Мобильные ретроэлементы в геноме эукариот.

Ревертаза.

РНК-зависимая ДНК-полимераза (ревертаза) способна катализировать синтез ДНК-копии (кДНК) на РНК-матрице.

Мобильные Ретроэлементы эукариот

LTR-содержащие не LTR-содержащие

Ретротранспозоны

Ретровирусы

LINE(long interspersed elements)

SINE(short interspersed elements)

экзогенные

эндогенные

Не LTR-содержащие

LINE (long interspersed elements)

Структура мРНК

кодирующие характерна усечённость копий с 5’-конца нумерация нуклеотидов в

последовательности LINE принято вести с 3’-конца и выражать в отрицательных числах

Схема жизненного цикла L1.

TPRT – реакция.(target-primed reverse

transcription) в ДНК-мишень вносится одноцепочечный

разрыв 3’-конец одной из цепей используется в

качестве затравки для синтеза кДНК разрезание второй цепи ДНК-мишени [там

же] далее in vivo происходит:• лигирование цепей ДНК• разрушение РНК в составе гетеродуплекса • репаративный синтез второй цепи ДНК

SINE(short interspersed elements)

не содержат кодирующих последовательностей при транспозициях используют обратную

транскриптазу из других источников в качестве таких «доноров» выступают LINE заканчивается олиго(А)-трактом гомогенны по длине внутри одного семейства не содержат 5’-концевых делеций нумерацию нуклеотидов ведут с 5’-конца

Происхождение. Из 7SL РНК с внутренней делецией - B1 грызунов, Alu

приматов. “tRNA-derived SINE” - в 5’-части есть высокая гомология

с последовательностями определённых тРНК - В2 грызунов, TS табака, MIR всех млекопитающих. В то же время их 3’-концевой домен является АТ-богатым и происходит, по-видимому, из 3’-конца LINE-элементов.

Известны случаи происхождения SINE из генов малых ядерных РНК - Bm1 B. mori – из U1.

SINE-R из генома человека обязан своим происхождением длинному концевому повтору эндогенного ретровируса семейства HERV-K

LTR-содержащие

Структура LTR-содержащих элементов на примере

ретровирусов.

Механизм обратной транскрипции.

Возможная эволюция

LTR-ретротранспозоны Ретровирусы Эндогенные ретровирусы