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Quels examens de biologiemolculaire prescrire et obtenir en
2011?
I Rouquette
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Elles ont pour vocation de raliser les tests molculaires innovants pour lensemble des patients de la
rgion, quel que soit ltablissement o ils sont pris en charge, CHU, CLCC, CH ou tablissement priv.
Plateformes hospitalires de gntique molculaire des cancers
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Plateforme de gntiquemolculaire des cancers
Directeur de plateforme: E Delabesse
Trois sites:
Rangueil I Rouquette: poumonEGFR/ALK/BRAF/HER2
ICR G Favre PI3K poumon
Purpan J Selves Lamant: colon mlanome
E Delabesse: BCR ABL/KIT
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A Rangueil
2005 projet ligue: squenage de 100 patients acquisitiondune expertise formation technicien Tenon
2007 demande dactivit nouvelle: acquisition dquipementset budget fonctionnement sur 2 ans pour commande ractifs
2009 : intgration plateforme biologie molculaire descancers du CHU (E Delabesse)
2009 ORPAMIP: Structuration de la biologie molculaire.(Kras,EGFR, MSI, 1p19q).
2010: Subvention EGFR INCa: pas de facturation clinicienpatient, remboursement dstockage
2011: subvention INCa biomarqueurs mergents
http://www.google.fr/imgres?imgurl=http://www.clinisciences.com/fourn/sab/schemas/MAPK_Pathway.gif&imgrefurl=http://www.clinisciences.com/lire/article_details.php%3Frubid%3D113&h=550&w=580&sz=59&tbnid=fMjcEx7HprkZpM:&tbnh=127&tbnw=134&prev=/images%3Fq%3Dvoies%2Bde%2Bsignalisation&zoom=1&q=voies+de+signalisation&hl=fr&usg=__np4XUDJS_rAo7oBMgwIsLPxB77w=&sa=X&ei=LtLeTIftI8SIhQfjopSeDQ&ved=0CCsQ9QEwBQhttp://www.google.fr/imgres?imgurl=http://www.clinisciences.com/fourn/sab/schemas/MAPK_Pathway.gif&imgrefurl=http://www.clinisciences.com/lire/article_details.php%3Frubid%3D113&h=550&w=580&sz=59&tbnid=fMjcEx7HprkZpM:&tbnh=127&tbnw=134&prev=/images%3Fq%3Dvoies%2Bde%2Bsignalisation&zoom=1&q=voies+de+signalisation&hl=fr&usg=__np4XUDJS_rAo7oBMgwIsLPxB77w=&sa=X&ei=LtLeTIftI8SIhQfjopSeDQ&ved=0CCsQ9QEwBQ7/30/2019 10 Ir Quels Examens de Biologie Moleculaire Prescrire en 2011
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AUJOURDHUI
Une AMM premire ligne: gefitinib
Une ATU: Crizotinib
Des essais cliniques plus ou moins avancs
Un seul examen aujourdhui indispensable pour guider
la conduite thrapeutique: recherche des mutationsactivatrices dEGFR
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GEFITINIB (IRESSA) is indicated for the treatment of adult patients with locally
advanced or metastatic non small cell lung cancer (NSCLC) with activating mutations of
EGFR.
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48%
3% 5% 3%
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2142 adnocarcinomes exon 19 et L858R
Incidence of EGFR Exon 19 Deletions and L858R in
Tumor Specimens From Men and Cigarette SmokersWith Lung Adenocarcinomas
Sandra P. DAngelo et al J Clin Oncol 2011
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Indications
Financement INCa: Tous les patients atteints dun adnocarcinome du poumondevraient pouvoir avoir accs au test EGFR pour dterminer le statut mutationnel deleur tumeur.
Non accepts par la plateforme: pidermodes du fumeur, NEGC
Accepts aprs discussion: pidermodes du non fumeur, adno-squameux, CNPC.
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Pathologiste dela plateforme
Pathologistedtenteur dumatrielCHG, CHU,Secteur Priv
Circuit des examens de biologie molculaire
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Contrle morphologique
Extraction dADN
PCR
Criblage
Squenage des variants
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BILAN EGFR 2010
Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4
Nb patients 464 88 115 115 147
Nb examens522 89 149 127 157
% mutations 17,05 12,17 9,57 11,56
Dlai de rendu 15 jours 15 jours 11 jours 9 jours
% Prescriptionssecteur priv
37,5 26,96 45,22 51,02
% Noninterprtables
2,27 13,91 6,96 4,08
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2009 2010 2011
PATIENTS TESTES 55 422 600 Trois premierstrimestres
% MUTES 23% 9,5 17% 7 11%
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lt ti l l i t t id tifi h i 40 % d ti t tt i t d
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16
20-30%12-14%
5%
une altration molculaire peut tre identifie chez environ 40 % des patients atteints dun
cancer du poumon non petites cellules.
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-100
-80
-60
-40
-20
0
20
40
60
-30 %
Progression
Stabilit
Rponse partielle confirme
Rponse complte confirme
Vari
ationmaximaledelatailletumorale(%)
Activit de linhibiteur oral de ALK, le PF-02341066, dans une population
de CBNPC positifs pour ALK (n = 82)
81
Translocation EML4-ALK
Taux de rponse = 57%
Contrle 8 semaines : 87 %
SSP 6 mois : 72 %
Kwak, NEJM 2010
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20
Protine de fusion EML4-ALK:
partie N-term. EML4
(echinoderm michrotubule associated protein
like 4)+
portion intracellulaire du rcepteur tyrosine-
kinase ALK (anaplastic lymphoma kinase)
inversion du bras court du chromosome 2
[Inv(2)(p21p23)] qui fait joindre exons 113 deEML4 aux exons 2029 de ALK.
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Split signal en FISH
FISH: examen de biologiemolculaire:Problmes:
FixateurEchantillonnageEosineEquipement spcifiqueAide la lectureOn nidentifie que la cassure dALK
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Clin Cancer Res 2010 D5F3 or
D9E4 antibodies
Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ systme de rvlation
J Clin Pathol 2010 ALK 5A4
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Bilan ALK 2011Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4
(Octobre)
Nb patients 180 30 64 58 27
Nb examens 30 62 56 24%Translocations
20% 6,4% 1,8% 4,2%
Dlai de rendu 15 jours 12 jours 11 jours 11 jours
% Prescriptionssecteur priv
20% 20,3% 24,1% 14,8%
% Noninterprtables
0% 16,1% 1,8% 4,2%
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Mutations de K-Ras
Mutations activatrices en position 12,13 or 61
Mutuellement exclusives avec celles dEGFR
Associes au tabac (transv. G en T ou C)
22% des ADC ( trs rares ds malpighiens)
Mais chez 15% des non fumeurs (transition G en A)
GGT GGC GCA CCAExon 1
Codon 12Glycin Codon 13 Codon 59 Codon 61
TGT Cystin CGT ArginineGTT Valine AGT SerineGAT Aspartate GCT Alanine
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Marchetti et al J Clin
Oncol 2011
1,046 NSCLCs
BRAF mutations were
present in 36 ADCs
(4.9%) and one SCC
(0.3%).
Twenty-one of the
mutations (56.8%) were
V600E, and 16 (43.2%)
were non-V600E.
Paik et al J Clin Oncol 2011
BRAF mutations occur in 3%
of patients with lung
adenocarcinoma and occur
more commonly in current
and former smokers
BRAF
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BRAFmutations occur in approximately
5% of pulmonary adenocarcinomas, often
with a papillary architecture, but in the
micropapillary subgroup, the incidencerises to approximately 20%, similar to that
seen in thyroid and ovarian papillary
adenocarcinoma.
Yousem et alThe histopathology of BRAF-V600E-mutated lung adenocarcinoma. Am J Surg Pathol .
2008
Rosane De Oliveira et al Micropapillary Lung
AdenocarcinomaEGFR, K-ras, and BRAFMutational
ProfileAm J Cl in Pathol2009
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Shigematsu Cancer Res 2005;
HER2 mutations were present in 1.6% (11 of 671) of NSCLC
Pao Lancet Oncol 2011HER2 mutations are present in 2% of NSCLC
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PIK3CAPIK3CA Mutations and Copy Number Gains in Human Lung Cancer
Cancer Res 2008;68(17):691321]1,6% de mutations. PIK3CA copy number gains
occur at much higher frequencies in lung cancers than do activating mutationsand the gains target squamous cell carcinomas.
IGR Essai prcoce: GDC-0941, inhibiteur de la protine PI3 kinase
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Autres biomarqueurs
TECHNIQUE NB TOTAL + %MUT 2010
NB TOTAL + %MUT 2011
KRAS HRM/SEQ 201
20%
558
22,9%BRAF PCR-ASO -
-
316
1,7%
HER2 HRM/SEQ --
681,5%
PI3K (ICR) SEQ -
-
9
0%
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Amliorations Techniques
EGFR:
Passage techniques plus rapides et sensibles,redesign des amorces, sensibilisation fixateur:
moins de prlvements non interprtables, dlaisraccourcis
FISH ALK:criblage IHC systmatique
corrections osine acidit, contrle externalis des
cas litigieux
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EXON 19 EXON 21 EXON 18 EXON 20
Mutationrecherche
DELETIONS MUTATIONSPONCTUELLES
MUTATIONSPONCTUELLES
T790MINSERTIONS
Techniquesutilises
HRM/ ANALYSEDE FRAGMENT
PCR-ASO HRM/SEQUENCAGE
PCRASO/SEQUENCAGE
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Amliorations gestion
Interface cliniciens/plateforme: MlanieBoussard
Fiche modifie tlchargeableDveloppements informatiques pour recueil
de donnes et rendu rsultats (fiches
complmentaires)
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PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE EGFR exons 19 21
Service d'Anatomie Pathologique et Histologie-Cytologie du Pr M.B. DelisleCHU Rangueil, Bt L2 - 1 avenue Jean Poulhs - TSA 50032 - 31059 Toulouse Cedex 9
Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Camille Allera Moreau. Tl Accueil 05 61 32 28 42 --- Fax 05 61 32 21 27
Date de la demande de gnotypage EGFR : / / 20..
Matriel tumoral analyser : Tabagisme :
Biopsie bronchique Fumeur
Biopsie pulmonaire sous scanner Non fumeur
Pice opratoire (lobectomie, pneumonectomie)
Site mtastatique, prciser : Indication :
Date du prlvement : / / 20.. Stade de la maladie : .
Remarques :
FICHE complter par le mdecin prescripteur de lexamen et envoyer au
mdecin pathologiste en possession du prlvement tumoral du patient.
Cette fiche sera secondairement envoye au laboratoire de gnotypage par le pathologiste avec le
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR
(Nom et coordonnes dont tel et fax)
Identification A. PATHOLOGISTEREFERENT dtenteur du matriel tumoral
(Nom et coordonnes dont tel et fax)
Identification PATIENTNom : . Nom de jeune fille :
Prnom : .. Date de naissance : ././.
Adresse : .
Le rsult at du gnot ypage sera r envoyau mdecin pr escri pteur et au mdecin anat omo- path olo giste. Version 23/11/2011
A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEURDE LEXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE
Identification du Patient Date de demande du test :
NOM : Type de test :
NOM DE JEUNE F ILLE : EGFR KRAS BRAF ALK HER2 PI3KPRENOM :DATE DE NAISSANCE : Matriel Tumoral analyser
Homme Femme Type de prlvement
Biopsie Rsection chirurgicale Autre :
Identification MEDECIN PRESCRIPTEURSite de prlvement :
NOM : Bronche Poumon Autre :ADRESSE :
Date de prlvement :
Statut tabagique :Fumeur Non fumeur Ancien fumeur (stop en .....)
Tel : Nombre paquets/anne :Fax :E-mail : Stade TNM : IIIB IV Autre :...
Indications (si autre) :
CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE :
1. Du prlvement tumoral (1 fragment de tumeur fixe et incluse en paraffine ou congele/ choisir un bloc riche en cellulestumorales).2. Du compte-rendu anapath.
ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES,A lADRESSE SUIVANTE :Service dAnatomie Pathologique et Histologie Cytologiedu Pr DelisleCHU Rangueil 1 avenue Jean-Pou lhs TSA 50032 31059 TOUL OUSE Cedex 9
Responsables : D r I sabelle Rouquette, Mlanie B oussard tel Secrtariat 05 61 32 28 61 f ax 05 61 32 21 27
PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur base dacide picrique. Eviter AFA.
Matriel tumoral transmis:
Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR Nombre de blo cs: N bloc:
NOM : Tumeur primit ive Mtastase s CrbralesADRESSE : Ganglionnaires
Autres :
Histologie : Adnocarcinome Epidermode/mal pighienAutre :
Tissu congel : oui nonTel : Tumorothque ONCOMIP Rangueil PurpanFax : EmplacementE-mail :
Fixateur (indispensabl e): Formol Glyoxal RCL2 Autre
Date de rception au service dAnatomie Pathologique de Rangueil : .../.../.. Heure : Visa :..
PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE
Numro INSC : Numro ONCOMIP :
Tumeurs pulmonaires
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BILAN EGFR 2011
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BILAN EGFR 2011
Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4
(Octobre)
Nb patients 609 168 200 173 68
Nb examens578
168 186 162 62
% mutations 5,9% 9,7% 13,6% 6,45%
Dlai de rendu 8 jours 5 jours 5 jours 5 jours
% Prescriptionssecteur priv
44% 37,5% 35,3% 44,1%
% Noninterprtables
4,2% 1,6% 2,5% 0%
TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4
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TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4
TOTAL 102 113 154 174
FUMEUR 14 58 54 64
NON FUMEUR 14 36 37 45
ANCIEN FUMEUR 9 17 20 18NON RENSEIGNE 65 2 43 47
HOMME 53 96 83 102
FEMME 50 76 63 75
NON RENSEIGNE 3 5 10 0
TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4
TOTAL 162 157 174
FUMEUR 90 95 99
NON FUMEUR 38 32 34
ANCIEN FUMEUR 26 23 33
NON RENSEIGNE 8 7 8
HOMME 93 102 111
FEMME 68 55 58
NON RENSEIGNE 0 0 0
ANNEE 2010
ANNEE 2011
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Evolution du tabagisme et du nombre de femme/homme (en %)
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Aujourdhui
Un dossier enregistr le vendredi
Rsultats exon 19/21/20 IHC ALK le mercredi
Rsultats KRAS BRAF HER2 le vendredi Si demande PI3K transfert ICR si matriel restant
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Dlais
Dlai de rendu des rsultats (en jours)
TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4
2010 15 15 11 9
2011 8 5 5 5
Dlai dacheminement de la demande entre le prescripteur et le laboratoire de
biologie molculaire (en jours)
TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4
2010 - 11 11 6
2011 5 6 7 6
Augmentation du nombre de dossiers pour les diffrentes analyses
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Augmentation du nombre de dossiers pour les diffrentes analysesdepuis le dbut de lactivit
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Les non conformits les plus retrouves
Fiches de prescription directement envoye au laboratoire de biologie
molculaire sans prlvement Le stade TNM de la maladie nest pas indiqu ou ne correspond pas aux
indications prcises pour la prescription de lanalyse Le statut tabagique nest pas renseign La date de prlvement nest pas renseigne Le fixateur nest pas renseign Le numro du prlvement inscrit sur la fiche de prescription est absent
ou ne correspond pas au numro du bloc La conglation du prlvement nest pas indique
1 dossier de prescription sur 3 nest pas conforme
Ce qui entraine:-Un retard de traitement et donc un retard de rendu des rsultats-Une perte de temps pour lingnieur qui doit rappeler lesprescripteurs/anatomopathologiste-Un dfaut dans les statistiques rendus lINCA
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Reste amliorer
Dlai d acheminement
Dlai de rponse (protinase K, DCC)
volution continue des techniques
Renseignements cliniques
Projet IFCT de recueil des donnes
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Le futur sur la plateforme
Prescrire via le DCC ONCOMIP (Suivi, rendu desrsultats)
Amliorer la dtection des anomalies les plus utiles(plateforme aide lecture FISH, MAD pyrosquenceur)
Participer aux tudes nationales et aux STIC
Dvelopper lIHC
Dvelopper la dtection de nouveaux biomarqueurs
(amplification c-met, FGFR) Exploitation des donnes recueillies projet IFCT
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Le futur
ALK: algorithme IHC/FISH
EGFR: place des anticorps?
Marqueurs prdictifs de rponse (TS..): IHC
Etudes multicentriques de validation,STIC