Bioinformática
Introducción
BioinformáticaDefinición intuitiva
Conjunto de herramientas informáticas que sugieren
soluciones a problemas biológicos
Bioinformatics -Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire store, organize, archive, analyze, or visualize such data.
Computational Biology - The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological behavioral, and social systems.
BioinformáticaDefiniciones oficiales NIH
BioinformáticaPor que tan popular?
Los experimentos actuales son imposibles de analizar sin la
ayuda de poderosas herramientas informáticas
Los experimentos actuales son imposibles de analizar sin la ayuda
de poderosas herramientas informáticas
OBTENCIÓN DE DATOS
OBTENCIÓN DE INFORMACIÓN
DATOS INFORMACIÓN
...AGGATTACCGAGGATTACCATTATCTAGTTGACGCGAGTAGCTATCGGGTTACCGTGTTGATACCGAGGATTACCG....
E. Coli: 4x106 bp = 2.6x109 DHuman: 3x109 bp = 2.0x1012 D
Bioinformática
Biología de sistemas Bioinformática estructural Análisis de perfiles de expresión en
experimentos genómicos / proteómicos. Análisis y manipulación de secuencias de
DNA o proteína,... Minería de datos
Biología de sistemas
Predicción y manipulación de redes metabólicas
Construcción de la célula virtual Definición dinámica del metaboloma Localización de puntos de control.
Bioinformática estructural
Explotación de la información estructural Caracterización del reconocimiento
estructural Asignación de función Predicción alta/baja resolución de estructura
de macromoléculas Modelización microscópica de la acción de
las macromoléculas
Análisis perfiles expresión
Diseño de chips y arrays de DNA / Proteínas. Seguimiento de los chips Procesado de los experimentos
Eliminación de ruido Clusterización de los datos Formulación de hipótesis Diseño de experimentos complementarios
Análisis de secuencias
Determinación de genes y lugares de Splicing
Anotación del genoma Búsqueda de relaciones evolutivas Asignación de elementos funcionales.
Minería de datos
Eliminar el ruido en procesado de experimentos
Busqueda automática de bibliografía Reconstrucción de redes metabólicas.
BioinformáticaObjetivos
Familiarizarse con las herramientas básicas de la
bioinformática
Bioinformática (1)
Bases de datos de interés en Bioinformática Servidores de referencia Manipulación básica de secuencias
Búsqueda de homólogos Obtención de información elemental
macroscópica derivada de secuencia Determinación de motivos de secuencia
especiales.
Bioinformática (2)
Determinación de parámetros estructurales Predicciones de elementos de estructura
secundaria. Diseño por homología Threading Otras aproximaciones
Bioinformática (3)Joaquin Dopazo CNIO
Análisis de chips de DNA Construcción de chips Análisis de perfiles de expresión
Bioinformática (4)Roderic Guigo (UPF)
Análisis génico Localización de genes Determinación de sitios de splicing alternativo
Bioinformática (5)Alfonso Valencia (CNB)
Minería de datos
...CTTAGC........CAGGC.......CCTTAACG.............CTTAGC........CAGGC.......CCTTAACG..........
IDENTIFICACIÓN GENES
ATTW...PGLATTW...PGL CC...TWPCC...TWP AGG....FVG
Procesado de la información
PREDICCIÓN ESTRUCTURA Y FUNCIÓN
Flujo de información
Secuencia GenómicaSec. Proteína
cDNA...
Nueva Secuencia
¿Sabemos qué es?
¿Se parece a otras?
¿Podemos “Copiar” estructura? Función? Propiedades?
Esquema Sesiones 1-2
Búsqueda homólogos
Bases de datos
Información básica
Modelización estructural