Bioinformatique =??
Informatique au service de la biologie moléculaire
ADN (ARN) Protéine
génomique protéomique
Génomique= analyse systématique de la composition génétique d’un organisme
Protéomique= ensemble de la composition en protéines d’une cellule
Bioinformatique= analyse et gestion par des méthodes informatiques des données générées par la génomique et la protéomique
Etude et développement statistiques des données
Analyse et interprétation des séquences
Développement de nouveaux outils informatiques
Paradigme de la biologie moléculaire:
Séquençage de génomes
Banque de données :
GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank ): consortium entre NCBI (USA) EMBL (Europe) and DDBJ (Japon)
ORGANISM CHROMOSOMES GENOME SIZE GENESHomo sapiens(Humans) 23 3,200,000,000 ~ 30,000Mus musculus(Mouse) 20 2,600,000,000 ~30,000DrosophilaMelanogaster 4 180,000,000 ~18,000Saccharomycescerevisiae (Yeast) 16 14,000,000 ~6,000
Zea mays (Corn) 10 2,400,000,000 ???
Code génétiqueBases :
A (adénine), G (Guanine): Purine
T (Thymine), C (Cytosine) : Pyrimidine
Correspondance codon-acide aminé
Code des acides aminés
Séquence d’acides aminés: N C
Lien peptidique :
Forme trans (plan)
Séquence linéaire
Structure secondaire
Structure tridimensionnelle (3D)
Structure 3D
Relation Séquence-Structure-Fonction
Plan du cours
Séquence protéique Séquence protéique *propriétés des acides aminés
*quelles infos en tirer sur la fonction de la protéine étudiée?
*notion d’hydrophobicité
*bases de données
Structure secondaireStructure secondaire: définition, prédiction
Structure 3DStructure 3D :
* définition
* bases de données
*prédiction 3D
* par homologie: notion d’alignement de séquences
* threading: notion d’alignement de structures
* ab initio
*Méthodes de prédiction de structure de peptides (Peplook)
Misfolding-désordre Misfolding-désordre : comment le paradigme une séquence = une structure est remis en question
Dynamique moléculaireDynamique moléculaire
Notions de data mining (statistiques)Notions de data mining (statistiques)
Protéine/peptides membranairesProtéine/peptides membranaires
Exemples « pratiques »:Exemples « pratiques »:*Modélisation relation structure 3D/fonction de
protéines
*Modélisation de l’interaction peptide/lipides et leur rôle
Dates des cours:
16/11 : supprimé
23/11: 10h20
30/11: 10h20
01/12: 13h40 (JM Crowet)
3/12: 8h30 (au lieu de 8h)
6/12: supprimé
7/12: 10h20 (S. Steinhauer)
17/12: 8h30 (au lieu de 8h)
22/12: 10h20
23/12: 8h30: questions/réponses (n’a lieu qu’à la demande des étudiants)
24/12: supprimé
Examen:
Travail écrit: analyse d’une séquence protéique et construction d’un modèle 3D
Séquence disponible le 30/11 (sera envoyée par mail)
Travail à remettre pour le vendredi 14/1/2011
à envoyer sous format pdf à [email protected] ET à [email protected]