Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

1 

Core Equipment ID:  15928  

Description: Bio­Tek µQuant Microplate Spectrophotometer 

Room: B446 (Molecular & Biochemical Core) 

Champion:  

 

1.0 Purpose Standardize the process for control, maintenance, ownership and use of the Bio‐Tek µQuant Microplate  Spectrophotometer  located  in  room  B‐446  Life Sciences.   1.1 Bio­Tek  µQuant  Microplate  Spectrophotometer 

Capabilities1 µQuant™  merges  the  throughput,  speed  and  convenience  of microplate  formats  with  the  performance  of  a  spectrophotometer. Your  laboratory can now perform conventional EIAs at virtually any wavelength,  quantitate  nucleic  acids  in  the  low  UV  range,  or automatically  run spectral  scans  for peak absorbance measurements without  using  filters.  With  the  patented  Bio‐Cell™  accessory, conventional  1  cm  measurements  can  be  accomplished.  The  Bio‐Tek  µQuant  is  an  innovative  plate  reader  with  a  high‐powered  Xenon  Flash  lamp,  tunable  monochromator  and  low  UV capability.  

 a. µQuant reads 6‐, 12‐, 24‐, 48‐, 96‐, and 384‐well microplates or 1 

cm Bio‐Cells.   

b. Pre‐programmed  on‐board  software  addresses  a wide  variety  of applications  including  nucleic  acid  quantitation,  A260/A280  ratios, pathlength  correction,  protein  analysis,  basic  ELISAs,  and  much more.  

c. The  µQuant  truly  provides  a  high‐value  solution  for  unlimited applications.   

d. For even more flexibility, control µQuant with Gen5 Data Analysis PC software.  

                                                         1 µQuant Microplate Spectrophotometer. Bio‐Tek. April 1, 2009. http://www.biotek.com/products/microplate_detection/microquant_microplate_spectrophotometer.html 

Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

2 

 

Bio­Tek  µQuant  Microplate  Spectrophotometer  Software Capabilities 2 BioTek’s  new  Gen5™  software  offers  a  logical  interface  designed  to  easily flow  from  reading  parameters,  to  plate  layout,  to  powerful  data  reduction, and finally to flexible data output options. The results of this intuitive design, including the exclusive StepWise™ protocol and data reduction tools and the power  of  Gen5's  data  reduction,  will  be  evident  in  increased  laboratory efficiency.   

2.0 Reason for Issue Maintain a document that describes the Standard Operating Procedures that allows  for  the  standard  safe  and  maximal  use  of  the  Bio‐Tek,  µQuant Microplate  Spectrophotometer  within  the  Pharmacology  and  Toxicology Core Facilities.   

3.0 Process Description Allows  Core  Facility  Users  within  the  Pharmacology  and  Toxicology Department  to  properly  and  effectively  use  the Bio‐Tek µQuant Microplate Spectrophotometer.  The process  description details  and  creates  a  standard for  the  use  of  the  Bio‐Tek  µQuant  Microplate  Spectrophotometer.  The controlled  standard  must  maintain  and  adhere  to  proper  and  approved research and regulatory qualitative conditions.   3.1 SOP:  15928.B446.001  for  LI‐COR  Biosciences  Odyssey,  authored  by 

Janice Thompson and Theo Szasz, created on April 1, 2009, issued on (insert date).   

3.2 SOP:  15928.B446.001  applies  to  any user  and/or  trainer  of  the Bio‐Tek µQuant Microplate Spectrophotometer.  

3.3 Responsibilities:  All  Users  are  responsible  for  obtaining  the proper  approval  and  training  before  the  use  of  the  Bio‐Tek, µQuant Microplate  Spectrophotometer.  All  users  are  responsible  for  the proper  use,  according  to  defined  protocol,  when  using  the  Bio‐Tek, µQuant Microplate Spectrophotometer.  a. New  Users  must  ensure  their  familiarity  with  the  equipment 

through thorough reading of this SOP and the associated operating instructions  provided  by  Bio‐Tek.  The  operating  instructions 

                                                        2 µQuant Microplate Spectrophotometer. Bio‐Tek. April 1, 2009. http://www.biotek.com/products/microplate_detection/microquant_microplate_spectrophotometer.html 

Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

3 

manual  is  located  in  the  closed  cabinets  on  the  right  side  of  the Core Facilities Room, B446 Life Sciences.    

b. All Users must schedule equipment use in the Equipment Schedule Logbook prior to use. The Equipment Schedule Logbook is located on  the  desk  next  to  the  Bio‐Tek  µQuant  Microplate Spectrophotometer. 

 c. All users must  record all  equipment use  in  the Equipment Usage 

Logbook  post‐use  on  the  same  day  as  the  recorded  use.  The Logbook  is  located  on  the  desk  next  to  the  Bio‐Tek  µQuant Microplate Spectrophotometer. Within the Logbook on the current log  sheet,  Users  must  record  the  following:  Date,  PI,  Name,  Lab Location, Phone Number, Program, Runs, Problems/Comments.  

  

3.4 Equipment Safety Issues3 

a. Internal Voltage  ­ Always  turn off  the power switch and unplug the  power  cord  before  cleaning  the  outer  surface  of  the instrument.  

b. Potential  Biohazards  ­  Some  assays  or  specimens  may  pose  a biohazard.  Adequate  safety  precautions  should  be  taken  as outlined in the assay’s package insert. Always wear safety glasses and  appropriate  protective  equipment,  such  as  chemically resistant rubber gloves and apron.  

c. Liquids  ­ Avoid  spilling  liquids  on  the  instrument;  fluid  seepage into  internal  components  creates  a  potential  for  shock  hazard. Wipe  up  all  spills  immediately.  Do  not  operate  the  instrument  if internal components have been exposed to fluid. 

 d. Environmental  Conditions  ­  Do  not  expose  the  system  to 

temperature  extremes.  For  proper  operation,  ambient temperatures should remain between 18°‐40°C. Performance may be adversely affected if temperatures fluctuate above or below this range. Storage temperature limits are broader. 

 e. Sodium Hypochlorite ­ Do not expose any part of the instrument 

to  the  recommended  diluted  sodium  hypochlorite  solution (bleach) for more than 20 minutes. Prolonged contact may damage the  instrument surfaces. Be certain  to  rinse and  thoroughly wipe all surfaces. 

                                                        3 µQuant Operator’s Manual, Revision 1. Bio‐Tek. 

Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

4 

   

3.5 Quality Measures   

a. Each  Use:  Each  time  the  Bio‐Tek  µQuant  Microplate Spectrophotometer is used, clean all exposed surfaces with a cloth dampened  with  distilled  water  or  distilled  water  and  a  mild detergent. 

 b. Every Six Months: Inspect cables and power cords to ensure their 

integrity.   

3.6 Example  procedure  for  Lowry  protein  assay spectrophotometric  measurement;  Bio­Tek,  µQuant Microplate Spectrophotometer Use  

 a. Turn on the computer from the ON button. 

 b. Turn on µQuant  Spectrophotometer  from  the ON/OFF  switch 

on the right side.  

c. Double click KC Junior software on the Desktop and click OK on the initialization window. 

 d. Click on Open Protocol and select the saved protocol from the 

drop‐down  list.  In  this  case  it  will  be  “JLG  Lowry”.  To  create New Protocol  for a different assay, refer to the user’s manual, keeping  in  mind  the  assay  specifics  (such  as  appropriate absorbance wavelength). 

 e. Click  on  Modify  Protocol.  A  window  will  open  with  the 

following tabs: General, Read Method, Template, Curve, Cutoff, Reports.  If  the  saved  protocol  fits  the  intended  use  of  the experiment,  the  only  tab  requiring modification  from  default settings will  be  “Template”. On  the  “Template”  tab,  select  the appropriate Well  Type  from  the  drop‐down  list  to match  the actual well content: “Blank”, “Standard” or “Sample”. To insert selections, click and drag over the 96‐well template area, with sample  numbers  automatically  increasing  in  a  left‐right  and up‐down  direction.  If  replicates  of  the  same  sample  number are  included,  change  the  replicate  number  and  indicate  their direction  (e.g.  down  and  across).  To  delete  selections,  select “Clear”  from the Well Type drop‐down  list and click and drag over the wells that need to be deleted. 

Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

5 

 f. Click on OK and the software will return to the initial window. 

 g. Click  on  Read  Plate.  A window will  open  requesting  “Results 

ID”. Type in the desired name for the reading results.   

h. Click  on  the  “Read  Plate…”  button.  A  window  will  open requesting “Plate ID”. Type in the desired name for the plate.  

 i. Open the lid of the µQuant Spectrophotometer.  

 j. Remove lid of the 96‐well plate. Insert plate with the A1 well in 

the upper left corner.   

k. Close the lid of the µQuant Spectrophotometer.  

l. Click  on  “Read  Plate”.  The  spectrophotometer  will  begin  the absorbance measurement of the plate.  

 m. When scan is done, a window will open displaying the results 

(absolute,  blanked  and  calculated  values).  Check  standard curve by clicking on the “Standard Curve…” button, which will open another window. If desired, a copy of the standard curve can  be  printed  from  this  window.  Click  OK  to  close  the standard curve window. 

 n. Under  the  “Results” menu,  select  “Print  results…”  to  obtain  a 

copy of the scan results.  

o. To  close  the  results window and  exit  the KC  Junior  software, click on the “X” button on the upper right corner.  

 p. A  window  will  open  requesting  whether  results  should  be 

saved. Make the appropriate selection for saving on a USB flash drive or select “no” if results were printed. 

 q. A  window  will  open  requesting  whether  protocol  should  be 

saved.  Select  “No”  to  keep  protocol  defaults.  For  changes  to defaults, create New Protocol instead, as needed.  

 r. Open lid of  the µQuant Spectrophotometer. Remove plate and 

close the lid of the µQuant Spectrophotometer.  

s. Shut down computer and µQuant Spectrophotometer.  

Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

6 

t. Sign  out  in  the  Equipment  Usage  Log  for  the  µQuant Spectrophotometer as indicated in Section 3.3c. 

 3.7 Core Materials 

Currently, there are no Core Materials provided for the Bio‐Tek Quant Microplate Spectrophotometer.  

3.8 User Materials All  materials  necessary  for  the  particular  equipment  applications, including  the  compatible  microplates,  are  to  be  provided  by  users. Users are individually responsible for the compatibility, maintenance and purchase of these materials. 

 3.9 Use Records  

a. Records  of  Use  –  All  Bio‐Tek  µQuant  Microplate Spectrophotometer use must be recorded. Refer to 3.3c.   

b. Error Messages / System Issues – All error messages and system issues  must  be  relayed  to  the  Equipment  Champion  and  the Pharmacology  &  Toxicology  Core  Facility  Manager.  This information must  be  relayed on  the  same day  as  equipment use. Error messages/system issues must be recorded. Refer to 3.3c. 

 3.10 Resource Index  

Bio‐Tek  µQuant  Microplate  Spectrophotometer  literature  and resources for the following items may be found at the link below.  a. Application  Notes  (Phosphate  and  ATPase  Determination  using 

the µQuant Scanning Microplate Spectrophotometer) b. Tech Notes (on Nucleic Acid Quantitation) c. µQuant Single Sheet   http://www.biotek.com/products/microplate_detection/microquant_microplate_spectrophotometer.html 

 4.0 Competences, Authorization and Training 

New  Users  must  receive  proper  authorization  from  either  the  Equipment Champion and/or Pharmacology & Toxicology Core Facility Manager before equipment  use.  A  new  User  may  contact  the  Equipment  Champion  or Pharmacology  &  Toxicology  Core  Facility  Manager  to  schedule  training. Training  includes  SOP  and  instrument  familiarization  and  any  additional required  or  specialized  training.  All  Users  are  individually  responsible  for current SOP familiarization. 

Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

7 

 5.0 SOP Performance and Equipment Review 

The  effectiveness  of  the  SOP  15928.B446.001  will  be  monitored  by  the Pharmacology & Toxicology Core Facility Manager, Equipment Champion and all Users. Any procedural or qualitative deviations will be reflected within an updated  SOP.  Any  approved  User  should  aptly  report  any  procedural  or qualitative  issues  and/or  errors  to  the  Pharmacology  &  Toxicology  Core Facility Manager or Equipment Champion. The Equipment Champion’s name and  contact  information  can  be  found  on  the  Core  Facility  Identification Sticker.  The  Core  Facility  Identification  Sticker  is  located  on  the  LI‐COR Biosciences Odyssey. The Core Facility Manager’s contact information may be found on the Core Facility Contact Posting within room B446. Updated SOPs will be published and approved Users will be notified. SOP: 15928.B446.001 review will occur every two years.   5.1 Update Date:     

Reason for SOP Change:     New Version #:  

5.2 Update Date Reason for SOP Change New Version #: 

 6.0 Definitions 

Any  standard  defined  term  specifically  used  in  the  Pharmacology  and Toxicology  Core  Facilities’  SOP.  These  are  terms  that  carry  a  unique  Core Facility  definition  that  is  pertinent  to  proper  SOP  understanding  and implementation. A list of terms and definitions is maintained to allow Users a quick  and  efficient  reference.  Listed  below  are  common Pharmacology  and Toxicology Core Facility terms. New common terms are to be approved and added, with definition, to the term reference guide.   a.  SOP  Standard  Operating  Procedure,  which  is  a  standard  guide  that officially standardizes the process of control, maintenance and ownership of the Bio‐Tek µQuant Microplate  Spectrophotometer.  The  SOP number  stand for (xxx . xxx . xxx) equipment number . room number . SOP version number.  b. Originator / Author  The  individual  representing  the Pharmacology and Toxicology Core Facilities that created SOP: 15928.B446.001.  c.  Stakeholder  Any  individual  that  uses  the  Bio‐Tek  µQuant  Microplate Spectrophotometer,  including  the  Pharmacology  and  Toxicology  Core Facilities Department.   

Pharmacology & Toxicology Core Facilities    SOP #:15928.B446.001      Version #:  

Author: J. Thompson & T.  Szasz  Page      of  8  Approval Date:      

8 

d.  New  User  An  individual  who  has  not  completed  the  requirements  of section 4.0.  e. Approved User An  individual who uses or performs the task of which  is the  subject  of  the  SOP  and  has  fulfilled  section  4.0.  This  title may  only  be given  by  the  Equipment  Champion  and  /  or  the  Pharmacology  and Toxicology Core Facilities Manager.   f. Champion An  individual whose direct expertise with the Bio‐Tek µQuant Microplate  Spectrophotometer  has  been  recognized  by  the  Pharmacology and Toxicology Core Facilities Committee. The Pharmacology and Toxicology Core Facility Committee may only award the champion title.   

7.0 Appendix The  below  signatures  and  dates  are  required  for  full  SOP  approval  and implementation.   This SOP was written by:        Janice Thompson _________________________________    Theo Szasz ________________________________________ 

 This SOP was reviewed by:       Dr. Stephanie Watts ______________________________  This SOP was authorized by:    Dr. J.R. Haywood __________________________________    Issue Date: _____________________________________