Nomenclature décryptée des mutations du gène CFTR
Emmanuelle GirodonMartin J Schwarz
11e Journées Scientifiques de la Société Française de l a MucoviscidoseParis, 12 Mars 2015
• Introduction
• Rationnel
• Les règles de base
• Les points faciles
• Les points compliqués
• Ce que vous devez savoir
• Introduction
• Rationnel
• Les règles de base
• Les points faciles
• Les points compliqués
• Ce que vous devez savoir
• Trop de noms pour la même mutation (F508del, DF508, dF508, ∆F508 etc)
• Un seul nom pour des mutations différentese.g. W846X TGG > TAG ou TGA
Y1092X TAC > TAG ou TAA
• De nouvelles mutations identifiées chaque jour
• Plus de séquençage � plus de complexité
• Risque réel d’erreur en diagnostic
� Que devons-nous apprendre ?
• Recommandations européennes d’utiliser les nomenclatures
HGVS et traditionnelle “Legacy”
(Human Genome Variation Society)
• Quand vous voyez ça :
c.[3718-2477C>T(;)350G>A;1210-34TG[12]T[5]]
• Vous devriez aussi voir quelque chose de plus familier !
3849+10kbC>T / R117H;TG12T5
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• Les points compliqués
• Ce que vous devez savoir
Rationnel
Exigences pour une nomenclature qui soit :
• universelle
• cohérente entre les gènes
• non équivoque
• simple
HGVS
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• Les points faciles
• Les points compliqués
• Ce que vous devez savoir
� Séquence de référence utilisée
• Génomique : NG_016465.3 190 000
1 mqrsplekas vvsklffswt rpilrkgyrq rlelsdiyqi psvdsadnls eklerewdre61 laskknpkli nalrrcffwr fmfygiflyl gevtkavqpl llgriiasyd pdnkeersia
.....1441 ispsdrvklf phrnsskcks kpqiaalkee teeevqdtrl
• Protéine : NP_000483.3 1480
• ADN complémentaire : NM_000492.3 6132
Exon 1 Exon 2
Numérotation continue des nucléotides de tout le gène
1 53 5453+ 54-
164164+
� Numérotation d’exons : 1 à 27 (1 à 24 avec 6a, 6b, 14a, 14b, 17a, 17b)
� Nom des mutations : - niveau ADNc (cDNA)- niveau protéique
� Numérotation nucléotidique : +1 = A de l’ATG
� Nom des mutations : - niveau ADNc (cDNA) « c.1521_1523del »- niveau protéique « p.Phe508del »
Nomenclature traditionelle : F508del(1653_1655delCTT)
� Numérotation nucléotidique : +1 = A de l’ATG
Que signifient c. et p.?
Gène CFTR
27 exons
Approx 190kb d’ADN génomique
Exon (coding region) n°22
Alamut v.2.0 Interactive Biosoftware
Partie de l’ADNg (gDNA, genomic DNA) de l‘exon 22
Partie de l’ADNc (cDNA, coding DNA) de l’exon 22
Partie de la séquence codante de l’exon 22
p. = séquence protéique
c. = cDNA = séquence codante
HGVS : La 1ère base du codon 1 (A de l’ATG) est appelée base N° 1
Traditionnelle : La 1ère base du codon 1 (A de l’ATG) est appelée base N° 133‘Legacy’
Donc : 621+1G>T devient c.489+1G>T
La numérotation des codons ne change pas ☺
Donc : F508del devient c.1521_1523delp.Phe508del
CFTR exon 1
Acide Aminé Abbréviation AbbréviationNom complet (3 Lettres) (1 lettre)
Alanine Ala AArginine Arg RAsparagine Asn NAspartate Asp DCysteine Cys CGlutamate Glu EGlutamine Gln QGlycine Gly GHistidine His HIsoleucine Ile ILeucine Leu LLysine Lys KMethionine Met MPhenylalanine Phe FProline Pro PSerine Ser SThreonine Thr TTyrosine Tyr YTryptophan Trp WValine Val VTermination Ter ou * X
� Préférence pour le code à 3 lettres
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• Les points compliqués
• Ce que vous devez savoir
Faux-sens (missense)p. c.
R117H p.Arg117His c.350G>A
D1152H p.Asp1152His c.3454G>C
Non sens / stop (nonsense)
p. c.
• G542X p.Gly542Ter (ou p.Gly542*) c.1624G>T
• W1282X p.Trp1282Ter (ou p.Trp1282*) c.3846G>A
• W846X p.Trp846Ter (ou p.Trp846*) 2 substitutions possibles
c.2537G>A
Non sens / stop (nonsense)
p. c.
• G542X p.Gly542Ter (ou p.Gly542*) c.1624G>T
• W1282X p.Trp1282Ter (ou p.Trp1282*) c.3846G>A
• W846X p.Trp846Ter (ou p.Trp846*) 2 substitutions possibles
c.2537G>A
c.2538G>A
Ciblée par le kit DNN
Epissage (Splicing)
• 621+1G>T c.489+1G>T
• 1898+1G>A c.1766+1G>A
• 2789+5G>A c.2657+5G>A
• etc
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• Ce que vous devez savoir
Frameshift
c. p.
• 3659delC c.3528delC p.Lys1177SerfsTer15 (ou p.Lys1177fs)
• 2183AA>G c.2051_2052delinsG p.Lys684ThrfsTer4 (ou p.Lys684fs)
du nucléotide 2051 au nuléotide 2052
F508del � p.Phe508del
Numérotation
• Ne pas toujours soustraire 132 bases !
• Choisir la séquence normale la plus longue
• Exemples
délétion de 3 pb entre 1652 et 1655
� c.1521_1523del CTT
2711delT � c.2579del
mais c.2583delT
• Pourquoi 3905insT est devenue c.3773dup ?
L’insertion d’un nucléotide T dans une séquence polyT
est considérée comme une duplication
Et on choisit la séquence normale la plus longue
Etrangetés : mutations introniques “profondes” ?
• 3849+10kbC>T c.3717+….C>T
c.3718-2477C>T
• 1811+1.6kbA>G c.1679+….A>G
c.1680-886A>G
+10000 pb
-2500 pb
+1600 pb
- 900 pb
22(19)
23(20)C>T
c.3717 c.3718
1. Lerer 1999 Palestine
2. Nectoux 2006La Réunion
3. Feuillet-Fieux 2004Sénégal
4. Patient G.Mali
c.2988+1173_3468+2111del8899
c.2989-449_3468+644del5288
c.2989-?_3468+?del
c.2989-1695_3469-4457del14242
9 kb
5.3 kb
>6.6kb
14.2 kb
Et les grandes délétions ?
� Définition très précise des réarrangements et des points de cassure
� Distinction de plusieurs réarrangements impliquant les mêmes exons
1
2
3
4
CFTRdele17a_18
19(17a)
20(17b)
21(18)
18 (16)
22(19)
• Introduction
• Rationnel
• Les règles de base
• Les points faciles
• Les points compliqués
• Ce que vous devez savoir
• Essayez de comprendre le sens d’une mutation
• Sachez en quelle nomenclature elle est écrite
• Sachez s’il existe un équivalent en nomenclature traditionnelle
• Sachez si elle est à l’état homozygote ou hétérozygote(composite), quel est le génotype “en clair “?
• Comprenez surtout les implications du résultat : la signification de la mutation pour le diagnostic et le conseil génétique !
• Si vous ne comprenez pas un CR, renvoyez-le !(appelez le biologiste)
• Si vous êtes perdu.... [email protected]
Attention, la nomenclature évolue… vite !
• W1282X p.Trp1282Ter
• Ou si vous avez du courage.... http://www.hgvs.org/mutnomen/https://mutayzer.nl/
Merci
Petits exercices d’application
HGVS c. HGVS p. Traditionnelle
Xc.262_263del
X
X
X
X
X
X
p.Arg117His R117H
711+1G>T
c.1585-1G>A
c.3484C>T R1162X
c.3909C>G p.Asn1303Lys
CFTRdel2,3 (21kb)
394delTT
c.350G>A
c.579+1G>T
1717-1G>A
p.Arg1162Ter
N1303K
c.54-5940_273+10250del