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TIPIZZAZIONE MOLECOLARE DI CLOSTRIDIUM DIFFICILE Vincenza Romano, PhD...

Date post: 01-May-2015
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TIPIZZAZIONE MOLECOLARE TIPIZZAZIONE MOLECOLARE DI DI CLOSTRIDIUM DIFFICILE CLOSTRIDIUM DIFFICILE Vincenza Romano, PhD [email protected]
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Page 1: TIPIZZAZIONE MOLECOLARE DI CLOSTRIDIUM DIFFICILE Vincenza Romano, PhD vincenza.romano@uniparthenope.it.

TIPIZZAZIONE TIPIZZAZIONE MOLECOLARE DI MOLECOLARE DI CLOSTRIDIUM DIFFICILECLOSTRIDIUM DIFFICILE

Vincenza Romano, [email protected]

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Denève et al., 2009

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Tossine A e B

Rispettivamente citotossina ed enterotossina. Codificate a livello di uno stesso Locus genico: PaLoc Mutazioni nei geni per le tossine danno origine ai

diversi tossinotipi.

Mappa parzialedel locus di

patogenicità Rupnik et. al. 1997.

TcdA e TcdB

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•Large Clostridial toxins•Major virulence factors

•Intracellular•Glucosyltransferases

Glucosylating

enzymaticdomain

Autocatalityc

Processing domain

Translocating

domain

Bindingdomain

TcdA e TcdB

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cdtA componente catalitica e cdtB componente di legame.

E’ stato dimostrato che questa tossina è presente solo nei campioni con modificazioni nei geni per le tossine A e B, fatta eccezione per il tossinotipo VIII. (Stubbs et al. 2000).

Tossina Binaria CDT

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CDT

Introduction

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Tecniche molecolariTecniche molecolari

•Identificazione e profilo tossigenico

•Toxinotyping

•Ribotyping

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MD PhD E. J . KuijperLieden University Medical Center, Olanda

• PCR per GluD e tossina B• PCR per tossina A (con e senza

delezione)

MD PhD Maja RupnikUniversity of Maribor, Slovenia

• Toxinotypinghttp://www.mf.uni-mb.si/tox/

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Duplex PCR gene tossina A

(con e senza delezione).

tcdA

tcdB and gluD

Deletion tcdA (314 bp)

tcdA (369 bp)

tcdB (200 bp)

gluD (158 bp)

Duplex PCR per gene GluD e

gene tossina B

Identificazione e profilo tossigenico

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PCR separate:

PCR per la Tossina binaria (Stubbs et al)

cdtA

cdtB

Binary toxin genes

327 bp

451 bp

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This technique allows to the identification of 32 toxinotypes designated with 0 (if identical to the reference strain VPI 10463), and with I to XXXI if presenting variations in the toxin genes.

TOXINOTYPING

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16sITS

RIBOTYPING

Analisi dei profili

mediante Gel

Compare

(Bionumerics)

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Correlazione tra profilo tossigenico e suddivisione ottenuta tramite PCR ribotipo

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METODIMETODI

Più di 220 ribotipi

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001 A+B+CDT- 0

002 A+B+CDT- 0

003 A+B+CDT- I

012 A+B+CDT- 0

014/020 A+B+CDT- 0

015 A+B+CDT- 0

017 A-B+CDT- VIII

018 A+B+CDT- 0

023 A+B+CDT+ IV

027 A+B+CDT+ III

029 A+B+CDT- 0

046 A+B+CDT- 0

053 A+B+CDT- 0

056 A+B+CDT- XII

070 A+B+CDT- XIII

075 A+B+CDT+ III

078 A+B+CDT+ V

081 A+B+CDT- 0

087 A+B+CDT- 0

095    

106 A+B+CDT- 0

131    

126 A+B+CDT+ V

050 A+B+CDT- 0

044 A+B+CDT- 0

005 A+B+CDT- 0

066 A+B+CDT+ V

010Non

tossigenico NT

013 A+B+CDT- 0

Ribotipi più comuni

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Geographical distribution of C. difficile PCR ribotypes in European countries in November 2008 (From Bauer et al., 2011)

Most isolated ribotypes in CDI-cases

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Grazie per l’attenzione


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