DE PlexTyper Software - bag-diagnostics.com · o View Results: Zeigt vorherige Tests mit...

DE

PlexTyper Software

IVD

Gebrauchsinformation Elektronische Gebrauchsinformation siehe www.bag-diagnostics.com

Version: 3.X-1/2020

HISTORIE Version Datum Gültig für Beschreibung

1 12.08.2020 PlexTyper 3.4.0.0 Erste Version zur Interpretation der ERY Q

und HISTO TYPE Rainbow Kits

http://www.bag-diagnostics.com/

BAG Diagnostics GmbH PlexTyper Software Gebrauchsinformation: 3.X-1/2020

Seite| ii

INHALT 1 Einleitung ................................................................................................................................................... 1

Grenzen der Software............................................................................................................................ 1

2 Voraussetzungen ....................................................................................................................................... 1

Hardwareanforderungen ....................................................................................................................... 1

Betriebssystem und Umgebung ............................................................................................................ 1

3 Plextyper Software Struktur ...................................................................................................................... 1

Patienten, Proben und Ergebnisse ........................................................................................................ 1

Kit files ................................................................................................................................................... 1

4 Installation und Datenbank-Verwaltung .................................................................................................... 2

PlexTyper Installation ............................................................................................................................ 2

Datenbank ............................................................................................................................................. 2

5 Starten der Plextyper Software .................................................................................................................. 2

6 Einrichten der Software ............................................................................................................................. 2

Aktivierung des Lizenzschlüssels ........................................................................................................... 2

Login ...................................................................................................................................................... 3

Startbildschirm ...................................................................................................................................... 3

Benutzer hinzufügen und Rollen zuordnen ........................................................................................... 4

Passwort ändern .................................................................................................................................... 5

Kits importieren, anschauen und aktualisieren ..................................................................................... 5

7 Erstellung von Tests und Interpretation: HLA Typisierung ....................................................................... 7

Hinzufügen von Patienten- und Probeninformation, einem Test und Vorbereitung eines Laufes ....... 7

Transfer der Daten vom CFX Cycler in PlexTyper .................................................................................. 9

Auswertung von HLA Ergebnissen ....................................................................................................... 11

7.3.1 Berechnung positiver bzw. negativer Reaktionen und der Qualitätskennzahl (Quality Score) durch PlexTyper ............................................................................................................................................ 11

7.3.2 Ergebnis-Histogramm ................................................................................................................. 12

7.3.3 Beurteilung der Amplifikation (Data Review): Cq Quotienten und Fluoreszenz anzeigen ......... 14

Werkzeuge zur Interpretation ............................................................................................................. 15

7.4.1 Eine Zuordnung für eine Reaktion ändern .................................................................................. 15

7.4.2 Alle positive Allele für einen Reaktionsmix anzeigen ................................................................. 16

7.4.3 Ergebnisse mit Mismatchen anzeigen ................................................................................................. 17

7.4.4 Reaktionsmuster für Allele suchen ............................................................................................. 18

7.5 Darstellung der Ergebnisse ......................................................................................................................... 20

7.5.1 Uneindeutige Ergebnisse beurteilen ................................................................................................... 21

7.5.2 Darstellung der DP Ergebnisse ............................................................................................................ 22

7.6 Berichte und Exporte ........................................................................................................................... 24

8 Erstellung von Tests und Interpretation: Blutgruppentypisierung .......................................................... 26

Hinzufügen von Patienten- und Probeninformation, einem Test und Vorbereitung eines Laufes ..... 26

Transfer der Daten vom CFX Cycler in PlexTyper ................................................................................ 29

Interpretation Blutgruppen ................................................................................................................. 32

8.3.1. Berechnung positiver bzw. negativer Reaktionen und der Qualitätskennzahl (Quality Score) durch PlexTyper ............................................................................................................................................ 32

8.3.2 Ergebnis-Histogramm ................................................................................................................. 33

8.3.3 Beurteilung der Amplifikation (Data Review): Cq Quotienten und Fluoreszenz anzeigen ......... 35

Werkzeuge zur Interpretation ............................................................................................................. 37

8.4.1 Zuordnung für eine Reaktion ändern .......................................................................................... 37

8.4.2 Alle positiven Allele für einen Reaktionsmix anzeigen ............................................................... 37

8.4.3 Reaktionsmuster für Allele suchen ............................................................................................. 37

Darstellung der Ergebnisse .................................................................................................................. 38

Berichte und Exporte ........................................................................................................................... 39

9 Literatur ................................................................................................................................................... 41


Seite 1

1 EINLEITUNG

Dieses Dokument enthält Anweisungen für die Installation und die Verwendung der PlexTyper

Software. Die PlexTyper Software wurde für die Interpretation und die Verwaltung von HLA und

Blutgruppen Ergebnissen entwickelt, die mit den ERY Q und HISTO TYPE Rainbow Real-Time Kits

generiert wurden.

Grenzen der Software Die PlexTyper Software soll Personal mit Erfahrung in der HLA und Blutgruppen Bestimmung bei der

Auswertung unterstützen, indem sie Typisierungsergebnisse vorschlägt. Jeder klinische oder

diagnostische Befund muss jedoch zur Sicherstellung der Korrektheit von einer erfahrenen Person

sorgfältig geprüft werden.

2 VORAUSSETZUNGEN

Hardwareanforderungen Diese Anwendung läuft auf den meisten modernen PCs. Es wird jedoch empfohlen, dass folgende

Mindestvoraussetzungen erfüllt sind:

• Minimum 4 GB RAM (8 GB empfohlen)

• Eine minimale Bildschirmauflösung von 1920 x 1080

• Einen dual core 2Ghz Prozessor

• Ausreichend Speicherplatz für die Datenbank (jede Datenfile benötigt 208 KB Speicherplatz

und eine HLA Arbeitsliste benötigt ca. 30 MB in der Datenbank)

Betriebssystem und Umgebung Die PlexTyper Anwendung wurde für folgende Umgebung entwickelt:

• Betriebssystem Windows 10 (nur 64 Bit)

• .Net Framework (ist normalerweise bereits installiert und wird mit dem Betriebssystem

aktualisiert) als Ausführungsumgebung– die letzte Version, welche durch das

Betriebssystem unterstützt wird, wird als minimale Voraussetzung angesehen

• Die Software benötigt Zugang zu einem MS SQL Databank-Server, Edition SQL Express 2017.

3 PLEXTYPER SOFTWARE STRUKTUR

Patienten, Proben und Ergebnisse Die PlexTyper Anwendung speichert Probeninformationen und optional Patienteninformationen,

die mit einer Probe verknüpft sind. Die Ergebnisse einer Probe werden ebenfalls verknüpft und

abgespeichert.

Kit files Verschiedene Kit Files können in der Software gespeichert werden; jede Lot kann unterschiedliche

(aktualisierte) Kit Files haben.

Ein Kit File definiert wie ein Reaktionsmix mit den verschiedenen Allelen reagiert und legt die

positiven und negativen Grenzwerte für jede Reaktion innerhalb der Multiplex PCR fest.

Es beinhaltet auch vorberechnete Allelkombinationen und zugehörige Reaktionsmuster.


Seite 2

4 INSTALLATION UND DATENBANK-VERWALTUNG

PlexTyper Installation PlexTyper kann vom BAG Downloadserver heruntergeladen werden. Zur Installation der

Anwendung muss das Setup.exe Programm heruntergeladen und gestartet werden. Es wird keine

Konfiguration für die Installation benötigt. Alle benötigten Voraussetzungen (.NET Framework und

SQL Server) werden automatisch installiert.

Datenbank PlexTyper nutzt SQL Server als Datenbank-Server. SQL Server Express 2017 wird mit der Installation

zur Verfügung gestellt. Mit der 2017 Express Version ist die Größe der Datenbank auf 10 GB

begrenzt. Der Server kann im “User Instance” Modus konfiguriert werden. Die Datenbank kann an

einer beliebigen Stelle auf dem PC gespeichert werden.

5 STARTEN DER PLEXTYPER SOFTWARE

Die Installation der Anwendung richtet eine Verknüpfung auf dem Desktop des Computers und im

Windows Start Menü ein. Doppelklicken auf eine der beiden Verknüpfungen öffnet die Anwendung.

Beim Starten versucht die Anwendung eine Verbindung zur lokalen Datenbank herzustellen. Auf

dem Bildschirm wird der aktuelle Verlauf angezeigt. Die Anzeige kann möglicherweise hinter bereits

geöffneten Fenstern angezeigt werden.

6 EINRICHTEN DER SOFTWARE

Aktivierung des Lizenzschlüssels Wird PlexTyper das erste Mal geöffnet, muss der Lizenzschlüssel zunächst aktiviert werden. Der

Zugangscode wird auf Anfrage von der BAG Diagnostics per E-Mail bereitgestellt.

Klicken Sie auf „Aktivieren Sie Ihre Lizenz“ und folgen den Schritt-für-Schritt Anweisungen. Als

erstes kann zwischen Online oder Offline (z.B. mit QR Code) Aktivierung gewählt werden.

Anschließend wird nach den persönlichen Daten zur Registrierung gefragt. Dies hilft der BAG

Diagnostics, Sie über Updates oder andere wichtige Informationen zu informieren. Im letzten Schritt

muss der Lizenzschlüssel eingegebenen und die PlexTyper Software aktiviert werden.


Seite 3

Login Die Anwendung wird mit einem Standard-Administrator-Benutzer zur

Verfügung gestellt. Das Login für diesen Anwender erfolgt mit “Admin”

und dem Passwort “111111”.

Die Eingabe der Benutzerdaten wird entweder über Enter oder den „OK“

Button bestätigt, wonach die PlexTyper Software startet und ein eigenes

Benutzerkonto erstellt werden kann.

Startbildschirm Der Startbildschirm beinhaltet folgende

Hauptfunktionen:

• Start: Öffnet das Menü

o Add Test: Kit Files einlesen und neue

Proben erstellen

o View Results: Zeigt vorherige Tests mit

Ergebnissen

o View plates with no associated results:

Zeigt bereits erstellte Tests ohne

Ergebnisse

o Add/Edit User: Neuerstellung oder

Editierung von Benutzern und Zuordnen

von Rollen

o Edit Kit Releases: Alle importierten Kit

Files werden hier angezeigt und Kits,

welche nicht länger verwendet werden,

können archiviert werden.

• About: Anwendungsinformationen

• Account: Eigenes Passwort ändern


Seite 4

Benutzer hinzufügen und Rollen zuordnen Auf dem Startbildschirm Add/Edit User auswählen. Die Felder mit dem* sind obligatorisch, um

einen neuen Benutzer anzulegen.

1. Benutzerinformationen ausfüllen: Der Username ist der einzigartige Name für den Login des

Benutzers.

2. Rollen: Aus der Drop-down Liste auswählen.

• Admin: Kann die Software und die Benutzer zusätzlich zu allen anderen Funktionen

verwalten.

• Supervisor: Kann die meisten Aufgaben ausführen; Proben hinzufügen, Läufe einlesen,

Ergebnisse analysieren und Ergebnisse freigeben.

• Technician: Kann die meisten Aufgaben ausführen; Proben hinzufügen, Läufe einlesen

und Ergebnisse analysieren.

3. Den „Save“ Knopf anklicken

4. Jetzt kann man sich mit dem neuen Benutzeraccount einloggen


Seite 5

Passwort ändern 1. “Account” auswählen

2. Das aktuelle und das neue Passwort eingeben

3. Den “Save” Knopf anklicken, um das Passwort zu ändern

4. “Start” auswählen, um zum Startbildschirm zurückzukehren

Kits importieren, anschauen und aktualisieren Die Kit Files werden als .kit Datei zur Verfügung gestellt. Die Dateien beinhalten Kit-Lot spezifische

Informationen. Es ist sehr wichtig, den korrekten Kit File für das physikalisch verwendete Kit zu

verwenden. Die Lot Nummer des physikalischen Kits muss mit der Lot Nummer des Kit Files

übereinstimmen. Die Kit Files definieren die Amplifikations-Grenzwerte und die Spezifitäten der

individuellen PCR.

Es muss immer die aktuellste KSI Version des Kit Files verwendet werden. KSI ist die Kit Spezifische

Information – eine Änderung der KSI bedeutet eine Änderung in der Reaktivität der Datei, welche

auf Grund von neuen Informationen oder der Korrektur eines Fehlers vorgenommen worden ist.

Wenn eine neue KSI vorliegt, wird der Benutzer per E-Mail informiert und der neue Kit File wird im

Download-Bereich der BAG Diagnostics Website zur Verfügung gestellt.

Um einen Kit File einzulesen, muss dieser zunächst auf der Seite http://service.bag-diagnostics.com

heruntergeladen werden. Diese liegen unter dem Abschnitt Kit Files HISTO TYPE Rainbow oder

ERY Q. Der Kit File muss auf dem Computer, auf welchem auch die PlexTyper Software installiert

ist, oder auf einem USB Stick gespeichert werden.

http://service.bag-diagnostics.com/


Seite 6

Add Test Knopf anklicken.

Load Kit Knopf auswählen (siehe roter Pfeil).

Speicherort auswählen und gewünschten Kit File anklicken.

Die Software lädt nun die Datei in die Datenbank und die Inhalte werden angezeigt.


Seite 7

7 ERSTELLUNG VON TESTS UND INTERPRETATION: HLA TYPISIERUNG

Hinzufügen von Patienten- und Probeninformation, einem Test und Vorbereitung eines Laufes

Um einen Test zu erstellen kann entweder eine Person angelegt werden oder nur eine Probe ohne

eine dazugehörige Person.

Um einen Test für das HISTO TYPE Rainbow Kit zu erstellen auf „Add Test“ im Startbildschirm klicken.

Das Setup Fenster öffnet sich:

Es ist möglich einen Test nur mit einer

Probeninformation laufen zu lassen,

welche bei ‘Sample ID 1’ eingegeben

werden muss; für diesen Vorgang muss

ein Häkchen bei ‘No Person’ gesetzt sein.

Die Sample ID 1 ist obligatorisch und muss

einzigartig sein. Die zweite Sample ID und

die weiteren Informationen sind optional.

Wenn zusätzlich eine Person hinterlegt werden soll, muss das Häkchen aus dem Kasten ‘No Person’

entfernt werden. Damit werden die Felder für die Personendaten aktiviert.


Seite 8

Es müssen Informationen zur Person in das

Formblatt eingetragen werden. Die Person

ID 1 * ist obligatorisch. Die Person ID 1 muss

einzigartig sein und ist häufig die

Patientennummer. Es ist ebenfalls

verpflichtend, eine Probenidentifikation

(Sample ID 1) in das Probenformblatt

einzugeben.

Die anderen Felder sind optional.

Um einen Test durchzuführen muss zunächst ein Kit File aus der Liste auf der rechten Seite

ausgewählt werden. Dann wird der Add test Knopf aktiv und kann angeklickt werden, um den Test

zum Plattenlayout hinzuzufügen:

The Add Test and Remove Test buttons are used for kits or assays smaller than 48 reactions such as

the ERY Q kits, they are not active for 96 well kit options like HISTO TYPE Rainbow kit.

Mit dem Remove Test Knopf kann der

Test wieder entfernt werden. Mit dem

Save&Next Knopf wird der Test

gespeichert, um mit dem Lauf fortzufahren.

1. Kit File auswählen

2. Add test Knopf drücken


Seite 9

Beim Speichern des Tests ordnet die PlexTyper Software dem Test eine Run ID zu, die in dem sich

nun öffnenden Ergebnisfenster in Rot angezeigt wird. Diese ist eine fortlaufende Nummer (PT1, PT2,

PT3…), die zur Identifizierung des Laufs auf dem Cycler und zur Verknüpfung der Ergebnisse mit den

Tests nach dem Lauf verwendet wird. Nachdem ein Test gespeichert wurde, wird die PCR

entsprechend der Gebrauchsinformation für das HISTO TYPE Rainbow Kit angesetzt. Der Name des

Laufs (Run File Name) auf dem CFX Real-time Cycler muss mit der Run ID als Präfix beginnen (z.B.

PT1_<filename>.xlsx). Dies ist notwendig, um die Ergebnisdatei importieren zu können und mit dem

zuvor abgespeicherten Test zu verbinden.

Transfer der Daten vom CFX Cycler in PlexTyper

Um die Daten zu exportieren, müssen diese in der CFX Software geöffnet und als Excel 2007 (.xlsx)

Datei exportiert werden:


Seite 10

Hinweis: Nur die Datei mit der Bezeichnung “Quantification

Amplification Results” wird benötigt. Es ist sinnvoll, die anderen

Dateien zu löschen.

Platten ohne verknüpfte Ergebnisse ansehen / View plates with no associated results: Wenn die

zu importierende Probe in PlexTyper noch geöffnet ist, ist dieser Schritt nicht notwendig. Wenn

PlexTyper geschlossen ist, die PlexTyper Software öffnen und die Rohdaten importieren. Dafür vom

Startbildschirm im Abschnitt Plates / View plates with no associated results auswählen. Eine Liste

mit allen gespeicherten Tests, die noch nicht mit Rohdaten verknüpft sind, wird nun geöffnet. Es

gibt ein globales „Suche“ Feld über der Tabelle, um die gesamte Tabelle zu durchsuchen.

Doppelklicken auf den zu interpretierenden Test

öffnet das Ergebnisfenster wieder. Dann auf Import

File klicken und die Datei auswählen, die vom CFX

Cycler importiert werden soll.

Das Laden und Verarbeiten der Daten kann bis zu

einer Minute dauern - in der linken unteren Ecke des

Bildschirms wird der Fortschritt angezeigt.

Anschließend werden die Ergebnisse ausgegeben.

Bereits importierte Ergebnisse können vom Startbildschirm aus durch Klicken auf View Results

unter Plates geöffnet werden. Eine Liste mit Ergebnissen wird angezeigt, aus denen per Doppelklick

ausgewählt werden kann. Auch hier ist eine Suche verfügbar.

Suche

Suche


Seite 11

Auswertung von HLA Ergebnissen

7.3.1 Berechnung positiver bzw. negativer Reaktionen und der Qualitätskennzahl (Quality

Score) durch PlexTyper

Damit eine Reaktion von der PlexTyper Software als positiv bewertet wird, müssen die Ergebnisse

für drei Parameter innerhalb bestimmter Grenzwerte liegen. Diese Grenzwerte werden während

der Qualitätskontrolle für jede Reaktion und jeden Farbkanal individuell festgelegt.

1) Die Daten für die Cq Quotienten müssen innerhalb der vordefinierten oberen und unteren

Grenzwerte liegen. Der Cq Quotient ist der Cq der Zielsequenz (Allel) dividiert durch den Cq

der internen Amplifikationskontrolle.

2) Die Werte müssen über der vordefinierten Schwelle für die finale Fluoreszenz liegen. Dies

ist die Fluoreszenz, die eine Reaktion im letzten Zyklus der PCR erreicht.

3) Die Amplifikationskurve muss statistisch nahe an einer idealen sigmoidalen Funktion für die

Real-time PCR liegen. Dieser Parameter reduziert die Wahrscheinlichkeit, dass

Fluoreszenzartefakte als echte Amplifikationen fehlinterpretiert werden.

Allen positiven und negativen Reaktionen wird eine Qualitätskennzahl (QS-Wert) zugeordnet. Alle

positiven Reaktionen haben einen QS-Wert zwischen +10 und 0, alle negativen Reaktionen einen

QS-Wert 0 und -10.

Je näher ein QS-Wert bei 0 liegt desto näher liegt er an

den Grenzwerten für die oben genannten Parameter.

QS-Werte von +10 stellen perfekt positive und QS-

Werte von -10 perfekt negative Reaktionen dar. Ein

QS-Wert zwischen 0 und -1 für eine negative Reaktion

ist mit höherer Wahrscheinlichkeit falsch-negativ als

eine Reaktion mit einem stärker negativen Wert.

Wenn eine positive Reaktion einen QS-Wert unter 3

hat, ist dies ein Hinweis auf eine schwache -

möglicherweise falsch-positive – Reaktion. Der QS-

Wert kann für den Anwender hilfreich sein, um

Reaktionen zu identifizieren, die manuell geändert

werden müssen, wenn der angegebene Genotyp

fraglich ist oder kein Ergebnis für einen Genort

gefunden wurde.

Die Qualitätskennzahlen geben nützliche Hinweise welche Daten geprüft werden sollen, wenn eine

Überprüfung der automatischen Zuordnungen erforderlich ist. Qualitätskennzahlen, die im

Ergebnis-Histogramm nahe Null liegen, zeigen an, dass die Ergebnisse nahe an den Grenzwerten für

einen oder mehrere der oben genannten Parameter liegen.

10

9

8

7

6

5

4

3

2

1

0

0

-1

-2

-3

-4

-5

-6

-7

-8

-9

-10

Negative

Reaktionen

Positive

Reaktionen

Schwache Reaktionen nahe

an den Grenzwerten

Wenig oder keine

Amplifikation, falsch-

negative unwahrscheinlich

Keine Amplifikation

deutlich positive

Reaktionen, falsch-positive

unwahrscheinlich

Ideale positive Reaktionen


Seite 12

7.3.2 Ergebnis-Histogramm

Das Ergebnis-Histogramm zeigt alle Reaktionen für einen Test.

In der Standardeinstellung sind die Reaktionen von positiv zu negativ nach

dem QS-Wert sortiert. Alternativ können sie nach der Reaktionsnummer

sortiert werden. Die Reaktionsgefäße sind von A1 = 1, A2 =2 bis H12 = 96

durchnummeriert.

Die Farbe der Balken zeigt den Farbkanal an, in dem die Reaktion detektiert wird.

Der grüne Balken über dem Histogramm repräsentiert die interne Amplifikationskontrolle. Wenn

diese ausfällt wird das Feld weiß und enthält ein “-“. Die Schaltflächen in der rechten

oberen Ecke können zum Vergrößern oder Verkleinern des Histogramms verwendet werden.

Ergebnis der internen

Amplifikationskontrolle

t

Reaktion und Positionsnummer

Zuordnung: pos./neg.

QS-Wert der spezifischen Reaktion

Positive Ergebnisse mit niedrigem QS- Wert Negative Ergebnisse mit niedrigem QS-

Wert


Seite 13

Bewegen der Maus über die Balken im Histogramm öffnet ein

Fenster mit zusätzlichen Informationen, z.B. dem QS-Wert:

Über dem Histogramm befindet sich eine Zusammenfassung („Summary“) für alle Genorte mit

niedriger Auflösung (Ein-Feld-Auflösung) und eine Liste der positiven Reaktionen („Positives“).

Darüber befindet sich eine Liste mit Schaltflächen zum Ein- und Ausblenden der zur Bearbeitung

angezeigten Genorte:

Im oberen Bereich des Fensters, über der Allel-Suchfunktion, befinden sich Funktionen zum Filtern

und zum Ändern der Allel-Darstellung. In der Standardeinstellung ist der CWD Filter ausgewählt, der

alle häufigen (dargestellt in grün) und alle gut dokumentierten (dargestellt in blau) Allele enthält.

Die CWD Liste basiert auf dem CWD 2.0.0 Katalog (Mack et al. 2013), aber einige Einträge wurden

aufgrund neuerer Sequenzdaten geändert (siehe vollständige Liste im Anhang 1). Der „Common“

Filter reduziert die angezeigten Allele auf die häufigen Allele. Wenn „All“ ausgewählt wird, werden

alle Allele inklusive der seltenen (dargestellt in grau) angezeigt. Die Filter werden auch auf die

Ergebnisdarstellung (siehe Kapitel 7.5) im rechten Fenster des Bildschirms und auf die Berichte

angewendet. Wenn „Concatenate alleles“ aktiviert wird, wird die Liste der Allele verkürzt indem

aufeinanderfolgende Allelnummern mit einem Bindestrich dargestellt werden (z.B. A*24:02:06-11).

In den Standardeinstellungen sind die Ergebnisse im Histogramm in niedriger Auflösung

zusammengefasst. Drücken des Knopfes erweitert die Ergebnisse und zeigt die

Allelkombinationen mit den jeweiligen Reaktionsmustern. Durch Bewegen der Maus über die

Allelkombination wird eine vollständige Liste der Allele angezeigt, die sehr lang sein kann wenn der

„All“ Filter ausgewählt ist.


Seite 14

7.3.3 Beurteilung der Amplifikation (Data Review): Cq Quotienten und Fluoreszenz anzeigen

Ein Doppelklick auf den Balken im Histogramm zeigt die Fluoreszenz und den Cq Quotienten der

ausgewählten Reaktion im Vergleich zu vorherigen Ergebnissen.

Hinweis: Das Öffnen des Datenfensters verhindert die Verwendung der Funktionen des

Hauptprogramms. Das Fenster muss geschlossen werden, um die Bedienung des Hauptprogramms

zu reaktivieren.

Diese Daten helfen bei der Einschätzung der Qualität eines Ergebnisses und können als

Entscheidungshilfe beim Editieren von zum Beispiel kritischen Reaktionen verwendet werden. Der

Cq Quotient ist auf der X-Achse dargestellt und die finale Fluoreszenz auf der Y-Achse. Grüne Punkte

zeigen frühere positive Ergebnisse mit Cq Quotienten und Fluoreszenz-Werten, die innerhalb der

geforderten Spezifikationen liegen, an. Rote Punkte zeigen frühere Testergebnisse mit negativen

Reaktionen an. Das blaue Dreieck repräsentiert die aktuell ausgewählte Reaktion. Die roten

gestrichelten Linien entsprechen den von PlexTyper verwendeten Grenzwerte zur Bestimmung

positiver und negativer Reaktionen basierend auf der finalen Fluoreszenz und dem CQ Quotienten.

Positive Reaktionen befinden sich über dem Grenzwert für die finale Fluoreszenz und zwischen der

unteren und der oberen Grenze für den CQ Quotienten. Anklicken des blauen Dreiecks im

Datendiagramm zeigt die Amplifikationskurven aus den Rohdaten für diese Reaktion (Zielsequenz

und interne Amplifikationskontrolle).


Seite 15

Wichtiger Hinweis: Eine visuelle Interpretation der Amplifikationskurven mit dem Zweck der

Bearbeitung einer Reaktion wird nicht empfohlen. Viele Reaktionen zeigen eine scheinbar

befriedigende Amplifikation, liegen aber außerhalb der Grenzwerte und sollten als falsch-positive

Reaktionen bewertet werden. Die Überprüfung der PlexTyper Grenzwerte im Datendiagramm ist

die empfohlene Methode um individuelle Reaktionen zu bearbeiten.

Werkzeuge zur Interpretation In PlexTyper stehen einige Werkzeuge zur Verfügung, die nützlich sein können, wenn die

automatische Interpretation kein Ergebnis findet oder ein seltenes Ergebnis vorliegt, das überprüft

werden sollte.

7.4.1 Eine Zuordnung für eine Reaktion ändern

Alle Änderungen durch den Anwender werden protokolliert und im Audit Trail im Ergebnisbericht

angezeigt. Mit einem rechten Mausklick auf den entsprechenden Balken im Histogramm kann eine


Seite 16

Vorschau auf die Auswirkungen einer Änderung der Reaktion geöffnet werden (Preview effect of

change).

Zwei Optionen werden angezeigt. Preview effect of change from + to 0 (oder umgekehrt)

auswählen, um anzuzeigen wie das Ergebnis nach der Änderung aussehen würde. Dann entweder

Change auswählen, um das Ergebnis zu ändern, oder Cancel um die Änderung zu verwerfen.

Eine geänderte Reaktion wird im Histogramm rot dargestellt wie unten gezeigt. Wenn eine Reaktion

noch einmal geändert wird, bleibt sie hervorgehoben auch wenn die ursprüngliche Zuordnung

wiederhergestellt wurde.

7.4.2 Alle positive Allele für einen Reaktionsmix anzeigen

Diese Funktion kann nützlich sein, wenn kein plausibles Ergebnis gefunden wurde oder wenn eine

Reaktion nicht in ein Reaktionsmuster passt und überprüft werden soll, welche anderen Allele mit

diesem Mix reagieren.

Mit einem rechten Mausklick auf den Balken im Histogramm wird die Option “Allele mit positiver

Reaktion anzeigen“ (Show Alleles with Positive Calls) geöffnet. Da die Liste der Allele sehr lang sein

kann, wenn alle Allele berücksichtigt werden, sollte diese Funktion am besten in Kombination mit


Seite 17

dem Common oder CWD Filter verwendet werden. Beim Anzeigen aller Allele für einen Genort mit

vielen Allelen kann die Generierung der Ergebnisse mehrere Minuten dauern.

Die Liste der Allele wird mit dem kompletten Reaktionsmuster im Histogramm angezeigt. Die Allele

werden nach dem Reaktionsmuster sortiert angezeigt. Die Anzeige kann mit einen erneuten rechten

Mausklick auf den Balken und auswählen von “Allele mit positiver Reaktion entfernen“ (Clear alleles

with Positive Calls) entfernt werden.

7.4.3 Ergebnisse mit Mismatchen anzeigen

Wenn die Software keine Ergebnisse anzeigt oder weitere mögliche Ergebnisse geprüft werden

sollen, können Ergebnisse mit einem, zwei oder drei Mismatches im Reaktionsmuster angezeigt

werden, indem die gewünschte Anzahl Mismatches aus der Dropdown-Liste gewählt wird.

Die Software sucht dann nach allen möglichen

Ergebnissen, wenn eine, zwei oder drei Reaktionen

falsch-positiv oder falsch-negativ wären.

Mismatches werden im Reaktionsmuster unter

dem Histogramm in Rot angezeigt.

Es werden nur Ergebnisse mit der ausgewählten Anzahl Mismatches angezeigt, d.h. Ergebnisse mit

keinem oder einem Mismatch werden nicht angezeigt, wenn zwei Mismatches ausgewählt ist.


Seite 18

7.4.4 Reaktionsmuster für Allele suchen

Über die “Suche” (Search) Funktionen im oberen Teil des Ergebnisfensters können Suchen nach

Reaktionsmustern für drei verschiedene Allele durchgeführt werden. Wenn mehr Reaktionsmuster

benötigt werden, können die vorhandenen Suchen überschrieben werden. Wenn der Anfang eines

Allels in das Suchfeld eingetippt wird, liefert die Autofill Funktion eine Dropdown-Liste zum

Auswählen passender Allele. Die Liste hängt vom ausgewählten Allelfilter ab.

Die Suchen und Löschen Knöpfe auf der rechten Seite dienen zum Anwenden der Suche und zum

Entfernen der Suchergebnisse. Die Reaktionsmuster der ausgewählten Allele werden über den

Ergebnissen und unter dem Histogramm angezeigt und können mit den gefundenen Reaktionen

verglichen werden.

Suchen Löschen


Seite 19


Seite 20

7.5 Darstellung der Ergebnisse Auf der rechten Seite des Bildschirms werden die Ergebnisse in einer Tabelle angezeigt, die folgende

Angaben enthält: Ergebniszusammenfassung in niedriger Auflösung (Ein-Feld-Auflösung), Genotyp

als komplette Liste möglicher Allele (spiegelt den gewählten Filter wider), angenommener Phänotyp

(serologische Äquivalent) und den Status der Bestätigung (Approval). Aus dieser Tabelle können die

Ergebnisse mit dem Exportieren Knopf in eine Textdatei exportiert werden und es kann mit dem

Bericht erstellen Knopf ein PDF-Bericht erstellt werden.

Exportieren Bericht erstellen


Seite 21

Im Feld Kit-Kommentare Kit Comments werden von der Software generierte Kommentare bezüglich

der Effizienz des Tests angezeigt. In einem weiteren Feld unten im Fenster können Kommentare

vom Anwender eingetragen werden (User annotation of result). Zusätzlich wird eine Meldung

angezeigt, ob die Kontaminationskontrolle oder auch „no template control“ positiv oder negativ

reagiert hat (NTC FAILED oder NTC PASS).

Eine Negativkontrolle (NTC) dient als Kontaminationskontrolle. Wenn DNA oder kontaminierende

Amplifikate unbeabsichtigt in die NTC Reaktion hinzugefügt werden, führt dies zu einem positiven

Signal. Liegt der Cq unter 36 wird dies von der PlexTyper Software als mögliche Kontamination

erkannt und ein Warnhinweis wird erstellt. Amplifikationssignale mit einem höheren Cq als 36 in

der NTC werden als PCR Artefakte angesehen und nicht berücksichtig.

7.5.1 Uneindeutige Ergebnisse beurteilen

Ergebnisse werden als uneindeutig klassifiziert, wenn auf niedrigem Auflösungslevel (Ein-Feld) mehr als eine mögliche Kombination vorliegt (z.B. B*35 & B*51 oder B*53 & B*78 wie unten). Im Fall eines uneindeutige Ergebnisses wird dies in der Ergebnistabelle angezeigt (Ambiguous).

Anklicken des Ambiguous Knopfes öffnet ein Fenster mit den möglichen Allelkombinationen:

Eine der Optionen kann aufgrund der Häufigkeit der Allele oder aufgrund anderer zusätzlicher

Informationen ausgewählt werden. Ohne Auswahl einer möglichen Kombination werden im Bericht

alle möglichen Kombinationen in der Zusammenfassung angezeigt und alle Optionen werden wie

hier angezeigt in den Bericht übernommen. Das Drücken des Change Knopfes überträgt das

gewählte Ergebnis in die Zusammenfassung und in den Bericht.

Ausgewählte Option


Seite 22

Der rote Knopf mit dem Fragezeichen zeigt an, dass das angezeigte Ergebnis aus einer Liste

möglicher uneindeutiger Ergebnisse gewählt wurde. Mit einem rechten Mausklick auf diesen Knopf

eröffnet sich die Möglichkeit, diese Auswahl rückgängig zu machen (Undo selection (revert to

ambiguous)) oder die Optionen noch einmal anzusehen (View ambiguity options).

Uneindeutigkeiten werden basierend auf dem gewählten Allel-Filter bestimmt. Einige Ergebnisse

sind mit dem CWD Filter eindeutig – wie das unten – werden aber uneindeutig wenn alle Allele

einbezogen werden.

CWD Filter:

Zwei weitere Kombinantionen sind möglich für alle Allele, aber beide enthalten eine Liste mit nur

seltenen Allelen.

7.5.2 Darstellung der DP Ergebnisse

Die Nomenklatur für den DP Genort unterscheidet sich von der der anderen HLA-Genorte, weil die

meisten Allele nicht in serologische definierten Allelgruppen auf Ein-Feld-Ebene zusammengefasst

werden. Außerdem werden im HISTO TYPE Rainbow Kit Primer und Sonden verwendet, die

Bindungsstellen in den Exons 3, 4 und 5 haben, für die bei vielen (seltenen) Allelen keine Sequenzen

bekannt sind. Darum generiert die PlexTyper Software lange Ergebnislisten für DPB1 mit dem für

die anderen Genorte verwendeten Algorithmus – besonders wenn der All Filter verwendet wird.

Deshalb werden DPB1 Allele mit identischem Reaktionsmuster in den Kit Files in

Amplifikationsgruppen zusammengefasst. Für manche DPB1 Allelgruppen gibt es mehr als ein

Reaktionsmuster und es werden mehrere Amplifikationsgruppen gebildet, z.B. DPB1*01:02 G1 und


Seite 23

DPB1*01:02 G2. Wenn ein Allel ein einmaliges Reaktionsmuster hat, wird es nicht als

Amplifikationsgruppe benannt.

Wenn DPB1 für alle Allele analysiert wird, werden alle häufigen und seltenen Allele, die zu einer DP

Amplifikationsgruppe gehören angezeigt. Im Beispiel unten werden alle seltenen Allele angezeigt,

die zur DPB1*05:01 G1 Gruppe gehören, während DPB1*31:01:01:01 das einzige passende DPB1

Allel ist.

Zusätzlich werden die Aminosäure-Motive für die variablen Positionen in der Tasche F

(hypervariable Region 6, Position 84-97) und Tasche C (hypervariable Region 3, Position 55-57) in

der Serology Spalte für DPB1 aufgelistet. Es wird vermutet, dass diese Motive die serologischen

Epitope des DP Proteins bestimmen, möglicherweise zusammen mit der variablen Position 31 im

DPA1 Genort, der ebenfalls aufgeführt wird (Laux et al. 2003, Cano &Fernandez-Vina 2009,

Hollenbach et al. 2012, El-Awar et al. 2017).


Seite 24

7.6 Berichte und Exporte Durch Anklicken des Bericht erstellen Knopfes in der rechten

oberen Ecke des Ergebnis-Bildschirmes wird ein Bericht mit

dem gewählten Filter erstellt und angezeigt. Es ist möglich

auszuwählen, ob die positiven Reaktionen angezeigt werden

sollen (Print positive reactions) und die Historie (Audit Trail)

angezeigt werden soll (Print assay history (Audit trail)). Durch Drücken des Generate Report

Knopfes wird der Bericht generiert und im PDF-Format gespeichert.

Der Bericht enthält alle Informationen zur Person und zur Probe, die Zusammenfassung der

Ergebnisse und die angenommenen Phänotypen, die detaillierten Ergebnisse mit allen

Allelkombinationen (entsprechend des gewählten Filters), die positiven Reaktionen inklusive

Informationen über ausgefallene interne Amplifikationskontrollen und den Audit Trail (Historie).

Mit dem Exportieren Knopf können die Ergebnisse in eine Textdatei exportiert werden. Es muss ein

Speicherort und ein Dateiname bestimmt werden, dann den Export Knopf drücken. Das NHSBT

Format ist noch nicht funktional und sollte nicht ausgewählt sein.


Seite 25

Die Datei enthält die Probennummer, das Ergebnis und den verwendeten Kit File:

Exportieren


Seite 26

8 ERSTELLUNG VON TESTS UND INTERPREATATION: BLUTGRUPPENTYPISIERUNG

Hinzufügen von Patienten- und Probeninformation, einem Test und Vorbereitung eines Laufes

Um einen Test zu erstellen kann entweder eine Person angelegt werden oder nur eine Probe ohne

eine dazugehörige Person.

Um einen Test für die ERY Q Kits zu erstellen auf Add Test im Startbildschirm klicken. Das Setup

Fenster öffnet sich:

Es ist möglich einen Test nur mit

Probeninformationen laufen zu lassen,

welche bei ‘Sample ID 1’ eingegeben

werden müssen; für diesen Vorgang muss

ein Häkchen bei ‘No Person’ gesetzt sein.

Die Sample ID 1 ist obligatorisch und muss

einzigartig sein. Die zweite Sample ID und

die weiteren Informationen sind optional.

Wenn eine Person angelegt werden soll, muss das Häkchen aus dem Kasten ‘No Person’ entfernt

werden. Damit werden die Felder für die Personendaten aktiviert.


Seite 27

Es müssen Informationen zur Person in das

Formblatt eingetragen werden. Die Person

ID 1 * ist obligatorisch. Die Person ID 1 muss

einzigartig sein und ist häufig die

Patientennummer. Es ist ebenfalls

verpflichtend, eine Probenidentifikation in

das Probenformblatt einzugeben.

Die anderen Felder sind optional.

Um einen Test durchzuführen muss zunächst ein Kit File aus der Liste auf der rechten Seite

ausgewählt werden. Dann wird der Add test Knopf aktiv und kann angeklickt werden, um den Test

zum Plattenlayout hinzuzufügen:

:

The Add Test and Remove Test buttons are used for kits or assays smaller than 48 reactions such as

the ERY Q kits, they are not active for 96 well kit options like HISTO TYPE Rainbow kit.

Mit dem Remove Test Knopf kann der Test wieder entfernt werden. Mit dem Save&Next Knopf

wird der Test gespeichert, um mit dem Lauf fortzufahren.

Auf Grund der Standardeinstellung wird der Test automatisch auf Position 1 gesetzt.

2. Add test Knopf drücken

1. Kit File auswählen


Seite 28

Der Test kann manuell auf jede beliebige Position verschoben werden. Hierzu muss der Test doppelt

angeklickt und auf die gewünschte Position verschoben werden.

Um den Test auf der neuen Position zu sichern, erneut doppelklicken. Alle unterschiedlichen ERY Q

Kits können in einem Lauf kombiniert werden.

Beim Speichern des Tests ordnet die PlexTyper Software dem Test eine Run ID zu, die in dem sich

nun öffnenden Ergebnisfenster in Rot angezeigt wird. Diese ist eine fortlaufende Nummer (PT1, PT2,

PT3…), die zur Identifizierung des Laufs auf dem Cycler und zur Verknüpfung der Ergebnisse mit den

Tests nach dem Lauf verwendet wird. Nachdem der Test gespeichert wurde, wird die PCR

entsprechend der Gebrauchsinformation für die ERY Q Kits angesetzt. Der Name des Laufs (Run File

Name) auf dem CFX Real-time Cycler muss mit der Run ID als Präfix beginnen (z.B.

PT1_<filename>.xlsx). Dies ist notwendig, um die Ergebnisdatei zu importieren und wieder mit dem

Test zu verbinden.


Seite 29

Transfer der Daten vom CFX Cycler in PlexTyper

Um die Daten zu exportieren, müssen diese mit der CFX Software geöffnet werden und als Excel

2007 (.xlsx) Datei exportiert werden:

Hinweis: Nur die Datei mit der Bezeichnung “Quantification

Amplification Results” wird benötigt. Es ist sinnvoll, die anderen

Dateien zu löschen.


Seite 30

Platten ohne verknüpfte Ergebnisse ansehen / View plates with no associated results: Wenn die

zu importierende Probe in PlexTyper noch geöffnet ist, ist dieser Schritt nicht notwendig. Wenn

PlexTyper geschlossen ist, die PlexTyper Software öffnen und die Rohdaten importieren. Dafür vom

Startbildschirm im Abschnitt Plates / View plates with no associated results auswählen. Eine Liste

mit allen gespeicherten Tests, die noch nicht mit Rohdaten verknüpft sind, wird nun geöffnet. Es

gibt eine globales Suche Feld über der Tabelle, um die gesamte Tabelle zu durchsuchen

Doppelklicken auf den zu interpretierenden Test öffnet das Ergebnisfenster wieder. Dann auf

Import File klicken und die Datei auswählen, die vom CFX Cycler importiert werden soll.

Suche


Seite 31

Anschließend erscheinen die Ergebnisse.

Bereits importierte Ergebnisse können vom Startbildschirm aus durch Klicken auf View Results

unter Plates geöffnet werden. Eine Liste mit Ergebnissen wird angezeigt, aus denen per Doppelklick

ausgewählt werden kann. Auch hier ist eine Suche verfügbar.

Suche

Diesen Balken benutzen, um

die Fenstergröße anzupassen


Seite 32

Interpretation Blutgruppen

8.3.1. Berechnung positiver bzw. negativer Reaktionen und der Qualitätskennzahl (Quality

Score) durch PlexTyper

Damit eine Reaktion von der PlexTyper Software als positiv bewertet wird müssen die Ergebnisse

für drei Parameter innerhalb bestimmter Grenzwerte liegen. Diese Grenzwerte werden während

der Qualitätskontrolle für jede Reaktion und jeden Farbkanal individuell festgelegt.

1) Die Daten für die Cq Quotienten müssen innerhalb der vordefinierten oberen und unteren

Grenzwerte liegen. Der Cq Quotient ist der Cq der Zielsequenz (Allel) dividiert durch den

CQ der internen Amplifikationskontrolle.

2) Die Werte müssen über der vordefinierten Schwelle für die finale Fluoreszenz liegen. Dies

ist die Fluoreszenz, die eine Reaktion im letzten Zyklus der PCR erreicht.

3) Die Amplifikationskurve muss statistisch nahe an einer idealen sigmoidalen Funktion für die

Real-time PCR liegen. Dieser Parameter reduziert die Wahrscheinlichkeit, dass

Fluoreszenzartefakte als echte Amplifikationen fehlinterpretiert werden.

Allen positiven und negativen Reaktionen wird eine Qualitätskennzahl (QS-Wert) zugeordnet. Alle

positiven Reaktionen haben einen QS-Wert zwischen +10 und 0, alle negativen Reaktionen einen

QS-Wert 0 und -10.

Je näher ein QS-Wert bei 0 liegt desto näher liegt er an

den Grenzwerten für die oben genannten Parameter.

QS-Werte von +10 stellen perfekte positive und QS-

Werte von -10 perfekte negative Reaktionen dar. Ein

QS-Wert zwischen 0 und -1 für einen negative

Reaktion ist mit höherer Wahrscheinlichkeit falsch-

negativ als eine Reaktion mit einem stärker negativen

Wert. Wenn eine positive Reaktion einen QS-Wert

unter 3 hat, ist dies ein Hinweis auf eine schwache -

möglicherweise falsch-positive – Reaktion. Der QS-

Wert kann für den Anwender hilfreich sein, um

Reaktionen zu identifizieren, die manuell geändert

werden müssen, wenn der angegeben Genotyp

fraglich ist oder kein Ergebnis für einen Genort

gefunden wurde.

Die Qualitätskennzahlen geben nützliche Hinweise welche Daten geprüft werden sollen, wenn eine

Überprüfung der automatischen Zuordnungen erforderlich ist. Qualitätskennzahlen, die im

Ergebnis-Histogramm nahe Null liegen, zeigen an, dass die Ergebnisse nahe an den Grenzwerten für

einen oder mehrere der oben genannten Parameter liegen.

10

9

8

7

6

5

4

3

2

1

0

0

-1

-2

-3

-4

-5

-6

-7

-8

-9

-10

Negative

Reaktionen

Positive

Reaktionen

Schwache Reaktionen nahe

an den Grenzwerten

Wenig oder keine

Amplifikation, falsch-

negative unwahrscheinlich

Keine Amplifikation

deutlich positive

Reaktionen, falsch-positive

unwahrscheinlich

Ideale positive Reaktionen


Seite 33

8.3.2 Ergebnis-Histogramm

Das Ergebnis-Histogramm zeigt alle Reaktionen für einen Test. In der Standardeinstellung sind die

Reaktionen von positiv zu negativ nach dem QS-Wert sortiert. Alternativ

können sie nach der Reaktionsnummer sortiert werden.

Die Farbe der Balken zeigt den Farbkanal an, in dem die Reaktion detektiert wird.

Der grüne Balken über dem Histogramm repräsentiert die interne Amplifikationskontrolle. Wenn

diese ausfällt wird das Feld weiß und enthält ein “-“. Die Schaltflächen in der rechten

oberen Ecke können zum Vergrößern oder Verkleinern des Histogramms verwendet werden.

QS-Wert der spezifischen Reaktion

Ergebnis der interne Amplifikationskontrolle

Reaktion und Positionsnummer

Zuordnung: pos./neg.

Positive Ergebnisse mit niedrigem QS- Wert

Negative Ergebnisse mit niedrigem QS-Wert


Seite 34

Bewegen der Maus über die Balken im Histogramm öffnet ein

Fenster mit zusätzlichen Informationen, z.B. dem QS-Wert:

Für die detaillierte Auswertung kann zwischen den einzelnen Allel-Knöpfen (siehe roter Pfeil) einer

oder mehrere ausgewählt werden und die Ergebnisse werden angezeigt. Zur Suche eines

bestimmten Allels, dieses in Search 1 eingegeben und den Such-Knopf anklicken.

Oben im Fenster gibt es eine Filterfunktion.

Als Standardeinstellung ist der Filter auf “Common” eingestellt und nur Ergebnisse mit häufigen

Allelen werden angezeigt. Wird kein oder ein mehrdeutiges Ergebnis angezeigt,

muss der Filter auf “Rare” umgestellt werden und die Software zeigt das neue Ergebnis an.


Seite 35

8.3.3 Beurteilung der Amplifikation (Data Review): Cq Quotienten und Fluoreszenz anzeigen

Ein Doppelklick auf den Balken im Histogramm zeigt die Fluoreszenz und den Cq Quotienten der

ausgewählten Reaktion im Vergleich zu vorherigen Ergebnissen.

Hinweis: Das Öffnen des Datenfensters verhindert die Verwendung der Funktionen des

Hauptprogramms. Das Fenster muss geschlossen werden, um die Bedienung des Hauptprogramms

zu reaktivieren.

Diese Daten helfen bei der Einschätzung der Qualität eines Ergebnisses und können als

Entscheidungshilfe beim Editieren von Reaktionen verwendet werden. Der Cq Quotient ist auf der

X-Achse dargestellt und die finale Fluoreszenz auf der Y-Achse. Grüne Punkte zeigen frühere positive

Ergebnisse mit Cq Quotienten und Fluoreszenz-Werten, die innerhalb der geforderten

Spezifikationen liegen, an. Rote Punkte zeigen frühere Test mit negativen Reaktionen. Das blaue

Dreieck repräsentiert die aktuell ausgewählte Reaktion. Die roten gestrichelten Linien sind die von

PlexTyper verwendeten Grenzwerte zur Bestimmung positiver und negativer Reaktionen basierend

auf der finalen Fluoreszenz und dem CQ Quotienten.

Positive Reaktionen befinden sich über dem Grenzwert für die finale Fluoreszenz und zwischen der

unteren und der oberen Grenze für den CQ Quotienten.


Seite 36

Anklicken des blauen Dreiecks im Datendiagramm zeigt die Amplifikationskurven aus den Rohdaten

für diese Reaktion (Zielsequenz und interne Amplifikationskontrolle).


Seite 37

Werkzeuge zur Interpretation In PlexTyper stehen einige Werkzeuge zur Verfügung, die nützlich sein können, wenn die

automatische Interpretation kein Ergebnis findet oder ein seltenes Ergebnis vorliegt, das überprüft

werden sollte.

8.4.1 Zuordnung für eine Reaktion ändern

Dieses Werkzeug wurde für die HLA Auswertung entwickelt, siehe Kapitel 7.4.1. Wir empfehlen

dieses Werkzeug nicht für die Blutgruppenauswertung zu verwenden, da nur eine Sonde pro Allel

vorhanden ist, dies würde die Ergebnisse verfälschen.

8.4.2 Alle positiven Allele für einen Reaktionsmix anzeigen

Dieses Werkzeug wurde für die HLA Auswertung entwickelt, siehe Kapitel 7.4.2.

8.4.3 Reaktionsmuster für Allele suchen

Über die “Suche” (Search) Funktionen im oberen Teil des Ergebnisfensters können Suchen nach

Reaktionsmustern für verschiedene Allele durchgeführt werden.

Wenn der Anfang eines Allels in das Suchfeld eingetippt wird, liefert die Autofill Funktion eine

Dropdown-Liste zum Auswählen passender Allele. Die Liste hängt vom ausgewählten Filter ab.


Seite 38

Die Suchen und Löschen Knöpfe auf der rechten Seite dienen zum Anwenden der Suche und zum

Entfernen der Suchergebnisse. Die Reaktionsmuster der ausgewählten Allele werden über den

Ergebnissen und unter dem Histogramm angezeigt und können mit den gefundenen Reaktionen

verglichen werden.

Darstellung der Ergebnisse Auf der rechten Seite des Bildschirms werden die Ergebnisse in einer Tabelle angezeigt, Genotyp als

komplette Liste möglicher Allele, angenommener Phänotyp (serologische Äquivalent) und den

Status der Bestätigung (Approval). Aus dieser Tabelle können die Ergebnisse mit dem Exportieren

Knopf in eine Textdatei exportiert werden und es kann mit dem Bericht erstellen Knopf ein PDF-

Bericht erstellt werden

Im Feld Kit-Kommentare Kit Comments werden von der Software generierte Kommentare bezüglich

der Effizienz des Tests angezeigt (keine Benutzerkommentare).

Wenn alle Allele, vor allem die seltenen, berücksichtigt werden, können mehrdeutige Ergebnisse

erscheinen. Dies wird durch den ‘Ambiguous’ Knopf angezeigt.

Durch das Klicken auf den ‘Ambiguous‘ Knopf öffnet sich ein Fenster mit den möglichen

Ergebnissen. Durch Klicken auf den schwarzen Punkt kann sich für eine Option entschieden werden.

Exportieren

Bericht erstellen


Seite 39

Berichte und Exporte Durch Anklicken des Bericht erstellen Knopfes in der rechten oberen Ecke des Ergebnis-Bildschirmes

wird ein Bericht mit dem gewählten Filter erstellt und angezeigt. Es ist möglich auszuwählen, ob die

positiven Reaktionen angezeigt werden sollen (Print positive reactions) und die Historie (Audit Trail)

angezeigt werden soll (Print assay history (Audit trail)). Durch Drücken des Generate Report

Knopfes wird der Bericht generiert und im PDF-Format gespeichert


Seite 40

Der Bericht enthält alle Informationen zur Person und zur Probe, die Zusammenfassung der

Ergebnisse und die angenommenen Phänotypen, die detaillierten Ergebnisse mit allen

Allelkombinationen (entsprechend des gewählten Filters), die positiven Reaktionen inklusive

Informationen über ausgefallene interne Amplifikationskontrollen und den Audit Trail (Historie).


Seite 41

Mit dem Exportieren Knopf können die Ergebnisse in eine Textdatei exportiert werden. Es muss ein

Speicherort und ein Dateiname bestimmt werden, dann den Export Knopf drücken. Das NHSBT

Format ist noch nicht funktional und sollte nicht ausgewählt sein

9 LITERATUR

Cano P, Fernandez-Vina M, 2009, Two sequence dimorphisms of DPB1 define the immunodominant serologic epitopes of HLA-DP, Human Immunology (70), Issue 10: 836-843, doi.org/10.1016/j.humimm.2008.07.011

El-Awar N, Jucaud V, Nguyen A, 2017, HLA Epitopes: The targets of monoclonal and alloantibodies defined, Journal of Immunology Research, Article ID 3406230, 16 pages, doi.org/10.1155/2017/3406230

Hollenbach JA, Madbouly A, Gragert L, Vierra-Green C, Flesch S, Spellmann S, Begovich A, Norren H, Trachtenberg E, Williams T, Yu N, Shaw B, Fleischhauer K, Fernandez-Vina M, Maiers M, 2012, A combined DPA1~DPB1 amino acid epitope is the primary unit of selectin on the HLA-DP heterodimer, 2012, Immunogenetics (64): 559-569, doi 10.1007/s00254-012-0615-3

Laux G, Mansmann U; Deufel A, Opelz G, Mytilineos J, 2003, A new epitope-based matching approach for cadaver kidney retransplants, Transplantation (75): 1527-1532, DOI: 10.1097.TP.00000617.57702.8A

Mack SJ, Cano P, Hollenbach JA, He J, Hurley JK, Middleton D, Moraes ME, Pereira SE, Kempenich JH, Reed EF, Setterholm M, Smith AG, Tilanus MG, Torres M, Varney MD, Voorter CEM, Fischer GF, Fleischhauer K, Goodridge D, Klitz W, Little A-M, Maiers M, Marsh SGE, Müller CR, Noreen H, Rozemuller EH, Sanchez‐Mazas A, Senitzer D, Trachtenberg E, Fernandez‐Vina M, 2013, Common and well‐documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue, Tissue Antigens

Exportieren

Date post:	19-Oct-2020
Category:	Documents
Upload:	others
View:	2 times
Download:	0 times

DE PlexTyper Software - bag-diagnostics.com · o View Results: Zeigt vorherige Tests mit...

Documents