FINAL REPORT International Workshop 

 

GENOME EDITING IN MAMMALS USING CRISPR TOOLS  

Date and venue 

 October 14 to 17th, 2019 Institut Pasteur de Montevideo (IPMon) Mataojo 2020, Montevideo (11400) URUGUAY   

Organizers 

 Martina Crispo*, María Noel Meikle*, Ana Paula Mulet*, Geraldine Schlapp*  Unidad  de  Animales  Transgénicos  y  de  Experimentación,  Institut  Pasteur  de Montevideo, Uruguay   Alejo Menchaca* Instituto de Reproducción Animal de Uruguay (IRAUy), Montevideo, Uruguay  *ISTT members 

  

Financial support 

 The workshop received the following grants: From IPMon: Fondo para la Convergencia Estructural del Mercosur (FOCEM) From Uruguay: Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) International:  International  Society  for  Transgenic  Technologies  (ISTT)  and  Institut  Pasteur International Network (RIIP) 

  

  

Invited speakers/instructors    

  

We invited three scientific leaders in the field of CRISPR technologies, all ISTT members: Lydia Teboul – Medical Research Council ‐ Harwell Institute, United Kingdom Lluis Montoliu – Centro Nacional de Biotecnología, Spain Chris Proudfoot ‐ The Roslin Institute, University of Edinburgh, Scotland   Martina  Crispo  and  Alejo  Menchaca  were  in  charge  of  some  lectures;  Ana  Paula  Mulet, María  Noel  Meikle  and  Geraldine  Schlapp  were  tutors  in  the  informatics  and  practical sessions.  

  

Workshop program and activities 

 

This workshop offered instrumental lectures in which the uses of genome editing tools and particularly CRISPR systems were thoroughly exposed (history, principles and applications). There  was  a  strong  practical  component  of  informatics  sessions  in  which  the  design  of CRISPR  reagents  and  the  use  of  CRISPR  associated  tools  was  explained  step  by  step,  and practical  lessons  in which the students had the opportunity to manipulate, microinject and electroporate  mouse  embryos.  Also,  training  in  diverse  genotyping  strategies  was performed. The last day, students were asked to present their projects in order to promote discussion  between  students  and  teachers.  Social  events  contributed  to  participant´s networking and exchange of experiences in a more relaxed atmosphere.  The program was the following:  Monday, October 14th  08:45 – 09:00  Registration 09:00 – 09:30  Teacher´s and student´s presentation 09:30 – 10:00 Unidad de Animales Transgénicos y de Experimentación – presentation of our 

Unit (G. Schlapp)   10:00 ‐ 10:15  Coffee break 10:15 – 11:30 Lecture: Genome editing with programmable nucleases: general overview (L. 

Montoliu)  11:30 – 12:30  Lecture: Introduction to CRISPR system (L. Teboul)  12:30 – 14:00  Lunch 14:00 – 17:00 Practical/Informatics session: step by step tutorial for the design of CRISPR 

reactives (part I) (L. Teboul, C. Proudfoot, L. Montoliu, AP. Mulet)   17:00                Toast; Informal get‐together   

 Tuesday, October 15th   09:00 – 11:00 Practical/Informatics session: step by step tutorial for the design of CRISPR 

reactives (part II) (L. Teboul, C. Proudfoot, L. Montoliu, AP. Mulet)  11:00 – 11:15 Coffee break 11:15 – 12:30  Lecture: Genome editing in embryos (L. Montoliu) 12:30 – 14:00  Lunch 14:00 – 14:30  Introduction to microinjection and electroporation of embryos (M. Crispo) 14:30 – 17:00 Practical session: Microinjection and electroporation of mouse embryos (M. 

Crispo, G. Schlapp, MN. Meikle, AP. Mulet)    Wednesday, October 16th   09:00 – 12:00 Theoretical‐practical session: Genotyping strategies (L. Teboul, C. Proudfoot, 

L. Montoliu, AP. Mulet)  12:00 – 13:30  Lunch 13:30 – 15:30  Practical session: sequencing (L. Teboul, C. Proudfoot, L. Montoliu, AP. Mulet)  15:30 – 15:45  Coffee break 15:45 – 17:00 Round table: CRISPR troubleshooting (L. Teboul, C. Proudfoot, L. Montoliu, AP. 

Mulet, M. Crispo, A. Menchaca, G. Schlapp, MN. Meikle)   18:00 ‐  23:00  Wine cellar dinner   Thursday, October 17th   09:00 – 10:00 Applications of genome editing in porcine (C. Proudfoot) 10:00 – 11:00 Applications of genome editing in sheep (A. Menchaca) 11:00 – 11:15 Coffee break 11:15 – 12:15 Alternative CRISPR applications (L. Montoliu)  12:15 ‐ 14:00  Lunch 14:00 – 17:00 Discussion of students projects & closure of the workshop  

 

Student application and selection 

 Forty‐six  application e‐forms were  received,  including  students  from different  countries of South  America  but  also  from  far  countries  as  Turkey  (ISTT  member)  and  Egypt.  Student evaluation criteria was based on: (i) clear aim of using CRISPR technologies in the applicants’ ongoing  or  near  future  projects  (described  in  the  CV,  student  motivation  letter  and supervisor’s  letter);  (ii)  priority  order  was  the  following:  PhD  students;  technicians;  and young  investigators;  (iii)  inclusion  of  candidates  working  in  different  laboratories  and countries. Priority was given to people working in South America. Following these criteria, 20 students were selected, coming from Argentina (6), Brazil (3), Uruguay (5), Peru (3), Chile (1), 

Paraguay  (1)  and Turkey  (1). Only one  ISTT member  sent  an  application  form  (Nur  Ersoy), who was selected to participate as committed with the ISTT funding grant.  Selected students were the following:  

Surname and name  Institution City and country 

Alberio Virgilia  Universidad de Buenos Aires Buenos Aires, Argentina

Basika Tatiana  Institut Pasteur de Montevideo Montevideo, Uruguay 

Benitez Riquelme Diego  University de Concepcion Concepcion, Chile 

Caporale Alfredo Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología 

Molecular Buenos Aires, Argentina 

De Souza Marcela  Institut Pasteur de Montevideo Montevideo, Uruguay 

Ersoy Nur Istanbul University‐Cerrahpasa, 

Veterinary Faculty Istanbul, Turkey 

Ferreira Jessica Universidad Federal Rural de Rio 

de Janeiro Rio de Janeiro, Brazil 

Giletti Andrea Facultad de Química, Universidad 

de la República Montevideo, Uruguay 

Isaja Luciana Instituto Fleni Buenos Aires, Argentina

La Motta Gastón Facultad de Agronomía, 

Universidad de Buenos Aires Buenos Aires, Argentina 

Lasalle André Facultad de Ciencias, Universidad 

de la República Montevideo, Uruguay 

Laymito Lina Rocio Universidad de San Martin de 

Porres Lima, Peru 

Li Calzi Marco  Institut Pasteur de Montevideo Montevideo, Uruguay 

Luque Guillermina Instituto de Biología y Medicina 

Experimental Buenos Aires, Argentina 

Marks Maria Paula Instituto de Biología y Medicina 

Experimental Buenos Aires, Argentina 

Melo Calero Omar Universidad Peruana Cayetano 

Heredia Lima, Peru 

Méndez Alejandro Universidad Nacional de Asunción, Facultad de Ciencias Exactas y 

Naturales Asunción, Paraguay 

Pereira Talita Pontificia Universidade Catolica do 

Rio Grande do Sul Porto Alegre, Brazil 

Ponce‐Salazar Miguel  Vivanco International Lima, Peru 

Silva Alexandre  Instituto Oswaldo Cruz  Rio de Janeiro, Brazil 

 

Organization 

 The Institut Pasteur de Montevideo is located at short distance from hotel infrastructure in Montevideo.  Teachers  and  students  were  accommodated  in  the  same  hotel,  which  was important to foster interaction. A transfer bus ensured daily hotel/institute/hotel transport. The  institute  has  designated  laboratories  for  teaching  purposes,  for  both  practical  and informatics sessions. Secretarial and technical assistance is available, both for organizational logistics, as well as for informatics system management. Furthermore, the institute and our 

unit  count  with  good  previous  experience  in  organizing  theoretical  and  practical  courses, which resulted in a very smooth flow, with no major problems.  The Secretary of the IP Montevideo took care of every non‐academic detail, from scheduling flight arrivals and departures to dealing with food, accommodation and travel providers.    

Global appreciation of the training 

 The main objective of this workshop was to update scientist and technicians, working in the generation of GM animal models, with the latest available technology regarding CRISPR/Cas. In addition, the generation of a regional network in this field was especially encouraged.  Although  there  was  a  good  balance  between  theoretical  and  practical  lessons,  hands‐on training was a key component. Since the success of a new GM animal model depends mostly on  the  designing  of  the  CRISPR  tools,  special  emphasis was  given  to  informatics  sessions. Moreover,  during  practical  lessons  (and  coffee  breaks),  students  discussed  their  own projects with the teachers, which was a very valuable aspect of this event.  After the workshop, most of the students were capable of: ‐ Choosing a suitable scientific approach  ‐ Designing the appropriate CRISPR tools for their projects ‐ Delivering the CRISPR system into mammalian zygotes by microinjection or electroporation ‐ Analyzing mutations in vitro and in silico ‐ Discussing with the teachers about their own projects  The Workshop  was  entirely  dictated  in  English.  A  hands‐on manual  was  prepared  by  the organizers.   The  participants  were  mostly  advanced  Master  or  PhD  students,  post‐doctoral  fellows, technicians and young research scientists.   Students  had  the  opportunity  to  present  their  own  research  work,  in  a  10  minute powerpoint  presentation.  Diverse  on‐going  and  future  projects  were  presented  and discussion was encouraged.  At the end of the workshop, students were asked to fill out an anonymous survey form of the workshop,  to evaluate different aspects of  this event, which resulted very valuable  for the organizing team. Survey results are attached to this report.   Finally, an exam was available for those students who needed the credits to be presented in their postgraduate programs.  

    

Photos