalty constant in AIC / Cp.

    trace if TRUE, print out progress reports.

    x a model matrix containing columns for the fitted model and all terms inthe upper scope. Useful if add1 is to be called repeatedly.

    all.cols (Provided for compatibility with S.) Logical to specify whether all columnsof the design matrix should be used. If FALSE then non-estimable columnsare dropped, but the result is not usually statistically meaningful.

    ... further arguments passed to or from other methods.

    Details

    For drop1 methods, a missing scope is taken to be all terms in the model. The hierarchyis respected when considering terms to be added or dropped: all main effects contained ina second-order interaction must remain, and so on.

    The methods for lm and glm are more efficient in that they do not recompute the modelmatrix and call the fit methods directly.

    The default output table gives AIC, defined as minus twice log likelihood plus 2p where pis the rank of the model (the number of effective parameters). This is only defined up toan additive constant (like log-likelihoods). For linear Gaussian models with fixed scale, theconstant is chosen to give Mallows’ Cp, RSS/scale+2p−n. Where Cp is used, the columnis labelled as Cp rather than AIC.

  • aggregate 7

    Value

    An object of class "anova" summarizing the differences in fit between the models.

    Warning

    The model fitting must apply the models to the same dataset. Most methods will at-tempt to use a subset of the data with no missing values for any of the variables ifna.action=na.omit, but this may give biased results. Only use these functions with datacontaining missing values with great care.

    Note

    These are not fully equivalent to the functions in S. There is no keep argument, and themethods used are not quite so computationally efficient.

    Their authors’ definitions of Mallows’ Cp and Akaike’s AIC are used, not those of theauthors of the models chapter of S.

    Author(s)

    B. D. Ripley

    See Also

    step, aov, lm, extractAIC.

    Examples

    example(step)#-> swiss

    add1(lm1, ~ I(Education^2) + .^2)

    drop1(lm1, test="F")

    example(glm)

    drop1(glm.D93, test="Chisq")

    drop1(glm.D93, test="F")

    aggregate Compute Summary Statistics of Data Subsets

    Description

    Splits the data into subsets, computes summary statistics for each, and returns the resultin a convenient form.

    Usage

    aggregate(x, ...)aggregate.default(x, ...)aggregate.data.frame(x, by, FUN, ...)aggregate.ts(x, nfrequency = 1, FUN = sum, ndeltat = 1,

    ts.eps = getOption("ts.eps"), ...)

  • 8 aggregate

    Arguments

    x an R object.

    by a list of grouping elements, each as long as the variables in x. Names forthe grouping variables are provided if they are not given.

    FUN a scalar function to compute the summary statistics which can be appliedto all data subsets.

    nfrequency new number of observations per unit of time; must be a divisor of thefrequency of x.

    ndeltat new fraction of the sampling period between successive observations; mustbe a divisor of the sampling interval of x.

    ts.eps tolerance used to decide if nfrequency is a sub-multiple of the originalfrequency.

    ... further arguments passed to or used by methods.

    Details

    aggregate is a generic functions with methods for data frames and time series.

    The default method aggregate.default uses the time series method if x is a time series,and otherwise coerces x to a data frame and calls the data frame method.

    aggregate.data.frame is the data frame method. If x is not a data frame, it is coercedto one. Then, each of the variables (columns) in x is split into subsets of cases (rows) ofidentical combinations of the components of by, and FUN is applied to each such subset withfurther arguments in ... passed to it. (I.e., tapply(VAR, by, FUN, ..., simplify =FALSE) is done for each variable VAR in x, conveniently wrapped into one call to lapply().)Empty subsets are removed, and the result is reformatted into a data frame containing thevariables in by and x. The ones arising from by contain the unique combinations of groupingvalues used for determining the subsets, and the ones arising from x the correspondingsummary statistics for the subset of the respective variables in x.

    aggregate.ts is the time series method. If x is not a time series, it is coerced to one. Then,the variables in x are split into appropriate blocks of length frequency(x) / nfrequency,and FUN is applied to each such block, with further (named) arguments in ... passed toit. T


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