+ All Categories
Home > Documents > Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü...

Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü...

Date post: 18-Mar-2020
Category:
Upload: others
View: 8 times
Download: 0 times
Share this document with a friend
142
Transcript
Page 1: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

� �������� ����� �������� � ���� �� �������� �!"���#�� �$�%&���'��� � �(�*) �� ,+-�

. �/%0�1$2���435$�6�67�

8:9<;>=@?A9<BDC(9<;E;GF H<F

I JLK ?A?MF NMO�PQO K 9RBS?ATVU"W K OAO�F J O�9XO�YVF2Z�B K\[ F N]? K O_^`9R=aCbP�W�ULN K>J H<F=c9�N(O�YVF J F H<NAF/Fd9R=feg9ihjO�9RNb9R=fk0Y K ;>9<?A9Rl"Ym^

nLoqpsr'tQuwv�xzy�r�{|u~}_oq{�v�p����|r�{|r'���b��v��Qr'p�v��sr'pc���nLoqpsr�t�u~v�xg���|r'��x��\r'ps�(v��s�|}~�*��xq�@�����so���u����u_{|{�}~r'��u��ipsoq�@�#�#u~x�r'�(uf��v��(tqo��~��,�|x/� �sr'x<�Q��v��a�qps���q�'u��������M ¡�A¢�£0�

¤�xq���su~��¥¦��xq�'�qr���§n"�(v���{E¨©{|v�tqtQuMª�u~���E§«v�}�§¬oq­®,rM¯'u_�0��u_p�°�±��²°� ' �³

Page 2: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

´ 9`µ¶^¶·"PRW K ;G^

Page 3: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��¸q������¸qu_�s�|�#������¸�u¹psu~�coq{���r��*�a�zrMº»x¼º�r�ps­zv�xq�d�|xq}_{|oq�qu_�#xqr��s¸q�|xq�(º»¸q�|}½¸d�|�,��¸qur'o��s}~r'��u�r��mº�r'pc­(��r'xqu���xb}~r�{|{�v���r'psv�����r'x&u¾� }~u_t���º»¸qu_psu#�stQu~}_��¿�}~v�{|{À�&�|xq���|}wv]��u~�b�|x��¸�u¦�su¾�/�w§��¸q���&�s¸qu~�c�|���qr/u~��xqr���u¾� }~u_u~�Á�s¸qu��stQu~}~�À¿�u~��{|u_xq����¸�{|���(�À�0r���³' ' ¼t�v���u~�(v��(��u¾Â¿�xqu_���Ã�¡�s¸quf���|r'{�r'���b£�u~�'pcu~uf��r'�������s�su~u�§��¸q���(��¸�u~�s���(¸qv��b�Qu~u_x-���/t�u_�su_�Ä�|x¶�M°�t����\r'xÃ�boq�c�|xq���ÆÅ�� n�Ç °]È2v�}~}_r'ps���|xq�d��r2��¸qu�stQu~}_��¿�}~v�����r'xq�¡�qu¾¿�xqu_�¶�Ã�Á��¸�uÉ��rÃv�ps�Êr��a�#p�v���o�v���u2¢j��oq�q��u~��v�xq�`�s¸qu2���|r'{�r'���£�u~��psu~u���r'�������s�su~u�§

�|�

Page 4: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

®�rA¯�u~{�Ë�{��'r'pc����¸��(�*�\r'p»ÌLpsr��su~�|x���xÃ��u_p�v�}¾����r'xg®�u_��º�r'ps­j�Í TLW-W`P�NM^

y��|}½¸qv�u~{���v�tqtQu®,rM¯�u~�0�Qu~p�°�±��²°� ' '³ ��r'{À�\�sr'x���r'{�{|u_�'u��¸qu��\o�xq}_�s�|r'x�v�{ }½¸�v�p�v�}¾��u~pc�|�sv�����r'x0r��Qv�{�{Ã��¸qu���u~xqu_�Lv�xq�0�s¸qu~��pÎ�'u_xqu�tqpcr ��oq}_�s�V�|�i��¸qu�(v��|x¡}½¸�v�{|{|u_xq�'u#r��Î��¸qu¦tQr'�c�@Â��'u_xqr'���|}�u_p�v�§�Ï»u~}~u_xÃ��uÐ��tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{�v�xq��}~r'��tqo���v]Â����r'x�v�{���u_}½¸qxq��Ñ/o�u~�#¸�vw¯'u&u_x�v��q{�u~�z��¸�u0�c�soq���zr��"�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq�#v���r'xq�bv�{|{itqpsr���u~��xq�r'x¡v�{�v�pc�'u¾ÂÒ�s}wv�{|u�§Î��xb��¸��|���s¸qu~�c�|���Lt�psu~�cu~xÃ��v�tqt�psrÃv�}½¸�u~���sr0u¾� tq{�r'�����|xÃ��u_p�v�}¾����r'xb��x Â�\r'pc�bv��s�|r'x#�\r'pi��¸qu��|x��\u_psu_xq}~u�r��²tqpsr���u~��xa�@��pso�}_��o�psu����\oqxq}_�s�|r'xR���s���'x�v�{�{|��xq�»t�v���¸Ãº�vw� �v�xq��oq{À���|�(v��su~{��&u_xÃ���|pcu¦�|xÃ��u_p�v�}¾��r'��u~�_§

��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��|x �\r'ps�(v�����r'xa�\r'pLu¾¯'u_pc���'u~x�u¾Â�t�psr/�qoq}_�*���"vf}_{|uwv�x&º�vw�¹��r�v��s�cu~�0��{|u��¸�u�Óc���'��vwºDtqo�Ô~Ô~{�uar��©tqpsr���u~��xq���|xÃ��r(v��\oqx�}_����r'x�v�{��(v�t<§���x��a�¡º�r'ps­��|xÃ�su~p�v�}_����r'xxqu¾��º�r'pc­j��v�psu0��r ��u~{|{�u~�gv��¦�#p�v�tq¸��~§¦��¸qu0���quwvÄr��»ÕMÖQ×sØsÙ]Ú¾ÛGÜÞÝ/ß��|xq}_r'��tq{|u¾��ua��xÃ��u~pàÂv�}¾���|r�xb�|x �\r'ps�(v�����r'x&�|�*�\r'ps�0o�{�v��su~�<§V��¸�u�psu_�soq{À����v�psu#v����c��psv�}_�su~�¡xqu¾��º�r�ps­j��º»¸q�|}½¸v�pcu��'u~xqu_ps��}�v�xq�&r'pc�Ãv�xq���s���|xq��u~tQu~xq�qu_xÃ�*º»¸��|{|u�}~r'xq�c�|�@��u~xÃ�s{��0uÐ� ¸q�|�q�À����xq���s}~v�{|uÐÂÒ�\pcu~uv�xq���s�(v�{�{ÀÂÒº�r'pc{|�bt�psr'tQu~p@���|u_�~§

��¸qu~�cu��(v�tq��tqpcr'�(t ��u~�f��uV��r��|xï'u_�c�����Ãv��su�v�xq����u_¯'u_{|r'tf��¸qu"}_r'xq}~u_t��©�s¸�v���tqpcr�Â��u_�|xz�\oqx�}_����r'x¼}wv�x¼��u¹r'tQu~psv�����r'x�v�{��|�cu~��¯/�|vÄtqpsr��su~��x¼�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xzt�v��c��u~pcxq�~§0¢ �|x�}~u��¸�ugv�pc}½¸q���su~}¾��oqpcu�r����q�|r�{|r'�'��}wv�{�xqu_��º�r'pc­/�(�q��á�u~pc�(���|�c�s�|xq}¾��{À���\psr��âp�v�x��qr'��xqu¾�cº�r'ps­j�~�<�s¸qua�\oqx�}_����r'x�v�{i�(v�tq��}_r'xÃ�½v���xdvb�s���'x�v�{���¸qv��#}wv�x¼��u0o��su~�z�\r�p�tqpsu_�q�|}¾���À¯'utqoqpct�r��su~�_§¡��¸qu�­/x�rAº»{�u~�q��ub��v��cu��\r�p¦�\o�pc��¸�u~pf�|x��\u_psu~x�}~u��|�f�qoq�|{À�¦r'x2u¾� �|�@���|x����q�ãÂr'{�r'�'�|}~v�{�}_{�v��c�s��¿q}wv��s�|r'xq��r��¦tqpcr���u_�|x��c��pcoq}_�soqpsuXäG�E§¬u�§¶¢q��å#Ì*æ(v�x��-�\oqxq}¾���|r�xDäG�>§«u�§�fåfæЧ'�©��u_¯'u_{|r'tQu~�bvfx�rA¯�u~{Qv�{��'r'ps�À��¸q���|}*tqpc�|xq}_�|tq{�ufä�ç"è�é�êsë�æV�\r�pLtqpsr��su~��x&�\o�xq}_�s�|r'xv�xq�d�@��pso�}_��o�psu�tqpsu_�q�|}¾���|r�x<§a��¸q���#xqr'x ÂÒ¸qr'��r'{|r������(u¾��¸qr/�¼�qr/u~�¦xqr��¦pcu~Ñjoq�|pcu&v�xÃ��su_Ñjoqu~xq}_u¹r'p��c��pcoq}_�soqpsua�s�|���|{|v�ps�À���'§��Ò��u~xqv��q{|u_��v�}~}~o�p�v��su0tqpsu_�q�|}¾����r'xq����u¾�'r'xq����¸qu{|���(�À����r��*}_oqpspcu~xÃ�#�q��r'�|x��\r�ps�(v�����}~�»�(u¾��¸qr/�q��º»¸q�|}½¸dv�pcu0��v��cu~�¼r'xz�s¸qu0}_r'xq}~u_t��#r��¸qr'��r'{�r'���'§

y�rM¯/�|xq��r'x���r�¸q�|�'¸�u~p�{|u¾¯'u_{i��u_¿�xq�À����r'xq��r��©tqpsr��su~��x��\o�xq}_�s�|r'x<�q�s¸qu¦Ñjoqu~�@���|r�x�r��¸qrMºÁ}_r'��tq{|uÐ�&xqu_��º�r'pc­/��}wv�x��Qu���u~}~r��(tQr'�su_�(��xÃ��r¦�(u~v�xq��xq���\oq{q�coq�q�cu_����v�pc�|�su_�~§V��xr'pc�qu~p���r¹�\r'pc�0oq{|v���u�uÐ� t�u_ps�|��u~xÃ��v�{|{À�b¯'u_ps�À¿²v��q{�u#¸j�/tQr���¸�u~�su_�,�s¸qu#�\oqxq}_�s�|r'xqv�{<�(v�tq��0oq�@�»��u��bv���u#v�}~}_u~�c�s�|��{|u���r¹¸joq�(v�x��|xÃ�su~pst�psu_��v�����r'x<§V�"�qu_�(r�xq�c�sp�v��su#¸qrMºìº»¸qr�{|u�s���'x�v�{ãÂÒ�sp�v�xq�c�qoq}¾���|r�xÉt�v]��¸Ãº�vw�/�0}~v�xí�Qubu¾�/�sp�v�}¾��u~�Xpcu~{���v��q{À�'§¡��u~pcuÄ}~r'��tq{�u¾�2�su¾���r��Îtqpsr���u~��x�v��s�cr }_��v��s�|r'x����qu~pc��¯�u~���\psr'�:��u¾�/�@Â����|xq��xq�a��¸�u#�q�|r'{�r'�'��}wv�{²{|�À��u_p�v��soqpsu#v�psuoq�cu~�zv��,v�x�uÐ��v��(t�{|u#r��Îxqr'���c�¡��x��\r'ps�(v��s�|r'x<§

î©�|xqv�{|{À�'�R��tqpcu~�su_xÃ�0v¡��r �qu_{©r��*��¸�u¹rA¯�u~psv�{|{L��x��\r'ps�(v��s�|r'x��Ãv��|xg�|x¼��¸qu0¿qu~{|�dr��tqpcr���u_r'�(��}~�_§V�*�\r�ps�0oq{|v���u,v�x�v�{��'r'ps�À��¸q���|}��@��psv���u_���b�s¸�v���u_x�v��q{�u~����¸�u#tqpsr��su~r'���|}_�}~r��(�0o�xq�����&��ra�qoq�|{��Äv0pcu~{|�|v��q{�u��c}wv�á�r'{��Är�����¸qu��|xÃ��u_p�v�}¾��r'��u���xÄva�\p�v�}_����r'xbr��m��¸qu�����(u�}~r'��t�v�pcu~����r&oqx ÂÒ}~r/r'ps�q��x�v��su~��u_á�r'pc�s�~§

Page 5: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��¸q�|�Vº�r'pc­ar'tQu~xq�L�s¸qu��qr/r'p©�sr¦v¦x�u_º��qpsu_u~��r��Q�(u¾��¸qr/�q�Lv�x����@��psv���u_�'�|u_�©º»¸q�|}½¸v�}¾����¯�u~{À��oq�cu*�s¸qu"�s}wv�{|u¾ÂE�\psu_u*t�psr'tQu~p@���|u_�mr�� �q�|r'{�r'�'��}wv�{]xqu_��º�r'pc­/����r»��¸�u~�|p�v���¯�v�xÃ�½v��'u�§Ë��&v�psu~�coq{��~�V��¸qu_�su���u_��¸�r �q�0v�psu¡v��q{|u���rdv�tqt�psrw� �|�(v���ubïgð�Â�¸�v�pc�ítqpcr'�q{|u_�(�a�|x�q��r'�|x��\r�ps�(v�����}~�*u_á�u~}_�s��¯�u~{����Ã�¡pcu~{|v����À¯'u~{À�b�c�|��tq{|u#}_r'��tqo��½v]���|r�x�v�{Q�(u~v�xq�~§

��¯

Page 6: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ñ ò�ó�ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ

��� � ê¹ØsÙ����|êsë��bê¦ÜÞÝ2Ù�ÝQëbÙ]ÚÃêsë��bê��� �Ù�Û��aë�ÜGë���ê��jÙ/ؾÛ������� Ù���ê����]Õ2ê���ê�� �êsÙ��cë!�#"�Ú¾Õ�Ø gÙ(Û$ /ÜÞÝ/ß&%

'( �Ù�Û"Ú)���ÐÛ*�#"�+~Õ�ê½Ú¾Û>Ü,�]ݼÜ|ÚfÛ� �Ù�Û-%.& /Ü|Ú¦Ü|ÚfÙ�/�0214365�798�1;:#<&= �?>

�Îu_pspc�¡Ì"psv���}½¸�u_�s�~��@BADCFEHGJIFK)LNMPO�QRLRS�QTEUQRL2@

��¸qugº�r'pc­�}_r'xÃ�½v���xqu~�Á��x-��¸��|�(�s¸qu~�c�|��º�v��b}~r'xq��oq}_�su~�Sv��b�s¸quznLoqpcr'tQuwv�xÊ����r'�|x/Â�\r'pc�bv��s�|}_����xq�c�s���so���u�ä>n"���@æ���xÉ��v��0�qpc�|�q�'u���¤�¥¹�m�Qu_��º�u~u~xí¢ u~t ��u~�a��u_p���V�V�V�v�xq�Ë�o��'oq�c�(°� ' '³�§z�#º�v��0��¸�uÄpsu_}~�|t��|u~xÃ�¹r���v�xXn*yg���7äGnLoqpsr'tQuwv�x�y�r'{|u_}~oq{|v�p0���|r'{ãÂr'������v��Qr'p�v]��r'p@�qæ�tqpcu~�qr/}_�sr'p�v�{��\u~{�{|rMº»�s¸��|t���rbº�r'ps­�º»���s¸z£�p_§��m�|����v��,r'{�� �|x���¸qu¢/�spsoq}¾��oqpsv�{�v�xq��î�oqxq}_�s�|r'xqv�{m�#u~xqr��(��}~���#psr'oqt�v���n"���½�Qv�x�n*yg���Ér'o����@�½v��s�|r'xR§

��v��þ��xq�qu~� ��u~�¼�sr�}_r'oqxÃ��{�u~�c�#t�u_r'tq{|ua�,¸�v��d�s¸qu¹tq{�uwv��coqpsua�sr��(u_u_�¦v��#n�y�����,u_�|�qu_{|�Qu~pc�q�]�s¸qu�n*���½�]}_u~{�{|Ô~r��(u��A�s¸qu�ygÏ��*Âà�iyg�Év�xq�f��¸qpcr'oq�'¸qr�o�����¸qu�¤,xq�À¯'u_ps�s�À���r��<��v��0�qpc�|�q��u�º»¸qr�¸�u~{|tQu~����u��|x¹��¸q���Lu¾� }~�À����xq�#���|��u�º»�À��¸¹��¸qu_�|pLu_xq}~r'o�p�v��'u_�(u_xÃ�w���r'p�v�{Rv�xq����u_}½¸qxq�|}~v�{m�so�tqt�r�pc�w��}_ps�À���|}~v�{��\u_u~�q�qv�}½­�v�xq���s}_�|u~xÃ�s��¿�}¦�q���s}~o��s�s��r'xq�_§

î�r'psu_�(r'�@���L¸qvM¯�u���r���¸�v�x�­����(�coqtQu~pc¯/���sr'p�£�p_§L�m�|����vf�,r'{��7�\r'p�¸�u~p�tqv�����u~xq}_u���|x/Â��qu_t���¸É­/x�rAº»{�u~�q��u��©º»���s�qr'� v�x���r'tQu~x ÂÒ�(��xq�qu_�qxqu~�c�~§g¢ ¸qu(�Ãvw¯'ub��u�tq{|u_xj���2r��r'tqtQr'p@��oqxq�À���z��r��qu_¯�u~{�r'tív�x���tQu~ps�coqu�xqrM¯'u~{*�|��uwv���v�xq�2��¸qu�}~pc������}wv�{Î�\u~u~����v�}½­¼��rtqo�����¸�u~�su��|��uwv��¹��r2u_á�u~}¾���À¯'u�oq�su�§Á�Îr��'u_�s¸qu~p&º»���s¸��s¸qu�r���¸qu_p(��u~�a��u_ps�&r�����¸qu¢/�spsoq}¾��oqpsv�{&W�î�oqxq}¾���|r�x�v�{��¦u_xqr'���|}_���#psr'o�t¡v���n"���½� x�v���u~{À�(¢�v��q��xqu�£���u_���(v�xqxR�Ë�x��qpsu~v��*�,u~��u~p~�/y�v��s�s¸q�|u_o&��r�oq�|�Lv�xq��X�r'xq�fÌ©v�pc­²�Ã�s¸qu»tqpcrA¯/���qu~��v�x¹u_xj¯/��psr'xq��u~xÃ��|x¡º»¸q��}½¸���}~r'o�{|���s¸�v�psufv�xq���qu_¯�u~{�r't����¡t�v��c�s�|r�x��\r�p��s}~��u~xq}_u�§

Ë�{��srf�Lv�� �'psv���u¾�\oq{���r�v�{|{q�s¸qu,��u~�a��u_ps�"r��m�a�0��¸qu~�c�|��Ë,��¯/�|�cr'pc�(��r'�������s�su~u�§£�p~§©y���}½¸�v�u~{ Ë��c¸/��oqpsxqu_p~�/£�p~§Î£�u~x�xq�|�©��p�vw��v�xq�&£�p_§V��¸qpc�|�@��r'�Vå#o�Ô~r'xq���©tqpcrM¯ ���qu~��|xï�v�{�o�v��q{�u��\u~u_�q��v�}½­�v�x��gv�� ¯ ��}~u�§

�Îr��'u_�s¸qu~p�º»����¸z��v�{|u_���Éu~�q�Qu~p_��º»¸qrbv�{|�crb�Ãvw¯�ua��uf{�r�����r��V�\r/r/���\r'p»��¸�r'oq�'¸Ã�v�xq�¦}_ps���s�|}~v�{��\u_u~�q��v�}½­#r'x#��¸q���R��¸qu_�s���~�]���cu~pc¯�u~�av���tqpsuÐÂ��qr/}Lpsu_tqpsu_�su~xÃ��v����À¯'u�§©Ë���r'xq���¸�ua{|�À¯'u_{��¡}_psrMº»�¼r��"ÌL¸<§«£0§��@��oq��u~xÃ����º»¸�r¡v�}~}_r'��t�v�xq��u~�g��u�v����s¸qu0n"���½�Q��¸�vw¯'u��r¡�s¸�v�xq­��(r'�@��{À�gË,xj�sr'xÉn"x�ps�|��¸j�~�m¥¦v����|v¡¥#��¯/�|xqu_x<�ZY��|}_�sr'p#¥#oqxq��x2v�xq�d��¸qr'�(v��¢ }½¸q{����c���\r'p���¸qu¦��xj�su~pcu~�c�s�|xq�¹�s�|��u�§

¯

Page 7: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

î�oqpc�s¸qu~pc�(r'pcu��Q�,u_xqxq��xq�Ä��u~ps��Ósv�}_r'�<�QÏ�r�{��ÎË�tqtú�u~�|{�u~p,v�xq����¸qu¦º»¸qr'{�u���xÃ��Ë,}_��iuwv�� t�psrM¯/�|�qu_�É��u¹º»����¸dpcu~�sr�oqps}_u~�f�|x¼��¸qu&}_r'xÃ��u¾�/��r����s¸qu&��xÃ��Ë�}¾�ftqpsr]Ócu_}_�av�xq�r'tqtQr'p@��oqxq�À����u~�Î�sr¦t�v�pc�s�|}_�|t�v��su�v�x��¹tqpsu_�su~xÃ���a�fº�r'pc­¹v��V�s¸qu»ÌLpsr��su~r'��u»¢/��v�xq��v�ps�q���xq�À����v]����¯�u�ä>Ì*¢ �@æf��u~u¾����xq�'�~§���¸qub�c��o��qu~xÃ���¹ygv�ps­joq�0��psr'�c}½¸<�"�#psu_�'r'pc���#�|��u~xqu_Ôv�xq�2¥#r'xqpsv��dÌ©v��sÑjoq�|u¾º»���sÔ�¸�u~{|tQu~�¼��ua�sr��\o�pc��¸�u~p¦v�xq�¼���(t�{|u~��u~xÃ�,��¸qu¹}_r'xq}~u_t�����qu¾¯'u~{�r'tQu~�0��x���¸��|����¸qu_�s�|�_§VÌÎv�pc�©r��q��¸��|��º�r'pc­#º»�|{|{Ã�Qu�}_r'xÃ����x/o�u~�¹v��i��¸�u���v��a�qps���q�'u¤,x���¯'u_ps�c���������|r/}½¸qu_�(���c��p@�¡�qu_t�v�pc�s�(u_xÃ��v�x�����¸�u0ygÏ��*Âà�iyg���²��¸�v�xq­j�,��r(î©{�r'ps�|v�x�,r�{|{��\u_{|�qu_p~��¢ �|p��ir'� ��{|oqxq��u~{|{>��Ë,xq�qpsu¾º �#ps�B[&�s¸q�»v�xq�¡��¸�u�����¢�Ï���§

Ë�{��srf£#v�x&��r'{��su_p~�/¢�v�psv�¸&�Îu_�|}½¸q�(v�xqxR��å�{���¯'u_pL®,���'�'u_�bv�x�x<�j��{|u_�(u_xq�*�#p�v��q¸�u~pv�xq�]\#�|r�ps�'��r'��¢ ­j�|xq��r������»¸qu~{�t�u_�g�|x�xjoq�(u_psr'o���v��ct�u_}_���,r��V�s¸q�|��º�r'pc­²§��»v�{|�sr�¸�vw¯'u��r2��¸�v�xq­Áy2§���r�{|r��s�|x Â�î²o�­/o�¸�v�p�v ��Ëa§��#r�áRu~v�o<���L§�¢ }½¸q�����c�Äv�x��Êå0§�¢/��v��s��­í�\r'p}~r��(��u~xÃ���Lr�x&�s¸qu»t�v��s¸jº�vw�&u¾�/��psv�}_�s�|r'x&�@� �@��u_��§Lî�oqp@��¸qu_ps��r'psu��Ã�©v��7�|xq��u~���su~�¹��r�¹§���u~�sv�psu_xq�E�iî�§ ��§ Ìi§��,r'{��c�su~�'u��ÎÌi§�¥#u~���(u_psu~xR�m�½§m��v�tqt�v�{|v��|x�u~x<���L§�y�r�xj�su~}_}½¸q�ÀÂÌ©v�{�v�Ô_Ô~�E��¢�§]y�r u_{|{|u_p~���¹§M®,u_oq��v�oqu_p~�9X�§AÏ»�|}½­²��X�§]¢ }½¸joq{|Ô���Ë�§�Y*v�{|u_xq}~�|v��A��§)Y*v�pc�bv�pc­²�X�§^Y���{|rq��yɧ^Y��|xq�'pcr'x�v�xq���½§ Ç u_x�v�ps��r'���\r'p�¸qu_{|t��\o�{<}~r'����u~xÃ���_§

��o�����r'�c��r��Vv�{�{E�/��v�� �'psv���u¾�\oq{R��r&�a�(º»���\u¦®,v��(¸�u~u¦¥�º�r�x Âà��v�tqtQu����a�Ät�v�p@Âu~xÃ�s���¦v��qpc�|u_{|u,v�xq��®,r'pc��u_pc�»v�xq���a�b�c�|�@��u~p�y�r'xq�|­]va�\r'p���¸qu_�|p�{�rA¯�u#v�xq��u_xq�qoqpc�|xq��so�tqt�r�pc��rM¯'u~p,v�{�{���¸�u~�suf�|xÃ�su~psu_�c�s�|xq�¹�'u~v�ps�_§

¯/�

Page 8: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

_ õ ôþýÉù7ôþýíÿ

`&a�bcbHd^e)f g�ghgi e�j9kld^m�j no p-q6r etsRu�aFm r g$s q o

�'§À� ¢ oq���bv�pc� §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ ��'§ ° y�r��s��¯�v�����r'xd§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�'§«³ ��r'xq}_u~t��s��§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ ³

�'§«³�§�� å�tQu~psv�����r'x�v�{��|Ô~��xq���s¸quf®,r��s�|r'x¡r��Vî�oqxq}¾����r'x §�§f§f§�§f§¦§�§ v�'§«³�§Æ° î�oqx�}_����r'x�u~Ñjo�v�{��»��xj�su~psv�}_�s�|r'x §f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ v�'§«³�§ ³ y�r �qu_{|��xq�¹��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x�®,u¾��º�r�ps­j��v����#p�v�tq¸q� §f§f§�§f§¦§�§ w�'§«³�§xv ��¸�ua��r��(tq{�u¾� �����br��i��¸qu¦��xÃ��u_p�v�}¾��r'��u7§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ w

�'§yv y�u_�s¸qr/�q�-§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ ±�'§yvq§�� \*u~v��c�@Â���º�r�Âà�»�/�qps���íäz\f°���æ�£#v��½v §�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ ±�'§yvq§Æ° �Îv�xq��u~� Ë{[�xq�À���¡ÌLoqpc��¿�}~v�����r'xÉäG�iË�Ì©Â@yz¢�æ §�§f§f§�§f§¦§�§ |�'§yvq§ ³ ¢j��pso�}_��o�p�v�{�£#v���v�ä>Ì"£#��æ&§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ }�'§yvq§xv £�r��bv���xÄË��AÓsv�}~u_xq}_� §f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�'��'§yvq§~w �iu¾�/��Ë�xqv�{��/�s����§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�'�

�'§�w Ï�u_�soq{À����§�§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�A°�'§«± £��|�c}~oq�c�s�|r�x�v�xq�zå�¯�u~pc¯/��u_º §�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5��v�'§�| Ë�}½­jxqrMº»{|u_�q�'��u~xÃ���d§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�t|

� � j q j�etd r g qT� i e�s r j�g qR� i e�s r j�g q�p-q�r j�etd�m r g�s q�� j r�� sUe��&� o��° §À� ¢ oq���bv�pc� §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�)}° § ° ��xÃ��psr/�qoq}¾����r'xì§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °� 

° § ° §�� ¤�t�}~v��c�s�|xq��¨*��{|oq�@��u~pc�|xq�&��xÃ��u_p�v�}¾����r'x���x �\r'ps�(v�����r'x4§�§f§¦§�§ °� ° § ° §Æ° ��r�xj�sp�v�}¾����r'x�r��Vv��#p�v�t�¸���v��su~��r'x�v¹�'��¯�u~xg��{�v��c�s��¿q}wv��s�|r'x °�v° § ° § ³ £�rMº»xq}~v��c�s�|xq��¨L�Îpsv�xq�c�\u_pspc�|xq�&��xÃ��u_p�v�}¾���|r�x���x��\r�ps�(v�����r'x §�§ °�w

° §«³ y�u_�s¸qr/�q�-§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�±° §«³�§�� £#v]�½v��cu_����§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�±° §«³�§Æ° ��{�oq�c�su~pc�|xq��v�xq����xq�qo�}~u~����xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��a§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�±

¯/�|�

Page 9: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

° §«³�§ ³ y�v�tqtq��xq�&��xj�su~psv�}_�s�|r'x�£#v��½va�sr(¢q��å#Ì1§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�|° §«³�§xv ��x��qoq}~��xq�b¢q��å#Ì-��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��S§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�|° §«³�§~w �Éu~���'¸Ã����xq�&¤,t ÂÒ}wv��@��u_�g��xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq� §f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�V

° §yv Ï�u_�soq{À����§�§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³' ° §yvq§�� ��¸�u�¤�xq�|r�x�r��VÌ"£#���Qå#Ï�î�v�xq��\f°���£#v���v��su¾���`§f§�§f§¦§�§:³' ° §yvq§Æ° ��¸�uf��xÃ�su~ps�cu~}¾���|r�xg�Qu_��º�u~u~xz£��àÌ-v�xq��\f°��D£#v��½v §�§f§¦§�§:³' ° §yvq§ ³ ¢���å¦Ì©Â�¤,tQ}wv��@���|x��¦��r'xq�cu~pc¯�u~�L��¸�u�ÚMØsÙ��|ê¾×~"���ê½ê�®�u_��º�r'ps­�Ë�pàÂ

}½¸�����u_}_�soqpsu�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³�v° §yvq§xv î²v��@�,��r'��t�v�ps���sr'x�r��Î��xÃ��u_p�v�}¾���|r�x�£#v]�½v §�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³�v

° §�w £��|�c}~oq�c�s�|r�x §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³�|° §�w §�� ¢j��pso�}_��o�psu¾Â�î�oqxq}_�s�|r'x�Ï»u~{|v�����r'xq�s¸��|tʧ�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³�}

° §«± Ë�}½­jxqrMº»{|u_�q�'��u~xÃ���d§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³�}� i ets r j�g q�� s6��u����-��g �6q b�j q�r nRg�d p-q�r j�etd�m r g�s q i d r�r j�e q ��������� 5�� �U�

³�§À� ¢ oq���bv�pc� §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³�V³�§ ° ��xÃ��psr/�qoq}¾����r'xì§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ vq�

³�§ ° §�� nL�0�Qu~���q�|xq��¡�oqu_pc��ÌÎv��s�su~psx�� §f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ v9w³�§ ° §Æ° Ë,{|�'r�ps���s¸q���|},Ì"pc�|xq}_�|tq{�u~�þ§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ v9w

³�§«³ y�u_�s¸qr/�q�-§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ v�}³�§«³�§�� ��xÃ�su~p�v�}_����r'x Â�£#v��½v��cu_�s�»v�xq�gygv�tqtq��xq�¹��r(¢q��å#Ì §f§�§f§¦§�§ v�}³�§«³�§Æ° �#u~x�u~p�v]���|x��&�s¸quf��v�}½­j�'pcr'oqxq����x��\r'pc�bv��s�|r'x�®�u_��º�r'ps­ §¦§�§ v�}³�§«³�§ ³ nL�0�Qu~���q�|xq�&Ë,{|�'r'pc���s¸q� §�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ v�}³�§«³�§xv ��u~xq}½¸q�(v�pc­/��xq�2§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w �

³�§yv Ï�u_�soq{À����§�§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w �³�§yvq§�� Ë,}~}_oqp�v�}¾� §¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w'°³�§yvq§Æ° ¢/�|�'x�v�{ÀÂÒ�sr�Âà®�r'�|�cu�Ï�v��s�|r`§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w�v³�§yvq§ ³ ��r��(t�v�ps�|�cr'xĺ»���s¸zß�Õ/Ü�� ÛG×;£-��×@Ù]Ú½Ú)�MؾÜGÙ�ÛGÜ,�]Ý §�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w�v

³�§�w ¢�v���tq{|u�Ì"pcu~�q��}_�s�|r'xq� §f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w�w³�§«± £��|�c}~oq�c�s�|r�x §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w�|³�§�| Ë�}½­jxqrMº»{|u_�q�'��u~xÃ���d§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w�}

¤ ��a r s�bHd r g�m p uTj q6r g$¥�m�d r g$s q sUk¦`Rg �6q d^�hg qF� i d r)§�� d�fT� ¨ �vq§À� ¢ oq���bv�pc� §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w�Vvq§ ° ��xÃ��psr/�qoq}¾����r'xì§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±��

vq§ ° §�� Ë,�|���|xq���\r'p�¸q�|��¸qu~p»�mu_¯�u~{��,r��Vå�ps�Ãv�xq�|Ô~v�����r'x §�§f§f§�§f§¦§�§:±Ã°vq§ ° §Æ° î�pcr'� ¿�pc�c�,ÌLps��xq}~��tq{|u_����rMº�v�ps�q��v�x�Ë�{��'r'ps�À��¸q� §f§f§�§f§¦§�§:±�v

vq§«³ y�u_�s¸qr/�q�-§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±�wvq§«³�§�� n©� tQu~ps���(u_xÃ�½v�{m£#v]�½v��cu_���¶§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±�wvq§«³�§Æ° ¢j�½v�p@��v�xq�g¢/��r't/Â��su¾� §f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±'±vq§«³�§ ³ ¢j� x�r'xÃ� �5£���}_�s�|r'x�v�pc� §f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±'±vq§«³�§xv �iu¾�/����r'pctqoq�¡§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±'±

¯/���|�

Page 10: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

vq§«³�§~w �iu¾�/��y���xq�|xq��§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±'±vq§«³�§ ± ÌÎv���¸Ãº�vw�gÏ»u~}_r'xq�@��pso�}_����r'x�Ë�{��'r'ps�À��¸q� §f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±�}vq§«³�§~| Ë,�q�q��xq��v��s�cr }_��v��su~��î²v�}_�sr'ps�:§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±�Vvq§«³�§�} ÌÎv�p�v��(u¾��u~pc� §f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:±�Vvq§«³�§�V Y��|�co�v�{|��Ôwv��s�|r'x §�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢| �

vq§yv Ï�u_�soq{À����§�§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢|�vvq§yvq§�� n©��v���tq{|u_��r��"��r��(tqo ��u~��ÌÎv���¸Ãº�vM�/� §f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢|�wvq§yvq§Æ° Y*v�{|�|�qv�����xq�f¢/�½v]���|�@����}wv�{qË,�s�cr }_��v��s�|r'xq�"oq�c�|xq�an©��tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{

£#v]�½v��cu_����§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢|�}vq§�w £��|�c}~oq�c�s�|r�x §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}' 

vq§�w §�� Ë,��¯�v�xÃ�½v���u~��§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}' vq§�w §Æ° Ë,}~}_oqp�v�}¾� §¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}��vq§�w § ³ �m���(�À�½v��s�|r'xq� §f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}��vq§�w §xv n©�/��u_xq�s��r'xq�¹§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}ðvq§�w §~w ÌL¸q��{|r'�cr'tq¸q��}wv�{RÏ�u_�bv�ps­j��§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}ðvq§�w § ± Ë,tqtq{��|}wv]���|r�x¡v���v�x�Ë�xqx�r��½v��s�|r'x��ir r�{ §f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}'³

vq§«± Ë�}½­jxqrMº»{|u_�q�'��u~xÃ���d§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}'³¨ ª q etd�n6j«��g qF� a q � q s ��q g q�r j9etd�m r g$s q¬q j r�� s6et�R� � g rt§�q j9d^e � sU­ r ghbHd��j�®�m�g$j q m�f �^¤w §À� ¢ oq���bv�pc� §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}�vw § ° ��xÃ��psr/�qoq}¾����r'xì§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}'±

w § ° §�� ��rM¯�u~ps��xq����xj�su~psv�}_�s�|r'xg¢ t�v�}_u¡§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©}'±w § ° §Æ° ��¸�uay�r �qu_{E¨¯Y��|pc�so�v�{mÌLoq{�{ÀÂ�£�rAº»x�n©� tQu~ps���(u_xÃ���D§f§�§f§¦§�§©}�V

w §«³ y�u_�s¸qr/�q�-§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©V' w §«³�§�� £#v]�½v��cu_����§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©V' w §«³�§Æ° ÌLpcr }_u~�qoqpcu�r��Vv±°6²t³9´�µ^¶«·�¸9µU·9·�¹�º�»�¼¾½!¿*ÀÂÁ�Ã�§�§f§f§�§f§¦§�§©V��w §«³�§ ³ ����tq{�u~��u~xÃ�½v��s�|r'xbr��L¢/uwv�pc}½¸ Â@¢/�sp�v��su~�'��u~�»§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©Vðw §«³�§xv ����tq{�u~��u~xÃ�½v��s�|r'xbr��Î�s¸qu�Ö�Ù���×@Ù]Ú¾×4���]Õ/×Gß���¢/�sp�v��su~��� §�§f§¦§�§©V'³

w §yv Ï�u_�soq{À����§�§f§�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§©V'±w §yvq§�� ¤��s��xq�(�¦{�r'��v�{���x��\r'ps�(v��s�|r'xÄ�sr�r�ps�qu_p»��v����s��§�§f§f§�§f§¦§�§©V�Vw §yvq§Æ° ¤��s��xq����r/}wv�{<��x��\r'pc�bv��s�|r'xR¨ÎÖ�Ù���×@Ù]Ú¾×4���]Õ/×Gß���¢/�sp�v��su~��� §¦§�§��M Ã°w §yvq§ ³ ¢j� �@��u_�bv��s�|}¦nLpspcr'p»Ë�x�v�{��/�s��� §�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§��M Ã°w §yvq§xv £�u_t�u_xq�qu_xq}_��r'x���¸�u���oq�q�¹§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§��M �vw §yvq§~w ��v���}½¸�ÌLpsr/}~u~�c�s��xq�bv�xq�gÌÎv�p�v�{|{|u_{R�ip�v�}½­j�ì§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§��M '±

w §�w £��|�c}~oq�c�s�|r�x §�§f§f§�§¦§f§�§f§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§��M �}w §�w §�� ����tq{��|}wv]���|r�xq���\r'p»î�oqx�}_����r'x�v�{m�¦u_xqr'���|}~�g§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§��M �Vw §�w §Æ° nV¯�r'{|o��s�|r'xqv�pc�b��xj�su~pctqpsu¾�½v��s�|r'x §f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§��'�A°

ÄDs q m���a��-g�s q � oUo�¤

�À�

Page 11: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

� i aTÅ��hg�m�d r g$s q �ÇÆ!aTe�g qT�¬rt§ g��ÇÈÉsUet� oUoËÊÌ g$Å���g�s � etd^­ § f oUo��

Page 12: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

Í Î ÿ�ý õÐÏ Ñ ÒÔÓ øÎù1ÿ

° §À� ��psu~v�­j�qrMº»xgr��i��¸�u��M°�y�r'�c�,�,���'¸q{À�¡��r'x�xqu~}¾��u~�z�,oq�q� §f§�§f§¦§�§:³'³³�§À� î�r'{|�¡Ë,�s�s���'xq��u~xÃ�,ÌLpsu~���|}_�s�|r'x����\r'p»���/tQr���¸qu¾����}wv�{�\*u~v��c�,ÌLpsr���u~��xq�z§¢w�wvq§À� n©�qv��(tq{�u#r��Î�ÎuÐ� �@Â@y���xq�|x�����x�v(y�u~�q{��|xquÐÂ�Ë����c��psv�}_� §�§f§f§�§f§¦§�§:±�|vq§ ° Ì©v��s¸Ãº�vw�ÃÂàî©��xq�q��xq�&Ë�{|��r'ps�À��¸q�:�|x�ÌL�su_oq�qr�Âà��r �qu÷§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢|� w §À� ��¸qufÌLpsr/}~u~��oqpsufr��©vÇ°6²t³�´�µ�¶«·�¸�µU·�·�¹�º�»�¼¼�|x�ÌL�su_oq�qr�Âà��r ��u §f§¦§�§©V��w § ° ��¸qufÌLpsr/}~u~��oqpsu�Õ«Ö�´�׫Ö^²tÕ�Ø9ÙUºtµ«³UÚ(�|x�ÌL�su_oq�qr�Âà��r ��u §�§f§f§�§f§¦§�§©Vð

� �

Page 13: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

Í Î ÿ�ý õÐÏ Û Î ûÝÜ Þíù1ÿ

�'§À� \*uwv��@�cÂE��º�r�Â����/�qpc�|��ä�\f°���æ�tqpc�|xq}_�|tq{�uí§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ |�'§ ° �©v�xq�qu~� Ë{[�xq�����¡Ì"o�ps��¿q}wv��s�|r'xÉäG�iË�Ì©Âàyz¢qæ §f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ }�'§«³ y�r/�qu~{��|xq�¹�Îv�xq�qu_�&ÂÒË{[�xq�À���¡ÌLoqps�À¿�}wv]���|r�x�ä\�ÎË�Ì©Â@yz¢qæ�£#v���v�§f§¦§�§ V�'§yv £�r'�(v��|xÄË,�]Ócu~x�}~u~x�}_���|x�Ì"£#�*Â@¢j��pso�}_��o�psu~��§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�M �'§�w £�r'�(v��|xÄË,�]Ócu~x�}~u~x�}_���|x��#u~xqr'���|}#¢ u~Ñjoqu_xq}~u_��§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�'��'§«± £�u~�'pcu~u�£��|�@��pc�|�qo��s�|r'xar��R��xÃ�su~p�v�}_����r'x�®,u¾��º�r'pc­j���\r'{�{|rMº»�LvfÌÎrMº�u_p@ÂÒ{�vwº �M³�'§�| ��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x�xqu¾��º�r�ps­j��v�pcu¦xqr'x ÂÒp�v�xq��r'� §¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�tw�'§x} ��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x�xqu¾��º�r�ps­j��v�pcu0Ú���Ù���� ×4�ß�����ÀëÄxqu¾��º�r�ps­j�¶§f§�§f§f§�§f§¦§�§5�M±° §À� ¤,tQ}wv��@����xq�&�|x�¢q��å#ÌÁv�xq���mu_¯�u~{�r��ÎË��q�@��p�v�}_����r'x�§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °'°° § ° ��r'xÃ��psv�}_�s�|r'x�r��©v&®,u_��º�r'pc­�v��,£���á�u~psu_xÃ����u¾¯'u_{|�»r��ÎË��q�@��p�v�}_����r'x § °�³° §«³ £�rMº»xq}wv��@����xq�&��xj�su~psv�}_�s�|r'xq��§�§f§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ °�w° §yv Ï�u_�(rM¯/�|x��0��¸qu�å�¯'u_ps{�v�t��\pcr'� ¢q��å#ÌÁË,�s�s���'xq��u~xÃ���_§m§�§f§f§�§f§¦§�§ °�|° §�w £�u~�'pcu~u¦£����c��pc�|�qo ���|r�xÄ�|�»}~r�xq�su_pc¯'u_�g�Ã��¢q��å#ÌÁ¤�t�}~v��c�s�|xq�þ§�§f§¦§�§ °�}° §«± ��¸qu��¦�|v�xÃ�,��r'��t�r'x�u~xÃ��v��,¢q��å#Ì©Â@¢ o�t�u_pc�Gv����|{À�¡�mu_¯�u~{ §f§�§f§¦§�§:³��° §�| ��¸qu�y��|x�r'p���r'��t�r'x�u~xÃ����v���¢q��å#Ì©Â@¢ o�t�u_pc�Gv����|{À�Ä�mu_¯�u~{�§f§�§f§¦§�§:³Ã°° §x} ¤,xq��r'x�r��T\f°��Dv�x��g£��àÌ-�qv��½v�§/§f§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§:³�w° §xV £�u~�'pcu~u¦£����c��pc�|�qo ���|r�xÄ�|�»}~r�xq�su_pc¯'u_�g�Ã��¢q��å#ÌÁ¤�t�}~v��c�s�|xq�þ§�§f§¦§�§:³'±³�§À� ��¸qu�ß�Õ Ü�� ÛG×;£-�]×@Ù]Ú½Ú)�MؾÜGÙ�Û>Ü,�]ݼÌLpc�|xq}_�|tq{�u §�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§ vó³�§ ° î©�|x��q�|xq�0vb¢q��å#ÌÁ��v��Qu~{<�\r�p»v&����¯'u_x���xÃ�su~p�v�}_����r'x�Ì©v��c��u_psx�§�§f§¦§�§ v�v³�§«³ ���qu~xÃ�s���Þ�/�|xq��và¡�oqu~p@��®,r/�qu¦�Ã��®,u¾��º�r'pc­���r'xÃ��uÐ� �2§f§�§f§f§�§f§¦§�§ vñ³�§yv ��¸qu0ç"è�é�êsë�Ë�{��'r'ps�À��¸q�4¨*��r'xq�@��pcoq}_�s�|xq�(v�¢ oq�q�'psv�tq¸��\psr'�¢á §�§ v�V³�§�w ��u~x�}½¸q�bv�ps­j�|xq�Äç"è�é�êsë�ÌLpsu_�q�|}¾����r'xq� §f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢w� ³�§«± Ë�}_}~oqpsv�}~��u~�»r��V¢q��å#ÌVÂÒtqpsu_�q�|}¾����r'xq�»tqpsr/�qoq}_u~���Ã��n�y���u~� §�§f§¦§�§¢w�³³�§�| ��r'��t�v�ps���sr'x¡r��*ç"è�é�êsë�º»�À��¸�ß�Õ Ü�� ÛG×;£-�]×@Ù]Ú½Ú)�MؾÜGÙ�Û>Ü,�]Ý §�§f§f§�§f§¦§�§¢w�±vq§À� ��{|{�oq�c�sp�v��s�|r'xÄr��Î�s¸qufÌ©v��s¸jº�vw��Ï�u_}~r'xq�@��pcoq}_�s�|r'x�Ë�{��'r'ps�À��¸q� §�§f§¦§�§:±'³vq§ ° ÌL¸qu~pcr'�(r�xqu¦Ï�u_�stQr'xq�cuaÌÎv���¸Ãº�vM�Á§�§f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢|'°vq§«³ ¢ �»n*°�äGÌL¸qu~pcr'�(r�xqufÏ�u_�stQr'xq�suwæ�Ì©v��s¸jº�vw��Ï�u_}~r'xq�@��pcoq}_�s�|r'x §f§¦§�§¢|�³vq§yv y��ࣦ°¹Ì©v��s¸Ãº�vw��Ï�u_}~r'x��c��pcoq}_�s�|r'x §f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢|�±vq§�w �fÌ"Ϧ�fÌ©v��s¸jº�vw��Ï�u_}~r'x��c��pcoq}_�s�|r'x §f§�§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§¢|�|

� �|�

Page 14: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

vq§«± ��r'{|r�oqp»¢ }½¸qu_�(uf}~r/�q��xq�¹�\r'p��soq�/Â�}~u_{|{�oq{�v�p��mr }~v�{|��Ôwv��s�|r'x §f§�§f§¦§�§¢|�}vq§�| Ï�u_{|�|v��q�|{�������v��»����á�u~psu_xÃ���mu¾¯'u~{��»r��Ly�o���o�v�{m��x��\r'ps�(v��s�|r'x�§f§�§f§¦§�§¢|�Vw §À� ��rM¯'u~pc�|xq�b¢ u¾��v�xq���s¸qu¦���|��u¾ÂEº�u_�|�'¸Ã��r��©v�®,r/�qu¾ÂÒr'ps�qu_ps��xq�ʧ�§f§¦§�§©}�|w § ° �¦psv�tq¸���¸qu_r'psu¾���|}fÌLps��xq}~��tq{|u_�~¨V���|�c�s�|xq��oq�|�c¸q�|xq�&ð&��â v�x��Âã §f§¦§�§©V�vw §«³ Ë�xÃ���ãÂ�}_r'pspcu~{�v]���|r�xÄr��i��¸quf£�u~��psu~u#r��V��xÃ��u_p�v�}¾���|x��(ÌLpcr���u_�|xq� §�§f§¦§�§©V�ww §yv î�p�v�}¾���|r�x¡r��Î�s¸qu¦��xÃ��u~psv�}_�sr'��u¹ÚMê½ê¾Ýg�j������á�u~psu_xÃ�,¢/��psv���u_�'�|u_�ì§f§¦§�§©V�|w §�w Ï�u_{�v��s��¯�u#ÌÎu_pc�\r'pc�bv�x�}~u¦r���Ö�Ù���×@Ù]Ú¾×4���]Õ ×Gß��0�|xíêsëMß/ê½Ú�ÚMê½ê¾Ýʧf§�§f§¦§�§©V�}w §«± î�p�v�}¾���|r�x¡r��Î�s¸qu¦��xÃ��u~psv�}_�sr'��u¡Ø�]Ý�äå���bêsëÄ�Ã���q��á�u~pcu~xÃ��¢/��psv���u_�'�|u_�-§��M ' w §�| Ï�u_{�v��s��¯�u#ÌÎu_pc�\r'pc�bv�x�}~u¦r���Ö�Ù���×@Ù]Ú¾×4���]Õ ×Gß��0�|xíêsëMß/ê½Ú0Ø�]Ý�äå���bêsëí§¦§�§��M ��w §x} Ï�u_{�v��s��¯�u#ÌÎu_pc�\r'pc�bv�x�}~u¦�|��xqr���v]áRu_}_��u_���Ã��¢/�/�@��u~�(v��s�|}¦nLpspcr'pD§¦§�§��M '³w §xV nVáRu_}_��r��i��¸qufÏ»u~��rA¯�v�{Rr��Î�s¸qu¦�(r��c�»}~r�xqxqu~}¾��u_�¼�,oq����§f§f§�§f§¦§�§��M �ww §À�M `nVáRu_}_��r��©��v���}½¸g¢ ��Ô~u¦r'x�ÌÎu_pc�\r'pc�bv�x�}~ub§f§¦§�§f§f§�§f§�§f§f§�§f§¦§�§��M �|w §À�'��nVáRu_}_��r��Î��xq}~pcuwv��c�|xq�(Ï,v�xq�qr'���|�sv�����r'xÄr��i��¸qu¦xqu¾��º�r�ps­¶§f§f§�§f§¦§�§��'�M w §À�A°Á�m�|xqu~v�p"Ï�u_{�v��s�|r'x��s¸q��t�r��mÏ�v�xq�qr'���|Ô~v�����r'xaº»�À��¸(��r��s�*r��mÌiu~pc�\r�ps�(v�xq}~u �'�'�

� ���|�

Page 15: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

_ æ ÒÔç ýÉù�Þ è

é ô ý�Þíõ ú Ü òÁý Î õ ô

� �ÐÛ"Ü|Ú¹ê��ࣽÙ����cÙ]Ú½Ú¾ÜÞÝ/ß&Û#�Ç]ÝZ���`Û� �Ù�Û?�]ÝRê#Ü|ÚaÙ0ß��~ë]�#"fÙ(�ß�����Àë(Û� �Ù�Ûê�]Ý����Äê��'Ü|Ú¾Û\Ú£¾ê½ØsÙ�ÕÃÚMê¹ê���ê����&Ü���Ö6�ë��£½Ù�£~Ü�� ÜÞÛ���ؾÕ�����ê��¹ÕjÚ¾Û2 �Ù���êfÜÞÛÞÚ � "_Ù��0ê¾ÝQë�ì >

�Îu_pspc�¡Ì"psv���}½¸�u_�s�~��@BADCFEíM�O�î9O�ïFðñO�ò¬ó�IRô¯S�õ�@

öø÷)ö ù!úüû û ý�þ¯ÿp qÂrt§ j�­2s6� r-� � j q s6bcg�m�j9etdø­�ets r j�g q k4a q m r g�s q g��*uFj�¥ q j�uüg q]rt§ j±m�s q�r j � r sUkm�s6b�­���j � q j r�� sUe��&��sUk?�-­2j�m�g$¥�m�g q6r j9e�d^m r g�s q �����]j�etj p�� g�n6j!d q s«n6j9e)nTg$j �sUk�m�s6b�­�a r d r g$s q d��{uFj�¥ q g r g$s q ��sUkD­Fets r j�g q kla q m r g$s q d q u ��g q � rt§ j�b r sg q�r j9etd�m r g$s qñq j r�� sUet�R����� § jüm�j q�r etd�� � a�g�uFg qT�c§ f&­2s r)§ j���g�� rt§ d r ­�ets r j�g qk4a q m r g�s q j�&aTd�����g q�r j9etd�m r g$s q g��ÇklsUe�b aF��d r j�u�

� § j b�d^g q j � ­2j�e�g�b�j q�r d���d q u m�s6b�­�a r d r g�s q d��D� s�aTe�m�j�� sUkàg q�r j9etd�m �r g$s q g q k,s6e�b�d r g�s q d^etj ÅFe�g�j��Ff�g q�r e�s&u�aFm�j�uñd q u u�g���m�aF���-j�u � � g q d��h��f�� rt§ jj�b�j9e � j q�r ­FetsU­2j�e r g$j�� sUk rt§ jàetj���a�� r g qF� g q�r j9etd�m r g$s q¬q j r�� sUet�R�¦d^etj § g �6§&���g �6§�r j�uå� d n^dËetfRg qT� uFj � etj�j sUk q s�g��-jNd q uÔg q m�s6b�­��$j r j q j�����m�s6büÅ�g q j�u� g r)§ ��b�d���� ��� sUe���u Å2j § d�nTg$sUePd q u d q s qR� etd q uFs6b��Z��m�d��$j � kletj9jøuFj � etj9j�uFg�� �r e�g$Å�a r g$s q �

Page 16: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

����������� �� ��� �!�"�$# %

öø÷'& ( )+*-,/.�ý0*1,2)43

��¸qu»�(v��|x0}½¸qv�{|{�u~xq�'u���x0��¸qu�Ö��MÚ¾ÛG×Gß/ê¾ÝZ���¹ÜEؾ×sê��cÙ¦���V��¸qu»v�}_}~oqpsv���u�v�x�xqr��½v]���|r�x¹r��²��¸qu�'u_xqu�tqpsr/�qoq}¾���L�q���s}_rA¯�u~pcu~���|xa�s¸qu��bv�xj��r'x ÂÒ�'r'��xq���cu~Ñjoqu~x�}~�|x���tqpcr]Ócu~}¾���_§LËÁ�bvMÓcr'pv�xq�(v�{��(r'�@�V}_r'xq�c��v�xÃ���\psv�}_�s�|r'x¹r��<v��Qr'o��*³� �5�Â;w� �5Dr��Rv�{|{�xqu_º»{À�¹�q�|�c}~rM¯'u_psu_�b�'u_xqu~�¸�vw¯'u,xqra�cu~Ñjoqu_xq}~u��c�|���|{|v�ps�À�����srav�xÃ�&r��s¸qu~p*�'u_xqu�r��R­jxqrMº»xb�\oqxq}¾���|r�x<§V��¸q����{��|���������¸�u��s}_r'tQu�r��mº»�|��u~{��&o��su~��¸qr��(r'{�r'���¹�qv��su_�¡�(u¾��¸qr/�q�*�soq}½¸�v������mË#¢ �1äGË,{��s�s}½¸joq{u_�,v�{>§����)V�V�|�澧

��xz��¸q����}_r'xÃ��u¾�/�¦�@��pso�}_��o�p�v�{Î�'u~xqr��(��}~����xq���s��v��s��¯�u~���su_��r'o����srÄtqpcrA¯/���qu0u¾� tQu~pc�ÀÂ��u~xÃ�½v�{�{����qu_�su~pc�(��xqu~�2�c�spsoq}¾��oqpcu~�f�soq}½¸2��¸�v��¦�\r'p#��r'�@�¦�su~Ñjoqu_xq}~u_�¹v¡psu_{|��v��q{|u�¸qr�Â��r'{|r'������r ��u~{�}~v�x��Qu�r'����v��|xqu_�<§�£�u~�ctq���su�v�{|{�v�� ¯�v�xq}~u_�(��x��s¸qu¡¿�u~{��<�"��¸qu�u¾�jÂtQu~ps���(u_xÃ�½v�{Î�qu_�su~ps���|xqv�����r'xzr���tqpsr���u~��x¼�c�spsoq}¾��oqpcu~�fpsu~�(v���xg�����(uÐÂ�}~r�xq�soq���|x��¡v�xq�u¾� tQu~xq�c��¯�u�§

�Ò�i�|�mr'�ï/�|r'o��<��¸�v���x�rA¯�u~{j}~r��(tqo �½v��s�|r'x�v�{'v�xq�¦uÐ��tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{Ã�(u¾��¸qr/�q�<�\r'p<�\oqx�}¾Â����r'xgt�psu~���|}_�s�|r'x�v�xq�zv�xqxqr���v�����r'x�v�psu�xqu~u_�qu~�<§�î�oq{|{À��v�o��sr'�bv]��u~��}~r��(tqo �½v��s�|r'x�v�{��u_��¸�r �q���\r'p(�\o�xq}_�s�|r'xÁt�psu~���|}_�s�|r'x-�so�á�u~pb�\pcr'� ��¸qu��Gv�}_�Ä�s¸�v��(��¸quz��psrÃv�����u~pc�Ö6�ë�]Ûàê¾ÜÞÝD"ÐÕ ÝRؾÛGÜ,�]ݼpsu_�bv���xq��pcu~{�v]����¯�u~{À�Ä�|{�{ÀÂÒ�qu_¿�x�u~�<§V��{|uwv�ps{��(��¸qu#¿�u_{|��r��Î�(r�{|u~}_oq{�v�p�q��r'{|r'���¡�|x��'u~xqu_p�v�{Îv�xq�g�q�|r'��x��\r'pc�bv��s�|}_���|x�t�v�pc�s�|}_oq{�v�p�º»��{|{���u_xqu_¿����\psr��þv�}~{�uwv�xv�xq��}~r��(tqo �½v��s�|r'x�v�{|{��&��p�v��ct�v��q{�u#�qu_¿�x�������r'x�r��6"ÐÕ ÝRؾÛGÜ,�]Ý�§

��¸q�|�#������¸qu¹pcr r��#r��"��¸qu¹º»���qu¾ÂÒ�stqpcuwv��d�|xÃ�su~psu_�c�f�|xgÖ6�ë�]Û�ê¾ÜÞÝ�ÜÞÝ�Û�ê��cÙ/ؾÛ>Ü,�]ÝíÜÞÝ�"����Ð×��Ù�ÛGÜ,�]Ý�§zË��¹xqrM¯�u~{�uÐ��tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{�v�xq��}~r'��tqo���v�����r'x�v�{"��u_��¸�r �q�0v�psuÄ��u_¯'u_{|r'tQu~���ra�suwv�ps}½¸¡�\r'p���xÃ��u~psv�}_�s�|xq�at�v�pc�sxqu~pc��r��ivat�psr��su~�|xbr����|xÃ��u_psu_�c�w��r'oqp�¯/��u_ºSr��<Ö6�ë�]Ûàê¾ÜÞÝ"ÐÕ/ÝRؾÛ>Ü,�]Ý¡���V��p�v�xq�c�\r'pc�(u_�<§V®�rMºÁ��¸qu»}_u~{|{��|�"�su_u~xÄv��"vf}_r'�(t�{|u¾�(Ú)�MؾÜEê¾Ûh�Ç�#"VÖ6�ë�]Ûàê¾ÜÞÝ�ÚäGË,�q�Qr��s�~��°� � Ã°'æap�v]��¸qu_p&�s¸�v�x�v�x�oqx Â�}_r r�ps�q��x�v���u_� £½ÙMßí�#"aÖ6�ë�]Ûàê¾ÜÞÝ�Ú�º»¸qu_psu�uwv�}½¸��u~�0�Qu~p�º�r'ps­j��tqpsu¾�s�����0o�}½¸���x¡�|�sr�{�v��s�|r'x<§

��u~}~v�oq�cuztqpsr���u~��x Â�t�psr��su~�|x���xj�su~psv�}_�s�|r'xq�&tq{|vw��vÉ�(vAÓcr'p¹pcr'{|u��|x�v�{�{��q�|r'{�r'�'��}wv�{tqpcr }_u~�s�cu~�&äG�,oq���s�(v�xzu_��v�{>§���°� '  �Aæ���¸qu�t�r'�@�cÂÒ�'u~xqr��(��}¦¯/��u_ºDr��Vtqpsr��su~��x ÂÒ�\oqx�}_����r'x�qu¾¿�xqu~��u_¯�u~p@�¡tqpsr���u~��x�v��»v¹t�v�pc��r��Vv0}_r'��tq{|uÐ�¡xqu¾��º�r'pc­Är��Î�stQu~}_��¿�}#��xj�su~psv�}_�s�|r'xq�_§��¸quf�bv��|xÄ}½¸�v�{|{|u_xq�'u_�,v�xq��Ñjoqu_�c�s�|r'xq�»��¸qr'tQu¦�sr�v��q�qpcu~�s���|xÄ�s¸q�|���s¸qu~�c�|��v�psu�¨

6 ��rAº v�psuf�|xÃ�su~p�v�}_����r'x¡xqu¾��º�r'pc­j��}~r'x��c��pcoq}_�su~���\psr'� �s¸qu�vM¯�v���{�v���{|u��qv��½v�v�xq�º»¸�v]��v�psu���¸�u�v�ps}½¸q�À��u~}¾��oqpsv�{<�\uwv]��oqpcu~�»r��©�s¸qu~�cu¦xqu_��º�r'ps­j�87

6 ��rAº¶}wv�x�tqpcr���u_�|x¡�\oqxq}¾���|r�x��Qu¦psu_{|��v��q{���}~r��(tqo ��u~��¯/��v¹�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�976 ��x�º»¸�v��»º�vM�/��}wv�x���¸�uf}_r'��tq{|uÐ���À���Är��Î}~u_{|{�oq{�v�p�xqu_��º�r'pc­/�,��u#��v�}½­j{|u~�:76 ���»�����\uwv��c�|�q{�u���r&tqpcrA¯/���qu#�|xÃ��u_p�v�}¾����r'x¡�|x��\r�ps�(v�����r'xbu�[(}_�|u_xj�s{��Ä�\r�p»v�x�u~xÃ����psutqpcr���u_r'��u;7

Page 17: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

����<��>=?�$#@=BADC �FE G

öø÷IH JK)43ML9N8O:*-P

�,u_psu���º»�|{�{<�q�|�c}~oq�c�#v¹�\u_º��q�ÀáRu_psu~xÃ��v�tqtqpcrÃv�}½¸qu_�,�sr�Ö6�ë�]Ûàê¾ÜÞݱ"ÐÕ/ÝRؾÛGÜ,�]ÝÉv�xq�gpcu~{�v]��u��¸�u~�suf}~r�xq}~u_t����»��r0Ö6�ë�]Ûàê¾ÜÞݼÜÞÝ�Û�ê��cÙ/ؾÛ>Ü,�]Ý�Ú¾§

å�xqu(r�����¸�u(r'{��qu~�@�ft�v�p�v��q�|�'���#�|x2��r'{|u_}~oq{|v�p��q��r'{|r'���z�|�#�s¸qu(}_r'xq}_u~t���r��D�]ÝRêß/ê¾ÝRêb×ø�]ÝRêfÖ6�ë�]Ûàê¾ÜÞÝ�×à�]ÝRêê"ÐÕ/ÝRؾÛ>Ü,�]Ý�§¼��¸q���¹u~xq}~v�tq�coq{�v��su~�0�s¸qu¡v��c�soq��t�����r'x��s¸�v��u_¯�u~p@���'u~xquf}~r/�qu_�»�\r�p�r'xqu¦tqpsr���u~��x¡º»¸qu~pcu��À���2Q�oqxq�|Ñjoqu¦�cu~Ñjoqu~x�}~ua}_r ��u~���\r'p»v&�stQu¾Â}~�À¿�}fÝQÙ�Û>Ü���ê��c�spsoq}¾��oqpcu�§LË���v�xÄu_xqÔ_�/��u�� �s¸q�|�*tqpcr���u_�|xb�@��pcoq}_�soqpsu,�|�*psu~�ct�r�xq�s���q{|u»�\r'p}wv]�½v�{À� �c�|�ir����ct�u_}~��¿q}�psu~v�}_�s�|r'xq�i�|xf��¸qu�}~u_{|{E§i��xa�s¸q�|�i}~r'xÃ�su¾�/�V��¸�u��qu¾¿�xq���s�|r'x�r��q�\oqx�}¾Â����r'x¡�|����¸qu�£~Ü,�MØ �ê��¹ÜEØsÙ��<�\oqxq}¾����r'x¡r��©v0tqpsr��su~��x<§L��¸q�|��x�r�����r'x¡¸�v����Qu~u_x�}~v�t���o�psu~��|x�v¹¸q��u~p�v�ps}½¸q��}wv�{<}_{�v��c�s�À¿�}wv��s�|r'x¡�Ã�¡�s¸qufn"x�Ô_�/�(u���r'�����|�s�c�|r'xR� ��¸�u�n*�*ÂÒx/o��0��u_p~§

�Ò��¸�v����Qu~}~r��(u�}~{�uwv�p"��¸�v]���s¸qu�v��QrM¯'u,t�v�p�v��q�|�'�÷�|�"�Gv�p*�\pcr'�7��¸�u,��pco���¸R§*ygv�xÃ��'u_xqu~��¸�vw¯'u2�q��á�u~pcu~xÃ���stq{��|}_u¾ÂÒ¯�v�pc��v�xÃ�s�Ä}~r/�q�|x����\r�p¡�q��á�u~pcu~xÃ��tqpsr��su~��xq�~�,xqr���º»���s¸ Â�c��v�xq�q��xq���q��á�u~pcu~xÃ��tQr'�@�cÂÒ�sp�v�x��s{�v]���|r�x�v�{R��r/�q��¿�}~v�����r'xq�_§�¢ r��(u¦tqpcr���u_�|xq��¸�vw¯'u��su_¯ÃÂu~psv�{m�q��xq�q�|x��¹�s���su~��v�xq��}wv]�½v�{À� Ô_ufv&¯�v�pc�|u_���br��Î�q��á�u~pcu~xÃ��psuwv�}_����r'xq�_§�î�oqp@��¸qu_ps��r'psu����¸�u��'u_xqu_�s�|}�r�p��qu¾¯'u_{|r'tq��u~xÃ��v�{Q¯/��u_ºÊr��mt�psr��su~�|x��\oqxq}¾���|r�xb�|�*xqr���v�}~}_r'oqxÃ��u_�Ä�\r'p*�|x��¸��|�"�(r/�qu_{�v���v�{|{>§Vå���}~r'o�ps�su»��¸�u,}_r'�(t�{|u¾� �À���0r��Rtqpsr��su~��x&�\o�xq}_�s�|r'x��|�L}~v�t���o�psu~����rvÄ�'pcuwv��#uÐ�/��u~xÃ�f�|x���¸qu¹�q��r'{|r��'�|}~v�{m{|�À��u~psv���o�psu�§¦��rMº�u¾¯'u~p_�m��¸q����­j�|xq�¼r��*­jxqrMº»{|u_�q�'u�|�a�|x�v�}_}~u_�s�s���q{|u(��r¼}~r��(tqo ��u~p0v�{|�'r�ps���s¸q������x���¸qu¡�cu~xq�cu¡��¸�v��0���0���0oqxq�@��pcoq}_�soqpsu_��|x �\r'ps�(v�����r'x<§

¤,�co�v�{|{À��tqpsr���u~��x-�cu~Ñjoqu~x�}~u~��v�psug}_r'��t�r'�cu~��r���ë�����Ù�ÜÞÝ�Ú¾§Ê£�r'�(v��|x��¹}wv�xÁ�Qu�qu¾¿�xqu~�Êv��(��xq�qu~tQu~x��qu~xÃ�Ä�\r'{��q�|x��2o�xq���s�br'p��|xq��u~tQu~xq�qu_xÃ�Äu_¯�r'{|o ���|r�x�v�pc��o�xq���s�(r��vztqpcr���u_�|x<§¼��¸qu_x�u¾� tq{|��}~�À���\oqx�}_����r'x�v�{�v�xqx�r��½v��s�|r'x�}wv�xX�Qu¡v��c�½v�}½¸qu_�X��rz�qu¾¿�xqu_��qr'�(v���xq�~§V¢ oq}½¸Ä�qr��bv���x(��u_¿�xq�À����r'xq�*}wv�x(��u»�\r'oqxq�R�/�\r'p*u¾��v���tq{�u��j�|x���¸qu��(u_�0�Qu~p��v���v���v��cu~��r��<��xÃ��u_p�ÌLpsrÄäGË,tjº�u~��{|u_p�u¾��v�{>§�� °� � ' Ãæ©�so�}½¸�v��*Ì*î/Ë#yâäG��v��su~�(v�x(u¾��v�{E§À�°� ' � Ãæ<r'p΢qy�Ë�ÏÎ�Sä>�mu_�soqxq�|}*u_�©v�{>§���°� ' '°'澧i��¸qu��@��pcoq}_�soqp�v�{j�qu¾¿�xq�À���|r�xq�Îr��q�qr'�(v���xq�v�pcu»�\r�oqxq�&�|x&��v���v���v��cu~�*�soq}½¸bv��"£#£#£ ä>£���u_���(v�xqx¹u¾��v�{E§À�/°� ' ��Mæ¾�j¢q��å#ÌÊä>y�oqpsÔ_�|xu_�,v�{>§����)V�V�w�æ�r'p���ËL�»� ä>å�psu~x��'r&u_�,v�{E§À�R��V�V�|'æЧ

�ʸqu~xì��¸quÉv��s�cr }_��v��su~�Ê��uÐ� ��}~r�xj��v��|x��|xq����¸qu2�q��r'{|r'���|}wv�{�v�x�xqr��½v]���|r�xS���aÓcoq�c�}~r�tq�|u_���\pcr'� tqpcr���u_�|xq�»r��έjxqrMº»x��\oqxq}¾����r'x��sr(x�u_º �cu~Ñjoqu_xq}~u_�#��v��su_�gr'x��st�oqps��r'oq��su_Ñjoqu~xq}_u(�c�|���|{|v�ps�À���'�q��¸��|��}~v�x¼psu_�soq{À�#�|xz�\oqx�}_����r'x�v�{�{����q�ÀáRu_psu_xj��tqpsr��su~��xq���'u¾�s����xq��s���(��{�v�p�v�xqx�r��½v��s�|r'x��~§LË��»tqpcr���u_�|xq���(vw�Ä}_r'xÃ�½v���x��cu_¯�u~p�v�{Î�qr��bv���xq�~�/��¸quRQ¬�qr'�(v��|x/Â}½¸�v���xq�|x���Â�u¾áRu_}_�SQ�}wv�xd{�uwv��¼��rÄ�Gv�{|�su&v�xqxqr���v�����r'xq����x¼�soq�q�cu~Ñjoqu_xj�apsr'o�xq�q�#r���v�o��sr�Â�(v���u_���\o�xq}_�s�|r'x�tqpcu~�q��}_����r'x<§*��{�uwv�pc{��bv���r'psu#�@��pcoq}_�soqpsu_�zv�tqt�psrÃv�}½¸��|��x�u~u~��u~�<§

Page 18: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

����<��>=?�$#@=BADC �FE T

UVXW$VYU Z�[]\_^�`Fa�bdcfe8` ghbdi_bYe8jkaDl8\nmoc aDbdcfepcqsr8t�e8uva�bdcfeÌLpsr��su~��xX�c��pcoq}_�soqpsu_�bv�{|psu~v����ɸ�vw¯'u��Qu~u~x�r'pc�Ãv�xq��Ô~u_�X�|xÃ��r¼¸q��u~psv�ps}½¸q��}wv�{�}~{|v��s�c��¿�}~v]Â����r'xq���soq}½¸dv���¢q��å#Ì äEy�oqpsÔ_�|xzu¾��v�{>§����)V�V�w'æ¾����ËL�»� äEå�psu_xq�'rbu¾�#v�{>§��m��V�V�|'æ»v�xq���¸�u¼îL¢q¢�Ì äG¸Ã�s�st<¨xw�w]º�º�º¦§¬u~�q�>§ v�}�§«o�­yw]��v�{|�zw]�\�s�ct�w'æ�º»¸��|}½¸Êv��'pcu~ugº�u~{�{��\r'p(�(r'�@�Är����¸�u�tqpsr���u~��x(�\r'{��q�#äG��v���{|u_�(v�x��!X�r'xqu_�~�<�)V�V�VÃ澧©��¸qu~�cu#}~{�v��s�s�À¿�}wv]���|r�xq��v�{|�sr��qu~{���¯�u~p�\oqxq}¾����r'x�v�{q��x��\r'pc�bv��s�|r'xR�'v��"}~u_pc��v��|x��c�spsoq}¾��oqpsv�{�}~{|v��s�cu~��v�psu»�|xï�r'{�¯�u~�b��x&�q�|r'{�r'�'��}wv�{tqpcr }_u~�s�cu~�,{|�|­�u����\r�p�u¾��v���tq{|u���£#®,Ë»Â��q��xq�q�|x��0r'p»ËL�»Ì©Â�¸Ã�/�qpsr'{À�/�s�|�_§

Ë`�s���(��{�v�piv�xq�¹��r'pcu��c�spsoq}¾��oqpcu~�(v�tqtqpcrÃv�}½¸¹��r��\oqx�}_����r'x�v�{�v�xqxqr��½v��s�|r'x0���©�½v�­�u~x�Ã�Á��¸�u2�¦u_xquÉå#xÃ�sr'{|r'���`��r'x��sr'p@���|o�� äE�få¦æzäGË,�s¸j�qoqpcxqu~p�u_��v�{E§À��°� ' ' ÃæЧ7�,u_psu�\oqxq}¾����r'x�v�{��su~pc�(�&v�pcu¡�qu~�c}~pc�|�Qu~��º»����¸��|x�v�x�å�xj�sr'{|r����'§íË,�0��¸qu���x��\r'ps�(v��s�|r'xÉ�|��c�spsoq}¾��oqpcu~�<�R�����bv�­�u~����¸quav�xqxqr��½v��s�|r'x�r��Ltqpcr���u_�|x��\o�xq}_�s�|r'x��qu~�c}~ps����u_�¼v�}_}~u~�c�s���q{|u��r�v�{��'r'pc����¸��(�_§Î��¸qu¦u_xj�sps��u~��v�psu#r�ps�Ãv�x��|Ô~u_��v��»v¹�q�|pcu~}¾��u~��v�}¾�/}~{|��}��'psv�tq¸Éä>£»Ë���æÐ�º»¸qu_psu¦��¸qu¦�q��psu~}¾����r'x��|���\psr�� ��¸qu¦��r'�c�»��u~xqu_p�v�{*ä>��å1pcr r��Ðæ*�sr��s¸qu¦�(r'pcu#�stQu~}_��¿�}��u_ps���~§Î��x���å-��¸�u��q�|�@����xq}_�s�|r'x���u¾��º�u_u~x��q��á�u~pcu~xÃ�V¯/�|u¾º»�Lr����\oqxq}¾���|r�x0�|�©v�}~}_r'oqxÃ��u_��\r'p_§Á��¸qu~pcuzv�pcug³2�bv��|x�}wv��su~�'r�ps�|u_�(��xÁ�få0�L�qu~�c}~pc�|�q��xq���q��r }½¸�u~���|}wv�{��\oqxq}¾���|r�x<�}~u_{|{�oq{�v�p�psr�{|uzv�xq�`�soq�Q}~u_{|{�oq{�v�p({|r/}wv�{��|Ô~v�����r'x<§ÊË tqpcr���u_�|x`�|�bv�xqxqr��½v��su~�`º»���s¸`v��{|u~v��c�»r�xqu¦{�v��Qu~{R�\pcr'� u~v�}½¸gr��Î�s¸qu#��¸qpcu~u¦}wv��su~�'r�ps�|u_�~§

UVXW$V|{ r�t�e8uvaDbhc!e}\_~9t8` gh����efay\_^�`-uva�bdcfe��¸qu�tQr'�c�@Â��'u_xqr'���|}(¯/��u_º �qu_¿�x�u~�&tqpsr���u~��xí�\oqxq}¾���|r�xX�|xí��¸�u¡}~r'xÃ��uÐ�/�(r��,}_r'��tq{|uÐ�xqu¾��º�r'pc­j�©r����stQu~}~�À¿�}*�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq�~§���¸q���i¯/�|u¾ºír��qv��@�sr/}~�|u¾���#r���tqpsr��su~��xq����¸�v����Qu~u~xtqpcr't�r��su~���Ã�2ä>��r'ps­Äu¾�,v�{E§À�R�)V�V�}y��nL�|�cu~xj�Qu~ps��u_�,v�{>§��q°� ' '  �²��¸qu~x�v�xq����v�x<�Q°� ' '  �Ë�����r��c�w��°� ' Ã°'æЧ ��xq�qu_u~�¶��r'{�u~}~o�{�v�pÄx�u_��º�r'ps­j�g�c¸�v�pcu2���(tQr'p@�½v�xÃ��v�pc}½¸q���su~}¾��oqpsv�{�\uwv]��oqpcu~��º»���s¸��cr }_��v�{�xqu_��º�r'ps­j��v�xq����¸qu#º�r'ps{�� ÂÒº»���qu¾ÂEº�u_��ähX�u~r'x��(u¾��v�{E§À��°� ' � Ã澧

�,u_psu¹��º»�|{�{���v�­�u0�s¸qua¯/�|u¾º���¸�v��,Ö6��]Û�ê¾ÜÞÝ�"ÐÕ/ÝRؾÛGÜ,�]Ý�ê +~Õ�Ù�� Ú¹ÜÞÝ�Û�ê��cÙ/ؾÛ>Ü,�]Ý�§¦y�r'psu�stQu~}_��¿�}~v�{|{À�'�'��xa��¸�u�}~r'xÃ��uÐ�/��r��Q�s¸qu��qpcrÃv����fåÊ}~v���u_�'r'ps��u~�Vr��Q�\o�xq}_�s�|r'xq�_�Ã�q�|r/}½¸qu_�(�ãÂ}wv�{j�\o�xq}_�s�|r'x�}wv�x���u*�qu_¿qxqu~�&v��itqpcr���u_�|x#Â<�c�bv�{�{'��r'{|u_}~oq{�u*��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��~§©¢ �|���|{|v�ps{À�'��so���}_u~{|{�oq{�v�pf{�r }~v�{|��Ôwv��s�|r'xg}wv�xí�Qub�cu~u_x�v���t�psr��su~�|xdÂ�r�ps�Ãv�x�u~{|{�u&�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq�~§�î©�ãÂx�v�{�{���� �q��r'{|r��'�|}~v�{�tqpsr/}~u_�s�cu~�»}wv�x¡�Qu�}~v�t���o�psu~�¡¯/��v�tqpsr��su~��xbÂLtqpcr���u_�|xÄ��xj�su~psv�}_�s�|r'xq�_§��xÉ�s¸qu(�\r�{|{|rMº»��xq�q�<��º»��{|{V�\r/}~oq�fr'xÉtqpsr��su~��xdÂ�tqpsr���u~��xÉ��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x2xqu¾��º�r'pc­j�¹v�xq�psu¾�\u~p���r&�q��r'{|r��'�|}~v�{�t�psr/}~u~�c��v��»tqpsr��su~��x��\o�xq}_�s�|r'x<��oqxq{|u_�s���c��v���u_��r��s¸qu~p@º»�|�cu�§

Page 19: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

����<��>=?�$#@=BADC �FE �

UVXW$VXW � c���\�gYbhe8jK��e�ay\_^�`-uva�bdc!e�mo\�a���c^��9��`-����^�` [�l8���¸qu»}~r��(tq{�u¾� ������r��Q�|xÃ�su~p�v�}_����r'x0xqu¾��º�r�ps­j�����V}wv�t���oqpcu~���|x¹�(v���¸�u~�(v�����}wv�{Ã��u_ps���"v���'psv�tq¸q����� ä�� �I�a澧��¦u_xqu~psv�{|{À�'�Q�'p�v�t�¸q��}_r'xq�s���c��r��*vb�su¾�#r��Lx�r �qu_�&äGr�p,¯'u_pc�s�|}~u_�½æ�7{|��xq­�u_���Ã��u_����¸�u~p��q��psu~}¾��u_�gv�pc}~�»r'p�oqx��q�|pcu~}_�su~��u~�q�'u_�9�(§

��x-��xj�su~psv�}_�s�|r'x�xqu¾��º�r'pc­j�~��xqr/�qu~��psu_tqpsu_�su_xj�Ä�q�|r'{�r'�'��}wv�{*u~xÃ���À����u~�&�soq}½¸Áv��&�qr�Â�(v��|xq�_�»tqpsr��su~��xq�~��}~r'��tq{�u¾� u~�Är�pÄtqpsr���u~��xÁ�Gv����|{|��u~�_§ ��¸qudu~�q��u~�¡�Qu_��º�u~u~xS��¸qu_�suxqr/�qu~��v�pcu��|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq�&r'p0�\oqxq}¾���|r�x�v�{�v��c�sr/}~�|v�����r'xq�~§�n"v�}½¸�u~�q��u�}~v�x��Qu��'��¯�u~xvc��ê¾ÜÀß� /ÛG§íî�r'pauÐ��v��(t�{|u��L�s¸quĺ�u_�|�'¸Ã�&}~v�x�psu~t�psu~�cu~xÃ�&��¸qu¡�@��pcu~xq���s¸�r���v�x���xÃ��u~pàÂv�}¾���|r�x<�R�coq}½¸2v��,�s¸qu¹�q�|�c�sr/}~�|v�����r'x�}_r'xq�@�½v�xÃ�;�� �r'p,�s¸qu0xjoq�0�Qu~p�r�����xq�qu_t�u_xq�qu~xÃ�u¾� tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{mu¾¯/�|�qu_xq}~u¦�\r'p���¸��|���|xÃ�su~p�v�}_����r'x<§

UVXW$V¢¡ £�l8\¥¤¦cf§K[�gh\�¨�bXa�©ªcq«a�l8\n��efay\�^�`-uvayc!§K\��¸qu¡ÜÞÝ�Û�ê��cÙ/ؾÛ#���bêa}wv�x¼�Qu0�qu¾¿�xqu_��v��,��¸qu0�cu_�#r���v�{|{��stQu~}_��¿�}¹tqpcr���u_�|x ÂÒtqpsr���u~��xg��x Â��u_p�v�}¾����r'xq��r/}~}_oqpspc�|xq�¡��xdv�x¼r'ps�'v�xq�|�c��§f�m�|­�ua��¸�u¹tqpsr��su~r'��u��<�s¸qu¹�|xÃ�su~p�v�}_��r��(u��|�v�ë���ÝQÙ��¹ÜEØ��c�spsoq}¾��oqpcu�§

��¸qua�c�|Ô_ufr��©��¸�u�tQr���u_xÃ����v�{VÜÞÝ�Ûàê��cÙ/ؾÛGÜ,�]ÝgÚ�Ö�Ù/ؽêfr��Lv�x�r'pc�Ãv�xq���s� ������¸qu¦xjoq�0�Qu~pr���v�{|{itQr'�s�c�|�q{�u¹t�v��|p@º»�|�cu0}~r'�a�q�|x�v]���|r�xq��r��*tqpcr���u_�|xq�_§0��¸q�|�#}~v�xd��u¹¯/�|�co�v�{��|Ô~u_�dv��v�xSÙÃëY¬_Ù/ؽê¾ÝRØ��Â��Ù�Ûh�ÐÜ �ìäG�su_u�î©�|��oqpsu�w §��M澧z��xX�coq}½¸-v�xXv��]Ósv�}_u~xq}¾�í�(v���pc�À�¦­ v�xu~xÃ�spc�¯®«°²±f�����(v�ps­�u~�¼���L�s¸qu0tqpcr���u_�|xq�´³�v�xq�¶µ�v�pcua­jxqrMº»x¼��rÄ��xj�su~psv�}_�~§#��¸qu¹�s��Ô~ur��*��¸q���#�bv]��ps�ã���<�|xq}_{|oq���|xq�¡�cu~{���ÂÒ�|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq�~�R�|�«·¹¸²º»·�¼¾½�¿À �<º»¸qu~pcu(x2�|���s¸qu¹xjoq�0�Qu~pr��ftqpcr���u_�|xq�_§ å#�ï/�|r�oq�s{À���s¸quztQr���u_xj�s��v�{,}~r'��tq{�u¾� ������r��fvíxqu¾��º�r�ps­Á�'pcrMº»�¡v���vÑjo�v��qpsv�����}bpsv���ub�srg��¸�uÄxjoq�0�Qu~par��»tqpsr��su~��xq�0�|xï�r'{�¯�u~�<§¼��¸q���a�coq�'�'u_�c���0�s¸�v�����¸qu}~r��(tq{�u¾� ������r��"r�ps�Ãv�x��|�s�����bvw��xqr����(u_psu~{À����u�psu~{|v���u_�g��r(��¸qu0xjoq�a��u_p�r��"�'u_xqu~��|x-v��'u_xqr'��u����qo��(��r��s¸qugxjoq�a��u_pÄr���º�vw� �Ä�s¸quzpcu~�so�{�����xq����u~xquÐÂ�tqpcr �qo�}_���b}wv�x�|xÃ�su~p�v�}_�w§

��xbv�¿�pc�c��v�tqt�psrw� �|�(v�����r'x0��º»�|{|{ xqr��*v��c��u_�(t��©��r¦�(r/�qu_{���¸qu»���/x�v��(��}~�Lr��Q�so�}½¸}~r��(tq{�u¾�í�c�/�c�su~���~��v�{���u_������¸qu_psu�v�psu�v��c��u_�(t��s�¹��v��cu~�-r�x��Qr/r'{|u~v�xXxqu_��º�r'pc­/�(r'p�q�ÀáRu_psu~xÃ�s��v�{Lu_Ñ/oqv�����r'xq�¦�\r'p¦�s�(v�{|{�u~p#�so��q�c�/�c�su~���~§��,u_psu(��º»�|{�{Vpsu_�c��pc�|}¾�a�a�/�cu~{�����r��r �qu_{V�|xÃ�su~p�v�}_����r'xdxqu_��º�r'pc­/�av��f�c�½v]���|}¹��p�v�tq¸��f�sr��'v��|x2v�x2rM¯'u~p@¯/�|u_º7r���}_u~{|{�oq{�v�pxqu¾��º�r'pc­j�~§í��¸qu¡pcu~�coq{��s�|xq�¼�'psv�tq¸q�0º»��{|{"��¸qu_x���uÄ�coq�/Ócu_}_��u_���srdv�{|�'r�ps���s¸q���|}�v�xq��'psv�tq¸ ÂE��¸qu_r'psu¾���|}¦v�x�v�{��/�c�|�~§

Page 20: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��� Á�����A��!ÂB��Ã�E Ä

öø÷hÅ ( N�*-Ư)¶ÇMP

��¸qu0�(v���xgu¾� tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{Îv�xq�g}~r'��tqo���v�����r'x�v�{���u_��¸�r �q�,r��L��xj�su~psv�}_�s�|r'x��|x��\r'pc�bvAÂ����r'xXº»�|{�{���u��|xÃ�spsr/�qoq}~u_����ps�|uÉÈq�'§��aº»�|{�{��\r/}~oq��r'x���¸qu�­j�|xq��r�����xÃ��u~psv�}_�s�|r'x���x Â�\r'pc�bv��s�|r'x���¸�v]��}wv�xÊ�Qu¼psu_�sps��u_¯'u_�S�\pcr'� ��¸qu¼�q�ÀáRu_psu_xj����u_�s¸qr/�q��v�xq�ʸqrMº4��¸qu�|x �\r'ps�(v�����r'x��|����r/�qu~{�u~�zv���xqu_��º�r'pc­/�_§a��u~�s���qu~���s¸qua�su~}½¸qxq��Ñjoqu~�#�q���s}_oq�s�cu~�2¸qu~pcu���(v�xÃ��r���¸qu_pV�(u¾��¸qr/�q�©v�psu�vM¯�v���{�v���{|u�§���u~}wv�oq�su��À�©�cu~u~���V���(tQr'�s�c�|�q{�uL��r��'�À¯'u�v�x¹u¾�j¸�v�o��c���À¯'u,rA¯�u~p@¯ ��u_º¦� �Vpsu_�c��pc�|}¾���a�/�cu~{��<¸qu~pcu,��r��q�|�c}~oq�c���s¸qu���u_�s¸qr ����v�x��b��v���v��su¾���oq�cu~��º»�À��¸q��xÄ��¸qu¦�c}~r'tQu�r��Î�s¸q�|���s¸qu~�c�|�~§

UV¢¡´VYU ÊË\�`-��aÌ�£Í��c1̹ÎÏ©�Ð8^�bd� Ñ'ÊÒ{FÎ¥Ó�Ô�`FaD`��¸qu»¿�ps�@��uÐ� t�u_ps�|��u~xÃ��v�{��(u¾��¸qr/�¹��r¦�/�|u~{��&¸q�|�'¸/ÂÒ��¸�psr'oq��¸qtqo��~�Ã{�v�pc�'u¾ÂÒ�s}wv�{|u���v���v��su¾���º�v��¦�|xÃ��pcr �qo�}~u~�d�Ã�2¢�§«î©��u~{|���¦v�xq�d}~r�ÂEº�r�ps­�u_ps�(äE��¸��|u~x2u_�fv�{E§À�V�)V�V��Mæ,�|�#��v��su~�2r'x��¸�u2��r/�qoq{�v�ps������r��f��¸quÉ�#Ë��RvX��psv�xq�s}_ps��t�����r'x`�Gv�}_�sr'p~§��xSu~�s�cu~xq}_u��#��¸�u��#Ë��Rvtqpcr���u_�|x¡�|���stq{�������xÃ��r0�À���2Q�£#®,Ë ���|xq�q��xq�0�qr��bv���xdäE�#Ë��Rv�ÂÒ�q�²æ�v�xq�Ä��¸qu¦v�}_���À¯�v�����r'x�qr'�(v���x2äE�#Ë��Rv�Âàv��²æ#ä>î©���'oqpcu¹�'§��M澧L��xgr�ps�qu_p»�sr¹��u~�@�,�\r�p»v�x���xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��Qu_��º�u~u_xtqpcr���u_�|xq�ÖÕ v�xq��×(�#v�¸Ã� ��ps�|�S�|�Ä�\r�ps��u~�S��u¾��º�u_u~xØÕ v�xq�S��¸quÉ�#Ë��Rv�ÂÒ���Êr'x��¸�u(r'x�u�¸qv�xq�Év�xq�Ë×þv�x��2�s¸qu(�¦Ë��Tv]Âàv��dr'xd��¸qu�r��s¸qu~p¦¸�v�x��<§b�Ò�!Õ v�xq��× �qr�|xÃ�su~p�v�}_�w�Ã�s¸qu»psu~�coq{��s�|xq�#}_r'��tq{|uÐ�&psu_}~r'xq�@���À��o��su~�L��psv�xq�s}_ps��t�����r'x&r��<v#pcu~tQr'pc�su~p"�'u~x�u�§�Ò��xqrz��xj�su~psv�}_�s�|r'xí�Qu_��º�u~u_xÙÕ v�xq�Ú× r/}~}_oqps�_�"�s¸qu¡v�}¾���À¯�v]���|r�x��qr'�(v���x�}wv�xXxqr��psu_}~pcoq�����s¸qu0��psv�xq�c}~ps��t�����r'x¼�(v�}½¸q�|x�u~pc����rÄ�s¸qu¹psu_t�r'p@��u_p#�'u~xqu�äGî©�|��oqpsu(�'§��M澧a��¸��|�u¾� tQu~pc�|��u~xÃ�#�|�,oq�soqv�{|{À��}~r'xq��oq}_�su~�2�|xËÛ���ؽê���ê��MÜ|Ú¾ÜGÙ/ê¡äÞ�'u~v��c�½æ�v�xq�z�Qu~}~v�oq�su¹r��L��¸qu��º�r�¸Ã�/�qpc�|�¡}~r�xq�c�spsoq}¾�����|xï�r'{�¯�u~�¡º�v�����u_ps��u~�ü�ÃêsÙ]Ú¾Û>×�Û��ß�]×, ���£-�ÐÜGëÄu¾� tQu~pc�|��u~xÃ���_�qr'pÜ_Ý � �\r�p��s¸qr'p@�w§

��¸qua�su~}½¸qxq��Ñjoqu0¸�v����Qu~u~x¼u_�(t�{|rM�'u_�gxjoq��u~psr�oq�������(u_����rb��u_��u_ps���|xquf�|xÃ�su~p�v�}¾Â����r'xq�#�\r'p#¯�v�ps��r'oq�#tqpcr���u_�|xq�_§b��¸qu���r'�c�ftqpcr'�(��xqu~xÃ�f�s}_psu_u~xq�fº�u_psubtQu~p@�\r'ps��u~�2�Ã��Ò��r2v�x��X}~r�ÂEº�r'pc­�u_ps�(v�xq��¤,u¾��Ô�v�xq��}_r�ÂÒº�r'ps­�u~pc�gä\�Ò��rdu_��v�{E§À�*°� ' �����¤,u¾��Ô�u_��v�{E§À�°� ' � Ãæ¾��psu_�soq{À����xq����xÉ{|v�ps��u���xÃ��u~psv�}_�s�|r'xd��v]�½v��cu_���f�\r'p#�'u~v��c�~§¡Ë {|v�ps�'u¹�qv��½v��cu_�f�\r'p� ê�� ÜEØ��£½Ù/ؾÛàê��©Ö6��� ���ÐÜiº�v��"tqpsr/�qoq}_u~���Ã�&Ï,v��|x&v�xq��}~r]ÂÒº�r'ps­�u~ps�,äGÏ,v���x¹u_�*v�{>§��/°� ' ��AæЧ

��¸qu"�'uwv��c�cÂE��º�r]Â�¸Ã�/�qps����uÐ��tQu~pc�|��u~xÃ����pcu_��o�psxft�v��|p@º»�|�cuL�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�x#�|x��\r'pc�bv]���|r�xv�xq�2¸qu_xq}~u(}wv�x2��u&��r ��u~{|u_�2v��av�xÉu_�q�'u�Ócr'�|x��|xq�Ä�s¸qu���º�rg��xÃ��u~psv�}_�s�|xq��tqpcr���u_�|xq�_§��¸qu0��u_��u_}_�s�|r'xzr��"v�xg��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��|x���¸q���,��u_�s¸qr ���|�,}wv�pcps�|u_�gr'o ���|x���¸qu�xjoq}~{�u~oq�r��Î��¸quf}~u_{|{E� º»¸q�|}½¸��|�»xqr�����¸qu4Q¬x�v���o�p�v�{�Qqu~xï/�|pcr'xq��u~xÃ��r��Lv�{�{R��¸qu¦��u_�c�su~�ztqpcr���u_�|xq�_§�,u_xq}~u���¸qu0��u_�s¸qr/�z�bvw��xqr�����uav��q{�uf�srÄ�qu_�su~}¾�#�sr'��ua��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x����qoqu���rb���|�àÂ�\r'{��q�|xq��r��m��¸�u�¸Ã� ��ps�|�¡}_r'xq�@��pso�}_���_§�Ë,{|�crq� �s¸qu�psu_t�r�pc��u_p@ÂÒ�'u~xqu��bvw�(��u��sp�v�x��s}~pc�|�Qu~�u_¯�u~x��|x���¸�u�v��q�su_xq}~u*r�� v�x¦�|xÃ��u_p�v�}¾����r'x#�qoquL��r�v�o ��r�Â�v�}_�s��¯�v�����r'x¹ä\Ë�{�rA��v�xq�fÏ»oq�s�cu~{|{>�

Page 21: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��� Á�����A��!ÂB��Ã�E Þ

î©�|��oqpsu¹�'§À�'¨1��{|{|o��c��psv�����r'xÄr��i��¸�uP\*u~v��c�@ÂÒ��º�r�Âà�»�/�qps���íäz\f°���æ�t�ps�|x�}~�|t�{|u�§

°� ' '°��²æ¾§���u_}wv�oq�cu(r��*�s¸qu~�cu�v�xq�dr���¸�u~p#}~r��(tq{��|}~v�����r'xq�~��v�xdu~�@�����bv��su~�¬w� �54r���v�{�{psu_t�r�pc��u_�g��xj�su~psv�}_�s�|r'xq�,v�pcuav��c�soq��u~����r���uf�Gv�{|�cuftQr'�c�����À¯'u_��º»�À��¸zv&�Gv�{|�cu¾ÂÒxqu~�Ãv]����¯�up�v]��u¦r��©v���r�o��êV' �5þäG�Ò��r&u¾��v�{E§À�²°� ' ��M澧

UV¢¡´V|{ £ß` e8��\�§ à�áâe�bXa�©äã¦t8^�b|å�uB`FaDbhc!e ÑS£ßàæã¯Ì¹� ç�Ó��xd��¸q���#u¾� t�u_ps���(u_xj��v�{L�su¾��oqtd��¸�u�t�psr��su~�|xdr����|xÃ�su~psu_�c�~�Î}~v�{|{�u~��£½Ù�ÜÞÛG�i�����\oq�su_�2º»�À��¸vb�½v��q§a��¸q�����½v��¡���(��r'�q��{|��Ô~u~���s¸qu&��v��À��r'x2v�xdv�[�xq�À���z}_r'{|oq��x¼r'p����|}_psr�ÂÒ��u~v��q�_§��¸qu_x�tqpcr���u_�|xq��v�psu#tqo�ps��¿qu~�¡�\psr'�:�sr�{|o��s�|r'x¡v�����¸qu¾�Ä�q��xq�Ä��r¹��¸�u#��v����*Â*v¹tqpsr/}~u_�s���¸qv��b¸qv��b�Qu~u_x-��u_ps��u~��ÖQÕ���� ×@ë����LÝ�×sê��_Ö�ê��ÐÜ��bê¾Ý�Û>§-��¸qugpcu~�so�{�����xq�2}~r'��tq{|uÐ� u~�Äv�psu}~{�uwvw¯'u_�¡v�xq�(��¸qu��(u_�0�Qu~ps�*�su_t�v�psv���u_�Är'xÄvf�'u~{>§V��x(�s¸qu�u_xq�<�j��¸qu,�(u_�0�Qu~ps�*r�����¸qutqoqpc��¿�u_��}_r'��tq{|uÐ�#v�pcu"�|�qu_xj�s��¿�u_�¦oq�s��xq�»�(��}~psr]Â��su_Ñjoqu~xq}_�|xq�»r'x¦�(v��s�àÂ��ct�u_}_��pcr'��u_��u_ps�ä>îÎ�|�'oqpcu»�'§Æ°�澧V��u~}wv�oq�su��s¸q�|����u_}½¸qxq��Ñ/o�u�psu_{|�|u_�Îr�x���¸�u��½v�xq�qu~�¹Âàv�[(x������¦tqoqpc��¿�}~v�����r'xº»���s¸��soq�q�cu~Ñjoqu_xj���bv��c�@ÂÒ�stQu~}_�spsr'��u_�spc�¡�À��¸�v��»�Qu~u_x���u_ps��u~� .�è�é�×Eè:Û²§

��¸qufpsu~�coq{��s�,r��©��º�rb{�v�ps�'uÐÂ��s}~v�{|u��s}~pcu~u_xq��¸�vw¯'uf�Qu~u~x�tqoq�q{��|�c¸qu~���Ã���fvw¯/�|x�v�xq�}~r]ÂÒº�r'ps­�u~ps�¼äE�¦vM¯/��x-u_�bv�{>§���°� ' Ã°'æ&v�xq�-�,r�v�xq�Á}_r�ÂÒº�r'ps­�u~pc�dä>��r�u_�bv�{>§��»°� ' Ã°'æЧ��¸qu#�iË�Ì©Â@yg¢¡�qv��½v0�����(r�psu�pcu~{���v��q{�u�v�xq��psu~t�psr/�qoq}~���q{|u�� �Gv�{��su,t�r'�c���s��¯'u�v�xq�Ä�Gv�{��suxqu_�Ãv����À¯'ufp�v��su~�,v�psu¦u_�c�����bv]��u~���Qu~{|rMº�³� �5ħ�Ë��,v�xÃ���|xÃ��u_p�v�}¾����r'x�¸�v��»��rsQ«�coqpc¯/��¯�u�Q��¸�u¡tqoqps�À¿�}wv]���|r�xí�c�su~t���¸qu¡pcu~�so�{�����xq�z��v]�½v¼psu_tqpsu_�su~xÃ�s�(pcu~{�v]����¯�u~{À�É�@�½v���{|uÄtqpcr���u_�|x}~r��(tq{�u¾� u~�_�qº»¸q�|{�u#�(r�psu���psv�xq�c�|u~xÃ�»��xj�su~psv�}_�s�|r'xq���(vw�¡xqr��»�Qu¦�qu_�su~}¾��u~�R§

Page 22: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��� Á�����A��!ÂB��Ã�E ê

î©���'oqpsu&�'§ ° ¨ ��{�{|oq�@��psv�����r'x�r��V�Îv�xq�qu_�&ÂÒË{[�xq�À����Ì"o�ps��¿q}wv��s�|r'x�äG�iË�Ì*滺»�À��¸��soq�q�cu¾ÂÑjoqu~xÃ���(v��c�@Â��ct�u_}_�spsr'��u_�sps�|},v�x�v�{��/�s����ä>yz¢qæ�äGv���v�t��su~�b�\pcr'�4ä>¥#oq�(v�p�v�xq��¢/xj�/�qu_p~�°� ' '°'æsæ

�,r�v�xq�0}_r�ÂÒº�r'ps­�u~pc�»ä>��r�u_�©v�{>§���°� ' Ã°�æmrM¯�u~p@ÂÒu¾� tqpcu~�s�cu~�&��¸qu���v��À�Ît�psr��su~�|x��~§©��¸��|�tqpcr }_u~�qoqpcu»�bvw�0¸qvM¯�u»}~r'xÃ��pc�|�qo ��u~�¹�sr�v#¸q���'¸qu_pVp�v��su�r��Q�Gv�{|�cu�t�r��s���s��¯�u��|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq��|xX�s¸qu���v��½v §X��¸q�|�&�c�soq���Xº�v��&}wv�pcps��u~��r'o���v��byg£¦¢ítqpcr���u_r'�(��}~�_��v�x���º»��{|{��Qupsu¾�\u~pcpsu~�¼�sr�v�����¸qubèsë�Û�ëÃÙ�ÛEÙ]ÚMê¾ÛG§0�¦vw¯ ��xdv�xq�d}~r]ÂÒº�r'ps­�u~ps�(ä>�fvw¯/�|x¼u¾�fv�{E§À��°� ' '°'æ�(v��|xq{À�¹�½v�pc�'u_�su~��v�{�{Q��uwv��@���'u~xqu_��º»¸q�|}½¸¡¸qvM¯�ufv0¸/o��bv�x¡r�pc��¸�r'{|r'��§©��¸qu#pcu~�so�{�����xq�xqu¾��º�r'pc­����~��v�{|�Qu~�À���(r'pcu�pcu~{���v��q{�u���{�u~�s�,�qu~x��su¹v�x��z{|u_�s����xÃ��u~pc}~r'x�xqu~}¾��u~�z�s¸�v�x���¸quyg£¦¢Ê��v��½v��su_�~§ Ë,����¸�u2º�r'ps­Áº�v����bv���xq{���}wv�psps��u~�Sr'o��gv���}~u_{|{|Ô_r'��u¼Ë�� ��¸qupsu_�soq{À����xq�&xqu_��º�r'ps­Äº»��{|{���u¦�qu_xqr���u_�gv��ßìFí�§

��¸qu¡psu_�soq{À���a�\pcr'� �ÎË�Ì©Â@yz¢íu¾� tQu~pc�|��u~xÃ���0}~v�xXxqr��a�q�|pcu~}¾��{��2�QuÄ��r �qu_{|u_�Xv���q��x�v�pc���|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�_§#��¸qu¹u¾��v�}¾�¦t�v��|p@º»�|�cuapsu_{�v��s�|r'x��s¸q��tq���Qu_��º�u~u_x�v�{�{i�s¸qu0��u~�¹Â�Qu~ps��psu_�bv���xq�*oqxq}~{�uwv�p_§L��¸qu��ct�r�­�u#v�x��Ä}~{��|Ñjoqu���r/�qu~{ÎäG�cu~u#îÎ�|�'oqpcu���§ ³ÃæLpsu_tqpsu_�su_xj���¸�u���º�r&uÐ� �spsu_�(u¦v��c�soq��t��s�|r'xq�_�qv�x��Ä��¸qu��spso��s¸¡�|��}_u~p@�½v���xq{����|x¡�Qu_��º�u~u_x��s¸qu���º�rq§��v���u~p#v�x��¼}~r�ÂEº�r'pc­�u_ps�(ä>��v��qu~p#v�xq�d�,r'��oqu��i°� � Ã°'æ�¸qvM¯�u¹�s¸qrMº»x¼��¸qv�����¸�u¹�stQr'­�u��r �qu_{<�|�»v���r'o ��³¹�s�|��u~����r'psu¦v�}~}~o�p�v��su¦�s¸�v�x���¸qu¦}_{|�|Ñjoqu#��r/�qu~{>§

UV¢¡´VXW ç$aD^�t8uvaDt8^�` gRÔØ`Fay`�Ñ/ãÍÔØî�Ó��¸quÄpcu~�cr'{�¯�u~�Xtqpcr���u_�|x��@��pcoq}_�soqpsu_�¹�qu~tQr'�s�À��u_�í�|x2��¸qu¡ÌLpcr���u_�|xí£#v]�½v���v�xq­�ä>Ì"£#��æ}wv�x¼��u¹¸�v�psxqu_�s�su_�2�sr¡�qu_�su~}¾�¦�qr'�(v��|x ÂÒ�qr'�(v��|x��|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�0ä>Ì©v�ps­gu¾�fv�{E§À�m°� ' ��AæЧË�xb�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�x(�Qu_��º�u~u_x���º�r0�qr��bv���xq�"�|�*�qu_¿qxqu~�¡¸qu_psu�v���vf�(��xq�|�0o��÷r��Fw¦t�v���ps�r���psu_�s�|��oqu~�¦º»¸q�|}½¸�v�psu&��x2}_r'xÃ�½v�}¾�w§�Ë}~r'xÃ�½v�}_���|�#�qu¾¿�xqu~�ív��fv�tqv��|p#r���psu_�s�|��oqu~��\psr�� ��¸quf��º�r(psu_�stQu~}_�s��¯�ua�qr'�(v���xq��º»¸q�|}½¸gv�psu¦{|r/}wv]��u~��º»���s¸q�|x�v&�q�|�@�½v�xq}_u�r��V{|u_�s�

Page 23: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��� Á�����A��!ÂB��Ã�E ï

î©���'oqpsud�'§«³�¨gy�r/�qu~{��|xq�2�©v�xq�qu~�¹Â�Ëê[�xq������ÌLoqpc��¿�}~v�����r'x¶äG�iË�Ì©Â@yz¢�æ���v���vÉv��(�q�ãÂx�v�p@���|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq�~§���¸qua��xj�su~psv�}_�s�|r'x�t�v�p@��xqu_ps��r��Lv £½Ù�ÜÞÛÒÂÒtqpsr��su~��xgoq�c�|xq���©v�xq�qu~�¹ÂË{[�xq�À���þÌ"o�ps��¿q}wv��s�|r'xþv�xq�þ�soq�q�cu~Ñjoqu_xj�÷ygv��s�@ÂࢠtQu~}_�spsr'��u_�spc� äG�iË�Ì©Âàyz¢qæìv�psu}wv�{|{|u_��Ö6��ê��]§`��xÁr'pc�qu~p&��rÉ�qpsu~v�­í��¸qu�psu_�soq{À���|x��É�cu_�Ä��rAº»x-�|xÃ��r2t�v���pcº»�|�cu���xÃ��u~pàÂv�}¾���|r�xq�~����¸qu_psubv�psu&��º�r]Âàv�tqt�psrÃv�}½¸�u~�~�©}wv�{�{|u~�¼�s¸qu�Ú�Ö��)Ãê(v�x��SØ�� Ü�+~Õ�êb��r/�qu~{>§b��¸qu�stQr'­�u#�(r/�qu~{©äG{�u_�Þ�½æ"��r ��u~{|��r'xq{À�(u_�q�'u_���\psr'� ��¸�u���v��À����r0v�{|{Qtqpsu¾�bt�psr��su~�|x��~§L��¸qu}~{��|Ñjoqu��(r/�qu~{aäGpc�|�'¸Ã�½æ&}_rA¯�u~pc��v�{|{»tQr���u_xj�s��v�{��|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�(�j���|x �\u~pspc�|xq�2t�v���pcº»���su�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�¹v��(r'x��zv�{�{�tqpcr���u_�|xq�a�|�qu_xj�s��¿�u_�X�|xí�s¸quÄu¾� tQu~pc�|��u~xÃ�w§2��xí��¸q���0�su_xq�suxqr��q���c����xq}_�s�|r'xg��u¾��º�u_u~x2��v����#v�xq�dtqpsu¾�¼�|���bv���u�§aå#�ï/�|r�oq�s{À�'�<��¸�u¹}~{|��Ñjoqu0��r �qu_{psu_tqpsu_�su_xj�s�0v�xdrM¯'u_p@ÂÒtqpsu_�q�|}¾���|r�x<�iv��#���¦���¦v��coqtQu~ps�cu_��r���v�{|{Ît�r'�c�s���q{|u¹t�v��|pcº»���su¹��x Â��u_p�v�}¾����r'xq�~§©��¸qu��stQr'­�u���r �qu_{²�|��v���r�o���³f���|��u~�"��r'psu,v�}_}~oqpsv���u,�|xbpcu/È�u_}_�s�|xq�f��¸qu��pcoqu¦�q�|xqv�pc�bpsu~{|v�����r'xq�c¸q�|tq�#ä>��v���u~p�v�xq���,r'��oqu��Q°� � Ã°'澧

Page 24: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��� Á�����A��!ÂB��Ã�E ð�ñ

î©���'oqpsu#��§xvq¨©£�r'�(v��|x¹Ë,�]Ócu~xq}_u~xq}¾�b��x�Ì*£#�"Â@¢/�spsoq}¾��oqpcu~�~§L��¸�u,��º�ra�qr'�(v���xq�Lr��Q��¸quÌ"£#�Á�c�spsoq}¾��oqpcu¹�M¤�Ï»ËDv�pcu#�s¸qrMº»x�v��$ò�ó¹��psv�}~u_���|xÄ��psu~u_xÉäG{|u¾�Þ�Ðæ*v�xq�¡psu_�ÉäGps���'¸Ã�ÐæЧË�{�{m��¸quav���r'�����|x�}~r'xÃ�½v�}_��º»�À��¸q��xzv��q�|�@�½v�xq}_uar��åw9ôË1�\pcr'� ��¸qu��qr'�(v��|x��|xÃ�su~pc�Gv�}~uv�pcub�qpsvMº»xív��a�ctq¸qu~pcu~�_§z��¸quÄtq��}_�soqpsu�º�v��f�½v�­�u~xí�\pcr'� ¸j�c��t<¨xw�w���xÃ��u~psv�}_�s�|r'xR§«��ps}ÐÂ�qoqx�x<§«}~v���§ v�}�§«o�­yw]{|r/}wv�{zw����c��tQ��w�Ì"£#���,���'¸q{��|�'¸Ã�'w/�Ã}~r'oqp@��u_�c��r��V£0§���r'{��su~p_§

��¸qv�x w ôË1r��"uwv�}½¸¼r���¸qu_p~�R}_r'oqxÃ����xq�Öò�ó�v��sr'���,r'p�v�xÃ�zv]��r'�5�|x��s���qua}½¸�v��|xq�&äGî©�|�]ÂoqpcuÄ�'§yvj澧,��¸quøw ôË ��¸qpcu~�s¸�r'{|�z����Ñjoq�À��ua}_r'xq�cu~pc¯�v��s��¯�u��mpsu_�soq{À����xq�b��xzv�}_}~oqpsv���u0�qv��½v��¸qv���}wv�x�psu~v��q�|{À�Ä�Qu¦�(r/�qu~{�u~��v��»�q��x�v�pc�Ä�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq�~§*�,rMº�u_¯�u~p~�Q�Gv�{|�cu#t�r��s���s��¯�u~��(vM�Év�pc�|�cu��\pcr'� }~p@� �@�½v�{�t�v�}½­j�|x��¼v�pc�su_�Gv�}¾���_§���¸qubpsu~�coq{��s�|xq����v���v��su¾�0�|�fpsu¾�\u~pcpsu~���rzv��ßé ë�黧i��¸quÄ��v]�½v��cu_�¹}~v�xX��ub�soq� ÂÒ�q��¯/���qu~�í��xÃ��rz��xj�sp�v]Â�v�xq�X��xÃ��u~pc�(r�{|u~}_oq{�v�p�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�_�Q��u~tQu~xq�q��xq�br�x�º»¸qu¾��¸qu_p���¸�u��qr��bv���xq��v�psu¦{�r }~v���u_��r'x���¸quf��v��(ufr'p�q�ÀáRu_psu~xÃ��tQr'{��/tQu~t��s�|�qu#}½¸�v��|xq�_§

Page 25: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

��� Á�����A��!ÂB��Ã�E ð�ð

î©���'oqpsu&�'§�w ¨�£�r��bv���x�Ë��]Ócu_xq}~u_xq}_�g�|x¼�#u~x�r'�(��}f¢ u~Ñjoqu_xq}~u_�~§���x���¸q���,��{|{|o��c��psv�����r'x<�³g�qr��bv���xq�bäGËa�©���©��æ�}~r'o�{|�í�Qu¡v��c�s�|��xqu~�í�srg��¸qubr't�u_x Â�pcuwv����|xq���\p�v���u¼ä>å¦Ï�îLæÐ��s¸�rAº»x¶�|xÊ�q{|o�u�§ ��¸�u�{|u_xq���s¸7ä\x/o��0��u_p�r��0pcu~�s���qoqu_�½æ�r��a��¸�uÉ{��|xq­�u~p@ÂÒpsu_�'�|r'x��¡�|x�Qu_��º�u~u~xd�����s¸�rAº»x¼r�xg��r'tR§��#��¯�u~x¼v(�s¸qpsu_�s¸qr�{|�zr��L³' bpsu_�s���qoqu~�_�R��xg��¸q���,uÐ��v��(t�{|uv�x��|xÃ�su~p�v�}_����r'x���u¾��º�u_u~xz��r'�bv��|xÄË v�xq���`�|����x��\u~pcpsu~�R§UV¢¡´V¢¡ ÔØc!§K` bhe�àæ�1õ`-uB\�e8u�©å���¸qu_p&v�tqtqpcrÃv�}½¸qu_���srdtqpsu_�q�|}¾�&�qr'�(v��|xí��xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��&v�psu¡��v��su~��r'x��qr'�(v���x��\o Â�s��r'xbu¾¯'u_xj�s��ä>nLxqps���'¸Ã��u¾��v�{>§��Q�)V�V�Vy�qy�v�ps}_r��s�su�u_��v�{E§À�Q�)V�V�VÃæ"v�xq�b�'u~xqr��(��},}_r'xÃ��u¾�/�ä>��o��/xqu~x�u_��v�{E§À�q°� ' ' ÃæЧVË �s���(��{�v�p"���quwv0������r¹o��su#�qr'�(v���xÄv��]Ósv�}~u~x�}_�¡��xÄ�'u~x�r'�(��}�su_Ñjoqu~xq}_u~��äGÌ©v�pc­¡u_��v�{E§À�Q°� ' ����QË,tq�|}¦u¾��v�{>§��Q°� ' ��AæЧ��,u_psua¢q��å#Ì`�qr'�(v��|x�v��c�s�|��x Â��u~xÃ���»º»���s¸q�|x�v¹�'uwv��c�,tqpsr��su~��x��cu~Ñjoqu~x�}~u��s¸�v��»º�u~psu�{|u_�s����¸�v�xg³' &psu_�s���qoqu~�,v�t�v�pc�º�u~psu��|xÃ�su~pst�psu_�su~�(v�xq�&��r �qu_{|{�u~�¹v��"�q��x�v�p@�0�|xÃ�sp�v]ÂÒ�(r'{�u~}_oq{�v�pi�qr'�(v���x0�|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq�äG�cu~u�î©�|��oqpsu0��§~w'æЧ

å��j¯/��r'oq�s{À�'��r��s¸qu~p¦�qr'�(v���xz�qu_¿qxq���s�|r'xq�¦}_r'oq{|�d�Qu¹oq�su_����xd�s¸qu&��v���u0º�vM���Î�>§«u�§Ì"î Ë�y ä>��v���u_�bv�x�u_�bv�{>§���°� ' ' Ãæar�pÄ¢qy�Ë�Ï©� äG�mu_��o�xq�|}�u_�bv�{E§À��°� ' Ã°'æЧ`¢ ���(��{�v�p��r(��¸qu�}~{|��Ñjoqua��r ��u~{��|x��ÎË�ÌVÂàyz¢����|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq��v���r'xq�bv�{|{��qr��bv���xq��º»���s¸q�|x���¸qu��v��(u»r'tQu~x ÂÒpsu~v��q�|x��f�\psv��(u�ä>å¦Ï�îLæV}~r�oq{|����u»��x��\u~pcpsu~�R§"¤,�s��xq�fr'xq{��0{|�|x�­/�"�Qu_��º�u~u_x�q��psu~}¾��{À�#v��]Ósv�}~u~xÃ�Î�qr'�(v��|x��m}~r'xqx�u~}_�su~�0�Ã�fv�{|��xq­�u_p�psu~���|r'x¦r���{|u~�c�m��¸�v�x�³' »psu_�s�|��oqu~��|�Îv,pcu~{|v����À¯'u~{À�#}~r�xq�su_pc¯�v����À¯'u�v�tqtqpcrÃv�}½¸<§Î��¸qu�pcu~�so�{�����xq����v��½v,v�psu*�qu_xqr���u_�¹v��´ö!÷�ø"§

UV¢¡´V|ù £ß\�¨�a�àæe8` g|©´�ybh���xXr'pc�qu~pa�srg�½v�tí�|xÃ��r���¸qub¯�v��@�&v���r'oqxÃ�0r��»�q�|r'{�r'�'��}wv�{L{�����u_p�v��soqpsu(v�xq�X�@��pcoq}_�soqpsu��¸�u��|x��\r�ps�(v�����r'x&}~r'xÃ�½v��|xqu_�Ä�|x(�s}~��u~xÃ���À¿�}#v�p@����}~{|u_�~�j�su¾¯'u_p�v�{mv�tqtqpsr'v�}½¸qu~��¸qvM¯�u��Qu~u~x�qu¾¯'u~{�r'tQu~�<§�å#x�uar��V�s¸qua��r'�@��tqpcr'���|xqu_xj�,�(vM���Qu�xqv���oqpsv�{i{�v�xq��o�v��'uftqpsr/}~u_�s�c�|xq�ä>®,��Ì�æ�ä>Ï»Ô~¸qu¾���s­Ã�¡u¾��v�{E§À��°� ' ' y�/��r�xq�q��°� ' ��AæÐ�/º»¸qu_psu��s¸qu¦v�{|��r'ps�À��¸q�v��c��u_�(t�����rQ¬psuwv���Q²v�xq���|xÃ��u_pstqpcu_�su¦�su¾�/���»��v��su~��r'x�v��cu_��r��Î�'p�v��(�(v�����}wv�{Qpso�{|u~�_§

Page 26: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

����ú��Ùû�A�E�üFýd�@E ð�%

Ë }_r'�(t�o��½v��s�|r'xqv�{|{À�í{|u_�s���qu~�(v�xq���|xq�É�c�½v]���|�@����}wv�{�v�tqt�psrÃv�}½¸-�|�&��r�}_r'oqxÃ�ÉØ�]×�MؽؾÕ�����ê¾ÝRؽê½Ú¼äG�c�|���|{�v�p���rXäG��{�v��s}½¸q­�u�v�xq��Y*v�{�u~xq}_��v��©°� '  ���¾X�u~xq�c�su_x�u¾�¹v�{>§��V°� ' ����ygv�pc}~r��c��u»u_��v�{>§��ð� ' ����/¢j�½v�tq{�u_�&v�xq����u~xqr����w�/°� ' ' Ãæc澧V��u~pcu,v��s�sr/}~�|v�����r'xq�L�Qu_��º�u~u_xtqpcr���u_�|xq�"v�pcu��qu~pc��¯�u~�&�\psr'� ��¸qu_�|pL}~r]Â�r/}~}~o�pspsu_xq}~u»��xby�u~�q{��|xquÐÂàv��q�@��psv�}_�s��äG�su_u»�©v���{|uvq§À�A澧���¸��|�,v�tqtqpcrÃv�}½¸g���,�qv��su_�zr'x��s¸qu¦�Gv�}_����¸�v]��xqu_�Ãv��s��¯'ufpsu_�soq{À����v�psuftqoq�q{��|�c¸qu~�{|u_�s�ir��Þ��u_xf�s¸�v�x�t�r'�c���s��¯'uLpcu~�coq{��s�~§V��u~xq}_u�tqpcr���u_�|xq����u~xÃ����r'xqu_�f�sr'�'u_�s¸qu~p��\psu_Ñjoqu~xÃ��{À�}wv�xX��ubv��s�coq�(u_�í��rz�Qub�\oqx�}_����r'x�v�{�{��dv��s�sr/}~�|v���u_�<§¼î�psr�� �s¸quÄpsvMº:}_r�Â�r/}~}_oqpsu_xq}~u}~r�oqxÃ���Ä�\oqp@��¸qu_pÄ�c��v������c����}wv�{���uwv��coqpsu_�¡r��fv��s�cr }_��v��s�|r'xR��{|�|­�ug�0o ��o�v�{ãÂ���x��\r'ps�(v��s�|r'x}~r�xj�su~xÃ�w�*}wv�x��QuÄ}~v�{|}_oq{�v��su~�Sä\�su~u�¢/u~}_�s�|r'xívq§«³ÃæЧ2Ë,{��s¸qr'oq�'¸í�s¸q�|�a��v��½vz��r u_�¹xqr��}~r�xq�c�s����o ��u�v#tq¸Ã� �c�|}~v�{²�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�x¹�|x&���s�su~{À�à�Ã�bv�xj�ar��R�s¸qu�v��s�cr }_��v��s�|r'x��©�\r'oqxq�&��¸��|�º�vM��}_r'pspcu~�ct�r'x����sr2uÐ� t�u_ps�|��u~xÃ��v�{|{À�É��u_��u_ps���|xqu_��t�psr��su~�|x/Â�tqpcr���u_�|xí��xj�su~psv�}_�s�|r'xq�_§��xÊ�soq���(v�pc���»�s¸q�|�bpsu~t�psu~�cu~xÃ����v�xÊ�|x�u¾� t�u_xq�s�À¯'u2v�tqt�psrÃv�}½¸`�s¸�v��¡}_r'�0�q��xqu~�¡¸q���'¸}~rM¯�u~p�v��'u(º»�À��¸2psuwv��sr'x�v��q{|u(v�}~}_oqp�v�}_�'§Än"�@�����bv��su~�#�\psr�� ��¸qu�rM¯'u~pc{�v�tdº»���s¸��iË�Ì©Âyz¢&��v��½v¦�s¸�rAº-��¸�v��*��¸�u»�Gv�{|�suÐÂ�tQr'�s�À���À¯'u»v�xq���Gv�{|�cu�xqu~�'v����À¯'u�p�v��su~��v�psu»}~r��(t�v�p�v��q{�u��r¹�s¸qu¦psu~�coq{��s�»r��Î��uwv��@�cÂE��º�r�ÂÒ¸Ã� ��ps�|��u¾� tQu~ps���(u_xÃ���~§

öø÷'þ ÿ N8P¯ú � *-PÏ»u~}~u_xÃ��{�����¸q���'¸ ÂE��¸qpcr'oq�'¸qt�o����c}~psu_u~xq��r��mtqpsr���u~��x Â�t�psr��su~�|x(�|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq�*¸�vw¯'u��½v�­�u~x}~u_xÃ��u~p��c�½v��'u��|x���¸qu,�\oqxq}_�s�|r'xqv�{²}½¸�v�p�v�}_��u_ps��Ôwv��s�|r'x(r���xqrM¯'u_{Rtqpcr���u_�|xq�_§LËìº�uwv�{À��¸Är���|xÃ�su~p�v�}_����r'x¼��v���v¡�|�¦vw¯�v��|{|v��q{|u¦�\psr�� �(v�xjo�v�{Lv�x�xqr��½v]���|r�xdv�xq�d¸q�|��¸ ÂÒ�s¸qpsr'o��'¸qtqo��@Â�s}_psu_u~xq��ä\�\r'pRu¾��v���tq{|u»äG��v��qu_pmu_�Îv�{>§��A°� ' ������fvw¯/�|x#u¾�iv�{E§À�]°� ' '° ����r�u_�iv�{>§��]°� ' Ã° �]�Ò��ru_�iv�{E§À��°� ' ����]¤,u¾��Ô"u_�Îv�{>§��]°� ' ' y� Ç u_x�v�ps��r'�mu_�iv�{E§À�]°� ' ' Ãæc澧���¸qu"�(vAÓcr'pmtqpcr't�r�pc����r'x�r���q��psu~}¾�iu¾� t�u_ps���(u_xj��v�{'u¾¯ ���qu~x�}~u*�|�ivw¯�v��|{�v��q{|ui�\r'p1Û�Ù/Ø½Ø �Ù��ë���Ç�jؽê½Ú�ؽê���ê��MÜ|Ú¾ÜGÙ/ê�ä\��v�­�u~ps��'u~v��c�½æ¾�²¸qu_xq}~uf���\r/}~oq��r�x��s¸q�|��u_oq­]v�pc��r�����}f��r/�qu~{<r�ps�Ãv�x��|�s� �|xÄ�s¸q�|��v�x�v�{��/�s���~§

Ëì}_r'���(r'x0�\u~v���o�psu�r��<v�{|{�tqpcr���u_�|x ÂÒtqpsr��su~��x¹�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�x�x�u_��º�r'ps­j��r��q�su_pc¯'u_�¡�sr�Gv�pf�|�¦��¸�v]���s¸qu_�Év�pcu(�c}wv�{�u¾ÂÒ�\pcu~uzäGË�t��|}&u_�0v�{E§À�V°� ' ����åX�u_r'xq��u_�¹v�{E§À�V°� � ' y�L£�u~v�xquu_��v�{>§��i°� ' Ã° �ÎÌ©v�pc­zu_��v�{>§��i°� ' ����©¢ xqu_{Lu_��v�{E§À�i°� ' '° �i�Éoq}½¸Ã���'�V°� ' ������Ér'{À��u¾�av�{E§À�°� ' '°'æ"º»¸q��}½¸��(u~v�xq����¸qv�����¸�u~�|p��q�|�@��ps���qo��s�|r'x(r��i�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq���\r'{�{|rMºSv0t�rMº�u~p�{|vMºäG�cu~u�î©�|��oqpsuz��§ ±ÃæЧX��x��c�|��tq{|u(º�r'pc�q�~���(r��c�&tqpcr���u_�|xq��ä\xqr ��u~�½æ0¸�vw¯�u�r'x�{��Xvz�\u¾º�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�bº»¸��|{|uz�s¸qu~pcudv�psudví�\u¾º tqpcr���u_�|xq�廸q��}½¸Ê¸�vw¯'ud�bv�xj�-�|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq�ä>v�psu¡¸q���'¸q{��É}~r�xqxqu~}¾��u_�²æ¾§X��¸qu_�su�¸q�|��¸q{��É}~r'x�xqu~}¾��u~��tqpsr���u~��xq�¹­�u_u~t���¸qu�}_u~{|{�oq{�v�pxqu¾��º�r'pc­b��r��'u_�s¸qu~p_��v�xq�¡��¸�u�¯�v��c�»�(vAÓcr'ps�À����r�����¸qu#tqpcr���u_r'��u��|��}_r'xÃ�½v���xqu~����x¡r'xqu�'�|v�xÃ�¹}~r'x�xqu~}¾��u~��}~r'��tQr'xqu~xÃ�~§X��¸q�|�¹�q���c�sps�|��o�����r'xX�|�a¯�u~p@���q��á�u~pcu~xÃ�¹�\psr'� º»¸�v��º�r'oq{|���Qu#u¾� t�u_}_�su~�zr��©v��cÙ�ÝQë���� �'p�v�tq¸íä\�su_u�îÎ�|�'oqpcu¹�'§�|'澧

Page 27: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

����ú��Ùû�A�E�üFýd�@E ð�G

î©���'oqpsu2�'§«±�¨ Ë ¸��|�c�sr'�'psv���r��#��¸�ug�qu_�'psu_u¾Â����|�c�sps���qo�����r'x-r��#�\r'oqpbuÐ� t�u_ps�|��u~xÃ��v�{xqu¾��º�r'pc­j�¹äE���©����å¦Ï�n��²£��àÌÎ�Qyg£¦¢�澧�,u_psua�s¸quat�psr'��v��q�|{�������ð(ä��qæ�r��*vbxqr/�quÄäGtqpcr���u_�|x²æ�¸�vw¯/�|xq����u~�q�'u_��äG��xj�su~psv�}_�s�|r'xq��æ�|�,tq{|r��s��u_�grM¯'u_p���¸qua�qu~�'pcu~u�ä����Rxjoq�a��u_p�r��"��xj�su~psv�}_�s�|r'xq��澧��ʸq�|{�u���r'�c��tqpsr���u~��xq�v�pcu�r�xq{��¼��xï'r'{À¯'u~�É�|x¼�\u_º7�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq�~�iv¡�\u_º7t�psr��su~�|x��bä\¸joq�q�½æfv�psu&��xj¯�r'{�¯�u~�É�|x�(v�xÃ�b��xj�su~psv�}_�s�|r'xq�_§V��¸qu#�sv��(u���v��½v��|��tq{�r��s�su~�Är�x�v�x¡v��q�cr'{|o ��u��c}wv�{�u#v��QrA¯�u¦v�xq�r'x�v2{�r'�Ãv�pc���s¸q�(��}(�c}wv�{�u��Qu~{�rMº¦§���x�v�{|{���v��½vAÂ��su¾���_���qu~�ctq���su��s¸qu~��p¹�q��á�u~pcu~xq}_u~�(�|xu¾� tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{Î��u~}½¸�xq�|Ñjoqu_�0v�xq�d}_r'�(tQr'�c������r'x<�R�s¸q�|�#���|�c�sps���qo�����r'xg�\r'{�{|rMº»�¦v¡t�rMº�u~p{�vwº÷v�xq�d��¸qu&��v]�½v¡t�r��|xÃ���¦v�t�tqpsrw� �|�(v���u&v¡{��|xqu0��x2v�{�r'��w�{�r'�btq{�r��(äG�Qu~{�rMº,澧¹��¸quQ¬�qpsrÃv��S��v��|{�Q�r��f��¸q���¡�q�|�@��pc�|�qo��s�|r'x`�@��pcu_��}½¸�u~���\o�pc��¸�u~p¡��¸�v�xì�c¸qrMº»x¶¸qu_psu-äGoqtÊ��r�D�0�M ' 'æ¾�V��¸�u��qv��½v]ÂÒ�su¾���¹}~r�xj��v��|x��cr'�(u:Q«uÐ� �spsu_�(u¹QL}wv��cu~�&r��,¸/o��q�¹º»����¸�rM¯'u_p(°� ' �|xÃ�su~p�v�}_����r'xq��pcu~tQr'pc�su~���\r'p��sr'��u#tqpcr���u_�|xq�_§

Page 28: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

������ÙÃ��Ey=�ü�E�E��"��# �#Fæ�B�fAyû �!� A� ðST

Ë�{�{»vM¯�v���{�v���{|uÄxqu¾��º�r�ps­j�¡v�{��sr2u¾� ¸q�|�����¡Ú���Ù���� ×4�ß�����Àë��Qu~¸�vw¯/�|r�p(�coq}½¸-��¸qv��&��¸quvw¯'u_p�v��'u¦t�v]��¸�{|u_xq����¸¡�Qu_��º�u~u_xzv�xÃ�Ä��º�r�xqr ��u~���|��¯�u~p@�¡�s�(v�{|{>§©��¸qufvw¯'u_p�v���uftqv���¸{|u_xq���s¸0�|�Îtqpsr'tQr'p@���|r�x�v�{Ã��r��s¸qu�{�r'�Ãv�pc����¸��Dr�����¸qu�x/o��0��u_pVr��²xqr/�qu_�V�|xa�s¸qu�xqu¾��º�r�ps­ä>¥#���1u¾��v�{E§À�j°� ' Ã°�æ¾��º»¸q��}½¸(��uwv�xq�V��¸�v]�L��¸qu_psu»�|�Lr'x�vw¯'u_p�v���u,v#t�v]��¸�r��Q{|u~�c�L��¸�v�xøv�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�V�Qu_��º�u~u_x¡v�xÃ�a��º�rftqpsr��su~��xq�L�|x¹�'u~v��c�~§L��xq�qu_u~���Îr'���su~p@¯'u_�(��¸qv��*v��Qr'o��V' �54r���v�{|{Vtqpcr���u_�|xq�¦}~v�x��Qu&psuwv�}½¸qu~�2º»����¸��|x2v�tqv���¸2r���{�u~xq����¸ v�r�pf{�u~�c�f��x¼��¸quyg£¦¢¡��v���v��su¾��v�{|r'xqu¹ä>î©���'oqpsu¹��§�}ÃæЧ

Ë�{�{�r��m�s¸qu#vw¯�v��|{|v��q{�u�uÐ� t�u_ps�|��u~xÃ��v�{<v�x��¡}~r'��tqo���v�����r'x�v�{²��v���v��su¾����r�x¡tqpsr��su~��x Âtqpcr���u_�|x2�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xɸ�vw¯�ub�q�ÀáRu_psu~xÃ���qu~��psu~u_�ar���v�}~}_oqp�v�}¾�Év�xq��}_rM¯'u~psv��'u��V�qoqu&��r��¸�u~�|p�pcu~�stQu~}¾���À¯'u2�c�/�c�su~�(v�����}�v�� ¯�v�xj��v��'u_��v�xq�¶{��|�����½v]���|r�xq�~§1��¸q�|��psu_xq�qu_ps����¸qu�|xÃ�su~�'psv�����r'xír��»��¸�u��qv��½vz��xj�srdvzpsu_{|��v��q{|u(�su_��v¼xqr�x ÂÒ�sps��¯/�|v�{*��v��s­Áä>£�u~v�xqu¡u_��v�{E§À�°� ' '° �R¥#u_�(��u~pcu~xgu¾��v�{E§À�R°� ' Ã°'æЧ���¸qu0�|xï�u~�c�s�|�Ãv]���|r�x�r��©��¸qu�xqr'�|�cu�{�u_¯�u~{|��v�xq����¸quu~�@�����bv��su(r��»v�}~}_oqp�v�}~�|u_�a�\r'pf�q��á�u~pcu~xÃ�0�qv��½v��cu_�s�ar'p�u_¯'u_xX�|xq����¯/�|�qoqv�{L�|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq�psu_�bv��|xÄ���(tQr'pc��v�xÃ��Ñjoqu_�c����r'xq�_§���u~pcu����*xqr���u��s¸�v���pcr'�qoq�@��v�{|��r'ps�À��¸q����v�psu#xqu_u~�qu_���r&}_r't�u�º»�À��¸¡��¸�u#tqpsr'��{|u~� r��ixqr'���su���¸qv��»t�u_ps�c�|�c�s����¸qpcr'oq�'¸�v�{�{<vw¯�v��|{|v��q{�u���v���va��rv0¯�v�pc�/�|x�����u~�'pcu~u�§

Ë`tqoqÔ_Ô~{|��xq�#psu_�soq{À�Vº»¸qu_xbv�xqv�{��/Ô~��xq����¸�u�rA¯�u~pc{�v�t¹r��Q��¸�u�{�v�pc�'u¾ÂÒ�s}wv�{|u��qv��½v��cu_�s�L�|���¸qv�����¸�u~psu¦����{|�À�s��{�u,rM¯�u~ps{|v�t¡�Qu_��º�u~u~x���¸qu_� ä\�Ò��r&u_�»v�{E§À��°� '  ���q��v��qu~p»v�x�����r'�'oqu��°� ' '°'澧É��¸q�|�¹���0t�v�p@�&�qoqu¡��rz�s¸qu��|xq¸qu_psu_xj�&x�r'�|�cu��*�qo���v�{��sr¼�|x��q�|}~v���u_�a��¸�v]�&r'oqp}~o�pspsu_xÃ��tq��}_�soqpsu#r��i��¸�uf��xÃ��u~psv�}_�sr'��u#�|���Gv�p��\pcr'� }~r��(tq{�u_�su�§

öø÷ � � ,SP1LêúMP1P1,2)43 ý]3MÇ � .4NPþ1.s,2N��Ë�¯�v��c��xjoq�a��u_p�r��L����á�u~psu_xÃ��uÐ��tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{Îv�xq�z}~r��(tqo �½v��s�|r'x�v�{m�(u¾��¸qr/�q�»��rb��u¾Â��u_}_��tqpsr��su~��x Â�tqpcr���u_�|x��|xÃ��u_p�v�}¾����r'xq�"xqrMºSv���r'oqp����|�stQr'�sv�{E§Î��¸qu�vw¯�v��|{|v��q{�u��(u¾��¸qr/�q�}wv�t���oqpcua�q�ÀáRu_psu_xj��v��ct�u_}_����r��"v�º»¸�r'{|uf�stQu~}¾��pso��4psv�xq�'��xq�&�\psr'� �c¸qv�ps�D�(tq¸Ã�/�s�|}~v�{�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq��¯ �|v2�sp�v�xq�c�|u_xj�b�q�|x��q�|xq�ÁäG�>§«u�§¶�|x��s���'x�v�{»��psv�xq�s��oq}_�s�|r'x²æ¹��rí��xq�q��psu~}¾��'u_xqu_�s�|}fv�xq�¡�\oqxq}¾����r'x�v�{"ä\�E§¬u#�(u¾�½v��Qr'{��|}Mæ*v��s�cr }_��v��s�|r'x��~§

��¸qu�}~r��(��r'xa��u~xqr'���|xqv���r'pir����s¸qu���r'�c�©�soq}_}~u_�s�c�\o�{�u¾� t�u_ps���(u_xj��v�{ �su~}½¸qx��|Ñjoqu~��|�"��¸qv����s¸qu_�(�(u~v��so�psu����|xq�q��xq�ar���v�Q¬��v����2Qjtqpsr��su~��x(��r0va�s��xq�'{|u»r'p�v�º»¸qr'{�u,{��|�qpsv�pc�r��-Q¬tqpcu_�?Qqtqpcr���u_�|xq�_§V��xÄ}~r�xj�sp�v��@�w���s¸qu�}_r'��tqo��½v]���|r�x�v�{���u_��¸�r �q���(u~v��so�psu�v��qu~�'pcu~ur��(Ù]Ú½Ú)�MؾÜGÙ�ÛGÜ,�]ÝSº»�À��¸q��x-�q�ÀáRu_psu_xj�Ú�@�\oqxq}¾���|r�x�v�{»}~r'xÃ�su¾�/���Y�q�,{��|­�ug�'u_xqu~�ĺ»�À��¸q��xÁv�xr'tQu~pcr'x1ä>�,o � x�u~xSu_��v�{>§���°� ' � Ãæ¾�»�qr'�(v���x-�\oq�s��r'xÁº»���s¸q�|x-r't�u_xÊpsuwv��q�|xq�í�\psv���u~�ä>nLxqpc�|�'¸Ã�#u¾�fv�{E§À�V�)V�V�Vy�iygv�pc}~r��c��u¹u¾�¦v�{E§À�V�)V�V�VÃæ¾�Rr'p�}~r]Â�}~�À�½v��s�|r'x��,º»���s¸q�|xg�(u_�q{|��xquv��q�@��psv�}_�s��ähX�u~xq�c�su~x¹u¾�Îv�{E§À�'°� ' �������{�v��s}½¸q­�u�v�xq��Y*v�{�u~xq}_��v���°� '  �A澧©��oqpspcu~xÃ��{À�#��¸qu_psuv�pcu(u¾áRr'p@����oqxq�qu_pcº�vM�2��r��|xÃ��u_�'p�v]��u��|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xÉ��v]�½v��Î�s�|���|{|v�p��srg�su_Ñjoqu~xq}_u�v�xq��c�spsoq}¾��oqpcu��qv��½v����|xÃ��r&tqoq��{|�|}_{��bvw¯�v��|{�v��q{|u,psu~�cr'oqpc}~u~�_§

Page 29: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

������ÙÃ��Ey=�ü�E�E��"��# �#Fæ�B�fAyû �!� A� ðS�

î©���'oqpsu¼��§~| ¨ Ë5¸q�|�@��r'��p�v�� r����s¸qu���u~�'pcu~u¾ÂÒ�q�|�@��pc�|�qo��s�|r'xX�\r'p0�s¸qugyg£¦¢��qv��½v��cu_�oqxq��u~p»�|xq}_psu~v��s��xq�&{|u_¯�u~{���r��©psv�xq�qr'���|Ô~v�����r'x<§Ë��'v��|x<�'�s¸qu»tqpsr���v��q��{|������ð(ä��qæ©r��mv#xqr/�qu�äGtqpcr���u_�|x²æ©¸�vw¯/�|x����¹u~���'u~��äG��xj�su~psv�}_�s�|r'xq��æ�|��tq{|r��c��u_��rM¯�u~p���¸qu#��u~�'pcu~u(ä�����x/o��0��u_p�r��Î�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�xq�½æ�ä\�su_u�îÎ�|�'oqpcu0�'§«±Ã澧"n"v�}½¸}~o�pc¯'u#pcu~�coq{��s���\psr�� v�}~r'tÃ�Är��<��¸qu#yg£¦¢(��v���v�º»¸qu_psu¦v�xÄu¾¯'u_p��|xq}_psuwv��s�|x����\p�v�}_����r'xp�v�xq�'�|x����\psr����M �5�½�M � �5 r����s¸quÄ�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq��v�psu(p�v�x��qr'���|Ô~u_�<§���¸quÄpcu~�so�{�����xq�}~o�pc¯'u_�Lv�pcu��s¸�rAº»xar'x¹v,{�r'�Ãv�pc���s¸q�(��}©�c}wv�{�u��Qu~{|rMº¦�Aº»¸qu~pcu���¸�u�r'pc�|�'��x�v�{'�q���c�sps�|��o�����r'xv�tqt�psrw� �|�(v���u_�»v&{��|xqu�§��r'��t�v�pcu~�`��rí�s¸qudr'ps���'�|x�v�{,�q���c�sps�|��o�����r'x<����¸�u2psv�xq�qr��(��Ô~u~�`�cu_�s��¸qvM¯�ud�|xq}_psuwv��@Â�|x��'{��b{|u~�c��xqr/�qu_��º»�À��¸zv�x�uÐ� �spsu_�(u_{���{|rMº r�p�¸��|�'¸�x/o��0��u_p,r��V�|xÃ�su~p�v�}_����r'xq�_§���xzv}~r��(tq{�u_�su~{��0p�v�xq��r'�(��Ô~u_�(�cu_�w�/��¸qu,�q�|�@��pc�|�qo��s�|r'x&���*�Qu~{�{ÀÂÒ�s¸�v�tQu~�(v�xq�bt�u~v�­j��v�pcr'oqxq���¸�uÄvw¯'u_p�v��'ub�qu~�'pcu~uÄr�p��qu_xq�s�À���`ä���x/o��0��u_par���u~�q�'u_�Iw�xjoq�a��u_p0r��»xqr/�qu~��æfr�����¸quxqu¾��º�r'pc­²§�å��ï/�|r'oq�c{����RÚMØsÙ��|ê¾×~"��½ê½ê�xqu_��º�r'pc­/��v�psu#�Gv�p��\pcr'� psv�xq�qr���§

Page 30: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

������ÙÃ��Ey=�ü�E�E��"��# �#Fæ�B�fAyû �!� A� ð�Ä

î©���'oqpsu¦�'§x}�¨Î��xj�su~psv�}_�s�|r'x�xqu_��º�r'pc­/��v�psu#Ú���Ù���� ×4�ß�����Àë&xqu¾��º�r�ps­j�~§*�,u_psu���¸qu,vw¯'u~psv��'utQu~ps}_u~xÃ�½v��'u�r��Rxqr/�qu~�*��¸�v���v�pcu,pcuwv�}½¸�u~�bº»�À��¸q��xbv¦�q�|�@�½v�x�}~u�r����a�@��u~t����\psr��vfpsv�x Â�qr'��{���}½¸qr��su~x��c��v�pc�@Â�xqr/�qu�����tq{�r��s�su~�<§L��x�v�{|{Qxqu_��º�r'ps­j��rM¯'u~pêw� �5r��i�s¸qu�xqu¾��º�r�ps­}wv�x��Qu¦psuwv�}½¸qu~��º»����¸��|x¡{|u_�s����¸qv�x��c�À�Ä�c��u_tq�»�\psr'� v�xÃ��v�ps�q�À��psv�ps��{���}½¸qr'�cu~xgx�r �qu�§

Page 31: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

������Í��=��@#_��Ëý�ADÃ��F��AD#��@E ð�Þ

n©�qv��(tq{�u~�¡r��¦�s¸q�|�¡v�psud���à®,£ äG��v��qu_p�v�xq�S�,r��'oqu���°� ' � Ãæ¾�,£��àÌ ä Ç u_x�v�ps��r'�u_�Lv�{E§À�ð� � ' Ãæ¾�'y��à®,�¶ä��<v�xqÔ~r'x�� u¾�"v�{E§À�ð� ' Ã°'æÐ����¸qu���xj�sË�}¾�LtqpsrAÓcu~}_�,ä>å�ps}½¸�v�pc�¹u_�"v�{E§À�°� ' �³Ãæ�v�xq�¡��¸�uay��àÌ�¢�}~r'{�{|u_}_����r'xÄr��©tqpsr���u~��x�}~r'��tq{|uÐ� u~�fäEy�u_º�u~��u¾�,v�{E§À�<�)V�V�|'澧

��¸qu»¿�ps�@�*��v��s­0v��"¸�v�xq���|�V�s¸qu»�|xÃ��u_�'p�v]���|r�x¹r��R����á�u~psu_xÃ���cr'oqpc}~u~�*r���u¾� tQu~ps���(u_x Â�½v�{�v�xq�g}_r'��tqo��½v]���|r�x�v�{<��v]�½v&�|x�r'ps��u~p»��r��'u~xqu_p�v��su�}_r'��tqpsu_¸qu~xq�c��¯�ua��v���v��su¾���»�\r'p�\oqp@��¸qu_p,�@��oq�q��u~�_§���x¼��¸�v�t��su~p#°¹����r �qu_{m�|xÃ��u_p�v�}¾����r'x�x�u_��º�r'ps­j�#v��,�'p�v�tq¸q���|x���¸qu}~r�xj�su¾�/�¹r���v��c��pcoq}_�soqp�v�{�}~{|v��s�c��¿�}~v�����r'x<�ipsu_�soq{À���|x��g�|xív�xír'pc�Ãv�xq���s�¹Â��|x��qu~tQu~xq��u~xÃ�rM¯'u_pc¯/�|u¾ºDr��i}~u_{|{|o�{�v�p�xqu_��º�r'ps­j�_§���¸qu¦}~r�xq}~u_t�����r���ÕAÖQ×sØsÙ]Ú¾ÛGÜÞÝ/ß��më����LÝ�×sØsÙ]Ú¾ÛGÜÞÝ/ßÄv�xq��|ê���ê��J�#"�Ù�£¾Ú¾Û��cÙ/ؾÛ>Ü,�]Ý�v�psu¹�|xÃ�spsr/�qoq}~u_�<§&Ë��f�|xÃ��u_p�v�}¾����r'x¼t�v��c��u~pcxÉ�cu~u_� ��r���u¹u¾¯'r�Â{|o ���|r�x�v�ps��{��¹}_r'xq�cu~pc¯�u~�<�²��¸��|��}_r'pspcr'��r�p�v��su~����¸�u#¸j�/tQr���¸�u~�s������¸�v��»t�psr��su~�|xÄ�\o�xq}_�s�|r'x}wv�x��Qu¦}wv�t��soqpsu_�<�²v��»{�uwv��@���sr&�sr'��u#�qu~��psu~u���¯ �|v¹tqpsr��su~��x���xÃ��u~psv�}_�s�|r'x��~§

��vw¯/�|xq�,}~r'��tqpcu~¸qu_xq�s�À¯'u���xj�su~psv�}_�s�|r'xfxqu_��º�r'pc­/�VvM¯�v���{�v���{|u��A�q��r'{|r��'�|}~v�{�Ñjoqu_�c����r'xq�}wv�xì�Qu¼psuÐÂ��c��v���u_�¶v�xq�Ê�sr'{À¯'u~�ìv��¡�'psv�tq¸`��¸�u~r'pcu_����}dtqpsr'��{|u~���däG��r'oq{À��r'x`u¾�gv�{E§À�°� '  �A澧¡��¸qub�bv���xÉÑjoqu_�c�s�|r'xí�����À��v�x��í¸qrMº�|xÃ��u_p�v�}¾����r'x���v]�½v�}~v�xí�Quboq�cu~�í��xív�s���(��{�v�p�º�vw�d��r��cu~Ñjoqu~x�}~uÄ��v]�½v��|x2r'ps�qu_p#��r�tqpsu_�q�|}¾�atqpcr���u_�|xd�c�spsoq}¾��oqpcubr'p#�\oqx�}¾Â����r'x<§��Ê���s¸f�s¸qu»ç"è�é�êsë�×|Ö6�ÐÜÞÝRØ¾Ü Ö6�|ê*�<�|xÃ�spsr/�qoq}~u*v��'u~xqu_p�v�{Ã�\psv��(u¾º�r�ps­��\r'piv�}_}~oqpsv���u�|x �\u~psu_xq}~u¦��x���xÃ��u~psv�}_�s�|r'x¡x�u_��º�r'ps­j����x���¸�v�t��su~p�³�§

�,���'¸qu~pàÂ�{�u_¯'u_{,���|r'{�r'�'�|}~v�{��\oqxq}¾����r'xÁ�|�(�qu~�c}~pc�|�Qu~�`�|x���u_ps���Är���Ö�Ù�Û� ��*Ù��AÚ¾§¶�����r �qu_{|��xq���s¸qu��sp�v�x��s���|�s�c�|r'x�r��"�|x �\r'ps�(v�����r'x¡��¸qpcr'oq�'¸dv(xqr'�|�@��xqu_��º�r'ps­�u~xï/�|pcr'x Â��u~xÃ�f�#v��s�su~��t���v�xÉv�{|�'r�ps���s¸q���|}a��u_¿�xq�À����r'xdr��,Ú¾ÜÀß�ÝQÙ�� ÜÞÝ/ß&Ö�Ù�Û� ��*Ù��MÚ¾§Ä��¸�v�t���u_pDv�qu_�(r'x��c��psv���u_�»¸qrMº t�v��s¸Ãº�vw�/��}~v�x��Qu¦psu_}~r'xq�@��pcoq}_�su~���\pcr'� }_r'�(t�{|u¾�Ä��v���v��su¾���~§

î©�|xqv�{|{À�'�»�'��¯�u~x`��¸�u2�c}~r'tQu2v�xq�Ê{|���(�À�½v��s�|r'x���r��a}_oqpspcu~xÃ��u¾� t�u_ps���(u_xj��v�{��su~}½¸ Âxq��Ñ/o�u~�~�#�s¸quÉÑjoqu_�c�s�|r'x¶v�ps���su~��¸qrMº v�}~r'��tq{�u_��udtq��}_�soqpsu2r��a�s¸qu2�|xÃ��u_p�v�}¾��r'��ud�|�r'����v��|x�u~�Ä��xb��¸qu#��r'�@��u [�}_�|u~xÃ��º�vw�'§"�"tqpsu_�su~xÃ��v�x�v�{|�'r'pc���s¸q�7��¸�v]���soq���'u~�@������v��À�tqpcr���u_�|xq�&º»���s¸-v2xquwv�pàÂ�r't ���|�(v�{���x��\r'pc�bv��s�|r'xXpcu_�soqpsx�r'x-uÐ��tQu~pc�|��u~xÃ�½v�{�u¾áRr�pc�(�|x��¸�v�t ��u~p w §V��¸qu»Ö�Ù���×@Ù]Ú¾×4���]Õ/×Gß��f�c��psv���u_���(v�{|{�rMº»�"�sra}_rA¯�u~p�rA¯�u~pß}' �5÷r��mo�xq­jxqrMº»x�|xÃ�su~p�v�}_����r'xÁxqu¾��º�r�ps­j��º»�À��¸`{�u~�s�(��¸�v�xì°� �5 r��¦�s¸quztqpcr���u_r'�(ugoq�su_�¶v��b��v����Ä�|x�so�}~}~u_�s�c��¯'u�tqoq{�{ÀÂ���rAº»x�uÐ��tQu~pc�|��u~xÃ���_§

�,r'tQu_�\o�{|{���� �s¸q�|��º�r'ps­(º»�|{|{>����xÄ��¸qu¦}~r�xj�su¾�/�»��¸qufvw¯�v��|{|v��q��{|�����0r��©��r'pcu�}~r'��tqpcu¾Â¸qu_xq�s�À¯'uf�|xÃ��u_p�v�}¾���|r�x���x��\r'pc�bv��s�|r'xR� }_r'xÃ��ps���qo��su¦�sr�v���r'psu¦v�}~}~o�p�v��suf}½¸qv�p�v�}¾��u_ps�|Ô~v]Â����r'x�r��©�s¸quf¸/o��bv�x��'u~x�r'�(u¦��x��su~ps���»r��Vt�psr��su~�|x��c�spsoq}¾��oqpcu0v�x����\oqxq}¾����r'x���x¡��¸quxqu~v�p��\o���oqpcu�§

öø÷�� � L��Ö3¯)�� � N�Ç! àû N�3«*-P

�Îv��1��p�v��su_�\oq{/��r¦£0§'��r'{|�cu~pV�\r'pÎtqpsrM¯/�|�q��xq�¦î©���'oqpsu,�'§yvq§L�¹§Ã�#�|��u~xqu_Ô�v��c�s�|�@��u_�&º»�À��¸î©���'oqpsu¹��§ ³�§

Page 32: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

_ æ ÒÔç ýÉù�Þ "

# $&% $('*),+*-.% / 0 '213+4$&-.%6570 '213+4$&-.%8 %9+4$('*);:<+*-=1>% ? $@+BA 1C'*D6E

FHG I�JLKNMPO QNRTSVUWMYX[Z\K]R^Z_U`RaO X�bVc�K]deRfKhg�QNU`c�K]ieijceklXHimdec�cnioX�ZpX�c�K]deiqMrQsStimd STXvuxwyUpczRaQNJ|{Y}klX�gvbVd�~Nkpc�X�RaX[Z_U��l{HG J|kpdeioX�Il} ��M�cndeiei|O QNRTSVUhMYX[Z�K]R^Z\U`RaO X�bVc�K]deR!decY} MrQNRfK_�rU�O k

kpd�~NklX�b��^i�K]RaX {zZ�} �hQNU�MYX X {zK]R^Z\K]czioX[KNM�c|I��NRaQNJ�I�} ��g�X�J.dei�ZpX�b�X[Z\Khg�QNUpczceklXHb�X[K]ieim�SVUpR^ZhK]�\X�Rlc�K]ijK]R^Z\de���lQNb�c�K]RlclS�KpO�c�MrQsS�ceklX�UpRlde�]X�b�MYXvu�}*>

�=���[�����.�����[� �������T��@¡ �¢|£�¤�¥!¦r§©¨RE�ª9@

«B¬Y­ ®�¯±° ° ²�³�´µ·¶=¸�¹pºv¹p»½¼@¾3¿�¸�¾lÀÁ¹hÂ�Ã^¸�ÄC¼YÃÆÅ�¹`»�¹W¸�¾Ç¼Y¹ÉÈÊÃ^ÀÁ¶�¸N¹pË�¹p»=ºTÌeÍ^¹ÎÃ`Í^¹W¸YÍ�Ìn¹hÂ_ºÏÃ�¿¶�¸NÃl¼Y¹pÌn»�Ð[¶�¸NÃl¼Y¹pÌn»@Ìn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»=º]ÑÒµv»Ó¼�Ë�¹4¶.Ã^º�¼vÐ[Å^¹p»�Ã^À2Ì�È!Í�Ì�¹hÂÔÃ�¿HÈʹpÕ�ÕnÖ=Õ�¾�¸¿�Ö�»=È]¼YÌnÃ^»Ø×=¹W¾lÈNËÚÙ|Ì�Ã^ÕnÃ�Å^ÌnÈʾlÕ�¹p»½¼�Ìe¼�Û*Ì�ºrºv¹W¹p»ÜÌn»�¼�Ë�¹ÝÈÊÃ^»½¼T¹WÞa¼ßÃ^¿y¾fÈÊÃ^ÀÁ¶=Õn¹hÞ»�¹W¼VÂ�Ã^¸�ÄàÃ^¿�Ì�»½¼T¹p¸�¾lÈ]¼YÌnÃ^»�º]Ñ\áBÈhÈÊÃ�¸Nâ�Ì�»�Å^Õ�Û�×�µ7ÀÁÃjâ�¹pÕ�¿�Ö�»=È]¼�Ì�Ã^»�¾�Õxº�¶=¾lÈʹfÙaÛ¸�¹W¶=¸�¹pºv¹p»½¼�Ìn»�Å_¶=¸�Ãl¼Y¹pÌn»�Ð[¶=¸�Ãl¼Y¹pÌn»�Ð�Ì�»^¼Y¹W¸N¾�È]¼�ÌnÃ^»�â�¾Ç¼Y¾7¾lº�Ö�»�â=Ì�¸�¹`È]¼T¹`âÒÅ^¸�¾�¶=Ë�º]ѵ_ºTÖ�Å�Å�¹pº�¼B¾2Å�¹p»�¹p¸�¾lÕy¾�¶�¶=¸�Ã�¾lÈNË@ÈʾlÕnÕ�¹`âäã�Ö�¶�Ð�Èʾlº�¼�Ìn»�Å�ãؼYÃ*Å�¹p»�¹W¸�¾Ç¼Y¹4Ìn»½¼Y¹W¸TоlÈ]¼�Ì�Ã^»ÏÀ4¾�¶|º_Ã^¿�ÈʹpÕnÕ�Ö�Õ�¾�¸B»�¹W¼VÂ�Ã^¸�Ä�º\Ì�»Ú¼�Ë�¹å¶=¸�¹pºv¹p»=ÈʹfÃ�¿�ËjÖ�Å^¹f¾lÀÁÃ^Ö�»½¼�ºÃ�¿�¿�¸�¾�Å^ÀÁ¹p»½¼Y¹pâ·¾l»�âÏÌn»=ÈÊÃ^ÀÁ¶=Õ�¹W¼T¹±â�¾`¼Y¾j×L¾l»=â·¼YÃæâ�¹p¸NÌeÍ^¹±¸N¹W¶�¸�¹`º�¹`»^¼Y¾Ç¼�Ì�Ã^»=ºÃ�¿�Õ�¾�¸�Å�¹�»�¹h¼�Â�Ã�¸NÄjºtÂ_Ë�Ì�ÈNËÁË�Ìnâ�¹\ÈhÕ�Ö�¼T¼Y¹W¸�Â\Ë�ÌnÕn¹7Ä�¹p¹W¶=Ì�»�ÅÒ¼YË�¹�¹pºTº�¹`»^¼�Ìn¾�Õ=¾�¸TÐÈNË=Ìe¼Y¹pÈ]¼�Ö�¸N¹7Ã�¿.¼�Ë�¹\Ì�»^¼Y¹W¸N¾�È]¼�ÌnÃ^»4ºv¶=¾�Èʹ^Ñ�çèË=Ìnº�Ì�º�¾�È�Ë�Ìn¹hÍ^¹pâ2ÙaÛ4ÈÊÃ^»½¼Y¸�¾lÈ]¼�Ìn»�ż�Ë�¹ßÅ^¸�¾�¶=Ë�º�¾�ÈhÈÊÃ^¸Nâ�Ì�»�ÅB¼YÃéâ�Ã^ÀÁ¾�Ì�»jÐ º�¶.¹`ÈhÌeê|ÈrË=Ì�¹W¸N¾Ç¸�ÈNË�Ì�ÈʾlÕ�ÈhÕ�¾lºTºvÌ�ê|ÈʾǼ�Ì�Ã^»=º]Ñç�Ë�¹*Ä�¹hÛäÈÊÃ^»=ÈʹW¶�¼!Ë�¹W¸�¹æÌ�ºB¼�Ë�¹æ»�Ãl¼�Ì�Ã^»ëÃ^¿èÌn»=â�Ö=ÈʹpâìÌn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�ý»Ø×íÂ_Ë=ÌnÈN˾lÕnÕnÃpÂ_º�¼�Ë�¹�Ìn»½¼Y¹WÅ�¸N¾`¼�ÌnÃ^»Ø×�ÈÊÃ^ÀÁ¶�¾�¸NÌ�ºvÃ^»2¾l»�âæ¾l»�¾�Õ�Û�ºvÌ�ºHÃ^¿�Ì�»^¼Y¹W¸N¾�È]¼�ÌnÃ^»2â�¾Ç¼Y¾¿�¸�Ã^À â�Ì�îعW¸�¹p»½¼åºvÃ^Ö�¸NÈʹ`ºÒ¾l»=âïâ=ÌeîعW¸�¹`»^¼±Ã�¸NÅ�¾l»�ÌnºTÀ2ºÒ¾`¼±¾ÜÅ^Ì�Í^¹p»ìÕn¹hÍ^¹pÕ�Ã�¿¾�Ù=º�¼Y¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»LÑ�µ�¾�¶�¶|ÕeÛå¼�Ë�Ì�º�¾Ç¶=¶�¸�Ã^¾�È�ËÁ¼YÃÒÈÊÃ^ÀÁ¶=Ö�¼Y¹ß¼�Ë�¹\Ìn»½¼Y¹W¸Nºv¹pÈ]¼�Ì�Ã^»f¾l»�â

ðYñ

Page 33: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊómôYó4õ�ö|÷r÷�øØù`ú ûYü

Ö�»=Ì�Ã^»<Ã�¿�â�Ì�îعW¸�¹p»½¼_â�¾`¼Y¾lºv¹h¼�ºßÃ�¿�¶�¸�Ã�¼T¹`Ìn»à¾�»=â·â�ýÀ4¾lÌ�»<Ì�»½¼T¹p¸�¾lÈ]¼YÌnÃ^»�º]Ñç�Ë�¹ß¾�¸NÈ�Ë�Ì�¼T¹`È]¼YÖ�¸�¹PÃ�¿|¼�Ë�¹ß¸�¹`ºvÖ=Õe¼�Ìn»�ÅB»�¹h¼VÂPÃ�¸�Ä�º�¸�¹pÀÁ¾lÌn»=º�ºTÈʾlÕ�¹ÊÐ�¿�¸�¹W¹�×a¾lº

¿�¸�¹pýjÖ�¹`»^¼�Õ�Ûëºv¹W¹p»ïÌn»äÙ|Ì�Ã^ÕnÃ�Å^Ì�Èʾ�Õ�»�¹W¼VÂ�Ã^¸�Ä�º�×�¾l»�âä¼�Ë=ÌnºÒ¶�¸�Ã�¶.¹p¸Y¼VÛë¶.¹W¸NºTÌnº�¼�º¼�Ë�¸�ýÖ�Å^Ë,ÀÁ¾l»^Û&Õ�¹hÍ^¹`Õnº!Ã�¿ß¾�Ù|º�¼Y¸�¾lÈ]¼�Ì�ý»ØÑïþèÃ^»=»�¹pÈ]¼�Ì�ý»�ºåÌ�»ì¼�Ë�¹Ú»�¹W¼VÂ�Ã^¸�ÄÈʾl»@Ù.¹Á¶=¸�Ã`ÿv¹pÈ]¼Y¹pâëâ�ÃpÂ_»½ÂP¾�¸Nâ�º���â�ÃpÂ\»jÐ�Èʾlº�¼�Ìn»�Å��7¿�¸�Ã^À Ë�ÌnÅ^Ë�¹p¸ÝÕn¹hÍ^¹pÕ�º�Ã�¿¾�Ù=º�¼Y¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»äâ�ÃpÂ_»ä¼TÃ<¼�Ë�¹*Õn¹hÍ^¹pÕ�Ã�¿PÌn»=â�ÌeÍ�Ì�â�Ö�¾lÕ�¶�¸�Ã�¼T¹`Ìn»�º�¼YÃ<¾lÕ�Õ�Ã`Â6¶=¸�¹ÊÐâ�Ì�È]¼�Ì�Ã^»àÃ�¿y¶.Ãl¼Y¹p»½¼�Ì�¾lÕ�Ìn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»à¶�¾�¸Y¼�»�¹W¸Nº]Ñ

Page 34: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóòÊó������zù��Øö� ������� ���

«B¬V« ������³����±¯ ���"!#�$�%'&)($* �[���,+.-^�v�0/ ( �#1h� �32�4l����� * 15-�� * �[�6/718/91h�[�v�������:/ * 1 &�; �v� *3( ���=<��3/72©� ; 2o�]�>/¡��?�/9272; �v� *3( �����0/��:/o�v�3292��@/ ( - * ��� �A1W�L� * /71h���6B]�����[���31�4�� *�( -��]�[���[���C4l�N� �D4����0/7<]�64FE�� *3(4�/HGa���[�61h� &0*3I �[��� &6J �����\�A1l�32¡� & / &K* EL/71h���v�[�]���0/ * 1M4l�N� ���3/ (N& � * �[�,<Ê�v�32.����� * �0BÊ�PO1�/7QT���0/ * 1l�A2�-��0/71��6/7-�2o� &�* E.�v�#292 I 2©�]��1Ç���R? * �0S & �31>4Ò� * 4�� & �v�T/ ; �H�[���P�]��� ��/¡�[�v��� I ��� * E; / * � ��� ( /¡�T�32a�31�4�BÊ�#1����0/o�U1����R? * �TS &6JV% S�����4�/HW7� I 2���� * 1B���Ç�K?��T�F/ & �[���K/91�� *�( O-�2¡�����ß�X+>-^�v�T/ ( �61h� �A2�� �l�]�[�]���[�v�0/7QT���0/ * 1 * E ($*3& � ; / * 2 * B3/o�T�A2 & � & ��� ($&#J$Y 1 * �04Ç�v�t� *Z 272`���Ç�[/71>E * � ( ���0/ * 1\Bh�3- & � ( ����� * 4 & � * BÊ�61������327/9Q��VE�� *�( /91�4>/7<]/94 I �32`�X+.-½���0/ ( �61h���32�#<]/74��61����_^n� J B J �.� * ���#/91.O��Ø� * ���#/91 Y 1W�[�v�[�]���0/ * 1 &:` � * ��/9BÊ�Ç�v�D2¡�#<Ê�#2 ; / * 2 * B�/o�v�32��61h�0/HO�:/¡� & ^�� J B J -�� * ���#/918En� ( /927/o� &a` �]�[�b1��v�#4��64±� * B]�61��������[� & �[� I ��� I �[�32.�31�45E I 1����0/ * 1��32�31�1 * � ���0/ * 1 &6Jcd<Ê�61eE * � &TI � �*� & / ( -�2¡� ($* 4��#2 * �0Bh�A1�/ &T( � & �Ê�T� & �T��?�/¡�[� f3g�g�g�BÊ�61�� & �������

� I �[�[�#1h�U/91h�������]���:/ * 181����R? * �0S8/ & En�]�y� *]* � *�( ->2o�,+Ò�A1�4 4��61 & �62��Ý� * 1�1������[�64±� *�; �-^�v�[���6/H<Ê�642� & ��?y� * 2¡�h^jiÝ�T�Ê�v���31�4�k)/o�������v�ml3g�g�g `XJ �������[�#E * �[�]�n/¡�\/ & / ( - * �����31h�� * �l�o<Ê� ( �v�31 & � * O QNR^ZpX�RÇMYX �����[/91h�������]���:/ * 1$4���� �\/91h� * �3E I 1����:/ * 1l�32 (N* 4 I 2o� & �\/91�4� *�( -��[�����61 & /7<]�8?í�T�]��� & -^�v�#/©�3272¡�pE * �r�[��� I -^� *3( /71�BÁ� ($*�I 1W� &$* Et�,+.-^�v�0/ ( �#1.O� �A2q4l�N� ��E�� *�( �Ê�v� & �rO��R? * O��h� ; �0/74j�\BÊ�61��Á�,+.-��[� &0& / * 1j�H� * OR/ (N(DI 1 * -��[���6/7-�/¡�����:/ * 1j�� �A1�4�� ( Os�PW$1>/¡����- I �T/ Z �v���:/ * 1s^�� % � ` �A1�4t-�� * ���#/91Ü�]�����T�à�,+.-½���0/ ( �#1W� & ���[� JuY �/ & /71W� I /¡�0/7<]�62¡�Ý�62¡�T�]���[�l���T�=� & /914�]���0/©�A2.�]�[� ���]� * 2 * B]�]��?y�Ç�v�[�7����� & �[� I ��� I ��� * E��31�31��#/o�#1W� & ���[�02o� ( �#1W�K/ & /91v<]/ & / ; 2¡�bE�� *�( �����@BÊ� *�I 1�44�31�4 * 1>2¡� ; �v� *�( � & �3-�-l���[�61h�E�� *3( �]�v�T/©�32"-�� * � * B]���3-�� & �m/��\/ & 1��v��� &T& �]���Á� * � �AS]��� & �[�6- ; ���aSå� * B]���r�A1w/74��T�* E������ ; /9B3BÊ�v�x-�/¡��� I �[� J k����[� Y -���� & �61h�B�MBÊ�61Ç�v���A2�E��[� ( �#? * �0SÁ�[�l���$/ & � ; 2o�B� */91h�[�6BÊ�[�����N4l�����Ý� *�( /91>ByE�� *�( 4�/7G½�v���61h� &T*�I ���v� & �Ø���D4>/7G½�v�[�#1h�D2o�,<Ê�#2 &b* Ey� ;�& �������,O�:/ * 1j�zE�� *3( 4�/7G½�v���61h� & -^�v�6/¡� & �.�31�4_/ & � ; 2¡�r� * � * 1�4��#1 & �7�����_� (N*�I 1h� * EL4���� �y/91� ( �T�31�/71�B3E I 2{?í�T� J �������[� &0I 2��x/ & �hB�27/ ( - & �\���P�[��� * <]�v�[�3292��]�[� ��/�������� I �[�é�31�4� * - * 2 * B]� * E=�v�6272 I 2o�]�L1����R? * �0S &6J|L}R|L}T~ ���b�z�"����r�C�)���e�T�C���������r�C�����V������"�����r�������C�X�������m������k����[� Y �3-�-�2��Ú�eB]���3-��]O����Ç� * �����:/¡�8E���� ( �,? * �TS�� * BÊ�61Ç�v���N��� -�� * ���#/91�/91h�[�v�������:/ * 1( �3- & E�� *3( ��B�/7<]�61 & ��� * E ; /91l�]���C/71W�[�v�[�]���0/ * 1 &z*3; � �3/71��64UE�� *�( �X+>-^�v�T/ ( �61h� �A2�4l����� J� I � �2� & ���P�v�31 ; � & �v�#1*� & �yB]���3-��w��� ^¢¡"£a¤ `,J¥Y 1>/¡�:/o�3292��Ê�j�v�]� �e1 * 4��N¦e§¨¡/ & � * 1>1��v�����642� *N©TI�& � * 1�� * �������b1 * 4���ªè�|���6-���� & �#1h�:/91>B±�,+.-½���0/ ( �#1W���32L�#<]/94��#1��v������������Ç�x-�� * �[�6/71!�[�#-��[� & �61h�[�64 ; �8¦5/71W�[�v�[�]��� & ?�/¡�[�!�����x-�� * ���#/91!���6-���� & �61h���#4 ; �ª J � * � * ?«4 * � * B * � ;¬*�I � ©T* /91�/71�B\���Ç� & � ; /71l�]���8/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & /91 * �T4��v��� * B]����31 * <Ê���T<]/o�,?)­

Page 35: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóòÊó������zù��Øö� ������� �Çû

Y ��/ & En�3/¡�02�� *3; <]/ *�I�& �������"E * �d/71W�[�v�[�]���0/ * 1x4l�N� �C4����0/7<]�64@E�� *�( ����� & � ( � & -^�v�6/¡� &/¡�{/ & - *�&0& / ; 2¡�x� * � &T& /7B�1�� Z 1�/¡�[� & ��� * Ez-�� * ���#/91¥1�� ( � &V® � * ���Ç�)/71W�[�v�[�]���0/91�Bq-l�]���rO1���� & ���6-���� & �61h���#44� & ���Ç� & ��� * E"1 * 4�� & ¡ J ����/ & 4�� Z 1�� & �N2©� ; �627/91�By^ * �[/94��#1W�0/¡��� `E I 1����:/ * 1M¯L°±¡�² ® ��?y�����[�N¯z���6-���� & �61h� &K*�I �US�1 * ?�2¡�64�BÊ�ß� ;±*�I �������]��/94��#1h�:/¡����* E�-�� * ���6/71 & ?�/¡�[��/91!�[���@-�� * �[� *�( � J �����#1�/��U/ &U& �����A/9BÊ�h�0E * �T?��]�04å� *b©T* /71!�����7�,+�O-^�v�0/ ( �#1h� �32{/91h�������]���:/ * 1 & <]/©�51 * 4Ç� & ?�/¡�[�p/94��#1h�:/o�v�32{2©� ; �62 &6J ����/ &x( ����� * 4e4 * � &1 * �{? * �0S7�]��� *�&T&V& -^�v�#/o� & � I 1�2o� &0& �������[�'/ & �\?��Y�NE * ��/94Ç�61h�:/HEe�./71�B������9� & � ( �/�q-�� * O���#/91 & /71�4�/7G½�v���61h� & -^�v�#/o� &@; �æ� *�(N* 2 * B]� Jw³ / * 2 * B3/ & � & 4�/ & �0/91�B I / & �2�R? * S]/71�4 &x* E� *�(N* 2 * B]�¬° * ����� * 2 * B I � & ��?y��/o� �f�]�T/ & �DE�� *�(�& -^�v�#/©���0/ * 1j�j�31�4M-l�]�[�32 * B I � & ��?y��/o� ��]�T/ & �KE�� *3( BÊ�61Ç�b4 I ->29/o�v���:/ * 1 J�´* ��-����]���:/¡�T�32�- I �T- *3& � & � * ����� * 2 * B I � & �]���q4�� Z 1��#4� & �l�o<]/91>Br�,+Ç�]���02¡�_����� & � ( � ; / * 2 * B�/¡�T�32�E I 1Ç���:/ * 1_^µ/71��62 I 4�/71�BD/91h�[�v�������:/ * 1 &:` ?y��/92¡�-l�]�[�32 * B I � &N( �Y���l�o<]�!�#< * 27<]�64¨1��#?�-�� * -^�v���0/o� &¥* �N2 *�& � &T*�( �Ò�31���� & �����A2'-�� * -.O�v���:/¡� &6Je¶ 1�� ( ����� * 4e? *�I 294 ; ��� * 27/91�S±���Ç�F/91h�������]���:/ * 1p1����R? * �0S &@* E)4�/7G½�v���61h�& -^�v�#/o� &F; � * ���[� * 2 * B *�I�& BÊ�61Ç� & ^¢· ¶K¸U&a` ^��|��� I�&0* <<�����32 J � ð=¹3¹vº ` ?y�>/o� ��? *3I 294; ���31Ý�,+p���#1 & / * 1 * E=������� ;±* <]� ( �61h�:/ * 1��645/94��#1h�:/¡���FE I 1����0/ * 1 ; �Ò�N2 *]* S I -.O���� ; 2¡�4�� Z 1�/91>Bf�[��� � & � ( �2�_1 * 4��é�]�v� *�&0& 4�/7G½�v���61h� & -^�v�6/¡� &#Jt%»($* ����BÊ�61������32�?��T��/ &<]/©� & �6¼ I �61Ç�v� & / ( /92o�]�0/����Ê� I�& /71�B������7� &T&0I�( -Ç�0/ * 1!�[�l���K-�� * ���#/91 & � ;¬* <Ê�7���v�������3/91& �#¼ I �61���� & / ( /92o�]�0/���� I 1�4Ç�v�0B * & / ( /92o�]�U/91h�[�v�������:/ * 1 &#JhY 12����/ & �T� & �]���[���F2©� ; �#29/91>BE I 1����:/ * 1 ? *�I 294 ; � ; � & �64 * 1Á���[���[� & � * 274_½)E * � & �#¼ I �61���� & / ( /72©�]�T/¡��� Jb¾ 1>E * ��� I O1l���[�62�� &0I � �!�@BÊ�61������32j�[���[� & � * 294��l� & 1 * �y�]��� ; ���6154����[�v� ( /91Ç�64 JY � ( B * /71�B!� ;¬*�I �H���Ç� & � *�; <./ *�I�& 1 * �:/ * 1 & /91f����/ & ���N�������P�o?�Sv?í�]�T4e?í�T�f� *

4�� ($* 1 & ���[������������� ;>I /9274�/91�Bå�_BÊ�61 *�( �XO¿?�/74���/91h�������]���:/ * 1 ( �3-�/ & E * � ( �3272¡�f�����& � ( �y� & �31h� * �������.� * 1h���[�]���0/ * 1 * Ea�UBÊ���A-��5^n�62 I�& �[�v�T/91�B * E^������1 * 4�� &a` �31�4N4�/HGa��� &* 1�2���/71��[���U?í�T�B�[���K/94��#1W�0/¡���$E I 1����0/ * 1y¯m/ & 4�� Z 1��64 J

�����v�����]�����R? * BÊ�61Ç�v���A2^�#2©� &T& � &�* E½�62 I�& �[�v�T/91�BH�3-�-Ç� * �]� �Ç� & �]?y��/o� �7�T�A1 ; � I>& �64� * � * 1�4��#1 & �������K/71W�[�v�[�]���0/ * 1�BÊ�[�3-�� J ����� Z � & �x�3-�-Ç� * �]� �y/ &�I 1.O &TI -½���T<]/ & �64Ò�62 I>& O�����0/71�B��=?y��/o� � ( �v�31 & �[�[�T�N�:/91>By�[���{1����R? * �0S�� & �A1��]� ; /¡�[���]���CBÊ�[�3-��H�31�4H�62 I�& �[�v�T/91�B/¡�x���v� * �04�/71�Br� * /¡� & 4�/ & ���0/ ;�I �0/ * 1 * E=�64>BÊ� & ��?�/���� *3I �x�31h�F4 *�( �3/71.O & -½���6/ Z �CS�1 * ?�2HO�64>BÊ� J�À �v� *3( - *�& /��:/ * 1 * E��[���MBÊ���A-��Á/71h� * ��/9BÊ�>2¡�Ú� * 1�1������[�64 &TI�; � *�( - * 1Ç�61h� &�[�,<Ê�v�32 & � *�($(bI 1�/o�v���:/ * 1é� I>;�& �31�4hE I 1����:/ * 1l�32 ($* 4 I 2¡� & ^ & ��� &U* E{BÊ�#1�� & �[�l�������[�/91v< * 27<]�64_/91f� *�(N($* 1±�v�6272 I 2o�]�C-�� * ��� &T& � &:` ^ � 1��62.���P�A2 J ��l3g�gvl `XJ ����� & �v� * 1�4Á�3-.O-�� * �]� �x/ &m&0I -^�v�r<./ & �#47�#2 I�& �����0/91>B��3?y�����[� ; � * 1���� &T& /9B31 & � & ��� * E¬S�1 * ?�1 ; / * 2 * B�/¡�T�32-�� * -½�����0/o� & � * �3292^�����K1 * 4�� & �31>4é�#2 I�& ����� & �����U1 * 4�� &�; � & �#4 * 1��[��� & ���N�[���T/ ;�I ��� &#J����/ & / & �X+`� ( -�29/ Z �64 ; �\�[���t�62 I�& �[�v�T/91�Br���v� * �04�/71�BP� *x&TI�; ���6272 I 2o�]�V2 * �v�329/7QT���0/ * 1 ; �� � �v?�/9S * ? & S�/Ø�31�4Ò� * O¢? * �TS]��� & ^ � � �v?�/9S * ? & S]/.�����A2 J ��lAg�g�gy� ¾ ���:Q����t�32 J �±l3g3g�g ` � *& ����� * ? (DI � �B��� *�&T& ���329Sr���Ç�v�[�)/ &�; ���R?����61F4�/HGa���[�61h���v�6272 I 2o�]�Ø� *�( -l�]��� ( �61h� & �./ J � J�64>BÊ� & ���l�N��29/91>S7�[���KB�/7<]�61é�62 I>& ����� &#J

Page 36: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóòÊó������zù��Øö� ������� ���

´ /7B I �[� l J ð ° ¾ -^�T� & �:/71�B�/91 � · ¶ �;�A1�4ÃÂ��,<Ê�62 * E %);�& �[���]���:/ * 1 J ����� � · ¶ ���/¡�v�����[� �h�h/ & 4��6->/o���[�64 E�� *3( �[��� b�QYQNc ^e� * - ` <./o�\�62o� &0& ��E * 294a� &0I -½���TEn� ( /92��FEn� ( /72¡�4 * ?�1ß� * 4 *�( �3/91b2o�#<]�62 Jm% 1N/91h�[�v�������:/ * 1 & ��� ; ���R?����61¥4>/7G½�v�[�#1h��4 *�( �3/91 & / &d& � * ?�1; �62 * ? J�%Ä( �A-�-�/91>B * E|�����\/91h�������]���:/ * 15/71h� * �[���H��/o�����]��� �W�5/91>4 I �v� & ��/7BÊ�����[2¡�#<]�62/91h�[�v�������:/ * 1 &#JxY 14���>/ & �,+Ç� ( -�2¡�]�������@/71W�[�v�[�]���0/ * 1å��/7BÊ��29/7BÊ�h���#4 * 1å����� I -�-^�v�\2o�,Ee�/91>4 I �v� & �315/71h���v�[�]���0/ * 1 ; ���R?z�v�#1 &0I -½���TEn� ( /927/o� & ð J ð J ð �31>4 ð J ð JÆÅ>J

Page 37: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóòÊó������zù��Øö� ������� ��Ç

´ /7B I �[��l J l.° · * 1h�[���]���:/ * 1 * Ex� È����R? * �TS*��� À /HGa���[�#1W�DÂ��#<Ê�#2 &x* E %);�& �[���]���:/ * 1 J����� & ��� * E ; /91l�]���¥/71h���v�[�]���0/ * 1 & / &�& � * ?�1 ; �62 * ?Ó�31>4������ & � ( �t� & /71 ´ /7B I �[�Cl J ð J�����{/91h�������]���:/ * 1 & �]���{27/91�S��64�� * � · ¶ � ; � ( �3->-�/91�Bí�[���{1 * 4Ç� &�* EÇ�[����/91h�������]���:/ * 1 &� * ���Ç�q4 *3( �3/71 & ��/¡�v�����[� �h� J �����è��� &TI 2¡�0/91�B I -.O��T� & ���6451����R? * �TS &)* 1 &0I -^�v�rEn� ( /72¡�]�En� ( /92��\�A1�454 *�( �A/91F2o�,<Ê�#2{^�� * -.OR4 * ?�1 `L* E����Ç�\/71h���v�[�]���0/ * 1 & �����]��� & � * ?�1 J

Page 38: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóòÊó������zù��Øö� ������� �3É

|L}R|L}R| �e���V����"�������V� �{���ËÊÁ����UÌ�ÍC�"�>��Π���Ï�«����Ð����Ñ�e�r�"�.���¢ÒÓ �z�m������

k����[� YVI�& ���@B�/H<Ê�61é�62 I�& �[�v�T/91�B@E�� *�( ����� ; / * 2 * B3/o�T�A2±4 *3( �3/71F/91 * �04Ç�v��� * �31l�32��]Qv����Ç� I 1�4��v�T2¡�]/91>B�/91h�������]���:/ * 1U1����R? * �0SU/71t�����.� * 1h���,+p� * Ep�����"S�1 * ?�2o�#4�BÊ�Ø�61Ç� * 4��64q/91���>/ & �#2 I�& �����0/91>B J � /91����z���Ç� & ��� * E ; /71l�]���K/91h�������]���:/ * 1 & / & 1 * ? & ���61ß� & /91h�������]���:/ * 1 &?�/¡�[��/91·�A1�4 ; ���R?����61@�>/9BÊ�����rO¿2o�#<]�62��#1h�:/¡�0/o� & ^µ27/9S]� &TI�; �v�6272 I 2o�]�\� *�( -l�]��� ( �#1h� * �-�� * ���#/91.O &0I -^�v�rEn� ( /72¡� ` �[��/ & 2o�v�34 &{I�& � * �[���'4�� Z 1�/��:/ * 1 * E�/91�4 I �v�#4�/91h�������]���:/ * 1 & ����r��/9B]���v��2¡�#<Ê�#2 * E�� ;�& �[���]���:/ * 1 JY 1 (N* ��� ; / * 2 * B�/¡�T�32������ (N& ���31M/91h�������]���:/ * 1_Ô$��^µ¦8Õ ª ` §t¤ ; ���R?����61f�����

�R? * -�� * ���6/71 & ¦ß�31�4¥ªÖ/91>4 I �v� & �31$/91h�������]���:/ * 1 ; ���R?z�v�#1��R? * ��/9BÊ�Ç�v�{2o�#<]�62 ; / * 2 * BAO/o�v�32.�61h�0/¡�:/¡� & ^n�#2 I�& ����� & � * �K/91�1����q1 * 4�� & /71Á����/¡�v�����[� ��/¡�T�32Ø�62o� &0& / Z �v���:/ * 1 `'× �31�4Ø\��/7E|�31�4 * 1�2��F/7En¦B�31>45ª(�]���\4Ç� & ���61�4��31h� & ^ * � ( � (D; ��� &�* E=�����H�62 I�& �[�v� &:`�* E ×�31�4_Ø\�a�[� & -½�����0/7<Ê�#2¡� J �����#1wÙL�Ú^ ×ÜÛ Ø ` / & �T�3272o�#4å�31 deR^Z]U�O X[Z�deRlcsX�b�KpO�cnd�QNR * EÔqB3/7<Ê�#1Ò�[�����62©� &0& / Z �T�N�:/ * 1�^ * �y�62 I�& �[�v�0/71�B `�Ý@J i * �[�K<Ê�v� ; �3272¡�Ê���A15/71�4 I ���648/71h���v��O�]���:/ * 1!�����$B�/H<Ê�6182o�#<]�62 * EØ� ;�& ���[�]���0/ * 1h/ & �[���b/71h���v�[�]���0/ * 1 ; ���R?����61å��/7BÊ���v��OR2¡�#<Ê�#2; / * 2 * B3/o�T�A2j�61h�:/��:/¡� & ^�� J B J[&0I�; �v�#292 I 2©�]�x� *�( -l�]��� ( �61h� & �±-Ç� * �[�6/91yEn� ( /929/¡� &:` /91�4 I �v�64; �2�!�#2 I�& �����0/91>B * E�2 * ?z�v��OR2¡�#<Ê�#2��#1W�0/¡�0/o� & ^n� J B -�� * ���#/91 &q* �D4 *3( �3/71 &a` B�/H<Ê�614�����#/o�/91h�[�v�������:/ * 1 &#J �����F/91�4 I �v�#4�1Ç���R? * �0Sw/ & �#¼ I /7<��32o�#1h�P� * �[���B� * 1�1��v���:/H<./���� & ��� I �,O� I �[�!��� &0I 2¡�:/71�B�E�� *�( �[���!� * 1h���������:/ * 1 * Et�[��� * �T/9B�/71l�32�BÊ�[�3-�� I 1�4Ç�v�\�[��� B�/7<]�61�62o� &0& / Z �v���:/ * 1_^ & �v� � �v���:/ * 15l JÞÅ.J lbE * ��4���� �3/72 &:`,J%'& 4>/ & � I�&0& �64_� ;¬* <]�����Ç�í�62 I�& �[�v�0/71�B * El�[���L/71W�[�v�[�]���0/ * 1D1Ç���R? * �0Sq/ & 1 * �"29/ ( /����#4

� * � & /91�B�2¡� & ���#- J � /91Ç�v�¥4>/7G½�v�[�#1h���#2 I�& ���v�T/91�B ( ����� * 4 & �T�31 ; �\�3-�-�27/o�#44� * 1 & ���,OI �0/7<Ê�#2¡�]�j����/ & / & 2 * B�/o�v�3292��B�6¼ I /H<]�A2o�61h�t� * �B��/¡�v�[�]�[� ��/¡�T�32|�62 I>& �����0/71�B J · * 1 & /74��v�T/91�B����/¡�v�����[� ��/¡�T�32=�62 I>& �����0/71�BF2o�v�34 & � * �����r� * 1��v�#-Ç� * E@ß ioX��]X�iLQsSrKhg�M�c�b�KpO�cnd�QNR ß3°x�����(N* �[�������b/91h�������]���:/ * 181����R? * �TS8/ & � * 1h�����������#4j�a�[��� (N* �[�è� ;�& ���������CE�� *�( ����� I 1.O4����02¡�]/71�B��,+.-^�v�T/ ( �61h� �32n4l�����¥/¡� ; ��� *�( � &#J k[/9BÊ�Ç�v��� ;�& �[���]���:/ * 1Ý���[�34�� & ��Bh�3/918/91BÊ�#1��v�[�329/����eE * �_�w2 *3&0&N* E & -½���6/ Z �6/¡���Ã^ & �v� ´ /9B I �[�5l J l `,J�Y 1<�31l�32 * B]�2� *�(N* <./71�BI -v?��]�04 & � *p(N* ���hBÊ�61Ç�v���A2��62o� &0& � & /91 *�;�© �v���rO * �T/o�#1W�[�64Ó��/o�����]��� ��/o� & � Y ?�/7292��T�3272(N* <]/71�BB� * ?í���04 & �����7� *]* � * Ey����/¡�v�����[� ��/¡�T�32.�#2©� &T& / Z �T���0/ * 1±� * ����/9BÊ�Ç�v�K2o�,<Ê�62 * E� ;�& ���[�]���0/ * 1 UY�lO[KNM�cndeRp~ J cm+�� ( -�2¡� &L* E I -½�v� & �0/91�Bß���[���[����� ;�& ���[�]���0/ * 1 * E�-�� * �[�6/71.O-�� * ���#/91 /91h�[�v�������:/ * 1 1����R? * �TS & � * /71h���v�[�]���0/ * 1 &C; ���R?����614�v�6272 I 2o�]��� *�( -l�]��� ( �#1h� &* � & �[� I ��� I �[�32��62o� &0& � & ^µ4��#-½�#1�4�/91>B ©TI�& � * 17�[���x��/o�����]��� �W� I�& �#4¥E * �.�62o� &0& / Z �v���:/ * 1 `XJY 1Ò�[��/ & �,+.-^�v�T/ ( �61h�T� YLI�& �64é����� � · ¶ �Ú�62o� &0& / Z �v���:/ * 1FE * �������H� * 1h�[���]���:/ * 1 * E

���Ç�q/71W�[�v�[�]���0/ * 1y4l����� J � · ¶ �Ú�#2©� &T& / Z � & -�� * �[�6/7154 *3( �3/71 & /91h� * �7��/o�����]��� �W�F?�/����4�/HGa���[�61h�q2o�,<Ê�62 &b* E & / ( /92o�]�0/����Ê��?y�>/o� �*�]���h^àE�� *�( �[��� (N*�& �qB]�61������32Ø� * ����� ($*3& �& -^�v�#/ Z � ` °V·V2o� &0& � ´* 294j� � I -^�v�rEn� ( /72¡�]� ´ � ( /92��\�A1�4 ÀC*3( �3/71M^ & �v� ´ /9B I �[�Kl J ð `XJ

Page 39: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóòÊó������zù��Øö� ������� ���

´ /7B I �[�$l JÆÅ ° ÀC* ?�1��T� & �:/71�BÒ�>/9BÊ�����rO¿2o�#<]�62�/91h�[�v�������:/ * 1 & �31>44���Ç�_��� &0I 2¡�:/71�BÒ� (D; /áOB I /���� J"% 1F/91h�������]���:/ * 1 ; ���R?����61��R? * O���/9B]���v��OR2o�,<Ê�#2j�61h�:/��:/¡� & ^â/ J � Jd&TI -½���TEn� ( /927/o� &a` / &4 * ?�1��v� & �[�64Ý� * /71h���v�[�]���0/ * 1 & � ($* 1�Bß�3292^�����#/o�y�[� & -^�v���:/7<]� ( � (b; ��� &6J|L}R|L}¿ã äÃ��åt�C�z�"����r�C�'��æN����C�>�X������T�C�Ú���V�>����"������V�ç���C�,�{�����nÒ

������������� *�( -�2o� ( �#1W���]���@-Ç� * �v�64 I �[� * E�-�� *P© �����0/91�Br�qB�/7<]�61�1����R? * �0S ; ���R?z�v�#1���/9BÊ�Ç�v�2o�,<Ê�#2z�#1W�0/¡�0/o� &q; �]�aS_4 * ?�1Á� * 2 * ?����q2¡�#<]�62 &q* Ex� ;�& ���[�]���0/ * 1w/ & ?y�l��� Y �v�3292 ZpQNJ.RèO[KNM�cndeRp~ J ����/ & � *�I 274 ; �]�vE * �.�X+�� ( -�2¡�]��4 * ?�1��v� & �0/91�Bè�\1Ç���R? * �0S * E�-�� * ���6/71xEn� ( /72¡�/91h�[�v�������:/ * 1 &N; �]�aS*� * �����5-�� * ���6/71 * �N4 *�( �3/71é2¡�#<Ê�#2 JÖ¸ �61������327/9Q#/91�BME�� *�( /71�4�/áO<]/94 I �32�-�� * �[�6/71ê/91h�[�v�������:/ * 1 &N; � I -½�v� & �0/91�Bf����� ( � * -�� * ���#/91�En� ( /72¡��2o�#<]�62��31�4���Ç�61F4 * ?�1��v� & �0/91�Br���Ç� (ë; �]�aS_� * ���Ç�C-�� * ���6/71�2o�,<Ê�#2�/ & �q?í�T�_� * -����64�/¡���L- *�&T& / ; 2o�/91h�[�v�������:/ * 1 &#JV% �y����� & � ( ���:/ ( �U/���/ & 1 * ���[�v� &0* 1�� ; 2o�t� * -����64�/¡���x���l�N���A292 ( � ( O; �v� &\* E�-�� * ���6/71.O¿En� ( /729/o� &'× �31�4wØ»/91h�������]��� ; � & �#4 * 1å�����N/91 & � �A1��v� * Eí� & /91�B�2¡�*�;�& �v�r<Ê�64é/91h�������]���:/ * 1j�Ø�34�4>/¡�:/ * 1l�32 Z 2¡�[�v� & �]�[�F1����64��#4é/712������4 * ?�1��v� & �0/91�BM-�� * O�v�#4 I ���8^ & ��� ´ /9B I ���@l JÆÅv`,J �����@4��#<]�62 * - ( �61h� * E & -½���6/ Z � Z 2¡�[�v� & �31�4M4�� & �v�T/9-Ç� * � &E * �U-�� * ���#/91M/91h�[�v�������:/ * 1 & / & ���6¼ I /¡�[�64ME * ���]��� I �[�����NBÊ�#1 *�( �,O¿?�/74��x-����64�/¡���:/ * 1 &U* E-�� * ���#/91�/91h�������]���:/ * 1F1����R? * �TS &#Jk����[� Y 4�� (N* 1 & �����N���������Ò�3-�-�27/o�v���:/ * 1 * E��[���yE��[� ( �#? * �0Sp4�� & ���0/ ; �64Ú� ;±* <]� J

¾ -^�T� & �:/71�B * E�4�/HGa���[�#1W� &0*�I ���v� &�* E�/91h�������]���:/ * 1¥4l������� * � · ¶ � &0I -^�v�rEn� ( /92¡�@2¡�#<]�62�[� &0I 2����#4t/91<�4� *3( -����v���#1 & /H<Ê� * <]�v�T<]/¡�#? &F* E��[���8/71h���v�[�]��� *�( �y?�/�����/71��[���Ý� * 1.O���X+p� * E�� & �[� I ��� I �[�32í�#2©� &T& / Z �T���0/ * 1t^ ´ /7B I �[� & l J fÇ�{l J º ��l J ñ `XJMÀC* ?�1.O��v� & �[�64��31�4/91>4 I �v�#4�/91h�[�v�������:/ * 1N1����R? * �0S & ���[� I�& �#4B� &V; �]�aS�BÊ� *�I 1�4�/91.E * � ( ���:/ * 1DE * �z�\1 * <]�62�327B * �0/���� ( E * �LE * 294�-��[�#4�/o���:/ * 1_^ & �v�b·��l�3-Ç�[�v� Åv`,J

Page 40: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóíìÊóà÷Dî���ïz���õ ��ð

«B¬añ ò ó'�"ôh��� õ

|L}¿ã�}T~ äÃ�m�>�"�>���>�´* �D/71W�[�v�[�]���0/ * 1p4l�N� �Ç�.���Ç��E * 292 * ?�/71�B84���� � & ��� & ?z�v��� I�& �#4�^ & �v� � �����0/ * 1 ð J�ö E * �4���� �3/72 &a` °÷�ø l3kä� * 1h� �A/91��#4hl�l Å ñ /91h�������]���:/ * 1 & � & ��������� &0I 2¡� * E�� *�( -��[�����61 & /7<]� �hX[KNM�cjècnJ�QPè�kp�ÊgvbVdnZ �,+.-^�v�0/ ( �#1h� & ^ � � �v?�/9S * ? & S�/=�����32 J ��l3g�g3gy� ¾ ���:QH���x�A2 J ��l3g�g�g `÷ ÀCY �Ä^âù��61l���0/ *3& �����32 J �±l3g�g�g ` ^ À ��� � ; � & � * E Y 1h���v�[�]���0/91�B\�.� * �[�6/91 &a` ���x���>/ &- * /91h�|� * 1h� �A/91��#4 Å f�gvl)/71h���v�[�]���0/ * 1 & E�� *�( 4�/HGa���[�61h� &T*�I ���v� & �31>4 * �0Bh�A1�/ &T($& �/71��62 I 4�/91>BP�Ê�T� & � J

÷ � ÀU³ ^n�|�]�TS������32 J ��lAg�g ð ` �����±� ÀU³ ?�� & -��]� & �64Ú� * � ���v�aS�E * �¥4 *3( �3/71� * 1h� �]��� &6J�% 292z4 *3( �3/71 & -l�3/¡� & ?�/¡�[� (N* �[�t�[�l�31 úr� * 1W���]��� & ?�/�����/71hú[û% ?����[�I�& �64 J

÷ ¶Uü[´ ^��|���0SÚ���é�32 J �)l3g�g ð ` � · ¶ ��4 *�( �3/91Ú� &0& /9B�1 ( �61h� & ?�/¡���>/91·�2�Ê�v� & �-�� * ���#/91 & �#¼ I �61�������������?����[�'2¡� &T& �[�l�31 Å gH��� & /94 I � & �A-l�]����?z�v���)/71W�[�v�T-��[�����64� & /71W�[���PO ($* 2o�v� I 2©����4 *3( �3/71F/91h�������]���:/ * 1 &6J

%'& �è��/o�����]��� ��/o�v�32��62 I>& �����0/71�B����Ç� & �'/91h�������]���:/ * 1 & ?z�v��� ( �A-�-½�#4\� * ����� � ��� I �,O� I ���32�·V2o� &0& / Z �v���:/ * 1 ¶ E��.� * ���6/71 & � � · ¶ ��^¢i I �TQ6/71Ò���x�32 J � ð=¹�¹ ú `,J|L}¿ã�}R| �p�r�C�]�>�����T�C�Ë���CÎ����CÎK�C�z��Π���V������"�����r���C�Â����y� � ^¢¡"£a¤ `¥; �!�����MBÊ�[�3-��Ó� ;�& ���[�]���0/ * 1 * E����Ç� ; / * 2 * B�/o�v�32 & � & �[� ( I 1>4��v�� * 1 & /74��v�[���:/ * 1N^��[����/91h�������]���:/ * 1U1����R? * �0S `XJ �����61 Ý ^j� ` �ý^ Ý)þXÿHÿÆÝ��v` ^n�y�#2 I�& �����0/91>B�������[���[��� � · ¶ �æ��/o�����]��� �W� ` / & �b4Ç�v� *3( - *�& /��:/ * 1 * E��Ä/71W� *��h&TI�; BÊ�[�3-�� & /91�4 I �v�64* 1é����� Ý�� �¬/7E������ �M�Ä¡��A1�4 Ý����hÝ�� � ���� � ��� J �����D/71�4 I ���64 &TI�; BÊ�[�3-�� & �¥^ Ý��â`�]���B�T�3272o�64*�#2 I�& ����� &6J ����� & ��� * E��64�BÊ� & ¤�����¤>� * 1 & / & � &N* E��[��� & ��� * E��64>BÊ� &; ���R?z�v�61!�[���H�62 I>& ����� &#J �����61Ý�[����� * 1h���[�]���0/ * 1�� ��� Ý ^µ� ` £a¤�� ��/ & �T�A292o�#4B������ * 1�1��v���:/H<./���� & �[� I ��� I ��� J�´* �r� B�/H<Ê�61Á^â/91h�������]���:/ * 1 ` BÊ�[�3-���� � ^j¡�£:¤ ` �31�4��B�/H<Ê�61ê^n�>/o�v�[�]�[� �>/o�T�A2 ` �62 I�& �[�v�T/91�B Ý ��2¡����! & � * 1 & /74��v�è�31f�64�BÊ�NÔ¥� ^µ¦ Û ª ` §�¤7�?y�����[�D¦��31>4hª&���[�b1 * 4�� & E�� *�( �����è�62 I�& �[�v� Ý�� �31�4 Ý�� � �"�� � �½��� & -½�����:/H<Ê�#2¡� J �����61Ôb/71�4 I ��� & �A1Ý�64>BÊ�b/71é�[����� * 1h���������:/ * 1#� ; ���R?z�v�61±�[���H�R? * 1 * 4�� & �[�#-��[� & �#1W�0/91�B���Ç�H�#2 I�& ����� &[Ý�� �31�4 Ý�� �Ç�[� & -½�����0/7<Ê�#2¡� J

Page 41: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóíìÊóà÷Dî���ïz���õ �$

´ /7B I �[�xl JÆö ° ü � (N* <]/91�B��[��� ¶ <]�v�T2©�3-hE�� *�( � · ¶ � %)&0& /9B�1 ( �61h� &6J �����@-�� * ���#/91¼ I �v��� & �6¼ I �#1��v�x/ & 4��6-�/¡���[�64 ; �B���Ç� ; 2o�]�aS�29/71�� * 1Ò� * - JL% 292 � · ¶ �·� &T& /9B31 ( �#1h� &^n�Ç�v�[� � · ¶ � ð O � · ¶ � ö�` -�� * 4 I ���64 ; � ³  % � �¨?�/¡�[�é�31B�,O¢<]�A2 I � ; ���������í���l�31F½"�ð g&%&'K?z�v�[�7� * 1 & /74��v���64_/91f� & ���61�4>/91�B * �04����$^�� * -.OR4 * ?�1 `XJ@Y E��31f� &T& /9B31 ( �#1h�\?�� &* <Ê���02©�A-�-�/91>Bb?�/¡�[�B�b-����#<]/ *�I>& 4 *�( �3/71 ; � (N* ���������31 ö g���� & /94 I � & /¡��/ & 4�/ & �T�]�T4��64^µ/ J � J � · ¶ �{l `,J@Y 1±���>/ & �,+Ç� ( -�2¡�]� � · ¶ � ð � � · ¶ � Å �31�4 � · ¶ � ö �[�6-Ç�[� & �61h�H�����Z 1l�A2 & ��� * E & �[� I ��� I �[�32�4 *�( �3/91 & � &0& /9B�1Ç�64�� * �����K¼ I ����� & �#¼ I �61���� J|L}¿ã�}¿ã � ���U�U�r�C�Ë���V�>����"������V��äÁ�m���«�>�)(U�+*-,% 272.-Ç� * �[�6/91 & �6¼ I �#1��v� & ?z�v��� I>& �647� & ¼ I ���0/¡� & /91P� ³  % � �Ã^ % 2¡� & � � I 2����.�32 J � ð=¹�¹�º `�3Bh�A/91 & ������� � · ¶ �t4l����� ; � & � J{´ /¡� & � Y <��329/74l�����#4����l�N� ð g&%&'�/ & �r�[�T� &0* 1l� ; 2o��� I �TO* G5E * �z�[���t� &T& /9B31 ( �#1h� ; ��� *3( -l���0/91>Bè���Ç���61h���T/o� & /91 � · ¶ �à�3Bh�3/71 & �z����� ($& �627<]� &^µ4���� �N1 * � & � * ?�1 `XJ[%)&0& /9B�1 ( �61h� &'; �62 * ?ë�[��/ & ���Ç�[� & � * 2745?z�v�[�q4�/ & �[�#Bh�]�04Ç�64 J ������Ê�v� & �)/91h�[�v�������:/ * 1�4l�����@E�� *�( ÀCY �Ú�A1�4 ø l3k�?í� & 27/91�S��64�� * � · ¶ � ; �é� &0& /9B�1�/71�B���Ç� ( � * �[���q4 *�( �A/91 & /71 � · ¶ �ê?y�>/o� �é�[� &TI 2¡�[�645/91B����� ; � & ���XO¿<��32 I � &6J{´I ���������rO(N* �[���^�[��� * <Ê���02o�3-�-�/71�B � · ¶ �Ó� &0& /9B�1 ( �#1W� & ?z�v���P�[� ($* <Ê�#4 I�& /71�B_�[���qE * 292 * ?�/71�BBÊ���v�64`� & ���[�����#B]�¬° ´ /o� & �T� � · ¶ �!� &0& /7B�1 ( �61h� & � * 1 & /74��v���64\/91H� & �v�61>4�/91�B * �T4��v�zE�� *3(2 * ?z� & ��� * ��/9BÊ�Ç� & �z�,O¢<��32 I � JdY E����Ç��� I �[�[�#1h�y� &0& /9B�1 ( �#1W�������l�31�4 * <]�v�02o�3-�-^�64¥?�/�����q-Ç�[�#<]/ *�I�& � ; ���[�[�v��� &0& /9B�1 ( �61h� ; � (N* ���x�[�l�31 ö gH��� & /74 I � & /¡��?�� & 4�/ & �v�]�04��#4M^ & �v�´ /7B I �[�\l JÆö�`XJ|L}¿ã�}/. ���CÎK�C���T�C�0(U�+*-, ���V�>����"�������V�C������ & ���#-�� * �[�64 I �v���[���V-Ç� * �[�6/91]OR-�� * ���#/91\/91h�������]���:/ * 1b4l�����x� * /91h�[�v�������:/ * 1 & � (N* 1�B� · ¶ �«4 *�( �3/71 & / & E���� I BÊ�h�$?�/����à�f���v��� �3/71é4��#BÊ�[��� * Et� (D; /9B I /���� J�% -�� * �[�6/71.O-�� * ���#/91F/91h�[�v�������:/ * 1 ; ���R?z�v�61��R? *$(N* 1 * O¿4 *�( �3/91N-�� * ���#/91 & / &LI 1�-�� *�; 2¡� ( ���:/¡� JmY 1���>/ & �T� & �q?y���#1 ;¬* ���y-�� * ���6/71 & �l�o<Ê� ©TI>& � * 1�� & ��� I ��� I ���A2�4 *�( �A/91é� &0& /9B�1Ç�645?�/����� & /7B�1�/ Z �T�31h�ß�,O¢<��32 I �B�v�]� �j���31�4 ;±* �[� & �6¼ I �#1��v� & �]���F1��T�]�T2¡�Á� * <Ê���[�64 ; �Á�����#/o�

Page 42: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóíìÊóà÷Dî���ïz���õ �1

´ /7B I �[�Ul J ú]°ï����� %)(D; /9B I /¡���N/91F/71�4 I �#/91�B � · ¶ �ê4 *�( �3/91]OR/91h�[�v�������:/ * 1 & E�� *�( �31�,+.-^�v�T/ ( �61h� �3272¡�$4����[�v� ( /71��64y/91h�������]���:/ * 1 ; ���R?����61Ý�R? *N(DI 2¡�0/HO¿4 *�( �3/91N-�� * ���6/71 &6J�[� & -^�v���:/7<]� � · ¶ �(� &0& /9B�1 ( �61h� & �|�[���v���¥/ & 1 * 4 *�I�; �q?y��/o� �e4 *�( �A/91.O¿4 *�( �3/91 /71.O�������]���:/ * 1�4 * � & �]�v� *�I 1h��E * �í�����K-�� * ���#/91�/91h�[�v�������:/ * 1 *�;�& �v�T<]�64 Jk * ?z�#<Ê���v��� * 1 & /94����0/91>Bæ�e-�� * �[�6/71.OR-�� * ���#/91t/71h���v�[�]���0/ * 1 ; ���R?����61·�R? *�(DI 2��:/áO

4 *�( �3/71t-�� * ���6/71 & ��/��B�[� ( �3/71 &¥I 1��62¡�T�]�¥?y�>/o� �¨4 *�( �3/91 & -��h� & /o�v�3292���/91h�������]����/91<]/7< *�J�´ /9B I �[�Ml J úe/9272 I�& ���[����� & ����/ & - * /91h� J Â���� × �A1�4ÖØ ; �±�R? * /91h�[�v�������:/71�B(DI 2��:/áOR4 *�( �3/71D-�� * ���6/71 & ?�/¡�[�32 þ �&254í�31�436 þ �&674����Ç�)4 *3( �3/71 & /91 × �A1�4�Ø(�[� & -½���,O�:/H<Ê�#2¡� Jm%'&0&TI�( ���T�]� � * Ej���Ç�)E *�I ��/91�4 I �v�#4�/91h�������]���:/ * 1$/7198@�;:.^<2 þ"Û 6 þ0` £=^<2 þ�Û674 ` £ ^/2=4 Û 6 þ0` £ ^<2=4 Û 674 `?> / & ?��#/9BÊ�h���#48?�/¡�[�!� & � �A1�4l�]�T48?��#/9BÊ�h� * E ð J È * ?ä�����&0I>(ë* Ej������?z�6/9B]�W�í�3292/71�4 I ���64$/91h�������]���:/ * 1 & ��� &TI 2¡�0/91�BKE�� *�( * 1��)-Ç� * �[�6/91]OR-�� * ���#/91/91h�[�v�������:/ * 1æ�6¼ I �32 &$ö>J k��#1��v� (DI 2��:/HO¿4 *�( �3/91�-�� * �[�6/71é/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & ? *�I 274à� * 1.O���T/ ;�I ��� ($* �[�@!�1 * / & �A!�� * �[���$/71�4 I ���64w/91h�������]���:/ * 1_1Ç���R? * �0S±�����31 (N* 1 * OR4 *�( �3/71-�� * ���#/91�/91h�������]���:/ * 1 & 4 I �t� * �[���K/91��Ç�v�[�#1h��� (b; /9B I /¡��� J

����/ & � *3I 294\/91K-��T/91��#/9-�2¡� ; �L�]��� *�I 1h�[�64bE * � ; �è���[�#4 I ���0/ * 1 * Ep������?��#/9BÊ�h� * Ep�����/91>4 I �v�#4x/91h�������]���:/ * 1 &6J Â���� × �31�4@Ø ; �L/91h�[�v�������:/71�B (bI 2¡�0/HOR4 *�( �A/91K-�� * ���6/71 & ?�/����� �A1�4 B 4 *3( �3/71 & �T�]� � J �����#12�����$/91�4 I �v�64�/91h�������]���:/ * 1 & ? *�I 274 ; �$?z�6/7BÊ�h���64?�/¡�[� ðDC ^/BFE �z`L&0I � �é���l�N������� &0I>(Ú* Gå�3272�/91>4 I �v�#45/71h���v�[�]���0/ * 1 & / &�; �]�aS�� * ð J

�����xEn�]�����[� ( �3/71 & �������U1 * �t�3292 & �6¼ I �#1��v� &b* E{/71W�[�v�[�]���0/91�B�-Ç� * �[�6/91 & �]�[�bE I 292¡�� * <]�v�[�#4w?�/���� � · ¶ �ë� &T& /9B31 ( �#1h� &6J ����/ & ��� &0I 2¡� & /71G! I 1>S]1 * ?�1H!����6B�/ * 1 &U* E{-�� * O���#/91 & ?y�����[�\/91�-��T/91��#/9-�2¡�t�31y/91h�������]���:/ * 1é� *�I 274����3S]�\-�2o�]�v� J{Y 1 * �[���v��? * �04 & �l�����

Page 43: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊóíìÊóà÷Dî���ïz���õ �Êü

�,+Ç�]���U1 I�(D; �v� * E�4 *�( �3/91 & ?�/¡�[��/91Ý�31h�hB�/H<Ê�#1h-�� * ���6/71 & / &'I 1>S]1 * ?�1 J\%)& B �31�4� �T�31>1 * � ; �\4Ç������� ( /91��#4Ò���627/©� ; 2��ß�����H�3-�-Ç� * �]� �y4�� & �v�T/ ; �64Ý� ;±* <]�KEn�A/92 &#J

� * �[� &0* 2H<Ê������/ & / &T&0I ��� YbI>& �64������ b�X�i�K]c�de�]X_MYXJIvU�X�RaO XBioX�Rp~]c�k � * ?z�6/7BÊ�h�ß�����/91>4 I �v�#4é/71h���v�[�]���0/ * 1 & � ($* 1�B 4 *�( �3/91 &6J Â����¥¯r^ ×U` ��¯r^jØ `b; �B������2¡�61�B]�[� * Ey�����/91h�[�v�������:/71�BD-�� * ���#/91 &V× �31�4�Ø\�]?y��/92¡�U¯r^<2 �â` �31>4�¯T^/2 �6` 4Ç�61 * �[� & �[���U2o�#1�B]��� * E������� &T& /9B31��64 4 *3( �3/71 & Ùí�31�4@K�/91h-Ç� * �[�6/91 × �31�4MØ J ���Ç� b X�i�K]cnde�]XHMYXJIvU�X�RaO X�ioX�Rp~]c�k* EL�N4 *�( �3/915/ & �����bE��[�]���0/ * 1 * E.�[���b-�� * ���#/91!� * <Ê�v���64 ; �Ò�[��/ & 4 *�( �3/91 J È * ?ä�����?z�6/9B]�W� * E������y/91�4 I �v�#4ê/91h�[�v�������:/ * 1�ÙN� ^/2 �\Û 6 �#` �T�31 ; �é�T�A2o� I 2©���[�64à� & �����-�� * 4 I ��� * E��������[�#2©���0/7<]� & �6¼ I �#1��v�q2o�#1�B]��� * E����Ç���R? * � &0& /9B�1��#454 *�( �A/91 & °

ªCÔoÙ/LNM>½#^/2 �±Û 6 �6` � ¯r^/2 �à`¯r^ ×U`PO¯T^/6 �6`¯r^jØ ` ^¢l J ð `

Y 1 ; / * 2 * B�/¡�T�32í�[�v� ($& ���w2 * 1�B]�v�¥4 *�( �A/91<��� & � ; /7B�BÊ���$< * 2 I�( �!�31>4 &0I �rEn�]�v��]���T�H�31�47���61������t��/7BÊ�����L� ���31��v�y� *K; �x�]��� I �3292��D/71�< * 27<]�64N/91r���Ç�[-Ç� * �[�6/91]OR-�� * ���#/91/91h�[�v�������:/ * 1 J[% 2���� *�I BÊ�Ò�[��/ & �3-�-�� * +./ ( ���0/ * 1é�[� ( �A/91 & �����[���v���v� I 4��]�±/¡���]�v� *�I 1h� &E * � I 1�� &0& /9B�1��#484 *3( �3/71 & ?�/�����/71 ;¬* �[�y/71h���v�[�]���0/91�B@-�� * ���#/91 &#J�% �x�[��� & � ( �t�:/ ( ���(DI 2��:/áOR4 *�( �3/71p-�� * �[�6/71 & 4 * 1 * ��/71W�[� * 4 I ���!�34�4>/¡�:/ * 1l�32�1 * / & �5/91h� * �����8/91�4 I �v�64/91h�[�v�������:/ * 1F1����R? * �TS JY ��/ & 1 * ���#? * �����h��������������� &TI�(�* E����Ç�C?��#/9BÊ�h� &�* E|�3272±4 *3( �3/71.OR4 *�( �A/91¥/71h���v��O

�]���:/ * 1 & �[� &0I 2��:/71�BCE�� *�( � & /71�B�2o��-�� * ���6/71.OR-Ç� * �[�6/91b/91h�������]���:/ * 1x/ & �32H?í�T� &RQ ð ?y���61�T�A2o� I 2©���[�64è�[��/ & ?í�T� J ����/ & �6¼ I ���0/ * 1b?�� & � ( -�2 * �Ê�64P� * �T�A2o� I 2©���[�L�[��� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�4/91.E * � ( ���:/ * 1¥1Ç���R? * �0S I�& �64y/915·��l�3-Ç�[�v� Å>J|L}¿ã�}TS U �����VÌV���T�C�Ë���[ÒA�z�"�]�>��Î����V������"�����r���C�Y 1 * �04������ * �T�A2o� I 2©���[�P�����x?z�6/9B]�W� * EV/71�4 I ���64_/91h�������]���:/ * 1 & � (N* 1�BB��/7BÊ���v�U2¡�#<]�62�61h�0/¡�:/¡� & �p�[��� &TI�(Ë* E��3292�/71�4 I ���64�/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & � (N* 1�B\2 * ?����V2¡�#<Ê�#2½�#1h�:/¡�0/o� & �l� & � *; ���v�32o� I 2©���[�64 J Â���� × �31>4�Ø ; ���R? * 1 * 4�� & /717�[�����>/o�v�[�]�[� �>/o�T�A2l�62©� &0& / Z �T�N�:/ * 1 Ý ��31�4V2 þ�ÿoÿoÿ 2 � �N6 þ�ÿoÿoÿ 67W ; � ( � (D; ��� &L* E��[���t�62o� &0& � &�× �A1�4�Ø\����� & -^�v���:/H<Ê�62�� J �����?z�6/9B]�W� * E����Ç�\/71�4 I ���64y/91h�������]���:/ * 1w^ ×ÖÛ Ø ` / & �T�A2o� I 2©���[�64é� &

ª'ÔoÙ<L�M>½#^ ×ÖÛ Ø ` �� � WX� � þ � � � þ

ª'ÔoÙ<L�M>½#^<2 ��Û 6 �#` ^¢l J l `

´* ���,+Ç� ( -�2o���N�[����?z�6/7BÊ�h� * E`�����{/91>4 I �v�#4D/91h�[�v�������:/ * 1 ; ���R?����61P�R? *C&0I -½���TEn� ( O/927/o� & / & ����� &0I�(ý* E¬/91�4 I �v�64x/71h���v�[�]���0/ * 1 & � (N* 1�B��A292W�����#/o� ( � (D; �v��En� ( /929/¡� &#J ���>/ &�6¼ I �N�:/ * 1 / & �3->-�29/¡�64!���v� I � & /H<Ê�#2¡�hE�� *�( �[���3!�2o�v�AE�!±2o�,<Ê�62�^����Ç�x2o�#<]�62 * E�4 *�( �3/91 & /91���Ç�H� * 1h���X+`� * E������ � · ¶ �<�>/o�v�[�]�[� �h� ` ����� *�I BÊ�é�3272j��/9B]���v��2¡�#<Ê�#2 &�* E�� ;�& ���������:/ * 1 J

Page 44: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ Ç��

«B¬]\ ^ÏóCõ�¯`_#�"õ����� � · ¶ � &0I -^�v�rEn� ( /92¡�e^ � ´"` 2o�#<]�62Ø�[�#-��[� & �#1W� & �31 I 1l� (D; /9B I�*�I�& �,< * 2 I �:/ * 1l�]����[�#2©���0/ * 1 & ��/7- * Ed/¡� &)( � (b; ��� &6JV% ���[��� � ´ 2o�,<Ê�#2�-Ç� * �[�6/91 &)* Ee�[�61 & � * ?ì�62¡�T�]��E I 1Ç�,O�:/ * 1l�32½� *�(N* 2 * B]�_�31�4B����/ & ?í� & � � *�& �#1!� & �[���K2o�#<]�62 * E�� ;>& ���[�]���0/ * 1F/71B����/ & �31l�32áO� & / &6J{YVI�& �64Ò�[��� I -½�v� & �[�645/91h�������]���:/ * 1F1����R? * �0S & �N� &0I -^�v�rEn� ( /72¡�$2o�,<Ê�62��31>45BÊ�#1.O�v�[�����#4é�[��� I 1�/ * 1é�31�4y/91h����� & �����0/ * 1 ; ���R?z�v�6184�/7G½�v���61h� & ��� &6J|L}/.)}T~ æeÌC�s���U����� �{�V,wäbadce*-fhg ���CÎjiÄ|lk äÁ�m���"�.����������!��� &TI 2¡� &¥* E��[��� Z � & ���31l�32�� & / &N* EK-�� * ���#/91.O¿-�� * �[�6/71é/71W�[�v�[�]���0/ * 1é4l��� �_/91������� * 1W�[�,+p� * EØ� & ��� I ��� I ���32��62o� &0& / Z �v���:/ * 1é�]�[� & � * ?�1 /71 ´ /9B I ��� & l J f\�31>4 l J º ^n�|�]�TS���_�32 J �Vl3g�g ð `,J�Y 1 & � * ���T�L����� ø lAkè�Ø� ÀU³ �Ø�31�4 ¶Uü)´ 4l����� & ��� & ?z�v�[� I -^�T� & ���64� * � · ¶ � &0I -^�v�rEn� ( /92¡��2o�#<]�62 J ����/ & /91h�[�v�������:/ * 1 ( �3-y-�� * <]/74�� & �_� *3( -����v���#1 & /H<Ê�* <Ê���T<]/o�,? * E������q/91h�������]���:/ * 154���� �_�=<��3/72©� ; 2o�����x�����H�:/ ( � J ����� ( �3/91Ò�34><��31h���3BÊ�/ & �[�l����/���4�/ & -�2©�T� & � ;¬*�I � ñÇð ú ð /71h���v�[�]���0/ * 1 ; ���R?z�v�#1 � · ¶ ��4 *3( �3/71 & /71ß�[�v� ($&"* Ef�f ö /91�4 I �v�#4 /91h�������]���:/ * 1 ; ���R?z�v�61 &0I -½���TEn� ( /927/o� & ^n�|�]�TSÒ���t�32 J ��l3g�g ð `,J�m /���� *3I �I -.O��T� & �:/71�B &TI � �ä��BÊ���A-���/o�v�32 * <Ê���T<]/o�,? * Er�A292C/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & ? *�I 274Ï�l�o<]� ; �v�61/ ( - *�&0& / ; 2¡�N4 I �\� * �����_� *�( -�2o�X+./¡��� * Eí�[����/91h�[�v������� *3( � J8Y -�� * 4 I �v�642�[��� Z 1��322©�T� *�I � * Ey�[���FBÊ���A-�� ( �A1 I �3292��Ê��� & 1 * 2©�T� *3I �ß�327B * �0/���� ( ?�� & �o<��3/92o� ; 2o�7����������:/ ( �B�[�l���_� *�I 274ê4��v�32�?�/¡���é2©�]�TBÊ� MYO[K]ioX,è SVb�X X 1Ç���R? * �0S & �31>4t-�� * 4 I ���!�_2o�6B3/ ; 2¡�*�I �0- I � J|L}/.)}R| æeÌC�s���V������.���������V�ÑÍb����å�������äÃ�=, ���CÎniÄ|lk äÁ�m���Y � *�( -l�]�[�#4±�����ß�[���v�#1W� ø lAk�OR4���� ��- I>; 29/ & ���#4t^ � � �v?�/9S * ? & S]/L���è�32 J ��lAg�g�gy� ¾ ���:Q���x�A2 J ��l3g3g�g ` ?�/��������Ç� À ��� � ; � & � * E Y 1h�[�v�������:/71�B7�.� * �[�6/91 &�ÀCY ��^àù��61��]�0/ *�& ���x�A2 J �l3g�g3g `qI�& /91�B±���Ç� � ��� I ��� I ���32��#2©� &T& / Z �T���0/ * 1 * E��.� * ���#/91 & � · ¶ �Ú^ji I �TQ6/91æ���\�A2 J �ð=¹�¹ ú `,J ����� � · ¶ �ï�#2©� &T& � & ð O Å ?����[� I�& �64�/912���>/ & �31��32¡� & / & �Ø�,+`�#2 I 4�/71�B (DI 2��:/áO4 *�( �3/71j� ( � (D; ���31�� * �.�]���:/ Z �6/o�32�-�� * �[�6/71 & �31>4 ($* 4��62 &6J�% 1@/91h�[�v�������:/ * 1q?�� & � * 1.O& /74��v���64r� & E I 272¡��� &0& /7B�1��#4b/7E ;±* ���b1 * 4�� & � * 1 & �0/¡� I �:/71�Bx�[��/ & �#4�BÊ��� *�I 274 ; � ( �3-�-^�64�[�#29/o� ; 2¡�\� * � · ¶ � J ���>/ & ��� &TI 2¡�[�64h/71hf�f º E I 292���� &T& /9B31��64h/71h���v�[�]���0/ * 1 & E�� *�(�ÀCY �^ ðo¹=o ` �31�4 ð ö ¹ E�� *�( ø l3k�^ ºAo `XJ"% 1é�34�4>/¡�:/ * 1l�32 ð l�ú3lb/91h�������]���:/ * 1 & /91 ÀCY �à�31�4f º3¹ /71��Ê�T� & � * 1�2¡� * 1��U/71W�[�v�[�]���0/ * 1�-l�]���:1������ *�I 294 ; �KB�/H<Ê�#1Ò� & ��� I ��� I ���32�� &T& /9B31.O( �61h� J ����� & �q-l�]���0/©�3272¡�7� &T& /7B�1��64é�64>BÊ� & ?z�v�[�\2©�N���v� I�& �#4Ò� * X��7g�X[Z ^ & �v�q·��l�3-Ç�[�v�Åv` ����� I 1l� &0& /9B�1Ç�64M/91h�������]���:/ * 18-l�����:1Ç�v�C/71Ý������� * 1h���X+p� * E.����� * <]�v�[�3292n1����R? * �0S��?y��/¡� �7�]/o�#294��#4@/91h�������]���:/ * 1.OR1����R? * �0S�O�� * 1h���,+p�{4����0/7<]�64 & �[� I ��� I �[�32�� &0& /9B�1 ( �#1W� & E * ���� *�& �x-�� * ���#/91 & ?y��/o� � ³  % � �ï� *�I 274h1 * ��� &0& /7B�1 ; � & �64 * 1 & �6¼ I �61Ç�v� & / ( /72©�]�T/¡���

Page 45: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ ÇÇû

´ /7B I �[�8l J f>°å����� ¸ /©�31h��· *�( - * 1��#1h�B��� � · ¶ �mO � I -^�v�TEn� ( /72¡��Â��#<]�62��y��� &0I 2¡�:/71�BE�� *3( ���Ç� I 1�/ * 1 * E ø lAk(�A1�4Ý� ÀU³ 4����0/7<]�6454l��� � J � �v� ´ /7B I �[�\l J º E * ��4���� �3/72 &#J

Page 46: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ Ç��

´ /7B I �[�Cl J º °������\i5/71 * ��· *3( - * 1��#1W� & ��� � · ¶ �mO � I -^�v�TEn� ( /72¡�$Â��#<Ê�#2 J cØ�]� �FEn� ( O/92��_/ & ���6-���� & �#1h���64 ; �*� & ���3-½�����v� * �04�/71�B!� * /�� & �#2©� &T& /91Á�[��� � · ¶ �ý4���� � ; � & ��31�4 /74��61h�0/ Z �v���:/ * 181 I�(D; �v�U/718<Ê��� & / * 1 ð J�ö ñ * E � · ¶ � J ^jc"2729/9- & � & °x�3292áOqp!�^�[�������31.OB�2¡� & °y�A292HOsrÁ�A1�4 &0( �3272�-Ç� * �[�6/91 & �½�[�0/o�31�B�2¡� & °�p C r �¬4�/©� ($* 1>4 & °Rputvr �¬-½�#1W���3B * 1 & °(DI 2��:/áOR4 *�( �3/71x-�� * �[�6/71 & ���Ç�,+Ç�3B * 1 & ° ( � (D; �[�31����31�4B�v�#292áO &0I �TEn�]���'-�� * ���#/91 &#J ` �����& /7Qv� * Et����� & �l�3-^� * EH��En� ( /92��p/ & -�� * - * ���:/ * 1l�32y� * �[���h1 I�(D; �v� * E\En� ( /72¡�p/71.O�������]���:/ * 1 & /¡� I 1�4����0B * � &#Jó 2o�]�aS*�64>BÊ� & � * � & �l�3-^� ( �T�A1 &¥&T*�( � ( � (D; �v� &$* E���Ç�\En� ( /92��¥/71h���v�[�]����?�/����é�T�]� � * ������� J �����q/71h���v�[�]���0/ * 1 & ���[��� * 2 * �rO�� * 4��64é� & E * 2áO2 * ? & ° ; 2 I �]��/91h�������]���:/ * 1 & /71Ý�����ß� ÀU³�* 1>2¡�?�j�[�#4j��/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & /91!�[���r� ÀU³ �31�4�Ê�v� & �2��BÊ�����]�±/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & /91é�Ê�v� & � * 1�2¡� J�Y 1h���v���31�45/91h���[� ($* 2o�v� I 2©���L/91h�������]���:/ * 1 &�T�A1 ; �F4�/ & �0/91�B I / & �Ç�64 ; �2�[���\���]-½� * E)27/91��_� * 1>1��v���:/91>B!�R? * En� ( /927/o� & °r� * 1h�0/91 I O*�I�& 29/91Ç�]�¬/91h����� (N* 2o��� I 2o�]�2�l���>/91 ; � * S]�#1 29/71��]�¬/91h���[� (N* 2o��� I 2o�]�2�l���>/o�aS ; � * S��61 27/91����;¬* ���5/91h���[�\�31�45/91h����� (N* 2o��� I 2o�]� J i * �[�H���l�A1 * 1��XO��[��/o�T4 * E=�����\En� ( /729/¡� & �]���q-l�����* E��[���\B�/©�31h�x� *3( - * 1��#1W� & � * ?�1 /71hl J fÇ�����61h�����0/91>BB�]� *3I 1�4Ò�[���\/ (N(DI 1 * B32 *�;�I 29/91&0I -½���TEn� ( /92�� ^jl J ð J ð ` �A1�4B�����H�mOR2 *.* -F1 I �#2o� * �:/74������T/9-�� *3& -��l�N�����h�.4Ç� * 2o� & � &TI -½���rOEn� ( /92��N^ Å>JÆÅ g J ð `XJd¶ ���Ç�v����/7BÊ��2���� * 1�1Ç�v���[�64@1 * 4�� & �]�[� ð J ð]ð g J ð ^���� ( �34�/9272 * �[�#-½�v��� ` �ö�J ðÊð º J ð ^µ-�� * ���#/91_S]/71l� & � & �=�T�����32¡�W�0/o�ß� * ��� ` �31�4el JÆö ð J ð ^��[���]- & /91.O¿29/9S�� & ���0/91Ç�$-�� * O���v� & � &a`XJ"´ /9B I �[�Ll J f & � * ? & l�l ¹ *�I � * E^�N�d2o�v� & �"ú º l)-Ç� * �[�6/91qEn� ( /729/¡� & ���l�N�d/91h�[�v�������/91±�[���\� ÀU³ �31�4å�Ê�v� & � J �����7�[� ( �3/71�/91�B$En� ( /729/¡� & ���[�N-l�]��� * E &0( �3272o�v�'/ &0* 2©���[�64�62 I�& �[�v� & �Ç�v�[� J

Page 47: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ Ç�Ç

� · ¶ � � ´ À � & ���0/9-`�:/ * 1 ·��#292 I 2©�]�{E I 1����:/ * 1ð J l J l ·����3-½��� * 1Ç��wPO¿4 *�( �3/91 -Ç� * �[�6/91FE * 274�/91>Bð JÆö ð J ð c ´ O��l�31�4a�l�T�32¡�6/ I>(�; /71�4�/91>B & /9B�1��32a���[�31 & 4 I ���0/ * 1ð J ðÊð g J ð ü � &)¸ c ´ & /9B�1��32a���[�31 & 4 I ���0/ * 1ð J ðÊð]ð J ð %'ü i �[�#-½�v��� & /9B�1��32a���[�31 & 4 I ���0/ * 1l J ð J ð YR(N(DI 1 * B�2 *3;�I 29/71 & /9B�1��32a���[�31 & 4 I ���0/ * 1l JÞÅ l J l � k Å O¿4 *�( �3/91 & /9B�1��32a���[�31 & 4 I ���0/ * 1l JÞÅ f J ð � ( ($* �:/7E * E � È ü È�� & � -�29/¡�v� *3&0*�( �l J f ö>JÞÅ ���0-]O %'& -Ý���6-^�T���q^ mÖÀ O��[�#-½�v��� ` & /9B�1��32a���[�31 & 4 I ���0/ * 1Å.J l J ð È %CÀ ^n� ` O ; /71�4�/71�B ü[*3&0&0( �31�1]O¿E * 274F4 *�( �3/91 & c"1�Q�� ( � &Å.JÞÅ>J ð ´]%CÀPx È %CÀ ^n� ` O ; /71�4�/71�BD4 *�( �3/71 c"1�Q�� ( � &Å.JÞÅ l J ð �mO¿2 *]* -B� * 1h���3/91�/71�BNÈ��y�<�h�]4�� * 2©� & � & c"1�Q�� ( � &Å.J ú3g J ð % ���0/91.O¿29/9S�� % �y�|� & �b4 *�( �A/91 �#1�Q�� ( �K4 *�( �3/91�=� ; 2o�8l J ð ° ����� ; �[�v�3S�4 * ?�1 * E��[��� ð l (N*�& �$- * - I 2©�N���64�� I�;�& ���#<]�T�32 & f &TI O-^�v�TEn� ( /729/o� & /91v< * 2H<Ê�#4p/91 & /9B�1��32L�[���31 & 4 I ���:/ * 1 * �b/ ($(bI 1�/¡���]� ö ?�/74�� & -��[�v�34*�T�N�TO�32��p�0/o�D4 *�( �A/91 & �31�4wl�� *�( - * 1��61h� & /71v< * 2H<Ê�64_/91!�[���ß� &T& � (b; 2¡� * E (bI 2¡�0/ &0I>;�I 1�/��(N* 2o��� I 2o�]� ( �]� ��/91Ç� & ^ & -�29/¡�v� *3&0*�( �Ø�31�4H� �l�3-^�v� * 1�� &:`,J ���Ç� & ��� * 1�B����6-���� & �61h� ���0/ * 1* E & /9B31l�329/71�B -l���[�v?í�T� & / & 1���� I �[�32 & /71��v�����Ç� & �Ò�]��� ; � & �#4 * 1 & -^�v�6/ Z �y-�� * �[�6/71.O-�� * ���#/91t/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & ^â?y��/¡� � ( �T� ; �h2 * �v�329/7Qv�#4à� * �A4l�3-Ç� * � (N* 4 I 2o� & 29/7S]�é������ k Å OR4 *3( �3/71 `,J �������61>Q�� ( ��4 *3( �3/71 &D( �T�2�l�o<Ê� ; �v�#1à� * O * -`���64�/71��,< * 2 I �:/ * 1� * - * ?z�v�D-�� * ���#/91 & /91v< * 27<Ê�#4e/912�y<��]�0/¡����� * Ey���6292 I 2©���KE I 1����0/ * 1 &#Jh´* �H�,+Ç� ( -�2o������Ç�\�]���:/71.OR27/9S]� % �y�=� & �$4 *�( �3/91_/ & -l�]��� * Ey�]���0/91ê^n���p� *�& S��62¡��� * 1 ` � & �#<]�v���A2 &0I Bh�]�S�/91l� & � & ^ ( ��� � ;¬* 29/ &0(¥` �31>4é�Ç�T��� & � * �aSF-�� * ���#/91 º g J

Page 48: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ Ç3É

^ & �v�x�|� ; 2o� Å>J ð `,J �����v���)?z�v�[� ð f ñ Å /71h���v�[�]���0/ * 1 & /71 ÀCY �Á�31�4 ð ö ð gK/91 ø lAk¨?y�����[�;¬* ���D/71h���v�[�]���0/ * 1b-l�]���01��v� & �[� ( �3/71��64 I 1l� &T& /9B31��64j�A?y��/o� �@/91v< * 27<]�64 ö ºo * E½�3272h�����1 * 4�� & /71 ÀCY �<�31�4yf Å o * E��3272½�[���K1 * 4Ç� & /91 ø lAk J|L}/.)}¿ã (U�-*-,hÒA���b�z�"����r�C� �e���C�>����Ð����u�ÌC�zy|{~}��]�����H�����j�s����Ò

åe�{�����Ö��¬ÌU�¿���������C��´ /7B I �[� & l J fÇ�Cl J º �31�4Ãl J ñ & � * ?9�[���å� &T& �61h�0/©�32 MYO[K]ioX,è SVb�X X & ��� I ��� I �[� * E��3292x�����/91h�[�v�������:/ * 1N1����R? * �0S &LI -½�v� & �[�64�� * � · ¶ � & �v�#1 &0* En�]�'^��|���0Sß�����32 J �.l3g�g ð �>Â��3-�-^������32 J ��lAg�g ð `XJ � �T�A2o�,O¢E��[���C1����R? * �TS & �]����� *�($(N* 1�2�� *�;�& �v�T<]�64y/91 ; / * 2 * B]�Ê�p�31>4������-�� * ���#/91.O¿-�� * �[�6/71e/91h�������]���:/ * 1p1����R? * �TS & �]���F1 * �,+`�v�#-Ç�:/ * 1Á^ % 2 ; �����r���7�32 J ��l3g�g�g �w]� * 1�Bæ���Ò�32 J �'l3g�g�g `XJ ¶C; <]/ *�I�& 2¡�à����� & �v�32o�hE����v� -�� * -^�v�����t/ & �[��� �3/71��64¨/71Ú������ * 1W�[���]���:/ * 1 I>& /91>B � · ¶ �=��� & �������[�z�]�[��E��#?æ� I�;>& ?�/¡�[����/7BÊ�H� * 1�1Ç�v���0/7<]/¡���KS��v�#-�/91�B���Ç�y1Ç���R? * �0S*� * BÊ���[���v�x?y��/72o� (N*�& �N1 * 4�� & ���=<]�Ý�±���62©�N�:/7<]�62��e2 * ?�� * 1>1��v���:/7<]/���� J´ /7B I �[�Vl J ¹ & � * ? & ���l���=�����V4��6BÊ���v�XOR4�/ & ���T/ ;�I �:/ * 1 * E��[���L/71W�[�v�[�]���0/ * 1q1����R? * �0S & ���T� &<]/o��� I �3272¡�5/94��#1h�:/o�v�32=�[��� *3I BÊ� *�I � & �#<]�v���A2{2¡�#<]�62 &K* E�� ;�& ���[�]���0/ * 1j��E�� *�( �[��� � · ¶ �4 *�( �3/71 I -é� *@&0I -^�v�rEn� ( /72¡�$2o�,<Ê�62 J

����� ($*�& ����/7BÊ��2¡��� * 1>1��v�����64q1 * 4�� & ��� ( �3/91 (N* �[� * �z2o� &T& ����� & � ( �"/71 ;±* �[�t�����I 1�/ * 1Ò�31�4������\/91h����� & �v���0/ * 1�^ ´ /9B I ��� & l J fÇ�¬l J º �31�48l J ñ ` �4�� & -�/����������\4�/7G½�v���61���� &/91ß���Ç�)4l�N� � ; � & � &{I�& �64 J �����x� I�;�& E * � ´ /9B I ���)l J ñ �]���)27/ & �[�645^�� * -¥4 * ?�1NE�� *�( �����BÊ�[�3-�� ` �31>454�/ & � I�&0& �648/71��|� ; 2o�\l J ð J|L}/.)}/. gC�"�]�Ö���V�ë�C�"���r�.�V���{�����L�>����"�������� äÁ�m���%'&�( �61h�0/ * 1��#4 ; �,E * �[���`�[���U-�� * �v�#4 I ���U4�� & �v�0/ ; �#4é� ;±* <]� I>& /91>Bß�DB�/7<]�61B��/¡�v�����[� �h�� * � * 1h���[�]���H�31 /71h���v�[�]���0/ * 181����R? * �0S8/ & 1 * ������� * 1�2¡�5- *�&0& / ; 2¡�b?í�T�Ò� * � *3( -l���[�/91h�[�v�������:/ * 1x4l�����CE�� *�( 4>/7G½�v�[�#1h� &0*�I ���v� &6J �����x� *�( -l�]�T/ &T* 1 * E^����� ø lAkÜ�31�4 ÀCY ��[� &0I 2����#4y/71¥<]/o��� I �3272¡�N/94Ç�61h�:/¡�T�32¬BÊ���A-�� &�I�& /91�BP�R? * � *�I �[� &L* E I -½�v� & �0/91�B�°[^ ð `�( �3--�� * ���#/91 & /91 ø lAkä� *¥ÀCY � * 1Ò�[��� & �6¼ I �#1��v�b2o�#<]�62����[���61 I -^�T� & ���#¼ I /7<��32¡�61h�'/71h���v��O�]���:/ * 1 &'I�& /91�B � · ¶ ���"^¢l `�I -½�v� & �C-�� * �[�6/71 & /71!�6/�������� ø lAk * � ÀCY �Ö/71�4�/7<]/74 I �3272¡�I�& /91�B � · ¶ �����[���61x/74��61h�:/HEe�]/91�Bx�6¼ I /H<]�A2o�61h�m/91h�������]���:/ * 1 & E�� *�( �����#/o� � · ¶ �_2o� ; �#2 &#J% 2���� *3I BÊ�F/¡� & �v� ($&�*�; <]/ *3I�& B�/7<]�61B������� ³ 2©� & ��4 * � & En�3/¡�02��N?z�6272 * 1�4������v���:/71�Bß� * O(N* 2 * B����31�4!� *�($* 2 * B]��/ & �7�����A1 & /��:/7<]�\E I 1����0/ * 1j�¬/¡�)/ & �_��� *�&T& O¿<��327/94l�N�:/ * 1 * E|������[� &0I 2��:/71�B * <Ê���02o�3- J ���l��� ;±* ��� ( ���[� * 4 & BÊ�#1��v�[�����)En�3/o�T2¡�x/74��61h�:/¡�T�32���� &0I 2¡� &V( �v�31 &������� I�& /91�B � · ¶ �ï� & �!�31e/74��61h�:/����vO¿E I 1����:/ * 1�/ & �6¼ I /H<��32o�#1W�è� *hI>& /91>B & �#¼ I �61����� *�(N* 2 * B]�h^µ/91��[��/ & �v� & � ³  % � � ` E * ��/91h���#BÊ�����0/91�Bx/71h���v�[�]���0/ * 1�1����R? * �0S &6J

�����y/ ( - * ��� �31h�b-����]���:/¡�T�32L/ ( ->29/o�v���:/ * 1_/ & �������r����/ & �3292 * ? & ����� & �����N���6B��2� *

Page 49: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ Ç��

´ /7B I �[�{l J ñ ° ¾ 1�/ * 1 * E ø l3k*�31�4 ÀCY �84l����� J�% 1��64�B]�VÔ'�Ü^ × £aØ ` /91��[����BÊ���A-��\?�� &�v���T���[�645/7E��������[�è�]�[�H����2¡�T� & � c�J�Q �64�BÊ� & � * 1����x�Ü^jÔ�£?� ` E�� *�(ÚÀCY �Ú�A1�4Ý�A1 * ���Ç�v�� �Ú^���£7� ` E�� *�( ø l3kÜB3/7<Ê�#1±���l���t�[���@Ôß�31�4`� ; �#2 * 1�B�� * � ´�× ?y��/72o���2�31>4��; �62 * 1�Bt� * � ´ Ø J �����#17�[��/ & �#4�BÊ��?í� & ?z�6/7BÊ�h���#4N?�/����ß������1 I�(D; �v� * E I 1�4Ç�v�02��]/91�B/91h�[�v�������:/ * 1 & /91 ;±* �[� &T*�I �[��� &#J � * �T�]� �\�64�BÊ�'/91_�[������� &TI 2¡�0/91�B\BÊ���A-����l� & ����2o�T� & �ð I 1�4����02��./71�B@/91h�������]���:/ * 1�E�� *�( �T�]� � &0*3I �[���]�^�31�4B���Ç�v�[�,E * �[�H�D?z�6/9B]�W��E�� *�( l I -� * ð=¹ ^â4��61 * �:/91>BÒ���Ç�¥1 I�(D; �v� * E��,+.-^�v�T/ ( �61h� �32{/91h�[�v�������:/ * 1 & ���l�N�D/91>4 I �v�#4Á���>/ &�64>BÊ�F/91Á�[���FBÊ�[�3-�� `XJ ���Ç��?��#/9BÊ�h�x/ & �[�#-��[� & �61h�[�64 ; �4�����¥?�/74Ç��� * E��v�]� �æ�64�B]� JÈ * ���\�[�l���DE * �P�3292{1 * 4�� & /712������B]���3-��2�[���v�����]�[� & �62HE OR/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & 29/71�S�/91�Bé�����1 * 4��@?�/¡���_/¡� & �#27E{?y��/o� �f�l�o<Ê� ; ���61 *3( /��[���#4M/91å�����NBÊ���A-���/o�r���6-���� & �61h� ���0/ * 1_E * ����Ç� & �3S]� * E=�62o�]�0/���� J

Page 50: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ Ç�ð

´ /7B I �[�ql J ¹ ° % ��/ & � * BÊ��� (Ú* E|���Ç�b4��#BÊ�[���,OR4>/ & �[�0/ ;�I �:/ * 1FE * �y�����\/91h�������]���:/ * 154���� �I -^�T� & ���#4æ� * 4�/7G½�v���61h�x2¡�#<Ê�#2 &D* Ex� ;�& �[���]���:/ * 1 J k����[���[����-�� *�; � ; /729/������¥^<� `q* Ex�1 * 4��¥^µ4 *�( �3/71j�>En� ( /92��Ê� &TI -½���TEn� ( /92�� ` �l�o<./71�B9�é�64>BÊ� & ^µ/91>4 I �v�#48/71W�[�v�[�]���0/ * 1 &:` / &-�2 * �[�[�64 * <Ê���H�[���x4��6B]�[�v�5^<�½�z1 I�(D; �v� * E{/91h�������]���:/ * 1 &a`XJ �����@4�/ & �[�0/ ;>I �:/ * 1 & ���T� &<]/o��� I �3272¡�$/94��#1h�:/o�v�32 * 1é�3272�2o�,<Ê�#2 &�* E|� ;�& ���������:/ * 1 J¶ 1r�3272v2o�#<]�62 &m* E�� ;�& �[���]���:/ * 1j���[��/ & 4�/ & ���0/ ;�I �0/ * 1UE * 272 * ? & �[- * ?z�v�d2o�o?æ�31�4��[���V4���� �- * /91h� & �3-�-Ç� * +./ ( �����H�$27/91��K/71Ý�N2 * B x 2 * Bx-�2 * �b^µ2 * ?z�v�)-�2 * � `,J �����b4�/ & �[�0/ ;>I �:/ * 1�/ && �[�[����� ���#4yE I ��������� * 1�En� ( /92��7�31�4 &0I -^�v�rEn� ( /92¡�@2¡�#<]�62j� *�( -��]�[�#4�� * 4 *�( �3/71�2o�,<Ê�62��� &�&0*�( �{1 * 4Ç� &m; �v� *�( �z��/7BÊ�����=� * 1�1��������#4 J ����/ & 4Ç� (N* 1 & �[�����[� & ���l�������Ç��1����R? * �0S4 * � & /71�4����64 ; �v� *�( � ($* ���q/71h���v��O�� * 1�1��������#4 * 1!��/7BÊ���v�)2o�,<Ê�62 &'* EL� ;�& �[���]���:/ * 1±� &(N* �[�e! � * 1h�[�,+p�'/71>E * � ( ���0/ * 1H!]/ & �]�v� I�(DI 2o�����#4 J

Page 51: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó��Êó��{�õ> jöjõWõ���� Ç$

� &T& /9B317�v�]� �N1��#?êBÊ�61 *3( �y�31>4$/�� & /71W�[�v�[�]��� *�( �í� * � · ¶ �2�31�4r���Ç�61 &0I�;�& �6¼ I �#1W�02¡�� *3( -l���[�����Ç�.�[� &TI 2¡�0/91�B�/71h���v�[�]���0/ * 1UB]���3-�� & ?�/¡���>/91 � · ¶ �Ý�[���������j���l�A1H� *�( -l�]�0/71�B�3272LBÊ�61 *�( � & �v� *3&0& ?�/ & � Jt¶C; <]/ *�I�& 2¡�]� & /91������[�����[� &0I 2��:/91>B I -½�v� & �[�64êB]���3-�� & ���[�&0( �3272o�v�����r� *3( -l���0/ &T* 1�?�/¡�[��/91 � · ¶ �ê/ &�(DI � ��En� & �[�v�x�31�4é�T� & /o���í� * � *�( - I �[� J

«B¬?� �Ñ!oõd�x¯ õdõd!6�N�Y 1 &TI�(N( �]���Ê� Y ���=<]�V/71W�[� * 4 I ���64è�31�4qE * � ( �329/7Qv�64��[����BÊ�61Ç�v���A2p� * 1����6-Ç� &m* E deR^Z]U�O X[ZdeRlc�X�b[KpO�cnd�QNRÇM � ioX��]X�i=QsSèKhg�M�cnb�KpO�c�d�QNR � U��lO[KNM�cndeRp~ �31�4 ZpQNJ.RaO[KNM�c�deRp~ J�����x� * 1����6-Ç� * E I -½�v� & �0/91�B\/ &"& / ( /92o�]�=� * !�/91.E * � ( ���:/ * 1��[���31 & E��v� ; �ß� *�(N* 2 * B��~!

^ � �31�4������31>4 � � ��1Ç�6/94Ç�v�v� ð=¹�¹`ð ` ��?y��/¡� �h/ & � *�I �:/71��62�� I�& �64h/71yE I 1Ç���:/ * 1l�32��A1�1 * ���PO�:/ * 14�31�4 & ��� I ��� I �[�B� &0& /7B�1 ( �61h�H� * B]�61 *�( � & �31�4w/91 ( ��� � ;¬* 29/¡�P�[��� * 1 & ��� I ���0/ * 1^ ¶ <]�v� ; �v�#SÁ���r�32 J �dl3g�g�gy�.���6/¡� � ( �31�12���ß�32 J �"lAg�g�g `XJ kx�v�[� Y �l�o<Ê��-��Ç��� & �642���>/ &-��T/91��#/9-�2¡�C/91é�DE * � ( �32¬E���� ( �#? * �0SN?y��/o� �Ò�3-�->29/o� & � * �31h�B�#2©� &T& / Z �T���0/ * 1_^â1 * ��29/ ( O/¡�[�64Ý� * � *�(N* 2 * B]� ` �A1�4å�31h� &T*�I ���v� * E�/71W�[�v�[�]���0/ * 1h/71>E * � ( ���0/ * 1 J[Y 1 -��]���0/o� I 2©�]���Y 1 * �[�����l��� � · ¶ �ý/ &b* 1�� * E & �#<Ê�����32 & ��� I ��� I ���32��62©� &0& / Z �T�N�:/ * 1 & �o<��3/92o� ; 2¡�7�[�l���� *3I 294 ; �H�3->-�29/¡�64B�����[� J k * ?z�#<Ê���v��· % ��k�^ ¶ �[�61>B * �����32 J � ð=¹�¹�º ` �31�4������ ´ �>� �^n�h���:-�° xx ?�?�? J � ; / J ��� J�I S x 4l�327/ x E &T& - x�` �Ø�3BÊ���v�$?z�6272{E * � (N*�& � * Eí���Ç��-�� * ���6/71�E * 274 &^jk��34�2¡���é�31�4�w * 1�� & � ð=¹�¹�¹ ` ���31�4é�����\4�/HGa���[�61Ç�v� & /91B���Ç� & �è�62o� &0& / Z �v���:/ * 1 &�& � *3I 2941 * �x�PGa�����y��������� &0I 2¡�:/71�B * <Ê�v�r<]/o�#?�¼ I �329/�� ���0/7<Ê�#2¡� J

�����7� * 1����6-Ç� * E�4 * ?�1��T� & �:/71�BÝ� *�I 274 ; � I�& �#44� * -Ç�[�64>/o���\1 * <]�62�/91h�������]���:/ * 1 &; ���R?z�v�61�/71�4�/H<./74 I �32�-�� * ���6/71 & � ;�I �ß����/ & / & �v� I �6/©�A292¡�w4��#-½�#1�4��61h� * 1à� ( -�2 * �./71�B�[� Z 1��#4Ú�62o� &0& / Z �v���:/ * 1 & � * �ß�#W7�6/¡�61h� Z 2������ & �z���l���$-���� & ���T<]�!�����y-�� * -½������� * EU/71.O�������]���:/ * 1 J ����/ &@( �T�31 & �[���54Ç�#<Ê�#2 * - ( �#1W� * E)4�� & �v�T/9-Ç� * � & E * �@-�� * ���6/71.OR-Ç� * �[�6/91]O/91h�[�v�TEn���v� & ^ ¸U* �f�����32 J �dlAg�g�g ` ? *�I 2944� *�( -�2¡� ( �61h� ( ����� * 4 & E * �K-��[�#4�/o���:/91>B5/71.O�������]���:/ * 1 & E�� *�( B]�61��hE I�& / * 1<�#<Ê�#1h� & ^jc"1��0/7BÊ�h�B���B�32 J � ð=¹�¹�¹ `XJ ����� & �M4�� & �v�0/7-.O� * � &N* EU-�� * ���#/91.O¿-�� * �[�6/71é/71W�[�v�[�]���0/ * 1 &N& � *�I 294 ; �5-��[�,E��v�[� ; 2¡��4Ç� & /7B�1��#4<� * ? * �TS* 1Á� & �#¼ I �61����_^µ27/9S]� (N* �:/HE &a` �31�4�1 * � * 1�2¡� * 1*� & ��� I ��� I ���32{2o�,<Ê�#2'^â29/7S]� &0I �rEn�]�v�-l���[� ��� &:` ^ % 2 * �P�31�4 ü[I�&T& �#292��.l3g3gvl]� `XJ k��o<]/91>B &TI � �¥4�� & ���0/9-`� * � & /71N->2©�]����?�/7292��#1.O� ; 2¡�@BÊ�61 *3( �XO¿?�/94Ç�N-Ç�[�64>/o���0/ * 1 * EL-�� * �[�6/71.OR/71W�[�v�[�]���0/ * 1 1����R? * �0S & �31�4f�62 I�& �[�v�T/91�B* En-�� * ���6/71 &�; �F/91h�����TEn�]��� & / ( /92o�]�0/����@/91¶�3E I 1Ç���:/ * 1l�32 & -l���v�2� J· I �[���61h�:2��å�o<��3/92o� ; 2o�\/91h�[�v�������:/ * 1h4l�N� ���31�4 & ��� I ��� I ���32Ø� &T& /7B�1 ( �61h� & �]��� & �0/9272

En�]��E�� *�( � *�( ->2o���[� J kx�61����C/¡�z�[� ( �A/91 &{I 1��#2o�T���{?y�����������í�T�N� �32��p�0/o�[4 *�( �3/91 & ^�� J B JÅ>JÆÅ l J ð � &T& /9B31��64�� * � · ¶ � ` �]�[�C/71h���v�[�]���0/91�Bq?�/¡��� * �������L-�� * ���#/91 &L* ��?y�����������í������,+.-^�v�T/ ( �61h� �3272¡� *�;�& ���T<]�64�/71W�[�v�[�]���0/ * 1¨/91v< * 27<]� &y(DI 2¡�0/HO¿4 *�( �3/91�-�� * ���6/71 & ?y��/o� ��l�o<Ê�_� & -^�v�6/ Z �V!Æ/71h���v�[�]���0/ * 1M4 *3( �3/71�!�/71f�34�4�/��:/ * 1!� * �����N4 *�( �3/71 & � &T& /9B31��64å� *� · ¶ � JY � * -^�t� * �62o�]�0/HEe�_�[���K4 *�( �3/91F/ &0&0I �\/71B�����UE I � I �[�U? * �0S J

Page 52: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

òÊó��Êófø� ¡ n��|¢�Z�î��l£|÷Dî����=õ Ç1

|L}TSL}T~ (������C�����C���Ò¤gU�U�C�����r���jf����r�m�����V�C�>ÌU�T������ I -.O��v� & �[�64M/91�4 I �v�#4 1����R? * �0S & B�/H<Ê�r�A1 * <Ê�v�r<]/o�#? * EØ� *�( ->2o�,+5-�� * ���#/91h/71h���v��O�]���:/ * 1�1Ç���R? * �0S & �31�4�<./ &0I �A29/9Q���/91h�[�v�������:/ * 1�-l�������v�T1 & /91�� & �[� I ��� I �[�32�� * 1h�[�,+p� J�����t��� &0I 2¡�:/71�BbB]���3-�� & �[� ( �3/71 MYO[K]ioX,è SVb�X X � &L* -�- *�& �64�� * ���31�4 *�( 1Ç���R? * �0S &6J �����¼ I � & �:/ * 1 J|kp� ; / * 2 * B�/¡�T�32�1����R? * �TS & �X+Ç�>/ ; /�� & �T�A2o�,O¢E��[���N4Ç�6BÊ���v�@4�/ & ���T/ ;�I �0/ * 1 & �l� &� * ��� ( �3/91 * -^�61Ò�����[��/ & - * /91h�\^ & �v� � �����:/ * 15ú J ú J lbE * �LE I �����Ç�v��4�/ & � I�&T& / * 1 `,J

����� ( �3/91 *�;�& ���T<����0/ * 1Ü�����[�h/ & ������� & ��� I ��� I ���32'En� ( /729/o� & ���61>4Ú� * /91h�[�v�������?�/¡�[� * 1��P�31 * �������)/71Ý� & -^�v�#/ Z ���±1 * 1.O��[�31�4 *3( ?í�T� J ���>/ & � *�( � & � & 1 *¥&TI �0-��T/ & �]�� & � & -^�v�6/ Z � & �[� I ��� I ���,O¿E I 1����0/ * 1f�[�#2©���0/ * 1 & ��/9- / & �����61h���[�32"? * �0S�/91�Bé�h�]- * �[��� & / &/91 (N* 2o��� I 2o�]� ; / * 2 * B]� JY 1Á�A4�4�/¡�0/ * 1a�½���>/ &C*�;>& �v�r<����:/ * 1 &0I -�- * ��� & ���Ç�7�h�]- * ����� & / & �[�l���U-Ç� * �[�6/91 E I 1Ç�,O

�:/ * 1r�T�A1j�p���{2o�T� & �.� *K&T*�( ��4Ç�6BÊ���v�]� ; � * -½�������0/ * 1l�A29/9Q��64b<]/o�K/71h���v�[�]���0/ * 1x-����[�[�v�01 &6J%'& /71h���v�[�]���0/ * 1 -����[�[�v�01 & ���[�P� * 1 & ���T<]�64*�31>4_1 * 1.O��[�31�4 *3( ?y���#1 I -.O��v� & �0/91�B I -� *5&0I -^�v�rEn� ( /92¡�82o�,<Ê�62��=�[���\��� &0I 2¡�:/71�By/91�4 I �v�64�1����R? * �0S & � * 1h� �3/712�é�62o�v�]� & /7B�1l�32 J����/ &D& /7B�1l�32L�T�31 ; � I�& �64pE * �q-��[�#4�/o���:/7<]��- I �T- *3& � &#J¦¥ �7g�X[ZhZ]deRp~ * E�/91h�[�v�������:/ * 1-l���������01 & /91h� * �����r� * 1h���,+p� * E I -.O��T� & ���#4w1����R? * �0S & � &U; �]�aS�BÊ� *3I 1�4_/91>E * � ( �N�:/ * 1�[� &0I 2�� & /91é�x1 * <Ê�#2 ( ����� * 4FE * �LE * 294�� &0& /7B�1 ( �61h�b^ & �v�b·��l�3-Ç�[�v� Åv`,J

«B¬7§ �Ñ��¨F�h�P©j_6óU�#ª7° óU���"õ

� �]�[�]�r���6/o� � ( �31>1ß�31�4«w * 1�Bt�=�]�0Sq-�� * <]/94Ç�64r�����y� ÀU³ � ¶Uü)´ �A1�4 ø l3kê4���� � & ��� &6J¶ 29/H<Ê�v�KÈ[/9B�B]� ( �31�1f� &0& / & ���64w/91±���Ç�$BÊ�[�3-��å����� * �[���:/¡�_�A1l�32¡� & / &K* EL����� I -.O��T� & ���641����R? * �TS &6J

Page 53: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¬ ­ )¯® +4$(' °

0 '213+4$&-.% ± 1j²l³ ´ E4E4-=/9% µ $&%9+ ¶ -|)8 %9+4$('*);:<+*-=1>% 0 )Î+±+4$('�% E · ¸ ¹ º-»

F½¼�ueueu ¾BdecLdoMHJ�X�iei½�NRaQNJ.R!cekÇK]cíK\�Ydec�K]i�deRp~]b�X[Z]d�X�Rlc�QsS�M�U�O O X M M�doMHRaQNc.�NRaQNJ.deRp~7cekÇK]cJ|kÇK]cØ�hQNU�G b�XPK]c�c�X����^cndeRp~�O[K]RLG cíg�XHZpQNRaXvu ß

�=���[�����.�����[� �������T��¿¡ �¢|£�¤�¥!¦r§©¨¡À�ª5¿

ñ�¬Y­ ®�¯±° ° ²�³�´Á Ì�¼YËϼ�Ë�¹*¹`À4¹p¸�Å^Ìn»�Å<Õn¾�¸�Å�¹*ºTÈʾ�Õn¹æâ�¾Ç¼Y¾`Ð�ºv¹h¼�ºÝÃ^»ë¶�¸�Ã�¼T¹`Ìn»jÐ�¶�¸�Ã�¼T¹`Ìn»äÌn»½¼Y¹W¸TоlÈ]¼�Ì�Ã^»=º�×P¼�Ë�¹ÏýjÖ�¹pº�¼�Ì�ý»É¾�¸NÌnºv¹pº*Ë�Ãp ¾lÈhÈhÖ�¸�¾Ç¼Y¹Ó¶=¸�¹pâ�Ì�È]¼�Ì�Ã^»=º4ý» ¶=¸�Ãl¼Y¹pÌn»º�¼Y¸NÖ�È]¼�Ö�¸N¹å¾l»�âÏ¿�Ö=»�È]¼�Ì�ý»ÏÈʾl»ÏÙ.¹f¾lÈNË=Ì�¹hÍ^¹`âÓÌn»·¼�Ë�¹f¸N¹pºTÖ�Õe¼�Ì�»�Åæ»�¹W¼VÂ�Ã^¸�Ä�º�ÑÂÒ¹W¸�¹fµ_¶�¸�¹`º�¹`»^¼�¾à»�Ã`Í^¹pÕy¿�¸�¾lÀÁ¹hÂPÃ�¸�ÄÚ¼�Ë�¾Ç¼éºTÖ�ÈhÈʹ`ºvºv¿�Ö�Õ�ÕeÛÚ¼Y¾�Ä�¹pº�¼�Ë�¹Á»�¹h¼vÐÂPÃ�¸�Ä�º]ãz¼YÃ�¶.ýÕ�Ã�ÅlÛëÌn»½¼YÃà¾lÈhÈÊÃ^Ö=»½¼ÊÑ*ç�Ë�Ì�º#ÃPÄÆÅVÇÉÈä¶�¸NÌ�»�ÈhÌ�¶|Õ�¹ÁÌnº�Ù=¾lº�¹`âìÃ^»¹pÀ±Ù.¹`â�â�Ì�»�ÅÚ¾ÚýaÖ�¹W¸YÛ@¶�¾Ç¼T¼T¹p¸N»äÃ�¿�Ìn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»=º�Ìn»½¼YÃ�¼�Ë�¹2ÈÊý»^¼Y¹hÞj¼ÝÃ�¿H¾l»Ê�Ë�ÌÉÍÏÎ=Ð ÇÉÈ�Ìn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�ý»Î»�¹h¼VÂPÃ�¸�Ä,ÈʾlÕnÕn¹pâ,¼�Ë�¹ÒÑ Í�ÌAÓÕÔ�ÖA×�ÊÙØ È�Ú ØÏÛ�×�Ö=Ü-Í�Ð Ú ×�ØØ Ç ÐqÝe×�Ö=Ó Ñ_µ�¼�â�Ãj¹pº�»�Ãl¼�¸�¹pýjÖ�Ìn¸�¹±¾l»½Ûܺv¹pýjÖ�¹p»�ÈʹÁºvÌ�À2ÌnÕ�¾�¸NÌ�¼VÛ*Ã�¿�¼�Ë�¹åýjÖ�¹W¸�Û¶�¸NÃl¼Y¹pÌn»Ó¼YÃ�¾�¶=¸�Ãl¼Y¹pÌ�»ÓÃ�¿HÄj»�ÃpÂ\»@º�¼Y¸NÖ=È]¼YÖ�¸�¹fÃ^¸Ò¿�Ö�»=È]¼�Ì�Ã^»Ï¾l»�â@¼�ËjÖ�º�Ì�º�¾»�ý»jÐ�Ë�Ã^ÀÁÃ^Õ�Ã^ÅlÛàÀÁ¹h¼�Ë�Ã�âØÑ

áBºí¾l»Ò¹hÞ�¾�ÀÁ¶|Õ�¹�×�µíâ�¹pºTÈʸNÌnÙ.¹�¾l»Ò¾�¶=¶=ÕnÌ�ÈʾǼYÌnÃ^»BÃ�¿j¼�Ë�¹eÃPÄÆÅVÇÉÈÒ¶=¸NÌn»=ÈhÌ�¶=Õn¹¼YÃ*¿�Ã^ÕnâÚ¾lºTºTÌ�Å^»=À4¹`»^¼hÑ7ç�Ë�¹åÀÁ¹h¼�Ë�Ãjâ·¶�¸�¹pâ=ÌnÈ]¼�º7º�¼Y¸NÖ=È]¼YÖ�¸�¾lÕ�ÈhÕ�¾lºTºTÌeê|ÈʾǼ�Ì�ý»�º¿�¸�Ã^À ¼�Ë�¹+Þ=þ�ß�à Ë�Ìn¹W¸�¾�¸NÈN˽Û@¾`¼ÝÃpͽ¹W¸âá�ãHä ¾lÈhÈhÖ�¸N¾�È]ÛäÖ�¶ë¼YÃÚ¸�¾l»�ÄæåjÑ2áýjÖ�¹W¸�Ûå¶�¾Ç¼T¼T¹p¸N»fÌ�º�¸N¹ÊÐ�Ì�â�¹p»½¼�Ìeê|¹pâ±¾lº�¼�Ë�¹7Ë=Ì�Å^Ë�¹pº�¼�¸N¾�»�Ä�Ìn»�Åé¶�¸�¹pâ=ÌnÈ]¼�Ì�ý»åÈÊÃ�¸Tи�¹pÈ]¼�Õ�ÛÓÌn»�çNå~ä Ã�¿�¼YË�¹ÁÈʾlºv¹pº�Â_Ë�Ì�Õ�¹å¼�Ë�¹ÁºTÌ�Ž»�¾lÕ©Ð[¼TÃ<»�Ã^Ì�ºv¹4¸�¾Ç¼�Ì�Ã<Ìnº�¾�Ù.Ã^Ö�¼è ãÏã|é è Ñ�ç�Ë�¹�¶�¸N¹pâ�Ì�È]¼YÌnÃ^»B¾lÈhÈhÖ�¸N¾�ÈhÌn¹pºí¸�¹W¶=¸�¹pºv¹p»½¼�ºí¾P¼Y¹p»jÐ�¿�ýÕnâÝÌnÀÁ¶�¸�Ã`Í^¹pÀÁ¹p»½¼Ã`Í^¹W¸�¼�Ë�¹vê Ô�Ê Úqë Ð�ì ÑAí ì"Í�ÎÎÕ×�Ì Ú Í�Ð Ú ×NØ ê½¶=¸NÌn»=ÈhÌ�¶|Õ�¹�×Ǽ�Ë�¹PÃ^»=ÕeÛÒ»�Ã^»jÐ Ë�Ã^ÀÁÃ^ÕnÃ�ÅlÛÝÌ�»jÐ

Å ¹

Page 54: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊómôYó4õ�ö|÷r÷�øØù`ú Év�

¿�¹W¸�¹p»=Èʹ±À4¹W¼YË�Ã�âà¿�Ã�¸�Ìn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�ý»àâ�¾`¼Y¾4¾hÍǾlÌ�Õ�¾�Ù=Õn¹ÝºvÃÁ¿�¾�¸WÑç�Ë�¹4Í^¹W¸YÛÏ¿�¾lÈ]¼�¼�Ë�¾`¼ÝÌe¼�Ìnº�¾Ç¼é¾lÕnÕx¶.Ã^ºTºTÌ�Ù=Õn¹å¼YÃ<¶�¸�¹pâ=ÌnÈ]¼�º�¼Y¸NÖ�È]¼�Ö�¸N¾�Õ�Õ�¾`Ð

Ù.¹pÕ�º±ºvÖ=ÈhÈʹpºTºv¿�Ö=ÕnÕ�Û(Ù�¾lºv¹pâκvÃ^Õ�¹`ÕeÛäÃ^»,Ìn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»(¶�¾Ç¼T¼Y¹W¸N»�ºfÌnºÝ¶�¸�Ã^Ù�¾�Ù=Õ�Û¼�Ë�¹éÀÁÃ^º�¼ß»�Ã�¼T¹WÂ�Ã�¸�¼Y˽Û*¸�¹pºTÖ=Õe¼hÑîÃPÄÆÅ@ǤÈà¹hÞ�¶=ÕnÃ^Ìe¼�ºH¼YË�¹éºv¶.¹pÈhÌeê�ÈhÌe¼VÛ2Ã�¿í¼�Ë�¹º�¼Y¸NÖ�È]¼�Ö�¸N¹ÊÐ[¿�Ö�»=È]¼�Ì�Ã^»*¸N¹pÕ�¾Ç¼�Ì�Ã^»=ºTË�Ì�¶àÌn»*¼�Ë�¹�¿�Ã�¸NÀ Ã�¿í¼�Ë�¹é»�Ã^»jÐ�¸�¾l»�â�ýÀ â�Ìnº�мY¸NÌ�Ù|Ö�¼�Ì�ý»2Ã�¿�Ìn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»=ºHÙ.¹h¼�Â�¹W¹`»�º�¼Y¸NÖ�È]¼�Ö�¸N¾�ÕLâ�Ã^ÀÁ¾lÌn»=º�Ñ�ç�Ë�¹`ÃPÄÆÅ@ǤȾlÕ�Å�Ã^¸NÌe¼�Ë�À ÌnºßÅ^¹p»�¹W¸N¾�Õy¾�»=âÓÈʾl»ÜÙ.¹å¾�¶=¶=ÕnÌn¹pâ<¼YÃ*¾l»^Û·Ë=Ì�¹W¸�¾�¸NÈ�Ë�Ì�Èʾ�ÕíÈhÕn¾�ºTºTÌ©Ðê|ÈʾǼ�Ì�ý»àÃ^¿x¶�¸NÃl¼Y¹pÌn»<º�¼T¸�Ö�È]¼�Ö�¸�¹ÝÃ�¸\¿�Ö�»�È]¼�ÌnÃ^»ØÑ

Page 55: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóòÊó������zù��Øö� ������� É�û

ñ�¬V« ������³����±¯ ���"!#�$�� / ( /72©�]�y� * ���Ç�7�X+.- * 1Ç�61h�:/o�32"BÊ� * ?��[� * E��o<��3/92o� ; 2o� & �#¼ I �61����B�31�4 & �[� I ��� I ���$4���� �*�;�& �v�r<Ê�64 * <]�v�t���Ç�$2o� & �U4Ç�v�T�A4��]�|�31å�61 * � ($*3I�& BÊ� * ?����_/91f�o<��3/92o� ; 2¡�b/91h�[�v�������:/ * 14l�������T�A1 ; ���,+.-½�����[�64xE * �=�[���L1��v�]�nE I � I ��� J �����V/91h���#BÊ�����0/ * 1 * E^�3272p�[��� I -½� *�( /71�B/91h�[�v�������:/ * 1M4l������E�� *�( <��]�T/ *�I�&K( ���[� * 4 & �A1�4 * �0Bh�31>/ &0(N& ?�/7292mE * � ( /91h�[�v�������:/ * 11����R? * �TS &b* E I 1�-����v���64��#1W�[�64*� *�( ->2o�,+./����±�31�4 & /7Qv� J$³�I �è�����61h���[�32�¼ I � & �:/ * 14���,O( �3/91 & °qB3/7<Ê�#1Á�A292����Ç� & �$1����R? * �TS & ��� * ?É�T�A14���>/ & /91>E * � ( ���:/ * 1 ; �7�l�]�T1�� &T& �#4Á� *�]���0/7<]�������31B���v� I �����[�'-����64�/¡���:/ * 1 * Ej�����[E I 1����:/ * 1��31�4¥- *�&T& / ; 2¡�r�[��� & ��� I ��� I �[� * E���Ç�\-Ç� * �[�6/91 & /91v< * 2H<Ê�#4�­

� * BÊ���[���v�@?�/¡�[�æ�[����- I�; 27/o�v���:/ * 1 &D* E������ Z � & �N2©���0BÊ�XO & �v�32o�_�Ê�T� & �TO��R? * O��h� ; �0/74/91h�[�v�������:/ * 1 & �v���v�61 & �"-����64�/¡���:/ * 1 * E�-�� * ���6/71wE I 1Ç���:/ * 1w?�� & �N�[��� ( -`���64 ; � & �64 * 1���Ç�!�[� &0I 2��:/91>Be/91h�������]���:/ * 1t4l������^0^µk)/ & ��/7Bh�3S�/������32 J �[l3g3g ðï iÝ�T�]�v���31�4¨k[/o�����v���l3g�g3g `0`XJ �����@2 * B�/¡� I 1�4Ç�v�02��]/91�BB���Ç� &T* O��v�3292¡�64 ~]Updeimcjè�gv�Pè�KNM MYQYO�dnK]c�d�QNR -��0/71��6/7-�2o��� * �ð wòñ E * � & � * ���v� ( �T� & / ( ->29/ & �:/¡�T�3272¡� ; � &TI�($( �]�T/9Qv�#47� & E * 292 * ? & ° } IeSyc�J�Qy�^b�QNcsX�deRÇMdeRlc�X�b[KpO�c�J.dec�k�QNRaX�K]RaQNc�klX�b�{tceklX��!UhM�U�K]ieim�\�ÇK]bVcnd�O�dq�ÇK]csX_deR�c�klX7MvK]�\X {HQNb\b�X�i�K]csX[ZN{O X�ieimUpi�K]b�SVU`RaO�cnd�QNRÇMvu�} ^ ¶ 29/H<Ê���v��l3g3g�g `,J%'& 4�� & �v�T/ ; �64¥/71$·��l�3-Ç�[�v� ð �vE I 1����0/ * 1ß�v�31 ; � * -½�������0/ * 1��329/7Qv�64q<./o�CE I 1����0/ * 1��32

�������0/ ;�I �[� & � &0&T* �#/©���[�64b?�/������,<Ê�����q-�� * �[�6/71 J ���Ç� & �y�N�[���T/ ;�I ��� & �]����2o� ; �#2 & E�� *3( � E * ��,+Ç� ( -�2¡�]�l�����bc"1�Q�� ( �x· *�(N( / &0& / * 1w^jc{· ` 1 I>(D; ��� & �½���Ç� ¸ �61�� ¶ 1W� * 2 * B]�_^ ¸\¶ �^ %)& � ;�I �T1��v�������A2 J �>lAg�g�g `T`�* �Ø���Ç� � �[� I ��� I �[�32�·V2o� &0& / Z �v���:/ * 1 * E��.� * �[�6/71 & ^ � · ¶ �=�^¢i I �0Q#/91é���x�32 J � ðo¹�¹ ú `T`,J´* 292 * ?�/71�Bè�[��� ð wòñ -��0/71��6/7-�2o�x����� & �K2©� ; �62 & �v�31 ; ���[���31 & E��v���[�#4Ý�32 * 1�BP� & ��� ; O

29/ & ���#48/71W�[�v�[�]���0/ * 1 &#J ����� ; �#1�� Z � * E &0I � �å�$1 * 1.O�� *�(N* 2 * B����3-�-�� * �]� �h/ & �[�l���C/��? * �0S & /91±���Ç�ß� ;�& �#1��v� * Ez�31h� & / ( /92©���0/¡��� * EL�[���@-�� * ���6/71 I 1�4���� & � I 4Ç�!� * �F-����,O<]/ *�I>& 2¡�å� ���]���]�������0/9Q��64p-�� * ���#/91 J k��#1��v���81 * 1.O�� *�(N* 2 * B]� ( ���[� * 44�T�31 ; � I>& �64� * -����64�/¡����E I 1Ç���:/ * 1�E * ���[���K2©�]�TBÊ�'E��[�]���0/ * 1 * E ¶Uü[´ �A1 & ?�/¡�[��/91�1Ç�#?�2¡� & �6¼ I �#1��v�#4BÊ�#1 *�( � & O��[� *�& � & �6¼ I �#1��v� & ?y�>/o� �ß�l�o<Ê��1 * 4���������� � ; 2o�í� *�($* 2 * B]��� * �31h�D-�� * ���#/91* EnS�1 * ?�15E I 1����:/ * 1 J¸ /H<Ê�#1ß�[��� I 1�S�1 * ?�1N-�� * ���6/71ß�31�4@/¡� & /91h�[�v�������:/ * 1 & �Ê� * ?ê/ & �U-��[�#4�/o���:/ * 1 ( �34��

� ;¬*�I ��/�� & !]E I 1Ç���:/ * 1�­Ò���Ç� I 1�S�1 * ?�151 * 4��ôó I 1�4Ç�v��� * 1 & /74��v�[���:/ * 1 Y ?�/9292^�T�A292������IvUlX�b��±RaQvZpX �Ø�A1�42�����¥S]1 * ?�1�/71W�[�v�[�]���0/ * 1 &b* EõóÒ�[��� IvU�X�bV�\�ÇK]cncsX�bVR J_¾)& /91�BÒ�����ð wòñ -��T/91��#/9-�2¡�]�Ç�[���UE I 1����0/ * 1��32����[�[�0/ ;�I ��� & E�� *�( �A292�/71W�[�v�[�]���0/91�B@-�� * ���#/91 &[* E������¼ I �v����1 * 4��öóé�]�[�_� * 272o�������#4 J �����#1j�m?�/¡�[��/91å���>/ &\& ��� * E�1��#/9BÊ� ;¬* � & ��� ( � ©T* �0/¡���< * ����/ & � �3S��61 J � * E I 1����0/ * 1l�A2��������0/ ;�I �[� & �]�������[�31 & E����[���64@E�� *�( ������1Ç�6/9B]� ;¬* ��� *.* 4* 1h� * ó[Oj��� I�& �[����1l� ( � ~]Updeimcjè�gv�Pè�KNM MYQYO�dnK]c�d�QNR �A?y��/o� �x?�� & /91h��� * 4 I �v�#4 ; �F^ m �329S��v����z�32 J � ðo¹�¹�¹ `XJ ����� & /7B�1�/ Z �T�31Ç�v� * Ea�UE I 1����0/ * 1l�A2����[�[�0/ ;>I ����/ & � & �0/ ( �����#4 I�& /71�Bt�����

Page 56: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóòÊó������zù��Øö� ������� Év�

E��[�#¼ I �61���� * E=�[���6/¡� * ��� I ���[�#1��v� J÷L�]�0/o���:/ * 1 &D* E����Ç� ð wøñ -��0/71��6/7-�2o�B���0/ & �FE�� *�(çI�& /71�Bw4>/7G½�v�[�#1h� & � ���0/ & �:/o� & � *

�T�A2o� I 2©���[�í����� & /7B�1�/ Z �T�31Ç�v� * E��CE I 1Ç���:/ * 1l�32��N�[���T/ ;�I ���L?�/¡�[��/91r�[��� & ��� * E�1��6/7BÊ� ;±* ��O/91>B�1 * 4�� &#J ����� ( ���[� * 4h/ & 1 * �U1����v� &T& �]�T/92��Ý��� & �[�0/¡�����#4±� * ���Ç�D4�/o���v���U1��6/7BÊ� ;±* � &^<�D� ð ` � ;�I �x�T�31y/91Ç�62 I 4����3292�1 * 4Ç� & ?�/¡�[��/91é�@4�/ & � �31���� * El�N/91h�������]���:/ * 1 & E�� *�( ó^ & �v� ´ /7B I �[� Å>J ð `,JdÀCI �í� * ���Ç� &T( �A292HO¢? * �0294 ; ���l�o<]/ * � * E½�[����/91h�������]���:/ * 1x1����R? * �TS &�31h�D4>/ & ���31����R�«ù Å ?�/7292`�327?��T� & /91��#2 I 4��í� ( � ©T* ��E��[�]���0/ * 1 * E^�[��� * <Ê�����3272>1����R? * �0S^ & �v� ´ /9B I �[� ð J ñ ` �A1�4Ò�Ç�61����q/ &�* Em1 * -��[�]���0/o�v�32�/ ( - * �����31��v� JY 1Á� * ? En�]�K4 * � & ���Ç�$/71W�[�v�[�]���0/ * 1_1��6/7BÊ� ;±* �[� *]* 4å���T�3272¡�!���ûúl�����b4�/7G½�v���61h�P� & O

-^�v��� &b* EL-�� * �[�6/71wE I 1����:/ * 1�­ Y �q/ & �T� & �4� *8& ���¥?y�h�å����� ð wòñ -Ç�0/91Ç�6/9->2o� & � *3I 294? * �0S�E * � &TI�; O��v�6272 I 2o�]�L2 * �v�329/7QT���0/ * 1�° Y Es��E * ���X+Ç� ( ->2o�]���A292�/71h���v�[�]���0/91�B@-l�����:1Ç�v� &�* Eó!���[�F2 * �T�N���64p/712�����B���W� *�&T* 2���/¡�P�T�31 ; � & �AE��#2¡�Á� &0&TI�( �#4��[�l���eó8/ & 2 * �v�����#4p/91���Ç�7���W� *�&T* 2L� & ?��#292[^ & �v� ´ /7B I �[� Å.J ð `XJN¶C; <]/ *�I�& 2��Ý�[��/ &K( ����� * 4 ( �Y�!�32 &T* ? * �TS� *@&T*�( ���,+p���#1W�[E * ��� &0&0* �6/o���:/71�Bß�x-�� * ���6/71�� * 2©���0BÊ��� ; / * 2 * B3/o�T�A2¬-Ç� * �v� &T& � & �½�32 ; �6/�����>/ & 4Ç� Z 1�/��:/ * 1 * EzE I 1Ç���:/ * 1 ( �T� ; �C2o� &0& �#2o�v�]�02��ß�[�ûú��v���[�64y/91�1Ç�6/9B]� ;¬* ��� *.* 4\���62o�PO�:/ * 1 & ��/9- &#J · * 1 & /94Ç�v�0/71�B_�[��� ; / * � �Ç� ( /o�T�A2�4Ç� Z 1�/��:/ * 1 * EmE I 1����0/ * 1a��/¡�)/ & �#<]�61 2o� &0&�62¡�T�]�U?y�h�_/91h�������]���:/71�B�-�� * �[�6/71 &K& � *�I 294 ; /91�4å����� & � ( � & ��� * E &0( �3272 ($* 2o�v� I 2o� &* ���,<Ê�#1Ï�v��� �32��]Qv�Ý�[��� ( /91<�[��� & � ( �8?��T� J ����� & �f� * 1 & /94��������0/ * 1 & �l�o<Ê� ; �v�61� * 1 Z � ( �64 ; �t^µk)/ & ��/7Bh�3S�/.���P�32 J �dlAg�g ð `XJ �������ME *�I 1�4�-����64�/¡���0/ * 1Á�]�v� I ���]�#/o� &q* Eº l J ºo E * � &TI�; ���6272 I 2o�]�"2 * �T�327/9Qv���:/ * 1j��f Å>J f o E * � ; / * 2 * B�/¡�T�32.-�� * �v� &0& �31�4Fú3l J ºAo E * �; / * � ��� ( /¡�T�32¬E I 1����:/ * 1 I>& /91>B ~]Updeimcµè�gv�Aè�KNM MYQYO�dnK]cnd�QNR JY 1h���v�[�]���0/ * 1 &{; ���R?z�v�#1 ( � (D; �v� &"* E^����� & � ( � & ��� I ��� I ���32�En� ( /72¡� * � &0I -½���TEn� ( O

/92��å�]���NE����6¼ I �61h�02¡� *�;�& �v�T<]�64Ö^n�|�]�TS±���r�A2 J �mlAg�g ð ` ^ & �v� � �v���:/ * 1pl `XJ ����/ & ? *3I 294/91>4��v�#4��3272 * ?ê/71h���v�[�]���0/ * 1N/91.E * � ( ���:/ * 1�� *b; ���l���01�� &0& �#4¥E * � & �[� I ��� I ���'-����64�/¡���:/ * 1I�& /91�Bt���Ç� ð wøñ -��0/71��6/7-�2o� Jn%)&�& � * ?�1N/91 ´ /9B I �[� Å.J ð � ð wøñ -½���TE * � ($&d; ���������Ø�[�l�31���A1�4 *�( ;�I ��4 * � & 1 * �¥4��627/7<]�v� � · ¶ ��-����64�/¡���:/ * 1 & ���B�Á���T� &T* 1l� ; 2o�!���v� I ���]��� J%'&�* 1Ç�K? *�I 274��,+.-½�����v�¬/71h���v�[�]���0/91�B@-�� * ���#/91 & 4 * 1 * �[1��v��� &0& �]�0/72¡� & �l�]�����[��� & � ( �& �[� I ��� I ��� J

����� ~]Updeimcµè�gv�Aè�KNM MYQYO�dnK]cnd�QNR -��0/71��6/7-�2o� * 1�2¡�ß���v� *3I 1h� & E * �L�X+./ & �[�61���� * Ej�\-�� * ���#/91�31�4p/�� & !|� &T&0* �6/o�����#4*���[�[�0/ ;�I ��� & /71Á�����¥/91h�������]���:/ * 1�1��#/9BÊ� ;¬* �[� *]* 4 J ����������� I �32c�Q �lQNioQ[~]� * EL�[��� * <Ê�����3272d1����R? * �TS8/ & �31 / ( - * �����31h�'-�/¡�v��� * E{/91>E * � ( ���:/ * 1B���l���C/ &2o�,Ee� *3I � J k����[� Y ?�/7292Ø�,+.-�2 * �[�7� * ������/74��T��� *5I�& �\�[���_� * - * 2 * B�� * E�/91h�[�v�������:/ * 11����R? * �TS &6J �����Ø��� &0I 2¡�:/71�B�1 * 1]O�� *�(N* 2 * B]� ( ����� * 4K-�� * 4 I �v� & �]��� I �[�����Ø� &0& /7B�1 ( �61h�* E & �[� I ��� I �[�32z2©� ; �62 & E�� *�( � · ¶ �é<]/©�x/91h�[�v�������:/ * 1�-l�������v�T1 & �32 * 1�� J

Page 57: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóòÊó������zù��Øö� ������� ÉvÇ

´ /7B I �[� Å>J ð ° Y 292 I>& ���[���:/ * 1 * E��[��� ~]Updeimcjè�gv�Pè�KNM MYQYO�dnK]c�d�QNRýü ð wøñ�þ -Ç�0/91Ç�6/9->2o� J�Y 1Ò������v�#1h���v�b/ & ����� I 1�S�1 * ?�1�¼ I �v���w1 * 4��9ó J ������27/91�� & 4��#-�/o���bS�1 * ?�1p/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & �?y��/72o�������q1 * 4Ç� &C& � (b;±* 27/9Q��q-�� * ���#/91 &#J'´I 1Ç���:/ * 1l�32��������T/ ;�I �[� & ^µ29/7S]� & �[� I ��� I ��� * �&0I>; O����6292 I 2©���[2 * �v�329/7QT���0/ * 1 ` �]�����[�#-��[� & �#1W�[�64 ; �Ò�[���b4>/7G½�v�[�#1h� & ���3-½� & �31�4Ò� * 2 * � &#J% 272±-Ç� * �[�6/91 & ?�/¡�[���D4�/o���v���L/91h�������]���:/ * 1\� * óè�l�o<Ê���D4�/ & � �A1��v� * E[�b� ð J �.� * ���6/71 &�������y�T�31 * 1>2¡� ; �t�[�v�]� ���#45/71��31 * �[���v� & �[�6-�E�� *�( ���Ç� Z � & � & ���6272j�l�o<Ê�è�D4�/ & � �A1��v�* E[�D��lbE�� *�( ór�31>4 &T* E * ����� J%'&T&0I�( �]�nE * �è�X+Ç� ( ->2o�]��1 * 4��\� * 2 * �H� * 4Ç� & E * � &TI�; ���6272 I 2o�]�K2 * �T�327/9QT�N�:/ * 1±�31�44�[�64�[�#-��[� & �#1W� &�( /¡� * � � * 1�4��T/©�32�-�� * ���#/91 &#J"´ � *�( �����VS]1 * ?�2¡�64�B]�y�[�l���"-Ç� * �[�6/91 & 2 * �T���[�64/91æ���Ç� ( /¡� * � � * 1>4��0/o�±�]�[� * <]�v��O��[�#-��[� & �#1W�[�64¨/91æ���Ç� Z � & � & ���#292 * Eÿóp�����Ç�5¼ I �����-�� * ���#/91�? *�I 294 ; ��� &0& /9B�1Ç�64Ò� & � ( /�� * � � * 1�4Ç�0/©�A2±-�� * ���#/91��]��� * �T4�/91>Bß� * ����� ~]Updeimcjègv�Pè�KNM MYQYO�dnK]c�d�QNR -Ç�0/91Ç�6/9->2o� J

Page 58: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóòÊó������zù��Øö� ������� É�É

´ /7B I �[� Å>J l.° ´ /71�4�/91>B�� � · ¶ �M2o� ; �62vE * �=�)B�/H<Ê�61b/91h�������]���:/ * 1q-l�N�[�����01 J �����LBÊ�[�3-�������[�\/ & /94Ç�61h�:/¡�T�32a� *N´ /9B I �[�\l J ñ �31�4é�[�6-Ç�[� & �61h� & ����� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�45/91>E * � ( ���:/ * 1 * E/91h�[�v�������:/ * 1 &�* 1 � · ¶ � &TI -½���TEn� ( /92��¥2¡�#<]�62 JY 1\�[��/ & �,+Ç� ( -�2o���p�[���'/71h���v�[�]���0/ * 1$-l�]���:1���� &V* E��b¼ I �v���¥1 * 4���ó�� *�I 274 ; � ( �3-�-^�64� * ����� &0I -^�v�rEn� ( /929/¡� & ��/7BÊ��29/7BÊ�h���#4 ; �å�����_�[�#42�6/¡�[�62¡� & ^ ð J ðÊðÊð J ð �dl J f ö�JÆÅ � Å>JÆÅ l J ð `XJ�������[�N/ &U* 1�2�� * 1��@1 * 4�����1�� ( �#2¡� Å>J úAg J ð ^���/9BÊ�>29/9B]�W�[�64 /71_B]�[�v�#1 ` ��������� & ���0/ & Z � &���Ç�x� * 1 & �����A/91h�Ø� * /91h�������]����?�/¡���7�3272 * E½����� &TI -½���TEn� ( /927/o� & /94Ç�61h�:/ Z �64 ; �P������¼ I �����-l���������01 J ����/ & 1 * 4��x�[�#-��[� & �#1W� & ����� (N*�& �{29/7S]�#2¡�ß� &T& /7B�1 ( �61h� * E¡ót� * � & �[� I ��� I �[�32&0I -½���TEn� ( /92�� J

Page 59: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóòÊó������zù��Øö� ������� É��

ã�}R|L}T~ �h�ýÍb��ÎUÎK�T�C���ê�C������,5�m�.�>�����C������ /71W�[�v�[�]���0/ * 1 ( �3- & /71Ö·��l�3-Ç�[�v�yl�^ & �v� ´ /7B I ��� & l J fÇ�)l J º �31�4Ál J ñ ` �#2o�T���02¡�4�� ($* 1 & ���[�����t�[�l��� & �[� I ��� I �[�32��61h�:/��:/¡� & ^µ27/9S]� &TI -^�v�TEn� ( /729/o� &a` /91h�������]���[?�/����é� & -^�,O�6/ Z � & ��� * E * �[���v� & ��� I ��� I ���A2=�#2©� &T& � &#J kx�v��� & -^�v�#/ Z � ( �v�31 & �����q/91h�������]���:/ * 181����TO? * �0S�/ & 1 * 1.O��[�31�4 *�(�* 1!�@B�/7<]�6152o�#<]�62 * E�� ;�& �[���]���:/ * 1 JV%)& /71W�[�v�[�]���0/ * 1�-l���������01 &�]���Ý� * 1 & ���T<Ê�#4Ó�31�4 & -½���6/ Z �]�í���Ç�h/91h�������]���:/ * 1é1Ç���R? * �0S & � * 1W���3/91<� & /7B�1l�32��[�l����T�A1 ; � I�& �64�E * � & ��� I ��� I �[�$-��[�#4�/o���:/ * 1 J ����/ & 1Ç���R? * �0S * EV/91�4 I �v�64w/91h�������]���:/ * 1 &8å� (N* 1�B � · ¶ �Ä2o� ; �62 &�� ^n� & 4Ç� & ���0/ ; �#4p/91 � �v���:/ * 1�l JÆÅv` / & �[�#E����[���642� * � & �����g KpO �v~]b�QNU`R^Z7deRTSTQNb��7K]cnd�QNR!RaX�cnJ�QNb�� Øý�«^ � £J8 `XJ����/ & / & /9272 I�& ���[�����#4ê/91 ´ /9B I ��� Å>J l.°_E * �M^ &T*�( � * E ` ���Ç� S]1 * ?�1Ö/91h�[�v�������:/ * 1

-l�]���:1���� &�* EPóf�[���!�[� & -^�v���:/7<]� � · ¶ �ë2o� ; �62 & �T�A1 ; �54����[�v� ( /91Ç�64 J ���Ç�h1 * 4�� &� * �[�[� & - * 1�4�/71�By� * �[��/ &�& ��� * E � · ¶ �h2o� ; �#2 & �T�A1 ; ��2 * �v�����#4q/71H�[��� * <]�v�[�3292v1����R? * �0S�[�#-��[� & �#1W�0/91�Bß���Ç� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�45/71>E * � ( ���0/ * 1 JnY 1é� * 1h�[��� & ��� * ����� ð wòñ -��0/71��6/7-�2o������Ç��? * �TS]/71�B��h�.- * �[��� & / & ���v���[/ & ���l��� �^b�QNc�X�deRÇMxJ.dec�krM�de�rdei�K]b�deRlc�X�b�KpO�c�d�QNR��ÇK]cnc�X�b�RÇMkÇK]�]X�M�de�rdei�K]b�SVUpRaO�c�d�QNRÇM�K]R^ZrM�c�bVUlO�c�Upb�X M JÈ * ?<�[����� � & Sb/ & � * Z 1�4_�C1 * 4���/91q§ �M&0I � �ß���Ç�[¼ I �����x-����[�[�v�01N/ &m( ���[� ���64

/91Ý�31 * -Ç�:/ ( �32�?��T�5?�/�����8 J�Y 1 * �������)? * �04 & �����q¼ I �v���8-l�N�[�����01h/ & X��7g�X[ZhZpX[Z /91���Ç� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�48/71>E * � ( ���0/ * 1$1����R? * �0S J

�����¥1 * 4���5§ � /71f�[��� ; �]�aS�BÊ� *3I 1�4e/71>E * � ( ���0/ * 1h1Ç���R? * �0SM?y��/o� � & ���0/ & Z � &���Ç�\� * 1 & �[���3/71W�H� * /91h�������]���q?�/����2�A292[^ * � (N*�& � `U* Eí�����$1 * 4�� & /74��61h�0/ Z �#4 ; �å�����¼ I �v���y-l���[�[�v�T18/ & �[��� (N*�& �)-��]� & / (N* 1�/ *3I�& �,+.-�2o�31l���0/ * 1�E * ������/ & -l���[�[�v�T1 J k��#1��v����Ç��1 * 4���V/94Ç�61h�:/ Z �64�����/ & ?í�T���[�#-��[� & �#1W� & ���Ç� (N*�& ��27/9S]�#2¡� & ��� I ��� I ���A2`� &0& /7B�1 ( �61h�E * �Ró J

� I �"BÊ�#1��v�[�3292��Ê������� & ��� I ��� I �[�XO¿E I 1����:/ * 1P�[�#2©���0/ * 1 & ��/7-��T�A1 ; �z�,+.-�2 * /¡�[�64D/71P�����,O<Ê��� & �'En� & �>/ * 1�° ; �h^â-l�]���:/©�A2 ` S�1 * ?�2o�#4�BÊ� * E�-�� * ���#/91NE I 1����0/ * 1ß���Ç� *�I B]�¥/91h�[�v�������:/ * 1-l���������01 & �[���b1 I�(b; ��� * E & ��� I ��� I ���32�4 *�( �3/91 & � * 1 & / & �[�61h�C?�/¡�[�Ò�[��/ & /91>E * � ( �N�:/ * 1/ & <Ê����� (bI � �±�[�#4 I �v�#4 J\´* 292 * ?�/71�Bß����/ & -��T/91��#/9-�2¡�q/�� & � *�I 294 ; �D- *�&T& / ; 2o�è� * -����,O4�/¡��� & �[� I ��� I �[�32"2©� ; �#2 & ���627/©� ; 2�� ; � & �#4 * 1_/71h���v�[�]���0/ * 1 -����[�[�v�01 & �A2 * 1�� J � I � �4�31�3-�->29/o�v���:/ * 1 * E[/91h�������]���:/ * 1�/91.E * � ( ���:/ * 1å� * E * 274*� &T& /9B31 ( �#1h�P�l� & 1 * ���]��� ; �v�61I 1�4Ç�v�����3S]�#1 Jã�}R|L}R| �Á���{�����¿�ÌU�ë���Æ,_���r�C���T�U���������� ( �3/71\�327B * �T/¡��� ( /¡�L/94��v�b/ & � * �[�,O¿/94��#1h�:/7Ee�7�q¼ I �v���$1 * 4��ôóKE�� *3( �A1W�N1����R? * �0S(N* 4��#2o�#4�� & �A1 I 1�4�/¡�[�������#4FBÊ���A-��F�u�Ü^j¡�£:¤ `z©TI�& �V?�/����\�[���C/91.E * � ( ���:/ * 17� ;¬*�I ����Ç�[1Ç�6/9B]� ;¬* � &"* E�ót���Ø�l�31>48^ & ��� ´ /9B I ��� Å>JÆÅv`,Jm% 2¡�[� *�I B]� &0I�; B]���3-��]OR/ &T*�(N* �0-��>/ &0(/ & �31� ��CO�� *�( -�2o�����F-�� *�; 2o� ( E * � I 1>2©� ; �62¡�64�BÊ���3-Ç� & ��/91*����/ &@& -^�v�6/o�32��T� & �������

Page 60: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóòÊó������zù��Øö� ������� Évð

´ /7B I �[� Å>JÆÅ ° Y 4��#1h�:/7Ee�]/71�Br�b¼ I �����$1 * 4Ç� ; �¥1����R? * �0S\� * 1h���X+`� J �����C¼ I �v����-l�N�[�����01� * 1 & / & � &[* E|�31y¼ I �v����1 * 4���ó�^ ; 2©�]�aS & -������[� ` �[�#-��[� & �#1W�0/91�B\�31 I 1�S�1 * ?�18-�� * ���#/91� * BÊ���[���v��?�/¡�[�$S�1 * ?�1�/71W�[�v�[�]���0/ * 1N-l�]���:1���� & ^µBÊ����� & -Ç���v��� &a`XJ ���>/ & ¼ I �v���¥-l�N�[�����01/ & 4Ç�6-�/¡�����#4 * 1é�[���K2o�#Ee� J�����7� (D; �64>4�/91�B * EL���Ç�N¼ I �����M-l�N�[�����01M? * �0S & � & E * 292 * ? & ° ¶ 1Á� Z � & �\-l� &T& �������4�/¡�[�v���m1Ç�6/9B]� ;¬* � &n* E`������¼ I �v���q1 * 4��òóy�]�[�{/94Ç�61h�:/ Z �64q/91è�[���{1����R? * �0SH�[�#-��[� & �#1W�0/91�B���Ç� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�48/71>E * � ( ���0/ * 1M^��0/7BÊ�h� `,J ����� & �\1 * 4�� & �]�[���v�3292¡�64 KpO�c�de�NK]c�X[Z J �����61/91å� & �v� * 1�4_-l� &0& �,<Ê�v���f�]���0/7<����[�64 1 * 4�� & �#1�4 & ��� * S��61±� * �3272 * EV/�� & !±1��6/7BÊ� ;±* � &/91é�����q1����R? * �TS J ����� & ��� * S]�61 & �]�[�è�[�#-��[� & �61h�[�64 ; �é�[���b/71�� *3( /71�Bß�64�BÊ� &C* 1é������0/7BÊ�h� J¶C; <./ *�I�& 2¡�Ê�y���Ç� 1 * 4Ç�`ó�/ & �[�,O¿/94��#1h�:/ Z �64 ; �Ü�[���v�#/7<]/91�B2�[���±��/7BÊ��� & �F1 I�(D; �v� * E� * S]�61 &6JL´I ��������� (N* �[���Ç���Ç�\1 * 4����l� & �ß��/7BÊ��29/9S��627/o� *]* 47� *N; �����,OR/74��61h�0/ Z �#4é�,<Ê�#1/7E��[���K/91�/��:/©�A2±/71W�[�v�[�]���0/ * 1�/91.E * � ( ���:/ * 1$?�� & /91�� *�( -�2o�����t�31>4y1 * / & � J

Page 61: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóòÊó������zù��Øö� ������� É=$

; �]�aS�BÊ� *�I 1�4_/91.E * � ( ���:/ * 1h1����R? * �0S / & �F2o� ; �#2o�#4 BÊ���3-Ç�4�A1�4âóF/ & �[��� * 1�2¡� I 1�2o�PO; �62o�#4�1 * 4Ç� JÂ�����ó ; �7��1 * 4��xE�� *�( �[���@BÊ���A-������ ^j¡�£a¤ ` �31�4�� ; �ß����� & ��� * EV4�/¡�[�����

1��#/9BÊ� ;¬* � &q* ERó &0I � �*�[�l�����H��§�� °V^<� Û ó ` §Á¤ J5Y 12� Z � & �D-l� &0& �3272"1 * 4�� &�5§��>�]�[�q/94��#1h�:/ Z �64 * � KpO�c�de�NK]c�X[Z J'Y 1å� & �v� * 1�4M-l� &T& �3272=�����:/H<������#4h1 * 4�� &C& �61�4* 1��t� * S]�#1é� * �v�]� � * E=�[���6/¡���[� & -½�����0/7<Ê�\1��#/9BÊ� ;¬* � &#JÂ����\ªx^⦠` 4��61 * ���r�����@1 I�(D; �v� * Ez� * S]�#1 & BÊ���������[�#4 ; �å�31h� 1 * 4��x¦_§ê¡ JxY �

/ &N*�; <]/ *�I>& ���l�N�¥1 *�* �������¥1 * 4��5/91<�[���8BÊ�[�3-��ê?�/7292�Bh�N������� (N* �[��� * S��61 & �[�l�31ó J k��#1��v�±�[���å� * 1�4>/¡�:/ * 1tªD^µ¦ `�Q ªx^�ó ` �T�31 ; �å� &0& �v���[�64 J Y 1�En�]���T�x�����±�v� & ��������B�31 * �������¥1 * 4��8?�/7292�Bh���[���v�7����� & � ( �!� (N*�I 1h� * Et� * S]�61 & � & ó &0I � �Ü�[�l���ªx^⦠` �Úªx^/ó ` / &b* 1�2¡�f�61Ç� *�I 1h�[�v�[�#4�/7Eí�[���B�3272{1Ç�6/9B]� ;¬* � &D* EõóÒ�]�[�$1��6/7BÊ� ;±* � &b* E¦*� & ?z�6292 JêY 1�����/ & �v� & �������y/91h�[�v�������:/71�B_-l�]���01��v� &$* EÿóhE * � ( � &0I>;�& ��� * E������/91h�[�v�������:/71�Be-l�����:1Ç�v� &¥* EK¦ Js% �v� * �04>/91�B�2��Ê�RóÁ�31�4t¦��T�31 ; �!�X+>-^�v�����#4·� * �l�o<Ê�& / ( /72©�]� & �[� I ��� I ��� JY 1 ; / * 2 * B�/¡�T�32.����� (N& �L�3272�1 * 4�� & ���l���@BÊ�3/91*�Ý� * S]�#1é/712����� & �v� * 1�4�-l� &T& ���[�

- * ���#1W�0/©�32 & ��� I ��� I ���32^� &T& /7B�1 ( �61h� & E * ��óUB�/H<Ê�617����� ; ���aS]B]� *�I 1>4�/91>E * � ( ���:/ * 1D1����TO? * �0S J ���Ç� & ��� * E��A292V1 * 4�� & ���l�N�r�[���v�6/H<Ê���Ý� * S]�#1�E * � ( �[���B�[� &0I 2��TO & ��� * Ey�����¼ I �v��� J �����@1 * 4Ç� & /91!�[��/ & �[� &TI 2¡�rO & ���t�v�31 ; �r�[�31�S]�#4Á���v� * �04�/71�B\� * �[���D1 I�(D; �v�* E�� * S]�#1 & ���Ç���_�[�v���6/H<Ê�64 J{Y E��A292��64�B]� &L* E|óK?z�v�[�'-l�]��� * Ej�[���C¼ I �v���_�[���61@óH�l� & � *� I �01 *�I � * 1f���31�S ð * Ez�����ß��� &0I 2¡�TO & ��� J¥% 2¡�[� *�I BÊ�±�[���r� * -.O����31>S]/71�B�-��[�#4�/o���:/ * 1 &( �Y�51 * � ; � I 1>/9¼ I �]�z/HE.�����x/71h���v�[�]���0/ * 18/91>E * � ( �N�:/ * 15/ & � *�( -�2¡�����P�31�4å�]��� I �[��������>/ &�( ����� * 4F?�/9272a���,OR/74��61h�0/7Ee�3ó ; � & �#4 * 1>2¡� * 151��#/9BÊ� ;¬* �[� *.* 4F/91>E * � ( ���:/ * 1 JY 1ß�34�4�/��:/ * 1j������� ( ����� * 4��,<Ê�61x? * �0S & /HE����Ç�L¼ I �v���b-l�N�[�����01D/ & 1 * / & � * �n/91�� *�( O

-�2¡����� Jm%)& 2 * 1�Bt� & ���"2o�v� & �L� & /91�B32o���[� I ���#4�BÊ� * E����Ç� * �0/9B3/91l�32�/71W�[�v�[�]���0/ * 1x-l�N�[�����01�[� ( �A/91 & /71\���Ç�U¼ I �v����-l���[�[�v���Nóq?�/7292a���v���6/7<]������2¡�T� & � * 1���� * S]�#1Ý�31>4B���61���� ; ���( � (D; �v� * E.���Ç�P�[� &0I 2��TO & ��� J k * ?z�#<]�v�v�j�[��� (N* ��� * E��[��� * �T/9B�/71l�32z-l�N�[�����01h/ & 2 *�& �v����Ç�\2¡� &T& 27/9S��62¡�«óD?�/9272½� I �01 *�I � * 1����Ç��� * -����31>S JY 1 &TI�($( �]���Ê�l�����è�327B * �0/���� (ë*�I �029/71��64Ò� ;¬* <]�q4Ç� & ���0/ ; � & � ( ����� * 4yE * � & ��� I �,O

� I �[��-����64�/¡���0/ * 1f���l�����T�31e? * �TS_?�/����e1 * / & �4�31>4p/91�� *�( ->2o���[�$/71h���v�[�]���0/ * 1w4l����� J% 272��TS�1 * ?�2o�64>BÊ����� ;¬*�I �n-�� * ���#/91 & ��� I ��� I �[� & / & �#1�� * 4��#4N/71è�[��� ; ���aS]B]� *�I 1>4N/71>E * ��O( ���:/ * 1 1����R? * �TS J¥¶C; <./ *�I�& 2¡�Ý�[���ß� * 1 & ��� I ���0/ * 1 * EL����� ; ���aS]B]� *�I 1>4�/91h�[�v�������:/ * 11����R? * �TSF/¡� & �62HEm/ & �v� I �6/o�32a� * �[���H�]�v� I ���]��� * E�����/ & �3-�-�� * �]� � J

Page 62: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóíìÊóà÷Dî���ïz���õ É=1

ñ�¬añ ò ó'�"ôh��� õ

ã�}¿ã�}T~ ���V������"�����r���[ÒAäÃ�m�>�"�>���>�Ö���CÎ�� ���U�U�T�C�«�>��(U�+*-,�����\-�� * ���6/715/71h���v�[�]���0/ * 1�4l�N� �7�=<��3/72©� ; 2o�'E�� *�(ÚÀCY �s^àù��61��]�0/ *�& �����32 J ��l3g3g�g ` �31�4�Ê�v� & �rO��R? * O��h� ; �T/94B�,+.-^�v�T/ ( �61h� & ^ Y � * �����A2 J ��l3g3g ðï ¾ ���0Q������32 J �>l3g�g�g ` ?z�v���C4 * ?�1.O2 * �34��64��31�4 ( �3-�-^�64è� * � · ¶ � <Ê��� & / * 1 ð J�ö ñ ^ji I �TQ6/91����.�A2 J � ð=¹3¹ ú `zI�& /71�B ³  % � �^ % 2¡� & � � I 2����x�A2 J � ð=¹�¹�º `,Jd%)& 4�� & �v�T/ ; �64y/91 � �����:/ * 15l JÆÅ � � · ¶ �Ú� &0& /7B�1 ( �61h� & ?�/�����31��XO¿<��32 I �)? * � & �����l�A1 ð g&%&'��A1�4 * <Ê�v�T2©�3->-�/91�BP� &0& /9B�1 ( �61h� & ?����[�C4>/ & �v�]�04Ç�64 J{´ /áO1l�3272¡�]�./71W�[�v�[�]���0/ * 1 &�; ���R?����61 � · ¶ �é2o� ; �#2 & ?����[�U/71�4 I ���64j�>?z�6/7BÊ�h���#4 ; �_���������62o�PO�:/H<Ê� & �#¼ I �61����b2¡�61�B]�[� * E=�[���H� &0& /9B�1 ( �#1W� Jã�}¿ã�}R| ÊÁ�n�C����m���T�C���ÌC�âa��"�Ï��������U�CÎs���C�X�������m��������s���3åe�{�������� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�4M/91>E * � ( �N�:/ * 1y1Ç���R? * �0S8ØË�Ë^ � £ 8 ` � * 1 & / & � &C* E.�[���r�3272�/91�4 I �v�64/91h�[�v�������:/ * 1 & 8 J �����F2©� ; �#2 &b* 1à�A292{2o�#<]�62 &D* E � · ¶ �ýE * � ( �[��� & ��� * E[1 * 4Ç� &� ��,+`�#2 I 4�/71�Bå�������62o� &0& 2o�,<Ê�#2��N�r������� * - * E���������/¡�v�����[� �h� J ����/ & �62o� &0& 2o�,<Ê�#2�?�� &*�( /¡�����64 ; ���T� I>& �����Ç�v�[�����[� * 1�2¡�7�������v���#2©� &T& � & �31�4F/¡�z���#29-^�64�� * S]�v�#-é�[���CBÊ�[�3-�����é�[�v� &0* 1l� ; 2¡� & /9Q�� J % 292t�64>BÊ� & �]�[�M?z�6/9B]�W�[�64Ö?�/¡���·���Ç� &TI�( * E��[���_/91�4 I �v�64/91h�[�v�������:/ * 1 & ^ & �v�bl JÆÅ E * ��4������3/92 &a`XJã�}¿ã�}¿ã �h�ýÍb��ÎUÎK�T�C� �Á���{�����¿�ÌU������ ¥�� w�X[Z �327B * �0/���� ( � (b; �#4 & �y¼ I �����M-l���������01���/91h� * �FB�/H<Ê�61 ; �]�aS�BÊ� *�I 1�4/91.E * � ( ���:/ * 1�1����R? * �TS8Øë�ë^ � £ 8 ` ?�/���� �ê; �6/71�B_�[��� & ��� * E � · ¶ �¨2o� ; �62 & �31�4�8���Ç�¥/91>4 I �v�#4p/91h�������]���:/ * 1 &\; ���R?����61æ����� (5J ������¼ I �����e-����[�[�v�01Á� * 1 & / & � &D* E������¼ I �v����1 * 4��Pór�31�4y/¡� & !�4�/¡�[�����:2���/71W�[�v�[�]���0/91�Bx-�� * ���#/91 & ��� J

�s��:.^�óK² � `?> °!�8§"��� ^ Å>J ð `% ^µ-��]���0/©�32 `�( �3-�-�/71�B¥E I 1Ç���:/ * 1$# °&%ë² � E�� *�( ����� & ��� * Ez�3272n-�� * ���#/91 & %�� *� · ¶ �t2©� ; �#2 &'� / & B�/H<Ê�#1 JLY 1Ò�[��� Z � & �C-l� &T& �l���Ç�b¼ I �v���y-l���[�[�v�T18/ & 27/91�S��64�� * �����; �]�aS�BÊ� *�I 1�45/91>E * � ( ���:/ * 1¥1����R? * �0S�<]/©�# J

��(y��:*) > °¬^+�F²,) ` §$#Á£-�5§"���d£.)D§ � ^ Å>J l `

����/ &q( �3-�-�/71�Bé�[�6-Ç�[� & �61h� & �����$S]1 * ?�1 � · ¶ �(� &0& /7B�1 ( �61h� & E * �H�3292"-Ç� * �[�6/91 & 4�/áO�[�����02¡�t/71h���v�[�]���0/91�Be?�/���� ó J È * ?/��( � � �]�[�!�[���M1 * 4Ç� & Z]deb�X O�c�im��KpO�cnde�NK]csX[Z���Ç� *�I B]�0��� E�� *�( ó J

Page 63: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóíìÊóà÷Dî���ïz���õ Éhü

´ /7B I �[� Å>J�ö ° ����� ¥�� w�X[Z % 29B * �T/¡�[� ( °L� * 1 & ��� I ���0/91�B\� &TI�; BÊ�[�3-��8E�� *�( ó J ������ � & S / & � * � &T& /9B31Á� & �[� I ��� I �[�32�2©� ; �62�� * �[���$¼ I �����_-�� * ���#/91�ó * 1f�[���$2¡�#Ee� J �����/91.E * � ( ���:/ * 1@B�/7<]�61F/ & �[��� & ��� * E�4�/¡�[�����L/71h���v�[�]���0/91�Bq-�� * ���6/71 & ��� J ���Ç�t�]�[� & E�� *3(ó\² �1�Ò�[�#-��[� & �61h�í�[���[S]1 * ?�1F/71h���v�[�]���0/ * 1 &{* �L�[��� deRlc�X�b�KpO�c�d�QNRr�ÇK]cncsX�bVR * E¡ó$^ & �v��6¼ I �N�:/ * 1 Å.J ð `XJ�����5/91�4 I �v�64ê/91h�������]���:/ * 1 & � ($* 1�B � · ¶ � 2o� ; �#2 & E * � ( ����� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�4�/71>E * ��O( ���:/ * 1j��/7292 I>& ���[�����#4 ; �!�����@BÊ����� & �l�34��#42�]���T� J ���Ç� � · ¶ �ë� &0& /7B�1 ( �61h�KE * ���3272-�� * ���#/91M/912���é-Ç� * <]/94�� & � ( �3-�-�/71�B�E�� *�( �1��² ��(��n4��#1 * �[�64 ; �±�[���@4 * �����6429/71�� &#J �����K1 * 4�� & /713��(!�]��� � · ¶ �é2©� ; �#2 & ?�/�����/71\���Ç� ; �]�aS�BÊ� *3I 1�4y/91>E * � ( �N�:/ * 11����R? * �TSå�31�4å�������f�]�[�@1 * ? KpO�c�de�NK]c�X[Z /HEz�[�����å���[� � · ¶ �ä� &0& /9B�1 ( �#1W� & E * ���31h�1 * 4��K/914���é^n�6¼ I �N�:/ * 1 Å.J l `XJY 1<�[��� & �v� * 1�4�-l� &T& �3272y�]���0/7<����[�64ê1 * 4�� & ��( & �#1�4<� * S]�61 & � * �3292�1��#/9BÊ� ;¬* �0/71�B� · ¶ �s2©� ; �62 & �32 * 1>By/71�4 I ���64e/71h���v�[�]���0/ * 1 &6JF³ ���T� I>& �\�[�����f�]��� deR^Z]deb�X O�c � &T& /9B31.O( �61h� & �[�������]�[�)4��61 * ���#4Ò� & 8�( J �����C?z�6/7BÊ�h� * E����Ç� & ��� * S]�#1 & / & ����� & � ( �t� & �����?z�6/9B]�W� * E����Ç�\/71h���v�[�]���0/ * 1 & �1(y² 8�(p^n�6¼ I �N�:/ * 1 Å>JÆÅv`XJ�����x�[� &0I 2��TO & ���ø8�(¥/ & 1 * ?Ú�[�31�S]�#4��]��� * �T4�/91>B�� * ����� &0I�(Ü* Ej�A292Ç�[����� * S��61 & Bh�3/71��64/91������ & �v� * 1�4¨-l� &T&6J ���>/ &¥& � * ���h/ & �6¼ I /H<]�A2o�61h�_� * �[��� &TI�( * Et�����8?z�6/7BÊ�h� * E�3272n/71�� *�( /91>B\�64>BÊ� & E * ���#<]�v���h1 * 4Ç�D/91$��5N^n�#¼ I ���:/ * 1 Å>J�ö�`,J �����x1 * 4��q?�/¡���Ò�����( �P+./ (DI�(ë& � * �[�\/913��5)/ & ���Ç� (N*�& ��29/9S��62�� & ��� I ��� I �[�è� &0& /9B�1 ( �61h��E * �Ró J

Page 64: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊóíìÊóà÷Dî���ïz���õ �v�

´ /7B I �[� Å>J ú.° ³ �61Ç� � ( ���0S�/91�B ¥6� w�X[Z �.�[�#4�/o���:/ * 1 &6J ����� � · ¶ �Ï� &0& /7B�1 ( �61h� & E * ��31h�eB3/7<Ê�#1�-�� * �[�6/71e-�� * 4 I ���64 ; � ³  % � �����6-���� & �#1h���64������ & � �31>4l�]�04 * Ey�[� I �[�j�4��#-�/o�����64 * 1_�[���'2¡�#Ee� J �����)-��[�#4�/o���:/ * 1 & -�� * 4 I ���64 ; � ¥�� w�X[Z E * �Ø����/ & -Ç� * �[�6/91\� &�C¼ I �v���x1 * 4���ó[?����[�y���31>S]�647�]��� * �T4�/91>B�� * ���Ç�6/o� & � * �[��/71x4�� & �v�61>4�/91�B * �T4��v� J �����¥�� w�X[Z -����64�/¡���0/ * 1F?�/¡�[�B�����K2 * ?z� & ���[�31�S\�[�l��� ( ����� �Ç�64Ò� ³  % � �ë� &0& /7B�1 ( �61h�?�� & ���6- * ���[�64é� & �P��� I ����/¡� JY 14�[��� & �v� * 1�4e-l� &0& ����� *3& � � · ¶ ��2©� ; �62 & ?�/�����/71±����� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�4w/91>E * � ( � O

�:/ * 1h1����R? * �0S ØÚ�Ú^ � £ 8 ` �34 © ���v�61h�t� * �����ß�]���:/H<]�N���64 1 * 4�� & E * � ( ���Ç� & ���P87( * EdeR^Z]deb�X O�c�im�\KpO�cnde�NK]csX[Z 1 * 4�� & ��?y�����[�

87(��Æ:8 > °¬^9) Û ` §�8¬£:)D§"��(n£;\§ � ^ Å>JÆÅv`

% 272z�[���F1 * 4�� & /71G8�(Ü�]���F- * ���61h�0/©�32 � · ¶ �ý-����64�/¡���:/ * 1 & E * �è�����F¼ I �����p1 * 4��@ó J����� & � * �[�KE * �y�#<]�v���y1 * 4��\/91V8�( / & �T�32¡� I 2o�����#4Ò� & �[��� &0I�(»* E������K?z�6/9B]�W� &)* E.�3272/91Ç�6/94Ç�61h�.�64>BÊ� & E�� *�( �1( J Â����6 ; ���C1 * 4��L/71�8�(����7�'1 * 4��V/91���(��W�31�4xªx^< Û � `���Ç�K?z�6/7BÊ�h� * E=�[���K/91�4 I �v�#45/71W�[�v�[�]���0/ * 1w^- Û � ` §�8 J ���Ç�61

*=?>*)3Ô�^< ` � X ^µªD^@� Û `T` £-�5§"��(n£;\§#87( ÿ ^ Å>J�ö�`

% 272d1 * 4�� & y§v8�(æ�]���7�[�31�S��642���v� * �04�/71�Bé� * �����#/o���[� & -^�v���0/7<]� & � * �[� J �����N1 * 4��/91V87(8?�/¡�[���[������/9B]��� & � & � * �����[�6-Ç�[� & �61h� & ����� ; � & �)-Ç�[�64>/o���0/ * 1a�l� & /¡��/ & ����� ( �P+�O/ ( �32 ( ����� � * Eø�,� * �����q/91�4 I �v�648/91h�������]���:/ * 1 & /71Ò�[��� ; ���aS]B]� *�I 1>4 /91>E * � ( �N�:/ * 11����R? * �TS JY 1tBÊ�#1��v�[�32��L����� ¥�� w�X[Z �329B * �0/¡�[� ( �v�31Ú�A2 &0*_; �54�� Z 1��#4·� & � &0* 2 I �:/ * 1*� *

���Ç� �7K!AÊde�rUp�CByQNJ -�� *�; 2o� ( E�� *3( ����� &0*3I �[����ó2� * � & /71�S�ç)8�(Ë^jÂ��3-�-^����é�A2 J �Cl3g3g ð `,J k * ?z�#<Ê���v�UB�/H<Ê�#1·�[���±� * 1 & �[� I ���:/ * 1 * Eè�[���h?��#/9BÊ�h�[�64 &0I�; B]���3-��ó\² �1�8² �1(y² 8�(�������/ & / & �#¼ I /7<��32o�#1h�x� * ����� ( �P+./ (DI�(Ë&0I�(�* E.�3272�/71��6/74��61h��64>BÊ� & E * �y�x1 * 4���\§#87( J

Page 65: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ ��û

ã�}¿ã�}/. a��n�C�¬ÌU���"���[�T�C�� · ¶ �¨4 *�( �3/91 & ^ � · ¶ �¨<]�v� & / * 1 ð JÆö ñ ` ^ji I �TQ6/91Ý���t�A2 J � ðo¹�¹ ú ` ?����[�r� &0& /7B�1��#4Ý� *�3272{-Ç� * �[�6/91 & �6¼ I �#1��v� & /91�D uFEzX�b�X��YdoM�dnKpX I�& /91�B ³  % � �Ï^ % 2¡� & � � I 2����ß�32 J � ðo¹�¹vº `XJ% 272 � · ¶ �Ï� &0& /9B�1 ( �61h� & ?�/¡���å�A1±�,O¿<��32 I � Q ð g&%&'C?z�v���7���6Bh���04��#44� &C& /7B�1�/ Z �T�31h��31�4\� * 1 & �:/�� I �[�64����Ç��! & � �A1�4l�]�T4 * Ej��� I ���H! * E & ��� I ��� I ���32±4 *�( �3/91 & E * �z�#<]�v���_�Ê�v� & �¶Uü)´�J ����� � · ¶ ��-����64�/¡���:/ * 1 & -Ç� * 4 I �v�#4 ; � ¥�� w�X[Z ?z�v���t���31>S]�64é�]��� * �T4�/91>B�� *���Ç�6/o� & � * ��� Jx% 1 ¥�� w�X[Z -Ç�[�64>/o���0/ * 1h?�� & �[�#Bh�]�T4��644� & � * ���[�����K/7EL���Ç�x-��[�#4�/o�����64� · ¶ �h2©� ; �#23?í� & �32 &0* E *�I 1>4 ; � ³  % � � J ���Ç�z� * �[���v���n-����64�/¡���:/ * 1U?�/¡�[�H�[����2 * ?�� & ����A1�S¥?�� & �[�6- * �����64Ò� & �P��� I ����/¡�q^ & �v� ´ /7B I �[� Å>J ú `,J

�����x-^�v�[���61h� �ABÊ� * E�-�� * ���#/91 & ?�/¡�[�å�\� * ���[������� &T& /7B�1 ( �61h� K]c �31h�8B3/7<Ê�#1!���A1�S�Ü�A1�4*������� I>(DI 2©�N���64�-^�v���v�61h���3BÊ� * E�� * �[���v���$-Ç�[�64>/o���0/ * 1 & ?�/¡�[���[�31�S Q �Ü���[�-�2 * �[�[�648/71 ´ /7B I �[� Å>J f J[% !Æ2¡�T�o<Ê�XO * 1Ç�,O *3I �TO���� & �"! * 1Ý�[���b-����64�/¡���0/7<Ê�P�]�v� I ���]���5?�� &-^�v�TE * � ( �64 &0I � �·�[�l�����[��� ¼ I �v���t1 * 4��`óÁ�31�4·�3272��34 © �]�v�#1W��/71h���v�[�]���0/ * 1 & ?z�v�[��[� ($* <]�64�E�� *3( �[��� ; ���aS]B]� *�I 1>4y/71>E * � ( ���0/ * 1@1����R? * �0S¥-Ç�0/ * �L� * �����Cc�i ³ �64�-����,O4�/¡���:/ * 1�E * �îó JMY 1*���>/ & XGA`O�imUhM�de�]X �v� & ���[���F¼ I �v���p-l���������01*�l�342� * ; � ( ���[� ���64�3Bh�A/91 & �è�[��� ; ���aS]B]� *�I 1>4p/91>E * � ( �N�:/ * 1_/71�4 I ���64�E�� *�( * ���Ç�v���X+.-½���0/ ( �61h���32�4���� ������31é�[���K¼ I �v����-l���[�[�v�T1 JY 1B� * 1h�[��� & �T�>/71\���Ç� deRaO�imUhM�de�]X �v� & ���[���C/71W�[�v�[�]���0/ * 1 & /91>4 I �v�#4�E�� *�( �[���'¼ I �����

-l���������01 ?����[�@2o�,Ee�U/91±�[��� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�4_/91>E * � ( ���:/ * 181����R? * �0S J ����/ & ?��T� Y[( �v�PO&0I �[�64ß���Ç�����v� I ���]��� * E ¥�� w�X[Z /91r�[�XOR/74��61h�:/HEe�]/91�BU/71W�[�v�[�]���0/ * 1x-l�N�[�����01 & �[�l���"?z�v�[��32¡�[�T�A4Ç���X+>-^�v�T/ ( �61h� �A292¡� *�;�& �v�r<Ê�64 J´ /91��3292��Ê��������-�� *�; � ; /929/���� * E½�]�[�T/7<]/91�B����Ø�t� * ���[������-����64�/¡���:/ * 1 ; �P� �l�A1��v� I�& /91�B

¥�� w�X[Z ?í� &)( �T� &TI �[�#4 J�´* �y�#<]�v���5¼ I �����y-�� * ���#/91uóß�[���\1 I>(D; ��� * Ed/91h�[�v�������:/71�B-l�]���:1���� & ��^ * �è�[����4��#BÊ�[��� * E�ó ` ?í� & �v�32o� I 2©�N���64 J �����61�� & ��� * E��Á�[�31�4 *�( 2¡�� � *�& �61e-Ç� * �[�6/91 & ?�� & BÊ�61��������[�64 J � I�;�& �6¼ I �#1W�02¡�]� � · ¶ �s-��[�#4�/o���:/ * 1 & ?�/¡��� ¥�� èw�X[Z �����A1�S�/91�BÒ�31�4 ; �#1�� � ( �]�0S�/91>B5?z�v�[�$-½���TE * � ( �#4 * 1f�[��/ & ���31>4 *�( /9Qv�#4 & ���P� &4�� & �v�T/ ; �64Ò� ;¬* <]� J

ñ�¬]\ ^ÏóCõ�¯`_#�"õ�����¥<]�v���wEn�]�����[�l���D/��b/ & �N�r�3272{- *�&T& / ; 2o�ß� * -Ç�[�64>/o��� & �[� I ��� I �[�32V2o� ; �#2 &\&0I ���v� &0& OE I 272¡� ; � & �64 * 1 &0* 2o�62��M/91h�������]���:/ * 1�-l�N�[�����01 & / & -�� *3; � ; 2��±����� ($*�& �b1 * ���,? * �����h��[� &0I 2�� Jô¥�� w�X[Z �X+>->2 * /�� & ����� & -^�v�#/ Z �#/¡��� * E|�[��� & ��� I ��� I �[�XO¿E I 1Ç���:/ * 1!���62©�N�:/ * 1 & ��/7-/91è�����VE * � (Ä* El������1 * 1.O��[�31�4 *3( 4>/ & �[�0/ ;�I �:/ * 1 * E±/71h���v�[�]���0/ * 1 &m; ���R?z�v�61 & �[� I ��� I �[�324 *�( �3/71 &6J ����� ( ����� * 48? * �TS & /71!�����ß� ;>& �61Ç�v� * Ez�31h� & �6¼ I �61Ç�v� & / ( /92o�]�0/������31�4-�� * 4 I �v� & �]��� I �[����� & �[� I ��� I ����� &0& /7B�1 ( �61h� &#J

Page 66: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ �v�

ã�}/.)}T~ �Ö�z���C��"�H�% Ee�[�v�C-Ç� * <]/94�/71�B\���Ç� Z � & � } �^b�QYQsS7QsSx�^bVdeRaO�dq�^ioXl} �[�l���U/71h���v�[�]���0/ * 18-l���[�[�v�T1 & � *3I 294; � I�& �#4 E * �)E * 274±� &T& /9B31 ( �#1h�N^jÂ��3-�-^�P�����32 J �zlAg�g ð ` � Y ?�� & � ; 2¡�è� * / ( -Ç� * <Ê�H�����-����64�/¡���:/H<Ê�B���v� I ���]��� & /7B�1�/ Z �T�31h�02¡� J ����� ( �3/91w4�/7G½�v���61���� ; ���R?����61æ�����\� I ���[�61h�<Ê��� & / * 1å�31>4Ý�����è�[� &0I 2�� & ���6- * ���[�64h/71�/¡�0/©�3272¡�$29/o� & /71Ý���Ç�q?��Y�é���Ç� ; �]�aS�BÊ� *�I 1�4 /71.OE * � ( ���0/ * 1x?�� & � * 1 & ��� I �����#4 J�Y 1 & �[�T�34 * E I�& /71�BP� & ���31�4l�]�T4¥?z�6/9B]�W� * E ð E * �z�,<Ê�����/91>4 I �v�#4Ú�64>BÊ�]�í�[���Ý�#4�BÊ� & ?����[�8?z�6/7BÊ�h���#4Ü�]�v� * �04>/91�Bf� * �[���é�[�62o���:/H<Ê� & �#¼ I �61����2o�#1�B]�[� * E�������� &0& /7B�1��#4p4 *�( �3/91 & ^ & �v� � �����:/ * 1�l JÆÅv`,J ����/ & ?��Y��2o� &0& 1 * / & �¥?�� &/91h�[� * 4 I �v�#4 /91h� * �����x1����R? * �0S!���6-���� & �#1h�:/91>B��[��� ; ���aS]B]� *�I 1>4_/71>E * � ( ���0/ * 1 J ������ I �[�[�#1h�Ø�]�v� I �����6/o� &d* E � · ¶ �mOR-Ç�[�64>/o���0/ * 1 & -�� * 4 I �v�64 ; � ¥�� w�X[Z ���[� &TI�(N( �]�T/9Q��64/91 ´ /9B I ��� Å>J f J�¥6� w�X[Z -�� * 4 I ��� & �C29/ & � * E¬-��[�#4�/o���:/ * 1 & ?y��/¡� �\�]���í���A1�S]�#4\�]��� * �T4.O/91>B�� * �����#/o� & � * �[� J �����L-����64�/¡���:/ * 1q?�/������[�����>/9BÊ��� & � & � * �[�L/ & ���Ç� * 1�� ($*3& �d27/9S��62¡�� *x; �t� * �[�[����� J�´* �L�����t�,<��32 I �N�:/ * 1 * E������U-^�v�rE * � ( �31���� Y 4�/ & �:/91>B I / & �\�R? * �v� & � & °÷ Y 1��[��� XGA`O�imUhM�de�]X �T� & �����Ç�V/91h�[�v�������:/ * 1 & /91�4 I �v�#4 ; �H�[���L¼ I �����q-l���[�[�v�T1q?z�v�[���� (N* <]�64xE�� *3( �[��� ; ���aS]B]� *�I 1>4N/71>E * � ( ���0/ * 1 J k��v�������Ç��¼ I �v���b-l�������v�T1r�l�34� *N; � ( �N��� ���#4Ý�3BÊ�3/91 & ��/91h�[�v�������:/ * 1 & /71�4 I ���64�E�� *�(Ë* ��������-�� * �[�6/71 &6J�´ � *3(� & � & ��� ( ���0/o�U<]/o�#?�- * /71W�v�Ç���>/ & 2o�v�o<Ê�,O * 1��XO *�I �rO��[� & ��/ &�($* �[�t� * 1 & / & ���#1h�[?�/�����[��� * �T/9B�/71l�32.�31��32¡� & / & ?y�����[�B� ;±*�I � ðDo * Eí�[����/91h�[�v�������:/ * 1�4���� �5?�� &D& ���� & /94���� & �P�[� & �rO & ��� J

÷ Y 1!�[��� deRaO�imUhM�de�]X �v� & �P�[���b4���� �¥/71�4 I ���64 ; �Ý�[���b/71h���v�[�]���0/ * 1 &'I�& �64M/91é�����¼ I �����@?����[�)2o�#Ee�{/71_���Ç� ; ���aS]B]� *�I 1>4�4l����� J k��#1��v�x����/ & �31l�32�� & / &{& � * ? & � * ?�]��� I �[�����#2¡�4�5-����[�[�v�01�/ & ���,O¿/94��#1W�0/ Z �#4 ; � ¥6� w�X[Z J ���������,OR/74��61h�0/ Z �v���:/ * 1?�/7292 ; � * E ($* �[�d-��[�]���0/o�v�32�/91h�[�v�[� & ��� & �[���Ø�o<]�A/92©� ; 2o�n/91h�������]���:/ * 1U/91>E * � ( �N�:/ * 1?�/7292 ; �v� *�( � (N* ���t� *�( -��[�����61 & /7<]� * <]�v�y�:/ ( � J

%';¬*�I ��ú3g o * E_�[���æ��/9B]��� & �4�[�31�S�/91>BÏ� &0& /7B�1 ( �61h� & -�� * 4 I �v�#4 ; �uc{i ³ �#4( ����� �å�31!� &0& /9B�1 ( �61h�CE�� *�(ϳ  % � �u/91Ò����� XGA`O�imUhM�de�]X �v� & � JKY 1��62 I 4�/91>BB�3292�-����,O4�/¡���:/ * 1 &�I -Ý� * �[�31�S5ú`�^�_� * �[���v����� &0& /9B�1 ( �#1W�[?�� & E *�I 1�48E * ��� ;¬*�I � ñ g o * E=�����¼ I �v����-�� * ���#/91 &#J · *�( -l�]�[�#4\� * l�ú O Å g o * 1B���A1�S ð �31�4 övÅ o I -�� * ���A1�S$úqE *�I 1�4� *F; �P� * �[���v���K/71�^jÂ��3-�-^�P�����32 J ��l3g3g ð ` �^������� I ���[�61h�K<Ê��� & / * 1M/ & �32 (N*�& ���R?�/o���ß� &�]��� I �[����� JY 1Á���Ç� deRaO�imUhM�de�]X �v� & �7�����\�]�v� I �������_/91����[�v� & � & � *5* <Ê�v� º ú o ���è���31>S ð �31�4

� ;¬*�I � ¹ ú o ���.���A1�SDú J ����/ &d( �v�31 & �[�l��� d S �[���L¼ I �v���D-l�N�[�����01@/ & �o<]�A/92©� ; 2o��/91è�����4l����� ; � & �r�����#1f�[���ß� * ���[�v��� & ��� I ��� I ���A2{2o� ; �62m/ & <Ê�����M29/7S]�#2¡�!���,O¿/94��#1W�0/ Z �#4 ?�/¡���>/91���Ç��� * -5ú@-Ç�[�64>/o���0/ * 1 &6J

Page 67: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ �vÇ

´ /7B I �[� Å>J f>° % �v� I ���]�#/o� &'* E � · ¶ �mOR-����64�/¡���0/ * 1 & -�� * 4 I ���64 ; � ¥�� w�X[Z J �����b-½���rO�v�#1h� �3BÊ� * E ¥�� w�X[Z -��[�#4�/o���:/ * 1 &C( ����� �>/91�BB� & ��� I ��� I �[�7� &T& /9B31 ( �#1h� ; � ³  % � �/ & -�2 * �[���#4 * <Ê���������Ò���31>S * E������h-Ç�[�64>/o���0/ * 1 J�¶ 1<�[���h2o�,Ee�_�[���h-^�v���v�61h���3BÊ� * E� * �[�[�����)-��[�#4�/o���:/ * 1 & K]c �31h�5B3/7<Ê�#1Ý�[�31�SF/ &�& � * ?�1 J)¶ 1é�����H�0/7BÊ�h�y�����H� I�(bI 2©���[�64-^�v�[���61h� �ABÊ� * E��3272a� * �[���v���)-����64�/¡���:/ * 1 & ?�/��������31>S Q �h/ & -�2 * �����#4 JY 1Ý�[��� XGA`O�imUhM�de�]X �T� & �����Ç�b¼ I �v���y-l���[�[�v�T18?í� & �[� ($* <]�64hE�� *3( �����q4l��� �N-��0/ * ��� *-����64�/¡���:/ * 1 J ���Ç�H� I �T<]� ( �]�TS]�#4 deRaO�imUhM�de�]X & � * ? & �[���H�]�v� I ��������/71��[�,O¿/94��#1h�:/7Ee�]/71�B���Ç�N¼ I ����� -����[�[�v�01_/91!�[���@4l����� J ����� b�K]R^ZpQN� � I �T<]� & � * ? & �[���x-�� *3; � ; /729/¡��� * E�]���0/7<]/71�BP���í��� * �[�[������-Ç�[�64>/o���0/ * 1 ; �_� �l�31Ç�v� I�& /91�Bß���[�31�4 *3( 2��@BÊ�61��������[�64F¼ I �����-l���������01y/91 ¥�� w�X[Z J

Page 68: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊó YWó�ù�îhõlö[Z��=õ ��É

ã�}/.)}R| ()�r���C���¢Ò ���dÒ¤�s�V���>� f��m����Y 1 * �T4��v��� * � & �:/ ( ���[�L�[��� & /9B�1l�A2HO�� * OR1 * / & �������0/ *[* E��[��� ¥�� w�X[Z � · ¶ � -��[�#4�/o���:/ * 1 &Y �3->-�29/¡�64ß����� & � ( �)-Ç�0/91Ç�6/9->2o��� * ���31�4 *�( ¼ I �v���¥-l�N�[�����01 &#J ����� & �����A1�4 *�( ¼ I �����-l���������01 & ?z�v���UBÊ�61��������[�64 ; �����6-�2o�]�6/71�B����Ç�C/91h�������]���:/ * 1�-l�]���:1���� & /71������ * �0/9B3/91l�324l����� ; �ß�[�31�4 *3( 2���� � *3& �61$-�� * ���6/71 &6Jm%'& ������1 I�(D; �v� * E±/91h�[�v�������:/ * 1@-l�]���:1���� & E * ��#<]�v���¥1 * 4��[/917�����[1����R? * �TS & � �T�Ê�#4������ & � ( �]�W���Ç� & �����:/ & �0/o�T�A24�/ & ���0/ ;�I �0/ * 1 * E½�����* �T/9B�/71l�32¬/91h�������]���:/ * 1y4���� �D?�� & S]�6-`� Jm /¡�[���[��� & �Ý���A1�4 *�( 1Ç�6/9B]� ;¬* � & � & �[���5¼ I ������-l���������01éE * �öóp�í�M-����64�/¡���:/ * 1

?�� & BÊ�#1��v�[�����#4 J � I�;>& �6¼ I �#1h�:2¡�]�.�����$-��[�#4�/o�����64 � · ¶ �u2©� ; �#2 & ?����[�B�[�31�S]�#4æ�31�4� *3( -l���[�64h?�/����!�[���DS�1 * ?�1 ³  % � �ï� &0& /9B�1 ( �61h� & E * � ó J\´ /9B I �[� Å.J f & � * ? & �����-�� *�; � ; /729/���� * E��[���[�0/¡�#<]/91�Bà�æ� * ���[�v��� & ��� I ��� I ���32\2©� ; �#2 I�& /71�B<�����31>4 *�( ¼ I �����-l���������01 & ���Y� & ?��#292 ; �62 * ?«g J ú o * 1å���31�S ð J kx�61����_�B� * 1 & ���T<����0/7<Ê�ß� & �:/ ( �N��� * E���Ç� & /9B�1��32HO�� * O¿1 * / & ���[���:/ *x* E ¥�� w�X[Z ? *�I 294 ; �H� ;¬*�I � ð g3g>° ð Jã�}/.)}¿ã �e���ë�C�"���r�.�V� åê�R��ÌJI6KML"�ONÉ�QPSR��&}òyHyUTl{ULD}VN!L*TXWk * ? (DI � �h-��[�#4�/o���:/H<Ê�b- * ?����'/ & Bh�A/91��#4 ; �Ò�[��� ¥�� w�X[Z -��T/91��#/9-�2¡�K/91Ý�X+.-�2 * /��:/71�B���Ç�\1Ç���R? * �0S�� * - * 2 * B]�_� *3( -l���[�64�� * �[��� ~]U`deimcµè�gv�Aè�KNM MYQYO�dnK]cnd�QNR -��T/91��#/9-�2¡�K­´* ����� *3( -l���0/ &T* 1 * Ej���Ç����� & -^�v���:/H<Ê�C-^�v�rE * � ( �31���� * E ;±* ��� ( ���[� * 4 &�Y / ( -�2o�XO

( �61h���#4ß�[���VY 4 ��� & �)^�� & 4Ç� & ���0/ ; �#4N/71y^jk[/ & �>/9Bh�3S�/p���L�32 J �vl3g�g ð `T`,J �����61N-����64�/¡���:/ * 1* E &0I�; �v�#292 I 2©�]�U2 * �v�329/7QT���0/ * 1yE * ���3272d/91h�������]���:/71�BF-�� * ���6/71 & ?í� & -^�v�rE * � ( �64j� ; � & �64* 1�4l�N� ��-�� * <./74��64 ; �s^<Z I�( �]�\�����32 J �[l3g�g�l `,J i��Ú�[�,E��v���61����,OR/ ( ->2o� ( �61h�����:/ * 1* Ex����� ð wòñ -��T/91��#/9-�2¡�B�]� ��/¡�#<]�64 * <]�v� º g o �]��� I �[�]���pE * � &0I�; �v�#292 I 2©�]�D2 * �v�329/7QT�PO�:/ * 1 J ���>/ & �[� &TI 2¡� ( �N��� ��� & �[���¥-^�v�rE * � ( �31���� * E ð wòñ 4�� & �v�0/ ; �#4 ; �wk)/ & ��/9BÊ�3S�/�31�4ì� * O¿? * �0S��v� & ^µk)/ & ��/9BÊ�3S�/����f�A2 J �xl3g�g ð ` �31�4 &0I B�BÊ� & � & �������±�����æ���#E��v���61����,O/ ( -�2¡� ( �61h� ���0/ * 1p? * �0S��64Ó� * ���[�����:2�� J k * ?��,<Ê�v������-Ç�[�64>/o���0/7<]�±�]�v� I ������� * E * <]�v�º g o ?í� & ���T�]� ���#45?y���#1Ý� I�(DI 2o���:/71�BP������� * �[���v���[-����64�/¡���0/ * 1 &�I -é� * �[�31�S º ^ & �v�´ /7B I �[� Å>J º `,J ����/ & - I � & ���Ç�V-^�v�TE * � ( �31��v� * E ¸K³V% /91h� * -^�v� & -^�v���:/7<]�3° * 1�2¡�ql3lx�T�N�TO�6B * �0/¡� & ?z�v��� I>& �64@/71P����� & � I 4`� ; �xk)/ & ��/7Bh�3S�/��A1�4r� * O¢? * �0S]��� & ��?y�>/92o�z�����L4���� � & ���I�& �64r�����[��?�� & �,<Ê�#1r�[�64 I �v�#4P� * ¹ 4�/ & �:/91Ç���=�T���[�6B * �T/o� &n* E &TI�; �v�6272 I 2o�]��2 * �T�327/9Qv���:/ * 1 J% �����>/ & - * /91h��/���/ & 1 * ���#? * �����h�B���l�N� ;±* �[�B����� ð wòñ �A1�4 ¥6� w�X[Z ( ����� * 4B�l�o<Ê�� * � � *]*�& ��� ($* 1>B��[� *�I�& �31�4 &�* E � · ¶ �e2©� ; �#2 & ?y���#1\�A-�-�29/¡�64r� * E * 274ß� &0& /9B�1 ( �#1W� J�������[�,E��v���61����,OR/ ( ->2o� ( �61h�����:/ * 1 * E ð wòñ ?�� & �����#1é�3-�-�27/o�64�� * �����U-����64�/¡���0/ * 1 * E� · ¶ �«2©� ; �#2 &6J �����Ò�[� &TI 2¡� & ���[� &0I�(N( �]�0/7Qv�64�/91 ´ /7B I �[� Å.J º J  *.* S�/71�Bf���ß�������/7BÊ��� & �P�[�31�S�/91�By-����64�/¡���:/ * 1 & � ¥�� w�X[Z / & ð gé�0/ ( � &\($* ���\���v� I �����[�_�����31 ð wòñ Ji *�& �Ø�61�� *�I �[�3B�/91>B�� ¥�� w�X[Z / &m(N* �[�í�]�v� I �����[��/91 � · ¶ �4� &0& /9B�1 ( �#1W� & �����31 ð wòñ/ &)* 1Ý�[���b-����64�/¡���0/ * 1 * E &0I�; O��v�#292 I 2©�]��2 * �v�329/7QT���0/ * 1j���32¡�[� *�I BÊ� � · ¶ �Ï� &0& /7B�1 ( �61h�

Page 69: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊó��Êó4õWøL÷\[~Z�î][aù�î����Þ �{�����õ ���

� ?�/ &0& -�� * � Y�À 2¡�61�B]�[� �,O¿<��32 I � � · ¶ �ê2©� ; �#2 4�� & �v�T/9-Ç�0/ * 1ø cdùUf ø c % � � ¹ Å ð Ô %_^ l JÆÅ f J ð J ð � È ü È��ø k m ð ø c % � � f Å º g J ú ð J ðÊðÊð �329-Ç�l�POs�A29-��l� &0I -^�v�����627/H+ø c � l ø c % � � ð l3ú ð g�g Å>JÆÅ l J ð �mOR2 *]* -B� * 1h� �3/71�/91�B@Èx�y�Ú�h�.4Ç� * 2o� & � &� %C´ ð ø c % � � ö�ö ú O ð J�ö�J ú J ð ú J ð À È % O ; /71�4�/91>Bx4 *�( �3/91¥E�� *�( �[�3- Å g� c ÀCö ø c % � � ð g3fvú O Å>J ð º ú��o< * 4 * +./91.O¿29/9S��ø È Y f ø c % � � ð g�l O Å>J ú3f J ð J ð J ð Å -�� *�& -�� * �T/ ;¬*�& �]2������A1 & E������ & �ø ¸\Å3Å ø c % � � l º ú O l J ú�l J ð J l ($* 2¡� ; 4Ç�61 I�( � * En�]��� * � ; / *�& �]1h����� & / &ø k[ù ð ø c % � � f Å g O Å>JÆÅ l J ð J ð Å>JÞÅ �mOR2 *]* -B� * 1h� �3/71�/91�B@Èx�y�Ú�h�.4Ç� * 2o� & ��=� ; 2o� Å.J ð ° ´�* 294 %'&T& /7B�1 ( �61h���Ø���64�/¡���0/ * 1 & E * ��kx�]- * �������:/o�v�32 ø �v� & ���.� * �[�6/91 &6J´* �z�qE��#? & �#2o�������#4B�h�.- * �[�����0/o�T�A2±-�� * ���#/91 * 1\���Ç�C2o�,Ee�z�[��� � · ¶ ��-��[�#4�/o���:/ * 1¥-�� * O4 I ���64 ; � ¥�� w ¥ Z / &"& � * ?�1 * 1ß�����y�T/9BÊ�h� JmY E��31h� & / ( /72©�]�T/¡��� * E½�����y�h�]- * �������:/o�v�32-�� * ���#/91à� * � ( � (D; ��� * E������54�� & /9B�1������#4 � · ¶ � �#2©� &T& / Z �T���0/ * 1�?�� & E *�I 1�4 ; �³  % � �t�a������� * ���[� & - * 1�4�/91>B��,O¢<]�A2 I �q/ & 27/ & �[�64 J ����/ & ��� ; 2¡�q?�� & � *3( - I ���64h?�/�������Ç� Z � & �[/ ( -�2¡� ( �61h� �N�:/ * 1 * E ¥6� w�X[Z ^jÂ��3-�-^�������32 J ��l3g�g ð `XJ

/ &�I 1�4 *�I�; ���64>2¡��� (DI � �é�l�]�T4��v��-�� *�; 2o� (5J´ � *�( �[���K4l����� & � * ?�18/91w^µk)/ & ��/9BÊ�3S�/j�����32 J ��lAg�g ð `VY � & �0/ ( �������[��� & /9B31l�32HO�� * O

1 * / & �H�����0/ *N* E ð wøñ � *¥; �q/71é�[�����[�31�BÊ�KE�� *�(»Å ° ð ^ &0I>; ���6292 I 2©����2 * �T�327/9QT�N�:/ * 1 `{I -� * ð l.° ð ^n���6292 I 2©���x� * 2o� `,JCY 1 &TI�(N( �]���Ê� ;±* ���±�]��� I �[�]���!�31�4 & /9B�1l�A2HO�� * OR1 * / & �t�����0/ */91Ç�v�[�v� & ��� ;±*�I �����#1.O¿E * 294 ; � I>& /91>BP�����C/71>E * � ( ���0/ * 1@E�� *3( 1����R? * �0S & � * - * 2 * B]�xE * �-����64�/¡���:/ * 1 &#J

ñ�¬?� ®B²�° ``_6ó a&³�óC� !o���d!6�N� õ%s& � ( -�2¡� * E=� &T& /9B31 ( �#1h� &�*�; ���3/91��#4�E * �í�h�]- * �������:/o�v�32j�Ê�v� & �[-�� * ���#/91 & ���[� & � * ?�1/91å�=� ; 2¡� Å.J ð J ø c"ùCf ø c % � � ( ����� ��� & �[��� & �#¼ I �61����\� * 1 & ���T<����:/ * 1_-l���[�[�v�T1 * E� È ü È�� & ^ &T( �3272C1 I �62¡�T�]�é�0/ ;±* 1 I �62o� * -�� * ���#/91 &:` �A1�4Ã/ & �#2o�v�]�02��·�à��� (N* ��� En� ( O/92�� ( � (D; �v� J ø k m ð ø c % � �,��� & ?z�T�AS & �6¼ I �#1��v� & / ( /92o�]�0/��:/¡� & � * ���W� *3& S]�#2o��� �32� &T& � (b; 2¡�ê-�� * �[�6/71 & ���31�4 & �[� I ��� I �[�32C-�� * ���#/91 & �]�[� * Ee�[�61Ü���#29/¡�T�32 &0* ���Ç�å�329-����PO�327-��l� &0I -^�v�����627/H+�E * 294æ� &T& /7B�1 ( �61h�N/ & 1 * �7�A1 I 1Ç�[�T� &0* 1l� ; 2o�F-����64�/¡���0/ * 1 J�³�* ���ø c � l ø c % � �Î�A1�4 ø k[ù ð ø c % � �&��/¡�����Ç�\�mOR2 *.* - &0I -^�v�rEn� ( /72¡�]� ;>I ���������[�N/ &1 * /74��61h�0/ Z � ; 2o� & �6¼ I �#1��v� & / ( /92©���0/¡���4� *e&TI -�- * ���B�wE * 294é-��[�#4�/o���:/ * 1 J �����!� �]��OBÊ��� � · ¶ �ï�62o� &0& / & �32 &T* �,+p�[�[� ( �62��e2o�]�0BÊ��� &0* ����/ & ��/�� ( �T� ; � & - I �T/ *�I�&#J ������ &T& /9B31 ( �#1h� * Eí� %C´ ð ø c % � �ý/ & �F- *�&0& / ; 2¡�x4�/ & � * <Ê�����Ê��?y��/¡� �w/ &U&0I -�- * �����64 ; �E I 1����:/ * 1l�32 & / ( /92©���0/¡�0/o� &6J � %'´ ð ø c % � � / & /71�< * 27<]�64e/71f�[���31 & �v�T/9-Ç�0/ * 1��32��[�#B I 2o�PO

Page 70: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊó��Êó4õWøL÷\[~Z�î][aù�î����Þ �{�����õ �vð

´ /7B I �[� Å>J º °n· *�( -��]�0/ &0* 1 * E ¥6� w�X[Z ?�/���� ~]Updeimcjè�gv�Pè�KNM MYQYO�dnK]cnd�QNR kx�v�[�í�[���L-^�v���v�61h�* EØ� * �[���v���C-��[�#4�/o���:/ * 1 &'( �34�� ; � ;±* ��� ( ���[� * 4 & / & -�2 * �����#4 * <Ê�v�������P�[�31�S J �����-^�v�TE * � ( �31��v� * E ¥�� w�X[Z /91 ;¬* ���å����� deRaO�imUhM�de�]X �31�4 XGA`O�imUWM�de�]X �v� & �_�]�[� & � * ?�1E * �����#E��v���61�����^ & ��� ´ /7B I ��� Å>J f J `Y 1t-����64�/¡���0/91�B &0I�; O��v�#292 I 2©�]�x2 * �v�329/7QT���0/ * 1Ö^ ¸\³�% ° � ·L ` �.����� ~]U`deimcµè�gv�Pè�KNM MYQYO�dnK]c�d�QNR�[�,E��v���61����,OR/ ( ->2o� ( �61h�����:/ * 1r�[�v�]� ��� &�* <Ê�v� º g o ���v� I ���]��� * 1�2¡� * 1_�[�31�S & ù¨f J �����4l����� & ��� I>& �64_?í� & �[�#4 I ���644� * 2¡� &0& �[�l�31�1>/91��ß�T�N���6B * �0/¡� & E * � &0I�; �v�#292 I 2©�]�U2 * �v�32HO/9Qv���:/ * 1f� * 1h� �A/91�/71�B & /9B�1>/ Z �v�31h�b1 I�(D; �v� &b* EL/91h�������]���:/ * 1 & �=���61����\���Ç� ( �P+./ (DI�(���A1�S������[�K/ &�& �#<Ê�#1 J�����4�3-�-�27/o�v���:/ * 1 * E ð wòñ � * ���Ç�_-Ç�[�64>/o���0/ * 1 * E � · ¶ � 2©� ; �#2 & ^ ¸\³V% ° � · ¶ � `�[�v�]� ��� & � ;¬*�I �bú o � * �[���v���b-����64�/¡���0/ * 1 & ���H�[�31�S ð �31�4 ð Å o ���H�[�31�SMú J k��#1��v�¥�� w�X[Z *�I �0-½���TE * � ($& ð wòñ � ;¬*�I �����#1.O¿E * 294 J

Page 71: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊó��Êó��{�õ> jöjõWõ���� �=$

�:/ * 1j�Ç�31�4B����� � · ¶ �à� &0& /9B�1 ( �61h��/ & � * � À È % O ; /71�4�/91>BD4 *�( �3/91¥/91����Ç�ö!í?�/91>BÊ�64���#29/H+~! &TI -^�v�TEn� ( /72¡� J

ñ�¬7§ �Ñ!oõd�x¯ õdõd!6�N������ ¥�� w�X[Z -��T/91��#/9-�2¡�z���6-���� & �#1h� & �'1 * <Ê�#2>E���� ( �,? * �TSUE * �nE * 274P� &T& /7B�1 ( �61h� ; � & �64* 1ß� (b; �#4�4�/91>B\/71h���v�[�]���0/ * 1x-����[�[�v�01 & /71h� * � ; �]�aS�BÊ� *3I 1�4N/91>E * � ( �N�:/ * 1b1����R? * �TS J{Y/ ( -�2¡� ( �61h���#4è���Ç�y�329B * �0/¡�[� (�I�& /91�B�� & ��� * E¬-�� * �[�6/71.OR-�� * ���#/91q/91h�������]���:/ * 1 & 4����0/H<Ê�64E�� *3(sÀCY ��^âù��61l�]�T/ *�& ���|�A2 J �3lAg�g�g ` �31�4��Ê�v� & �rO��R? * O��h� ; �T/94P�X+>-^�v�T/ ( �61h� & ^ Y � * �����A2 J �l3g�g ðï ¾ ���0Q������32 J �±l3g�g�g `�( �3-�-^�64é� * �[��� � ��� I ��� I ���32m·V2©� &T& / Z �T���0/ * 1 * EØ�.� * ���6/71 &^ � · ¶ � ` ^¢i I �0Q#/91é�����32 J � ðo¹�¹ ú `XJ�����!�A4><��31h� �3BÊ� * E��[��� ( ����� * 4ê4�� & ���0/ ; �64<���v���8/ & �[���!� ; /929/����4� * -�� * 4 I �v�

� &T& /9B31 ( �#1h� & E * ��-�� * �[�6/71 & ?y���v��� ³  % � �Ú� *�I 294N1 * ��4����[�v�����31h�7�62¡�T�]�Ø� *�(N* 2 * B]� JY �ß�,+p�[�61�4 & E * 274æ� &0& /9B�1 ( �61h�r� * -Ç� * �[�6/91 &x; ��� * 1�4������B� I �[���61h�$29/ ( /¡� * E�� *�(N* 2áO* B]� ; � & �64 ( ����� * 4 &6J � /91���� ¥6� w�X[Z �[�627/o� &L* 1�� * 1h�[�,+p�TO¿/91>E * � ( �N�:/ * 1������[���v�í�[�l�31� *�(N* 2 * B]�Ê������/ & �3-�-Ç� * �]� �æ�v�31 ; �B� ���]���]�������0/9Q��64�� & �h1 * 1.O�� *�($* 2 * B]� ( ���[� * 4 Jk *3($* 2 * B]�N/ &V* 1�2¡�¥1��v�#4��64�� * 4�������� ( /91��C?y�����[�t���Ç�U/91h�������]���:/ * 1F-l�]���01��v� &�* E������¼ I �v���h-�� * ���#/91å�]���b2 * �v�����#48?�/¡�[��/91Ý�[��� * <Ê�����3272n1����R? * �0S�� ;�I �U1 * �CE * ���[���D¼ I �����-�� * ���#/91@/¡� & �62HE J ����� * 1�2��x/91.E * � ( ���:/ * 1����6¼ I /¡�[�64$/ & �[���)/71h���v�[�]���0/ * 1@-l�N�[�����01 * E^�����¼ I �v����-�� * ���6/71 J¥�� w�X[Z *�I �0-½���TE * � ($& �����B�X+./ & �0/91�B ~]Updeimcµè�gv�Aè�KNM MYQYO�dnK]cnd�QNR -Ç�0/91Ç�6/9->2o�_�[�61.O¢E * 294 J

¶C; <./ *�I�& 2¡�Ê�����v� I �����[�DE * 294å� &T& /7B�1 ( �61h� & �]���x-�� * 4 I ���64_/91!�[���DEn�]�v� * EV1 * / & �!�31�4/91Ç� *�( -�2o�����y4l����� J È * � * 1�2¡�*�[���±�o<��3/92o� ; 2o�F/71h���v�[�]���0/ * 1é4l�����w/ &$& �0/9292�En�]�@E�� *3(� *3( -�2¡���[���31�4�1 * �x-½���TE������:2��2���v� I �����[�_^ & ���y·��l�3-Ç�[�v� ð `XJ Y 1��34�4�/��:/ * 1j�m4�� & -�/�������Ç� * 1�B * /71�B & �[� I ��� I �[�32BÊ�#1 *�( /o� & -�� *P© ����� & �]1 * �Ø�3272>-�� * ���#/91 & ���=<]�����627/©� ; 2¡� & ��� I �,O� I ���32=� &0& /9B�1 ( �#1W� &6J[%'& �\�[� &0I 2��T������� ; �]�aS�BÊ� *3I 1�4 /91.E * � ( ���:/ * 1F1����R? * �TS8/ & � * 1.O& �#¼ I �61h�:2��¥E��[� I BÊ�h�{?�/¡���¥1 * / & �]�`�31�4\�[��� ( �3-�-�/71�B * Ez/91h�[�v�������:/ * 1¥-����[�[�v�01 & � * �����1����R? * �TS�/ & -l�]���:/©�A2 ($*3& � * E|�[�����:/ ( � J k * ?z�#<]�v���½���Ç� & �q-�� *3; 2o� ($& ?�/9272 ; � * En2o� &0&& /7B�1�/ Z �T�31Ç�v�z� &n(N* ����/71W�[�v�[�]���0/ * 1\/91>E * � ( ���:/ * 1��31�4 ($* ����-�� * �[�6/71 &n& ��� I ��� I �[� & ?�/9272; �v� *3( �H�o<��3/92o� ; 2o� JÀ � & -�/¡�[�y�[��� & � * ����� *�( /91�B &"* E½�[���x�=<��3/72©� ; 2o�L4l�N� �Ç�Ê�[���x�3-�-�27/o�T�N�:/ * 1�� * E * 294ß� & O

& /7B�1 ( �61h� & �v� ($& � *D*�I �0-½���TE * � (�& �6¼ I �#1��v� ; � & �64 ( ���[� * 4 & ^n� *�( -l�]�[�D^¢iÒ� ¸KI W$1�����32 J ��l3g�g ð `T`�;>I �C/ &'& �0/9272z2©�]�aS�/91>B��\�T/9B * � *�I�&[& �����:/ & �:/¡�T�32 (N* 4Ç�62�� * �,<��32 I �N���������-����64�/¡���:/ * 1 &�( �34�� J ����� & � * �0/71�BNE I 1����0/ * 1y/ & ¼ I /¡�[� & / ( -�2¡���31�4 & ���[�3/9B]�W�TE * �T?��]�T4j��31�44�������[��/ &q& �:/9272Ø� *]*�( � * / ( -Ç� * <Ê�7�����\� &0& /9B�1 ( �61h�b-�� * �v�#4 I �[� ; �w/ ( -�� * <]/71�B���Ç� & � * �T/91�BxE I 1Ç���:/ * 1 J� * En�]�L�������[�C/ & 1 *D* �������L-��[�#4�/o���:/ * 1 ( ���[� * 4��=<��3/72©� ; 2o�����l�N� I�& � & /91h�[�v�������:/ * 1

Page 72: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ìÊócbÊófø� ¡ n��|¢�Z�î��l£|÷Dî����=õ �=1

/91.E * � ( ���:/ * 1'E * ��E * 294�� &T& /9B31 ( �#1h�T���32¡�[� *�I BÊ�KBÊ�#1���1��6/7BÊ� ;±* �[� *]* 4 & �l�o<Ê� ; ���61 I>& �64� * � &T& /9B31ME I 1����0/ * 1ê^jk I �]1��61j� � 1��#2Ø���è�32 J l3g3g�g `,J i * �[�ß�[���v�#1W�02¡�]���31f�3-�-Ç� * �]� �& / ( /72©�]��� *«¥�� w�X[Z ��� &L; �v�61F4Ç� & ���0/ ; �#4j� I�& /91�BD/71h���v�[�]���0/ * 1$4l�����b?�/¡���_�����Ki Y � �E I 1����:/ * 1l�32��#2©� &T& / Z �T���0/ * 1�^�÷L�3Q6¼ I �#Q_���è�32 J ��l3g�g Å�`,Jx% 2���� *3I BÊ�f�F4�/7G½�v���61h�H�62©� &0& /áOZ �v���:/ * 1 & � ��� ( �D/ &)I�& �#4 ; ��÷L�3Q#¼ I �6Qr�A1�4!� * O¿? * �0S��v� & �a���Ç�6/o���[� &0I 2�� &'( ���[� �±�31�4� * �[� *3;±* �[�����L�����í�]�v� I ���]��� * E ¥�� w�X[Z E * � & ��� I ��� I ���A2l�31�4bE I 1����0/ * 1l�A2.-����64�/¡���0/ * 1 &#J

�����N/94��v� &KI 1�4����02¡�]/71�BB����� ¥�� w�X[Z -��0/71��6/7-�2o�P�]�[�@BÊ�#1��v�[�32L�31�4_/91v<��]�0/o�31h��� *���Ç� &0*�I ���v� * E{/91h�[�v�������:/ * 1h/71>E * � ( ���0/ * 1Ý� & ?��#292|� & � * ���Ç�P���.-^� * EL�62o� &0& / Z �v���:/ * 1I�& �64 J k��#1��v�t�[���'E���� ( �,? * �TS¥4�� & ���0/ ; �64������[�t�v�31 ; ���A-�-�29/¡�64 ; ��� * 1�4 & �[� I ��� I �[�32�62o� &0& / Z �v���:/ * 1 &#J"´* ���X+�� ( -�2¡�]�W� * �A-�-�2¡� ¥�� w�X[Z � * �[���C-����64�/¡���:/ * 1 * EzE I 1����0/ * 1��322©� ; �#2 &{( �v�31 & � ( ->2 * �]/91�B��b4�/7G½�v���61h�í�>/o�v�[�]�[� �>/o�T�A2½�#2©� &T& / Z �T���0/ * 1 * E�-�� * ���#/91¥E I 1Ç�,O�:/ * 1j� ©TI>& �[/91B���Ç� & � ( �C?í�T�é� & � · ¶ �Ú�61Ç� * 4�� & S�1 * ?�2o�64>BÊ�H� ;±*3I ��-�� * ���6/71FE * 294 &#J´* ���X+Ç� ( ->2o�]�j�\� * 272©� ;¬* �[���:/ * 1y?�/����!�[��� Y 1h� % ���t���v� ( � * �3-�->2¡� ¥6� w�X[Z � * �����-����64�/¡���:/ * 1 * EUE I 1����0/ * 1l�A2)2o� ; �#2 & E�� *�( ����� ¸ �#1�� ¶ 1h� * 2 * B]�Ã^ ¸\¶K` ^ %)& � ;�I �T1��v����x�A2 J �l3g�g3g `�; � & �64 * 1����Ç�U4l��� �r� I �����[�64�/91��[��� Y 1h� % ����/91h�������]���:/ * 1F4l����� ; � & �U/ &� I �[�[�#1h�:2¡� I 1�4����T?��Y� J

ñ�¬?d �Ñ��¨F�h�P©j_6óU�#ª7° óU���"õ

Z * 1��[�34f�|�3Q#¼ I /o�#?�/��:Qß���#29-^�64 ?�/¡�[�å�[���r�[�,E��v���61����,OR/ ( ->2o� ( �61h�����:/ * 1 * EL����� ~]Updeimcjègv�Pè�KNM MYQYO�dnK]c�d�QNR -Ç�0/91Ç�6/9->2o� Jë¸ �[�#B * ��� ¸ / ( �61��#Q]�UiÒ�]�0S I�&5³ � *3& � �ë�A1�4Ãkx�61�1>/91�Bk���� (C© �]� *3; � &T& / & ���#4ê/91������ * 1�B * /91�B4�3-�->29/o�v���:/ * 1 * E��[��� ¥�� w�X[Z -��T/91��#/9-�2¡��� *¸\¶ 2©� ; �#2�-��[�#4�/o���:/ * 1�E * �í���Ç� Y 1h� % ���)-�� *P© �v��� J

Page 73: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¬ ­ )¯® +4$(' e

´ fÔ+41jµ ),+*-�: 8 ³ $&%9+*-Ug :Ï)Î+*-=19% 1ihj -=/9% )0².-.% / 0 )Î+G­>A )lk E

FnmHXHJLKNMèZpX�c�X�b��rdeRaX[Z7csQ\Z]doMYO QN�]X�btceklXHU`R^ZpX�bVim�NdeRp~\ioQ[~]d�Oèg�X kpdeR^Z_ceklXHU`Rlde�]X�b�MYXvuo kpd�O kéJLKNM�~pQNdeRp~_c�Q\g�XtkÇK]b�ZN{zg�X O[K]UWMYXtc�klX�b�XHJLKNM�RLG c�QNRaXvupjklXE�b�X[K]csQNb�kÇKhZ�K

ioQNc�QsS�b X��7K]b��]Khgvim�è~pQYQvZ_dnZpX[KNM�J|klX�RéM klXí�^U`czc�klXHJ�QNbVi�Z_c�Q[~pX�ceklX�b {gvU`cz�7KN�NdeRp~_decLU`R^ZpX�b�M�c�K]R^ZhKhgvioX�kÇKhZ]RLG c�g�X X�R4QNRaXPQsS�ceklX��7u ß

���v�����é�.���N��� �����[�T�Ù¿rqts�u`¨�¿9v

\!¬Y­ ®�¯±° ° ²�³�´þ�Ö�¸�¸�¹p»½¼ß¶�¸NÃl¼Y¹pÌn»�Ð[¶�¸NÃl¼Y¹pÌn»àÌn»½¼Y¹W¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»à»�¹h¼VÂPÃ�¸�Ä�º]×=Ë�ÃpÂP¹hÍ^¹p¸\Ì�»�ÈÊÃ^ÀÁ¶=Õn¹h¼Y¹¼�Ë�¹hÛ�ÀÁ¾hÛ�º�¼�ÌnÕnÕ�Ù.¹^×�¾lÕ�¸�¹W¾lâ�Û;¾�¸�¹&ºvà ÈÊÃ^ÀÁ¶=Õn¹hÞ�¼�Ë�¾`¼Ú¼�Ë�¹WÛCÈʾ�»=»�Ãl¼ÜÙ.¹¶.¹W¸NÈʹ`ÌeÍ^¹pâÒÃ�¸y¾l»�¾�Õ�ÛSwh¹pâ!Ìn»éâ�¹W¶�¼�ËÒ¾lº�¾PÂ_Ë�ýÕ�¹�ÑôÂé¹W¸N¹�×�µL¾lÌnÀ9¾Ç¼y¾lÖ�¼YÃ^ÀÁ¾Ç¼YÌ�ȹhÞj¼Y¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»ÜÃ^¿�ºvÌnÅ^»�¾lÕ�Ìn»�Å*¶=¾Ç¼Y˽ÂP¾hÛ�ºB¿�¸�Ã^À ÈÊÃ^ÀÁ¶=Õn¹hÞÜ»�¹h¼VÂPÃ�¸�Ä�ºBÌ�»·¾2ÂP¾hÛ¼�Ë�¾Ç¼_Ì�ºr¸�¹W¾lâ�Ì�ÕeÛæ¾lÈhÈʹpºTºTÌ�Ù|Õ�¹Ò¼TÃ2ËjÖ�ÀÁ¾l»ÜÌn»½¼Y¹W¸�¶=¸�¹h¼Y¾Ç¼YÌnÃ^»ØÑ

ç�Ë�Ì�º�¾l»�¾lÕeÛ�ºTÌnº�¿�Ã�ÈhÖ=º�¹`ºéÃ^»ë¾<ÈÊÃ^ÕnÕn¹pÈ]¼�Ì�Ã^»ÓÃ�¿ Î=Ð?Í�Ð Ú Î=Ð Ú ÌÉÍ ë ÍÏÎÎÕ×ÕÌ Ú Í�Ð Ú ×�Ø�ξlÀÁÃ^»�Å*¶=¸�Ãl¼Y¹pÌn»=º7â�¹W¸NÌeͽ¹pâÚ¿�¸�Ã^À ¼Y¹hÞj¼vÐ�À2Ì�»�Ìn»�Å4¾l»=âÚÍǾlÕ�Ìnâ�¾Ç¼Y¹pâÚÙaÛÚ¹hÞ�¶.¹W¸TÐÌnÀÁ¹p»½¼Y¾lÕíË�Ì�ŽËjÐ�¼�Ë�¸�Ã^Ö�ŽË�¶=Ö�¼�Ì�»½¼T¹p¸�¾lÈ]¼YÌnÃ^»Úâ�¾Ç¼Y¾jÑ7µßÀÁÃ�â�¹pÕ�¼�Ë�¹!¼Y¸�¾l»=º�¿�¹W¸éÃ�¿¾l»ì¹hÞj¼Y¹W¸N»�¾lÕtºvÌnÅ^»�¾lÕ�¿�¸�Ã^À ¾àŽÌeÍ^¹p»ì¸�¹pÈʹW¶�¼TÃ^¸Ò¼YÃܾںv¹h¼ÒÃ�¿�¼Y¸�¾l»�ºTÈʸNÌn¶�¼�Ì�ý»¿�¾lÈ]¼TÃ^¸NºBÌn»·¼YË�¹f»jÖ�ÈhÕn¹pÖ�º�Ù=¾�ºv¹pâ@Ã^»@ÈÊÃ^»=ÈʹW¶�¼�º�Ã�¿�Ì�»�¿�Ã�¸NÀÁ¾Ç¼�Ì�Ã^»tx|ÃpÂÒÑ3yB¹ÊиNÌ�Í^¹pâæ¿�¸�ýÀ ê|¸Nº�¼ß¶�¸NÌ�»�ÈhÌn¶=Õ�¹`º�×j¼�Ë�¹ÒÀÁ¹h¼�Ë�Ã�â�Ì�º�¿�Ö=ÕnÕ�Û2¾lÖ�¼TýÀ4¾Ç¼�ÌnÈ\¾l»�âÚâ�Ãa¹`º»�Ã�¼�¸N¹pýjÖ�Ì�¸N¹±¾�»½ÛÚ¼Y¸�¾lÌn»=Ìn»�Å*ºv¹h¼hÑ\µß¾lâ�¾�¶�¼B¼�Ë�¹4À4¾ÇÞ�ÌnÀfÖ�À ºv¶=¾�»=»�Ì�»�Å*¼Y¸�¹W¹¾lÕ�Å�Ã^¸NÌe¼�Ë�À ¿�Ã�¸�¿�¾lº�¼\¾l»�âÚ¾lÈhÈhÖ�¸�¾Ç¼Y¹!¸�¹pÈÊÃ^»=º�¼T¸�Ö�È]¼�Ì�Ã^»àÃ�¿y¶=¾Ç¼Y˽ÂP¾hÛ�º]Ñ

ç�Ë�Ì�º�¶�¾Ç¼�˽Â�¾WÛ4¹hÞj¼Y¸�¾lÈ]¼�Ì�Ã^»2º�¼Y¸�¾Ç¼T¹pÅlÛ4Ìnº�Å�¹p»�¹p¸�¾lÕs×�Ìn»=ºv¹p»�ºTÌe¼�Ì�Í^¹ß¼YÃ!»�Ã^Ì�º�¹Ìn»åÙ=Ì�ýÕ�Ã�Å^Ì�ÈʾlÕ½»�¹h¼VÂPÃ�¸�Ä�ºx¾l»=âf¸�¹p¾�â=ÌnÕ�ÛÒ¾�¶�¶|ÕnÌnÈʾ�Ù|Õ�¹�¼YÃB¾�»½Ûåºv¹h¼tÃ�¿|¸�¹pÈʹW¶�¼TÃ^¸Nº

ú ¹

Page 74: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWómôYó4õ�ö|÷r÷�øØù`ú ð��

Ìn»ë¾l»½ÛëÃ�¸�Å�¾l»�Ì�ºTÀàÑ Âé¹p¸�¹�×yµ�ºTË�Ã`ÂÔ¼�Ë�¾Ç¼é¼�Ë�¹æÀÁ¹h¼�Ë�Ãjâë¸N¹pÕnÌn¾ÇÙ|ÕeÛ·¹hÞj¼Y¸�¾lÈ]¼�ºÄ�»�Ã`Â_»<ºvÌnÅ^»�¾lÕ�Ìn»�ÅåÈʾlºTÈʾlâ�¹pº7Ìn»*Û½¹W¾lº�¼h×=Û�Ì�¹pÕ�â�Ìn»�ű¸�¹pºTÖ�Õ�¼�º�¼�Ë�¾Ç¼ß¾�¸�¹ÝÈÊÃ^»�ºTÌnº�мY¹p»½¼èÂ\Ìe¼�Ë2¾hÍ�¾�Ì�Õ�¾�Ù=Õn¹�Ù=Ì�ýÕ�Ã�Å^Ì�ÈʾlÕ=Ä�»�ÃpÂ_Õn¹pâ�Å^¹B¾�»=â�ÀÁ¹W¹h¼rËjÖ�ÀÁ¾l»æ¹hÞ�¶.¹pÈ]¼Y¾`м�Ì�Ã^»=º]ÑBµ�ÀÁ¶=Õ�ÌnÈhÌe¼�Õ�Û�×�¾lº\¼�Ë�¹4ÀÁ¹h¼�Ë�ÃjâÓ¸�¹pÈÊÃ^»=º�¼T¸�Ö�È]¼�º\¶�¾Ç¼�Ë^ÂP¾hÛ�º]×L¼�Ë=Ìnº_Â�Ã^¸�ÄÅ^Ì�Í^¹pºr¾l»Ú¾lÕ�Å�Ã^¸NÌe¼�Ë�À2Ì�È\â�¹hê|»=Ìe¼�Ì�ý»àÃ^¿`ê Î Ú Ô�Ø�Í ë Ú ØlÔ`ËÙÍ�Ð{z�ÝeÍ íõêÑ

Page 75: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWóòÊó������zù��Øö� ������� ðÇû

\!¬V« ������³����±¯ ���"!#�$�À � & -�/¡�[�í������� I B]�[4>/7G½�v�[�#1��v� &�; ���R?����61��A292W�����y� *3( - I � ���0/ * 1l�A2Ç�31>47�X+.-½���0/ ( �61h���32����� ��1�/7¼ I � & �o<��3/92o� ; 2¡�]�Ç�[���v���P�]���b1��,<Ê�v�������#2o� &0&C&T*�( �H� *3($(N* 1é� ( �v�0B3/91�BN-�� * -½���rO�:/¡� & �31�4p-�� *�; 2o� ($&\* E�/71W�[�v�[�]���0/ * 1w1����R? * �0S & ��1l� ( �#2¡�å� *3( -�2¡�,+./¡���]�d/91Ç� *�( -�2o�����XO1�� &0& ��1 * / & �]��� MYO[K]ioX,è SVb X X 4Ç�6BÊ���v�y4�/ & ���0/ ;�I �0/ * 1��31�4 M��7K]iei�è�J�QNbVi�Z ; �v�l�o<]/ * �8^ & �v�·��l�3-`���v� ð `,JÖY 1 &0I�(N( �]���]�������84�/92¡� (N( � / & �������\�[���!�#<]�v��OR/91Ç�v�[�v� & /71�B�?z�T�32����* E�/71>E * � ( ���0/ * 1å���0/ & /91�B�E�� *3( �,+.-½���0/ ( �#1W� & �31�44� *�( - I �����:/ * 1l�32Ø�A1l�32¡� & / & ��?y��/92¡��3/ ( /71�BbE * ��� *�( ->2o���0/ * 1a�>B�/H<Ê� & �0/ & ��� * MYO[K]ioX,è SVb�X X�M��7K]iei�è�J�QNbVi�Z 1����R? * �TS & ���l�N�����[�&0* � *3( -�2¡�,+\���l�����[�������v�31�1 * � ; �K-^�v�[���6/H<Ê�64 * �y�31l�A2¡�]Qv�#4Ý� & �D?y� * 2¡� J

������B * �A2>/ & � * � ���aS]2¡�����Ç��� *�( -�2o�X+./¡��� * E������ & ��1����R? * �0S & �A1�4r�,+p���[�]��� &TI�;�& ��� &?y��/¡� �f���6-���� & �61h� ; / * 2 * B�/¡�T�3272¡� ( �v�31�/91>B3E I 2�-�� * �v� &0& � &6J ���Ç� & � &TI�;�& ��� &\& � *�I 294 ; ��[�v�34�/72¡���]���v� &0& / ; 2o��� * � I�( �318/71W�[�v�T-��[��� ���0/ * 1Ò�31�4 & ���T<Ê�P� & � ; � & / & � * E * � (bI 2©���[��,+.-^�v�T/ ( �61h� �3272¡�C<]�v�T/ Z � ; 2o�L�W�]- * ���Ç� & � &6J ·V2o� &0& /o�T�A292¡�]�Y�����z� *�( -�2o�X+./¡��� * E ; / * 2 * B�/¡�T�321����R? * �TS & �l� &U; �v�#14���]�aS�2o�64 ; � 4���� *�( - *3& /91>B��[���ß� *�( -�2¡�,+±���6272 I 2o�]� ( �]� ��/71��v���/91h� *N& �#<]�v���A2�S���� �ÇK]cekpJLK]��M JÀ � & -�/¡�[�N2o�]�0B]� & �T�A2o�r�#G * ��� & � * � *�( -����v���#1 & /H<Ê�62�� & ���[�v�#1wE * �U-Ç� * �[�6/91]OR-�� * ���#/91

/91h�[�v�������:/ * 1 & �p�[���)->/o��� I �[� * Ej�[�����]�T� & �L/91h�[�v������� *3( �[/ & En�]��E�� *�( � *�( ->2o���[� J kx�v���]�Y � �3- /71W� * �����D<�� & �H� (N*�I 1h� * E{/91.E * � ( ���:/ * 1Ò�=<��3/72©� ; 2o�KE�� *�( iÒ�64�27/91��P� ;�& �[���]��� &� * � *3( -�2¡� ( �61h�y�����è�o<��3/92o� ; 2o���,+.-½���0/ ( �#1W���32z4l����� JVYVI�& ��� & � ���0/ & �0/o�v�32��3-�-Ç� * �]� �^ & / ( /92o�]�a� * ^ ³ 2o� & � �>S]�í�A1�4î÷L�32¡�61��#/©�Ç�3l3g�g ðï w]�#1 &0& �61r�����32 J �3l3g�g ðï iÝ�]��� * �����L���.�A2 J �l3g�g ðï � ���3-�2¡���à�31�4 ³ �61 * /��T�[l3g3g�g `0` � * � *�( - I �[�8-�� * ���#/91.O¿-�� * �[�6/71Ú� &T&0* �6/©�N�:/ * 1 &E�� *3( ié�64�27/91��XOs� ;�& ���[�]��� &6J ����/ & -�� * ���64 I �[�\�]/o�#294 & �8B *]* 44� * <Ê�����3B]� * E�/91h�[�v�����,O�:/ * 1 & -l�]���y?�/����à�[�T� &0* 1l� ; 2o�é�]��� I �[�]��� JÖ¶ <]�v�[�3292�� ö ð]ð l ¹ � &0&T* �#/©���0/ * 1 & � * <Ê�v�T/91�BÅ f ð f\-�� * ���#/91 & /917�Ê�v� & ��?����[�C4������������#4 J ��������� &TI 2¡�0/91�Bè� &0&T* �#/©���0/ * 1 &{& /9B�1>/ Z �v�31h�:2¡��,+p�[�61�4·�����å�o<��3/72©� ; 2¡�84l�N� �e/91·�2� *�( -�2o�����62��Ú� I � *�( ���0/o�5?��T� J ���Ç����27/91�S��,+�O-^�v�0/ ( �#1h� �32j� *�( -�2o�X+Ç� & ���T�A-Ç� I ���t�����A1 & /¡�61h���31�4y/91�4�/¡�[������/91h�[�v�������:/ * 1 & ���31�4é�62 *3& �Bh�3- & /71������K4l�N� � ; � & � & ?y��/¡� �Ý���[�K4 I �t� * �[�v� ��1�/¡�T�32z27/ ( /¡�����:/ * 1 &�* E��������o<��3/92o� ; 2¡���/7BÊ�.O��[��� *3I BÊ��- I �x�3-�-�� * �]� ��� &6Jk����[�Ý�[���h1����R? * �TSÚ�]�T/ & /91�BME�� *�( �[��� & �����:/ & �0/o�T�A2�� &0&0* �6/o���:/ * 1 & / &NI�& �#4Ó� & �

���]-�/o�v�32���� & �TO��T� & �eE * �Ý�é1 * / & �Ê� MYO[K]ioX,è SVb�X X {�M��7K]iei�è�J�QNbVi�Z 1����R? * �TS@�[�#-��[� & �#1W�0/91�B���Ç�t� *�( -�2o�X+_�v�6272 I 2o�]�L�61v<]/o� * 1 ( �#1h� J{¾ 1�27/9S�� ($*3& � * ���������,+.-½���0/ ( �#1W���32�4���� � & ��� & ����Ç� & �����:/ & �0/o�T�A2z� &0&0* �6/o���:/ * 1 & �l�o<Ê���[�����34.<]�A1W���3BÊ� *�I�& -�� * -^�v�����å�[�l�����[�����_E * � (� J�X�d�~Nkpc�X[ZB~]b�K��lk JFY 1 * �[���v�K? * �04 & ���#<]�v���Á� &T&0* �6/©�N�:/ * 14� *�( � & ?�/����4� ( �T� &TI �[�* E & �����61�B]�[�Ý���6-���� & �#1h�:/91>B������ & /7B�1�/ Z �T�31���� * E������è� &T&0* �6/©�N�:/ * 1 J ����/ & �¬/91é� I �T1j��/ &�r�v� I 4�� ( �v� &0I �����[�ûú��v���0/91�Bß���Ç�H���6-�� * 4 I �6/ ; /927/¡���\�31�4����61Ç�v�è�[��� & �[�[�61>B]��� * E������I 1�4Ç�v�02��]/91�B@-��h� & /¡�T�32 * ��BÊ�#1����0/o�U/71W�[�v�[�]���0/ * 1 &#J

Page 76: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWóòÊó������zù��Øö� ������� ð��

.)}R|L}T~ �Á�r�ë�T�C�ë�X���¨ÌU���VÌC���}|@�zÐV�����t�{�â*é��{���U�{~z�m���r����.�[�,<./ *�I�& ������� ( -Ç� & � * �X+p���������é��/9B]���v�F2¡�#<Ê�#2 &�* E * �0Bh�A1�/9Qv���:/ * 1êE�� *3( 1����R? * �TS &�[�,< * 2H<Ê���]� *�I 1�4��[���C1 * �:/ * 1 * E SVU`RaO�cnd�QNR^K]i^�\QvZ]U`ioX M �]?y��/o� �B�l�o<]� ; �v�#1F4�� Z 1��64Ò� && �[� * 1>B�2¡�B� * 1�1������[�64!� *�( - * 1��#1h� &�* Ed/71h���v�[�]���0/ * 1�1����R? * �0S &C( �3/91�2��\� * 1 & / & �0/91�B * E-�� * ���#/91 & /71�< * 27<]�645/91����Ç� & � ( �KE I 1����0/ * 1w^ � 1��62������A2 J ��l3g�gvl `,J

����/ & �A-�-�� * �]� �r�T�31 ; ��� ���aS]2¡�64 ; �DBÊ�[�3-��.O ; � & �64r�62 I�& �[�v�T/91�B * El�[����/91h�[�v�������:/ * 11����R? * �TS & � ; � & �64 * 14�6/¡�[���v�H� * - * 2 * B�/o�v�32d-�� * -^�v���0/o� & �31�4 xy* �H�����_�62 I>& �����0/71�B * EE I 1����:/ * 1l�32p�������0/ ;�I �[� &m* E�������-�� * ���6/71 &6J ����/ & 4�� Z 1�/¡�0/ * 1è� *�( � & �62 *�& �L� * ?y����� ( �T�; �H���6Bh���04��#4!� & -�� * ���#/91é� *�( -�2o�X+`� & ��?y�>/o� �5?z�v��� & � * ?�1Ý� *@; �q4`�.1�� ( /¡�t�61h�:/��:/¡� &I 1�4Ç�v�0B * /91�Bt���,O��]�[�[�31�BÊ� ( �#1W� & /91��[� & - * 1 & ��� * � ���31�B�/71�Bt� * 1>4�/¡�0/ * 1 & ^ ¸ �o<./71P���L�A2 J �l3g�g�l `,J k * ?��,<Ê�v�������[�34�/¡�0/ * 1��3292�� ; / * 2 * B�/ & � & ���]�aS�2o�ß�����_� *�( -�2o�X+./¡��� * E ; / * 2 * B�/¡�T�321����R? * �TS & 1 * �N/71æ�[�v� ($&@* E�� *�( -l�]��� ($* 4 I 2¡� &x;�I �$/71*���v� ($&@* E �ÇK]c�kpJLK]�YM �{29/9S��( ��� � ;±* 27/o�)-l�����v?��T� &)* � & /7B�1l�32½�����A1 & 4 I ���:/ * 1y-l�����v?��T� &#Jk * ?Ü� * �,+p���[�]��� &0I � �¥-l�����v?��T� & E�� *�( 2o�]�0BÊ��-�� * ���#/91.O¿-�� * ���6/71$/71h���v�[�]���0/ * 1N1����TO

? * �0S & /71H�[En� & �|�A1�4����629/o� ; 2¡� ( �A1�1��v�:­�����/ & ¼ I � & �:/ * 1b2o�#4H� * �[���{/94��v� * E (N* 4��#29/71�B���Ç�\/71>E * � ( ���0/ * 1«ú * ?�/91 &TI � �!�x1����R? * �TS J ����� & /7B�1l�32a�[�v���6/H<Ê�64 ; �é�ß���v���6-Ç� * ��/ &�q<��32 I � ; 2¡�'-�/¡�v�v� * E�/91>E * � ( ���:/ * 1r���l���L/ & -�� &0& �64 * 1F29/7S]���b-l�]�aS�����/91��P� *�( - I �[�v�1����R? * �TS Jøm ��/72o�y�����U/71>E * � ( ���0/ * 1 & � *�I 274F1 * ��BÊ����2 *3& �L/71\���Ç� ( �AQv�]�./¡�V/ & / ( - * ��O� �A1W�x� * 1 * �[�H�[�l���[1 * -�� * �[�6/71Ò�l� & �31 * <Ê�v�r<]/o�#? * 1Ý� * ?ë� *$* -`�:/ ( �3272¡�_� *�I �[�t�����/91.E * � ( ���:/ * 1 J � * �������T�]� � & � �3BÊ�P�[���v���ß�T�31 ; � * 1�2¡� ioQYO[K]i 4��v�#/ & / * 1 & � ;¬*�I ��� * ?� * -l� &0& �����K/91.E * � ( ���:/ * 1 * 1é� * ?��]�T4 & /¡� & !�4�� & �:/71l���0/ * 1�/91é�r�[�#29/o� ; 2o�[En� & �>/ * 1 J%'&�Y ?�/9292PE * � I�& E I ��������� * 1 (N* 4��627/91�BL������ú * ? * E>/71>E * � ( ���0/ * 1x����� *�I BÊ�����6292 I 2©���

1����R? * �TS & ������/ & �A1l�32¡� & / & ?�/9292�� * 1����61h���[����� * 1à�[���Ý���v� * 1 & �[� I ���:/ * 1 * E & /9B�1��329/71�B-l���[�v?í�T� &6J"% 2¡��� *�I BÊ���������3-�-�� * �]� �D4Ç� & ���0/ ; �#4P���v��� ( �T�K1 * ��? * �TS\E * � ( ����� ;¬* 29/¡�-l���[�v?í�T� & �h���Ç�í�3-�-��]�[�#1W�.�31l�32 * B]�K/ & ���l�N� ( ��� � ;±* 27/o�"-l�N���v?í�T� & � &T& �61h�0/©�3272¡� (N* 4��#2���Ç�Pú I + * E ( ��� � ;¬* 27/¡��� &6JY 14� * 1h���[� & ��� * �#2 I�& ���v� &K* EV-Ç� * �[�6/91 &\* E & / ( /92©���[E I 1Ç���:/ * 1å�[� &0I 2��:/91>B�E�� *�( �����

4�� Z 1�/¡�0/ * 1 * E�!�E I 1Ç���:/ * 1l�32 (N* 4 I 2o� & !�� ;¬* <Ê��� & /9B�1l�A29/91>Br�T� & �T�34�� & �l�o<Ê���N4>/7G½�v�[�#1h�T�(N* �[��!Æ27/91��v�]��!��]��� ��/¡�[�v��� I ��� J � /7B�1l�327/91�B��T� & �T�A4�� & �]���\� * 1 & �[� I �����#4�E�� *�( �5<��]�0/áO����� * E�4�/7G½�v���61h��-�� * ���#/91 &V&0I � �Ò� & ���v�v�#-Ç� * � & �l�#1�Q�� ( � & ��� �l�31�1Ç�62 & �A1�4��[�6B I 2©��� * ���-�� * ���#/91 & ?�/¡���é�����b- I �0- *�& � * EØ�v�]�[���./71�B_�[���b/71>E * � ( ���0/ * 1�� * 1v<Ê���]�64 ; �Ý�X+`�[�v�T1l�32& �0/ (DI 29/�/91h� * ���Ç�81 I �62¡� I�& �31�4à�[�0/7B�BÊ�v�T/91�Bå���Ç�!�3-�-Ç� * -��T/©���[���v�6272 I 2o�]�ß�[� & - * 1 & � &6J����/ & �32 &0* /91v< * 27<Ê� & /71>E * � ( ���0/ * 1F-Ç� * �v� &T& /71�B���E * �y�,+Ç� ( -�2o�H� ( -�29/ Z �T�N�:/ * 1j� (N* 4 I O2©�N�:/ * 1\�31>4F/91h���#BÊ�����0/ * 1N?�/¡�[� * ���Ç�v� & /9B�1l�A2 &6J �����v���#E * ���U4��v�T/7<]/91�B�� & �����:/¡�'-�/¡��� I �[�* E & /9B31l�329/71�Bx-l���[�v?í�T� & �¬?y��/o� �Ý�]�[�K<Ê�����y4Ç�]1l� ( /o�K/91����Ç�6/o�y��� & - * 1 & �è� * �X+`�[�v�T1l�32& �0/ (DI 29/j�A1�4Ò�#1v<./¡� * 1 ( �#1W���32�En�]��� * � & �/ & �31Ý� ;�& �[���]���:/ * 1y1 * �y�T� & /92��B�]� ��/¡�#<]�64 J

Page 77: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWóòÊó������zù��Øö� ������� ð�Ç

´ /7B I �[� ö>J ð ° Y 292 I�& �[�����0/ * 1 * E=�[���K-l�����v?��T�Ò���v� * 1 & �[� I ���:/ * 1Ý�A29B * �T/¡�[� (5J�����!�v�32o� I 2©�N�:/ * 1�/71à�[��/ & �,+Ç� ( -�2o� & ���]��� & E�� *3( � & /71�B�2o�é�[���v�#-Ç� * � * 1à�[���Ý���6292áO&0I �TEn�]��� ��J"Y 1>/¡�:/o�3292��Ê�h���Ç�U-l�����v?��T�V� * 1�2¡�_� * 1 & / & � &�* E �LJ"% 272j�34 © �]�v�#1W��1 * 4�� & � *�Æ�]���$/71��Ñ^µ4Ç�6-�/¡�����#42� & � * 1��,O & �l�34Ç�64e1 * 4�� &a`,J � I�;�& �#¼ I �61h�:2���/714�v�]� � & ���6- �^µ4>/©� (N* 1�4 & �l�3-^�64M1 * 4�� &:` / & �X+p���61>4��64Á�32 * 1>B\����� ( �P+./ (bI�( �64�BÊ�x2¡�T�34>/91�B�/71h� *� J È * �[���[�l���r�[��/ &x( �P+./ (DI>( �#4�BÊ��/ & 1 * �@1��v��� &0& �]�0/72¡�æ�A4 © �]�v�#1h�7� * ������1 * 4���34�4Ç�64�/912���Ç�y-Ç�[�#<]/ *�I�&@& �[�6-j�z� & /9272 I�& �����N���64�/91*�������[���31 & /¡�0/ * 1eE�� *�( �[��� & ���3BÊ�4��#-�/o�����64 * 1��[����� * -B�0/9B]�W��� * ���Ç� * 1�� * 1��[���U2 * ?z�v��2¡�#Ee� Jm% 292^��/���������� *xI 1�S�1 * ?�11 * 4�� & �34 © �]���61h��� * � �]���!�34>4��64Ú� * �Ñ?y��/72o� ; �]�aSv?í���04·�64�B]� & �]���!�,+`�#2 I 4��#4 J�����K-�� * ��� &0&[& � * - & ?y���#1!�x-��[�XOR4�� Z 1��#481 I�(D; �v� * E����[�31 & �v�0/7-Ç�:/ * 1.O¢En�]��� * � & ^�� ` / &��/�� J"´ /71l�3272¡� ; �]�aSh���[�]�aS�/91�B@E�� *3( �Ï� * ����� & � �]���TO¿1 * 4Ç� � ��� &0I 2¡� & /71������ g KpO �]g�QNRaX-l���[�v?í�T�Ê�?y��/¡� �5/ &�&0I�;>& �6¼ I �#1h�:2¡�Ý� I B ( �#1W�[�64F?�/¡�[�Ý� &0&0* �6/o�����#4FEn�]��� * � &#J

Page 78: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWóòÊó������zù��Øö� ������� ð3É

.)}R|L}R| gC���� Ó ���� ,_���r�C���T�U�����é����åe�"�ÎU�t��� �Ö�����{���R��ÌU�k * ? ( /7BÊ�h���A1 /91>E * � ( �N�:/ * 1é� ���31�1��#2Ø� & 4�� & �v�T/ ; �64f� ;¬* <Ê� ; �P� * 1 & �[� I �����64ME�� *3(; / * O (N* 2o��� I 2o�]��� *�( - * 1Ç�61h� & ­(����� ; � & /o�N/94��v�y/ & �[��/ & °qB3/7<Ê�#12� & ���]���rO��A1�4Á�#1�4.O1 * 4��]�|�,+p���[�]���ß�5-l�����wE�� *�( �5?z�6/7BÊ�h���64 ¸ ���A-�� J k * ?��,<Ê�v���.�����B�A-�-�29/¡�T���0/ * 1 * E���Ç� & � * ����� & �TO¿-l���[�4�A29B * �T/¡�[� ( � * �[��/ & -�� *�; 2o� ( / & /91���/ ; /¡�[�64 ; �Ò����� M��7K]iei�è�J�QNbVi�Z; �v�l�o<]/ * � * Ex���Ç� I 1>4��v�T2¡�]/91�BM1����R? * �0S J�ÀCI �B� *_I�; /7¼ I /¡� *�I�& ?��v�3Sæ� &T&0* �6/©�N�:/ * 1 &���Ç�v�[�M/ & �327?��T� & � & � * ���rO�� I � ; ���R?z�v�#1ä�31h�Ú�R? * -Ç� * �[�6/91 & /91 &0I � �@�p1����R? * �0S JY 1�-��]���0/o� I 2©�]�����[��/ &\( �T�31 & ������� ; / * 2 * B�/o�v�32m-������v?��Y� & �[�]�[�#2¡�±� * /91Ç�6/94Ç�N?�/����å�����& � * ���[� & �)-l���[� JY 1r� * 1h�[��� & �T� Y�(N* 4��#2p�[����� * 1����6-Ç� * E�/71>E * � ( ���0/ * 1ÿú * ?�/91��'1����R? * �TSqE�� *�( �����

�v�#292 I 2©�]�=�,+p�����0/ * ��/91h� * �[����1 I �62o� I�&6J"Y 1ß���>/ & � * 1W�[�,+p�T�W���Ç�b^ & �����:/ & �:/¡�T�32 `�& ���[�#1�B]�[� * E�31å� &T&0* �6/o���:/ * 15E�� *�( �����P�[�,+p�TO ( /71�/91�BN/ & � �3S��61å� & �[���r�T�A-l�]�6/���� * E�/91>E * � ( �N�:/ * 1���>/ & �#4�BÊ���T�312�[���31 &0( /¡� J_Y 1 * �04Ç�v��� * �[���31 &0( /¡���[���F/91.E * � ( ���:/ * 1Á���627/©� ; 2��Ê�������/91.E * � ( ���:/ * 1¥/ & � *�I ���64Ò�32 * 1�Br����� & ��� * 1�BÊ� & �x�64�BÊ� & /71������K1����R? * �0S J

� I � & / ( -�2��H�[���v����/ & 1 * b�QNU`cndeRp~èdeRTSTQNbV�7K]cnd�QNR �o<]�A/92©� ; 2o�����,<Ê�v���@-�� * ���6/711� & ��� & �* 1�2��b/�� & 4>/o�[�����"1Ç�6/9B]� ;¬* � & �31�4@4 * � & 1 * ����S�1 * ?��è�A1W�W�[��/91�BH� ;¬*�I �|������B�2 *�; �32]1����TO? * �0S�� * 1�1������0/7<]/¡��� J k��#1��v�Ø���Ç� & ��-l���aS]��� &m* � I 1�/¡� &z* E>/71>E * � ( ���0/ * 1��]�[���[���31 & E��v���[�64� * �x4�/¡�[������/71W�[�v�[�]���0/91�Bx1��#/9BÊ� ;¬* � ; � & �64 * 1�2 * �v�32±/71>E * � ( ���0/ * 1\�31�4F/71W�[�v�[�]���0/ * 1 &#J���������6¼ I /¡�[� ( �61h� & �]�����������z�[��/ & E * �T?��]�T4�/91�B * Ez/71>E * � ( ���0/ * 1r�l� & � * �l�3-�-^�61�/71���[�#29/o� ; 2o� ( �A1�1��v� I 1h�:/92Ç�U4�� & �:/91����:/ * 1D- * /91h�"/ & �[�v�]� ���64 J ������E * �T?��]�04@4�/¡�[�����:/ * 1 * E���Ç�b/91.E * � ( ���:/ * 13ú * ?(�T�31 ; �H�61 &TI �[�#4 ; �Ò� & / ( -�2o� ( � (N* ��� ( ��� �l�31�/ &0( ?y��/o� �-����#<Ê�#1h� &{; �]�aSv?í���04 & ú * ? JdY 1@-��h� & /¡�T�32Ç�[�v� ($& �Ê������/71>E * � ( ���0/ * 1\/ & -�� &0& �64 * 17� & �& ���0/¡� &L* E & � ���[��� �l�31�B]� &�* E��[���C-�� * ���#/91 & /71v< * 2H<Ê�64a�>29/7S]�)-�� *�& -�� * ���.2o���:/ * 1 & � ���[� * �* �[���v��- *�& �rO����[�31 & 2©���0/ * 1l�A2 (N* 4>/ Z �v���:/ * 1 & �p� * 1>E * � ( ���0/ * 1l�A2a� �l�31>BÊ� &[* ���62¡�T�o<��3BÊ� JY 1��������T� & � * E & /9B�1l�A29/91>B\-������v?��Y� & /¡��/ & �[�#2©���0/7<]�62¡� & ���[�3/9BÊ�h�TE * �T?��]�04_� * 4�� Z 1��

� & ���]���é�A1�4 & � * -.O & ���FE * �_����� -l�N���v?í�T� & �T�]��� � J«ü �v���6-Ç� * � & E * �\�,+p���[�PO����6292 I 2©���& /7B�1l�32 & �]�[�@2 * �v�����#4w/71å�[���7�v�6272HO ( � (D; ���A1��r�31�44�T�31 ; �$4�/ & �0/91�B I / & �Ç�64 ; �±�����#/o����[�31 & O ( � (D; �[�31���4 *�( �3/71 &6J ����� & � * -.O & ���=�T�31 ; �{4�� Z 1��64 ; �����Ç� & ��� * El�3272�S�1 * ?�1���[�31 & �v�0/7-Ç�:/ * 1�En�]��� * � &6J ����� *�I BÊ�2�[����� * 1W�[� * 2 * E��������[���31 & �v�T/9-Ç�0/ * 1_En�]��� * � & ������ * �[�[� & - * 1�4�/71�Bß�v�#292 I 2©�]�í��� & - * 1 & �\/ & ���T/9B�B]�v�[�#4 Jk * ?�/ & �[��� ; / * 2 * B�/o�v�323/71h� I /��:/ * 1������A1 & 2o�����#4 ; �]�aSK/71W� * �y� *3( - I ���v�=�327B * �0/���� ( ­

Y 4Ç� Z 1��[1����R? * �TSß� * 1�1Ç�v���0/7<]/¡��� ; � & �#4 * 1ß���Ç�x� * O��#/¡�����:/ * 1 * E�B]�61���1l� ( � & /71¥ié�64.O29/71��P� ;�& �[���]��� & �31�4 4����0/H<Ê�x/91.E * � ( ���:/ * 1!� ;±*�I �������r���627/©� ; /729/���� * E��31 /91h�[�v�������:/ * 1/91>4�/o���v���02¡�pE�� *�( �����51 I>(D; ��� * E�� * O��#/¡�����:/ * 1 & ^ & �v�!�=� ; 2¡� ö�J ð `,Jó � & �64 * 1à������ * 1��v�#-Ç� * E�/71>E * � ( ���0/ * 1`ú * ? *�I �:29/71��64Á� ;¬* <]�]�|�[���¥-������v?��Y�vO Z 1�4�/71�Bå�329B * �0/���� (E * 272 * ? & ����� (N*�& �H�[�#29/o� ; 2o�P� &0&T* �#/©���0/ * 1 & Z � & �v�|��� &0* ���:/71�B�� * ?��v�3S]���P� &T&0* �6/©�N�:/ * 1 &

Page 79: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWóíìÊóà÷Dî���ïz���õ ð��

* 1�2�� /7E�1 *5* �������v� & �[� * 1�B]�v�\29/91>S8/ & �o<��3/92o� ; 2¡�y^ & ��� ´ /9B I ��� ö�J ð `,J¥Y Ez����� & �[�[�#1�B]���* Ez�31f� &T&0* �6/©�N�:/ * 1h/91!�[���x1����R? * �TSh/ & /71h���v�T-��[�����#4Á� & /�� & �Ç�6/9B]�W�C/91å�F2©�31>4 & �v�3-½������Ç���327B * �T/¡��� ( �[�0/o� & � *$& � �T� * 1Ò��/9BÊ�a� Z � ( BÊ� *�I 1�4Ò� & 2 * 1>B_� & - *�&0& / ; 2¡� J�Y �x�[���61* 1�2��å� �3S�� & ���Ç� & 2 * ?z� & �x4�� & �v�#1h�\�A1�4e4�/¡�[�v���:2�� I>& � &x& ��� * 1�BÊ���D29/71�S & � & �[����� ; �,O� *3( �ß�o<��3/92o� ; 2¡�]� I 1h�0/92|�[���@4�� & �:/91����:/ * 1M/ & �[�v�]� ���#4 J¥³ �]�aSh�������aS]/71�B�?y��/o� �_1 * 4�� &�l�o<Ê� ; �v�#1�<./ & /����64 X�RÓb�QNU`c�X ��� &0I 2¡� & /71Ü�e29/71��T��� g KpO �]g�QNRaX -l���[��?��T�Ü� * 1�1��v���TO/91>Bf�[��� & � �]���¥1 * 4��é� * �[���y4�� & �:/91����:/ * 1é1 * 4�� J¨Y �����#1Ú� *3(D; /91Ç�é�[���Ý��� &0I 2¡�:/71�B-l���[�v?í�T�vO ; ���aS ;¬* 1���?�/¡�[� * 1�2��4�[� *�& �F-�� * �[�6/71 & �������ß�]��� & �[� * 1�B32¡�ê^�� ;¬* <Ê���o<Ê���rO�3BÊ� ` � &T&0* �6/©�N���64±� * /¡� J ����/ & �[� úl�v��� & �������H�32¡�[� *�I B]�Ý����� & ��� * 1�BÊ� & �H� &T&0* �6/©�N�:/ * 1 &( �Y�y1 * ����� &0I 2¡�C/71 Ð�z Ç ( �3/715-l�N���v?í�T� ;�I ���[�����54 * B�/7<]�è���Ç�DBÊ�61Ç�v���A2n4�/¡�[�����:/ * 1* Em/91>E * � ( �N�:/ * 13ú * ? J ��������� &0I 2¡�:/71�BNBÊ���3-Ç� & ���6-���� & �61h���_� *�( -�/92o���:/ * 1 * E��_� I BÊ�;¬* 4Ç� * E)4l��� � /71æ� E * � ( �[�l���@/ & �T� & /92¡�Á�]���v� &T& / ; 2o�B� *M&TI�;�& �#¼ I �61h�B�A1l�32¡� & / &x; �; / * 2 * B3/ & � &6J

\!¬añ ò ó'�"ôh��� õ

.)}¿ã�}T~ �4�'�b�����r�ë���V�����$äÃ�m�>�"�>�����cm+.-½���0/ ( �61h���3292���4��v�T/7<Ê�#4�4l����� * 1Ú�Ê�v� & ��/71h���v�[�]���0/ * 1 & ?�� & �[�����T/o�#<]�64tE�� *�( �����E * 272 * ?�/91�BqE *�I ��4l����� ; � & � & °ð J[ÀCY �Ã^âù��#1l�]�T/ *�& ���x�A2 J ��l3g�g�g `LÀ ��� � ; � & � * E Y 1h�������]���:/91>B\�.� * ���6/71 &^jiÝ�]�[� �8l3g�g�lr���62¡�T� & �]�l�h�[�0-�° xAx 4�/9- J 4 * �,O (D; / JÆI �#2©� J �64 IÏx�`

l J i Y Èx��^-�j�A1�Q * 1>/j�����32 J ��l3g�gvl ` i * 2o��� I 2o�]� Y È����v�[�]���0/ * 1 À ����� ; � & �^��W���:-�° xx � ;�(yJÆ; / *�J�I 1�/o� *�( �vl J /¡� xP( /71W� x�`

Å>J ·V��^ ¸ �o<./71������32 J ��l3g3gvl ` ·��#2929Q *�( �U4l��� � & ���^��W���:-�° xx ?�?�? J �v�#2927Q *�( � J � *�(¥`

ö�J i À � ^µk * �����32 J �lAg�gvl ` i À � �.� * ��� *3( /¡� & 4l����� & ���^��W���:-�° xx ?�?�? J�( 4 & O¿-�� * �[� *�( /o� &6J � *�(¥`

m ��/92¡� ÀCY �3�A1�4Ái Y È��>� * 1h� �3/71 ; /91��]���ê/91h�������]���:/ * 1 & �y�����±� % �mO�i � 4���� �E�� *3( ·V�Ï�A1�4ti À � � * 1h� �3/71 & ��� &$* E)-�� * ���#/91 & E�� *�( � 1 I�(D; �v� * E)- I 292áOR4 * ?�1 &#Jk����[���[���C4l�����b?í� &�; � * S��61�4 * ?�1�/91h� * �P� *�( -�2o����� & ���q^��627/9¼ I � (N* 4��62 `{* E ; /71l�]���/91h�[�v�������:/ * 1 & �31>4 ( �]�TS]�647� &�; �A/¡�TO¿-��[���P�A1�4$-Ç�[���vO¿-��[���x/91h�������]���:/ * 1 & �[� & -^�v���:/7<]�62�� J% 272=�X+.-½���0/ ( �61h���32m4l�N� �¥?z�v�[� I>& �64 * 1�2���� * ��/7BÊ��29/7BÊ�h��?y��/o� � M�c�K]c�doM�cnd�O[K]i.KNM MYQYO�dnK3ècnd�QNRÇM �]�����X+.-½���0/ ( �61h���3292��D<Ê���0/ Z �64B� & -��h� & /o�v�32¬/91h�������]���:/ * 1 & �h���Ç���@?����[�C1 * � I>& �64/91B�[�����T�32¡� I 2o���:/ * 1 * E������K-l�N���v?í�T� &6J

Page 80: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWóíìÊóà÷Dî���ïz���õ ð�ð

.)}¿ã�}R| (����"�>�ê���CÎ (��>�V�[ÒA�.�z�´* �C4�� Z 1�/71�B������ & ��� &\* E & � �]���TO¿1 * 4Ç� & �31�4!�[�v� ( /71l�32�1 * 4Ç� & � Y 4 * ?�1�2 * �34��#4_4���� �E�� *3( ø � À ^j· *�& ���31�Q * ���_�32 J �Vl3g�g�g `,Jê%)&$& � �]���N1 * 4Ç� & E * �r�����é�T�32¡� I 2o���:/ * 1æ�3272-�� * ���#/91 &)( �]�TS]�#4!� & �[�v���6-Ç� * � &'* �[?�/���� & �#<]�61±���[�31 & O ( � (D; �[�31��\4 *�( �3/91 & ?y�����[�I�& �64 J � * BÊ�61Ç�v���N���Ý�[��� & ��� * Et�[�v� ( /71l�32HO¿1 * 4�� &NY � *�( -�/72o�64<��29/ & �NE�� *�( ø � À� * 1W���3/91>/91�Bß�3272�-�� * ���#/91 & 4�� & ���0/ ; �64Ý� & ���[�31 & �v�0/7-Ç�:/ * 1FEn�]��� * � &#J.)}¿ã�}¿ã (��)�C�V���)� äÃ�r�������V�C�"����.� * �[�6/71_1�� ( � & ?����[� ( �A-�-½�#4f� * BÊ�61�� x -�� * ���#/91M1l� ( � &K* �v� I �[�0/71�BF/91wiÒ�#4�29/71��� ;�& ���[�]��� &bI�& /91�BÝ� & �.1 * 1h� ( 4�/o���:/ * 1l�]��� J ���Ç� & �]1 * 1W� ( 4�/o���:/ * 1l�]���±� * 1h���3/91�/71�B���Ç��� *3( -�2¡���[� & ��� * E I 1�/7¼ I �x�]�T� & � ¶Uü)´ /94Ç�61h�:/ Z �v� & �31>4\�����x� * �[�[� & - * 1�4�/71�BbB]�61��1l� ( � & �31�4_�����#/o� & �]1 * 1h� (N& ?í� & � *�( -�/72o�64xE�� *�( - I�; 27/o�#2¡�ß�o<��3/92o� ; 2¡��/91>E * � ( �N�:/ * 1/91B�[���q4���� � ; � & � & � ¸KÀ ^¢·������[���é�����A2 J � ð=¹�¹Êñ ` ��i Y � � ^jiÒ�#?z� & �����32 J � ð=¹�¹�º ` �31�4� m¨Y ��� Os� ü�¶ ��^ ³ �3/o� * � ���31>4 ³V* �v�aS ( �31�1j� ðo¹�¹Çð `XJ.)}¿ã�}/. æ$�H���Á���{���U�C�% � * ���32 * Edf ð ö º g ©T*�I �01l�32�� ;>& ���[�]��� & ?z�v���q4 * ?�1>2 * �34Ç�645E�� *�( iÒ�#4�29/71�� I�& /71�Bß������ ü � & �v�r<Ê����^��W���:-�° xxA& � &#J � ; / J �]� J�I S ` ^-��4 *�; 1 * <±���H�32 J �zl3g�gvl `XJ cØ�]� �w4 * ?�1�2 * �A4��64iÒ�#4�29/71��P�61h�[���8?�� & �[�#¼ I /o���64!� * � * 1h� �3/71å���U2¡�T� & � * 1�� ¶Uü[´�x BÊ�#1��D1l� ( � * � * 1��* Ez/�� & � &0&T* �#/©���[�64 & �]1 * 1h� ($& /91ß�����x���,+p� ;±* 4Ç� * Ej�[����� ;�& �[���]��� * �{/917�����x�:/��:2o� JnY 1�34�4>/¡�:/ * 1j��������i8c � k �[�v� ( ! � �]��� �l�]� *�( �p�v� & �v�v���#<]/ & /©�]�¤!�?�� & �[�6¼ I /¡�[�#4Á� * 29/ ( /¡����Ç� & �T���[� �·� * ���Ç�±� � *�& �#1 (N* 4��62 * �0BÊ�31�/ &T( ���]�T� & � J ���Ç� & � & �62o�����0/ * 1Ü���0/¡�[�v�T/©�E * ��ié�64�27/91��Ý� ;�& �[���]��� &F( �T�31Ú�[�l���B� *�( -�2o�����62�� I 1�� �l�]�[�]���[�v�T/9Qv�#4Ó�]�T� & � ¶Uü)´m& �?y��/¡� �±�]�[�\1 * �)4�� & �v�T/ ; �64h/71Ò�[���b27/¡��������� I �[���]���v�j�]���è�X+Ç�#2 I 4Ç�64hE�� *3( �����è� I ���[�61h�& �����:/ & �0/o� &#J.)}¿ã�}TS æ$�H���t� �T�U�r�C�¶ �v� I �[���61���� &N* E��]�T� & �NBÊ�61��F1�� ( � & ?����[��� �32729/¡�642� & ð ��/7E�� BÊ�61��F1�� ( � * �r�31h�* E\/¡� &F& �]1 * 1h� (N& ?�� & -���� & �#1h�5/71·��iÒ�64�27/91��!� ;�& �[���]���T���31�4Ög * ���Ç�v�T?�/ & �é^ & �v��=� ; 2o� ö>J ð `XJxY 1 * �������K? * �T4 & � Y)I>& �_��4>/ & ���[�����r�R? * O & ������� (N* 4Ç�62 * E�-���� & �#1��v� * �� ;�& �61���� * EL�NBÊ�61��q/91Ý�FiÒ�64>29/91Ç�è�#1W�[��� J �����D4���� � & �����./¡�6274��64Ý�_� * ���32 * E ö ð]ð l ¹� * O * �v� I �[�0/71�B@-l�3/¡� &�* EdB]�61�� & �½� ($* 1�Bx?y��/o� � ð gvl ñ úb?z�v����� * O * �v� I �[�0/71�B@/91��R? *$* �(N* �[��� ;>& ���[�]��� &6J�% � * ���32 * E Å f ð f@-Ç� * �[�6/91 & �]�[��� * <]�v�[�#4 ; �B���>/ & 1����R? * �TS J

Page 81: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YWóíìÊóà÷Dî���ïz���õ ð$

�t�����_����������� �_�_��������� �¢¡G�¤£�¥§¦G�&��¨§©��_ª_�_¥_«Q¬¤£¤­�� ®¤¯Q�_°±�Q�_���³²�´�µ �&�U�¶Q·��8¸¹���º�»�_¼½´8¾�´��8µ�¿Q�¤¿l�8À�¾_�&¼¤���¹�*¯��8·��º¾Á�!¾Q¸¹��·¹´¹¼*¸&�!¾¹�l¯�·���¸¹�Â�!¾&¿§����_�¤�8¾±Ã¤¶6ÄÆŤ��´8¾��lÇ�Ä0����·��¹�!¾���´����l��Ä4È���É�´¹¼º� ²��ʹ�8¯Â´�·¤¸��Â��¾Q¸Ë�8Àl�����_�_�����¤¼�´��lÌ�¼Q�8�8¾&¼��¹¿ÍÄ$Ì�¸¹´8¾¹À��8·_νÏQ¾»�ºÐ¹��·Â¿��º¸Qµ�ÄÌ�¸¹´�¾�À��8·_Î6Ä$�Q´����*ÀÂ�8·�¾Ñ�8´Òª¤­Q�Q�_Ó_¬QÓ_�_�_��ÄÆÏ�Ì����Ô¤���lÌ_´¹¼Q¼º��´�·��*�¹µÂ¼��¹¿Õ¼���·���ÐÑ�¤¿Q�8´_��¾Q�&¼¤���_´¤·�¯&�8·��±¼¤�º�Q¯��¤��ÉË�¤¿}´¿º�_¯¹·�´��&�_�¤�¹¼º����´¤·Ö´¹¿_¿��8�Q°��8µÖ�8À �Q�}¾_�&¼¤���¹�*¯��8·��º¾&¿}¸¤��´�¸Ë¼¤�Q�*¯���·�´�¸&�ºÐ¹����µÀ�´¹¼������º¸¹´�¸¹��¾_�&¼¤�¤���Q¼�µ¤¸��*¯���´¹¿º�»�¤¼�¸�·�´8¾&¿º¯&�8·¤¸X� Ô_�Ñ�*·¤¸¹�Q�8¾ ¾_�&¼¤���¹�*¯��8·��º¾&¿¸¤��´�¸Ö¼¤��¾Q¸¹´��!¾±×QØ�¯��8¯�¸&�*Î��½·��8¯Â�_´�¸�¿�¦{×�Ø�Ã��Q¯&¿Q¨}´�·��}¯�·��*¯���¿���Π¸Â�À��_¾Ñ¼*¸&���*¾Ö´¹¿l¿*¸¹��¯_¯Ñ�!¾��Ë¿�¸Â�*¾��¹¿ �!¾ Ù¹´�·_µÂ�*¯_����·&�!¾�¬��Â�¤Î��8´�¸¹�¤ÎÕ¸Q·¹´8¾&¿º¯���·¤¸¯�´�¸_�QÚ¹´�µÂ¿�� Ź��·��¢Ä4¯¹·���¸¹���º¾Û�º¾Q¸¹��·�´�¼*¸&���*¾Ñ¿}¸¤��´�¸Ö�Q¼_¼º�¹·Ò´�¸Ü�!¾¹Î��ºÐ&�*Τ��´��×QؽÃ��_¯&¿ÝÚ¹��·¹�Ò¿�´8�Q¯�����Îl�Ñ¿Q�!¾��Ü���_�&��°Ñ�����*Þ¹��Îl¾_�&¼¤�¤���*¯��8·&�!¾&¿l´8¾¹Î½µ��Q´¹¿*¸��ɤ¸�·�´¹¼*¸�¿�� ß���À��!¾�ν¸¤��´�¸��´8¾¹µ�¯¹·���¸¹���º¾&¿Ý°Ñ�!¾�ν¸Â�}×QØ�ä�_¯&¿ �!¾½�»�*�����8µ·��8¯¹·��8Î��&¼��!°�����¯�´�¸_¸¹��·�¾Ñ¿§� ���&��¾��à�º�QÓ}¯�·���¸¹�Â�!¾&¿Ò�*Î��8¾�¸&�*À��8�¤Îl°�µ}��´¹¿_¿�¹¼*¸�·��º�Â��¸�·_µ�ÄÆ�&�Q¿�¸lÚ���·���Ù¹´�·_µ���¯_����·��º¾&¿½´8¾�Î�¾_�&¼¤�¤���*¯��8·&�!¾&¿§�Ô¤����¶¹Ì�×�Ø}¾_�Ѽ¤�����*¯&�8·��!¾ÖáÑâ!ã�ä�å8ã ´8¾�ν¸¤���½Ø¤Ç_×QØ�¾_�&¼_�����*¯���·��!¾&¿�áÑâ!ã�ä»æ�ãVÄá&âºãHç�è7ã�ÄéáÑâ!ã�ê�ëQë?ã�Ä2´8¾�Îlá&âºã�ê�êQìíã ��É��»�!°Ñ�º¸¹�¤Îl�¹�8¾���·��_¼±�!¾Q¸¹��·¹´¹¼*¸&����¾&¿}Ú&�º¸¤�Ù¹´�·Qµ��*¯_���¤·��!¾&¿Í¡��_´¹¼º�l°��*�_¾¹ÎÒ¥Q¬_¬��*��Î��*À_À¹��·��8¾Q¸ÒÙ�´�·_µ��*¯Q����·��!¾Ò°Â��¸¹´¹¿ÍÄ�!¾&¼_�*��Î��!¾¹�Û���Q¯��8·_¸&�!¾&¿�´¹¿ÝÚ¹���_��´¹¿���É�¯���·¤¸&�!¾&¿��ÏQ¾��¤É�¯��¹¼*¸���Î��8µ�Ä$¸¤���±¿�´��Â��Ã��_¯&¿�´��Q¿_� ¼�´8¯Q¸¤��·¹��Îl¸¤���}����É�´�����·��¤¼�áÑâ!ãHî�ä¤ã¼¤�º��¯�����ɱ´8¾�Îlá&âºã�å�ã�� ï!¾Ü¼¤�*¾Q¸�·�´¹¿*¸6Äé¸_����×Qð_×QØ�¾_�&¼¤���¹�*¯��8·��º¾&¿�á&âºã�ê?ã�Äá&âºã�å�ã�Ä$´8¾�Îlá&âºã�ìQë?ãñÚ¹�¤·��}�&�8·��±¿�������¼*¸&�ºÐ¹�Ò´�¾�ÎÕ¼�´8¯Q¸¤��·¹��Î��&�Q¿*¸Â��µ¸¤����òUóíãSæQç!ã��OòUó;ã§ìQë?ã ����¸¹��·Â�8Î����Â�¤·�� ß_����¾ ¸_���Ò¼_�*¾&¼��8¾�¸Q·�´�¸&�¤�*¾Û�8ÀôQõ ã§êíã�¬¤Ø¤Ô_¶½Ú�´¹¿�������й´�¸¹��ÎË�!¾ ¸¤���l��ɤ¸Q·�´�¼*¸�¿t¸Â���»���»�¤¼t¸¤�Â�¾_�&¼_�����*¯��¤´¹¿!�»�¤¼ �8¾QÐ&�*·Â�*¾¤�Â�8¾�¸6Ä鸤���}¯�´�¸_¸���·�¾&¿ �8ÀÖ�!¾Q¸¹�¤·�´¹¼*¸&�º¾�� ¯�·��8¸¹���!¾&¿¼º��´�¾�����Î�¡$��ɤ¯��8·¤¸&�º¾&¿½��É��Ñ�º°Ñ�º¸¹��ÎÕ��¾_��´8¾&¼���ν°Ñ�!¾�Î��º¾��l¸Â�t×�Ø�Ã��Q¯&¿ÍÄ"´8¾�Î���Q¯&�8·¤¸&�!¾Ñ¿½��É��Ñ�!°»�º¸¹��Π·���Τ�&¼���ν°Ñ�!¾¹Î��!¾���� Ô¤����·��¹¿º���8¸�¿}Î����&�*¾Ñ¿*¸Q·�´�¸��´����_�*°�´¹�t·��Q���½À��8· ô_õ ã§êíã�¬_Ø�Ô_¶Ö�*¾lÙ�´�·_µ��*¯Q����·��!¾Â¬8¾_�&¼¤�¤���*¯��8·&�!¾�!¾Q¸���·�´¹¼*¸Ñ���*¾&¿½´8¾¹Î�¯¹·���Ð&�*ι�l´�·���Î��!�Â�8¾Q¸¹´¤·_µ½�´8¯Ü�8À½¸¤����·��*�Q¸¹��¿Ý¸_��´�¸Ù¹´�·Qµ��*¯_���¤·��!¾&¿}¸¹´�Ù¹� ´¹¿�¸_����µÖ¼�·��Q¿_¿t¸¤�Â�t¾_�Ѽ¤���_´�·½¯���·��Ò¼_�º�Q¯����¤É��¶¤²Ñï*ÊX©��_�º�_«_£Q�Q�¤£

ö�÷�ø�ùûú ö�ürý °ÿþ��¹÷�����ù ú�����öÍú�� ������������������÷��Æú���ù�����ú��� ø��� �:÷�!� ü ö#"�ú�� $����%�&$��'��:ú�!(�%�������Gú(��÷��:ú)"�����"�ù����%"&.ú(�+*,� ü ú ü á&â!ã&å8ã.- ü ö#"�����÷�ø��� �.÷�!�/!(�%�& � �ûø�01.ú(��÷2!(�%0��&��� ý �34"�ú5!����6��!(!�0��4�Gú(��!7ú\øÑú67Xú7ú(�2÷�ù ù84"�ú ý:9 ����;Ñú(�Gú(�&."<���%"�ù����%"&:ú(����ú(��ú���÷������� ��.ú������ ü ö#"�ú��40��=����÷�ùûù>!����6��!(!�0��4�Gú(��!7ú(�5�¹ú(�4�@?�ú��A�,�4�%�/÷�ùûù>�ú(��ù�����úB��÷�ø<� �:÷�!�4�÷C?8÷��ûùû÷�ø�ùûúD$��ûú�ù��E "�úF��ú67G�%� HE0��:ú����,�%�I4"�úF�Â÷�4"J7X÷C$3ú�� �:÷�!�4���%� ü

Page 82: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

YJKML%K+NPO%QSRUTWVYX Z%[

ö#"�ú\��ú�!(��� ���%�E���U7W"���!]"3÷�� �4��!(�û÷� ���%�^���_ "�ú`� � �%����ú�� #7W�@ "���� ÷5�%�@?�ú(�E�Gú�W��0<������<�3 "�ú5�Â÷� "&7X÷C$a!!÷8ù�!(0¹ùn÷�4���%�����'øÂ÷��:ú��b�%�� "¹úP�.÷C7c!(�����1!�!(0�� �:ú���!�úd!��%0��& üfe ��ù@$7W"�ú��^�:ú?�ú(�:÷�ùg�h��:ú(�& �û÷�ù&÷��4� �1!��n÷�4���%���i"Â÷C?�új "¹ú`�.÷�� úD�J0��\ø&ú(�_���U!(�k�6��!(!(0<�4�:ú���!�ú��(l���f "�ú'?�÷8ù�0�ú'���# "�ú3�P0< 0�÷�ùG���<�,�%�4� ÷�4���%�b0��Gú(�m �éø<�:ú!÷�Hn "¹ú3 � ú ü ö#"�ú3�P0< 0�÷�ù���1�,�%�4� ÷� ���%�f� ;÷k ���� ��!F*-#po - �,� �%�c���<�,�%� ��÷k �����/ "¹ú(�%��$2*q�j����ù ú�øÂ÷�0<��l ýCr%r%s - � ú�÷k��40<�:ú(�\4"�ú�ú��.ú��&F����÷��4� �1!��n÷�4���%�éø&ú�67�ú�ú��n67S�2��ú(��ú��\���$÷^�%�@?�ú��t���1!�0��ú(�&F!(��ùu�ùûú�!�4���%�\ø&ú�$��%���) "Â÷k�ú�1�Ñú�!�:ú(���:ú(� 0�ù�4�����.�,� �%�c!]"Â÷���!7ú ü ö#"�úW�P0<40Â÷�ù1���<�,�%� ��÷k �����#pov*,w�x]y - ø&ú�67�ú�ú���67G����ú���ú(�WwJ÷�����yz���#�%��?�ú(�4ø&$v{

#pov*,w�x]y -i|~} �� ��Y*�� � x � � - ù��%�

�Y*,� � x � � -�Y*�� � - �Y*,� � -*q� ürý -

�j���#��� �������I��� �����8�U�S�.� �<��� � ��� �G���¡ �¢S� ���6���\£ö#"�új�Â÷� "&7X÷C$]÷�ù��%�%� �� "<�¤������ù ú(�ú(�& ��4"�ú`�%�Gú�ú��<$�� �:÷�.ú���$) ��÷����� "�új� � �%����ú�� ú(�<��ú\�,�4�%�¥4"�úF��ú(���%"_øv���4"����1�E���¦4"�úF�%�4�§7W���<����÷� "&7X÷§$2���3ú�?�ú�� $2��.ú(� ü

¨���� � d��� ÷8ùûù©l¦ "�úE0��<�����Gú(!�:ú(�ªli7�ú(����"J:ú(�«�%�.÷���"m���D�Â÷�������7W���:ú ÷��4�4��!(�û÷� ���%���/��� �:÷����Gùn÷�:ú(�A���& �Æ÷������:ú(!.ú����%�.÷���"�ø&$¬�:ú���ùn÷�!������4ú�?�ú(��$�ú�����út*,­¯® ° - ���& �267G������:ú(!.ú��0÷�� !(�/*q­^± ° - l�÷����n*q°)±²­ - ü¨���� � ) "¹ú�0<�������Gú(!.ú(�+�%�.÷���"+�Gú(���Gú(�Gú(�& ������÷�ù ùG "¹ú��Â÷������©7W���GúE� ;÷k ���� ��!!÷�ùV÷�����4��!(�û÷� ���%���F��ú��4��?�ú(�A�,� �%�� "¹ú�:ú�� ���'���������2���f4�.÷����Gùn÷�:ú(�¬���& �0÷������:ú�!�.ú��A�%�:÷���"�40<!]"�4"Â÷��ú�?�ú(��$20��������:ú(!.ú��Æú�����úF³ | *q­E®²° -I´tµ ���I�Gú(���Gú(�Gú(�&.ú��éø&$^67G�÷�� !(�³�¶ | *,­·± ° - ÷����¯³C¸ | *,°�± ­ - ü ö#"¹ú^7Xú����%"&d�%��øv��4"�ú(�<��ú(�)³�¶�÷��<�¯³C¸d������¹ú(�& ��!!÷�ùg4�d "�ú\7�ú(����"JD����³ ü

¹j�§7Ò÷8ùûùv4"�ú\������ú(�#4"Â÷�Fº»"Â÷C?�ú�º����<�,�%� ��÷�4���%��÷��:ú\� ÷�� H�ú(�4÷��#�h��:ú(�& �û÷�ùg�ú(�d�ø&ú(�4�'���.4"�ú��Â÷k "&7�÷C$½¼ ü�¾ �<�� �û÷�ùûù@$%l> "<���)7W�ûùûù�ø&ú�����ù�$m4"�ú���;÷��� �6�<�1��ú�� ü¡¿ ú��:ú "¹ú'��;÷��� �6�<�1��ú��:ú����:ú��:ú��J4��÷��Gú(!7ú(�<4�%�/���n "¹ú'!7ú�ùûùi� 0�� �9÷�!7ú üE¾ ��ú�?�ú�� $n� :ú(�ªlY "�ú���1�,�%�4� ÷� ���%��!!÷��b�%��ù@$4øÑúd�Â÷��4�:ú��b�%�t �E��� ��.ú������`4"Â÷�\!�÷��"ø&úd�����Gú(!�:ù�$��:ú�÷�!]"�ú�������%��úF��.ú(� ü ö#"�ú(�Gú\÷��GúF�:ú(�<�:ú(�Gú(�&.ú��$÷��# "�úf�:úM�À���������:ú(!D��ú(���%"_øv�%� �j����¼ üS¾ � "¹ú^��ú(� !(� ���<4���%�����I "�ú]÷�ù��%���4��4"����������:ú�0�������!(����úb*,�:ú�ú ö�÷�ø�ù ú3� üÁ9 - l¦ "¹ú^������ú(����S "�ú'�Â÷� "&7X÷C$�÷��:ú���ú(����.ú(��÷��5¼¦ÂÃ7W"��ûù ú)4"�ú��Â÷� "&7X÷C$�ú�����ú��P¼¦Ä üEÅ �����ûùû÷��:ù@$%l "¹ú`������ú(�G���]�Æ�����:ú(!.ù@$�÷��kÇ:÷�!�ú��&I �f "�ú.��÷� "&7X÷§$�÷��Gú`��ú�����.ú��3÷����f«7W"<�ûùûú'÷�ù ùú(�<��ú(� ùûú�÷������<�P�,�4�%�¥¼È± �Û÷��:úF��ú(�<��.ú��0÷�� �FÄ ü

¨��4�%�Ò÷8ùûù�4"�úX÷��4!(�Y¼Æ± �½ "Â÷k¦!��%0�ù���úB�1:ú(���/ "�ú_ɧ÷k "&7�÷C$/���§7A4"�úWÊËqÌ ÍkÎ�Ï�Ð]ÊË�%��ú#���>!]"��%�Gú(��*9ö�÷�ø�ùûúG� üÑ9 ù�����úIÒ - l_÷��<�)4"�ú#��ú7�ù�$d�Gú!÷�!]"�ú��'�<�1��ú#���>�'�§?�ú(�d�,�4�%�Ü� �f¼Ó* ö§÷8ø�ùûúW� üÁ9 ù����¹ú#Ôk� ýCÕ - l&"�ú���!�úD���1��ú7ù������` "¹úD���<�,�%� ��÷�4���%�f �:÷���� � ú��6÷�ù��%�<�. "�ú���%� .4�40���.ú��n!��%����ú�!� ���%�$÷C?8÷��ûùû÷�ø�ùûú�÷�\4"����.��.ú�� üdÅ 0¹ø��:ú�Ö�0¹ú(�&.ù@$%l��¥���.0<�v�Â÷k.ú(�ø&$3÷����<�����÷�ù ùg "�úF��ú����%"_øh�%�4�#���¦4"����W��ú7Ã������ú\ �)��/* ö§÷8ø�ùûú\� üÁ9 ù�����ú ý Ò:� ý Ô - ü

Page 83: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KML%K+NPO%QSRUTWVYX Z%Ø

¾ �5�%� ��ú(�U4�D�,�%��7�÷��4�/4"�ú_���<�,�%� ��÷k �����.��ú�ú��Ñú��¦���& �W "�úi��ú67G�%� H�l¤÷�ùûù¤ú�����ú��Y4"Â÷�ùûú�÷��ÿø�÷�!]H&7�÷�� ���>�,�4�%�±�¡�%�& ��÷DHJ���§7W���<�1��úS���5¼�÷��:úXú7ù����'���Â÷�.ú��^* ö§÷8ø�ùûúS� üÑ9 ù�����ú9�Õ � 9�ý - ü ö#"����G�4������ù ú`�ú(!]"Â÷��<���4� ú(��� 0��:ú��D4"�ú\�����:ú(! ���%�Â÷�ù���6$)���8 "¹ú\���<�,�%� ��÷k �����Ù �§7 ü � ù��%�%�4�@ "�����!�÷�ùûù@$E�4�&ú!÷�H�������l ¾ �%�4�§7Û÷E� ÷k�1���P0<�Ú�4��÷����������E �:ú7úd�,�4�%�Û "�ú� .÷�� ��6������ú\���J4�d "�úF��ú67G�%� H üö#"�ú����4��!�ú���0��:ú).ú��4�����Â÷k.ú(�F�@��÷E������ú)7W�� "<���2÷E�:ú�/���G��ú(� ���%�Â÷k.ú(�b.ú��4�����Â÷8ù

������ú(�a*q�� �%�1�Fù���� - ���'"��@�*9ö�÷�ø�ùûú�� üÁ9 ù�����ú ý�ý � ý � - ü½¾ �½ "�����7S�%� HhlI4"������ 4�%�1�Fù������:ú����:ú��:ú��J4��÷�ù ùªHJ���§7W�� �:÷����4!��4���< ���%�E�9÷�!�4�%�4�# � ���%��ú(�4�����d "�úf!�ú7ùûù�0�ùn÷��G�:ú(� �v�����:ú/��� "¹ú_�J0�!7ùûú�0�� ü ö#"¹úS�Â÷k "&7�÷C$F!�÷��5���§7�øÑú_�:ú�!(�%���� � 0�!�:ú(�\ø&$�øÂ÷�!]HJ4�.÷�!]HJ�����M÷�ù��%��� ÷�ù ù "¹úf0<�:ú(�0÷��4!��'ø�÷�!]H3 �) "¹úf��;÷��� �����1�¹ú3*,�:ú�!�ú(�1 �%� - ü_¾ ���9÷�!# "�úf�Â÷�4"&7�÷C$EÜ����<�����!!÷��lø&ú¬�Gú(�&ú!÷�:ú(�Ã0<�J4�ûù ÷¯�%��?�ú(�p��0<�\øÑú��2���54�.÷���� !(� ���<4���%�Ý�9÷�!�4�%�4�2"Â÷C?�ú�ø&ú�ú(��:ú�÷�!]"�ú�� ü ö#"¹úf�Gú(� 0�ù�D���Y "����#���4��!�ú���0��Gú/���I7W"Â÷� ¾ !�÷�ùûùv "�ú'Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐF�Â÷k "&7�÷C$ ü�j���#�6â �¡ã\ã � �.¢ � �<�1�D� ����� �Yã=ä � � � � � �åXú�!!÷�0��Gú# "�ú/Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ#����?�ú��� "�ú#� �%0��%")�����:ú�!� ���%�d���� "¹ú#���<�,�%� ��÷k ����� Ù �§7Fl&7W��4"1��%0<�!�ùû÷����������I4� ø&ú.æ z�ç �Â÷� "&7X÷C$�÷�ù��%���W7W"���!]"54"�úG���<�,�%� ��÷�4���%�F��ú�!�ú��4�.÷��4�ûù@$F �.÷C?&�ú�ù��I���^?��@?%��l��<�4��:ú(���<�#!�ù����:ú�ù@$]÷��4�4��!(�û÷�.ú��^7W��4"24"�ú�Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ`�Â÷� "&7X÷C$4÷��:ú�÷�����ú(����2÷2�:ú�!(�%���n�Â÷�� � ü ö#"¹ú�èéiÌ ÊË#Ê]ê�Ðë�ë4è�÷�ù��Gú!÷��1$a!(���J.÷����<��÷2�4���%���@Ü�!!÷��&F�J0��\ø&ú(�F���������ú(� ü~¾ �·���4��ú��' �nH�ú7ú(�· "¹ú��:ú��40�ù@ �^!��%��!����:ú�l#����]÷�ùûù#���\4"�úm*,0��½4�A�:ú?�ú��.÷�ù"J0������Gú(� - ��� ��.ú������`4"Â÷�F"Â÷C?�ú�÷��2÷�� �4��!(�û÷� ���%��7W��4"2÷2�ú(�ÿøÑú��.���_ "�ú�Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ÷��Gú/�����4��ùû÷C$�ú(� ü ¨��%�'÷�ùûùU÷��kÇ:÷�!�ú��&.������ú(�D "�ú/�40��ì����!(����!(��.÷� ���%���#7W��4"�4"�úEÞ]ß�à]ákíÞÍkÎgÐl<îgï]l<���_!(���'��01.ú(� ü ö#"����G$�� ú�ù��<��÷��^�§?�ú(�.÷8ùûùÑ÷§?�ú(�:÷���ú`?8÷�ù�0�ú`���8!����6!���.÷� ���%�'ðjï]l÷����A�%��ù�$t4"�ú3�<�4��:ú(���<�f7W"�ú��:ú2îgï5ñ�*qðjï�ò�ójô�õ%ö ÷�øgùJúBö�û:ü - ÷��Gú3H�ú��< ü�¾ ���%� ��ú(�f �H�ú7ú(���%��ù@$'4"�ú�ú(� �:ú(�&4�n÷�ùS÷��4�4��!(�û÷� ���%���F* ú(����ú(� - l< "¹ú(�E�,�%��ú?�ú(��$4÷��kÇ:÷�!7ú(�&W������ú.�@ �÷C?�ú��.÷���ú�� 4�:ú����� "A����÷��4�4��!(�û÷� ���%�t7W��4"¬4"�úaÞ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ����\��ú�:ú(� �'����ú(� ü åS$b��� �%�1��������/4"�úM÷�� �4��!(�û÷� ���%����øÑú7ù��§7�÷C?�ú��.÷���ú�l¹ú?�ú�� $ ÷��4�4��!(�û÷�.ú��3��� ��.ú����'���6ù����<H�ú(�� �f "�úÞ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐf�%��ù@$^?��n÷d "����:úÿú�����ú��j "�÷�`"�÷§?�ú\÷��0÷�øh�:?�úÿ÷C?�ú(�.÷���ú/7�ú(���%"&M÷����%��� ÷�ù ù "¹ú�÷��4�4��!(�û÷� ���%���I���� "<���#��� ��.ú����E �d "¹ú3Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ ü�j���#��ý ���>���i£ � � � � ��`�W��ú��4!��4�ûø&ú(�0÷�øh�:?�ú�l� "¹ú�÷8ù��%�%� ��4"��þ���#��ú�:ú(� �'�������� ��!`�%��?�ú(�2 "�úF7Xú����%"&:ú(�����&.ú(���÷�! �������%�:÷���"Æ÷����Æú(�4�Gú(�& �û÷�ùûù@$2�Â÷��:÷�� ú.ú������,�Gú�ú ü ö#"�úÿ÷��'��0��&j�����%0<4��0<j���D��� Ù 01�ú(�<!�ú(�2ø&$�67S�2�Â÷��.÷�� ú.ú(� �(lg7W"<��!]"t!(���J4�4��ù¦ "�ú3ʧÐ4ß�Ì à]êtÿ�Ð��hË,ê"÷�����ʧÐ4ß�Ì à]ê����qÿ�Ë�ê üö#"�ú\ʧÐ4ß�Ì à]êEÿ�Ð��hË�ê���ú.ú(� �'����ú(�i"��§7Ý� ÷��&$�ú(�&4�4�ûú��S���d "�úD� 4�%�1�Où�����j*, �:÷���� !(�4���< ���%��9÷�! �%� � - "Â÷C?�ú54��ø&ú5�:ú�÷�!]"�ú��éøÑú�,�%�:úf "�ú�÷�ù��%�%�4�@ "��þ.ú(� �'���Â÷�:ú(� ü ö#"¹úÿø&ú(��úÜ�.��� "<��� ÷������ �¤÷�!]"����\ "Â÷�F4"�ú(�Gú3���F������ú�ú��A ��� ÷�H�ú ÷��&$2÷��4� 0����< ���%����÷�øv��0<F "�ú

Page 84: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KML%K+NPO%QSRUTWVYX ���

� �����������������������������! | *#">x µP-�$&% ��������')(���* % î $+ *���,- �)��.�')(���* %0/1$ ���32 ³§ùJü�ú�÷�43³65�ö ÷87

9�:<;=����>��?@A� %CB 99�DE; ¼� B î9�FG; ¼¦Ä B0H9�IJ;LK  BNM öG{%ö ´ *O"QP«î - x 2 ´ î�x:* 2 ±²ö -I´tµSR9�TE;LK Ä BNM ³ | * 2 ± ö - { 2 ´ î�x]³ ´tµUR9�VE;W���X�.�*Y�ZK Ä\[|]H �����0����>��?@A� %N^ 2 ³§ùJü�ú�÷�43³65�ö ÷879�_G; ³a`cbed B ³/{J³�f»ó.³Côhg<÷�öGñ¡ø@f»ó.³Côhg�÷<öBx]³ ´ K Ä>xBø ´ K Ä9�iG; ¼YÄkj B ³a`cbld | *q­E± ° - {&­ ´ ¼�ÂWx ° ´ K Â9�mE; ¼¦Ânj B °:o9E; K Âqp B °:�:<; or� ° ´Z/ 7Cs�s �t*��0�@(���*0uv % �C��*���,-A�)��.�')(���*:oDE; ����>��?@A� % j B ::AFG; *�w�x�.oy���*�'�*)oz��|{�(oy�� % � °�7: IJ; {)�)xo} + ���)xo}E� ° $ î~7:oTE; *�. % *:oVE; s�s�� ��������*��:A_G; K Ânj BNM óÈ{h*q°P® ó -G´tµ x ó ´ "3P¡*q¼\� K -�R:AiG; K Ä�j BNM ³ | *q°P® ó -G´tµ x4ó ´ "�P¡* ¼\� K -�R:omE; *�����oD�9E; � BNM *q°P± ü - {&ü ´ ¼\� K x§*q°d± ü -G´aµURD�:<; ��*�.�*��)*���� 7Cs�s ��*�,@(�u)*C���)*\{t��xo}���������*���z�* %D�DE;Z*����]���X�.�**����Q� �����������������

ö§÷�ø¹ùûú\� üÁ9 {iɧ÷k "&7�÷C$&��¨¦�����������)� ù��%�%�4�@ "�� ����É>�:ú�0������e�G�1�¹ú

Page 85: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KML%K+NPO%QSRUTWVYX ���

� ÷k�1��� ÷�ù¢ùûú����� "A��� ÷��Â÷�4"&7�÷C$ ü �þ����;Ñú(�Gú(�&d�:ú�÷��4!]"¯��ú��< "m�<��ú��P����\÷�ù�:ú(�F "�ú �:÷:ÇGú(! �%��$t���_ "�ú1øÂ÷�!]HQøh�%��ú ü ö#"¹úú;»ú�!�/���\�ú(�Gú�ù�$� "Â÷k ÷3ø<�.÷���!]"n��� ÷��<��ú(�b � "¹ú ø�÷�!]H_øv�%�¹ú/�Â÷k "&7�÷C$E�,�%�Vú?�ú�� $Æ÷������@ ���%�Â÷�ùh������úF���E "�úF�� �%�1�Fù���� ü

e ��!(�%0�� �:úG4"�úXú;»ú�!�>���� "�úX÷�!�40Â÷�ùJ?8÷�ù�0�ú_����4"�úDʧÐ4ß�Ì à]êdÿ�Ð��hË,ê5�%�54"�úG�Gú(�40¹ù� ������Â÷�4"&7�÷C$&��Ü���0��:úS���U��ú��Ñú�����ú(�&��%�f4"�úi��ú�67S�%� Hf!��%�&.úB�1¦���¹÷D����?�ú��/��;÷��� �����1�¹ú�l�ø�0<����ø�����ù��%�%��!!÷�ù�.ú��4���I��G!!÷��3ø&ú.�4��0��%"�ù@$3� 0��'� ÷�� ����ú�� ÷��G�,��ùûù��§7W��{��Ý"�ú(�2�� �%���<������%��4"�ú5Ü�� � `�%�`�Gú(!(�����a �:÷����4!��4���< ���%���9÷�! �%��lv4"�ú5�Gú(�40¹ù�.0<�40Â÷�ù ù�$����'÷'?�ú(� $0øÂ÷�� ��!�4���%�Â÷�ù������t!�÷��4!�÷���ú ü �Ý"�ú��½� 4�%����������÷���.ú��)4"�úE "����4�¯ �:÷����4!��4���< ���%�m�9÷�!�4�%�d"Â÷��ø&ú�ú(�E�Gú!÷�!]"¹ú(�ªl� "�ú.���.÷���"�÷�ù�� �5!��%�&;÷������S4"�ú`���%� G�����Gú(!.ù�$)�Gú!÷�!]"¹ú(�E���§7W���� �:ú�÷����� �1!7ú(�4� ü �Ý"�ú��¯Ü<?�ú2�%�P���%�:ú' �.÷����4!��4���1 �����A�9÷�!�4�%�4�1÷��:ú^����!�ù�0���ú(�gl�÷8ù�.ú��4�Â÷k ��?�ú�4��0<.ú��M÷������ ú�ú���øÂ÷�!]H3ù����%���#?��n÷�!�ù��%�:ú7ù�$3÷�� �4��!(�û÷�.ú������ ��.ú������ ú(�ú(� ��ú ü ö#"�ú��:ú�,�%�:ú "¹ú)ʧÐ4ß�Ì à]êaÿ�Ð��hË,ê����'÷��0ú!÷�� $27�÷C$�����!(�%�& � ��ùûù������P4"�ú\÷��'�%0<�JD�������<�,���4� ÷� ���%�^ �ø&ú úB�� �.÷�!�.ú����,�%��÷d�%�@?�ú����Gú(!�ú��< ��� üö#"�újʧÐ4ß�Ì à]ê����qÿ�Ë,ê5!(�%�&4�4��ù��¦ "¹úS�,�.÷�!� ���%�5����÷��4� �1!��n÷�:ú(�5�9÷�!� ���4�87W"���!]"1÷��GúGH8ú(�<

÷��Pè �WÐ]Ê]ê>è8÷��4�%0<���f4"�ú6øÂ÷�!]H_øv����ú ü �¯4"��:ú��4"���ù��5��� ý � ú�÷����U "�÷�Y�%��ù�$.���1�¹ú(�U7W"���!]"÷��Gúÿú(ÖJ0Â÷8ù¦�%�'÷�øh�§?�ú\÷C?�ú(�.÷���úP!(������ú(!.ú��a �'4"�úÿø�÷�!]H_øv�%�¹úP�Â÷�4"J7X÷C$é÷��:úfH�ú(�1 ü`¾ � "<���# "��Gú(� "���ù������ ù��§7�ú(�:ú��ªl� "�ú��é÷'"<���%"�ú��W��0<�\øÑú��j���>������ú(�'÷��:úfH�ú��< ü�� �@?���������� "¹ú1÷§?�ú(�:÷���úd!(������ú(! �@?1�@6$a����÷�ù ù§÷��4�4��!(�û÷�.ú��a�9÷�!�4�%�4� øJ$� "�úP7W���< "a�9÷�!� ���`$��ûú�ù���� "¹úf4"��:ú��4"���ù��� "�÷�D���D0��:ú�� ü ¨���� úB�¹÷��'�¹ùûú�l&÷��:ú!÷��4!]"�7W���< "���� 9 7W�ûùûùUH8ú�ú��t�'�%�Gú*q� �%0��%"¹ù�$2÷�øh�%0</67W��!�ú�÷��5� ÷��&$ - ÷�� �4��!(�û÷�.ú���������ú(��l�7W"��ûù ú�÷��9÷�!�4�%�/��� Õ¹ü�� 7W�ûù ù�:ú��40�ù@I��� ÷ÿùûú��4�S��ú(���Gú\�%�.÷���" ü ö#"�ú ÷��<?8÷��&;÷���új���_ "Â÷�S "�ú��:ú�÷��:ú`�<��÷��4� 0����< ���%��� � øÑúI� ÷���úX÷�øh�%0<�4"�ú�÷8ø��4��ù�0<.úG��0<�\øÑú��������<�4��:ú(���<�� �Mø&úG����!�ù�0���ú�� ü ö#"�ú`ʧÐ4ß�Ì à]ê���qÿ�Ë�ê3!��%�& � ��ù��i "�úD�J0��\ø&ú(�_���U��� ��.ú������6ø&ú(���<�/H8ú(�<S7W�� "'�:ú��4�&ú(!�S �F "�ú ÷C?�ú(�:÷���ú!(������ú(! �@?1�@6$m���'÷�ù ù�÷�� �4��!(�n÷k.ú(�m�9÷�! �%� �P �t "¹ú øÂ÷�!]H_øv����ú ü ö#"����)������ùûú�� ú��J4�\÷ù���!!÷8ù ÷���÷��< �@?�út!�0< ����;Ã���½ "�út�Gú(���Gút "Â÷�3 "���� ÷C?�ú(�:÷���úb���3����;Ñú(�Gú(�&^�,�%�]ú?�ú�� $ù���!!÷8ùS�Â÷k "&7�÷C$�7W�@ "����A "¹úE��ù���ø�÷�ùS�¹ú�67S�%�4H ümÅ �����ûùn÷��:ù�$�lY4"�ú3÷�� �4��!(�n÷k.ú(���9÷�!� ���4�÷��Gú^!(�%�<��ú(!.ú(�¯ �a4"�ú]øÂ÷�!]HQøh�%��ú2�%�¹ù�$¬?1�û÷� "¹ú(���5� � �%����ú�� 1ú�����ú(��l6÷��1÷�ùûù6ú(�<��ú(�7W��4"4÷d7�ú(���%"& øÑú7ù��§7Ò÷C?�ú��.÷���úF�,���Vú�?�ú�� $Æ÷�� �4��!(�n÷k.ú(�E�9÷�! �%��÷��:úF���4�����Ñú�� ü�j���#��� �Ã� � �.�   �e�U����� �G��j��:ú(�54"�úE� ÷�������÷� "&7X÷§$�"Â÷��\ø&ú�ú��«!�÷�ù�!�0�ùn÷k.ú(�¡* ø&$��ú(�4�������0÷�ùûù_ "�ú34�.÷�!7ú(�d��� "¹ú\øÂ÷�!]H& �:÷�!]HJ�����^�,� �%�i÷�ùûù8�Gú!÷�!]"�ú��t �.÷����4!��4���1 �����1���9÷�! �%� � ÷����� "¹ú(��� ÷��4� �1!��n÷�:ú(��9÷�! �%� � - "�úf�:ú��40�ù@ �����)�%�.÷��<"���� úB�1�v�%��.ú����,�%�#?���� 0Â÷�ù����!÷�4���%� ü�¾ ��4"�ú/!�0��4�Gú(�&j���d���ù ú(�ú(�&;÷�4���%�gl< "�úf�%�:÷���"�����ú�1�h�%� :ú(�a���Z�\�.÷���" � ú��4!��4���1 �����Z�U÷�����0Â÷���ú'*#� � � -÷����/����� ��ùn÷C$�ú(�P0�� �����5ß���ʧÐ]Ð.*q"&44�ª{����k7#7#7 ü ÷�ø��4���& ü ��ú - ü>¾ �Eß���ʧÐ]Ð_ "�ú_�,�%�4!7ú�������Gú(!�:ú(�ùn÷C$��%0<#7X÷��j0<�:ú(�� �)��� �1��0<!�ú\ "�ú\Ü���÷�ùªÜ��%0��Gú(� ü

Page 86: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KML%K+NPO%QSRUTWVYX �� 

¨����%0��:úd� üÑ9 { Å !]"¹ú(� ÷� ��!��Gú(���Gú(�Gú(�&;÷�4���%�n���G4"�ú)��"�ú��4�%���%��ú��:ú��4�h�%���:ú��Â÷�4"&7�÷C$���m$�ú!÷���Cl�÷��Â÷��<:ú(�¯�,�4�%� * Å !]"�� ��!]H�ú�÷8ù ü l ýCr%r Ò - ü ö#"�ú2�%�4��ú��)���j4"�ú2�4���%�Â÷�ù��������!!÷��4!!÷���úE���/�:ú�ù��n÷�ø¹ù�$b�:ú�!(�§?�ú��:ú���ø&$A4"�ú^�Â÷k "&7�÷C$&�6�Gú(!��%��� 4�40�! ���%��÷�ù��%���4��4"�� *q�Gú�ú¨����%0��:ú\� ü�¡ - ü

Page 87: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KML%K+NPO%QSRUTWVYX ��¢

¨����%0��:ú\� ü�¡ {8�\�.÷���"2�:ú(�<�:ú(�Gú(�&;÷k ���������Y "�ú Å :ú 9 �A*q��"¹ú(�4���'�%�¹úf�Gú(� �v�%�<�:ú - �Â÷�4"1�7X÷§$+�:ú�!(�%�<� � 0�!�4���%� ü~e �« "�úÆùûú���� "¹úAº øÂ÷�!]H_øv����ú�º_�����4"��§7W�c*�7W���<4"1���9÷�! �%�)���Õ¹ü Õ%Õ%Õ&9 - l�7W"�� ùûúf�%��4"�ú/� ���%"&W "¹ú5�.÷�� úf�Â÷�4"J7X÷C$����W�4"��§7W�a7W��4"0÷��4�4��!(�û÷�.ú������ ���.ú������_*�7W���<4"1���9÷�!� ��� Õ¹üÁ9 - ü ö#"�úi�:ú�÷��4!]"f��ú��< "F���U�Gú�U4� ¡ l§�:ú(� 0�ù�4�����#���. "�ú>����!�ù�0��4���%����v "��Gú�úW �.÷����4!��4���1 �����)�9÷�!� ���4�`* Å :ú ý:9 �gl Å 7W���%�ªl Å 7W� s � - ü � ù ù����1�¹ú(��÷��:úW!(��ù��%0��Gú(�÷�!�!(�%� �������F �ÿ÷C?�÷��ûùn÷8ø�ùûúI� 0�ø1��!�ú�ù ù�0�ùû÷���ù���!!÷�ù����:÷� ���%�P�Â÷�.÷<lQ÷�!(!��%�4�<�����f �F "�új�4!]"�ú�� ú���+¨����%0��:úE� üÁs¹ü ö#"�ú��%�.÷��<"+!��%�4�Gú(�4�h�%���<�'7�ú�ùûùI4�¬4"�ú�H��<�:7W�½� � 0�!�40��:ú����j "�úÅ :ú 9 ���Â÷�4"J7X÷C$n*q� "��§7W������¨����%0��Gú.� üÁ9 - ü

Page 88: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× K × K¤£ªO&Xt¥�¦�Q¦X ��§

¨�©l¨ ª¬«®­°¯²±´³�­

¾ "Â÷C?�ú���ú�?�ú�ù����Ñú��Ý÷���÷�ù��%�%� �� "<�=4"Â÷�1úB�14�.÷�! ���4���%�Â÷�ù_ �.÷����4��0<!� ���%�«�Â÷� "&7X÷C$1��,�4��� �Æú���ù�����ú ÷�ø�� 4�.÷�! � ü ö#"¹ú/�ú�4"��1�2���VøÂ÷��:ú����������1�¹ú�ù������P���<�,�%�4� ÷�4���%� Ù �§7÷�ù��%���b �40<� .ú��t÷�� �4��!(�û÷� ���%��� ü ö#"�ú0øÂ÷��4��!����¹ú!÷b"�ú(�Gú����d4�A��ú���ú(�:÷�.ú0÷½Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ÷�ù��%���a "¹ú����%��P � 0�� :ú(��ú(����ú��'���j4"�úE��ù���øÂ÷�ùG���&.ú(�:÷�!�4���%�m�¹ú�67S�%�4H�4"Â÷�)!(��0�ù���ú(���û÷�.ú ÷��³ú��.ú��4�Â÷�ù#� ���%��÷�ù�÷��<�¯4�4���%��ú(�ÿ÷t!�ú�ù ù�0�ùû÷��f�:ú(� �v�����:ú ü ö#"�ú4÷�ù����%�4�@ "�����Qú(�j����j���&?%��ù@?�úÿ÷��&$�!7ù�0���.ú��4���<�'��.ú(�<�.�%�D���:úB��ÜÂù@.ú(� ����������4"�ú5������0<D�Â÷k;÷ ü ö#"�ú������ù ú(�ú(�&;÷�4���%�/���h "�ú#��� ����!�����ù ú(�>���h���<�,�%�4� ÷�4���%� Ù �§7·�:ú��40�ù@ �i���1÷\�ú�4"��1�d4"Â÷�7S�%�4HJ�#0��1���40��&ú(��?����:ú��ªl�7W��4"��%0<I���4���%�S4�.÷����������<l�÷����2��� ÷P!��%�'�¹ùûú�:ú�ù@$�÷�0< �%� ÷�:ú(�7X÷§$ ü ö#"�ú^�9÷����÷����m� ��ø�0���d�%�Gú�ú(�1$�� 4�.÷�:ú(��$�÷����¹ù��ûú��A"�ú��:ú^� ÷�H8ú(�54"�ú^�ú� "<�1�7�ú�ùûù>� 0���:ú(�b�,�%� ÷��¬���&.ú��.÷�! �@?�ú1ú(�&?���� �%���ú(�&f���t7W"���!]"¬�:ú��:ú�÷��4!]"�ú��4�P!�÷��2ú�1��ù����:ú÷����3�Â÷C?1���¤÷�:úM÷�ù ùv�h�%�4� �ûø�ù új� ���%��÷�ù������/��÷� "&7X÷§$�� üS¾ !�÷�ùûù� "����G� 0��Ñú��4�Gú�W���U� ���%��÷�ù�������Â÷�4"&7�÷C$��j4"�ú\ �.÷����4��0<!� ��� ú ü

åXú(!�÷�0��Gú ÅÑü !�ú��:ú?1���4�û÷�ú/���W!(�%���Â÷��:÷� �@?�ú�ù@$37�ú�ù ùY!]"�÷��.÷�!.ú��4���7ú(�ªl ¾ �,��!(0<�j�%�2 "<������1��ú7ù��%� �¤÷������4�¤���P "����6÷��Â÷�ù@$1� ��� ü�¿ �§7�ú�?�ú(�(l1�4����!�ú# "<���>�ú� "<�1�)���¢ø�÷��:ú��'�%�����Gú�!(���'��01.ú(�5� ;÷k ���� ��!!÷�ù_÷�� �4��!(�û÷� ���%���8��ú(� ��?�ú(�P�,�4���Òø����%�ú(�<��!!÷8ù�ù��@.ú(�:÷� 0<�:új*©�Æú���ù�����ú÷�ø��� �:÷�!�4� - lY��.!!÷��2øÑú÷��<��ù�� ú(�t �4÷��&$t�%� �¤÷������4� ÷�� ù��%���4÷��\4"�ú(�Gú���� ÷4øh���<$a���ù��@.ú��.÷�40��:ú�÷C?8÷�� ùn÷�ø�ù ú ü ö#"�ú/�Gú(� 0�ù�4�D���¦4"����I7S�%�4H]÷��:ú\67S�����,��ù��ª{

µ ¨����4��.ù�$�l��,� �%�þ4"�ú�ø�����ù��%����!!÷8ùh�&ú(� �4�&ú(! ��?�ú�l�4"�ú\�Â÷�4"J7X÷C$&��Ü����<����� ÷�ù����%�4�@ "����� �1�<0�!�ú���÷����§?�ú�� ?��ûú7¥�§?�ú(��÷0ùû÷��4��ú øh�1�1$n����ø�����ù��%�%��!!÷�ù�ù���:ú(�.÷k 0��Gú'����÷��ú�÷��4� ù�$¬0�����ú��4��;÷�����÷�ø�ùûú3�%�.÷��<"���!�÷�ù_�,���4� ÷� ü�¾ �A "�ú]÷�ø��:ú���!�ú2��� ÷��J$n!�ù ú!÷����!�0<��¹ú�Ü����@ ���%�F���<��÷� "&7X÷§$������87�ú�ù ù&��ú�Ü���ú(�P� ���%��÷�ù������I�Â÷�4"&7�÷C$��(l&�@8�:ú(� ÷���������·¶�!(0�ù@5 ��Ö�0�÷��& ����$�÷�!�!(0��:÷�!�$A"�ú(�Gú üb¿ ú���!�ú ¾ "Â÷��� �a�Gú�ù�$n�%�A:ú��.øh���%HHJ���§7�ùûú�����ú ÷����]úB�<�&ú(��#�%���������������3�%� ��ú(�_ �/��ú��÷��3����ú!÷�÷�øv��0<S4"�ú`0<�:ú��,0¹ù@���ú��4�D���Y "�úF�%0<4��0< ü

µ Å ú�!(�%�<��ù�$�lY�,� �%�/÷2!(�%����0<.÷� ���%�Â÷�ù¦�Ñú��4� �Ñú�!� �@?�ú�l¦ "¹ú ÷8ù��%�%� ��4"�� �¹ú�?�ú7ù��%�&ú(�"�ú��:ú^���/���W��ú(��ú��.÷�ùS���&.ú��:ú�� P� ����!7ú^��/!!÷���øÑú]÷�����ù��ûú(�¬ �a��÷�;÷���ú(� ��?�ú����,�%�÷��&$���4"�ú(�_�%�4��÷������ �à÷���� ú�?�ú��E��ú�67S�%� H��Vø<0��ûù@S0<�4���<�5���@;»ú��:ú(�&�ú�1�&ú(�4��� ú��1�.÷�ùG�Â÷k;÷��%�5!(�%����0<.÷� ���%�Â÷�ù>.ú�!]"�����Ö�0¹ú(� ü ö#"�úE!��%�'�¹ùûú�:ú3!�÷�ù�!�0�ùn÷�4���%��÷����?���� 0Â÷�ù����!÷k �����1÷��:úD���%��úW7W��4"����ùûú��4�i "Â÷��]÷/�����J0<:úW�%�]÷F� .÷����Â÷�� �3��ú��4H& ���ÉG� ü ö#"�ú�÷8ù��%�%� ��4"��Ã���¦?�ú(��$54��ùûú��.÷��&�4�.���%���:úI���5 "�ú#������0<��Â÷�.÷.��0�úI �j "�ú�<$��Â÷��'��!fÜÂù@.ú��4���<�' "�÷�.�Gú(�4��� �j �37�ú!÷�H0÷��4� �1!��n÷�4���%�<�j�%�¹ù�$2�������^� 4�4�%�<��ú(�ù�����HJ��÷��Gú�ùûú��� ü

Page 89: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× K × K¤£ªO&Xt¥�¦�Q¦X ��¸

�j�q�j��¹ º1»j�i£8¼  ��8�·�G½�¾�� £�¼\�j� �8ã �������I���À¿ �¨����%0��:ú��F� ü�¡ l¦� ü �Æ÷����A� ü�� �ûùûù�0�� 4�.÷�:úP�:ú��40�ù@ �f��ø<.÷�����ú��n�,�%�\4"��:ú7ú'���@;»ú��:ú��J/�Â÷�4"1�7X÷§$�� ü ö#"¹új�Gú(!(����� 4�40�! �����'���h "¹új��"¹ú(�4���'�%�¹úD�Gú(� �v�%�<�:úD�Â÷� "&7X÷C$�*q!(���'�Â÷��:úD¨����k�0��GúG� üÁ9 4�.¨����%0��Gú_� ü�¡ - 7S�%�4HJ��?�ú(� $F7�ú�ù ù ü ���%� �����4"�úSH8ú�$/��ùn÷C$�ú(�4�¦����4"�úS� ���%��÷�ù������!!÷��4!!÷���ú÷��:úd����ú(�& �@ÜÂú(�2÷��<�b4"�ú)�%�4�¹ú(�4�����E���i "¹ú��<�4��:ú(���<�\�%�a "�ú1øÂ÷�!]HQøh�%��ú)�Gú�Ù ú�!� �W "¹ú ú�� .÷�ø�ù����4"�ú��Æø<����ù��%�%��!�÷�ù��'����ú7ùª���Y "�úF!!÷��4!!÷���ú^*q¨�����0��:ú.� üÑ9 - üö#"�ú5�<"�ú(� �%�'����úF�:ú(� �v�����:ú/�Â÷� "&7X÷C$����24"�úF$�ú!÷�� Å ÷�!(!]"Â÷��4�%�5$�!7ú(�.!7ú(�:ú?����4�û÷�ú

���M÷37Xú7ùûù��� 0���� ú(�$ú�¹÷�����ù ú5����÷E�4���%�Â÷�ù��������Â÷�4"J7X÷C$t���&?���ù�?����<�3÷W�.�����4��:ú(���"÷����÷�����4�%��ú���÷�!� �@?8÷�.ú��n��� ��.ú����¬HJ���Â÷��Gút* ���.ÉÃHJ����÷��:ú - !�÷��4!�÷���ú ü2¾ /!(�%�<�4���� �/���V÷�ú(�\ø��:÷���ú�øh�%0��<�d��"�ú(� �%���%��úI�Gú(!�ú��< ��� Å .ú 9 �ªl%7W"���!]"�ù����<H��Y � ÷."�ú.ú��4���© �4��� ú��4��!�%0Â÷�������úB�6�J0�!7ùûú(�� ���¹ú�Oø<�����������W���4��.ú(���E*O�.�����4��:ú(��� - *#�\�Â÷ ý �ªl Å :ú(�%�ªl Å .ú ý Ô�� - ü ö#"�ú�40¹ø��:ú�Ö�0¹ú(�&>�4���%�Â÷�ù&�<�4�%�Â÷��¤÷� ���%�\���U?��n÷�÷j���.ÉaHJ���Â÷��:úi!�÷��4!�÷���úG��� Å :ú 9�Õ �ªl Å :ú ý�ý �ªlÅ :ú§Ò��ªlQ÷��<�^¨�0�� ¡ �'�%�EÁ\� � ý �ªlJ7W"���!]"]÷��Gú øh�%0��<��4�f4"�úW�4!!÷k;g��ù������<�f�<�4��:ú(��� Å :ú � �÷����2�Gú(�%0�ùû÷�.új "�ú.4�.÷���� !(� ���<4���%�^�9÷�! �%� Å .ú ý:9 � ü ö#"�úF��"¹ú(�4���'�%�¹ú\�4�����Â÷�ùv4�4���%��ú(� � "¹ú.�%���Gú�W���8 "¹ú.��÷k ���<�5��� �1!7ú(�4�I7W"<��!]"2���&?%��ù�?�ú��I!(���'��ù ú�3!]"Â÷�����ú(�#���3!�ú�ù ùg!$1!7ùûú* ¨�÷�� ý �ªl��Xù�� 9 �ªl��Xù�� ý �gl��Xùûø � �ªl � ÷�� ý �gl Å 7W���%�ªl Å 7W� s �ªl|�G��! 9 Ô�� - ÷����d!�ú7ùûù�7�÷�ù ù<���1�.ú��%�4�@6$�* Å !]"<�4��!]H1ú�÷�ù ü l ýCr%r Ò� Š���:÷��%0�ú'÷���� ö#"��%�4�¹ú(�(l ý§r%r&9 - ü �'ùûù����g "�úD���4��.ú(������Â÷��ú(��÷�øh�:?�ú]÷��Gú'�Gú(!��:?�ú(�Gú(� ÷��f�Â÷���5���G "�úøÂ÷�!]H_øh�%��ú^�Â÷k "&7�÷C$¬�%��÷��4� �1!��n÷�:ú(��9÷�! �%� �(l�÷����3÷�ù�� �P���<!�ù�0<��ú(�G4"��:ú7ú�÷����<�� ���%�Â÷�ù��9÷�! �%� �F* ¨�0�� ý �ªl��0÷�;÷ ý �ªlt�G�<!(� 9 � - üö#"�ú)�:ú�!(�%���$úB��÷��'��ù úP�Â÷�4"&7�÷C$%l8��;÷��� ���<�3�,�4�%�Ú����� 9 �ªlª���.�:ú�ÖJ0����Gú(�a�,�%��÷�!� �u�

?8÷� ���%�b���I4"�ú'!7ú�ù ù�7�÷�ù ù>���&.ú��%�4�@6$t�4���%�Â÷�ù������2�Â÷k "&7�÷C$ üE¾ /� "��§7W��÷2!(�%��� ����ú��.÷�ø¹ùûú!(� �%�4��;÷�ù�Hd7W�� "' "�új��"�ú(� �%���%��ú`��÷� "&7X÷§$�l��ú(�4��������÷� Å .ú ý�ý �b* ¨¦���%0��Gúj� ü � - ü ö#"�ú!�ú7ùûù�7X÷�ùûù>���&.ú(���4��6$��4���%�Â÷�ù ù����<�^�Â÷�4"J7X÷C$b!(�%�<�4���� �f���G4"�ú)�4� ÷�ùûù��.�����4��:ú(����ÃD"�� ý l��� ��.ú����¯HJ���Â÷��Gú1�Ú*qÉiH�! ý � - l�÷�����÷b����4�%��ú��1��÷�! �@?�÷k.ú(�n���4��.ú(���¯H����Â÷��Gú�!�÷��4!�÷���ú* É>"�� ù����3÷������Sú?1���ªl 9�Õ%Õ¹ý - ü åG!]H ý �"÷���� Å ù� 9 �ªl�7W"���!]"é÷��<�Ñú�÷�� ÷�� ÷��4�4��!(�û÷�.ú����9÷�!� ���4�����P "�ú#!��%�'�<0<.ú��d�Â÷� "&7X÷C$%lQ÷��:úG!(�%���v����ú(�& �>���h4"�����H����Â÷��GúI!!÷�� !!÷��¹ú ü ÃW"�� ý �÷�����É>H�! ý �é÷��Gú.�,�%0��������E4"�úF!(�%����0<:ú(�4øÂ÷�!]H_øv����úF�Â÷� "&7X÷C$ üö#"�új4"���� �)�Â÷� "&7X÷C$'��;÷��� �i�,�4�%�!�fÉEà ý �ªlQ÷�����4"�ú(�J�`�6��� ��.ú����)!(��0���ùûú��'�Gú(!7ú(�1�

���F* ¨����%0��Gú`� ü�� - ü �\��� ý �E���I!��%0���ù ú(�^4�U�F�Â÷ 9 �3÷����2���&?���ù�?�ú(�2���34"�ú\�Â÷�4"&7�÷C$E������Gú(0����k�6"&$���"Â÷�ùª�<��;Ñú(�:ú��& �n÷k ������?��n÷ÿ÷5!(�.��É��6��ú��Ñú�����ú(�&D��� ��.ú����3�~H����Â÷��Gú`�Â÷�4"1�7X÷§$�*O�S$1� ý �1�Fö#��H ý ���8ö#��H 9 �t�8ö#��H ¡ � - ü ö#��H ¡ �^!�÷�������Xø&új�,�%0<���3���' "¹úPÞ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐø�0<`��j���D���:ú��:ú��J.����4"�ú«è �WÐ]Ê]ê>è»ù����<H�ú(�� �ÄÃ'÷�� 9 �"÷��<� Å �.÷ ý � ü Ã'÷�� 9 �é÷8ù��4�'�:ú��%01�ùn÷k.ú(�8 "¹ú�öWÉEÁ��Â÷�4"J7X÷C$ øÑú��4���¹ú(���� "�ú��4�#*,�`���:÷��4�_ú�÷�ù ü l ý§r%r�r Â&�����4!]"�ú�§÷�ù ü l ý§r%r%r Âɧ÷��4ú�÷�ù ü l 9�Õ%Õ%Õ - ü à ÷�� 9 �E���V÷5ÖJ0��@.ú.�<�4�%������ú��&#"��%����ù����%0�úD���U "�ú\"J0�� ÷��WÃW� Å��� ��.ú����ªlY "����f������"J ø&ú3�%�¹ú'���G "�ú'�:ú!÷��4�%���f7W"&$Åà ÷�� 9 �A���f����/���Gú(���%������÷��&.ù�$ù�����H�ú��E �d "�ú öWÉEÁ`�6!�÷��4!�÷���ú ü

Page 90: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× K × K¤£ªO&Xt¥�¦�Q¦X �%Z

¨����%0��:ú`� ü �<{G�F�:÷���"2�:ú����:ú��:ú(�&.÷� ���%�����¦4"�ú/� ¾e�F9 �Â÷� "&7X÷C$2�:ú(!��%���� �40<!� ���%� ü ö#"�úè Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ�è8�%�¬ "�úùûú��F���F!!÷8ù�!(0¹ùn÷�:ú(�b7W�� "�÷�7W���< "����9÷�! �%�\��� Õ¹ü Õ%Õ%Õ&9 lU7W"�� ùûú)�%� "¹ú5�4���%"&W "�úf�.÷��úf�Â÷� "&7X÷C$����j� "��§7W��7W��4"é÷�� �4��!(�n÷k.ú(�����4��.ú(�����5*,7W���1 "1�©�9÷�!�4�%�Õ¹ürýo� - üj¿ ú(�Gú/ "¹ú5�:ú�÷��4!]"t�¹ú(�<4"a"Â÷��'øÑú7ú(�t�:ú`4� 9 lh�:ú��40�ù@ ���<�3���2 "¹ú5���<!�ù�0<�4��������� "¹új �:÷���� !(�4���< ���%�'�9÷�!� ���4� Å 7W���%� ÷���� Å 7W� s � ü � ù ù����1�¹ú(�V÷��Gú`!���ù��%0<�:ú(��÷�!(!��%�4�<����� �\÷§?8÷�� ùn÷�ø¹ùûúW�40�ø��6!�ú7ùûù�0�ùn÷��6ù���!!÷8ù�����÷� ���%�)�Â÷�.÷<l�÷�!�!(�%� �����<�5 �54"�ú.� !]"�ú(�ú\���E¨¦���%0��Gú� ü s¹ü

Page 91: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× K × K¤£ªO&Xt¥�¦�Q¦X ���

¨����%0��:úf� ü�� {Æ�fÉEà ý ɧ÷k "&7�÷C$t�Gú(!��%��� 4�40�! ���%� ü �j�¤÷����� "�ú¯è Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ�è>* ùûú�� - 7X÷��!!÷8ù�!(0¹ùn÷�:ú(�\0�� ����� ÷#7W���<4"1���9÷�! �%�g��� Õ�üÁÕ%Õ�Õ&9 lC7W"�� ùûú>�%�\ "¹ú_� ���%"&ª4"�úi�.÷��ú>�Â÷�4"&7�÷C$���F� "��§7W�A7W��4"�÷27W���<4"1���9÷�! �%�\��� Õ¹üÇ¡¹ü ö#"�ú'�:ú�÷��4!]"n��ú(�<4"�"�ú��:ú����f�:ú�ÿ÷��¤÷����t �9 lY$1� ú�ù�������������� ý ��÷����È�S$�!CÔ�� ÷��/ "¹ú'Ü�� � P�<�:7W�<� �Gú!÷��= �:÷���� !(�4���< ���%�n�9÷�!� ���4��,�%0��<� ü � ù ù����1�¹ú(��÷��:ú`!���ù���0��:ú��]÷�!�!(�%� �������f �ÿ÷§?8÷�� ùn÷�ø¹ùûú#�40¹ø1�6!7ú�ùûù�0�ùn÷��6ù��1!�÷�ù����!÷�4���%��Â÷�.÷<lÂ÷�!�!(�%� �����<�)4�d "�úf�4!]"�ú�� úF����¨¦���%0��Gú\� ü s¹ü

Page 92: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× K × K¤£ªO&Xt¥�¦�Q¦X �%[

¨����%0��:ú�� ü s { �G��ù���0�� Å !]"�ú(�úa!(���������¬�,���'� 0�ø1�6!7ú�ù ù�0�ùû÷��U�8��!!÷8ù�����÷� ���%�ª{�� ù ùI "�ú������ú(��*,���4��.ú(����� - ���b¨����%0��:ú��.� üÇ¡ lª� ü �3÷����t� ü�� 7�ú(�Gú�!���ù���0�����!(����ú(�"÷�!(!(���4�������^ � "<���#�4!]"¹ú(�ú üö#"�úÆú(����ú� "���!]H��¹ú(�4�3���t÷8ùûùVú�¹÷�����ù ú(�3���'�<�.÷C7W�}÷�!�!(�%� �������¬ �¬ "�ú�� �Gú(���� "·��� "¹ú�� .÷� ��� 4��!!÷8ù'÷��4�4��!(�û÷� ���%���1ø&ú�67�ú�ú(��67S����� ��.ú�������*q�J0��\ø&ú(�'���F!(�k�6!(�@;÷�4���%�<� - üö#"�ú'Þ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ�ú�����ú�� ÷��Gú\���.÷C7W�����3ø�ùû÷�!]H'7W"�ú���4"�ú(�GúF���Vú�1�&ú(� ���ú(�&;÷�ù»ú�?�����ú���!�ú!(���<Ü��4�����<�]÷��"÷��4�4��!(�û÷� ���%�Æ÷��M÷3�<"J$�� ��!!÷8ù����&:ú(�.÷�!� ���%�ªl&÷�����!(��ù��%0��:ú��a�:ú��a������j���÷'��;÷�4���� ��!�÷�ùU÷�� �4��!(�n÷k �������%�¹ù�$ üDÅ �����ûùn÷��:ù�$�l14"�úÿú�����ú(�`!(�%���¹ú(!�4������ "�úÿ÷��4� �1!��n÷�:ú(��9÷�! �%� �j7W��4"�4"�úEÞ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐÿ÷��Gú5�4"<�:7W�t�����%�Gú�ú���7W"�ú(�a4"�ú�$Æ÷��GúÿúB�<�&ú(� ���ú(�&;÷8ùûù�$!(���<Ü��4�ú(��÷��<�p!���ù��%0<�:ú(������ø�ù�0�út�� "�ú�� 7W���Gú ü �'ùûù.�<�4��:ú(���<�E�%�� "�ú$øÂ÷�!]H_øh�%��úú�1!7ú(�<P4"�ú) �.÷����4!��4���1 �����¬�9÷�! �%� �ÿ÷��:ú��4"��§7W� ÷��f���n÷��'�%�<�n� "Â÷��&ú(��������ú��(l¦7W�@ " "¹ú#�:ú(!7ú(�<4�%�>���:÷§7W�÷�¢÷��d����!��:ú�÷��:ú���� ���7ú ü ö#"¹ú'÷��4�4��!(�û÷�.ú��d���4��.ú(�����¢÷��GúI��ú�����!.ú(�÷��W!(���4!7ùûú(�I7W�@ "E "¹úF4�.÷��<�4!(� ���<4���%�E�9÷�! �%� �VøÑú������1ú���ùn÷�� ��ú(� ü

å�÷��Gú(�«�%�³ù����%HJ�����0÷�d� ÷��&$�!��%�'�<0<.ú��m�Â÷� "&7X÷C$1��l ¾ Ü����m "�÷�d���m���4��ú��5 �ú(�� ����÷�:úP "�ú)�Gú�ù��û÷�ø�� ù���6$2���S4"�ú)���:ú�����! �������\��\���\"�ú�ù��<�,0�ù�4�2.÷�H�úd4"�úd "���!]H��¹ú(�4����W "¹ú ú(����ú��)���& �$÷�!�!(�%0<�J(l>7W"���!]"¯�:ú Ù ú(! �d "¹úE��0<�\øÑú��d���D!(����!(�@;÷�4���%���f7W"���!]""Â÷���ø&ú�ú��m�,�%0������,�%�/ "�úE�Gú(�4�&ú(! �@?�ú2���4��.ú(���m�Â÷���� ü �¥�,0��� "�ú��d��������!!÷�4�%�f���W "�ú�:ú7ù��û÷�ø��ûù���6$\���»÷\�Â÷k "&7�÷C$d���� "¹ú'÷��'�%0<�J����\è �DÐ]Ê]ê>è¤÷�����ú���4�. "�úVøÂ÷�!]HQøh�%��ú�lIè Þ]ß�Ì]Ð�èÞ]ß�à]á�ÞÍkÎgÐ]Ê ÷�W"<���%"2�:ú�÷��4!]"�7W���<4"��W0��40�÷�ùûù@$^���<����!�÷�.úMù ú(� �D�Gú�ù��n÷�ø�ù ú.!(������ú(! ���%��� ü�j�q�j��É �¬�   � ã ����� �.¢ËÊ �<����� � ��� � �  ��Ý�<�<�W� ������� �S�.� � � � �.¢ º1»Ì¼ � ����Í

£ �Y� �<�  ÏÎ ���<� �<� � �ö#"�úd���'��ù ú(�ú(�&;÷k ���������>4"�ú1÷�ù��%�%�4�@ "�� �<�:ú(�Gú(�&.ú��n"¹ú(�:úd���`� ��ùûú7ù�$4øÂ÷��Gú(�b�%�t� .÷k� ��� 4��!!÷8ùS÷��4� �1!��n÷�4���%�<�'÷��'�%�<���<�4��:ú(���<�j��� ÅÑü !7ú(�:ú?����4�û÷�úf!(�%����0<:ú(���,� �%�ì�Æú���ù�����ú÷�ø��� �:÷�!�4� üi¾ �^ "�ú`!(�%�&.úB��W���U "�����÷���÷�ù�$��4���S4"�úMú�1�&ú(� ���ú(�&;÷�ùv�Â÷�.÷��:ú �G7�ú(�Gú\����

Page 93: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× K × K¤£ªO&Xt¥�¦�Q¦X �%Ø

¨����%0��:ú)� ü Ò1{ ¹ ú�67S�%�4H¬�:ú7ù��û÷�ø��ûù���6$0÷�f����;Ñú(�Gú(�&Ð�Sú?�ú�ù��5���#��0<40Â÷�ù ¾ �<�,�%�4� ÷�4���%� üö#"�úD�4��ù����d!����4!7ùûú��_�¹ú(����:úW���4��:ú(�����(l&7W"�� ùûúI "¹úD�<��4:ú(��ù�����ú��>�:ú����:ú��:ú(�&�ú�1�&ú(�4��� ú��1�;÷8ùûù�$f!��%�<Ü�� � ú������&.ú(�:÷�!�4���%�<� ü ö#"¹úD� ��ù����\ù�����ú\*,�4HJ� Ô:�6�4�h� ý�ý - ���¢÷\�h��.ú��& �n÷8ùûù�$F�<�:?�ú�ù���&:ú(�.÷�!� ���%� ü¿ ú��:ú> "¹ú~�Xú7ùûù����%�ú��Â÷�.÷��:úY7X÷��Y0��:ú��\÷��Í÷#�:ú� ú(�Gú(��!7úG� .÷����Â÷��4� ü ö#"�ú_������ú��U���� .ú(�!(���4!7ùûú3!��%�&;÷������P���J:ú(�:÷�!�4���%���f7W��4"³÷��«� ¾ ?8÷�ù�0¹ú3�%�Gú!÷�:ú(�54"Â÷�� Õ¹ü Õ%Õ�¡ Ô ü �IP "<���ùûú?�ú7ùh4"�ú øÂ÷��:ú�ù�����ú'÷�!�!(0��:÷�!�$'���ª4"�ú`��ú67G���4H�����÷�øv��0< ¡ Ô�ÑÀ�:ú�ù��n÷�ø<�ûù��@6$ ü8¾ ��!7ù�0��������÷�� �4��!(�n÷k �������d7W�� "�÷�ù��§7Xú�� ø�013�� �ûù ùI�h�%�4�@ ��?�ún*#ÒpoÃñ Õ - �P0< 0�÷�ùW���<�,�%� ��÷k ��������<!(�:ú�÷��:ú��j!��§?�ú(�:÷���ú\7W"�� ùûú. "¹ú�÷�!(!(0<�.÷�!$2���4�%�<�D�<�:7W�2 � 9 Ô�Ñ ü0��Gú(�m���¬ "�ú'!(�%����0<.÷� ���%��ø<0<57�ú(�Gú^0< � ù����:ú(�¬���¬ "�ú�?����40�÷�ù����!÷�4���%�b� .÷���ú^���A�%�����ú��j ����ú��'�%�<� �:÷�.úf7W"���!]"�����4"�ú/��;÷�4���� ��!�÷�ùU÷�� �4��!(�n÷k �������W�:?�ú(�Gùn÷���7W�@ "�HJ���§7W���� ��.ú����1�����4��:ú(���E���&.ú��.÷�! ������� ü

� �4���%���@Ü�!!÷��&P�,�:÷�!�4���%�n���W "�ú3� ;÷k ���� ��!!÷�ù�÷��4� �1!��n÷�4���%�<�5�§?�ú��:ùn÷���7W�� "�ú�1�Ñú�������ú(�&.÷�ùûù@$m��ú�:ú(� �'����ú(�·���&.ú(�:÷�!�4���%�<� ü ¨��%�ú�¹÷�����ù ú�lI "¹úéøÂ÷��Gú�ù�����úé÷�!(!(0<�.÷�!$½��� "¹ú�:ú�� ����ú(� ��?�ú��}÷�� �4��!(�n÷k �������)���)����÷n� �����ûùn÷��5�.÷�����úÆ÷���4"�ú2$�ú!÷�� �©67G�k�6"&$Qø��4����Â÷�.÷��:ú ��!(�%���Â÷��Gú(�Ý �¯ "�úÓ�Xú�ù ù����%� út��÷�;÷p*#� ÷C?1����ú�0÷�ù ü l 9�Õ�Õ&9 - ÷��Æ÷«�Gú�� ú����ú(�<!�úE�:ú�*,�,���5!(���'�Â÷��4��� �%�ªl��Gú�ú2¨����%0��Gú(�5� ü�¡ l>� ü �"÷����m� ü�� - *�?%�%�«�Æú��4�����"ú�1÷8ù ü l9�Õ%Õ%9 - ü ¨�0�� 4"�ú(� �'���:ú�l8 "¹ú��Gú�ùû÷� �@?�ú)�Ñú��4!7ú(�&;÷���ú'���G� .÷� ��� ��!!÷�ù�÷��4� �1!��n÷�4���%���.7W�@ "ú�1�&ú(� ���ú(�&;÷�ùi!��%�<Ü�� ��÷�4���%�b����!(�Gú!÷��Gú(�/7W�@ "����n� 0�ø��Gú� �5���#���<!(�:ú�÷��4������ù@$a� 4�4�%�<��ú(�÷�� �4��!(�n÷k �������d*,�:ú�ú)¨¦���%0��Gú5� ü Ò - ü �'ù�4"��%0��%" ¾ ���E�<��\!�ùû÷���� 4"Â÷��ß�ë�ëi���>4"�ú1÷��4� ���!(�û÷� ���%���W�:ú����:ú��:ú��J`�����Gú(!`��"&$��4��!!÷�ùY���&:ú(�.÷�!� ���%����l�4"����W� 0����h�%� 4�j "¹úÿ÷�� �40����<4���%� "�÷� ÷t�,0<��!�4���%�Â÷8ùI�:ú7ùn÷�4���%��� "����³ø&ú�67�ú�ú��·��� ��.ú������d!�÷���ø&ú2���<� ú��4�Gú(�¯�,�4�%� "�ú����!(�k�6��!(!(0<�4�:ú���!�ú ü

Page 94: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KÕÔ%K«VGÖMX�×Ø¥ªXJXtÖ»T�Ù [��¨�©ÛÚ ÜÞÝ ­°ß௲­°­°ÝaáUâ

¾ "tãC?�ä'�)ä(� !(� ��å@ä(�Èã��Óã�æ��%���4��4"��qåtã��6ä(�A�%�nÜ�� � 5���4����!(���)æ�ä��/���I���<�,�%� �Äãk ����� Ù �§7 ")ã�EÜ������2� ���%�tã�æ@��4�çã��<�4��0�! ���%�·�tã�4"&7~ãC$��Zã�æ��%���n �40<� çä��]ä�����ä������Cãm���4��6ä(���1���� ��çä����b���&çä��çã�! ���%�t�)ä�67S�%� H@èUé#")ä��Äã����a!��%�& �4��å�0<4���%�b���.4")äUã�å���æ���6$24��!��6äaã�çäã��·�§?�ä(� ?���ä�7 ���\"J0�������ä(���2���F�Lä(�)æ����)äZã�å��� �çã�!� �ÄåJ$+!(�����)ä(�<�4���<�� ")ä�� ���J4�Åã�%�6ã���"���! ã�æª�,�%� �ÄãkD4"tã�D! ã���åXäf�6äaã�����æ�$E0��<�)ä(� � ������ã��������&çä��4����ä�6ä(�ØèW�Ìæ@ "���0��%"ä ã�!]"��������@?1����0tã�æXã�� �4��!(�êãk �����3�%�I���&çä(�6ã�!�4���%�3"tã��~å@äaä�����ä(�4!��4��åXä������^�)ä�ã���æg���' ")ä!(���4�6ä��4�h�%���������ëã�� 4��!aæ�ä(��l&��i����4")äW!(�%�&6ä��~ã����'�§?�ä(� ?���ä�7� ")ã�> ")äÆã�æ��%�%�4�@ "��Æ��� ���?����)ä��. "tãkìã��6äd���§?�äaæ#è�é#"����\")ä´æ����\��ä(��ä ã�� !]")ä(� �f4�1æ��1��HLå@ä�$��%���b ")äÐåh�%0����)ã��4��ä(����íã5� ������æ�äD���4��6ä(���îã����E!��%��� ���)ä��S "�ä.�40�� �4�%0<�������<�5�,0���! �����tã�æ�!(�%�&6ä��# �P��ä(�)ä����ã�6äPçä(���ã�å�æ�äP"&$��v�� ")ä��6ä(�´èÐé#")ä)�v�§7Jä(�\���_ "<���®ï%��ä�67S�%�4H�4"����<H�������ï^!��%�Uä(�.�,�4���å�� �����%�����2�����<��?�����0)ã�æ°å����1!]")ä��'��! ã�æ¦�,0���!�4���%�¬����ã2��� ��çä����b ��4")ä�"����%"�ä(�ðæ�ä?�äaæi���!aä´æ�æ�0)æêã��_�,0���! �����ªl�7W"���!]"����#"�ä(�6äF�%�@ä(�6ã� ���%�tã�æ����´ä(�îå&$2�)ä67G�%� HE!(�%�&6ä�� è�j��ñI��¹ �¡ã®ò � � �<� ¢_�Y�Å ����!aäG4")ä�ã�æ��%�%�4�@ "��~�����)æ�ä��Ïä��J4�°ã.�%��äaä��<$P�� �çãkçä(��$%l&������¦�4��å�0<� Cl%�hã�� Eã��<�d�)äaæ���?&�ä(� �I�6ä����4����0�!���å)æ�ä`��ä(�40�æ� �´è�þ>�'�����4��! ã�æ�æ�$%l&�@I��äaä(���G4�P��ä�G ")ä`4�%�h��æ��%����! ã�æ��%�4�)ä��G��� "�ä/� ���%�tã�æ����<�P! ã�� ! ã���ä(�`� �%0��%"�æ�$E� ���%"& èi�Æ�Ïã:Ç �%��ã��<?�ã��&çã���ä\�hã�!(��æ��@�ã�4�����5�,0<� "�ä(�� 40�����ä(�P���G ")ä'���6ä�����!çä(�m�)ã� "&7óã§$��d���f4"tã�ôä?�ä�� $õã��4�4��!(��ã� ���%�¬���n4")ä^�%�6ã���"n���æ�����H�ä���4��4")ä/0<���)ä(��æ�$����<�îã��� ��!´æ�ä��aèóé#"<���Æã�æ�æ��:7W�#�,�%�W�6ã������Lã������)ä�çã���æ�ä(���Äã���0)ã�æ���<�4�@ä(!�4���%�¬���_ ")ä�0�����ä(�6æ@$������2çäB�1���åh�1�1$�ã��F7óä´æ�æEã��F�,�%�ìã��<���6ä�!�ìä�?�ã�æ�0tã�4���%�t��� "�äD���çã���"����d4")äW!(�%�&çäB��G���h "�äÆãC?�ã���æêã�å)æ�äóæ���çä��çã�40��6ä�è�é#")äW!aã�æ�!�0)æêã�4���%�d!aã���� �ã�� �,�4���öã27W"���æ�ä3�6äP���W���ã��� �����1��ä(�ôã�����!(�����4���)ä(��ãLæêã��4��ä��6äP���#6ä(�4�����)ã�æ>�����)ä(�*q�OèÇä�è°ã�æ�æ1HJ���§7W�) �6ã����4!��4���< ���%�5�hã�! �%� � - ècé#"�����ä��tã�å)æ�ä(��4")ä#����!´æ�0�� ���%�/���hHJ���§7W�'���1�çä��4�Uä(����ã�çä��S�,�%�óã5�%�@?�ä(�E�)ã� "&7óã§$îã��G7Jäaæ�æ-ã��S ")ä.���&?�ä(�� ����ã� ���%�3���U ")ä.!��4�%� ���©�ã�æ�Hå@ä�67Jäaä(�m�<��;Xä(�6ä��&5� ���%�tã�æ����<���)ã� "&7óã§$��´èLé#")äÄã�æ����%�4�@ "��Û!(�%�@ä(�f7W��4"A���%���6äÏã���� "�äa�4�Ïã�æ�æu��7S�%�6æ��+!]")ã��çã�!çä��4���� ��!(�^���\4")äa�)ä67G���4H½7W�@ "��%01=ã��&$·�<�6ä�����4��!aä��4� ��������I4")ä3�)ã��ã<l�æ���H�ä'��ä(���§?�ã�æ_���÷ä(����ä(�ôå@äaæ��:78ã�!aä�� �ã����A4"��6ä��4"���æ����%�ìäaæ��������tã�4���%����j"�����")æ�$n!(�%�<�)ä(!çä(�+"J0)å���*q!(���'�tã��6ä�l>�,�%�ÐäB��ã��'��æ�ä�li �+* Å çä;-ä���äÄã�æ#è@l 9�Õ%Õ&9 - è¨�0�� 4")ä(� �'���6ä�l_ ")äLã�æ��%�%�4�@ "�� ���d�,�6ä´ä����ðã��&$¤ã��4� 0����< ���%�����%�«4")äZæ�ä(���� "«���øã�tã�4"&7~ãC$%l8 "�äÏã�å��4��æ�0<çäd�J0���åXä��\���G�<�1�)ä��\ �WåXä)����!(�%� �v���çã�6ä(�t���t4")äd�tã�4"J7óãC$%l�%�Gã�åh�%0<Gã��&$)���J6ä(� �Ïä����êã�6ä(�´è�¹Æä?�ä�� "�äaæ�ä��4��l<HJ���§7W�3���J6ä(� �Ïä����êã�6ä(�>!aã��Ïå@äàä ã�� ��æ�$���<!(�%� �v�%�6ã�çä��2���& �d "�äf��ä ã�� !]"Lå&$2����!aæ�0������<�P ")ä�� ���E "�äf���ã��� ���6ä�aè

Page 95: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KÕÔ%K«VGÖMX�×Ø¥ªXJXtÖ»T�Ù [��

�j��ñI��É �¡�U� �.��� � ¿þ��1�Xä��4���Uä(�&çã�æv�)ã��ã/7óã��I�<��#0���ä(�Wã��I������0<_ �/ ")äøã�æ��%�%� ��4"���l&� �P��G! ã��ÄåXä.0<�6ä(��,�%�^?�ã�æ����tã�4���%�-è�é#"�än�@ä(� !aä(�&çã���äb����ã��4� �1!��êã�4���%���'?�ä(� ��Ütä��]å&$��<�4��6ä(�����6��� ��çä�������&6ä(�çã�!� ���%���W���W"����%")ä��W7W�@ "����E ")äf�tã�4"J7óãC$��` "tã��� "�ä�ãC?�ä��çã���ä/����4")äf�,0�æ�æªçäB�� ��)ä��4��?�ä(�b���&6ä(�çã�!� ���%�t�)ä67G�%� H�è ¿ �§7Jä�?�ä��(l8 "����.�6ä��40)æ@ �.�,� �%�Û4")äd!(���ôå����)ã� ���%�����67S�P�hã�!�4�%�4��{i¨���� � çæ@$%lJ� 4�4�%�<��ä(�I���ã�4���� ��!aã�æ@ã��4� �1!��êã�4���%�<�G���'��ä(��ä(�çã�æg"tãC?�äðã/"����%"�ä(��§?�ä��6æêã���7W��4"� "�ä�ä�1�@ä(� ���Uä(�&�ã�æ8�tãk�ãa*,�6ä´äd¨�����0��6äF�)èÁÒ - lXã������6ä(!��%���)æ@$2 ")ä�ã�æ��%�k��4�@ "�� ���d�)ä��4���%�)ä(�¯ �b����ä��ùä��d� � �%���úã��4� �1!��êã�4���%�<�57W")ä(��ä�?�ä��3�h�%�4� ��å)æ�ä�è Å ����!´ä ¾����������`"tãC?�ä�ã��&$�����ä�6��ä�Ü��)ä��a�6ä�ùä(��ä(��!´ä5�6ä`�����4���%�tã�æ������)�tãk "&7~ãC$��®ãC?�ã���æêã�å)æ�ä�l ¾"tã���4�a�6ä´æ�$¬�%�A4")ä3�ùä´ä(�)åtã�!]Hn�,�4���öå�����æ����%���� �(l87W"���!]"�7~ã��ôã�� 4�%����� "����<��æ�$b�h�%�4�u� �@?�ä�è°é#")äD�tã� "&7óãC$1�_7óä��6äD0��40)ã�æ�æ@$P�����6ä(!çæ@$P�6ä�!(�%�������´ä(�UåJ$ôä�1�Xä�� 4�~ã����)��ä(��ã�� �)ä(�ã��/0��6ä�,0)æ©l>� ����!´ä3�Ïã��&$n���# ")ä^�<�4��6ä(���<�5���Óã��%�6ã���"õã���ä^HJ���§7W�� ��å@ä3���&?%��æ@?�ä(����n ")ä^� ���%�)ã�æ��������)ã� "&7óã§$��d "�ä�$���ä(����ä(��ä(�& èn¨�0�� 4")ä(� �'�%��ä�l�4")ä=ã�å<��æ��@6$t ��æ�����HHJ���§7W�2�tã� "&7óãC$1�I7W�@ "^�� ")ä��I���§7W��� 4�6äaã��¥��� �1!´ä(� �6ä(�#!aã��E�����6ä(!çæ@$Ïæ�ä ã��� �P�<�:?�äaæ"&$��v��4")ä(��ä(�Ìã�åv��0<W!aä´æ�æ�0�æêã��_�,0���!�4���%�-è

é#")ä^� ���%���@Ü�! ã���!aä����I4")ä'��ä(� 0)æ�4�������tã� "&7óãC$1�5! ã��Åå@ä��4�%0���")æ�$�ä�� ���Äãkçä(�Óã���,��æ�æ��§7W�({°é#"�äìå)ã�!]H�åv�%��äf�)ã� "&7óã§$��D���6ä��6ä��J6ä(��")ä(��äf!��%�&�ã����Wã�åh�%0<ðû Õ �����)ä��aèi�`� "�äP�tã�çã��6äF!(�%�&�ã����)ä��t�)û�û 9�r ã��4� �1!��êã�4���%�<�j�,�%� ¡�s û s �<�4��6ä(���<� ¾ ! ã���ã�� �40��UäSã��ãC?�ä��çã���ä����®ã�Äæ�ä ã���1û Õ ã��kÇ6ã�!aä��&Ää�����ä(�)�,�%�Sä ã�!]"·�����)ä2���¯ ")ä��)ä�67S�%� H@èüé#"<����Uä ã����.4")ä(��äSã��6äÄû Õ ¶hý ����;Xä(��ä(�&F�h�%�4� ��å)æ�äP�tã�4"J7óãC$��f���Jæ�ä(���� "õû Õ �,�%�®ã��&$t�%��?�ä(�� çã�� ��6�����)ä�èÄ�\��?�ä(�b ")ä��Ïã��&$tHJ���§7W�n�hã�! �%� �f���S4")ä'�)ã� "&7óã§$��/���6ä��6ä(�&6ä(��")ä��6ä ")ã�Ïã��6ä2�6ä�!(�§?�ä��6ä��\å&$m ")ä1ã�æ��%�%�4�@ "�� !aæ�ä ã���æ�$A�4"��§7W�'4"tã�) "�ä���ä(� 0)æ�4�Ïã��6äE�hã���,�4���Ó�çã����<�%�Lè¦�Ìæ@ "��%0<�%"�4"����Gä(�� ���Äã�6äW����ä��G����G!��%��� 4��40<çäÆã/���ã�4��� 4��!aã�æ����1�)ä´æ���G�4��������Ü�!aã���!´ä�l8 "����f����?�ä���ã��A����ä ã2���G4")ä'!��%���)æ�äB�<�@6$t���S ")ä��§?�ä(�6ã�æ�æi��� ��å)æ�ä(�1èe å&?1���%0���æ�$%l�ä���0<�Ïä��çã�4�����õã����\ä�?�ã�æ�0tã�4�����Óã�æ�æW�tã�4"&7~ãC$��E7W�� "\ã��%��?�ä(�·� !(�%� ������4!]"�ä(�Uä����P!(�%����0<çã� ���%�tã�æ�æ�$&ä�1�@ä(��� ��?�ä�è¤é#"����d"����%")æ����%"& �/ ")äWã��1?�ã��Jçã���ä������®ã�6ä´æ���ã�å)æ�äj�%�6ä´ä(�<$1ã�æ��%�%� ��4"��kåtã��6ä����%�Wæ��1!aã�æª�)ä�!(��� ���%�<�aè�j��ñI��� þ�� £ �6�<����� �S�.�Å ����!aä54")äSã�æ��%�%�4�@ "��¥���6ä��6ä(�&6ä(�A"�ä(�6ä5���®åtã��6ä(�b�%�t�<�6ä��!(�%����0<6ä(�t���ã�4��� 4��!aã�æ�ã�����4��!(��ã� ���%���F�,�4�%� �Lä��)æ����)ä=ã�å��� �6ã�!�4�(l>��5���|ä(�d����/Ü����¯�6äaã�æ�æ@$b�)ä�7Ëã�� �4��!(�êãk ��������%�\���J6ä(�6ã�!�4���%���´èSé#")ä'� !(�%�@ä)���F")ä���!aäUæ����'�@çä(�gl-å&$b�)ä�Ü�����4���%�ªlª4��4")ä)��0)å)æ���� ")ä(��tã�çãA*hã�å��� �çã�!� � - ã����n�<��ä��/����/!��§?�ä(�f"&$��v��4")ä�4��!aã�æi��ä(�)ä��/���f�<�4��6ä(���<�aè ¾ "tãC?�ä�4"<�:7W�^4"tã�S ")ä.�����)äaæh���U���J4�çãk��!aä´æ�æ�0�æêã�� Ù �§7¡���U���<�,�%� �Äã�4���%�d7S�%�4HJ�I7Jäaæ�æh�,�%�S�4������tã�æY �6ã����4�<0�!�4���%�Øè ¿ �:7Jä�?�ä(��l84")äd�çã��Ïä/�tã��çã������%�ì�ÏãC$�����øåXäôã������ �%���4��ã�çäf�,�%��Uä��ã�åv��æ���!j�tã� "&7óãC$1�D7W"���!]"27S�%0)æ��2"tãC?�äf4�'���1��äaæv4")ä Ù 01�����¦�Uä��ã�åv��æ���6ä(�aè

Page 96: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× KÕÔ%K«VGÖMX�×Ø¥ªXJXtÖ»T�Ù [� 

�j��ñI�q� º1»W� �¦�.� � �S�.�é#")äàæ��§7·!��%����0<�ãk �����tã�æ<��ä(�Ïã������i���v ")äÆã�æ����%�4�@ "��Æ�Ïã�H�äW "����>�Ïä "������40��@�ã�å)æ�ä�,�%�1ã��¡���&çä��çã�! �@?�ä�ä(�&?���� �%���Uä(�&27W"���!]"Qã�æ�æ��:7W�^�,���1äB�1�)æ��%�6ã� ���%�Cã����p��6ä(�çãk ��?�ä�6äÜ��)ä��Ïä��JP����ã��)ã� "&7óã§$¬�,�4���öã��%��?�ä(����ä�5���W�6ä�!aä(�1 �%� �aè1é#")ä=ã�æ��%�%�4�@ "��Ú! ã��7S�%�4Hb7W��4"Åã��&$¬�6äd����ã�� �4��!(��ã� ���%�n���/���J6ä(�6ã�!�4���%�n�tã��ãLã���æ��%���Lã��/4")ä(��ä^���ëã����å�Ç�ä�!�4��?�ä��,0���!�4���%�ÿãC?�ã���æêã�å)æ�ä^4"tã�^��äaæ��@?�ä��4�îã¬�J0��Ïä��4��! ã�æW���<�)ä�+���ðã��4�4��!(��ã� ���%�� 4�6ä����� "-è Å ����!´ä^ ")ä2!��40�!��êã�æI��çä��+���57W"���!]"¤ä(�<��ä2���W ")ä2�)ä����%"�åh�%�4"������m���W ")ä�tã�4"&7~ãC$a���ÆäB�1�)æ��%��ä(�a��ä��Clg4")äôã�æ��%�%� ��4"�� ! ã���7G���4H27W�� "Zã��a���J6ä(�%�6ã�çä��a�6ä.���ä�1�@ä(� ���Uä(�&�ã�æ�æ�$3�)ä�6ä(�4������ä(�����&çä(�6ã�!�4���%�<�(l@ã��àæ��%���Uã��W "�ä(�6ä/���àã'��äaæ��êã�å)æ�ä`7óã§$����!(���'�tã��4���<�` ")äW��äaæêãk ��?�äI� 4�6ä����� ")���h "�ä#���&çä��çã�! ���������,�4���¤���@;-ä��6ä(�&i� �%0��4!´ä(�Jã����ä�1�@ä(� ���Uä(�&�ã�æU�Uä�4"������aè

�Ìæ@ "��%0<�%"+� �%�Uä��Uä ã��40���ä����`�6ä´æ��êã�å���æ���6$b���UãC?�ã���æ�ã�å)æ�ä37W��4"����¯���%� ��tã�çã��6ä �*q�OèÇä�è� "�ä\��0<�ôåXä��I��� ¾�Å é¡"��@ �G���3 "�ä`$�äaã�� ���67S���6"&$|å��4�����)ã��ã - l<� �P�hã��S4")ä(��ä\�Ïäaãk��40<�6ä(�ëã���äd����!��%�'�)ã� ��å)æ�äf �§7~ã��4���ìä ã�!]"¬��4")ä(�´è��I çä��'�<4�\ �2�§?�ä(� !(�%�Uäd "����F! ã��å@ä^�,�%0����m���¡* � ä ã��)äîä�Uã�æ#è@l 9�Õ%Õ&9 ÂóÁøä(���Uä(�6ä��õä�Uã�æOè�l 9�Õ%Õ&9 - 7W"���!]"�7S�%0)æ��¤ä��1�ã�å)æ�ä. ")äF0���äðä�1�Xä��4���Ïä��Jçã�æU�tã�çãd������ä(!�6æ�$'7W�� "<���^ "�äF�,�6ã��Uä�7S�%�4H^��0<çæ����)ä��E")ä(��ä�è�`�<�� ")ä��F�v�%� �4��å���æ���6$27G��0)æ���å@äP �2�§?�ä(��æêãC$²äB�<�@ä(� ���Uä(�&�ã�æ����4��çä(���1�6�<�4��6ä(���t���&çä(���ã�! �����a�)ä�67S�%� H��F7W��4"t�Ïäaã��40<�6ä(�\���i��ä(�)äd!�����äB�1���6ä��4�4���%�b���t�%� �)ä(�j �E��ä��)ä(�6ã�çäSã7Jä(����"J6ä(�¯�%�6ã���"Øè�é#"�äWã�å��6ä���!aäE���àãa��ä(�)ä��çã�æ l�7Jä(����"J6ä(�m�Uä ã�� 0��6ä3���W�6ä´æ��êã�å���æ���6$�,�%�G4")ä\���&6ä(�çã�!� ���%���#��ä(�40�æ� �����5�,� �%�¥"����%"1�© "�� �%0��%"��<0<÷ä�1�@ä(� ���Uä(�& �#����ãôæ�������_��� "�äZãC?�ã���æ�ã�å)æ�ä3�tã�çã&å<0<3�<��Ïã¬� "��%� 4!(�%�����<�¬���` "<���)�Ïä "����Øè ¾ �«4")äLã�å��6ä���!aä���Eæ�ã��4��äf�4!aã�æ�ä5�tã��ã'�%�� "�äP��"&$��4��!����6!]"�ä(����! ã�æ¦��� �%�@ä(� 4��ä��`���i��� ��çä����1�����4��çä(�������1�çä��çã�! ���%���(l8 "�ä'�Uä ã�� 0��6ä����G!(�����1!�!(0�� �6ä(�<!aä'7óã��f0��6ä���")ä��6äÏã���ãn*q�6ã� "�ä(�f!(�40<�)ä -ã����<�4�C�1���Ïã� ���%�^���cå����<�������)�� �6ä�����4"Zã��<��� �Xä�!(��Ü�!(��6$�è�j��ñI��ñ �A�\�  ��S�1� ¼\�\� � �  '��� £z�>��� �é#")ä/��å��6ä�� ?�ã�4���%�2 "tãk`��014 �����'4�%��ä ")ä��D4")ä/��äaæ�ã� �@?�äaæ@$E�4���'��æ�äF���4����!(���)æ�ä��W�������1��,�%� �Äã�4���%� Ù �:7¥$1��äaæ����)�Ïäaã������<���,0)æI�tãk "&7~ãC$��3���Uã¬��ä(�40�æ�'���¯��4�6äaæ@�eè ¾ ����'�)æ���ä�� ")ã�Cltä?�ä(�����E ")äìã�å<�6ä(�<!aä5����ãd!aæ�ä ã����6!(01j��ä�Ü����@ ���%�2����7W"tãkj�Ïã�H�ä(�Æã)� ���%�)ã�æ�������tã�4"&7~ãC$%l�4"����/�tã�4"J7óãC$&��Ü����<�����²ã�æ��%�%� ��4"������ëã�å)æ�ä�4�a! ã��< 0���ä'4�a�4�%�UäUä��çä��J "�äI7~ãC$P���<�,�%� �Äã�4���%�f���¦���4��!aä��4��ä(�����54")ä#!aä´æ�æ#èY�Ìæ@çä��4�tã�4��?�äaæ�$�l%���!(�%0�æ��ôå@ä�ã��4��0)ä(� ")ã�D��D! ã��1 0���ä(�j4")äF7~ãC$��tã�4"J7óãC$��øã��6äF�)ä��4!��4��å@ä(�����E ")äëå�����æ��%�%��! ã�æ@æ��@çä��çã�40��6ä�èé#")ä��¯4"����/�Ïä "����m���#Ç 0�� Ðã�å)æ�ä� �²äB�14�çã�!)�tã�4"J7óãC$��d���Èã�� ������æêã��F7óãC$õã��/7óä!(���Xä#7W��4"d ")äW!(���'�)æ�ä�1��6$/���Xå�����æ��%�%��! ã�æ��)ä67G�%� HJ�aèEé#")äWÖJ0)ä(�� �����'���v"��§7½�hã��>�%0��Ì Ð4ßkʧÍkÎt��Î�ÏÅã�åh�%0<Uå�����æ��%��$n���m6ä(�4���)���.�)ã� "&7óã§$��'�Ïä´ä� �d4")äLå<����æ��%�%��!aã�æ_�6ä ã�æ���6$�P0���D�6ä(�Ïã����E�%�Xä���"�ä(�6ä�è

Page 97: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

× K��%K��í×��cÙ8T�ú¦%O�V��NPO)ÙªQ¦X [�¢

é#")ä(��äP���Æã������&çä��6ä(�� �����'��äaæ�ã� ���%���4"<�������� "<���W�Ïä "�����4�'4")ä5�����4���%"& �àã�åh�%0<�tã�4"PÜ����������\���5�4! ã�æ�ä�©�,�6ä´äI�)ä�67S�%� H��`*OÁ\����äEã�æOè�l 9�Õ%Õ&9 - è ¾ >")ã���åXä´ä(�)�4"<�:7W�d4"tã��,�%��7~ã�� �����<�A�tã�!]H�ä�4�3 �¬ ")ä��)ä(���%"�åv�%� �����¬�����)ä�7W�@ "« ")ä�"����%"�ä(� '!(�����)ä(! �@?1�@6$�6ä��40)æ@ �2�������1����!(�§?�ä��çã���ä¬���/4")äb�)ä�67S�%�4H\ã����Ý�hã�� E4�çã������ùä(�E���/���1�,�%�4�Ïã� ���%�Øè¿ �§7Jä�?�ä(�(li���¬4")ä3!aã��6ä^���#�4���%�tã�æ> �6ã���� ��0�!�4���%�n�tã�4"J7óãC$��d�%�)ä����f����P���&çä(��ä(��çä(������hã�� `�,�%� 7óã��4�<�����'���> ")ä/�tã�!]H�ä� �F�������<�,�%� �Äãk �����ªltå�0<\���AÌ Ðë �qß&Þ(ë�Ð5���<�,�%� �Äãk ����� �6ã���� �'���4�4���%�Øè ¿ ä���!aä�l&")ä(��äG ")äG� � �%����ä�� D*,�%�����%��� � 0�� 6ä(� - !��%���)ä�!�4���%��������0<�6ä(�Ü�� � Cl<�4���<!aä\ ")ä\���<�,�%� �Äã�4���%�����I?�ã�æ�0tã�å)æ�ä®ã��<��")ã��I �Ðå@ä\�tã�� �6ä(���%�E �P4")ädº»�4����"J(º�����)ä(�´è e å&?�����0��6æ@$%l<�hã���Æã����2�����<���4!��4���'���tã�çäj�4���%�tã�æ������P���& �Sã��&$E!´äaæ�æ�0)æêã��I���4��!aä��4�7S�%0)æ��¯!��6ä ãkçä2"tãC?%��!2���Èã²å�����æ��%�%��! ã�æi��$1��çä��Lèõé#")ä2�h��çä��& �êã�æS �&ã�!]"<��ä�?�ä2�%�1���!(�§?�ä(�çã���äj����4")äW!(�%�&6ä��G���ª�4!aã�æ�äB���,��äaäW�)ä�67S�%� H��Jåtã���ä(�3���Ïæ��1!aã�æ��40�æ�ä(�i����ä�1�)æ����6ä(����E4")ä®�<ß ��í�ßkÊí��&Í��1íqÏ�ÍP� 4�çã�6ä(��$¬*,�6ä´äô�G"tã��<çä�� � - è�j��ñI��� � ¼ø¼   � � ����� �G� � � � ���p�\�.� �<����� �G�����D�S ¨����tã�æ�æ@$%l���D7S�%� 4"t���� �����34"tã�`4"����j�Ïä "����a���.���)äaã�æ�æ@$E�40<��çä���ã��øã���ã�������çã� ���%� ����æ����P ")äW!��%�&çä��S���Xä(�Uä(�4�������\���J6ä(�6ã�!�4���%�)�tã�çã�åtã���ä(�´è°é#")äÆã�å���æ���6$F �F��� �1�<0�!aäã`� �����)æ�ä_�%�çã���"���!aã�æJ�§?�ä(��?���ä�7+���@ã`"J0���ä~åv���<$f����6ä���7W��4"P�����6ä(!°æ�����HJ�¦�,� �%�Nä ã�!]"ä(�<��ä# �\ ")ä#0<���)ä(��æ�$����<�ìæ���6ä(�çãk 0���äG7W��æ�æ�ä ã��6ä# ")ä÷ä;g��� �i���h!�0��çã�4�%�4�i� ���%���@Ü�! ã��J6æ�$�è¨�©�� �Þß��=â�á��n±a«������ «øâî³�­

é#")ä\!aã�æ�!�0)æêã�! #"%$�" &8 "�ä.� çã�' �� ' �! ã�æXã�� �!"�!( êãk' #" $��~ã $*)^ ")ä+ -,/.�æ�ä(,Uä($&çã�' -"%$/"0&U ")äçä21� ��,� #$* #$43�7~ã��5)*"%$)ä=å&$ � �´è Å ã�å4 #$)ä � �ä�!,Äã0$4$ªl¦7W"*"úã�æ��!"tH6 -$4))æ�$�.��7"§?8 -))ä()¨9 -3%0��6äd��èÑÒ�èSé#"4" ,Äã�� Å !]")æ# @4ìã�� �! ���çä:); #$t4")äSå4 #"�æ-"%3% �! ã�æcã $tã�æ@$��! ���"0&S4")ä'��ä(!:"%$1�� 4�40�!çä:)<.tã�4"&7~ãC$��aè

Page 98: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

= > ?A@ BDCFE G

H I EJ?LKMCONQP I R S I TUI VXW IP I BDCFEJ?AYZBJP VMI I C[B W V E T]\ W P�BJ>I CF?AE_^ V @ BJPQ` ?aN CLb Y[PcC I YZd

e'fhgjilk � g ÿ inmog7p �hërq��ts i ê*q ivu qxw��zy.ê*q&ÿÏ�tshÿ g�g ÿ m s{y gj|}g�g s�����ë@ÿ~q shÿ3ërq��#ë g Ê]Ê�� | � iê*q&ÿ |}g�g s i q u�g ÿ | q�y��Ð�ts i ê g�u ��Ê i Ê mn��i � u�gh| � i ê g�� ë@ÿ g s � s g Ê�����ê m ê*q&ÿ |}m �8shÿ

� i�inmom |}g ��q u�m s�w m�i ê g}k�i ê|�ts�wkÊ i ê g�� q�� mn���vm s<Ê g}k2� q i � m s mn�+��g q�ë � i �x� i ê|��Êÿ g}u q shÿ g ÿ i ê*q i�i ê g5g��+m�k2i s g�g ÿ g ÿ inm q�y]ê|� g}� g q5w m q�ëvÊ]ê m �1ë@ÿ |}gji ê g Ê(q u�g

k'g w�q k ÿ<ë g Ê]Ê mn��i ê g�u�g q s<Ê��JÊ g ÿ�� eécä:�!�7�EÉ��6ã�'����ä�4(�c�-�h�������9 6�c¡�¢£�9¤�¥§¦�¨�©tª9�

Ú=©x« ¬W¯­� � ®°¯�±²°³´°µ·¶c¸�¹ º¼»�½¾¸¿�À¾¹0³¿4Á¼¿�¹ ºx´6Á�»lÂ�¿8º¼»l½Ã¸Ä½Ãµ¿�ÀlÀ¾ÅÆ´�¸´8ÇÈ¿�¸�É<º¼³´�»lÁÊÅÆ´8¸´ÌË�Á¼½�Éc¶�¹ º¼Ç»lÇ�º¼³�´DÍ;¿�»l¸[¹�³¿�ÀÎÀ�´�¸�ÅÆ´_½Æµ�º¼³�´�ËQ½ÃÇ:º(Ï!ÅÆ´8¸½ÃÍлl¹_´6Á¼¿ÒÑÔÓhÁ¼½8Õ�»ÎÉ�»Î¸Å�»l¸¾ºx´6Á¼¿�¹0Ϻ¼»�½Ã¸J»Î¸µ·½ÆÁ�Í;¿*º¼»�½Ã¸;µ·½ÆÁÌ´�Õô�ÁxÖ;Åô�¸´%Ï'Ë�Á¼½�Éc¶�¹ º�»lÇj¿<¹�Àl´6¿�¸Ð×°¿6ÖDºx½�¿�Ç(Ç(´�Í_ØcÀ�´º¼³´jÙÚ»lÅÃÇ(¿�×ÛË9¶Â�Â6À�´o½ÃµÈË�Á¼½�ºx´�»Î¸�ÇÌ»l¸¾ºx½­¿­µ�¶�¸c¹ ºx»l½Ã¸¿�À�Í;¿4Ë�ÑjÜhÉ´8ÍD½¾¸�Ç:ºxÁ¼¿*ºÚ´º¼³¿*º°ºx³�´Ä»l¸�µ·½ÆÁ�Í;¿*ºx»l½Ã¸ÐÅÆ¿�»l¸Ý»lÇ°É´�ºx´6Á�Íлθ´�ÉJØ{Öк¼³´ÞÇ:ºxÁ¼¿*ºx´6Å�ÖJ¿4Ë�ËcÀλ�´�ÉJºÚ½½ÆÁ�É�´6Áк¼³´ßØc¿4»�º¼Ç�½Æµ~Ë9¶�ÀlÀtÏ'É�½�×/¸O´6àÒËQ´�Á�»lÍ;´�¸¾º¼Ç ÑâáÞ¶´Zºx½Lº¼³´ãÇÚ¹%¿�À�´�Ï!µ·Á¼´6´É�»ÎÇ:ºÚÁ0»�Øc¶º¼»�½Ã¸�äƵ·¿4Ç:ºÌ¸´�º2×̽ÆÁ¼å_¹%½8Õô6Á�¿*Åô�»ÎÇ+½Æغx¿�»l¸�´�É�Ø{Ö�µ·½�¹�¶�ÇڻθÅ�»l¸�»�º¼»�¿�ÀlÀ�ֽø£º¼³´<³{¶�ØcÇ�»Î¸�º¼³�´Ô¸´6º2×°½ÃÁ¼å�ÑjæÞ¸µ·½ÆÁ¼ºx¶c¸¿*ºx´�ÀtÖÆä9À�½�¹%¿*º¼»l¸ÅD³{¶�ØcÇ5Á�´�çÒ¶�»�Á�´�ÇË�Á0»�½ÆÁJÅÃÀl½ÆØ�¿�À�»Î¸µ·½ÆÁ�Í;¿*º¼»�½Ã¸O¿4ØQ½Ã¶ºJº¼³´è¸�´�º2×̽ÆÁ¼åO½Ã¸´é»lÇ�ºÚÁ¼Ö�»Î¸ÅLºx½F¶c¸ÒÏÁ¼¿�Õ¾´�ÀnÑ�Ü5É´8Ç(¹%Á0»�ØQ´<¿D¸½8Õô�Àvêcë�ì¾í(ëÆî�í'ì�ï�ð9í!ñ{ïÝÇ:ºÚÁ�¿8ºx´6ÅÆÖ�º¼³¿*º�ò9¸cÉ�Ç/»tº¼ÇÌ×Ì¿�Öºx½ó³�»lÅó�À�ÖO¹%½Ã¸c¸´�¹ ºx´�Éô¸½�É´8ÇJ¸´6¿4ÁÚÏ'½Æ˺¼»lÍ;¿�ÀlÀ�ÖX¶cÇ(»Î¸Å󽾸�ÀtÖõÀl½Ò¹%¿�À5»Î¸µ·½ÆÁÚÏÍ;¿*ºx»l½Ã¸A¹%½ÃÀlÀl´�¹ ºx´�Éõ½Ã¸�Ï7º¼³´�Ï7ö�Ö÷»l¸aÇÚ¶�¹�¹%´8Ç(ÇÚ»�ÕôéË9¶�ÀÎÀøÏ'É�½�×�¸ô´6àÒËQ´�Á�»lÍ;´�¸¾º¼Ç Ñ

ù ú

Page 99: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

Ô%ûýüxûDþ�¥9ÿ5ÿ+�E£�� ��¸

æÞÇÚ»l¸�Å<ºx³c»lÇhÇ}ºxÁ¼¿*ºx´6Å�ÖÆä�Ü�´8Ç}º¼»ÎÍD¿*ºx´/ºx³�¿*º������ ½Æµvºx³�´Þ³Ò¶�Í;¿�¸�»l¸¾ºx´6Á¼¿�¹ ºx½ÃÍ;´¹%¿�¸ ØQ´Ý¹%½8Õô6Á¼´8É Ø{Ö���� � �ZËc¶cÀlÀtÏ'ɽ8×/¸L´�à�ËQ´6Á0»lÍ;´�¸¾º¼ÇÞ×/»�º¼³�� ��� ½Ãµjº¼³´»l¸¾ºx´6Á¼¿�¹ º¼»�½¾¸�Ç5¹%½Ã¸òcÁ�Í;´�ÉZ»l¸§ØQ½�º¼³ZÉ�»lÁ¼´�¹ º¼»�½¾¸�Ç Ñ

Page 100: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

Ô%û��%û¤Ö Ù��J£����E¥í×��JÖ��÷Ù ���

Ú=©�� �<âî³�¯EáÞ�²¯²ß÷³�Ý´áÏâ�Æä:�6ä��Ê))ä! 4$)äô� k�m�i�g �tsÅ�ts i�g}k q�y i � m sbÊ��*q�y g ã#".!�)ä$"6ä��"0&óã�æ�æ%"7.Xä:�( & ��5 #$&çä:�çã �' -"%$�"ã ,�"%$43Þ.4�7"�çä: #$�"� #$t!�)ä��aäaæ�æ#è('918.Xä:�! #,Uä($&çã�æQ�4 #3 �1��!�4�!"�)*3%�4.�)<\6ä(���4$* +*�))ä,"-".)*���ã#"���ä ã#"� �©0/�"��·����å*�! #)1ã $*)=é21`É��4365=ã�æ�æ-"7/���/� @'�8"7"%,Ïä ))ä(3 �6äaä�"0&<ä(�!�7"%�(��'"5))äçä:���,� #$)äP!�)ä�$)ä( -3%��å¾"�)*�!�4"�"8)_" &~ão3% :9�ä($;.*�!"�6ä( #$;/� @'�4 -$b!�)ä� #$&çä:�çã �' -"%$_$)ä�0/v"%�.<�è1Ìæ@'�4"#)43%�o"79�ä:�øû7=�=°)4 &>-ä:�6ä:$J�" �!3�ã $* +"!,("~ã0�6ä+$4"7/Qã�æ#��ä ã )8�?"�ä,*�))ä($*�aä()Zã $4)Þ,Ïã $��"�!�)ä(�@"�ä,*�))ä:$4�( -$43h.*�!"kÇ�ä:��A"Gã ��äB)4$4)�ä(�C/óãÚ�%��"%$)ær�D9�ä(�7�ôæ# #,� �6ä()j #$*&�" �!,Ïã�' -"%$h" $P'�)ä #$&6ä(�çã0��'" ,Ïä� :"ÆãE9�ã �æêã�å)æ�ä�èGF�"%�÷ä21�ã ,/.�æ�ä � � ��É�HJI®ä:$tã �7 #"�"�ä�Æã�æOè-��K#=�=�=ML��!)4�!��ä($&çær��(" $Jçã #$N" "%$�æ-�PO � ù -$&çä(�6ã ��! #"%$N"�&�" �Ê��)4,Ïã $Zã $4)QK úMR &�"%��,/"�)N"6äS/��4 �æ�äF!�)ä(��ä�ã0�6äû � û7T ù #$&çä:�çã �' -"%$�"��6ä:�("%�7))ä()�&�"%�+��äaã#" QUWV¾q�y�yYX*q k'm�u �6y g Ê/y g}k'g}�7Z Ê Z q g0[ èôéÈ�)ä$9�ã\" ,Ïã:Ç7"%�! @���" &�.4�!"�çä( -$1��.*�!"�6ä( #$­ -$&çä(�6ã ��! #"%$N"ìä: �!�)ä(���6ä:,Äã0 #$t'"1åXäSä21*.@ä(�7 #,Uä($&�ã�æ�æ-�))äçä(�7,/ -$)ä()<"%���tãE9�äÌ$4"�ÌåXä´ä($­,Ïã ))äëã79�ã �æêã�å�æ�ä� #$Zã�.�))å)æ- #�j)tã�çã�åtã#"�äh��ä è]�Ê"7/� ã0$��:"%,�.)æ�äçäÌ�:"^9�ä(�6ã 3�ä�" &� #$&çä:�çã �' -"%$6"!.)ã �aäSå@äSã ���4 �ä_9�ä:)`/� @'�_,� #$4 -,Äã�æÀä_>{" � #$E6ä(�!,("È" &Y'�)ä���ä,*�)4 #��ä()Ä$�)4,ôå@ä(��" &°ä218.Xä:�! #,Uä($&."Ya

�v" .Xä:�çã�! #"%$tã�æ# +"�ä()�'�)ä���ä,*�)4 #��ä()Þ�6ä!"!"�)*�!�aä!"�å6�=ã#"."C)4,/ -$435�("#" àã $4)^! #,Uäj!"Uå@ä #$�ão�:"%$�" çã $&j.4�!"%.Ã"%��' #" $tã�æ��6äaæ�ã�' -"%$�"7�4 #.�!"E'�)ä�$�)4,ôå@ä(��" &v.@ä(�7&�" �!,Uä()²ä}18.@ä(�7 @�,Uä($&A"bHl.�))æ�æ@�·)4"7/�$�"YL2�2/��4 -���Ð +"ëä,*�)4 :9�ã�æ�ä($&f'"�!�)ä�$�)4,ôå@ä(�h" &È.4�7"�çä: #$�"D)�"6ä:)Èã#"åtã @ è2��ã ,c/Jäaæ�æXãE/óã �6äW'�)ã�i'�4 :"d"7 #,�.)æ# & �� ã�! #"%$�æ�ä ãE9�ä,"�"�)<Jãëæ-"��" &Øä218.Xä:�! #,Uä($&çã�æ))ä�ã �æz�Øå�)1� �øæ�ä ã )�".!"1ãÞ�:"%$4�: +"6ä5,�"�))äaæ�"0&_!�)ä�"79�ä(�6ã�æ�æ9.4�!"��aä!"."�" &v #$*&�"%�7,Äãk' #" $3�ã -$£ -$£.*�!"�6ä("%,� #�!"aè\é�"e"7 #,f))æ�ã�çä^!�)äÄ)4 +"7�("79�ä:�7�£" &øã $g)4$�<6$4"7/�$ß #$&6ä(�çã0��' -"%$$)ä0/�"%�C<Æ�B�h)�"�ä()Z��ä ã�æÈ -$&çä(�6ã ��! #"%$J))ã��ã`"6äA"QH�&�"%�5��äaã#" YL�/��* #���i/óä:�6ä1ä}18.)æ#" �6ä()&��!" ,j"!�(�6ã�'���?)�"! -$43fk�lnmMo y�p�q\r�y q�qns tnuMv ä21*.@ä(�7 #,Uä($&A"wHx"�äaäÌécã�å)æ�äwy|è�û^LÛè@1Ìæ@'�4"#)43%�$4"Ð�:"%,�.)æ�äçäÞ)tã�çã#"6ä~" &� -$J6ä(�6ã ��! #"%$�"� +"ÏãE9�ã �æ�ã�å)æ�ä~&�" �Äãz"! #$*3�æ�äÄ"%�!3�ã $4 +"7, ��äÚ�ã�æ�æ¾"�åN"6ä(�{9�ã�' -"%$�"� -$4)4 -� ã�6äj'�)ã�È.4�7"�çä: #$~ -$J6ä(�6ã ��! #"%$/$)ä�0/v"%�.<�"àã ��äw"!�aã�æ�äB�·&��6ä´ä$Hx"�äaäF9 -3�)4�6äÌû�è R L è|58 -$4�aä�ã0$6���6ã $4)4" ,Ïær�h"�äaæ�ä:��6ä()(".))å�"�ä�v" &-ã-"7� ã�æ�ä�·&���äaäÈ$)ä0/�" �.<Sã 3�ã0 #$&�"�æ�æ#"7/�"Gãh.Ã"^/Jä(����æ�ã7/Z)4 +"�'�! �å�)<! #"%$Ò��ã0$4)=ã�æ�æ� #$&çä:�çã �' #" $/)tãk�ã#"�ä�A"óãE9�ã0 �æêã�å)æ�äÈ��ä(.4��ä�"6ä:$& )4 &>-ä:�6ä($&}".))å�"�ä�." " &ª!�)ä�"79�ä:�çã�æ�æÆ #$&çä:�çã �'"%,Uä ���Q�(" $4�aæ:)4))ä()''�tã�v #$&6ä(�çã0��' -"%$"!.)ã �aäSã#"®ã~/��4"�æ�ä°�tã#"j'�)äf"6ã ,UäÌ)4 +"�'�7 �å�)<! #"%$Lã#"øã0$6�<,Äã§Ç7"%��"C))å�"�ä� èðéÈ��)�":�ª'�)ä"! -,f))æ�ã�' -"%$Þ�6ä,"C))æ�."�"%$< #$4�:"%,/.�æ�ä�6äh -$&çä(�6ã ��!"%,Uä,"�"!�4"�)�æ#)��4"�æ#)�ã�æ+"!"�&�"%�j!�)ä°��ä ã�æu�æ# r&ùä®ä}18.)æ-"%�çãk' #" $o" &%)*$�<6$4"7/�$< #$&6ä(�çã0��' -"%$Þ$)ä�0/v"%�C<�"´èñB��ÉB�C� ��� ò}��� �{�w�����}�N�����G����� � �����w�G�����,�"�)��,�Q -$J.�(�.� ��! #"%$_$��0/�"%�C<�"f�#"j3%�A�0.4��"]/����(�C�b�#�:��.4�7"�A�: #$�"-� �C��$*"8)��!"D�- #$�<\�()� �b�:)43��,"��.�(.*�.�,"C�($&' -$43d'����.4�!"�.�( -$~ #$&A�:�A� �' -"%$�",�%�È��)N"(���("79#�(�A�03���" & #$&.�(�A�0��' -"%$"!.�� �,��'�A�0$�".�+��A�!"�!" g.� w g y m�� g}k qxw g #$Ý3%�.� .4��"QHx"C�,�6Fc #3�)4�C��y��&�^L_� ��$£�("%$&!�A�#"�Ú�

Page 101: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û��%û£¢¥¤��d¦����|§�¨��d¢��©¤ ��ª

F9 -3�)4�.�-y��:��«¬�B/�"(�()*3��_­·�("79��:�! #$*3?".�_®A"hH°¯$�%��¯DK�Lv&�"%�B®!���S"A� ,(��3%�A�0.4����È����3%�.� .4�P±³²¬HW´GµY¶fLv�!·�¸�"C¹+"C®."©·#º2Of¸�·�»��,"-H°´¼²¾½n¿�µYÀ7µYÁnµA µAÃ�µ�Ä�µ.Å�µ�Æ�µAÇ{È\L|�:¹+¸�<\�,»� �i�7=P)�¸�»�¹-�.�(�_®A�!»e�,»NÉ��,"bH°¶fL��b'G»�É���­��!·^9#�(�C¹+¸�ÉÊ".�!®."f� �C�$¹+¸�»�¹-�E�\®.�,» � �`®'�����,·�¸N�_­"!���#»��,»Ë¸�·�»��,"!�?Ì}·\®'�z".�!®h¯$�6HJ�+�!ºÍ®YL�/�¹:®!� R ¸�·�»��,"~H0½n¿Æ�2Àx�%Â���Ã%�2Äc�2Æ�È\LS�\¸�»Ë"C�!®¯DKgH��.¹+É ��®YLh/�¹:®'�gÎ`¸�·�»N�,"QH4½nÁ¼�©Äc�BÆ�È\Lf".�\®A¹:"Cºt�Ï®'�N�Ô�!·�¸�»�¹&®A¹+·#¸i®!���\®(�!9#�(� �g�!»�É��¹+"$�\»kÇ.� �,�!¸M®(®.·z�`¸N·�»��P¹:¸g¯$�P·%�$¯DK8�v�C�,"CÐÑ�:�!®A¹&9��!�-���i�0¸i®'�����#»:Ç.� �,�!¸4�:�ÏÒ~�\®!�.¹&Ó�.�!Ð4�.�!".�!¸�®A�\®A¹:·�¸P·#º2±c�#¸8�!¸M®'�7�?ÔbÕ�Ö�¹:"BÒ~� �.<\�,»zHx¹:¸o�.�!» L×®A·�»N�,¸�·#®.�S�#¸8¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸� �!®0/d�,�,¸ØÐ4�C·#®A�!¹+¸�"8Ç��\¸�»£Ù �¼�È���;Ò~�\®'�C¹&Ó ÚeÛ�ÜP"!�N·^/�"8®!���\®P¯DKݲ H0½nÁnµ�Ä µ�Æ�È\L¹+"$�­�!·^9#�(�C¹+¸�Éz".�_®Ú�}"C¹+¸4�!�8®'���Þ�.�!".Ð��(�_®A¹:9#�Ô�C·7/�"~�\¸�»��,·��:)�Ò~¸N"�HxÉ%�C�:�NLf·#º�®!��¹+"�"C�!®�,·79#�(�©�#�:��¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�",�%�È���ÞÒ~�\®'�C¹&Ó~ÚzßWà0᩹+�:�+)�"{®'�.�\®A�!"��N·^/Ý®!����/}�!¹+É%�M®B·\º��DÉ%�.�#Ð4�¹+"o�,�#�#�!)��â�n®A�,» º��C·�Ò �\¸6� É�¹:9#�,¸ã·%�.»N�(�.¹:¸�ÉÏ·#º-®'���`¸�·�»��!",��0¸ã®'��¹:"8�_ÓN�#Ò(Ð��+�Ê®'���k�l^m�o y�p�qnr�y q�qns�t\uMv ��ÓNÐ��(�C¹+Ò(�,¸M®A";Hx�2� � �+�6y��&�^L~� �C���,·#¸�»�)4�_®A�,»Ý"C)4���Ý®'���n®6�^ä,å�« � �K\æ� «�ºn�SÎ#ç\Â�« �Ò� ú åCÆ�«è�£�!®'�\�é� �.�z)�"C�,»¾�#" � �#¹&®E�ê�È���e·%�C»��(�C¹+¸�É£·#ºD®'���˸�·�»N�,"�¹+"Ò~� �.<\�,»z·�¸z®!���$»�¹â�\É�·�¸��#�2·#º�ÚzßWà0á^�$�È���$)�Ð�Ð��(�j�.¹+É ��®]®!�.¹+�#¸�É��:�f·#ºBÚËßWà0áf»N�,¸�·#®.�,"�\®w/����\®]®A¹:Ò~��­0"C®.�,Ð;�\¸z¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸Q¹+"/Ê g�g sz/���¹+�:�h®'�����:·7/}�:�w�+�_ºÍ®w®'�C¹â�#¸�É#�+�-·#º|®'���Ò~�\®'�C¹&Ó­�C�(�!·%�.»�"D�\®S/����\®-®A¹:Ò~��­0"{®A�,Ð;®!���~¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸`¹:"oy m sEë k2u�g.� � �(�!·%�.»N¹+¸�ÉP®A·®'�N��· �.»��:�.¹+¸NÉ��i1ìÐ��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�PÐ��+·#®$¹:"�É��,¸N�(�A�n®A�,» � �iÐ��+·#®C®A¹:¸�É6®'���P¸�)�Ò � �(�$·#º�,»NÉ��,"5Ê g�g se�#¸�»Zy m sEë k2u�g.� �\ºÍ®A�:�Þ®A¹:Ò~��­0"C®.�,Ð6å��-�È�����E�0�.�+¹:�(���,»�É��!"S� �.�3Ê g�g se�#¸�»y m sEë k2u�g.� ��®!���?�:·7/}�:�D®'�N�?".)NÒí·\ºB®'���(/}�!¹+É%�M®h·#º��#�:�×�!¸M®'�.¹:�,"D¹+¸ÏÚzßWà0á � �(�,·#Ò~�!",����!¸4�,�-®'��¹:"©®A¹+Ò(�_­W/}�!¹+É%�M®DHÍ®'���-".)�Òé·79��:�Þ�\�+���,¸M®!�.¹+�!"�¹:¸6ÚzßWà0á_LÈ�E�#¸ � �S)�"C�,»;�#"��#¸¹+¸N»�¹#�,�\®A·%�|ºJ·%�×®'���wÐ��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�w·#º��#¸8· �.»��:�.¹+¸NÉf¹+¸~�C�!9#�E�#�:¹+¸�Éh®!���Þ®.·�ÐÑ·#�+·�É �$·\º�®'���¸��_®0/}·%�C< �

Page 102: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û��%û£¢¥¤��d¦����|§�¨��d¢��©¤ ���

"C®!�.)4�_®A)4�.�#�wÉ��!¸�·�Ò(¹#�!"8�#¹+Ò("?®.·ÏÐ4�.·79�¹+»��;�!¸�·�)�É �Ø��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®A�#�w"C®!�.)4�_®A)4�C�,"P".)*���®'���\®@ºJ·%�2�!9��:�7��Ð*�.·#®.�,¹+¸�"C�,*�)��!¸4�,���+��·�Ò(·��:·�É�·�)�"�"C®!�.)4�_®A)4�C�È�E�#¸ � �}ºJ·�)�¸N»�HJîw¹&®A<�)�Ð�!®f�#�W�r�%K#=�=N�^L2�%¹:¸e·#®!���(�-/}·%�C»�"(�@®.·QÐ4�C·79�¹:»��b��s m,��g_ï y m�� g}k�Z s�w�Ê g}i ·\º©�_Ó�Ð��(�.¹:Ò~�!¸�­®Y�\��"C®'�C)4�!®.)4�.�!"�/�¹&®'��¹:¸Ê��¸��_®0/}· �.<P·#º��N·�Ò~·#�+·�É �/�.�!�â�\®.¹+·�¸N"!��¹:Ð�"��#Ò(·�¸�É$".�!*�)N�,¸4�!�,",��È���:�.�©� �C�}Ò~�#¸��S»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®@"C·��+)�®A¹+·#¸�"�ºJ· �� �¸N»�¹+¸�ÉÞ��"C�!®G·#º�¸�·�»N�,"9�!·79��(�C¹+¸�Éw�#�+���,»NÉ��,"Hx¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"YL@/�¹:®'�N¹+¸$®'����"A�#Ò(��É �A�#Ð4�6Hx¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸(¸��!®0/d·%�C<NL��|1Þ"}¹:�+�:)�"C®!�A�\®.�,»(¹+¸F%¹:É�)4�.�6y��&�%���e".) � ".�_®P·#º���¹+É ���-�Ý�,·#¸�¸��(�_®A�!»Ø¸N·�»��!"~�,·79#�(�."��e�+� �.É#�(�(ÐÑ·%�{®A¹:·�¸ð·#º®'�N�h¸��_®0/}·%�C<�®!���#¸;�\¸�·#®'�N�(��".) � "C�!®]·\º@®'���D"A�#Ò(�h"C¹+ñ!�h�!·�¸�".¹:"C®.¹+¸�É~·#ºG¸�·�»��,"�/���¹#���� �C���+�,"C"��,·�¸N¸��(�_®A�,»����0¸ � ¹+·��:·�É�¹#�,�#��®A�:�.Ò("(���bÐ�)��:�&­ò»�·7/�¸;�_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®��C�!9#�E�#�:"w®'����#»kÇ.�0�,�,¸M®S�!»�É��,"~HJ¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+¸NÉ8Ð4�.·#®.�,¹:¸�"YLÞ·#º×·�¸N��¸�·�»N��HJ®'�N� � �#¹:®YL_�fó}·�¸�".�!*�)��,¸M®A�r�%�� u�Z s Ztu�ô�u �,»NÉ��_­·�,·79��:�.¹+¸NÉb".�_®�/d·�)��:»6�#�:�+·7/�Ò~�#Ð�Ð�¹:¸�É$·#º@®!���D¹:¸M®A�(�.� �!®.·�Ò(�S/�¹&®'�®'�N�(Ò(¹+¸N¹+Ò~�#���_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®A�#�@�_>�·%�{®~HxÒ(¹+¸�¹:Ò?�\��¸�)�Ò � �:�]·#º � �#¹:®."YL_�h�È��� � �#»`¸��!/�"���:�.�(¹+"w®'���\®S®'���$Ð4�C· � �+�!Òõ·#ºd �¸�»�¹:¸�É8®'���$Ò(¹+¸�¹:Òf)�Ò �,·79��:�.¹:¸�ÉÊ"C�!®D·#ºd¸�·�»N�,"����#"� �,�,¸g"!��·7/�¸£®A· � �Êö`É%­��!·�Ò(Ð��+�_®A�P�#¸�»£���,¸*�,�Ä�E�#¸�¸N·#® � �Þ�,·�Ò(Ð�)N®.�,»£�!÷��,¹:�,¸M®A�r��!9#�,¸�·#¸��PÉ%�A�#Ð*�Ë·#ºÊ��s mnø s�®A·�Ð�·��:·�É �iHxùS� �.ÐÒ�×�7OMT#K�ú@ó}· �.Ò(�,¸e�_®D�#�W�r�|�7O�O�OML��~�0¸®'�N� � ¹+·#�+·�É�¹-�E�#��"C�!®C®A¹+¸NÉbÒ?�n®.®A�:�."Þ� �.�Ì�!·�Ò(Ð��+¹-�E�\®.�,»ÊºJ)*�C®'�N�(� � �(�,�#)�".�f®!���h®.·�ÐÑ·#�+·�É �·#º@®!���f¹:¸�®.�(�.� �!®.·�Ò~�-É%�.�#Ð4�Q¹:"Þ¹:¸�¹:®.¹â�#�:�-�()�¸�<�¸�·7/�¸��w�0¸Ê®'��¹:"�/d·%�.<Æ���B/�¹:�+��·�Ð��,¸Ê®'���»�·�·%�w®A·��8¸��_/ � �.�!�,»z·#ºdÒ~�_®'��·�»�"-�#¸�»z"C®!�A�\®.�,É�¹:�,"w/���¹-���Ë)�"C�(®!���$Ð4�.·#ÐÑ�:�C®A¹:�,"]·#º"!�,�#�+��­òº��C�,�]¸��_®0/}·%�C<�"�®.·$®!���,¹-���#»N9\�#¸M®Y�\É��S�#¸�»�� �C�D� � �+�Þ®.·�®Y� �Y<��+�]·\®'���:�C/�¹+"C���,·�Ò�­Ð�)N®A�\®A¹:·�¸��#�:�-�Ä��� �C»`Ð4�.· � �+�,Ò("w�_>��:�!®A¹&9��!�-� � �­�!·�Ò~ÐN)N®Y�\®.¹+·�¸��#�+�r�o�.�!�â�\®.¹:9��!�-�Ê".¹:Ò~Ð��:�Ò(�E�#¸�"!�

Page 103: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û��%û£¢¥¤��d¦����|§�¨��d¢��©¤ ��û

ü �0ýB�0ý þ�ÿ ��� ��� ������ �{�N��w���� ��������� ��� �����Þ�h��� ��� ���}���'|� ���iÐ�)��:�&­0»N·^/�¸e�_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®��C�!9#�E�#�:"f®'���8¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�Ð�� �C®.¸��(�C"�·#º�·�¸��bÐ4�C·#®A�!¹+¸)�"C�,»i�#" � �#¹:®,�P�0¸�·%�.»N�(�D®.·QÒ(·�»N�,�G®'���~¹+¸NºJ· �.Ò~�\®A¹:·�¸`ÉM�#¹+¸ � ���\¸e¹+¸N»�¹:9�¹+»N)��#�|�_Ó�­Ð��(�.¹:Ò~�!¸M®(HJ®A�#¸�»��!Ò �\÷(¸�¹&®��6·%�+�#�E�#"{®C­ò®0/d·\­·�6� � �C¹+» L2����¹:¸�®!�.·�»�)4�!�,»;®'����Ð*�.·��,�,»N)4�.�·#ºÞ�6kÑl^mMo y�pNqnr�y q�q\s�tnuMv ��!#" å%$iHJ".�,�Ê5��:�!®.¹+·�¸gy�� Î*�×�%� � �+��y��&�^L_��F%¹#�C"C®Ú�|Ð4�C·#®A�!¹+¸! ¹:"DÒ~� �.<\�,»Ï�\" | q Zti ¹+¸Ë®.¹+Ò(�_­òÐÑ·�¹:¸M®]å��;5�) � ".�,*�)��!¸M®A�-� �×�#�+�|»�¹-�.�(�_®h¸N�,¹+É � � ·�)4�C"h·#º! Hx¹:¸i�#¸Ï�_Ó�Ð��(�C¹+Ò(�,¸M®Y�#�:�-�`»��_®A�:�.Ò(¹+¸��!»£¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸eÉ%�A�#Ð*� Lh� �C�bÒ?�0�.<#�!»i�#"'& k'g�(¹:º}®'���}�D���79#�b¸�·#®h���_® � �!�,¸�»N�!®A�:�!®.�,»£�#"f�)& k'g�( Ð*�.�!9�¹:·�)�".�r�;º��.·�Òí�#¸N·#®'���:� | q Zti �5�¹:Ò~¹:�â� �C�-�%���#�:��®'���D�,»�É��!"w�#»:Ç.� �,�!¸�®�®A· ! � �C�DÒ~� �C<#�,»Q�#"+*�»��!®.�(�_®A�,»`�n®�®.¹+Ò(�_­òÐÑ·�¹:¸M®å,*e¹&º�®!���:�Ý���E9#�Q¸�·#® � �,�!¸ð»��_®A�(�_®A�!» � �_ºJ·%�.���#¸�»-*%�,·#¸N ��.Ò(�,»ð�\®$®A¹:Ò~��­0Ð�·�¹+¸M®få,*·#®!���(�{/�¹+".�~HJ".�,�DF%¹:É�)4�.�-y��:�^L��G�È���S�â�\®C®A�:�È�,·%�7�.�,"CÐÑ·#¸�»�"�®A·�/����\®Ê���#" � �,�!¸Ê®A�:�.Ò(�,». �.�!9#�(�C".�_­W®Y�#É#É�¹+¸�É . ¹:¸~��1.É /�3Q5~�_Ó�Ð��(�.¹:Ò~�!¸M®A",�×5�¹+¸4�!���_9��(� �()�¸�»�¹-�.�(�_®A�!»b�,»�É#�Þ�+¹:¸�<�"�_ÓN� �_®A�r�8®0/}·b¸N·�»��!"(� ®'���h�,·�Ò(Ð��:�!®A�SÐ4�C·8�!�,"C"Þ·#ºQ�!·79��(�C¹+¸�Éb�#¸Q¹:¸�®.�(�.� �!®.·�Ò~�S¹:"�Ò(·�»�­�,�:�,»£/�¹:®'�i®'�N�,".��®0/}·e�#»�»�¹&®A¹:·�¸��#�©�n®.®'�C¹ � )�®A�,":�DÊ g�g sØ�#¸�» y m sEë k2u�g.� �10]¹:9#�,¸i®'���¹+¸*���(�C�,¸M®��(�7�.·%�4­��.�\®A�!"h·#º©®!���8�E9\�#¹+�+� � �+�$��ÓNÐ��(�C¹+Ò(�,¸M®Y�\�d®A�:����¸�¹:*�)N�,"f®'�N�bÉ�·M�#�×¹+"-®A·y m sEë k2u �#"}Ò~�#¸����!»�É��,"}�#"}Ð�·�"C".¹ � �+��¹+¸(·%�.»N�(�|®A·f�0�!�.¹&9����\®}�h�C�,�+¹+� � �:�B".�_®B·#º�¹:¸M®A�(�4­� �_®A¹+·#¸�",�2Ìv�D)�".¹:¸�É�®!���}®A¹:Ò~��­ò/d�,¹:É%�M®%�\"@�#¸f· � ÇC�(�_®A¹:9#�dºJ)�¸*�!®A¹:·�¸f���!·�)��+»D»�¹+"{®A¹:¸�É�)�¹:"!�®'�N�-�_÷��,¹+�!¸M®�"{®'�.�\®A�!É�¹+�!",�

1Þ"C".)�Ò(¹+¸�É$�fÉ#¹:9��!¸P·%�.»��:�.¹:¸�Éf·#º�®'�N�S�#�+� ®'���]æQÐ4�.·#®.�,¹:¸�"-Hx¸�·�»��!"YLdº��.·#Ò�2¥�4353 æ76z����A�\¸?".)*�(�,�!"."C¹:9��wk�l^mMo y�p�qnr�y q�qns�tnuMv ­ò�_Ó�Ð��(�.¹:Ò~�!¸M®A"hHx�2� � �+�Þy��&�^L@·#º��_9��(� �?Ð*�.·#®.�,¹+¸?�\®®A¹:Ò~��­0Ð�·�¹+¸M®dåG²82¥�4353 æ76��#¸�»PÒ(�E�#"C)4�.�!»Ô��·7/ *�)N¹#�Y<��-�b�$É#¹:9��!¸ÊÐ�·%�{®A¹+·#¸b·#º�®'���S�,»NÉ��,"���#» � �!�,¸Ï»��_®A�(�_®A�!»Ï·%�°�!·�¸N ��CÒ~�!»��Q�È���~®A¹+Ò(�_­W/}�!¹+É%�M®-¹+"D�+·7/d�(�D®!���?Ò(·%�C�?�,»NÉ��,"� �C� � �!¹+¸�É5�!·79��(�C�,»��E� �C�+¹:�(�}¹:¸?®'�N�]Ð4�.·��,�!"."-H°F2¹+É�)4�C�]y��&�^L��|���,¸*�,�w®'�N¹+"}®.¹+Ò(�_­ò/d�,¹:É%�M®¹+¸N»�¹#�,�\®A�!»Ä�N·^/�*�)N¹#�Y<��-�b®!���-¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸�"©·#º�®'���-¸��!®0/d·%�C<b/}�:�.� � �,¹:¸�É$»�¹+"7�,·79��:�.�!»� �Ï®'���PÉ�¹&9��!¸ð"C®!�A�\®.�,É �#�g�È�N¹+"$�,¸�� � �+�!»ðÒ(�b®A·��,·�Ò(Ð�� �C��»N¹:>Ñ�(�.�!¸M®~· �.»��:�.¹+¸NÉ�"$¹+¸®A�:�.Ò("~·\ºÞ®'�N�Ê®A¹:Ò~��­ò/d�,¹:É%�M®$·#º]�zÉ%�A�#Ð*� � �i®Y�#<�¹+¸NÉz®!���Ê"C)�Ò ·#º]�\�+�B®A¹:Ò~��­0Ð�·�¹+¸M®."� �:�.·�"C"b�#�:���!»�É��!",�Ø�È��¹+"~Ò~·�»��,���#�:�+·7/�"$Ò~�P®A·e�#¸�"{/}�:�b»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®b*�)��!"C®.¹+·�¸�":�BºJ·%��_ÓN�#Ò(Ð��:�#«

9 0]¹:9#�,¸h®!���(�C�B¹+"�ºJ)�¸�»�¹:¸�É$HJ·%��®.¹+Ò(�7L�ºJ·%��Óf¸�)�Ò � �(�2·#º �_Ó�Ð��(�C¹+Ò(�,¸M®A":�%��·7/£�â� �CÉ��¹:"B®'���]º��A�0�!®A¹:·�¸8·#º�®'���S¹:¸�®.�(�.� �!®.·�Ò~�]·#¸����E�#¸ � �S��ÓNÐ��(�_®�®.·$»��!®.�(�!®Ya

9 ��·^/cÒ?�\¸6�6�_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®."-� �.�$¸��!�,»��!»Ë®A·Þ�!·�¸N ��CÒ �Þ�!�(�{®Y�#¹:¸`º��.� �!®.¹+·�¸gHJ�#��É��y#=4:(L}·\º2®!���S¹+¸M®A�:�A� �_®A·�Ò(�7a

Page 104: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û<;%û£ÿ>=��@?�����þ û4A

B)CED F GIHKJMLONQP

ü ��R©�C� � �%�N�K�N���S�F�·%�h"C¹+Òf)N�â�\®.¹+·�¸zÐ�)4�CÐÑ·�"C�,":�×�]ºJ·��,)�"C�,»Ï¹:¸e®'��¹:"��#¸��\�-��".¹:"h·�¸e®!���bÒ(·�»N�,�}· �.ÉM�#¸N¹+".ÒV¾q�y�yYX*q k'm�uT( y g Êhy g}k'g}�7Z Ê Z q g H � �#<#�:�."È���,�#"C®YL©·#¸��-� �N".¹:¸4�,�]ºJ·%�d®'��¹:"B".Ð��(�!¹+�,"©®!���]Ò~·#"C®�,·#Ò~Ð4�C�(���!¸�".¹&9���»��\®A�S� � ·#)N®|Ð4�.·\®A�,¹:¸�­0Ð*�.·#®.�,¹+¸h¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸�"G¹+"|�E9\�#¹+�+� � �:�#���0¸$»��!®A�#¹+�Î�®'�N�D�\¸��#�-��"C�,»�»��\®Y�\".�!®."�� �.�\«

9VU ��ɾHÍIw�!¸�� �.¹:·�"��!®Þ�#�W�r� K#=#=�=MLSH U �\®A� � �#"C�S·#º%�0¸M®.�(�A�0�!®A¹:¸�É^ÉQ�C·#®A�!¹+¸�"AL©¹:"����C�_­"C·�)4�!�!�×®!���\®c���#"�ÉM�\®!���(�C�,»D¹+¸NºJ·%�CÒ?�n®A¹+·#¸ � �SÒ~�#¸�)��#���\¸�¸�·#®A�\®A¹:·�¸-�#¸�»f�\�+".·�¹:¸�­�!�+)�»��!"}®'�N����¹+É%��­ò®'�*�.·�)�É ��Ð�)N®v���E�\"C®C­W®0/}·n­���� � �.¹:»�»��\®Y�#"C�!®."-Hx�ò®A·h�!®��#�°�-��K#=�=N�#úW��!®Añh�!®]�\�W�r��K#=#=�=ML_��'%Ó8�,�:)�»�¹+¸NÉb".�!�:ºâ­0¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"(��®'��¹:"Þ"C�!®��!·�¸M®Y�#¹:¸�"h� ú%ù ú%ú¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"BºJ· � ú T����]Ð4�C·#®A�!¹+¸�"�¹:¸Þ�#�E�#"{®E�

9 óYX�Z�'ãH U �E�\¸����_®d�#�W�r��K#=�=MK�L%¹:"×�D".) � ".�_®B·#º U ��Ée/���¹#���/�,·�¸M®Y�\¹+¸�"G9\�#�+¹:»��\®.�,»¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"!� ���,¸*�,�`®'���`¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�"o�!·�¸M®Y�#¹:¸��,»Ø¹+¸ã®'��¹:"8".�_®6� �C�`Ò~·%�C��C�,�+¹+� � �:�#��ó}·�¸�"C�,*�)��!¸�®.�-� �#®'��¹:"�»��\®A�#".�_®2¹:"�".Ò~�#�+�:�(���\¸�»D�:�,"C"�»N�,¸�"C�#úM¹:®�!·�¸M®Y�#¹:¸�"·�¸N�-� ú ÎMy�Tf¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"}ºJ·%��K��7K#O°���,�#"C®�Ð4�.·\®A�,¹:¸�",�

9 óY[³H\0S�E9�¹+¸Ï�!®��#�W�r�×K#=�=MK#L-¹+"f�6»��\®Y�\".�!®f·#ºÞK�T ú ÎQ¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"f»��!®.�(�CÒ~¹:¸��,»ºJ·%�`�^K\OMT�Ð4�.·#®.�,¹:¸�"Ê)N".¹+¸NÉ£®A�#¸�»��!Ò �\÷(¸�¹:®��ãÐ�)*�.¹: 4�E�\®.¹+·�¸Ø�#¸�» ".) � ".�,*�)��!¸M®�����0�A� �_®A�(�C¹+".�\®A¹:·�¸ � �bÒ?�#"C"{­ò".Ð��(�!®!�.·�Ò(�!®!�7�#�

9 3 U 5ðH°��·Ê�!®$�\�W�r�@K#=#=MK�LwºJ·��+�:·^/�"D�Ê"C¹+Ò(¹+�+� �S�#Ð�Ð4�C·M� ��� � )N®f·79��:�{­ò�_Ó�Ð4�.�!"."C�,»®!��� � �#¹&®fÐ4�C·#®A�!¹+¸�"!�6�È��¹:"fÒ?�Ú�z�_Ó�Ð��+�#¹+¸Ë/��6�Ë®'��¹:"h»��n®Y�#"C�!®$¹+"D»��,¸N".�(�f®!���#¸®!���DóY[`¸��_®0/}· �.< úѹ&®È�,·#¸�®A�#¹+¸N" ù = ú =�¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"BºJ·%�]� R OMyhÐ4�.·\®A�,¹:¸�",�

F�·%�2®!���B".¹:Òf)��+�\®A¹:·�¸�"�·�¸h®!����óYX�Z�'`»��\®A�#".�_®Ú�#®!���©� �_®A)��\��"C¹+Òf)��+�\®A¹:·�¸S/B�#"%»�·�¸��/�¹:®!��¹+¸~®'��� U ��Éi¸��_®0/}·%�C< �d�È���]¸�)�Ò � �:�©·#º��,»�É#�,"`Ê g�g s6�\¸�»;y m sEë k2u�g.� /B�#"B®!���,¸»��_®A�(�CÒ~¹:¸��,»ð·�¸��-�i/�¹&®'��¹:¸g®'�N�;óYX�Z�' ".) � ".�_®P·#ºw9\�#�+¹:»��\®.�,»ð¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N",� �È�N¹+"�#¸��\�-��".¹:"D�\»�»4�.�!"."C�,"f®'�N�/�!·�¸4�,�:�.¸e®!���\® � �z®A� �.É#�!®A¹:¸�ÉÄ��¹+É%�N�-�­�!·�¸�¸��:�!®A�!»ÏÐ4�.·\®A�,¹:¸�" ��C"C®Ú��®'�N�Ê�C�,"C)��:®.¹+¸�ÉS¹+¸�ºJ·%�.Ò~�\®A¹:·�¸h/d·�)��:» � ���:�,"C"��C�,�:¹â� � �:� �#/��N¹#���?¹:"Q�,�:�E� �C�-�f¸N·#®|®'����E�\".�~Hx"C�,�DF%¹+É�)*�.�,"�y�� ú �#¸�»Qy�� R L_�

F�·%�]®'���~"A�#<\�?·#º©"C¹+Ò(Ð��+¹-�,¹&®��%���]�\".".)NÒ~�!»Ð�.��]��_Ó�¹:9�¹&®�� � �z)�"C¹+¸�ÉÊ�#¸e)N¸�»�¹#�C�(�_®A�,»É%�.�#Ð4�ʺJ· ��Ò(·�»N�,�+�:¹+¸�É�¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸Ê".Ð��0�,�#���È��¹:"ÞÒ(�E�#¸�"Þ�#¸Q¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸QÃ-²êH_^a`b Ldc;¶³¹+"×�,*�)��#�:�-���:¹+<#�!�-�f®.· � �Þ»N�!®A�:�!®.�,»?º��C·�Ò � ·\®'�(¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+¸NÉDÐ4�C·#®A�!¹+¸�"!�G���!¸4�,�He^gf b L��#¸N»?H b fh^ÑL¾���E9��|®'���G".�#Ò(�@�+¹:<#�,�:¹#��·�·�»�®A·©·��(�!)4��¹+¸S�Bk�l^mMo y�p�qnr�y�q�qns�tnu�v�_Ó�Ð��(�C¹+Ò(�,¸M®hHx�2� � �+�-y��:�^L})N".¹+¸NÉ(Ð*�.·#®.�,¹+¸N"+^Ê·%� b �\" � �#¹:®(�4�.�!".Ð��(�!®.¹:9#�,�-�#�

Page 105: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û<;%û£ÿ>=��@?�����þ ûSi

k�l^m�o y�p�qnr�y q�qns�t\uMv �zr m t oSj�l vk!Y"�l lnmoj r t l v o¾å%$prq ! 3 À�¿�ÇxåײØås�q t uwv j#oyxzj�l v4{}| toy mo~ �O!Y" Ä%� " Ä��S$� q �z�����}�}� Hxæ�c t L� q ����� æ�3 ! ç\Ã��$²S² =S$£æ�3 ! ç#Ã���²Øå��q ����� H ! ` æ�L�3èä7Ã7ÃEæ6²S² =z$¾H ! ` æ�L%3 ä7Ã7ÃEæQ²Øå� q �y�z�4� H ! ` æ�L�3 Á��^æ�Ä�²Øå� q x �y�}l æ

�%� � �+�-y��&��«G�È���/ÉQ�.·��,�,»N)4�.�-·#º%��k�l^mMo y�p�qnr�y q�qns�tnuMv ¹+¸2ÉG"C�,)�»�·n­{ó}·�»���È��¹+"����\" � �,�!¸e� �CÉ�)��!»z®.· � �$¸�·#®-¸��(�!�,"C"A� �C¹+�-�Q®'�.)N�(ºJ·%� � ·#®!�Ë��1.É /�365z�#¸�»

�-K\� »��\®Y�~Hx1��+·x���\¸�»�Z�)�"C".�!�+�z��K\=�=MK � ú�3Q�\".�+·79f�#¸�»?5�¸��,ÐNÐÑ�!¸Ò��K\=�=MK�L��%�È�����#¸��\�-�M­".¹:"}Ò(�!®!��·�»N"v�!·�)��+»b� �(�!·�Ò~Ò(·�»��\®A�©ºJ·%�|®'�N¹+" � �~)�".¹:¸�Éf�-»�¹#�C�(�_®A�,»{��/d�,¹+É ��®.�,»8É%�.�#Ð4�¹+¸N"C®A�,�#»8/����(�C�w®'���w/d�,¹:É%�M®A"�·�¸b®!���]�,»�É#�,"��.�!Ð4�.�!".�,¸M®�®'�N�]Ð4�.· � � � ¹+�:¹:®.¹+�,"×·#º�»��_®A�(�_®C­¹+¸NÉ6�ÊÐ*�.·#®.�,¹+¸e�#�+·#¸�É�®!��¹+"j�.�!�â�\®.¹+·�¸N"!��¹:Ð��8��·7/d�!9#�(�(�|"C·Êºx� �-".)4���Ï»��\®Y��¹+"-¸�·#®°�#�!®�E9\�#¹+�+� � �+�\�

ü ��R©�0ý Ë� � ��� � w��� � � �8�d�7�r�¡ d¢�£¥¤¡ d£�£7¦ §7¨¡©«ª­¬)®°¯²±�È���×kÑl^mMo y�pNqnr�y q�q\s�tnuMv Ð4�C·8�!�,»�)*�.�]HJ".�!�}�2� � �+�dy��&�^L�Ò~·�»��!�+"�®'�N�d¹:¸NºJ·%�.Ò~�\®.¹+·�¸]ÉM�\¹+¸º��.·#Ò¬��Ð�)��+� ­0»�·7/�¸D�_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®2/�¹:®!�fÐ4�.·\®A�,¹:¸ ! �#" � �#¹&®%¹:¸h®A¹:Ò~��­0Ð�·�¹+¸M®�å��@1��+��¸�·�»��,"^Mcz´¹+¸P®'�N�-É �A�#Ð4�ʱ³²jHW´GµY¶hLÈ�C�,Ð4�C�,"C�,¸M®A¹:¸�É~®!���SÐ4�.·#®.�,¹:¸�­0¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸8¸��_®0/}· �.<���E9���®'���P®0/d·Ï�#»�»�¹&®A¹:·�¸��#�©�n®.®'�C¹ � )�®A�,"«^r3 À_¿MÇxå(�#¸�»V^r3 ! ç\Ã��Ð�,·�¸M®A�#¹+¸�¹:¸�É;®'����®A¹:Ò~��­Ð�·�¹+¸M®A"�/����!¸6®'��¹:"�Ð4�C·#®A�!¹+¸P/B�\"w)�".�!»;�#" � �#¹:®��#¸N»Q/����,¸Q¹:®�/B�\"Þ ��."{®w»��_®A�:�!®A�!»`�#"Ð4�C�:���G1��+� �,»NÉ��,"©ÃÞ²He^g` b Ldc;¶¼·#º�®!��¹+"dÉ%�A�#Ð*�����E9���®'���Þ�#»�»�¹&®A¹+·#¸��#� �\®C®'�.¹ � )N®.�,"He^³` b L%3 ä7Ã7ÃEæg�#¸�»ðHe^³` b L�3 Á��næ�ÄÑÇWçnÔPÃ7ÂÊ®A·P»��!¸�·#®.�(/����!¸e®'�N¹+"]¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸_���#"� �,�,¸�»��_®A�(�_®A�!»;�#¸�»Þ�,·#¸N ��.Ò(�,»��×1��+��®!���,"C�h�n®.®'�C¹ � )�®A�,"��0�.�S¹+¸�¹&®A¹+�#�+�r��".�_®�®.·$ñ,�(�C·��

�È����ºJ)�¸4�_®A¹+·#¸ v j�oyxzj�l v²{}| toy m´~ � $P»��,�:¹:9#�(�."w®!����".�_®]·#ºd�#�:�2¸�·�»��!"S�#»kÇ.� �!�,¸M®]®A·®'�N� � �#¹:®©Ð*�.·#®.�,¹+¸ ! �|1�¸6�~�A�\®.�-·\º2ºx�#�:".�]Ð�·�".¹&®A¹&9��(HWÄ%�^LB·%�Bºx�#�:".�]¸��!ÉM�\®A¹&9��~HWÄ��ML}»��\®Y��E�\¸ � �}� �:�,·�)N¸�®.�,»hºJ· � � �S®'�N� v j#oyxSj�l v4{}|�toy mo~ � $�ºJ)�¸4�_®A¹+·#¸8Hx"C�,�×�%� � �+�}y��èK � �,�:·^/�L��F%¹-�."C®w�~º��A�0�!®A¹:·�¸;Ä%�$·#ºG®'���h¸��,¹:É%� � ·�)*�.¹+¸NÉ?".�_®]¹+" �.�!Ð��â� �!�,» � �Ô�A�#¸�»N·�Ò~�r��".�,�:�(�_®A�,»¸�·�»��,":�\®!���,¸h��º��A�0�!®A¹:·�¸S·#º�Ä���·#ºN®!���d¸N·�»��!"%¹:¸-®!���d"C�!®%� �.�×»��!�+�!®.�,»h�\®��A�#¸�»N·�ÒÊ���È����.�!".)��&®A¹:¸�ÉÊ"C�!® t ·\º©¸��,¹:É%� � ·#)4�."-¹+"S»��!�+¹:9#�(�C�,» � � �Y<;®A·P®'���$k�lnmMo y�p�q\r�y q�qns tnuMv � $ºJ)�¸4�_®A¹:·�¸Ò�N/���¹-����®!���,¸�·�Ð��(�.�\®A�!"�·#¸�®!��¹+"©�:�!�.·#¸��,·�)N"�"C�!®E�

Page 106: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û<;%û£ÿ>=��@?�����þ û4µ

v j#ozxzj�l v4{y| toy mo~ �`r m t o�j�l v1!Y"¶��pNq ~�j r�t ~�l7o�l7k�j �Np oSj¼Ä%� "a��p�q ~4j4xzj v�p o�l7kSj ��p oSj³Ä��S$prq t ²¼½^æ`« Hxæ¶` ! L#c;¶(Ès�q �z�����}�}� Hxæ�c t L� q �����Pv j²·Mo �Np\vS¸�t mSx y m | j�m � $�¹ Ä%�²$gæ u ~�j q jSº^o �Np#vz¸�t mSx t�¸ j � $»@q �����Pv j²·Mo �Np\vS¸�t mSx y m | j�m � $�¹ Ä��S$gæ q�¸ j q j#oSj � $��q x �y�}l æ� q mzj#o y m v¼t

�2� � �+�-y�� K�«G�È�N�/ÉQ�C·8�!�,»�)4�C� v j#oyxzj�l v4{}| t�y mo~~¹+¸�ÉG".�,)N»�·\­{ó}·�»��ü ��R©��R �}�ê���4��� ���}�N�%��� � � � � �����G��� ÿ ���©�N���%�����d�{�r��°�!·�Ò(Ð�� �.�8®!���PÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,�P·#ºw»N¹:>Ñ�(�.�!¸M®~"{®'�.�\®A�!É�¹+�!"$®.·Ë· �.»��:�$®!��� � �#¹&®A",�£�È���Ð4�C·8�!�,»�)4�C�f·#º|�$k�lnmMo y�p�q\r�y q�qns tnuMv ¹:"�¹:»��,¸M®A¹-�E�#��ºJ·%���#�:��®!���h"{®'�.�\®A�!É�¹+�!"Þ�#¸��#�-��".�!»���È���D"C®'�.�\®A�!É�¹+�!"ÞÒ(�(�C�,�-�b»�¹:>Ñ�(��¹+¸P®'���-/B�Ú��®'���-¸���Ó�® � �#¹:®�Ð4�C·#®A�!¹+¸�¹+"Ê����·�"C�,¸6º��.·#Ò®'�N�-"C�!®�·#ºc�.�!Ò?�#¹:¸�¹+¸NÉ�¸�·�»N�,"©®'���n®����E9��-¸�·#® � �!�,¸�)�".�!»6�#" � �#¹:®È�#�!®E�

9 k q s ��m�u «@1 � �\¹:®B¹:"}Ð�¹-�Y<#�!»Ê�n® �A�\¸�»�·�Òjº��.·#Ò ®!���w".�_®©·#º�Ð4�C·#®A�!¹+¸�"×®'���n® ���E9��¸�·\® � �!�,¸Q)N".�,»Ê�#"�� � �#¹&® � �_ºJ·%�.�

9 w k'g�g.��( Ê g�g s�½�y m sEë k2u�g.� «Y0]¹:9#�,¸Q®!���f·79��:�A�#�:��®.·�Ð�·��+·�É0�8·#ºG®'�N�h¸��_®0/}·%�C<Æ��ºJ·%��_9��(� �£¸�·�»N��®!���ʸ�)�Ò � �:�~·#ºw�#»kÇ.� �!�,¸M®~�,»�É��!"?¸�·\®~"C�,�!¸§���_®`H\¾��^L��#¸�»i®'���¸�)�Ò � �(�d·#º��,»NÉ��,"B"C�,�!¸eH¿¾�K�L��E�#¸ � �w»��_®A�:�.Ò(¹+¸��!»8�\®}�#¸��?"{®Y�#É��Þ·#º��,·79#�(�A�\É��#�Ìv�P"C�,�:�(�!®.¹+¸�É�®!���D¸N·�»��]/�¹&®'�P®'������¹:É%���,"{®�¾��S®!��¹+"�"{®'�A�n®A�,É0�PÒ?�nÓ�¹:Ò~¹:".�,"d®'���¸�)�Ò � �(�?·#ºS�,»�É#�,"�Ê g�g s��B/���¹:�+�Ê".�,�:�(�_®A¹+¸NÉË®'�N�6¸�·�»��Q/�¹:®!�ð®'�N����¹+É ���,"{®O¾�KÒ~�nÓ�¹+Ò(¹+"C�,"~®!���`¸�)�Ò � �(�P·#ºD�,»�É��!"Ðy m sEë k}u�g.� �ö�·#®.�6®'���\®�À Ê g�g sÁÀ©Ò~�,�#¸�"¹:¸4�,·�Ò(¹+¸NÉ-�!»�É��!"}®A·DÐ4�.�}��­òÐ4�.·\®A�,¹:¸�",�%�0¸ � ·\®'���,�#".�!"(�N®!���ÞÐ*�.·��,�,"C"}"{®Y� �{®A"d/�¹&®'�®!���SÒ~·�"{®Ê��¹+É%�N�-�/�,·�¸�¸N�(�!®.�,»6¸N·�»��\�|�0¸Ê®'�N�°w k'g�g.��( Ê g�g s;"C®!�A�\®.�,É �b®!���(�C�h�0�.�¸�·PÒ(·%�.���!»�É��!"-®.·�»N�!®A�:�!®h�\ºÍ®A�:�S� � ·�)N®-Î�=n­ ú =²:é·#º}¸N·�»��!"����E9�� � �!�,¸e)N".�,»�#" � �\¹:®E�%1�ºÍ®A�:�©®'��¹:"(�N®!���hw k�g�g.��( Ê g�g s6"{®'�A�n®A�,É0�o�.�!".·%�{®A"�®A·$·�ÐN®.¹+Ò(¹+".��¾�K��

9 ��g w k'g�g w ô�Zx��g.� «`1��+��Ð4�.·#®.�,¹:¸�"b� �C�6".· �C®A�!»ã� �(�!·%�.»N¹+¸�Ée®.·e®'�N�,¹#�~¸�)�Ò � �(�b·#º¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"�¹:¸i»��,"7�,�,¸N»�¹+¸�Ée·%�.»��:�,�i�È����¸�·�»��,"~� �.�P)�"C�,»ð�#" � �#¹:®$¹:¸Ï®'����C�,".)N�:®A¹:¸�É�·%�C»��(�!�

9 &*q (nï qkÊ ïÂ(6mnô�ï w m «@�È���w¸N�_Ó�® � �#¹&®}¹:"d»N�!®A�:�.Ò(¹+¸��!» � �?»8��¸��#Ò~¹-�E�#�:�-���!"C®.¹+Ò~�\®A¹:¸�É®!���8»��,É �.�,�P·#º��E�0���£¸N·�»�� � �\".�,»i·�¸Ï/����n®~¹:"f<�¸�·7/�¸ð� � ·�)�®�®'���8¸��_®0/}· �.<º��C·�Ò���ÓNÐ��(�C¹+Ò(�,¸M®A"��,� �!�C¹+�,»�·�)N®�"C·(ºx�0�,� U �!®A�#¹+�:"dºJ·��:�+·7/S�

Page 107: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û<;%û£ÿ>=��@?�����þ û4Ã

ü ��R©�eÄ �}�ê���4��� ���}�N�%��� � � � � � ÿ �ÆÅÈÇ@É#ÊyÇ@Ë¡Ê�ÉYÌ@ÍÎÊ�ÏYÌé�©�����%�N��� Ð�È���ÊÉ%�A�#Ð*��­ò®!���,·%�C�!®.¹#�PÐ4�.¹:¸4�,¹:Ð��+�!"$·#ºw®'�N�O&*q (nï qkÊ ïÂ(6mnô�ï w m "{®'�A�n®A�,É0�ð�0�.� � �#".�!» ·�¸®'�N��· � ".�:�C9\�\®A¹:·�¸$®'���\®×»�)*�.¹+¸NÉS®!�����,¸M®A¹-�.��"!�:�.�,�!¸�¹+¸NÉDÐ4�C·8�!�,"C"d�_9��(� �(Ð4�.·#®.�,¹:¸6HJ¸�·�»N�7Lºx�#�:�+"B¹:¸�®.·$·�¸��]·#º2®'���]ºJ·��:�+·7/�¹+¸�É-®'�4�C�,�-".) � ".�!®.",«

9VÑ «;®'���;Ð4�C·#®A�!¹+¸�" ! c Ñ ���E9�� � �,�!¸Ý)�".�!» �\" � �#¹&®E�³F�·%�~®!��¹+"?".) � "C�!®P·#ºÐ4�C·#®A�!¹+¸�"�®'�N�d¹:»��,¸M®A¹&®��S·#º�®!���,¹-��¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+¸�É�Ð�� �{®A¸��:�."BHxÐ4�C�:�NL2�#¸N»°���!¸4�,�×®'���!¹#�»��!É%�.�!�~H\¾�H ! L.LB¹+"©<�¸�·7/�¸�º��.·�Òê�_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®.",�

9VÒ «}®'�N�DÐ4�C·#®A�!¹+¸�"+ÓÔc Ò ���E9�� � �!�,¸6»��_®A�:�!®A�!»;¹+¸��_Ó�Ð��(�.¹:Ò~�!¸M®A"w�\"ÞÐ4�C�:�Ê�#¸�»/d�(�C�f¸�·#®Þ)�".�!»Ë�\" � �#¹&® �#�!®,�w1Þ�&®'��·�)NÉ%�Q®'�N�h�_ÓN� �_®]¸�)�Ò � �(�w·\ºG¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"HJ»��,É%�C�,�0�Õ¾�H_Ó�LCLÞ·#º×®'���!".�(Ð4�.·#®.�,¹:¸�"S¹+"])�¸�<�¸�·7/�¸Ï�n®]®'��¹:"]ÐÑ·�¹:¸M®Ú��¹:®]¹:"]<�¸�·7/�¸��·7/ ·#ºÍ®.�,¸��,� ����·#º©®!���,"C�bÐ4�.·\®A�,¹:¸�"h·��(�!)4�!�C�,»i�#"DÐ4�.�}�e"C·Qºx� �bH Z s ��g w k'g�g ²¾#ÕÖ��HeÓ#Lb« Ó×c Ò L_���È�N¹+"fºJ·%�CÒ~"$�;�+·7/d�(� � ·�)�¸�»i·�¸Ï®!���8»��,É �.�,�P"C)4���g®!���\®¾#ÕÖ��HeÓ#LdØ°¾�HeÓ#L_�

9VÙ «}®!���°�C�,"{®w·#º@®!���-Ð4�.·#®.�,·�Ò(�S/����(�C�f¸�·?¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸�¹+¸�ºJ·%�.Ò~�\®A¹:·�¸8¹+"��E9\�#¹+� ­� � �+�+���_®E�

�0¸;®'��� � �,É�¹:¸�¸�¹:¸�É?/����!¸z®!���(�C��¹+"w¸�·8¹:¸NºJ·%�CÒ?�\®.¹+·�¸Ê� � ·�)N®w®!����¸��_®0/}·%�C<;�E9\�#¹+� ­� � �:� � Ñ �#¸�» Ò �0�.�-�,Ò(ÐN®��Ê�#¸�»6�\�+��Ð4�C·#®A�!¹+¸�"�� �.�h�,·�¸M®A�#¹+¸��!»Q¹:¸ Ù ��1Þ"�Ò(·%�.�D�#¸�»Ò(·%�.�$¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�"D� �.���.�_9��,�#�+�!»e¹+¸Ë".)4�:�,�!".".¹&9��b��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®."(� Ñ �#¸N» Ò �,·�¸M®A�#¹+¸�!9#�(�$�â�0�.É��:�hº��A� �_®A¹:·�¸�"f·#º�®!���8¸��!®0/d·%�C<��iF2¹+¸��#�:�-� �G�\ºÍ®A�:�f�!9#�(� �iÐ4�.·#®.�,¹:¸J���#" � �,�,¸)�"C�,»6�\" � �#¹:®(� Ñ �!·�¸M®Y�#¹:¸�"��#�+�ÑÐ4�.·#®.�,¹:¸�"©/���¹+�:� Ò �#¸�» Ù �0�.�S�,Ò(ÐN®����

�È��� � �#¹&®C­òÐ4�.�}�Þ�.�,�+�\®A¹:·�¸�"7��¹+Ð�"Ê�.�!".)��&®A¹:¸�É?º��.·#Òé®!���h��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®."+�E�#¸ � �hÒ(·�»�­�,�:�+�!»8�#"}»N¹#�.�:�!®.�,»8�,»NÉ��,"©�:�E�#»�¹:¸�ÉDº��C·�Ò Ñ ¹:¸M®A· Ò �×5�·h®!���w¹+¸�ºJ·%�.Ò~�\®A¹:·�¸$»��(�C¹:9#�,»P".·ºx� �]¹:"]"C®A· �.�,»Ë�#"-�8»�¹#�C�(�_®A�,»zÉ%�.�#Ð4���>Úã��¹:�+�f®!���(�C�~�0�.�$¸�·P�,»�É#�,"-�+�E�\»�¹+¸�É8¹:¸M®A· Ù �ºJ·%�©�\�+�Ñ®!���]Ð4�C�:�M­0Ð4�C·#®A�!¹+¸�"È�!·�¸M®Y�#¹:¸��,»P¹:¸ Ò ®'���]¸�)�Ò � �:�©·#º�®A¹+Ò(�,"d®'���}�o���E9�� � �,�,¸»��_®A�(�_®A�!»�¹:"}<�¸�·7/�¸ËHx"C�,�SF%¹:É�)4�.�Þy��èK�L_�G�È�N�w¸��_Ó�® � �\¹:®d¹+"}»N�!®A�:�.Ò(¹+¸��!» � �?"C�,�+�:�!®.¹+¸�É®'�N�b¸�·�»��?/�¹:®!�e®'�N�bÒ?�^ÓN¹:Òf)�Ò Z s ��g w k'g�g HW²w¸�)�Ò � �(�h·\º©®A¹+Ò(�,"-®'��¹:"hÐ4�C·#®A�!¹+¸e/}�#"»��_®A�(�_®A�!»6�#"�Ð4�C�:�NL©�#¸�»P®'���SÒ~�nÓ�¹+Òf)�ÒÜÛÕÝ Hx"C�,� � �!�+·7/�L_�

1B®|�#¸��D"C®Y�\É�� �#®!���©�E9��:�A�#É#� Z s ��g w k�g�g HEÞÝÔß�L�·\º��#�+��Ð4�C·#®A�!¹+¸�"��!·�¸M®Y�#¹:¸��,»h¹+¸ Ò �E�#¸� �j�,�#�#�!)��â�n®A�,»��d�òº2®'���:�.�-¹+"�¸�·(Ð4�.·#®.�,¹:¸¶Ó«c Ò ¹+¸8/�¹:®!�Q�\¸ Z s ��g w k'g�g ¾#ÕÖ��HeÓ#LYà ÞÝáß��®'�N�,¸$®'����"C®!�A�\®.�,É �Ì�.�,"C·%�C®."G®A·�����·�·�".¹:¸�É]®'����¸���Ó�® � �\¹:®|�\®��.�#¸�»�·#ÒÊ�2�È�����,·�¸�»N¹:®A¹:·�¸Z s ��g w k'g�g Ø ÞÝÔß ºJ· ������·�·�".¹:¸�Ée®!���6¸���Ó�® � �#¹:®?�\®��A�#¸�»N·�Ò ¹:"?".�\®A¹:"C ��!» ®A·7/B�0�.»�"�.�,� ����¹:¸�É�ºJ)N�+�Q�,·79#�(�A�\É��~·\º}®'�N�~¸��_®0/}· �.<z�#¸�»z¹+¸`®'���$¹:¸�¹:®.¹â�#�2"C®Y�\É��#�b5�¹+¸4�!�(�\®S®'���"C®A� �C® Ò ¹+"|�!Ò~ÐN®��(�\¸�»ÞÝáß6²Ø=S®!����/��N·��+��Ð4�C·8�!�,"."d¹+"×�#)N®.·�Ò~�\®A¹-�E�#�:�-�-<�¹#�Y<�­0"{®Y� �{®A�,»®'�N¹+"B/}�x�8/�¹&®'����ºJ�!/L�.�#¸�»�·#Ò~�r������·#".�,¸�k�lnmMo y�p�q\r�y q�qns tnuMv ��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®.",�

Page 108: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û<;%û£ÿ>=��@?�����þ û�â

F%¹:É�)4�.�by��èK�« �0�:�+)�"{®'�.�\®A¹:·�¸e·#º©®!���b"C) � ".�_®A" Ñ � Ò �|�#¸N» Ù »N)4�.¹:¸�É6®'���?"!�(�C�,�!¸�¹+¸�ÉÐ4�C·8�!�,"."!�G�È���©Ð4�C·#®A�!¹+¸�"@)N".�,»~�#" � �#¹:®|�0�.�B»��!¸�·#®.�,»(�#" Ñ ²¼½ !¥ã 3ä3 !�å È��%�È���©Ð4�.·\®A�,¹:¸�"»��_®A�(�_®A�!»��#"SÐ4�C�:�`�\®]®!��¹+"]Ð�·�¹:¸�®]� �.�$¹+¸6®!���$".�_® Ò ² ½�Ó ã 353æÓ å È����0¸`®!��¹+"]��ÓN�#Ò~ÐN�+�Hx�:�!ºÍ®YLáÓ,Ü�¹+"b"C�,�:�(�!®.�,» �#"b®'���;¸N�_Ó�® � �#¹:®8�#"P¹:®o���\"b®'���_��¹:É%���,"{® Z s ��g w k'g�g �c�È���".¹&®A)��n®A¹+·#¸Ì�.�!".)��&®A¹+¸NÉÞº��.·�Ò¼)�"C¹+¸�É�Ó!Üd�\" � �#¹:®%¹+¸f®!���©¸��_Ó�®Gk�l^mMo y�p�qnr�y�q�qns�tnu�v HJ�%� � �+�y��&�^LG¹+"×»��,Ð�¹-�!®.�,»b·�¸(®'���Ê�.¹:É%�M®E�Gö�·7/wÓ,Ü � �(�!·�Ò~�!"B�-Ò~�!Ò � �:�|·#º Ñ �#¸�»~¹+"×»��,¸�·\®A�,»�#" !�ç �;1Þ�:�d¹&®A"hÐ*�.�!9�¹:·�)�"f¹:¸4�,·�Ò(¹+¸NÉʹ:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"h� �.�?¸�·7/�y m sEë k2u�g.� /��N¹+�+�(®0/}·¸��_/ÝÐ4�.�}��Ð4�C·#®A�!¹+¸�"�H_Ó ç �}Ónè�LG� �C�©»��!®.�(�_®A�,»b�#¸�»$¹+¸�"C�(�{®A�,»(¹+¸M®.· Ò �@�0¸$®'��¹:"G".¹&®A)��\®.¹+·�¸{�/����:�.�]KS¸�·�»��,"wHeÓ ã �yÓnéYL����E9���®'����"A�#Ò(� Z s ��g w k�g�g �M®!���Þ�\»�»�¹:®.¹+·�¸��#��Ò~�,�#".)*�.��·#º¡ÛÕݹ+"©�!Ò~ÐN�+·x���!»�®.· � �.�E�\<?®'���]®.¹+�#�

Page 109: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û<;%û£ÿ>=��@?�����þ û�ê

F%¹:É�)4�.�-y��èÎN«ê�È���D�#¸M®A¹&­·�,·%�7�.�!�â�\®.¹+·�¸8·#º2®'���-»��!É%�.�!�D·#º%¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:¸�É~Ð*�.·#®.�,¹+¸N",�©5�¹+Ò�­¹+�+� �f®A·`®'�N� Ñ H\¾�Lf»�¹:"C®!�.¹ � )N®A¹:·�¸i¹+¸gF%¹+É�)*�.�`��� R ®!����Ó�­4�^ÓN¹:"$»��,¸�·\®A�,"(®'����¸�)�Ò � �(�·#º�¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"�Hx»N�,É%�C�,�7Lf·#ºÞ�`Ð4�.·#®.�,¹:¸��ëXw¸i®!���O��­0�nÓ�¹+"h®!�����E9��(�.�#É���»��,É �.�,�P·#º®'�N�D¸��!¹+É%� � ·�)4�C"�·#º@�#�+��Ð*�.·#®.�,¹+¸N"�/�¹&®'��»��,É%�C�,�íì;¹+"�Ð��:·#®.®.�,»��B�È�N¹+"�¹+�+�:)�"C®!�A�\®.�,"B®!���\®Ð4�C·#®A�!¹+¸�"�/�¹:®!�DºJ�!/i¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"�®.�,¸�»h®.·����E9#����¹:É%���-�+�,·�¸�¸N�(�!®.�,»�¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+¸�É�Ð�� �C®{­¸��:�."(��/��N¹+�+�v��) � "%®.�,¸�»f®.·]¹+¸M®A�:�A� �_®%/�¹:®!�fÒ~�#¸��D�:�,"C"��,·�¸N¸��(�_®A�,»$Ð4�C·#®A�!¹+¸�"!�@�È���}ºx�0�!®®'���\®�®!���-".�+·#ÐÑ�!"�·#º2®'���-�+¹:¸��E�0�B®'�.�!¸�»��:¹+¸��!"Þ� �C�]9��(� �Q"C¹+Ò(¹+�+� �dºJ·%���#�:��»��\®A�#".�_®A"Þ¹:¸�»�¹ ­�E�n®A�,"d®'���wÉ#�,¸��:�A�#�:¹:®��(·#º�®'�N¹+"}· � ".�:�C9\�\®A¹:·�¸��@�È�N�]»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®B·#>Ñ".�_®©·#º�®!���Þ®'�C�,¸�»N�+¹+¸N�,"�,· �!�.�!".Ð�·�¸�»�"|®A·]®!����»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®|»��,¸N".¹:®��$·\ºÑ®!���©»��\®A�#".�_®A"d�#¸��#�r��"C�,»ÊHx"C�,��F%¹+É#)4�.��y�� y�L��

Page 110: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ û��

�È���Q¸�)�Ò � �:�~·#ºÞ®A¹+Ò(�,"(�`Ð4�.·\®A�,¹:¸VÓ­���\" � �,�,¸g".�!�,¸Ý�#"~Ð4�.�}� H\¾#ÕÖ��HeÓ#L.Lf¹+"~�#¸¹+¸M®.�,É��:�B¸�)�Ò � �(�,�|���,¸4�!�S�\®©�\¸6�?É�¹:9#�,¸8"{®Y�#É���®'���:�.�+�,�#¸ � �Þ".�!9#�(�.�#��Ð4�.·\®A�,¹:¸�"B¹:¸ Ò/�¹:®!�Q®'�N�f"A�#Ò(�hÒ~�nÓ�¹+Òh)�Ò Z s ��g w k'g�g �Þ�0¸;·%�C»��(�Þ®.· � �C�E�#<P®'���D®A¹+�0�Ñ®!���f¸�·�»��D/�¹&®'�®'�N�+��¹+É ���,"{®B9\�#�+)���·#º�ÛÕÝ ¹+"v����·�"C�,¸��×Ì}·#®!� Z s ��g w k'g�g �#¸N»)ÛÕÝ � �.�Þ¹+¸�¹&®A¹â�\�+�-�h".�_®B®A·=ÞºJ·%�%�#�+��¸�·�»��,"!��ÛÕÝÐ��� . »�¹:"C®!�.¹ � )N®A�!» . /d�,¹:É%�M®C­òºx�0�!®A· �2®'���\®G¹+":�#¹:"@»��! �¸��,»(�#"%ºJ·#�+�+·7/�"!�'@9��:�7�?®.¹+Ò(���DÐ�)��:�&­ò»�·7/�¸?¹+"×Ð��(�CºJ· �.Ò(�,»~®!���Þ¸�)�Ò � �:�}·#º�¸N�,¹+É � � ·�)4�C"]HJ·%� ��g w k'g�g Ld¾·#º|®'�N� � �#¹&®]Ð4�.·\®A�,¹:¸6¹+" � �!¹+¸�É8»��_®A�:�.Ò(¹+¸��!»`�#"Þ/d�,�+�°�S�È��¹+"w»N�,É%�C�,��¹+" . »�¹:"C®!�.¹ � )N®A�!» .·79��:���\�+��¹&®A" . Ð4�.�}�8Ð4�.·\®A�,¹:¸�" � �P�#»�»N¹+¸�ÉP��ñ4¾?®.·$®!�����.�!".Ð��(�!®.¹:9#�íÛ�Ý ·#º2�!9#�(� �PÐ4�.�}�%�/���¹:�+�w®'�N� Z s ��g w k'g�g ·\º%�_9��(� �PÐ4�.�}�PÐ4�.·\®A�,¹:¸P¹+"©¹+¸*�(�.�,�#".�!» � �`���

�È���°�.�\®A¹:·�¸��#�:� � �:��¹+¸N»Ê®'�N¹+"Ê�,·�Ò(�,"�º��.·�Ò ®!���-· � ".�:�C9\�\®.¹+·�¸P®'���n®���) � "Þ� �.�-�+�!"."�+¹:<#�!�-�e®.· � ���+¹+¸N<#�,»i®A·z·#®!���(����) � "6Hx".�!�6F%¹:É�)4�C��y��èÎ�L_�£1Þ"~�#¸ �#»N»�¹:®.¹+·�¸��\�}�+·��E�\�Ò(�E�#"C)4�.�$�Þ»N�!9��!�+·�Ð��,»ÛÕÝ ".)4���z®'���n®SÐ4�.�}�`Ð4�.·#®.�,¹:¸�"]¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:¸�É8/�¹:®'�`�:�,"."��!·�¸�­¸��:�!®A�!»~Ð*�.·#®.�,¹+¸N"@É��!®���¹+É%�N�(�ÕÛ�Ýé9\�#�:)��,"%®!���#¸�Ð4�C�:��Ð*�.·#®.�,¹+¸N"%/���¹#���(� �C� �,·#¸�¸��(�_®A�!»®A·<��) � ",�`5�·MÛÕÝ ¹+"D�#¸��!Ò~ÐN¹#�.¹-�E�#�|Ò(�E�#"C)4�.�(®'���n®fÉ�)�¹:»��,"-®'���?"C®'�.�\®A�!É �z®A·7/B�0�.»�"����·�·�".¹:¸�É � �#¹&®A"B/���¹-����� �.�]�:¹+¸�<\�,»8®A·��:·^/��r���!·�¸�¸��:�!®.�,»QÐ*�.·#®.�,¹+¸N"©�#¸�»Þ���!¸4�,�S®'���!".�� �#¹&®A"�� �.�DÒ~· �.�S�+¹:<#�,�r�8®A· � �h��) � ",���ò®w¹:"�¸�·\®A�!/d·%�{®'���Ê®!���\®IÛÕÝ��#"Þ�~"C¹+¸�É��:�D¹:¸�»�¹ ­�E�n®A·%�w·\º|»��,É%�C�,�f/�¹&®'��·�)�®Þ®'�N� Z s ��g w k'g�g �#�:".·bÐ��(�{ºJ·%�.Ò("Þ"C¹+É�¸�¹& ��E�\¸�®.�-� � �!®.®.�(�Þ®!���#¸�A�\¸�»�·�Ò��×��·7/}�_9��:�(� ®'���j�,·�Ò � ¹+¸��n®A¹+·#¸8·#º Z s ��g w k'g�g /�¹&®'��ÛÕÝ �#"�»��,"7�(�.¹ � �!»6� � ·79��¹+"B®!���SÒ~·#"C®��!÷��!¹+�,¸M®��+·��E�\��"C®!�A�\®.�,É �8�v���E9��SºJ·�)�¸�»P"C·(ºx� �!�

B)C�ò ó�GÈPÕôQõ�HKP

�È���;Ò~�#¹+¸g¹+»��,�e¹+"~®A·ÏÒ(�E�#"C)4�.���N·^/ì»�¹&>��:�.�!¸�®P· �.»��:�.¹+¸NÉ�"��!·�)��+»ß���79#�­�.�_9��E�\�+�,»®'�N�h¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�"Ê�,·�¸M®A�#¹+¸��!»6¹+¸�9\� �.¹:·�)�"��79\�#¹:�â� � �+�]»��\®A�#".�_®A"w¹:¸Ê®!���hÒ(·�"C®��!÷��!¹+�,¸M®Ò~�#¸�¸��:�,�G�È���:�.�D� �.�]®0/d·(/}�Ú��"�®A·$»��_ �¸��-�,»�É#�_­��!·79��(�.�#É��\«

���¬�#¸Ý¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸Z���#" � �,�!¸�ö g�g s ·%�b»N�!®A�:�!®.�,»Ø·�¸4�,� � �Ý)N".¹+¸NÉÏ·�¸��6·#º-¹&®A"¹+¸M®.�(�A�0�!®A· �."��#" � �#¹&®Ú��· �

K��S�#¸6¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸<���#" � �,�!¸§y m sEë k}u�g.� · �Þ»��_®A�(�_®A�!»z¹:¸Q®0/d·8»�¹#�C�(�!®.¹+·�¸N"w�\ºÍ®.�(�)�"C¹+¸�É � ·#®'��¹+¸M®A�:�A� �_®A·%�C"��#" � �#¹&®E�

�È���(�â�\®C®A�(�Þ»��! �¸N¹:®A¹:·�¸`»�¹#�C�(�_®A�-�6�#»�»4�C�,"C".�,"S®'�N�(Ð*�.· � �:�,Òì®'���\®j�!)4�!�C�,¸M®-�_Ó�ÐÑ�:�{­¹+Ò(�,¸M®A�#�w»��\®A�#".�_®A"Ä�,·�¸M®A�#¹+¸ �£"C¹+É�¸N¹: ��,�#¸M®P¸�)NÒ � �:�Ê·\ºDºx�#�:".�`Ð�·�".¹&®A¹:9#�,"��#¸�»ãºx�#�:".�¸��!ÉM�\®A¹&9��!"(�N"C)4���8®'���n®©�#¸~¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸?¹+"d)�".)��#�+�r�$¸�·#® �C�,ÉM�0�.»��!»8�#"B".�\ºJ�Þ<�¸�·7/��+�!»�É��)�¸��:�,"C"w¹:®����#" � �,�!¸z»N�!®A�:�!®.�,»z�\®w�:�E�#"{®Þ®0/�¹-�,��¹+¸Q¹+¸�»��!ÐÑ�!¸�»��!¸�®w�_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®.",�S�È���Ð��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�S·#º2»�¹&>��:�.�,¸M®�"C®!�A�\®.�,É�¹:�,"�¹+¸Mö g�g_Z s�w`H°F%¹:É�)4�C�-y�� ú L��\¸�»�y m sEë k2u�Z s�w?¹:¸�­®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"�H°F%¹:É�)4�C�Þy�� R L%/}�#"×Ò~�,�#".)4�C�,»~·�¸~ºJ·�)*�×»N¹:>Ñ�(�.�!¸M®}»��n®Y�#"C�!®A":��¸��#Ò~�!�-� U �,÷��óYX�Z�'È��óY[P�#¸�»?3 U 5PHx"C�,�Þ5��(�_®A¹+·#¸QH°y�� ÎML2ºJ·%�G�SÒ~· �.�B»��_®Y�#¹:�+�!»(»N�,"!�:�.¹:ÐN®A¹:·�¸�·#º�®'���"C®!�A�\®.�,É�¹:�,"��#¸�»P»��n®Y�#"C�!®A"�)�"C�,» L��

Page 111: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ û�ª

F%¹:É�)4�.�-y�� ú «ø÷2�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,�S·#º2»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®�"C®'�.�\®A�!É�¹+�!"©¹+¸Mö g�g_Z s�wb¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�",�ö��_®0/}· �.<<�!·79��(�.�#É���¹:¸Q®A�:�.Ò("w·#º g.� w g öíö g�g s�� ����¹:�!9#�,» � �Q»�¹&>��:�.�!¸�®w"C®'�.�\®A�!É�¹+�!"w·�¸®'�N�$ºJ·#)4�]»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®-»��\®A�n­0"C�!®A"DóYX�Z�'�� U �,÷���óY[£�\¸�»�3 U 5Ñ���È���$º��A� �_®A¹:·�¸;·#º×®'���¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�¸��!®0/d·%�.<Qö g�g sz¹+"�Ð��+·\®.®A�!»Q·79��:�Þ®'�N�Dº��A�0�!®A¹:·�¸�·#º@®'�N�hÐ4�C·#®A�!¹+¸�"�)�".�!»`�#"� �#¹&®�¹+¸]®'�N�|k�l^mMo y�p�qnr�y q�qns�tnuMv �_Ó�Ð��(�C¹+Ò(�,¸M®A"dHx�2� � �:�×y��&�^L_�2'|� ���hÐ��:·#®�,·#¸�®A�#¹+¸N"�®'���Ð��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�°�,)4�{9��,"-·#º×®'���fºJ·#�+�+·7/�¹:¸�É?»�¹&>��:�.�!¸�®S"{®'�.�\®A�!É�¹+�!",«�w k'g�g.��( ö g�g s��w k'g�g.��(y m sEë k2u�g.� � ��g w k'g�g w ô�Zx��g.� ��&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m �#¸�» k q s ��m�u �%�È�N���E9#�(�A�\É���·#º��7=]¹+¸�»���­Ð��,¸�»��!¸M®�"C¹+Òf)N�â�\®.¹+·�¸�"d¹+"©"7��·7/�¸�ºJ·%�}�E� ����"C®!�A�\®.�,É � ��®A·�É��_®'���:�B/�¹:®!�P®!���]Ò~�nÓ�¹+Òf)�Ò�#¸�»�Ò(¹+¸�¹:Òf)�Ò »��!9�¹+�\®A¹:·�¸��G1Þ¸�)�Ð�Ð��(���:¹+Ò(¹:®d¹+"BºJ·%�CÒ~�!» � �8®!���hw k�g�g.��( ö g�g s6"{®'�A�n®C­�,É0�%��/��N¹#���8)�"C�,"B®'�N�w¹+¸NºJ· �.Ò~�\®A¹:·�¸$·�¸?®'�N�wÉ��+· � �#��¸��_®0/}·%�C<~®.·�ÐÑ·#�+·�É �#�%�È��� ��g w k'g�g_ïw ô�Zx��g.� "C®!�A�\®.�,É �D�.·�)NÉ%���-�_�C�E�#�:¹+"C�,"S®'���~".·\­·�E�#�:�+�,» . ù =²/�K#= . �C)��+�QH°Ì}� �A� � �#".¹Î�GK#=�=�K�L� ���!·79��(�C¹+¸�É$� � ·�)�® ù =4:j·\º�®'����¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸b¸��!®0/d·%�C<~)�"C¹+¸�Éh�+�,"C"}®'���#¸PK#=²:·#º�®'���Ð4�C·#®A�!¹+¸�"×�#" � �#¹&®E�2�È����&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�.�\®A�!É �$Ò?�n®'�����!"|®!����ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,��·#º�®'���w k'g�g.��( y m sEë k2u�g.� "{®'�.�\®A�!É �`/�¹:®'�N·�)N®-Ð4�.¹:·%�S¹+¸NºJ· �.Ò~�\®A¹:·�¸;·�¸Ë®!���?¸N�!®0/d·%�.<`®A·�Ð�·�� ­·�É �#�81B®h®!���?".�#Ò~�0��®!����&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�A�n®A�,É0�ËÐ��(�{ºJ·%�.Ò("S".¹:É�¸�¹: 4�E�#¸M®A�r� � �!®.®.�(�®'���#¸ k q s ��m�u �

Page 112: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ û��

F%¹:É�)4�.�Ëy��èy�« Z��!�â�\®.¹:9��`Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�Ë�\»N9\�#¸M®Y�#É��z¹+¸ g.� w g öMö g�g s�9�",� k q s ��m�uÒ(�E�#"C)4�.�!»Ê·�¸Q3 U 5¾� U �,÷c��óY[`�#¸�»QóYXÎZ�'ð»��n®Y�#"C�!®E��È���Ô�.�,�+�\®A¹&9���ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�\¸4�,�Ê�#»N9\�#¸M®Y�\É��Ê·\ºI&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m 9�"!� k q s ��m�u Ð��:·#®.®.�,»·79��:��®'�N�-º��.� �!®.¹+·�¸�·#º@¸N·�»��!"Þ)�"C�,»;�\" � �\¹:®hHl�C¹+É%�M®�LB»��!Ò~·#¸�"C®!�A�\®.�,"�®!���j��)NÉ��h¹:¸�¹:®.¹â�#��,·79#�(�A�\É��hÐ4�C·79�¹:»��,» � ��®!����&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�.�\®A�!É ���Y÷G�:·#®.®.¹+¸�É�®'�N�°�A�n®A¹+·$·#º � �#¹&®A"�.�!*�)�¹#�C�,»i¹+¸ � ·#®'�Ï"{®'�.�\®A�!É�¹+�!"f¹+¸Ï·%�C»��(�D®A·­�.�,� ���g���,�(�{®Y�#¹:¸�º��A� �_®A¹:·�¸�·#º�·#º��,»NÉ��,"".�!�,¸�Hl�.¹:É%�M®�L}"7��·7/�"Þ��".Ð��,�!»�­0)NÐQ·#º2)�ÐP®A·(�fºx� �!®.·%�©·#º%O(¹:¸P®!���D3 U 5b»��\®A�N�W�Ð$®A· ù =4:F�,·79#�(�A�\É���¹+"Q�.�,� �����!» � �f®'�N�Y&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "C®'�.�\®A�!É �$� � ·�)N®��#� ù ®A¹:Ò~�!"ºx�#"{®A�(�}·�¸b®'���-óY[6»��n®Y�*��K�� y7­4ÎD®.¹+Ò(�,"}ºx�#"{®A�:�B·�¸b®'�N� U �,÷g�#¸N»�óYXÎZ�'g»��\®Y�*�N�#¸�» ú®A¹:Ò~�!"Bºx�#"C®.�(�©·�¸P®'�N�h3 U 5P¸��_®0/}· �.< �XÞ9��:�A�#�:�z�7®'���×Ð��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�|·#º�®'���K&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "C®!�A�\®.�,É �S"C�,�!Ò~"�®A·�¹+Ò(Ð4�.·79#�|/�¹&®'�¹+¸*�(�.�,�#".¹:¸�É6»��!¸�".¹&®��ãH°²]¸�)�Ò � �:�f·#º��,»NÉ��,"ú/\¸�)�Ò � �(��·#º�¸�·�»��!"YLD·#º�®!���b¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸¸��_®0/}·%�C<�"(� � �!¹+¸�É~óYX�Z�'©«èK�� = úMR � óY[%«èK��&���^y8� U �,÷�« ÎN�&�^y#=*��3 U 5Ñ« ú � T ú ÎN�

Page 113: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ û�û

ü �eÄ��C� û �N�C�w�ýü�� �@þ ���(��� ��� �´� �%��� � �õ� �ê� � � ���1ÿi�|�ò����È���G®A¹:Ò~��­ò/d�,¹:É%�M®��!÷��,¹:�,¸4�}�]»��!ÐÑ�!¸�»�"�·�¸]®'���G·%�C»��(��¹:¸w/���¹#���]®'�N� � �#¹:®."�� �.�|)N®.¹+�:¹+ñ,�!»H°F2¹+É�)4�C��y��&�^L_�i1é�+·7/d�(�(�+¹+Ò(¹:®D·�¸i®'���P)�"C�!ºJ)��:¸��,"C"?·#ºw�#�+�}Ð4�.·�Ð�·�"C�,»£"C®'�.�\®A�!É�¹+�!"$¹+"»��_ �¸��,» � �8�h�A�#¸�»N·�Òê· �.»��:�.¹+¸NÉf·#º � �#¹&®A"!�KW�"C¹+¸�Éh®!���+�.�#¸�»�·�Ò "C®!�A�\®.�,É � �N®'�N�w"A�#Ò(��E9��:�A�#É��z¸�)�Ò � �(�P·#ºD¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"8¹+" � �,¹:¸�Éi".�!�,¸��n®P�E� ��� "C®A�!ÐÒ�+�!·%�!�C�,".Ð�·�¸�»N¹+¸�É�.·#)�É%���r�h®A·S®'�N��»N�,¸�"C¹:®��ÊHW²w¸�)�Ò � �(�|·#º�¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�" /w¸�)�Ò � �(�×·#º�Ð*�.·#®.�,¹+¸N"YL@·#º�®'���¸��_®0/}·%�C<iH°F2¹+É�)4�C�$y�� ú L_�-1B®w®!����"A�#Ò(�f®A¹:Ò~�0���!»�É��,"-� �C� � �,¹+¸NÉo�,·�¸N 4�.Ò(�,» � �Q®'�N¹+""C®!�A�\®.�,É �ãH°F%¹:É�)4�.�8y�� R Lh¹+¸£�#�+�d»��\®A�#".�_®A"(�\®(�­�A�\®.�8*�)��#»4�.�\®A¹-�b®A·;®'���8º��.� �!®.¹+·�¸Ï·#º¸�·�»��,"d)�".�!»P�#" � �#¹:®,�%�È��¹:"��.�!".)��&®A"׺��.·�Ò®!���Þ¹:¸4�(�C�E�#"C�,»bÐ4�C· � � � ¹+�+¹&®���·#º��!·�¸N ��CÒ~¹:¸�É�#¸�¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸ � �Þ�����#¸4�!�h�#"��\¸Ê¹:¸4�(�C�E�#"C¹+¸�É�º��A�0�!®A¹:·�¸8·#º2�,»�É#�,"Ê���#"��#�#�C�E�#»8� � �,�,¸»��_®A�(�_®A�!»��

1Þ¸Ï)�ÐNÐÑ�:�f�+¹:Ò~¹&®S·�¸e®'�N�bÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�\¸4�,�~·#º��#¸��Ë"C®'�.�\®A�!É �z/B�#"�»N�!®A�:�.Ò(¹+¸��!» � �®'�N�+w k'g�g.��( "C®!�A�\®.�,É�¹:�,":��/��N¹#���8�#"C".)�Ò(�Ê�,·�Ò(Ð��+�_®A��¹+¸�ºJ·%�.Ò~�\®A¹:·�¸$� � ·�)N®|®'�N��¸��_®0/}· �.<®A·#ÐÑ·��:·�É �#�%1B®��E�0����®.¹+Ò(�Þ"C®.�,Ð8å2�N®!��� � �#¹&®}®'���\®B/�¹+�:�¾��¹+�!�+»?®!������¹:É%���,"{®©¸�)�Ò � �(�©·#º�,»NÉ��,"S�,¹&®'���:�'ö g�g s�·%��y m sEë k2u�g.� ¹+"��,�#�#�!)��â�\®.�,»Ò� � �#".�!»Ë·�¸;®!���$<�¸N·^/�¸`®A·#ÐÑ·��:·�É �#��È���°w k'g�g.��( ö g�g s;"{®'�A�n®A�,É0���#�#�C�E�#»*�~�.�E�0�����,"D�7=�=²:ê·\º%�!»�É��,"Îö g�g s6/�¹:®!�Ê�\"�ºJ�_/³�#"Î�=²:�·\º%®'�N�D¸�·�»��!"�)�"C�,»;�\" � �\¹:®A"!�B1B®�®'���-"A�#Ò(�S®A¹+Ò(� ��®!���°w k�g�g.��( "C®'�.�\®A�!É�¹+�!"Þ�0�.�".¹:É�¸�¹& ��E�#¸M®.�-� � �_®.®A�:�©®'���#¸ k q s ��m�u ¹+¸Þ�!·�¸N ��CÒ~¹:¸�É�¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�",�

F�·��+�:·^/�¹:¸�É�®'���d¹+¸�"C¹+É%�M®%®!���\®2®'��� �N¹+É%���r���,·�¸N¸��(�_®A�,»$¸�·�»��!"�Hl��) � "AL%� �C�}®'���dÒ~·#"C®)�"C�!ºJ)�� � �#¹:®."(� ®'���DÐ4�.¹:·%��¹+¸NºJ·%�CÒ?�n®A¹+·#¸o�.�,*�)�¹-�.�!Ò~�!¸�®."+�E�\¸ � �h�.�!»�)4�,�!»6®A·~¹+¸NºJ·%�CÒ?�^­®A¹:·�¸h"C·��+�!�-�D� � ·�)N®2®'���B»N�,É%�C�,�B·#º �,� ���$¸�·�»��SHx¹°� �\�-�n®'���d®A·#®A�#��¸�)�Ò � �:�@·#º ¹+¸M®.�(�A�0�!®A· �."·#º%�E� ���6Ð*�.·#®.�,¹+¸{� � )N®�¸�·#®�<�¸�·7/�¹+¸�É(/����\®�®'���-Ð�� �{®A¸��:�."�� �.�EL_�B�È��� ��g w k'g�g w ô�Zx��g.�ö ilk q i�g w ( ".· �C®A"$®'�N��¸N·�»��!" � �i®'�N�,¹#��¸�)�Ò � �:�~·#ºw�#»��.� �!�,¸M®~�,»�É��!"(�©�n®.®Y�0�Y<�¹:¸�É`®'�����¹:É%���-�b¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+¸NÉ~Ð4�C·#®A�!¹+¸�"hHl��) � "YL� 4�."C®,�©�0¸<�!·�¸M®'�A�\"C®Þ®.·~®!���Ìw k'g�g.��( "{®'�A�n®A�,É#¹+�,":�¹:®2»�·��,"@¸N·#®%®A�#<#�}®!���}��ÓN� �!®G¸N�!®0/d·%�.<-®A·�Ð�·��+·#É �S¹+¸M®A·Þ� �(�!·�)�¸M® � )�® � �+¹:¸�»��r�wºJ·��+�:·7/�"%�Ð4�C�_­0»N�!®A�:�.Ò(¹+¸��!»b·%�C»��(�C¹+¸�É��%�È��¹+"dÒ~�_®'��·�»b· � ®A�#¹+¸N"×®!���Þ".�#Ò~�Þ�#Ò(·�)�¸M®B·#º�¹+¸NºJ·%�CÒ?�^­®A¹:·�¸`� � ·�)N®w®!���$¸��!®0/d·%�C<Q®A·�Ð�·��:·�É �S/0�,·#¸�¸��(�_®A¹&9�¹&®��Q"C�!9#�(�A�\�@®A¹+Ò(�,"�ºx�#"C®.�(�w®'���#¸;®'���k q s ��m�u "C®!�A�\®.�,É �#�G�ò®}»�·��,"׸�·#®×Ð��(�{ºJ·%�.Òj*�)�¹&®A���#"×/d�,�:���#"}�hw k'g�g.��( ö g�g sP·%�vw k'g�g.��(y m sEë k2u�g.� ¹:¸Ê"C�,�!¹+¸�É(·%���,·�¸� ��.Ò(¹+¸�É$¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�":���.�!".Ð��(�!®.¹:9#�,�-�#��5�®.¹+�+�Î��®!��� ��g w k'g�gw ô�Zx��g.� "C®!�A�\®.�,É �­��¹+�!�+»�"D�#¸Ë�!÷��,¹:�,¸M®��#ÐNÐ4�.·EÓ�¹+Ò~�\®A¹:·�¸;®A·P®'���~Ò~¹:¸�¹+Òh)�ÒÛ�!·79��(�C¹+¸�É".�_®E�P�0¸e®.�(�.Ò("-·#ºB®A¹:Ò~��­��!·�)4�."C�$�!÷��,¹:�,¸4�}�%�G¹:®j�C�,Ð4�C�,".�!¸M®A"$�ÊÉ#·�·�»D�!·�Ò(Ð4�.·�Ò(¹+"C�$¹+¸®'�N���#Ð�Ð�� �C�,¸M®|®'�.�#»��_­ò·#> � �!®0/d�,�!¸?"C�,�,¹:¸�É-�#¸�»��,·#¸N ��.Ò(¹+¸NÉw¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"(���\"G¹:®GÒ~�nÓ�­¹+Ò(¹+"C�,"�®'���B"C)�Òc·\º�®'���©¹:¸�®.�,É%�.�#�+"2·#º � ·#®'��Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!���,)*�C9��!"-U¿ö g�g s���y m sEë k}u�g.�_[ �

1B®Þ®!��¹+"�ÐÑ·#¹+¸M®Ú� ®'���h�,·�¸*�,�+)N".¹+·#¸Q¹+"�®'���\®�®!���h*�)��!"C®.¹+·�¸6·\º|� ����¹:�!9�¹+¸�É/�,·�Ò(Ð��:�!®A��­¸��!"."|¹+¸�ºJ)�¸4�_®A¹:·�¸��#��É��,¸�·#Ò~¹-�,"@"C�,�,Ò("G®A·���¹:¸�É��©·�¸$�!"C®Y� � �+¹:"!��¹:¸�É]���.�!�+¹â� � �+�+q |,ï0Z s Zti°Zzm�,"{®A¹:Ò?�\®.�f·#ºG®!����»��,É �.�,��·\º}�\�+�%Ð*�.·#®.�,¹+¸N",�-��·7/d�!9��:�(��)�Ð;®A·8¸�·7/¬¸�·8".)*���D�C�,�+¹+� � �:�

Page 114: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�A4A

F%¹:É�)4�.��y�� R «�ö��!®0/d·%�C<��!·79��(�.�#É���¹+¸�®A�:�.Ò("|·#ºvy m sEë k2u�g.� ¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸�"�HW²w»��_®A�(�_®A�!»º��.·#Ò � ·#®'�`¹+¸M®.�(�A�0�!®A· �."YLw�0����¹+�_9��,» � �;»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®S"C®!�A�\®.�,É�¹:�,"S·�¸;®'�N�$ºJ·#)4�]»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®»��\®A�n­0"C�!®."ÞóYX�Z�'È� U �,÷c��óY[`�#¸�»Q3 U 5Ñ��È����º��A� �_®A¹:·�¸�·#º�®'����¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�¸��_®0/}·%�C<�y m sEë k}u�g.� ¹:"GÐ��+·#®C®A�!»(·79#�(�|®'���©º��A�0�!®A¹:·�¸·#º�Ð4�.·#®.�,¹:¸�"|)�".�!»8�#" � �#¹:®,�%�È����"C®!�A�\®.�,É�¹:�,"×"!��·7/�¸~�N�(�.��� �C��®!����"A�#Ò(���#"d¹:¸?F2¹+É�)4�C�y�� ú �8�È���~Ò?�#¹:¸`ÐÑ·�¹:¸M®D»N�,Ò(·�¸�"C®!�A�\®.�,»Ð�N�(�.�~¹+"]®'���\®D®!����&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�.�\®A�!É ��,·#¸�".¹:"C®A�!¸M®A�-�PÐ��(�{ºJ·%�.Ò("��#"©/}�!�+���#"©®'�N�Ìw k'g�g.��( y m sEë k}u�g.� "C®!�A�\®.�,É �P¹:¸Jy m sEë k2u�Z s�w¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�":�2�_9��,¸Ë®'��·�)NÉ%�Ë®!���«&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�.�\®A�!É �_���#"-¸�·QÐ*�.¹+· �]¹+¸NºJ·%�CÒ?�^­®A¹:·�¸Ë� � ·#)N®S®'���(¸��!®0/d·%�C<�"D®A·�Ð�·��+·#É ���(�ò®h¹:"D¸N·#®A�_/}·%�{®'���`®'���n®-®!����&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m"C®!�A�\®.�,É �b·�)N®AÐ��(�{ºJ·%�.Ò("B®'�N� ��g w k'g�g w ô�Zx��g.� "{®'�.�\®A�!É �8¹+¸Þ�!·�¸N ��CÒ~¹:¸�É�¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�",��È���;w k'g�g.��( ö g�g s¾"{®'�.�\®A�!É �ãÐÑ�:�CºJ·%�CÒ~"8�:�,"C"�/d�,�:�]¹+¸Ý®A�:�.Ò("�·\ºf�,»NÉ��,"Jy m sEë k2u�g.� ��È��� . »��!¸M® . ¹:¸g®!���QÐ��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�Ô�!)4�C9#�iH � �!®0/d�,�!¸ãÎ�=²:D­ ú =4: ·#º]¸�·�»��,"~)�".�!»ã�#"� �#¹&®�Lv�!·�¹+¸*�,¹+»N�,"}/�¹&®'�b®'�N�-Ð�·�¹:¸�®d/����,¸Ê�#�:���,»NÉ��,"����E9�� � �,�!¸Qö g�g sÏHx".�!�-F%¹+É�)*�.�]y�� úºJ·%�h�,·�Ò(Ð�� �C¹+".·#¸ L � �z®'��¹:"f"C®!�A�\®.�,É �e�#¸�»�®!���(�C�8� �.�?·�¸��-�z¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"D�+�_ºÍ®h®A· � �y m sEë k2u�g.� HJ".�!�h5��(�!®.¹+·�¸Qy�� ÎfºJ·%�©»��!®A�#¹+�:"YL��

Page 115: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�ASi

F%¹:É�)4�.�fy��èT�« Z��!�â�\®.¹:9��DÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�\¸4�,�D·#º|¹+¸¶&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m 9�",� k q s ��m�u "{®'�.�\®A�!É �¹+¸ g.� w g öÌy m sEë k2u�g.� Ò(�E�#"C)4�.�!»Q·�¸Ê3 U 5¾� U �,÷�� óY[Ë�\¸�»6óYX�Z�'ð»��\®A�#".�_®E��È���×¹+¸�¹&®A¹+�#�0�!·79��(�.�#É��d�#¸�»-ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�\¸4�,�|�#»�9#�\¸�®A�#É��|·#º�®'���Õ&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "{®'�.�\®A�!É �¹+"��!9#�,¸;Ò(·%�.�-Ð4�C·�¸�·�)�¸*�,�,»;¹:¸Ýy m sEë k2u�Z s�wb¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�",� Xw¸;�#�:��»��\®A�#".�_®A"(��� � ·�)N®�7=P®A¹+Ò(�,"-Ò(·%�.�(¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"f�0�.��y m sEë k2u�g.�`� �z®'�N��&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "C®'�.�\®A�!É �Ë�\®K#=²: ·#º2Ð4�.·#®.�,¹:¸�"�)�".�!»6�#" � �\¹:®©®'���#¸ � �b®!��� k q s ��m�u "C®!�A�\®.�,É �zHJ�+�_ºÍ®�L_��È�����C�,�â�n®A¹:9#�wÐ��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,��¹+¸o�!·�¸N ��CÒ~¹:¸�É��°�!�(�C®A�#¹+¸bº��.� �!®.¹+·�¸?·#º�®'���w�!»�É��!"�·\º�®'���¸��_®0/}·%�C<�"(¹:"fÐ��:·#®.®.�,»�·�¸�®!���o�.¹:É%�M®E�;�È���Ô&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "C®!�A�\®.�,É �D�.�,� �����,"~y#=4:�,·79#�(�A�\É��S¹+¸;y m sEë k2u�Z s�w(¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"B�\®©�+�,�#"C®}®0/�¹#�,�S�\¸�»P)�ÐP¹+"}®.· ú ®A¹+Ò(�,"dºx�#"C®.�(�®'���#¸ k q s ��m�u ��/���¹+�:�Þ¹:¸b®'���S¹+¸N¹:®A¹+�#��"C®A�#É��!"�¹&®©¹+"B�#�+Ò(·�"C®})�Ð8®A· R ®.·(·79#�(�S�7Îh®A¹:Ò~�!"ºx�#"{®A�(�!�

Page 116: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�A4µ

Ò(�E�#"C)4�.�8"C�,�,Ò("�®A· � �P�79\�#¹:�â� � �+�QHx".�!�Ê5��(�_®A¹+·#¸ðy�� y�L��ÏÌ}�!�+·7/��|�DÐ4�C�,"C�,¸M®b�6¸N·^9#�,�"C®!�A�\®.�,É �Ë®'���n®�¹+"��!¸�®.¹#�C�,�-�Ë»�¹&>��:�.�,¸M®�º��C·�Òí®!���8·�¸��!"�»�¹+"7�,)�"C".�!»ð� � ·79��P¹+¸�®!���\®�¹&®�.�!*�)�¹#�C�,"h¸N·6Ð4�.¹:·%�S¹+¸NºJ· �.Ò~�\®A¹:·�¸z� � ·#)N®D®!���?¸N�!®0/d·%�.<`®A·�Ð�·��:·�É �6/����n®A".·��!9#�(�!�61Þ�:�»��:�,¹+"C¹+·�¸N"w� � ·�)N® � �#¹&®Þ"C�,�+�:�!®.¹+·�¸Q� �.�DÒ?�#»N�h·�¸�®'���']*�Q�\"�®'�N�fÉ%�A�\Ð4�Q¹:"ÞÉ%�.�#»�)��#�:�-��.�_9��,�#�+�!» � �P".)*�(�,�!"."C¹:9��D�_Ó�Ð��(�.¹:Ò~�!¸M®A",�ü �eÄ��0ý û �N�C�w� � � �����i��� ��� �´� �%��� � �T��ÅÈÇ@ÉdÊyÇdËïÊ�É�Ì@ÍÎÊ�Ï#Ì �©�N���%�}�

��� Ð�È���È&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m ö iÎk q i�g w ( ¹:" � �#".�!»Q·�¸8®!���]ºJ·��+�:·^/�¹:¸�Éf· � ".�(�{9\�\®A¹:·�¸�« 0]¹:9��!¸8®'���"!�,�#�+��­òº��C�,�©»�¹:"C®'�C¹ � )�®A¹+·#¸f¹:®G¹:"@)�¸��:¹+<\�,�-�D®'���n®|�#¸(� � � ¹:®'�.� �7�D¸�·�»��B/�¹+�:� � �©»��!®.�(�_®A�,»?�#"Ð4�C�:�S".�_9��:�A�#�M®A¹:Ò~�!"(� ô s�� g öEö ZtiÑZ ö m s gÈmn�vi X gÃ�Úg_ø­k'g �rq i°Zt� g � ( X Z wnX�� ( y m s�s g y i�g.� s m,��g ö_��È��¹:"9�.�!�â�\®.¹+·�¸N"!��¹:Ð � �!®0/d�,�!¸(®!���}¸�)�Ò � �(�%·#º�®A¹:Ò~�!"%��Ð4�.·#®.�,¹:¸h/B�\"@»��!®.�(�_®A�,»(�#"2Ð4�.�}�H Z s ��g w k'g�g L©�#¸�»P®'���-Ð4�.· � � � �:�-¸�)�Ò � �:��·\º@¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�"�¹+"©/����n®�®!���D�#�+É�· �.¹:®!��Ò ¹+"Ð4�C¹+Ò~� �.¹:�-� � �\".�,»Ï·#¸��`���:�.�b������·�·�".�b®!���bÐ4�C·#®A�!¹+¸e®!���\®°���#" � �,�,¸Ï"C�,�!¸g�\"fÐ4�.�}�Ò(·�"C®�·#ºÍ®.�,¸�".·~ºx�0���\"�®!��� � �#¹:®©ºJ· ��®!���-¸��_Ó�®��_Ó�ÐÑ�:�.¹:Ò~�!¸�®,�©5�· � ��)�".¹:¸�É(®!���SÒ~·#"C®�.�:�,)4�7�.�!¸�®�Ð4�C�:�8·�)*�©<�¸N·^/��:�,»�É#�-¹:"©�_Ó�®A�!¸�»��!»Q·�¸8®'�N�Sº��C¹+¸�É#�,"©·#º�®'�N�-¸N�!®0/d·%�.<b®!���\®���#" � �,�,¸e�_Ó�Ð��+· �.�,»e".·Êºx�0�,�OX � 9�¹+·�)�"C�-� �2®'�N¹+"-Ð4�.·��,�!»�)4�.�/���#"S®A· � �(<�¹#�Y<�­0"{®Y� �{®A�,»� �Ï�ʺJ�_/â�A�#¸�»N·�Ò~�r�`".�!�+�(�_®A�!»ik�l^mMo y�p�qnr�y q�qns�tnuMv ��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®."PHx�2� � �:�8y��&�^L?HJ·%�·#®!���(�{/�¹+".� � �Q��Ó�®.�(�C¸��#�%¹:¸NºJ·%�CÒ?�\®.¹+·�¸�L×®A·bÉ��#¹+¸�".·�Ò(�h¹:¸�¹:®.¹â�#��¹+¸NºJ·%�CÒ?�n®A¹+·#¸��}1B®�®'���"A�\Ò~�}®.¹+Ò(� �#®!���©"C®!�A�\®.�,É �h¹+"@¹:¸�".�!¸�".¹&®A¹&9��}®.·w®'���©"{®Y� �{®A¹+¸NÉ]ÐÑ·�¹:¸M®A"�����·#".�,¸~�\®Q�.�#¸�»�·#Ò¹+¸�®!����¹:¸�¹:®.¹â�#��Ð4���\".�#�G�È�N�Y&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�.�\®A�!É ��Ð��(�CºJ· �.Ò("×"C¹+É�¸N¹: ��,�#¸M®A�-� � �!®.®.�(�®'���#¸ k q s ��m�u ¹+¸z".�!�,¹:¸�ÉQ¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"~HJ".�,�?F%¹+É#)4�.�(y��èy�L2� � )�®h¹:"D"C�+¹+É ��®.�-�Q¹+¸NºJ�:�.¹+· �®A·h� ��g w k'g�g w ô�Zx��g.� "{®'�A�n®A�,É0�6HxF%¹+É#)4�.�Þy�� ú L_�G��·7/}�_9��(�:��®'����ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�\¸4�,��".�!�,Ò("}®A·¹+¸*�(�.�,�#".�©/�¹&®'�$®'����»��!¸�".¹&®��$·#ºÑ®!����¸��!®0/d·%�C<�)�".�!»;H°F2¹+É�)4�C��y��èy�L_�21ÞÐ�� �{®|º��.·�Ò � �,¹:¸�É� � �:�h®A·P�_÷/�!¹+�!¸�®.�-�<�,·79��:�D¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸;"CÐ�� �,��/�¹&®'��·�)�®]Ð4�.¹:·%�w<�¸�·7/��+�!»�É��0��®!�����.�,�#�"C®!�.�!¸�É#®'�(·#º ®'�N��Ò(�!®!��·�»��+¹+�!"@¹+¸�¹&®A"|� � ¹+�+¹&®��S®A·]É��!¸��(�.�\®A���,·#¸N ��.Ò(�,»$¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�¹:¸�­ºJ·%�CÒ?�\®.¹+·�¸��2�È���ÞÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,��¹+¸��!·�¸N ��CÒ~¹:¸�Éh¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"d¹:"}�#�:Ò~·#"C®×¹+»��!¸M®A¹#�,�#��®A·®'�N�Êw k�g�g.��( y m sEë k2u�g.� �#¸�»��_9��,¸(".�:¹+É%�M®.�-�-·�)N®.ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ~"%®!��� ��g w k'g�g w ô�Zx��g.� ö ilk q i�g w (Hx"C�,�DF%¹+É#)4�.�Sy�� R L��ü �eÄ���R ��Ð+���N��� �%���{�Æ�Q��� � ��Ø�w���,Ð+���,��È����ºx� �!®$®'���\®T&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ~"$".¹:Ò~¹:�â� �C�-�z·�¸ð�#�+�©�\¸��#�-��"C�,»ð�+� �.É#�_­0"7�E�#�:�»��\®A�#".�_®A":�G»��,"CÐ�¹:®.�?®'���!¹#�D»�¹:>Ñ�(�C�,¸4�!�,"f¹:¸Ð�.�!�+¹â� � ¹+�:¹:®��Q�#¸�»J�,·79#�(�A�\É�� �|Ð�·�¹+¸M®A"S®A·Ê®'���É��!¸��(�.�#���#ÐNÐ��+¹-�E� � ¹:�+¹&®��f·#º�®!��� &*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "C®'�.�\®A�!É �~¹+¸~®!���+�!·�¸M®A�_Ó�®�·#º��\¸6�/�,)*�{­�.�!¸M®A�-�h�E9\�#¹+�+� � �+����¹:É%��­W®'�4�C·�)�É%��ÐN)N®%®.�(����¸�·#�+·�É �#�%�È��¹:"@¹+"�ºJ)4�C®!���(�%".) � "{®Y�#¸M®.¹â�\®.�,» � �

Page 117: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�A4Ã

F%¹:É�)4�.�~y�� ù « �È�N�?�!>Ñ�(�_®f·�¸Ë"7��"C®.�,Ò~�\®A¹-�~�:�!�C·%�S·�¸Ë®!�����C�,�â�n®A¹:9#�$ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,�(¹+¸y m sEë k2u�Z s�w?¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"©·#º�®'���È&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m 9#�(�C".)�"�®'��� k q s ��m�u "C®!�A�\®.�,É �#����:�.���Ê�,·�¸*�,�,¸M®!�A�\®.�$®!���~óYX�Z�'Ø»��\®Y�^­0".�_®S".¹:¸4�,��¹&®+�.�!Ð4�.�!".�!¸�®."D®!����Ò~·#"C®��C�,�+¹+� � �:�".) � ".�_®B·#ºÑ®'�������,�#"C®}¹+¸M®A�:�A� �_®A·�Ò(�#�2�È��� k q s ��m�u �#¸N»�&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "C®!�A�\®.�,É �(�0�.��,·#Ò~Ð��0�.�,»��SF · �ÞÐ4�.� �!®.¹#�E�\�9�.�,�#".·#¸�"w���,·�¸N".¹+»N�(�]·�¸��r�P®'���hº��.� �!®.¹+·�¸Q·#º|¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"�,·#¸N ��.Ò(�,»{���#"d�#¸b¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸~¹+"×)�".)��\�+�-�$¸N·#®��C�,ÉM�0�.»��!»P�#"d".�\ºJ�Þ<�¸�·7/��:�,»�É��Þ)�¸��+�!"."¹:®����#" � �!�,¸�»��!®.�(�!®.�,»Q�\®��+�,�#"C®©®0/�¹-�,�S¹+¸�»N�,Ð��,¸�»��!¸M®A�-�#�U ¹:>Ñ�(�C�,¸M®S�(�7�.·%���.�\®A�!"D·#º×ºx�#�:".�$ÐÑ·#".¹:®.¹:9#��HWÄ��nL]�#¸N»zºx�#�:".��¸��!ÉM�\®.¹:9��ÊH°Ä���Lw/d�(�C�~"C¹+Ò�­)��+�\®A�!»g¹:¸i®!���PkÑl^mMo y�pNqnr�y q�q\s�tnuMv �_Ó�Ð��(�C¹+Ò(�,¸M®A"QHx�2� � �:�Qy��:�^Lf�\"(ºJ·��:�+·7/�",�gF �#�+"C�Ð�·�".¹&®A¹:9#�,"�/}�:�.�DÉ��,¸��:�A�\®.�,» � �Ä�C�,Ð��+� �,¹:¸�ÉbÄ%��:�·#º@®!���-Ð4�.�}� � �Þ�.�#¸�»�·�Ò(�-�b".�,�:�(�_®A�,»Ð4�C·#®A�!¹+¸�"@º��C·�Ò¼®!����óYX�Z�'z»��\®A�N�GF �#�+"C�}¸��!ÉM�\®.¹:9��©�:�!�C·%�."@/d�(�C��"C¹+Òf)N�â�\®.�,» � �f»��!�+�_®C­¹+¸NÉbÄ��²: ·#º2®'���D".�!®Þ·#ºG»�¹-�.�:�!®�¸��,¹:É%� � ·�)*�."�·#º@®'�N� � �#¹&®Ú� �#"�»��! �¸��,»6¹:¸Ê®!���fóYX�Z�'»��\®A��Hx�2� � �+�-y�� K�L���È���DÐ��+·#®�·�¸�®'���D�+�!ºÍ®Ê�C�,Ð4�C�,".�!¸M®A"w®'�N�hÐ��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�j�,)*�C9��!"w·#º@®!���í&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m�#¸�» k q s ��m�u "C®'�.�\®A�!É�¹+�!"D¹:¸ãy m sEë k2u�Z s�w6¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�"~Hx"C�,�~F%¹+É#)4�.�~y�� R L_�?F�·%�]®'���"A�\<#�B·#º4�,�â�0�.¹:®�� �\·#¸��-�-��ºJ�_/i".�!�+�(�_®A�!»5�,·�Ò � ¹+¸��\®.¹+·�¸N"�·\º�ºx�#�+"C�dÐ�·�"C¹:®A¹&9��ÞHWÄ%�B¹+¸>:(L��#¸�»ºx�#�:".�G¸��!ÉM�\®A¹&9���HWÄ��©¹+¸ :$L � �!®0/d�,�,¸f=²: �#¸N»hÎ�=4:Ø�E�0���f� �C�G"!��·7/�¸��@�ò®�»N�,Ò(·�¸�"C®!�A�\®.�,"®'���\®D®!���("!���#Ð��?·\º � ·#®'�ËÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,���,)4�{9��!"f"C®A�x�zÐ4�.� �!®.¹#�,�#�+�r�6¹+»N�,¸M®A¹-�E�#�G)�¸N»��(��(�7�.·%�:�7®'�����,)*�C9��!"@� �C�G".¹:Ò~Ð��r� . "!�,�#�+�!»D»N·^/�¸ . �\"��+�,"C"�·#º�®!���|¸��!®0/d·%�C<]¹+"×Hx»N¹+"YLn�,·79��:�.�!»)�¸�»N�(��¹+¸4�:�.�,�#".¹:¸�É$�(�!�C·%���A�\®.�,"!�F�·%�Ê�,·�Ò(Ð�� �C¹+¸�É(®'���Ì�C�,�+�\®A¹&9��-ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,�h·\º � ·#®!�6"C®!�A�\®.�,É�¹:�," �,·�Ò(Ð4�.�:���,¸N".¹:9#�,�r�%�®'�N�;�A�n®A¹+·£·#ºf®!�����0�.�E�\"Q)�¸�»N�(�Ê®!���&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m �#¸N» k q s ��m�u ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,��,)*�C9��!"~¹:"fÒ(�E�#"C)4�.�!»����È���PÐ��:·#®f·�¸Ï®!���o�.¹:É%�M®�"!��·7/�"~�Q®'���Þ�C�,".)N�:®A¹:¸�É6·79��:�C9�¹+�_/ºJ·%�­y m sEë k2u�Z s�wϹ:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"~)�¸N»��(�~»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®b�:�!�.· �/�!·�¸�»�¹&®A¹+·#¸�",�Ý1��+�È�,·#Ò � ¹+¸��n­®A¹:·�¸�"B·\º2ºx�#�:".�wÐ�·�"C¹:®A¹&9��]�\¸�»�ºx�\�+".�Þ¸��,ÉM�n®A¹:9#�]�(�7�.·%�È�.�\®A�!"È�A�#¸�É#¹+¸�Éfº��C·�Ò�=4: ®A·(O�=4:¹+¸i"{®A�,ÐN"?·#ºD�7=`ÐÑ�:�!�,�!¸M®Y�#É���­0Ð�·�¹+¸M®."$/d�(�C�Q��Ó��\Ò~¹:¸��,»��i1�"«&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m �\�:/}�x��"Ð��(�CºJ· �.Ò(" � �!®C®A�(�-®'���\¸;�A�\¸�»�·�Ò ®'�N���A�n®A¹+·�·#ºB®!���?Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�/�!)4�C9#�,"�¹:"h� � ·79�����;�0¸Ïºx� �_®Ú�@®'�N�bÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�\¸4�,�8�\»N9\�#¸M®Y�#É��?·#º©®'���Ô&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "C®!�A�\®.�,É �Ë"C®A�Ú��"�,·#¸�".¹:"C®A�!¸M®A�-�b� �.·#)�¸�»P�hºx� �_®A·%�B·\º@Kh·79#�(�©/�¹+»��w� �.�,�#"©·#º�¸�·�¹:".�#� Xw¸��r�b�n®B9��:�7�o��¹:É%��(�7�.·%���.�\®A�!"�®!�����.�!�â�\®.¹:9��]Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�S»��!9�¹â�n®A�,"©º��C·�Ò�®'�N¹+"È�A�n®A¹+·N�G�È��¹+"�»��_9�¹+�\®A¹:·�¸¹+"Þ»�)���®A·b®!���fºx� �!®]®!���\®S�n®���¹+É �;�(�!�C·%���A�n®A�,"]·#¸��-�Q�8".Ò~�#�+��º��A� �_®A¹:·�¸6·#º×®'����· �.¹+Én­¹+¸��#�|¸��!®0/d·%�.<˹+"-»��!®.�(�_®A�,»��;���!¸4�,�b"CÒ?�\�+���A�#¸N»�·�Ò 9\� �.¹+�\®A¹:·�¸�"SÉ�¹:9#���C¹+".�$®A·Q�â� �CÉ��]�)4�_®A)��n®A¹+·#¸�",�

Page 118: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�A�â

���,·�Ò(Ð4�.�:���,¸N".¹:9#�h�:�!�.· ���\¸��#�-��"C¹+"-Hx"C�,�hF%¹+É�)*�.�-y�� ù L_�×�0¸Ê®!���-Ð4�.�_9�¹:·�)�"C�-�8»��!"!�:�.¹ � �,»�,·#Ò~Ð��0�A�\®.¹:9��w�#¸��#�r��"C¹+"©·#º�®!���S»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®�"C®!�A�\®.�,É�¹:�,"©�d�#"."C)�Ò~�!»�®!���\®BºJ· ���#¸��8É�¹:9#�,¸� �#¹&® q����Ð�·�"."C¹ � �:��¸��,¹:É%� � ·�)*�."×� �.��»��_®A�(�_®A�!»b�#"×Ð4�.�}���G�0¸��,·�¸M®!�A�#"{®d®.·-®!��¹+"×�#"C".)�Ò(Ð�­®A¹:·�¸Ò�%�N�(�.�©��¹+¸M9#�,"C®.¹+ÉM�n®A�,»���·7/ð»�¹:>Ñ�(�C�,¸M®|�+�_9��,�:"@·#ºÑ"7��"C®.�,Ò~�\®A¹-�B¸�·�¹:".�-H��A�\®.�,"G·#º ºx�#�:".�Ð�·�".¹&®A¹:9#���#¸�»$ºx�#�+"C��¸N�,ÉM�\®.¹:9#�7LG�\>Ñ�(�!®dÐ��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,��·#ºÑ®'���Y&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "{®'�A�n®A�,É0���

W�"C¹+¸�É�®'���dÒ~·�"{®9�C�,�:¹â� � �:�G".�_®@·#º�¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"(�^®'���BóYXÎZ�';".�_®Ú�����\»�»��,»h¹+¸4�:�.�E�\"{­¹+¸NÉ©�+�!9#�,�:"�·#º�ºx�#�+"C�@ÐÑ·#".¹:®.¹:9#�G�#¸�»]ºx�#�:".�@¸��!ÉM�\®.¹:9��G¹:¸NºJ·%�CÒ?�\®.¹+·�¸fHx"C�,� v j#ozxzj�l v4{y| toy mo~ � $¹+¸Êy��èK�L��dF2¹+É�)4�C�Sy�� ù "7��·7/�"�®!���\®©®!���h�C�,�+�\®A¹&9��]Ð��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�]·\º2®!���È&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô w m"C®!�A�\®.�,É �~�#"��,·#Ò~Ð��0�.�,»$®A·h� k q s ��m�u "C®!�A�\®.�,É �$"{®Y�Ú��"��!·�¸�"C®A�#¸M®B·79��:�d/�¹:»��Þ�0�.�E�\"d·#º¸�·�¹:".�\�

�0¸£�!·�¸4�!�+)�"C¹+·�¸Ò�@®!���Þ�.�!�â�\®.¹:9��?ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,�P�#»N9\�#¸M®A�#É��8·#º�®'�N�)&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m"C®!�A�\®.�,É � ¹+"b¸�·\®P".�(�C¹+·�)N".�-� �\>Ñ�(�!®.�,» � �Ý"7��"C®.�,Ò~�\®A¹-�`�(�!�C·%�8·#ºS®'�N�z��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®A�#�®A�:����¸�¹:*�)N�#�|�È��¹+"}·�ÐÑ�!¸�"}®!���wÐ�·�"."C¹ � ¹:�+¹:®��h®A·Ì�C�,Ð��E�\®©��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®."B)�".¹:¸�Éh®!���+��¹:É%���-�¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:¸�ÉbÐ4�C·#®A�!¹+¸�"Þ»��!®.�(�.Ò(¹+¸N�,»;¹+¸Ê®'����¹:¸�¹:®.¹â�#����ÓNÐN�+·%�.�\®A·%� �Q"{®Y�#É#�,"]·#ºG®!���'&*q (\ïqùö ïÂ(�mnô w m "C®!�A�\®.�,É �z¹:¸Ë·%�C»��(�-®A·Ê�,¸4���\¸4�,�(®'���/�.�,�:¹â� � ¹+�+¹&®���·#ºB®'�N���.�!".)��&®A¹:¸�ÉÊ»��\®Y��!9#�,¸�ºJ)4�C®!���(�!�ü �eÄ��eÄ � ���h��� � ���w�ïÐ � � � ÿ � �Æ þ ��ò®����#" � �!�,¸h� �.É�)N�,»Ò�#�\®��+�E�\"C®�ºJ·%��®'�N���#�E�#"{®%®0/d·���� � �.¹:»h»��\®A�*�^®'���\®2���â� �CÉ��@º��A�0�!®A¹:·�¸·#º]®!���Q¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"?�#»��.� �!�,¸M®b®.·e®'���Ô��) � "P� �C�Q»�)��Ê®A·�" ��"{®A�!Ò?�\®.¹#�Ê�(�!�C·%�."?�+¹+<\�. "C®A¹-�Y<�� . Ð4�C·#®A�!¹+¸�"2·%���#)N®A·n­4� �_®A¹:9\�\®.¹+·�¸-�#¸N»°���!¸4�,�B»N·Þ¸�·#®c�.�!Ð4�.�!".�!¸�®@Ð4����"C¹+·��:·�É�¹-�E�#�:�-��.�!�+�_9#�\¸�®(»��n®Y�£Hx1��+·x�Ï�#¸N»VZ�)�"."C�,�:�z�}K#=�=MK � ú�3Q�#"C�+·79i�#¸�»g5�¸N�,Ð�Ð��,¸Ò�©K#=�=MK�L��iF�·%��_ÓN�#Ò(Ð��:���M5�öD�;H ���4Z�=�ON�^ó©L����#"D�8®A·#®A�#�G·#º�K ù KP¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�"��C�,Ð�·%�C®.�,»e¹:¸ U �,÷��/���¹:�+�w®'�N�S9\�#�:¹+»��n®A�,»�óYX�Z�'ð".) � ".�_®��!·�¸M®Y�#¹:¸�"©·�¸��r� R ·#º2®!���,"C�D¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N",�

�È��¹+"����\" � �,�!¸e�\»�»4�.�!"."C�,» � �;��ÓN�:�,)N®.¹+¸�ÉP®'�N�(Ð��x�M­0�#"{­z��·�)�­òÉ�·�".¹+Òh)��â�\®.¹+·�¸N"Þ·�¸®'�N��ºJ)��:� U �,÷e»��n®Y�#"C�!® � )N®d·�¸��r�Ì�,·#)�¸M®A¹+¸NÉ-®!��� �!·79��(�.�#É���·#º��!»�É��!"×/�¹&®'��¹:¸$®!����Ò~·%�C��.�!�+¹+� � �+��óYX�Z�'�".) � ".�!®,�×F%¹+É�)*�.�,"}y�� ú �\¸�»8y�� R �!�+�,� �.�r��"!��·7/Ý®!���\®×®'����¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"»��!¸�·#®A�!»b�#"��.�!�+¹+� � �+� � ��®!����óYX�Z�'�»��n®Y�#"C�!®}� �.��".�!�,¸?�#¸�»��!·�¸N ��CÒ~�!»?�n®}�S".¹:Ò~¹:�â� ��A�n®A�D®.·~®!���fÐ��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�-¹+¸Ê®'���D·^9#�(�.�#�+� U �,÷ݸ��!®0/d·%�.< �ÎX � 9�¹+·�)N".�-� ��®!���fÐ��Ú�M­4�\"{­��·#)�­0É�·Þ"C®'�.�\®A�!É �f»N·��!"@¸�·#®9���E9�����®.�,¸�»��!¸4�:�h®A·wÐ�¹-�Y<D·#)N®G�+�!"."��C�,�:¹â� � �:�|¹+¸NºJ·%�CÒ?�n®A¹+·#¸º��.·#Òê®'�N� U �,÷g¸��!®0/d·%�.< �

5�¹+¸*�,�f®'�N�T&*q (nï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "C®!�A�\®.�,É �Q)�".�!"S®!���$"!�,�#�+��­òº��.�!�f»�¹:"C®'�C¹ � )�®A¹+·#¸Ò�����#¸��#� ­��".�!»��N·^/Ý�C�,".¹:�+¹:�,¸M®2®!���BÒ(�!®!��·�»h¹+"2®.·w®'�����.�,Ò(·79\�#��·\ºÆ��) � "@º��.·�Ò¾®!���B»��\®A��H°F2¹+É�)4�C�y�� OML_�wFÆ�C·�Ò ®'���DºJ)��+� U �,÷Ý»��\®Y�\".�!®]�#�+��Ð4�.·\®A�,¹:¸�"�/�¹&®'�;Ò(·%�.�S®'���#¸ ù =;H ú =*��K\=ML�¹:¸�­®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"©� �C� . �,)N®�»N·^/�¸ .N� �~�.�#¸�»�·�Ò »��!�+�!®.¹+·�¸~·#º�®'���!¹#�d¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸�"})�¸M®.¹+� ®'���!¹#�»��!É%�.�!�QÒ~�\®'�����!»g®!���Q¸�)�Ò � �(�(·#º]¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N"(º��C·�Ò �D�.�#¸�»�·#Ò~�r�J����·�"C�,¸Ý¸�·�»��

Page 119: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�A�ê

F%¹:É�)4�.�(y��èON« ó}·�Ò(Ð�� �C¹+¸�É8®'�N�~Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�(·\º}®'�N�«&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "{®'�.�\®A�!É �;ºJ·%�®'�N� U �,÷g»��\®Y�^­0".�_®©º��.·�Ò /���¹#���Ä��¹:É%���-���,·�¸N¸��(�_®A�,»Ê¸�·�»��,"DHl��) � "YL�� �.���.�!Ò~·79#�,»��Úã��¹:�+��®!���ÞºJ)��:��»��n®Y�n­ò".�!®��,·�¸M®A�#¹+¸�"��\�+� ¹+¸M®A�:�A� �_®A¹:·�¸�"}º��C·�Ò U �,÷ϺJ·%�����E�\"C®©ºJ·%� �C�!ºJ�:�{­�,¸*�,� ��®!���D"C�!®."wó}� ù =8��ó}� ú =~�#¸N»6ó}��K#=��,·�¸M®A�#¹+¸8®'�N�D·%�C¹+É�¹:¸��#�Ñ»��\®Y� � )�®Þ¸�·���) � "/�¹:®!�ÏÒ~· �.�?®!���#¸ ù =*� ú =6·%�$K#=6¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�":�Q�.�!".Ð��(�!®.¹:9#�,�-�#���È��¹:"h/B�\"$� ����¹+�_9��!»/�¹:®!��·�)N®�»N¹+"C®.·%�C®.¹+¸�É�®!���S·^9#�(�.�#�+��»��!É%�.�!�D»N¹+"C®!�.¹ � )N®A¹:·�¸ � �P»��,�:�!®.¹+¸�É$¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:·�¸�"©·#º®'�N�h��) � "�)�¸M®A¹:��®'���!¹#��»��,É �.�,�DÒ?�n®'�����!»Ê®'�N�D»��!É%�.�!�D·\ºG�/�.�#¸�»�·#Ò~�r�b".�!�+�:�!®A�!»6¸�·�»��/�¹:®!�8ºJ�!/d�(��®'���#¸ ù =�H ú =*� K#=ML}¹:¸M®A�(�.� �!®.¹+·�¸N",�1Þ"×�_Ó�Ð��(�_®A�,»{��®'�N��Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!��¹:¸$�,»�É��!"+ö g�g s8»4�C·�Ð�"|"C®.�E�#»N¹+�-�f¹+¸(ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,���#"Ò(·%�.�Þ�#¸�»8Ò(·%�.��·#º�®'��� . � �C·M�#»?®A�#¹+� . ·#º�®'���Þ"!�E�\�+�_­Wº��.�!�w»�¹+"{®'�C¹ � )N®.¹+·�¸(¹+"d�,�:¹+Ò(¹+¸��\®.�,»���È���]Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�Þ¹+¸~®A�(�CÒ~"}·#º�¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸�"jy m sEë k2u�g.� ¹+"d�+�!"."©�\>Ñ�(�_®A�!»��×Ì}�(�,�#)�".���) � "8®A�!¸�»ã®A·i¹+¸M®A�:�A� �_®8/�¹:®!�ÝÐ4�.·#®.�,¹:¸�"8·#ºD".Ò~�#�+��»��,É%�C�,�gHx"C�,�zF%¹:É�)4�.�;y��èÎ�L}��®'����.�!Ò~·79\�#�Ñ·#º��) � "Bº��.·#Ò ®!���]¸��!®0/d·%�C<?�+�,�E9��,"��:�,"."}�,»�É��!"B®A· � �/y m sEë k2u�g.�?� �b)�"C¹+¸�É�+·7/��r�b¹+¸M®.�(�A�0�!®A¹:¸�É�Ð4�C·#®A�!¹+¸�"��#" � �\¹:®E��È��¹:"f�#¸��\�-��".¹:"D»��!Ò~·#¸�"C®!�A�\®.�,"D®!���\®-®'���«&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "C®'�.�\®A�!É �����#"-®'���?� � ¹+�:¹:®��®A·DÒ?�\<#�Þ�_÷��,¹+�!¸M®©)�".�Þ·#º�®'�N���.�!Ò?�\¹+¸�¹:¸�É]®Y�#¹:��·\º�®'���ÞÐÑ·7/d�(�{­ò�â�E/Ý»�¹:"C®!�.¹ � )N®A¹:·�¸~�_9��!¸¹:º�®!������) � "�¹:¸8®'���S¸��_®0/}·%�C<P� �.���C�,Ò(·^9#�,»��

Page 120: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�A��

/�¹:®!�i�;»��,É%�C�,�8·#º��+�!"."f®!���#¸ ù =iH ú =*�dK#=MLh�C�,"CÐÑ�:�!®A¹&9��!�-��� X � 9�¹+·#)�".�r�Ë®!���Ô&*q (\ï qùö ï(�mnô�ï w m ö ilk q ing w ( "C®A¹:�+�d)�".�!"$®!���Þ�.�!Ò?�#¹:¸�¹+¸NÉ � �.·��#»�­ò®A�#¹+�d·#º�®'���P»�¹:"C®'�C¹ � )�®A¹+·#¸e9��:�7��!÷��!¹+�,¸M®.�-���

�È���#&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�A�n®A�,É0�f)�"C�,"|�+·��E�#��¹+¸�ºJ·%�.Ò~�\®A¹:·�¸S®A·]".�!�+�:�!® � �#¹&®A"%º��C·�Ò³®'����.¹:É%�M®C­·���#¸�»z".¹:»��~·\ºB®'���(»��!É%�.�!�?»�¹:"C®'�C¹ � )�®A¹+·#¸��b'@9��!¸Ï·�¸��Ä�A�#¸N»�·�Ò ¸��_®0/}·%�C<;®'���&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "C®'�.�\®A�!É �?/d·%�C<�"©Ò(·%�C�w�!÷��,¹:�,¸M®A�r�~®!���#¸P�Ì�.�#¸�»�·�Ò ·%�C»��(�C¹+¸�Éf·\º�®'���� �#¹&®A"�¹+¸��!·�¸N ��CÒ~¹:¸�É?¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸�":���\"w¹:®�®A�!¸�»�"w®A·?)�".��� � ·79��$�E9#�(�A�\É��Ì�,·#¸�¸��(�_®A�!»¸�·�»��,"w 4�."C®$Hx".�!�$F%¹+É#)4�.�!"Sy��&�����#¸�»Ëy��&�^K�L��]1"!�,�#�+��­òº��C�,�f»�¹:"C®!�.¹ � )N®A¹:·�¸ � ·�·#"C®A"�®'���Ð��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�|·#ºN®'���×Ò~�_®'��·�» � �:�E�#)�"C� ��»N)��d®.·�®!��� � �.·M�#»-®Y�#¹:�z�7®'�N�v�C¹+É%�M®C­·���#¸�»-".¹:»��·#º�®'�N�-»N¹+"C®!�.¹ � )N®A¹:·�¸b¹:"BÒf)4����Ò~· �.�wÐ4�C·�¸�·�)N¸4�,�!»�®!���#¸P¹+¸P�5�A�\¸�»�·�Òê»�¹+"{®'�.¹ � )N®.¹+·�¸��ü �eÄ�� ü ÿi�%��� ÿ z� � ���r�z���{�w�ê�|� � Ê�G�������4��� þ ���G������0¸?Ð*�A� �_®A¹#�!��)N".)��#�:�-��¸N·#®B�-".¹:¸�É��+� � )N®B�S/���·��:� � �n®'���?·\º��_Ó�Ð��(�.¹:Ò~�!¸M®A"×¹+"×".�!®{­0)�Ð?�\®��®A¹+Ò(�#�|���,¸4�!�h�}�#¸��#�r��"C�,»Ä�.)�¸N¸�¹+¸�ÉT&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m "C¹+Òf)��+�\®A¹:·�¸�"B¹:¸ � �\®'����­0Ò(·�»��\�1 � �\®'���h·#º�)�Ðh®.·]K#=#=�¸�·�»��!"2®A· � �d)�".�!»��#" � �#¹:®�/}�#"%»N�!®A�:�.Ò(¹+¸��!»f�\®%��®.¹+Ò(�#���È���,¸k�l^m�o y�p�qnr�y q�qns�t\uMv � $Ê��Ó�ÐÑ�:�.¹+Ò(�,¸M®."?HJ�%� � �+�(y��&�^L�/d�(�C���,·�¸�»N)4�!®.�,»e·#¸`®!��¹+" � �\®'���·#º � �#¹:®." � �!ºJ· �.�Ê®!����¸��_Ó�® � �\®'���ð/}�#"~".�,�:�(�_®A�,»�� �È���!".� � �\®'��� "C¹+Òf)N�â�\®.¹+·�¸�"h»�¹+»¸�·#® ���E9��S�#¸��b�_>��:�!®�·�¸b®!���w·79��:�A�#�:��Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�w·#º�®'�N�wÐ��Ú�M­4�#"4­·��·#)�­0É�·�"{®'�.�\®A�!É �H°F2¹+É�)4�C�Sy��&�7=ML��

�È���>&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�A�n®A�,É0�6�_Ó�®.�,¸�»�"S®'�N�5�,·79��:�A�#É��$·�¸6®!���fº��.¹:¸�É��!"w·#º×/����\®���#" � �,�!¸Q»��_®A�(�_®A�!»Q".·$ºx� �©·#º2®'���S¹:¸�®.�(�.� �!®.¹+·�¸8¸��_®0/}· �.< �}�È��)�":��®!���SÐ4�.�!".�,¸*�,�h·\º@�¸�)�Ò � �(��·#º%»�¹+"��C·�¹+¸M®��,·#Ò~Ð�·�¸��!¸�®."�¹+¸8®'���-É%�.�#Ð4��".�+·7/�"�»�·7/�¸Ê®!���S·79��(�.�#�+��Ð*�.·��,�,"C",�Xw¸��S·#º�®'�����C�E�#"C·�¸�"©ºJ·%�B®'�N�w/}�,�#<#�:��Ð��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�]·#º2®!���I&*q (nï qùö ïÂ(6mnô�ï w m ö ilk q i�g w (·�¸f®!����óY[b»��\®Y�\".�!®|Ò~�Ú� � �B®'���\®@®'�N¹+"@»��n®Y�#"C�!®G¹:"(�M�#� � �!¹:®%*�)N¹:®A���.�,�:¹â� � �+� �\�+�!"."@»��!¸�".��#¸�»Ä�,·#¸�®A�#¹+¸N"©".�!9#�(�.�#�c�!·�¸�¸��:�!®.�,»<�!·�Ò(ÐÑ·�¸N�,¸M®A"©/���¹-���Q� �C�S¸�·#®�¹+¸M®.�(�.�:¹+¸�<\�,»��

�È����Ð4�.· � �+�,Ò ·#º�Òf)��:®.¹+Ð��:���!·�Ò~Ð�·�¸��!¸M®A"$¹+¸�®!���P¹+¸M®A�:�A� �_®A¹+·#¸ÏÉ%�A�#Ð*�g¹:"��E�#"C¹+�-�·79��:�!�,·#Ò~� � �Ê"{®Y� �{®A¹:¸�É~Ð�� �A�#�:�+�!���!>Ñ·%�C®."�¹:¸P<#�:�ÊÐ��\®!�M/B�Ú��"�HJ¹W���#�©�#"�»��_®A�:�.Ò(¹+¸��!» � �·%�{®'��·��:·�É �NL}".¹:Òf)��&®Y�#¸��!·�)�"C�-���G1B®�®!���D".�#Ò(�S®.¹+Ò(� �N®!�����,)4�7�.�!¸�®�»��\®A�#".�_®A"�Ð4�.· � � � �r��.�!Ð4�.�!".�!¸�®d�#¸h)�¸�»��:�.�,"{®A¹:Ò?�\®.�B·�¸h®!���B»��!¸�".¹&®��f·#º�®!���}®!�.)��B¹:¸M®A�(�.� �!®.·�Ò(�]HW5��#�+¹��!®|�\�W�r�K#=�=#ÎML_�

Page 121: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û î6û£¦ï=�þ�§�ð4�cþ i�A�ª

F%¹:É�)4�.�×y��:�7=�« 1Þ¸��\�-��".¹:"�·\ºN®'�N�d�_>��:�!®2·#ºN®!��� � �\®'���D".¹+ñ!�|·�¸-®!���×ÐÑ�:�CºJ·%�CÒ?�#¸*�,�#�2���:�.�®'�N�v�C�,�â�n®A¹:9#�dÐ��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�|·#º�®'�N�dÐ��Ú�M­4�\"{­·�#·�)�­òÉ�·Þ"{®'�A�n®A�,É0�D¹:"�Ð��+·#®C®A�!»h�#"%��ºJ)N¸4�!®.¹+·�¸·#º}¹+¸4�:�.�E�\".¹+¸NÉ � �n®'���e"C¹+ñ!� ���A�#¸�É#¹+¸�ÉPº��.·�Ò �7=n­{K\=�= � �#¹:®."-�\®D�P®.¹+Ò(�#�(�È�����C�,�â�n®A¹:9#�".Ð��,�!»i·#º©®'����&*q (\ï qùö ïÂ(�mnô�ï w m "{®'�A�n®A�,É0�e·79��:�f®'��� k q s ��m�u "C®!�A�\®.�,É �˹+"DÒ~�,�#".)*�.�,»�#"w®!���5�A�\®.¹+·8·#º|®!����¹+¸M®A�!É%�A�\�%·#º×®'���!¹#�+�C�,"CÐÑ�:�!®A¹&9��$Ð��(�CºJ· �.Ò~�#¸4�,�5�!)4�C9#�,"!��Xw9#�(�.�#�+�Î�®'�N�ÊÐ��(�{ºJ·%�.Ò~�#¸4�!�Ä�.�\®A¹:·;"C®A�x��"(9�¹-�C®.)��#�+�r�e¹:»��,¸M®.¹#�E�\�©·^9#�(�$®'���P/���·��:�Þ�A�#¸�É#� �d/�¹&®'��Ê"C�+¹:É%�M®D»N�(�(�C�E�#"C�P�\®D�â� �CÉ��(� � �\®!�����,"!�Q�È���~»��(�:�.�,�#".�b¹:"DÒ(·%�C�~Ð4�C·�¸�·�)N¸4�,�!»�·�¸��r�·�¸�®'���D".Ò~�#�+�:�,"C®�»��n®Y�#"C�!®fHWóY[�L}� /����:�.�f� � �\®!���6·#º×K#=#= � �#¹&®A"��#�-�.�E�\»*�Þ�.�!Ð4�.�!".�,¸M®."� � ·�)N®S��/ R ·\º2®!���S¸�·�»N�,",�

Page 122: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û ¡ û£�×¢�þN¨�§Òþ6þ�¢���¤ i�A��

B)C%B ����P��+ôQPÕP��nL�������79#�~"���·7/�¸Ë®����\®��,·#Ò~Ð��:�!®.�,¸��!"."-¹+¸;ºJ)�¸ �_®A¹+·#¸��#�@É��!¸�·�Ò(¹!�!"]¹+"S��"��¹:�!9\� � �:� �$# �!ºâ­ ��!¹+�,¸M®%�!·79��'&.�#É���·#º|¹:¸M®A�'&.��!®.¹+·�¸Ê".Ð��(�,�#�]�)�N� ��*,+-"*"*%+#ô�Zx��*.� "C®.&.�\®A�!É # �#¸�"C/d�'&C"S¹+¸É��!¸��'&.�#����·7/ÝÒf) �"�(ÐÑ·\®A�,¸M®.¹â�#��"CÐÑ�!�,»�­ò)�Ð?¹:"d�n®.®Y�\¹+¸�� � �+�©¹:º��#¸ # &.�!�+¹+� � �+�}¹+¸�»�¹/�E�\®.·0&@·#º¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸(»��,É0&C�,�ÞºJ·&d�_9��'& # Ð1&.·#®.�,¹+¸~¹+"d�E9#�\¹+�â� � �+�©Ð &C¹+·0&G®.·h�_Ó�Ð��'&C¹+Ò(�,¸M®Y�#��"��2&.�!�,¸�­¹+¸NÉ˺J·0&~¹+¸M®A�2&A��_®A¹+·#¸�",� 5�) �"�ã�#¸ð¹+¸�»�¹/�E�\®.·0&$/�¹:®.� �ËÒ(·�¸�·#®.·�¸�·�)�"3�,·0&�&.�!�â�\®.¹+·�¸i®A·®.�N�8¸�)NÒ � �2&�·#º�¹+¸M®A�2&A��_®A¹:¸�É;Ð��&{®A¸��2&."�·#ºÞ�6Ð &.·\®A�,¹:¸4���#" � �,�!¸gÐ &C·�Ð�·�".�!»£·#¸�®.���� �#"C¹+"D·#ºB9\�&.¹:·�)�"-".·�)1&��,�!"'5G"C) �"�i�#"6�!·\­0��Ó�Ð &.�!".".¹:·�¸ØH¿Z�)�¸�ÉÊ�!®f�#�W�75GK#=#=MK�ú|38&C·7/�<\��!®��#�W�75×K#=�=�Î�ú#0]�b�!®��#�W�75×K#=�=N�7L95���·#Ò~·��:·�É # Ò~�#Ð�Ð�¹:¸�É � �!®0/d�,�!¸ð".Ð��'�!¹+�!"�H_ÚË·����,¹:<�#¸�»ð5:�"���(�"��®.�'&25�K#=�=N�7L95|·0&��+�_®.���\�+¹:® # ·�¸£É��,¸N��<�¸�·��Y<�­0·�)�®6H;�#�,·�¸NÉË�_®?�\�W�75}K\=�=N�^L����·7/d�!9#�'&'5G®����b*�)��,"{®A¹:·�¸�·#º<��·7/j®����,"C�b9#�(&.¹+·#)�"D"C·�) &��,�,"=�!·�)��:» � �?¹+¸M®.�,É0&.�\®A�!»e®A·# ¹+�!�+»���Ð &A�(�!®A¹/�E�#�|¹:¸�»�¹!�,�\®A·&-·\º©¹+¸M®A�2&A��_®A¹:·�¸Ë»N�,É0&C�,�>&C�,Ò~�#¹+¸�"S·�Ð��,¸��Ê�)���~»�� � �\®A�/<���_®.���2&Þ".�!*�)��,¸ �!�=�,·�¸N".�'&{9\�\®A¹:·�¸Q¹:"���&.�!�+¹â� � �+�]¹:¸�»�¹!�,�\®A·&©¹+"�"C®A¹:�+��·#¸�É�·�¹:¸�É6HxF�&A�#"C�'&�!®w�#�W�75�K#=�=MK�ú?�#·0&C»��#¸6�_®]�#�°�/5�K#=�=�Î�ú�F�&A�\".�'&��!®w�#�W�75ÑK#=�=�ÎML����)�N�f)�".�h·#ºG".)1�"�z¹:¸NºJ·0&4­Ò~�\®A¹:·�¸(/�¹&®.��¹:¸~®����Þº@&A�\Ò~�_/}·0&C<$·#º�®.���+&1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "{®.&.�\®A�!É # Ò(¹+É��® # ¹+�!�+»?�_9��!¸� �!®.®.�'&E&.�!".)��&®A"�®.���#¸P/<���\®��F���E9#�h»��!Ò~·�¸N"C®.&.�\®A�!»Q"C·(ºx�&!�}�)��¹:"�*�)��!"C®.¹+·�¸8&.�,Ò~�#¹:¸�"®A· � �S¹+¸M9��!"C®A¹:ÉM�\®.�,»��

�)����&1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "C®.&.�\®A�!É # �_Ó�Ð��:·�¹:®."B®.���-"��,�#�+��­òº@&C�,�-�#¸�»�".Ò~�#�+� ­ò/d·0&.�:»bÐ &C·�Ð�­�'&{®A¹:�,"h·\º©Ð &.·\®A�,¹:¸e¹:¸�®.�'&.��!®.¹+·�¸Ë¸��!®0/d·0&.<�"!�6�)���?"CÒ?�\�+�&­W/}·&.�+»`Ð &C·�Ð��'&C® # �!¸�".) &C�,"$�"��N·0&C®DÐ��\®�� � �!®0/d�,�,¸£�#¸ # ®0/d·6¸�·�»��,"h�#¸�»e��'�!·�)�¸M®A"-ºJ·0&-®����(*�)N¹!�Y<G�,·�¸M9#�'&.É#�,¸ �!�®A·7/}�&.»N"�®.�N�6��) � "�¹+¸P®.���D¸��!®0/d·0&.<�5ѹ+¸�»��!ÐÑ�!¸�»��!¸�®�º@&.·�Ò ®����h"{®Y�&{®A¹:¸�É~Ð�·�¹:¸�®,�B�)���"��,�#�+��­òº@&C�,�Þ»N¹+"C®�&.¹ � )N®A¹:·�¸b�\�+�+·7/�"×·�) &d"C®.&.�\®A�!É # ®A·f�!"C®A¹:Ò?�n®A��®����w¸�)�Ò � �'&d·#º�¹+¸M®.�'&A�(�_­®A¹:·�¸�" � �#"C�,»8·�¸~Ð��&C®.¹â�#��¹:¸NºJ·0&CÒ?�\®.¹+·�¸(�#¸N»?".�!�+�2�!®B®����Þ¸���Ó�® � �#¹&®E�KZ��,Ò~�&C<\� � � # 5�®.���&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B "{®.&.�\®A�!É # �\�!&.�,�#» # ��"��¹:�!9��!"�¸��E�&©·#ÐN®A¹:Ò?�#���!·^9#�'&.�#É��S¹+¸>�!·�¸N �&CÒ~¹:¸�ɹ+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸�"©�_9��,¸Ê¹+¸8®.�N�D� � ".�!¸ �,�-·#º%��&C�,�+¹+� � �:�ÞÒ(�E�#"C) &.�S·#º2¹+¸M®A�2&A��_®A¹:·�¸8»��,É&.�,�\�

1ÞÐ��(&C®wº@&C·�Ò � �!¹+¸�ÉP� � �+�D®.·>�,·79#�'&]¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸6"CÐ���,���_÷��,¹+�!¸M®A� # /�¹:®���·�)N®w�#¸ #Ð &C¹+·0&�<�¸�·7/��+�!»�É��5�®.���H&.�,�#��"C®.&C�,¸�É\®.�6·#º%®.���-Ò~�_®.��·�»Q�:¹+�!"�¹:¸Q¹&®A"�� � ¹+�:¹:® # ®A·?É#�,¸��2&{­�\®.���,·#¸N �&.Ò(�,»?¹+¸M®A�2&A��_®A¹+·#¸?¹+¸�ºJ·0&.Ò~�\®A¹:·�¸I�,�:·�".��®A·h®���� +-.*"*.��(3J"B�K ë -ML�*.� "{®.&A�n®A�,É # �0]¹:9��!¸8®.���]�:¹+Ò(¹:®Y�n®A¹+·#¸�"|·#ºN�,) &�&.�,¸M®��_Ó�Ð��'&.¹:Ò~�!¸M®Y�#��®.�'�"��¸N¹+*�)��,"25��#¸P¹+¸M®A�2&A��_®A¹+·#¸>���#"®A· � �=&.�!ÐÑ�,�\®A�!»�� # »N�!®A�2�!®.�,»ÝHx�\®S�+�,�#"C®Þ®0/�¹!�,�EL � �_ºJ·0&.��¹&®%�E�#¸ � �=&.�,É��&.»��!»e�\"]"A�\ºJ�<�¸�·7/��+�!»�É��#�©�)�N�hÉ��!¸��'&.�#��Ð &.¹:¸ �,¹:Ð��+�]·#º2ºx�#"C®O�,·79#�'&A�\É��h¹:¸Ê"��E�#�:�_­òº@&C�,�-¸��!®0/d·0&C<�"O���#"� �,�,¸�»��!"��'&C¹ � �,»Ê¹+¸ËH°ù]¹+Ò �!®��#�°�/5�K#=�=MK�L��

�2·~Ò # <�¸�·7/��+�!»�É��D®����D�#�+É�·&.¹:®���Ò(¹!�Þ"{®.&.�\®A�!É # Ð &.·�Ð�·�"C�,»P�N�'&.�D¹+"©®.�N�- �&C"C®Þ·�¸��®A·���!®.¹:9��!� # �_Ó�Ð��:·�¹:®(®.�N�Q"��,�#�+��º@&.�!�6»�¹+"{®.&C¹ � )N®.¹+·�¸£¹+¸g·0&.»N�'&?®.·Ë®Y�(�Y<��:�;� � ¹:·��+·#É�¹&­�E�\�+� # &.�,�:�!9\�#¸M®�Ð &.· � �+�,Ò��B�)���í&1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "C®.&.�\®A�!É # �,·�)N�+» � �D�#Ð�Ð��:¹+�,»P®A·?�#¸ #¸��_®0/}·0&C<ð/�¹:®��ã��"��,�#�+��­òº@&.�!�;»�¹+"{®.&C¹ � )N®.¹+·�¸��¾�)���'&C�!ºJ·0&C�6®.���;¹:Ò~Ð��:¹!�,�\®A¹:·�¸�"$É�· � �_­

Page 123: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û ¡ û£�×¢�þN¨�§Òþ6þ�¢���¤ i�A�û

# ·#¸�»eÐ &C·#®A�!·�Ò(¹!�,"-�#¸N»zºJ)�¸1�!®A¹:·�¸��#�GÉ#�,¸�·�Ò(¹!�!",�~F�·0&]�_ÓN�#Ò(Ð��+�(5�Ð &.·#®.�,¹:¸Ë"{®.&.)1�!®A)1&.�,"�&C�ÞºJ·�)�¸�»8®.·fºJ·0&.Ò "��,�#�+��­òº@&.�!�]¸��!®0/d·0&C<�"DHÍî|�,¸�» &C)�"��!·��+·$�_®��#�W�75�K#=#=N��ú�î|�!¸�» &C)�"��!·��+·�!®}�#�°�/5�K#=#=MK�L95�/<�N¹!�"�b"C)�É�É��!"C®A"|®.���\®}"C) �"�8�#¸~�#�:É�·0&.¹&®.��ÒQ�,·#)��+»3���,�:Ð(®.·D¹:Ò~Ð &C·79���·0&".Ð��,�!»�­0)NÐ6�E�\�!�,)N�â�\®.¹+·�¸�"�ºJ·&�®.���×Ð &.�!»�¹!�_®A¹:·�¸-�#¸�»6�!·�Ò(Ð��&.¹:".·�¸S·#º�Ð &C·#®A�!¹+¸-"C®.&C) �!®.) &.�!",�

ü � ü �C� �}�ê���{�4���%��� � �È� �_� �SR�]�w����� � �w���gü ��� � �ê�4�¡�F�·��+�:·7/�¹+¸�É(®.���$Ð &C·�ÐÑ·#".�,»Q&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B "{®.&.�\®A�!É # ¹:®w¹+"]Ð�·�"."C¹ � �:�h®A·PÉ��!¸��'&.�\®A�(�#¸·79��2&A�#�:��"��E�\>Ñ·��:»?·#º�¹:¸M®A�'&.��!®.¹+·�¸N"×®����\®T�,·79��2&."©Ò(·�"C®×·#º�®����Þ¹:¸M®A�'&.��!®.·�Ò(��/�¹&®.�?Ò(¹+¸�­¹+Ò~�#�|�_Ó�Ð��'&C¹+Ò(�,¸M®Y�#�×�!>Ñ·0&{®E�Xw¸ �,�b� . �N¹+É0�M/}� #7. ®�� &.·#)�É0��®.�N�b¹+¸M®A�2&A��_®A·�Ò(�(¹+"f�!"{­®Y� � �+¹:"����!»U5MºJ)�¸ �!®.¹+·�¸��#� �"���&.��!®.�'&C¹+"A�n®A¹+·#¸~·#ºÑ®.���E&.�!"C®d·#º�®�����Ð &.·#®.�,·�Ò(��¹+"V&.�!�â�\®.¹:9#�,� #"C®�&A�#¹:É0�M®.ºJ·0&{/B�(&.»�«G�-ºJ�!/ã¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸�"׺J·0&}�_9��'& # Ð &C·#®A�!¹+¸(/�¹+�+���#�:�+·7/ݹ:¸�»�¹:9�¹:»�)��#��&C�_­".�,�&��"��É&.·�)�ÐN"�®.·��,·#¸�¸��'�_®%®����,¹/&2Ð &C·#®A�!¹+¸-·#º�¹:¸�®.�'&C�,"C®2®A·�®.���×�,"{®Y� � �:¹+"����,»-ºJ)�¸ �!®.¹+·�¸��#�º@&A�\Ò~�_/}·0&C< �$ÌB�#".�!»e·�¸;®����$ÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�#¸1�,��»��\®A��Ð1&.�,"C�,¸M®A�!»W���2&.�(5�®����>&1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô+�B "C®�&A�\®.�,É # �,·�)N�+»b»��_®A�2�!®©)�Ðb®.·�O�=²:·#º�®�������)�Ò~�#¸8¹:¸�®.�'&.��!®.·�Ò~��/�¹:®��b�+�!"."}®����#¸�h®.�N¹!&.»?·#º�®.���wÐ1&.·#®.�,·�Ò(�w)�"C�,»��#" � �\¹:®SHJ".�!� U �,÷£»��n®Y�15NF%¹+É�)1&.�]y�� ú L��G�)��¹+"}Ò~�,�#¸�"®.���\®w� � ·�)�®f�7=N� =�=�=$��1È÷%­{365Q��Ó�ÐÑ�2&.¹+Ò(�,¸M®."Þ"��N·�)��+»Ê".)N÷��!�f®A·?Ð1&.·79�¹+»��h�~"��,�\>Ñ·��+»ºJ·0&wºJ)�¸1�!®A¹:·�¸��#�GÐ1&.�,»N¹!�!®.¹+·�¸;ºJ·0&w®����I&.�!"C®D·#ºd®�������)NÒ?�#¸`Ð &C·#®A�!·�Ò(�#�$1B®D®����$"A�#Ò(�®A¹:Ò~�(5©·�) &~"C®.&.�\®A�!É # /d·�)��:» # ¹+�!�+» ·79��2&�y#=²:�·#ºS®.�N�6¹+¸M®A�2&A��_®A·�Ò(�6�\">�,·�¸� �&.Ò(�,»¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸�"hHx"C�,�$y�� R L���1X&A�#¸�»N·�Ò85 )�¸1�,·�·0&.»�¹:¸��\®.�,»6"{®.&A�n®A�,É # /d·�)��:»Y&.�!*�)�¹!&C� � �_­®0/d�,�,¸�K^­ ú ®.¹+Ò(�,"?®����;�_Ó�Ð��'&C¹+Ò(�,¸M®Y�#�Þ�!>Ñ·0&C®8®.· # ¹:�,�+» ®���¹+"P�\Ò~·�)N¸�®b·#º��,·79��2&A�#É��¹+¸�®.�'&CÒ~"f·\º�¹:¸M®A�'&.��!®.¹+·�¸N"f»��!®.�'�_®A�,»g�#¸�»Z�!·�¸N �&CÒ~�!»��Ë1�"�¹+�:�+)�"{®.&A�n®A�,»e¹+¸ÏF%¹:É�) &C�,"y��èy6�#¸�»gy��èT:5G®.���8Ò~�nÓ�¹+Òh)�Ò ¹+Ò(Ð���!®h·#º�®.���8"{®.&.�\®A�!É # ¹+"6&.�E�\�+¹+"C�,»Ï¹:¸�®.���8¹:¸�¹:®.¹â�#��_Ó�Ð��:·0&A�n®A¹:9#�P"C®Y�\É��Ê·\º��!·^9#�'&C¹+¸�Éz®.����¹+¸M®A�2&A��_®A·�Ò(�#�£�ò®$ºJ·��+�:·7/�"f®.���\®(¹&®$¹+"I�'&C) �,¹+�#�ºJ·0&�Ð�) � �+¹!�]�+�&.É#�_­0"��E�#�:�]Ð &.·\®A�,·#Ò~¹/�,"©�!>Ñ·0&{®A"�®A·��,·\­ò·0&.»�¹:¸��\®.�w®.�����,·�Ò(Òf)�¸N¹:® # �_>�·&C®º@&.·#Òc®.����"{®Y�&{®E�G�)��¹:"[�!·�)��:» � ����"��¹+�_9��!» �C# Ð�) � �:¹+"���¹+¸�É-���,·�¸M®.¹+¸�)�·�)�"C� # )NÐÑ»��n®A�,»�+¹:"C®D·#º�®.���?Ò~·�"{®�Ð &C·�Ò~¹:".¹:¸�É�®A�&.É#�!®A"D/�¹:®.��®����>��¹:É0���!"C®�Ð &C·��C�'�_®A�!»\&C�!®.) &.¸i·#º�¹:¸�­®A�2&A��_®A¹:·�¸Ë¹:¸NºJ·0&CÒ?�\®.¹+·�¸��?5�) �"�i���:¹+"{®H�,�#¸ � ���,·�Ò(Ð�)N®.�,» � �#".�!»�·�¸Ë®����(Ò~�_®.��·�»�"Ð &C�,".�!¸M®A�,»4�N�'&.�~�#¸�»`®.�N�~»��n®Y�]�,·��:�+�'�_®A�!»Ë¹:¸zÐN) � �+¹/�I&.�,Ð�·�"C¹:®A·&.¹+�!"'5�".)1�"���#"DÌ}�4ö UH°Ì}�#»��'&f�#¸�»Ï��·�É�)��(5×K#=�=�=MLM5 U �,÷ HJIÞ�,¸��&C¹+·�"D�!®$�\�W�75GK#=�=#=ML-·0&D�0¸M®A1��_®�H\X^&��"���&.»�!®f�#�W�75%K#=�=�ÎML��¶X � 9�¹+·#)�".� # 5G��Ð�) � �:¹!�,� # ºJ)�¸�»N�,»4�,�!¸M®.&A�\� � ·�» # HJ�#��É��P®.���?�IW�Ò~�#¸÷_&.·#®.�,·�Ò(�ÎX^&.É��#¸�¹+".�\®A¹:·�¸b� WI÷ X`51�M®.®.Ð�« /4/n/©/©/S�a��)NÐÑ·���·0&CÉ}/�Lb�,·#)��+»8»�¹:"C®�&.¹ � )N®A��®.���/d·0&.<��+·��#»P�!>Ñ�'�!®.¹:9#�,� # �\Ò~·�¸NÉ$�#"."C·:�!¹â�\®.�,»]&.�!".�E�(&��"�Q¹:¸�"C®.¹:®.)N®A¹:·�¸�",�

Xw¸ �,�f®����`�,·79#�'&A�\É��=���#"^&C�E��"�N�,»Ë�~®A) &C¸�¹+¸NÉbÐÑ·#¹+¸M®$HJ¹W���#�S�\ºÍ®.�'&]K\=n­4Î�=4: ·\ºG®.���Ð &C·#®A�!·�Ò~�����E9#� � �,�,¸Q)�".�!»;�#" � �#¹:®."YL©�I&A�#¸�»N·�Ò "C®�&A�\®.�,É # /�¹:�+� � �)�C)�"{®w�\"�)�"C�!ºJ)��°�1B®w®���¹+"w"{®Y�#É#�5�®����`&.�!"C®S·#ºG®�����Ð &C·#®A�!·�Ò~�H�E�#¸ � �`�!·^9#�'&C�,»z¹+¸;�#¸;)N¸ �,·�·0&.»N¹+¸��\®.�,»ºx�#"���¹+·�¸ �C# ¹:¸�»�¹:9�¹:»�)��#�c&.�,"C�E�&��"�Q�+� � ",�

Page 124: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û ¡ û£�×¢�þN¨�§Òþ6þ�¢���¤ i4i�A

F%¹:É�) &.�Þy��&����«¼'@>��2�!®©·\º�¹+¸ �2&.�E�\".¹+¸NÉ`&A�#¸N»�·�Ò(¹+"A�n®A¹+·#¸~·�¸~®.���^&C�,�+�\®A¹&9���ÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�#¸1�,�·#º�®.���È&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B "{®.&.�\®A�!É # ��)��¹:"d�\¸��#� # "C¹+"G/B�\"dÐ��'&{ºJ·0&.Ò(�,»$·�¸$®.���Þ3 U 5�»��\®A�#".�_®E�@�)����º@&A�(�!®A¹:·�¸$·#ºÑ�,»�É��!"+ö *"*9KHx�:�!ºÍ®YL@�#¸�» J"B�K ë -ML�*.� HD&C¹+É0�M®�L%¹:"|Ð��+·#®C®A�!»(·79#�'&d®����©º@&A��_®A¹:·�¸$·#º�¸�·�»��!"d)�"C�,»?�#" � �#¹:®,�'|��"�=�,)1&C9��©»N�,¸�·#®.�,"|�Þ»N¹:>Ñ�'&.�!¸M®@�+�_9��!�N·#º�&.�#¸�»�·�Ò(¹+".�\®A¹:·�¸-¹+¸D®����B»��n®Y�#"C�!®E�@Ì}�!®0/d�,�!¸=²: �#¸�»g�7=�=²: ·#º©�#�+�@®����?�!»�É��,"D/}�2&.�>&.�#¸�»�·�Ò(¹+ñ!�,»Ë".) �"��®����\® � ·#®���¹+¸M®.�'&A�(�!®A·&."/d�'&.�P&.�,ÐN�â��!�,»ð/�¹&®.�d&.�#¸�»�·#Ò~� # ".�,�:�'�_®A�,»ð¸�·�»N�,"?º@&C·�Ò�®.���Ê»��\®A�#".�_®`Hx"C�,�;F2¹+É�) &C����èT�L_�h�)���$ÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�#¸1�,��·#º � ·\®.�6®.�N�T&1A (nï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B �#¸�»;®.��� - A K���B�L "{®.&.�\®A�!É #/d�'&.�-Ò(�E�#"C) &.�!»���)���bÐ��'&{ºJ·0&.Ò~�#¸ �!�?·#º}®.��� - A K���B�L "C®�&A�\®.�,É # &.�!Ò?�\¹+¸�"S9�¹!&C®.)��#�:� # ¹:»��,¸M®A¹/�E�#�|)�¸N»��'&�#¸ # �+�!9#�,�2·#ºV&A�#¸N»�·�Ò(¹+"A�n®A¹+·#¸Ê¹:¸Ê®.�N�f»��\®A�#".�_®]�#¸�»6/}�#"wÐN�+·#®C®A�,»I�C)�"C®]·#¸ �,�-ºJ·0&�&C�!ºâ­�'&C�,¸ �!�#�$�)���$Ð��'&CºJ·&.Ò~�#¸ �,��·\ºd®����'&1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "C®�&A�\®.�,É # » &.·�ÐN"-"{®A�,�#»�¹+� # /�¹&®.�¹+¸1�'&.�,�#".¹:¸�É<&A�#¸N»�·�Ò(¹+"A�n®A¹+·#¸���F%¹:¸��#�+� # 5E·#¸S®����V�,·�Ò(Ð��:�!®A�!� # &A�#¸N»�·�Ò(¹+ñ,�!»]»��\®A�#".�_®e5^®.���&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B ÐÑ�2&CºJ·0&CÒ~"-¹+»N�,¸M®A¹/�E�#�G®A·�®.��� - A K���B�L "{®.&.�\®A�!É # ¹+¸Ë®.�'&CÒ~"D·#º©�,»NÉ��,"ö *"*9K ���0¸��,»�É��!" J"B�K ë -ML�*.� ®.�N�BÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�\¸ �,�d·#º�®.�N�@&1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "C®Y� # "|����,�#»f·#º®.�N� - A K���B�L "{®.&.�\®A�!É #h� �'�,�#)�"C�©¹:®2"C®A¹:�+�M®A�!¸�»�"%®.·w)�"C�}®.���B� � ·79#�_­4�E9#�'&A�\É��F�,·#¸�¸��'�_®A�!»¸�·�»��,"© �&C"C®,�

Page 125: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û ¡ û£�×¢�þN¨�§Òþ6þ�¢���¤ i4i4i

F%¹:É�) &.��y��:�7K�«��)���If�¹+¸N�E�&�Z��,�+�\®A¹:·�¸�"���¹+Ð6·\ºdZ��#¸�»N·�Ò~¹:ñE�\®.¹+·�¸�/�¹:®��Gf�·#"."]·#º@÷2�2&{­ºJ·0&CÒ?�#¸1�,�]·#º�®.���È&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B 5�®.&A�n®A�,É #�)���P¹+¸M®.�,É0&.�#�B·#º��E�(�"�gÐ��'&{ºJ·0&.Ò~�#¸ �!�g�,) &{9��P·#º�®.���g&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B "{®.&.�\®A�!É # Hx"C�,�F%¹:É�) &.�]y��:�#�^Ld»�¹&9�¹:»��,» �C# ®����]¹+¸M®.�,É0&.�#��·#º�®����]Ð &.�_ºJ·0&.Ò~�#¸ �!�%�,) &{9��S·#º�®.��� - A K���B�L"C®�&A�\®.�,É # /}�#"`�E�\�!�,)N�â�\®.�,»��P�)���>&C�,"C)��:®.¹+¸�ÉÊÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�#¸1�,��&.�\®A¹:·�/}�#"fÐN�+·#®C®A�,»e·^9#�'&®.�N�6¹+¸ �2&.�,�#".¹:¸�Ée�:�!9��!�+"~·#º�&A�#¸N»�·�Ò(¹+"A�n®A¹+·#¸h&.�#¸�É�¹:¸�Ézº@&C·�Ò =²: ®A· �E=�=²:�·#ºS�,»NÉ��,"&A�\¸�»�·�Ò(¹+"C�,»��6�)�N�bÒ?�^ÓN¹:Òf)�Òí�#¸�»ÏÒ(¹+¸N¹+Òf)�Òõ»��!9�¹â�n®A¹+·#¸Ëº@&.·#Òí®����8�E9��2&A�#É��;H{�7=".¹:Òf)��+�\®A¹:·�¸>&.)N¸�"YLB¹+"©¹:¸�»�¹/�E�\®.�,» �C# ®.���S�2&�&.·& � �&."!�5�) &CÐ &.¹:".¹:¸�É�� # 5%®.�N�>&.�!�â�\®.¹:9��?ÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�#¸1�,�b» &C·�Ð�"f¹:¸i�ji Z�K?* A - ºx�\"���¹:·�¸�»�·7/�¸Ï®A·Ï�¹+¸��,»NÉ��," ö *"*9K )�¸N»��'&�¹+¸ �2&.�E�\".¹+¸NÉ3&.�#¸�»�·�Ò(¹+".�\®A¹:·�¸P·#º@®����D¸N�!®0/d·0&.< �Þ1��+"C·~¹:¸Q�,»NÉ��,"J"B�K ë -ML�*.� ®.�N�ÞÐ��'&CºJ·&.Ò~�#¸ �,��» &.·#Ð�"}�:¹+¸��,�&.� # /�¹:®��b¹+¸ �2&.�,�#".�!»g&A�#¸�»N·�Ò~¹:ñE�\®.¹+·�¸?5 � )N®���2&.�$®.����&.�!�â�\®.¹:9���Ð��'&{ºJ·0&.Ò~�#¸ �!�$"C®Y� # "f�(���E�#»e�\®D�Pºx�(�!®A·&]·#ºB·79��2&?���èK�y8�\®(�7=�=4:&A�\¸�»�·�Ò(¹+".�\®A¹:·�¸��

Page 126: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û ¡ û£�×¢�þN¨�§Òþ6þ�¢���¤ i4i�µ

ü � ü �0ý �8k � ������ � �w�G��Ð ���}�N��� �w�����N�%��� � �Ì}�!".¹+»N�,"�®.���-· � 9�¹+·�)�" � �,¸��_ �®A"�·#º2®.����&1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "C®�&A�\®.�,É # ¹:¸P)�¸ &A�E9#�,�+�:¹+¸�É$¹:¸�­®A�2&A��_®A¹:·�¸�¸��_®0/}·0&C<�"�¹+¸Ï�ʺx�\"C®$�#¸N»4&.�,�:¹â� � �+�$Ò?�\¸�¸��'&25%®.�N¹+"D/d·0&C<eÒ~� # �#�:".·6"����,»".·#Ò~�]�:¹+É0�M®B·#¸�®����]�!9#·��+)N®.¹+·�¸��& # ·0&.¹:É�¹+¸�"d·#º�®.���]"��E�#�:�_­òº@&C�,�S�&��"��¹:®.�'�_®A) &C�SºJ·#)�¸�»�¹+¸�#�:�?�,�!�+�:)��â�&}¸��!®0/d·0&.<�"!�

�)���w9�¹+�_/Ø®����\®)�!�,�:�+"b�,�#¸ � �w".�!�,¸��#"F�!·�Ò~ÐN)N®Y�\®.¹+·�¸��#� )�¸�¹:®."B¹+"d¸�·#®©¸N�!/cH°Ìb&.� # 5�7O�O�y�L_��X � 9�¹+·�)N".� # 5�®����Þ�:¹:9�¹+¸NÉH�!�,�+�����\"}®A·DÐÑ�2&CºJ·0&CÒ Ò~�#¸ # »��'�!¹+"C¹+·�¸�" � �#"C�,»8·�¸(®.���¹+¸M®.�'&.¸��#��"{®Y�\®.�]�#¸�»8Ð��'&��,�,¹&9��!»l�"���#¸�É��!"©·#º�®.���w�!¸M9�¹/&.·�¸NÒ~�!¸�®'5N�:¹+<#�Þ�_Ó�Ð &.�!"."C¹+·�¸P·#º��".Ð��! �,¹!�f®�&A�#¸N".Ð�·0&C®.�'&wÐ &C·#®A�!¹+¸;¹:¸Q®.����Ð1&.�,"C�,¸ �!�$·#ºd�b¸�)�®.&.¹:�,¸M®E�-���,¸ �!� � �,¹:¸�É8� � �+�®A·$Ò~�#<#�S"C) �"�Q»��2�,¹:".¹+·#¸�"��!>Ñ�'�!®.¹:9#�,� # ¹+"��=�,�:�E�&©�_9�·��:)N®A¹:·�¸��& # �#»N9\�#¸M®A�#É��#�

�ò®P¹+"b¹:Ò~Ð�·0&{®Y�#¸M®?®.·Ï¸�·#®.�6®.���\®?º@&.·�Ò ®.���69�¹:�!/�Ð�·�¹+¸M®8·#º��!·�Ò~ÐN�+�_Ó�¹&® # ®����,·0& #�#¸ # É�¹&9��,¸mOn�­o���&.»ðÐ &.· � �+�,Òp�E�#¸ � �l&.�!»�) �,�!» ®A·Ë�#¸�·#®����'&25B".)1�"�ð®.���n®?¹&ºÞ�_9��'&®.�N�'&.�?¹+"D�#¸��!÷��!¹+�,¸M®�"C·��+)�®A¹+·#¸zºJ·�)N¸�»eºJ·0&D·�¸��?Ð1&.· � �:�,Ò ¹+¸ZmOnê®.�N�?".·#�+)N®.¹+·�¸`ºJ·0&�#¸ # Ð &.· � �+�!Ò ¹+¸Ê®���¹+"E�,·#Ò~Ð��:�_Ó�¹:® # �!�â�#"C"O�,�#¸ � �h»�¹/&.�2�!®A� # »��,»N) �,�!»;¹+¸6�\¸Q�!÷��!¹+�,¸M®Ò~�#¸�¸��2&,�ð�0¸g�#»�»N¹:®A¹:·�¸U5d�#¸ # �,·�Ò(Ð�)N®A�\®A¹:·�¸��#�dÐ &.· � �+�!Òq�E�#¸ � �PºJ·0&CÒf)��â�n®A�,»£�#"(�»��2�,¹+"C¹+·�¸~Ð &.· � �+�!ÒÊ�2�)���wÒ~�#¹+¸(ÐÑ·#¹+¸M®[���'&C�w¹+"|®.���n®}¹:¸~®A�2&.Ò("d·\º��,·�Ò(Ð��:�_Ó�¹:® # ®����,·0& #®.�N�D�(�!®A)��#��»��'�!¹+"C¹+·�¸PÐ &C· � �+�!Ò�¹&®A".�!�:º�»�·��,"�¸�·#®�Ò~�\®.®.�'&25��#"©�+·#¸�É(�#"�¹:®©¹:"�mOn�­r���&.»��

÷G)N®$É��,¸N�'&A�\�+� # 5@�+¹&ºJ�3���#"f®A·6"C·��:9#�P�Q¸�)�Ò � �'&�·#º<�!·�Ò(Ð�)N®Y�n®A¹+·#¸��#�+� # 9��2& # ���&.»Ð &C· � �+�!Ò~"!�S�)����Ð &.·\®A�,¹:¸6ºJ·��+»N¹+¸�É~Ð &.· � �+�,Òì¹+"w�#¸;�_ÓN�#Ò(Ð��+�h·#ºd�>�,·�Ò(Ð�)N®A�\®A¹:·�¸��#�:� #)�¸�"C·��:9#�,»iÐ &C· � �+�!Ò ®����\®�¹:" . "C·��:9#�,» . ¹+¸Ï¸��\®.) &.�b9#�'& # �!>Ñ�'�_®A¹&9��,� # �Ë�0¸£¸��\®A) &C�5×�#�:�®.�N�,".�?Ð &.·��,�!".".�!"$�&.� � �#"C�,»Ï·�¸hi BsJ AiF&.)N�+�,"!�a÷G)N®h".¹:Ò~Ð�� # 5�Ð &.·\®A�,¹:¸�"-»�·6¸�·#®H���E9��®.�N�©É��+· � �#��¹:¸NºJ·0&CÒ?�\®.¹+·�¸D·�¸f®.�N�©"C®Y�n®A)�"G·#º ®����)�,�!�+���E9\�#¹+�+� � �:�×®.·w®.���!ÒÊ�%���,¸1�,�©®.��� #���E9��S®A· . ��!® . ��'�!·0&.»N¹+¸�É�®A·$�:·:�,�#�?&C)��+�!"hH � ¹+¸N»�¹+¸�ÉML_�

�ò®b"C�,�,Ò("�&C�,�+�\®A¹&9��,� # "C®�&A�#¹:É0�M®.ºJ·0&{/B�(&.»g®.·e¹:Ò?�#É#¹+¸��g��·7/ ®����Q�:·:�,�#�©Ð &.¹:¸ �,¹:Ð��+�!"·#º�®.���g&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B "C®�&A�\®.�,É # »N�,"��2&.¹ � �!»d���2&.�l�,·�)��:» � ��¹+Ò(Ð��+�!Ò~�!¸M®A�,» �C# �:·\­�E�\�)&.�'�!·�É�¸�¹&®A¹:·�¸�9�¹â�Q®.�N��"CÐÑ�2�,¹& �� � ¹+¸�»�¹:¸�É;·#º�Ð &.·\®A�,¹:¸�­0¹:¸M®A�'&{ºx��,�!",�Ï�0¸i".)NÒ~Ò~�& # 5¹+¸M®.�'&.Ð1&.�!®.¹+¸�É8®����I�,�,�:�G�#"S�]�,·�Ò(Ð�)N®A�\®A¹:·�¸��#��Ò(�'�"���#¸N¹+".Òt&.�,¸N»��'&C"D¹:¸ �'&C�E�#"C�,»u�,·�Ò�­Ð�)N®A�\®A¹:·�¸��#�_�,�#Ð���!¹:® # ·#º}®.���3�,�,�:�+)��+�&]¸��_®0/}·0&C<e�]�,�:�E�&-�!9#·��+)�®A¹+·#¸��& # �\»N9\�#¸M®Y�#É��\�X � 9�¹:·�)�"C� # 5@�;öI÷%­r���(&.»�Ð &C· � �:�,Òv�E�#¸ � �b�_÷3�!¹+�!¸�®.� # �#Ð�Ð &C·EÓN¹:Ò?�n®A�,»e·�¸Ï�Q"��E�#�:�_­º@&.�!�D»N¹+"C®�&.¹ � )N®A¹:·�¸P)�".¹:¸�É?�:·:�,�#�U&C)��+�!"�·�¸N� # �}1Þ"�Ò~·0&C�-�#¸�»QÒ(·0&C�-·\º@®.���-¸��_®0/}·0&C<P¹+"&A�\¸�»�·�Ò(¹+"C�,»h®����}Ð��'&{ºJ·0&.Ò~�#¸ �!�B�#»N9\�#¸M®A�#É��B·#º�®����@&1A (nï Aùö ïÂ($Bnô�ïD+�B ·79��'&2®.��� - A K���B�L"C®�&A�\®.�,É # » &.·�ÐN"�®.·~ñ!�'&C·QHJ".�!�hF%¹:É�) &C�,"�y��&���05 y��:�^K#L_�

5�·8F%¹:É�) &C�fy��&�^K$»��,Ò(·�¸�"{®.&A�n®A�,"�®.���DÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�#¸1�,�D�#»N9\�#¸M®Y�#É#�h"C®.�,Ò("Þº@&.·#Ò ®.���¸�·�¸�­r&A�\¸�»�·�Òl5Ñ"��E�#�:�_­Wº@&.�,�D»�¹+"{®.&C¹ � )N®.¹+·�¸Ê·#ºG®.�N�h)�¸�»N�'&.� # ¹+¸�É>�!�,�:�+)��+�&�¸��!®0/d·0&.< �S�)����,Ò(�'&CÉ��,¸M®hÐÑ·7/d�'&{­ò�â�E/ »��!É0&.�!�_­0»N¹+"C®�&.¹ � )N®A¹:·�¸e¹:"D· � ".�2&C9��!»£�\®h®����?Ð ���#".��­ò®.&.�#¸�"C¹:®A¹:·�¸·#º<�!·�Ò~ÐN�+�_Óe" # "{®A�,Ò(" � �!®0/d�,�,¸£·0&C»��'&��\¸�»Z�"���#·�"!�z�0¸i�\¸Ï�!9�·#�+)N®.¹+·�¸��(& # �,·�¸M®.�_Ó�®e5

Page 127: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡ û ¡ û£�×¢�þN¨�§Òþ6þ�¢���¤ i4i�Ã

®.�N�wÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�\¸ �,��·#º�®.�N� &1A (\ï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "{®.&.�\®A�!É # �,·�)��:» � �w".�!�,¸P�#"©�DÒ~�,�#".) &C�Þ·#º �®.¸��,"C"w·#º@®����h·79��2&A�#�:�2¸N�!®0/d·0&.< �Þ1B®�®.��¹:"�Ð�·�¹:¸�®�®.�N�6&.�!".)��&®A¹:¸�É?*�)��!"C®A¹:·�¸U5 /<���!®����'&®.�N�bÐÑ�2&CºJ·0&CÒ?�\¸ �,�~·#º�®.���á&1A (nï Aùö ïÂ(CBnô�ïD+�B "C®�&A�\®.�,É # �,·#)��+»�¹:¸�»��!�,» � �b)�".�!»£�#"��#¸· � �C�2�!®.¹:9��;ºJ)�¸1�!®A¹:·�¸ ®A·Ï»N�,"��2&.¹ � �; �®.¸��,"C"'5^&C�,Ò~�#¹+¸�"b�j� # Ð�·#®.�N�,".¹:"8®A· � �6ºJ)1&C®.�N�'&¹+¸M9#�,"C®.¹+ÉM�n®A�,»��

5�·$ºx�&B®.���S"��E�#�:�_­òº@&C�,�S»�¹:"C®.&C¹ � )�®A¹+·#¸>���#" � �,�,¸Ê¹+¸M®A�2&.Ð &C�!®.�,»Ê�#"�� �C# ­0Ð1&.·�»�) �!®�·#º".�!�:ºâ­ò·0&.ÉM�\¸�¹+".�\®A¹:·�¸��#�|Ð &C¹+¸ �!¹+Ð��:�,"��\®�/d·0&C<ÝH_Úe�#É�¸N�'&'5}K#=�=���ú@ÚË·��:º��_®(�#�W�75×K#=�=MK#LD·0&�_Ó�Ð��+�#¹+¸N�,» �$# ®.���-Ð &.¹:¸ �,¹:Ð��+�!"B·#º%Ð &.�_ºJ�'&.�!¸M®A¹â�\���\®.®A��"��Ò(�,¸M®��#¸�»P®.����&.· � )�"C®.¸��,"C"Þ·#º"��,�#�+��­òº@&C�,�w¸��_®0/}·&.<�"Þ�\ÉM�#¹+¸N"C®B�2&�&C·0&-H U ·0&C·�É�·79�®A"C�!9?�#¸�»Ê3Ê�,¸N»��,"25�K\=�=N��ú1f�¹:)b�!®��\�W�75K#=�=�K�L_�

1Þ¸ �#�:®.�'&C¸��\®A¹&9��w� # ÐÑ·\®.���!".¹+"8/}�#"�Ð &.�_9�¹:·�)�"C� # ºJ·&.Òf)��+�\®A�!» �$# 5Ñ��ùS�#)N>ÑÒ?�#¸�«x"y X *]-.* Aùö B�KzJ"B�L &{i *�| ö ( ö9} *9L ö *�|�Z ö9} B�K1~�B�-8Z�K }ÍX *wB�-.��*9-.*.��-.*,+#Z�L�*]K?* A -.~ }JX **.�s+�*%B��%J X1A B ö Z ö�� *"J A ô ö *%*9�B i ô } Z,B�K },A�� * öE}ÍX *9L }ÍX *9-.*'��� Hxù-�\)N>�Ò~�#¸U5��EO�OMy�L��%�)���&A�\¸�»�·�Ò(¹+".�\®A¹:·�¸d&C�,".)N�:®A"zHxF%¹+É#) &.�`y��:�^K#L~".)�ÐNÐ�ÐÑ·&C®8®.�N¹+">� # ÐÑ·\®.���!".¹+"��#¸N»Ø"C)�É�É��!"C®®.���\® Z � ®.�����,·�Ò(Ð�)N®A�\®A¹:·�¸��#���E�\Ð���,¹&® # ·\º��6�,�!�+�+)N�â�&׸��!®0/d·0&C<?¹+"b&.�,�+�\®A�!»?®A·D®.���Þ N®C­¸��!"."©·#º�®����w·0&CÉM�#¸�¹:".Ò�}ÍX *9K ®����w"��E�#�:�_­òº@&C�,��»�¹+"{®.&.¹ � )N®.¹+·�¸(¹+"}�#¸b�,Ò(�'&CÉ��,¸M®}Ð &.·�Ð��'&{® #®.���\®f"���·�)��:»�¹+¸�»N�,�,» � �b�(�!®A¹&9��!� # Ò?�\¹+¸M®Y�#¹:¸��,» �C# �_9�·��:)N®A¹:·�¸��& # Ð &.·��,�!".".�!",�`�)���ºx��_®f®.���n®`�,·#Ò~Ð��:�_ÓeÐ &.· � �+�!Ò~"H�E�#¸ � �b�!>Ñ�'�_®A¹&9��,� # �\Ð�Ð &.·EÓ�¹+Ò~�\®.�,»�¹:¸�®.���b"CÐÑ�2�,¹+�#��E�\".��·#ºw"��E�#�:�_­òº@&C�,��¸��!®0/d·0&C<�" �C# )�".¹:¸�ÉË�:·:�,�#�)&.)N�+�,"$·�¸N� # Ò~� # �_Ó�Ð��+�#¹+¸i/<� # ®.���"��,�#�+��­òº@&C�,�S»�¹+"{®.&C¹ � )N®.¹+·�¸����#" � �!�,¸�· � "C�'&C9#�,»6·#¸Q�#�:�?�!�,�+�:)��â�(&}¸��_®0/}·0&C<�"Þ".·$ºx�&!�

Page 128: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

� �t� ���_� ������� �

xT�������V�/���������9�z���� U �¡���¢��£:£G U¤N�W¡��N� ¥�¡¦ �§�¨c�$�N�!~ X * ö'A Zx�C�À y X1A}'© ö ø X1A}T� *_Z�K�+ Ai Z��*-Z öHAi�iNAC� Bnô } � À �

�2�2&�& # ÷V&.�\®.�"�N�!®.®'5 �/ªH¤N��«T§N¬s ­%���� �¡������� _�

�)���(Ò?�\¹+¸w�"���#�:�+�!¸�É��$¹+¸;®.�N�~Ð�·0®C®{­0É��!¸�·�Ò(¹!�f�2&A��¹!®w®A·l�"���&.��!®.�'&C¹+ñ,�$®.�N�$º@¯N¸ �!®.¹+·�¸�#¸�»G®{®.&�¯1�!®.¯1&.��·#º×®.���h�,¸�·0&CÒ~·¯ ®S�#Ò(·0¯�¸M®]·#º×É��!¸��'®%°<��¹/�"�Ë�(&.� � �,¹:¸�É8»�¹!®��,·s±��2&.�!»¹+¸`®.�N�~·�¸�­0É�·�¹:¸�Ég®.�2²$¯��,¸ �!¹+¸�ÉQ�2³Ñ·0&C®�®,�b��·Ê®���¹!®S�,¸N»U5�´O���e±��?»N�2±��!�+·�Ð��,»e¸�·s±��,�×�#� ­É�·0&C¹:®���Ò3®©ºJ·0&�¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸Q¸N�!®r°d·0&�µ$®,�^¶ ·#�+�+·s°�¹:¸�Éf®.���H�,�!¸�®�&A�#�2É0¯�¹:»�¹+¸�É�� # ÐÑ·#®����'®C¹!®®.���\®SÐ &.·\®A�,¹:¸;º@¯�¸ �!®.¹+·�¸`�2²�¯��#�!®S¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸w���!�+Ð��,»`®A·P»��2·�¸���®.���$¸�·#®.¹+·�¸;·\º}Ð &C·\­®A�!¹+¸Qº@¯N¸ �!®.¹+·�¸Ê¹+¸;���!�+�,�#¸;�#¸�»P�,·�Ò(Ð ¯N®A�\®A¹:·�¸��#�:� # É&A�®CÐ�� � �:�H°}� # �%´)���e±��=¯N®.¹+�:¹+ñ,�!»¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸6¹:¸NºJ·0&.Ò~�\®.¹+·�¸�®A·P�®�®.�,Ò � �+�h®����O�C¹+É®A�e°¼Ð ¯�ñ,ñ!�+��·#º×Ð &C·#®A�!¹+¸ ®Þ¹+¸M®A·bº@¯�¸1�_­®A¹:·�¸��#��Ò~�#Ð ®25 � ¯�¹+�:»�¹+¸NÉ]·�¸�&C�'�,�!¸M®©�#»1±\�#¸1�,�'®d¹+¸(�_Ó�Ð��'&.¹:Ò~�!¸M®Y�#���#¸�»��,·#Ò~Ð ¯�®Y�\®.¹+·�¸��\�®A�2�"��¸�¹/²�¯N�'®�®A·�®C®.¯N» # ¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸ ®��#Ò(·�¸�É(�#�:��Ð &C·#®A�!¹+¸ ®�·�¸����â�(&.É���­r®��,�#�+�\�

¸Ê·�»��,�:¹+¸�É]¹:¸�®.�'&.��!®.¹+·�¸�¸��_®r°}·&�µ$®}�(®GÉ0&A�#Ð1� ®G�,¸�� � �+�!»(Ò(�B®A·]¹:¸M®A�,É&A�\®.�©Ð &.·#®.�,¹:¸�­Ð &C·#®A�!¹+¸?¹:¸M®A�'&.��!®.¹+·�¸(»��\®A�-º@&C·�Òj»�¹/³Ñ�'&C�,¸M®d»��\®Y�(®.�!®�®©�#¸�»�±\�&.¹:·0¯ ®×·0&.ÉM�\¸�¹!®CÒ3®|¹+¸M®.·h�®.¹:¸�É��:�h��2�,�2®�®.¹ � �+�H&.�2®.·0¯ &��,�hºJ·&�º@¯ &{®.���2&�®{®.¯�»�¹:�'®!��´)���e±��DºJ·0&.Ò`¯N�â�\®.�,»P®.���`�!·�¸ �!�,ÐN®·#º�¯�Ð�­r�E�(®C®A¹:¸�É�¹+¸1�,·�Ò(Ð��+�_®A��¹+¸M®A�2&A��_®A¹:·�¸b¹+¸�ºJ·0&.Ò~�\®A¹:·�¸����)���%&C�'®�¯N�:®.®B�&.�]� � ®C®�&A��_®A�,»¹+¸M®.�'&A�(�!®A¹:·�¸6Ò~�#Ð ®�°<�N¹!�"�z�&.��É#�,¸��2&.¹!�f�#¸�»`·0&.É��#¸�¹!®CÒ ¹:¸�»��!ÐÑ�!¸�»��,¸M®,�=¹:¯ � ®.�'²$¯��!¸M®É0&.�#Ð ��­W®.���!·0&.�_®A¹!���#¸��\� # ®.¹/®b���®T&.�9±��E�\�+�,»g�!·�Ò(Ò~·�¸�¯�¸�»N�'&.� # ¹+¸�É��(&��"��¹&®A�'�_®.¯ &.�#��Ð &.¹:¸�­�,¹:Ð��+�2®©·#º2¹+¸M®A�2&A��_®A¹+·#¸�¸N�!®r°d·0&�µ$®'5 ¸��\Ò~�!� # ®��E�#�:�_­Wº@&.�,�-�#¸N»l®CÒ?�\�+�&­,°}·&.�+»?Ð &.·�Ð��'&{®A¹:�'®,�

�)���×¹+¸ ®C¹+É0�M®�®����\®�®.���2®.�׸��!®r°d·0&�µ�®2�&C�׸N·�¸�­r&.�#¸�»�·#Ò �+�,�#»]®A·�®.���|¹:»��E�B®A·<¯ ®C�G®.���®.¹:É�¸��#��®���� # �,·#¸�®A�#¹+¸ÊºJ·0&�Ð1&.�,»N¹!�!®.¹/±#�DÐ ¯1&.Ð�·0®.�2®,�Þ�)�N�`µ�¸�·s°��+�,»NÉ��_­ � �®.�-ºJ·0&�º@¯1&C®.�N�'&¹+¸�ºJ�'&.�!¸ �,�;¹/® � ¯�¹:�:®?·�¸ã�_Ó�¹!®{®A¹+¸NÉ � ¹+·��:·�É�¹/�E�#�<�,�+�®�®C¹/·��,�\®A¹:·�¸ ®~·#º-Ð &.·#®.�,¹:¸º®{®.&�¯ �!®�¯ &.�» ¹°� �\�=¹�óYX�÷[¼]�#¸�»;º@¯�¸ �_®A¹:·�¸ » ¹°� �\�T0íX�¼��U´E���e±���ºJ·0&.Ò6¯��â�\®.�,»;�8¸�·s±#�,�×�#�+É#·0&.¹&®.��Ò(¹!�Ð &C¹+¸ �!¹+Ð��:�2­U½V¾8¿ *.� �2�)��¹/®�¸�·�¸�­o��·�Ò(·��+·#É # Ò~�_®.��·�»S»�·��2®�¸�·#®�&.�2²$¯�¹!&C�|�#¸ # ®.�2²�¯N�,¸ �!�·0&^®{®.&�¯ �!®�¯ &.�=®C¹+Ò(¹+�â�(&.¹:® # ��´ò®]�!¸�� � �:�'®S��2�'¯ &.�\®A��Ð1&.�,»N¹!�!®.¹+·�¸1® � � # ·#¸�»z®����f�:¹+Ò(¹:®.®�·#º�'¯1&�&.�!¸M® � ¹:·�¹+¸�ºJ·0&.Ò~�\®A¹/�'®2Ò~�_®.��·�» ®_°<��¹!�"�~�&C� � �(®.�,»~·�¸$®.���<�,·#¸ �,�!ÐN®}·\ºU��·�Ò(·��:·�É # �

���e
Page 129: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡0Á�¡0Á\ ¢ÄÃN¨�§UÃ$Ã�¢aÅ�¤ i4i�ê

Æ�·s°d�2±��2&'5�®.�N�f¹+Ò(Ð��+¹/�E�\®.¹+·�¸1®©·#º|®.��¹/®O°d·0&�µÊ»�·b¸�·#®^®C®A·#Ð6®.���2&.�#«�®.���6�,·0&C�_­0�:·�É�¹/�·#º�®.�N�-Ò(�!®���·�»P�#�+�:·Ç°<®dºJ·0&}®.�N�]»��2±#�,�+·#Ð�Ò~�!¸M®�·\º%��¸$¯�Ò(�'&C¹!�E�\��¹+¸N»��_Ób·#º�º@¯�¸ �!®.¹+·�¸��#�®.¹:Ò~¹:�â�&C¹:® # ®����\®G¹/®|�#Ð�Ð��:¹!�E� � �+�}��'&C·0®�®×�^°�¹+»��)&.�#¸�É��©·\º � ¹+·��:·�É�¹!�,�#��»��\®A�N�@�)��¹/®�°}·0&�µÐ ¯N®�®©º@¯�¸ �!®.¹+·�¸��#��É��!¸�·�Ò(¹!�'®©·#¸l·�&CÒ Ò~�\®.���!Ò?�n®A¹!�,�#�Ñ�#¸�»l�,·�Ò(Ð ¯N®A�\®A¹:·�¸��#�ÑÉ0&.·0¯N¸�»��

�)���SÒ~·®C®©��Ó1�!¹:®.¹+¸�ÉfÐ1&.·0®CÐÑ�2�!®�¹!®BÒ~�#Ð�ÐN¹+¸�É`�,�¯ ®.�#��Ð��\®��C°B� # ®�·\º2»N¹!®.�,�®.�%®{®Y�\®.�'®®.�1&.·0¯�É� ¹:¸�®.�'&.��!®.¹+·�¸Ý¸��_®r°}·&�µ$®,� Xw®����'&]&C�'®.�,�&��"�N�'&�®8���e±��z»��,Ò(·�¸ ®{®.&.�\®A�!»Ø®����\®®.�N�'&.�ʹ!®?���,·&�&.�!�â�\®.¹+·�¸ � �!®r°d�,�,¸�!�,¸M®.&.�#�+¹&® # �#¸�» �:�!®.���#�+¹&® # ¹+¸ � ¹+·��"���,Ò(¹!�,�#�©¸��_®C­°d·0&�µ$®'5 �\¸�»b®.���n®)µ�¸�·:�"µ�­ò·0¯N®.®�¹:¸>�,�/¯ ®C®.�'&�®©·\º2¹:¸M®A�'&.��!®.¹+¸�ÉhÐ &.·#®.�,¹:¸ ®©�#�/®.·fºJ·0&CÒêÐ �N�_­¸�·#® # Ð�¹/���!�!¯ ®{®A�'&�®,�8Æ��!¸ �,�b¹:¸M®A�'&.��!®.¹+·�¸z¸��_®r°}·0&�µ$®�Ð &.·s±�¹+»��?�Ê�:¹+¸ µQº@&C·�Ò É��,¸N·#® # ÐÑ�®A·`Ð �N�,¸�·#® # Ð��5}�#¸�»Ï®.���!¹!&$�#¸��#� # ®.¹/®=®���·¯��+»ÏºJ·0&CÒ��#¸i�_Ó:�!�,�+�:�,¸M® � �®C¹!®�ºJ·0&h®A�&.É#�!®¹+»N�,¸M®A¹7·��E�\®.¹+·�¸8¹:¸8®.���S» &�¯�É\­0»N¹!®��!·s±��'& # Ð &.·��,�2®�®!�

´0¸�®���¹!®b�,·�¸M®A��Ó�®e5 Ò~·s±�¹+¸NÉf·�¸8®A·I��¹:É0���'&}�+�2±#�,��»��9·�¸�¹&®A¹+·#¸ ®B·#º2Ð &.·\®A�,¹:¸bº@¯�¸ �_®A¹+·#¸U5´��#»�» &C�'®�®.�,»z®.���6²�¯N�'®C®.¹+·�¸`·#º[��·s°X�,·�Ò(Ð��:�_Óʸ��!®r°d·0&�µ�®��E�\¸ � ��»��2�,·�Ò(Ð�·0®.�!»z¹:¸M®A·Ò(�E�#¸�¹:¸�É#º@¯��1®�¯ � ®C�!®�®,�[´0¸?·0&C»��'&G®A·-ºJ·0&.Ò6¯��â�\®.�©�_Ó�Ð��'&.¹:Ò~�!¸M®Y�#�:� # ±#�'&C¹/· � � �+�<� # Ð�·#®����_­®.�2®h®.�N�~º@¯�¸ �_®A¹:·�¸��#�|Ò~�#Ð ®hÒ6¯ ®C® � �~Ò?�#»N�?��2�,�2®�®.¹ � �+�~®A·P�$¯�Ò~�#¸�¹:¸M®A�'&CÐ &.�_®Y�\®.¹+·�¸��´<���e±��$»��9±��,�:·�Ð��,»z�bÒ~�_®.��·�»6®.���\®%&.�!�+¹+� � � # ��Ó�®.&A�(�!®.®%°<��·#�+�`®C¹+É�¸��\�&­ò®�&A�#¸1®.» ¯ �_®A¹:·�¸Ð��\®��C°B� # ®,�_Æ��'&C�T�!·�Ò~ÐN�+�_Ó^®.�_®.®�·#ºNÐ1&.·#®.�,¹+¸-�®�®.·��,¹+�\®A¹:·�¸ ®�»��2&.¹/±#�,»-º@&.·�ÒØ®A�_Ó�®{­0Ò(¹+¸�¹:¸�É®.�N� � ¹:·��+·#É�¹!�,�#�N�:¹:®A�2&A�\®�¯ &.���&C�O¯1®.�,»b�®}�\¸~��Ó��\Ò~Ð��:��·\º�®.�N���,·#Ò~Ð��:�_Ó(�\¸�»?¸�·#¹!® # �!¸�­±�¹!&C·�¸�Ò(�,¸M®Þ¹:¸NºJ·0&CÒ?�\®.¹+·�¸8¹/®�Ð1&.·��,�'®�®.�!»Y°�¹:®.�N¹+¸P®.���H�,�,�:�W�)È��:®.�N·0¯�É0�P®.���D·s±��'&ɱ�¹+�2°<®É��!¸��'&.�\®A�!» �C# Ò # �#�:É�·0&.¹&®.��Ò¼Ò~�\®.�"�3��¯NÒ?�#¸(�_Ó�Ð��'�_®Y�\®.¹+·�¸ ®25�¹&®V&A�#¹/®.�2®×®�����¹:¸M®A�'&C�'®{®C­¹+¸NÉP²$¯��'®{®A¹:·�¸�·#º)�N·Ç°jºx�(&D·0¯1& -.* Aùö B�K�Z�K�+ � � ·¯N®hÒ(·��:�'�'¯N�â�& � ¹:·��+·#É # ¹+¸z®A�2&.Ò�®D·#ºÐ��\®��C°B� # ®ÞÒ(�,�_®.®©®.��� � ¹:·��+·#É�¹!�,�#��&.�E�\�+¹:® # �

Ì #(� ¯�¹:�+»�¹:¸�É-�H�,·#¸ �,¹/®.��Ò~·�»��,� ·#ºÑ®.����·s±��'&.�#�+� ¹:¸NºJ·0&.Ò~�\®.¹+·�¸�ÉM�\¹+¸(¹+¸$®.���<·��,�:»?·#ºÐ &C·#®A�!·�Ò~¹/�'®[´%ºJ·0&CÒ`¯��â�n®A�,»?�#¸b�\�+É�·0&C¹:®���Ò~¹/�F®C®�&A�\®.�,É # ®����\®B�!¸�� � �:�'®×®.����Ð &.·#®.�,·�Ò(¹!�2®�,·#Ò~Ò`¯N¸�¹:® # ®A· � ¯�¹+�:»b�`&C�,�+¹+� � �:�E®��E�(³Ñ·��:»b·#º�®.���Þ¹+¸M®A�2&A��_®A·�Ò(�Þ¹:¸b�hº@&A�(�!®A¹:·�¸?·\º�®.���®A¹:Ò~�]�!·�Ò~Ð��&.�!»£®.·W¯�¸�­o�,·�·0&.»N¹+¸��\®.�,»£�2³Ñ·0&C®�®,�Ý�)��¹/®�°d·0&�µÏ·�ÐÑ�!¸ ®~®�����»�·�·&(®.·e�¸��9° � &.�!�,»6·#º@Ò~�_®.��·�» ®��#¸�»Y®{®.&A�n®A�,É#¹+�'®<°<��¹/�"�;��!®.¹/±#�,� # ¯1®.�D®����6®��E�#�:�_­Wº@&.�,�-Ð &C·�Ð�­�'&{®A¹:�'®×·#º � ¹:·��+·#É�¹!�,�#�N¸��_®r°}·&�µ$®d®.·D®.�N�,¹!&×�#»:±#�\¸�®A�#É��\��È�®d�H&C�'®�¯N�:®e5M®�����Ò(�!®���·�» ®}�(&.�� � �:��®.·��#Ð�Ð1&.·EÓ�¹+Ò~�\®A� t Ñ ­r���&.»bÐ1&.· � �:�,Ò�®d¹:¸ � ¹:·�¹+¸�ºJ·0&.Ò~�\®A¹/�'®@�9³��2�!®.¹/±��!� #~�C# &C�,�+�n­®A¹7±��!� # ®C¹+Ò(Ð��+�b�,·�Ò(Ð ¯N®A�\®A¹:·�¸��#��Ò~�,�#¸ ®,�Õ÷2·#®.�,¸M®A¹+�#���#Ð�ÐN�+¹!�,�\®A¹:·�¸ ®@·\ºÑ®���¹!®_®{®.&A�n®A�,É # ®A·®C®�&�¯ �_®.¯ &C�fÐ &C�,»�¹/�!®A¹:·�¸6�\¸�»6»�·��"µ�¹+¸�É8�(&.� � �,¹:¸�É?»N¹!®��2¯ ®�®C�,»��Þ�)���\® t Ñ ­o���&C»QÐ &C· � ­�+�!Ò3®Þ�+¹!µ\�f�,»NÉ��_­o�,·s±��2&A�#É����E�\¸ � �$�#Ð�Ð1&.·EÓ�¹+Ò~�\®A�!»;�2³Ñ�'�!®.¹/±#�,� # 5�¹+¸6®.�N�=®.Ð��'�,¹+�#���,�®.�·#º[®��,�#�+��­òº@&C�,�f¹:¸�®.�'&.��!®.¹+·�¸6¸N�!®r°d·0&�µ$®'5��:�E�#» ®�®A·>±\�&.¹:·0¯ ®Oµ�¹:¸�» ®]·#º|¸N�2°Ê� # Ð�·#®.���2®.¹/®,�¸ # �2¯ &�&C�,¸M®�¹+¸M®A�2&.Ð &C�!®A�\®A¹:·�¸P¹!®}®����\®©®.�N¹!®©Ð &C· � �+�!ÒË&C��]��2�!®.®�·�¸8®.�N� J"B�L & ô },A} Z,B�K AiJ A�&1A J_Z } ( ·#º[®�¯ �"�e¸��_®r°}·&�µ$®,�>Ú���_®.���2&�®�¯ �"�Ë�>�,·�¸1�,�,Ð�®H�,�#¸`¹+¸�»N�,�,»`��ÓNÐN�â�#¹:¸6®.����,·#Ò~Ò(·�¸$ºJ�E�\®�¯ &.�2®B·#º��#�:� � ¹+·��:·�É�¹/�E�#��¸��!®r°d·0&�µ$®©¹:¸b�#¸b�9±�·��/¯N®A¹:·�¸��& # �,·�¸M®.�_Ó�®©¹!®[�'¯1&{­&.�!¸M®A� # ¹+¸C±��2®C®A¹:ÉM�\®.�,»��

Page 130: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

¡0Á�¡0Á\ ¢ÄÃN¨�§UÃ$Ã�¢aÅ�¤ i4isÌ

´ò®����® � �!�,¸W²$¯�¹&®A�(�H�C·0¯ &C¸�� # º@&C·�Ò Ò # · &�®C®D�\®C®A�!Ò~ÐN®�®]®A·�¹+¸M®A�!É0&A�\®.�=±#�(&.¹+·¯ ®�_Ó�Ð��'&C¹+Ò(�,¸M®Y�#�:®.·0¯1&��,�2®|�#¸�»�»��n®Y� � �(®.�'®2®A·w¹:¸ ®.¹:É0�M®.®G� � ·0¯N®%Ð &.·\®A�,¹:¸hº@¯�¸ �_®A¹:·�¸U5®{®.&�¯ �_­®.¯1&.���#¸N»;�2±�·#�!¯N®.¹+·�¸��O´<��·�Ð��h®.��¹/®O°d·0&�µl�,·#¸�®�&.¹ � ¯N®A�2®w®A·8�~Ò~·0&C�h¹:¸�®.�,É0&.�\®A�!»P±�¹+�9°�#¸�»l��·��:¹!®{®A¹!�O¯�¸�»��2&�®{®Y�#¸�»N¹+¸�É(·#º2�+¹/±�¹:¸�É=® # ®C®.�,Ò�®,�

f��!®~Ò~�]�,·#¸ �,�/¯�»��8°�¹&®.�g�#¸£¹+¸M®.&C¹+É0¯�¹:¸�ÉG²$¯�·#®A�Pº@&.·#Ò ®.���ÊÐ ��¹:�+·0®C·�Ð ���2&�0S�!·0&.ÉÚ³�Ͷ}��Æ��,É��!�,5N°<��·`�#�!&C�E�#» # »��'®��'&.¹ � �!»4®��!¹+�,¸M®.¹/·��~�+·�É�¹/�(�®hÐ &C·:�!�'®�®.�'®�¹:¸Ë®������!·�¸�­®A��Ó�®$·#º<�,·�Ò(Ð��:�_Óe¸��!®r°d·0&�µ$®P«WÎ�Úã¹:®���¹+¸e®���¹!®D¸��!®r°d·0&�µ��2±#�,¸M®.¯��\�+� # ®A¹:É0�M®A�'&D¸�·�»��'®�'®{®Y� � �+¹!®��U52ºJ·&.Ò(¹+¸�ÉP®.���?�#¸ �"��·&{­S�\¸�»e®Y�(&.É��_®hÐ�·�¹+¸M®�®D·#º<�N¹!®-�+¹:ºJ�(�#¸N»j�,·�¸1®��,¹:�,¸ �!�5·s°�¹+¸�Éf®����,¹/&F®C®�&.�!¸�É#®.���#¸N»8ÐÑ·s°d�'&©®A·f®����^±��2& # ºx��_®B®.�N� # �(&.�5 � &.·0¯NÉ0�M® � �_ºJ·0&.�^�N¹!®�,·#¸ ®��!¹+�,¸1�,�5�®������,·�¸ ®{®A¹&®.¯N®.¹+¸�É�®A�2&.Ò�®©·#º���¹!®)±��2& #P� �,¹:¸�É�� *

Ï �ÑÐN¡���¬���ÒÔÓI�� �ÕC�W¬ÇÖU¤�������ÕC�{�h¬Ç¡�ÖU¤¤�¡��Ñ����Ðd×g¡���Ð����\£1��¬s ������WØ>���N ����[Ù×g���$ÖU¤��WÐN¡��WÚ���¤�§��2 �¬'ÛH�N��ÐSÜ=¡�ÖU¤� �����¢�¬Ç�����NÝN ��¬Ç��¡��N��¬�«b��¨?����¬�����ÐSÞ���×>��¬�¬s �¬Ç�1����¬�¬Ç¡���Ð[٬ǡ��u¥�����ÐU§N�NÝ����d¡�¤����jß<��¬Ç U¡�¢�Ý���¡¦ Z����ÐSàd§�ÖU¤� \��¨?���dÐN��Ò`ÙÐU§S¬Ç¡��u¥����dÐU§N¬3ÞH� ×g��¬Ç¬s �¬Ç�1���\¢���¨?�U§UÖU¤� §N�Ñ����ÐS£1�����d¬Ç¡�ÖU¤d¬Ç�1�����NÐN���Þ��{¢���¡�£1£1��¬Ç�{¡������4áâ�{¬Ç����¤��{¡¦ Z¬Ç¡���Ð[ã

�)�N�'÷_&.·Ç�C�'�!®I0%¯N®A�!¸ � �2&.É 5{ä|Ì}·�·0µ?·#º�åáâ¡�¬Ç¬Ç���N¬Ç¤�§N£: \ÐN�{�\«b��¢�¡�Ýb��æ`����ã!ç�C# 0S�!·0&.ÉTÚã¹:�!���!�+Òè¶�&C¹+�!» &.¹/�"�]Æ��,É#�,�

Page 131: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

é ê ê ë � ì ��í é

î � ï �_���zðòñ4���t� � ó � ô\�_� õ ñ4ö ��� �÷ô4ø

ù)� ú�û@ü0ý!üs°<þ!ÿ��gý!þ!®���� ú����þ!ý/®%°bü0&�µ ¯�� ý/þ!®�� ú ��� ¯ &�þ/ÿ����.� ú��'ü0¯1&�®�ú�üû��.� þ/®���� ú'®�þ!®�þ!ÿ�"� &�ü0ÿ ü0ý/ü��0þ!� �ý?ü&�� ú2& ���� �&�µ����75�f����cú�¸��/5Nù�ú2þ!�"�����ÿ ÿW¹��aÈ � »"!$#�# �Ǽ%��¾GA'&(&*) K�+ n -.B } * ) K�+ A L )-,/.0 K } *9- A J }1) B�K�2 3 0 K } - A L�B , *"J'4 ,7A - A K*5 0 K } *9-ML�B , *"J'4 ,7A - n -"B } * ) K6+ A L )-,/.�0 K } *9-'7A J }1) B�K98<* & *9- } B ) -.*:2 ) K }-; * n=<^¿ A K*5�>c* A 2 }@?��3¸lü0ýBAbþ/ü0ýDC #�E » CC¼%F=G ! GIHJG�C�K��

� fL�$�{úH¸�5 � �(&�µ��15NMEþO���0ú��P�(ÿ ÿ9QSR ÆOü0ýT�VUW� »X!$#$# �Ǽ'�P?ZY\[']^['_a`$b1)-]dc�&*_�eIbf[')-])-]gbJ['_a`dh'b")XeI]jik`'& 2�� _�eIil)-]^h:eIim&*,O['bf[ 5 `$bX` 3 `'&(&*,/)Xh�`$b")XeI]jbJe � eI, 5 ` 2:2 )nc$]giP[']gbo?Abþ/ü0þ!ÿ:û@ü�p������.þTq'® »X!$#$# �Ǽr�¯ ÿDs&� E ¹:¯�� ý|��F�¹��eÀ(GIH�¹Ñ�ot$u��

��v þ/ú������ÿ ÿj¹��nR � �$p�µw���TRxMEü$��p�ú �g�$��ú�ym�nR[ÆOú �ú p=È �nRxUL�$�{ú]¸��nRTÆEü0ýO�zUW�»"!$#�# �Ǽ%�w? {}| 4 ,-,/.9` 4 bJeIik`$b1)XhP['~$eI, 4 b")XeI]*`$_%.6h',n` 2:2 ) ��h�`$b1)XeI]�ef|m&*_�eIbJ[')-]�|�eI, 5I2 3<�`$,/)�<�eIik`$)-]�<�)Xh'b1)XeI]*`$_%.�~$['_ 2 )XeI]� � ?�ME¯�q'ý/ú'þTq%Èmq'þT� ®��Eú2® ! G » �s¼'F=t�t@H E �

� ÆEü0ý!ý7û@ú'ýO�1ú pH¶��TR���p�þn�k��� ®`È��TRxUL�$�{úl¸�� »"!$#�#(! ¼%��? ��_�[ 5 )Xh'b1)XeI]��mcd[']^['_a`$b")XeI]`$] 5 ` 2:2 [ 2:2 iP[']gb�ef|;d)ncI; 7 b�;d_�e 4 cI;@& 4 b�&*_�eIbf[')-] 7 &*_�eIbJ[')-]�)-]gbf['_a`dh'b1)XeI] 5 `$b�`(�'?» A�A)¹��ry���p��(ÿ��\K(�$yÞ�@G�C�C�G0¼

� ÆEú �0ú�pTÈ��TR�UL�$�{ú^¸��nR:ÆOü0ýT��UW� »"!$#�# C0¼P? {mh:h 4 _�`$bJ[ 5 ['bf[:h'b1)XeI]�ef|\~$['_%. 2 &�`$_ 2 [2 [�� 4 [']^h:[�iPeIb1) | 2 ? � p�ü�q2ú'ú�� þ!ÿ��®�üûg���1ú<¹:ú2±ú'ÿ(����È�ÿ1ÿ�¯��ý1´rÿ(�.ú�p�ÿg�I�.þ!üÿg�ý�ybü0ÿ�Hû@ú�p�ú'ÿ�q'ú�üÿ��Eú2®�ú �$p�q:�jþ/ÿ�ybü��k ¯������.þ/ü0ÿg�ý[¸lü0ý!ú�q'¯ ýO�$p�Abþ!ü0ý/ü��$� » �Eä�yrQ�¸6A!$#$# CC¼'F}�@C�GIHA�eÀ E �

� UL�$�{úG¸��nR%¹dq:� ý!þn���>ù��nR v þ/ú����P�ÿ1ÿS¹��nR�ÆEü0ýO� UW� »"!$#�# CC¼%��? ¾�`'&(&*)-]dc�b�;g[ �_�`$] 2 5$4 h'bJeIiP[�)-] > [�` 2 b 3 0 5 [']gb1) ��h�`$b")XeI]�ef| ¡N)nc$]*`$,-,/)-]dcP��`$b�;d¢x`$. 2k£ .� *[a¤�b¾6)-]g)-]dc(�'? » ®�¯�����þT����ú ��¼

� ¹�q:�1ý!þT�a��ù��nR � �ý/þ!ÿ�¥¦�nR§�<¯ ÿ������nR v þ!ú����P�(ÿ ÿѹ*�TR�UL�$�{úw¸��nR�A�p���¨ ���WÈ �nR©Eµ�µ(ü0ÿ ú2ÿIä§� »"!$#�# CC¼�? + _�eIiªcd[']^[�]^['b1¢�eI_�« 2 bfercd[']^[*| 4 ]^h'b1)XeI]*�'? » ®�¯����3þn���.ú���¼

� UL�$�{ú3¸��L�ÿ��WÆOü0ýT�¬UW� »X!�#�# CC¼�?T­L]g_a`$~$[',-,/)-]dc 4 ]�«I]^eI¢W]®)-]gbf['_a`dh'b1)XeI]w]^['b 7¢�eI_�« 2 ¢W)-b-;�]^[�`$_ 7 e:&*b")-ik`$,L[�¯�h')X[']^h'.$�'? » ®�¯�����þT�a�.ú ��¼

��� E

Page 132: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

° ��ï �_��� õ÷ô4ð ê ö²±

È\���cü�����RZÈ�� »X!�#�#(! ¼%� � p�ü$��ú'ü���þOq2® F ùr� úò®�üdq'þ/ú��J�tüû��p�ü��.ú'þ/ÿ ® � ³�`$b 4 _�['RÀ�� E » u�K$G ! ¼'FZK�GÀo´�u��ÈOýO�{ú pa� Ro���nR$�ú'ü0ÿ���R(Æ��TR��ÿ���A���p��$�g�(®�þXRsÈ��oUW� »X!$#$#�# ¼'�(äWp�p�ü�pL�ÿ������a�:�$q"µm��ü0ý!ú�p��ÿ�q'úüûµq'ü$�� ý/ú'¶>ÿ ú��r°Tü�p�µ$®��§³�`$b 4 _�['R�À # u » u E GÀ$¼%F·C E Ko´�K ! �ÈOý!ü@��R � �D�(ÿ���<¯ ®�®�ú'ý!ý"RD���^A\� »X!�#�#(! �C¼%��´rÿ(�.ú�p�p�ü��(����þ!ÿ����p�ü$��ú'þ/ÿYþ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿYÿ ú'�aH°Tü�p�µ$®B����p�ü0¯��$��®���p�¯�q���¯�p��ý(�1þ!ü0ý/ü��$������_�e@hW³�`$b1,�{¸h�` 5 ¡Dh')¹­�¡�{�R@G�G » GC¼'F·t$K�G�u@´�G # ���ÈOý!ü@��R � ���ÿ����E¯1®�®�ú2ý!ý"Ro���@A\� »X!$#$#(! ��¼%� � ü$�.ú2ÿ���þº�ý��$pa��ú2û1�$q'�.®�þ!ÿ��p�ü$�.ú2þ!ÿ�Hoþ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿÿ ú'�r°bü$p�µ$® � + ½V¿r¡6»L['b1b"R�t$C # » ��HJCC¼'F ! t$Co´$À��ÈOýT�.®aq:�$¯ ýXR�¹��¶��nR�¸6�$��� ú2ÿDR$ù��(UW�TRC¹�q:�g�(³cú p�R�È��0È �nRd¼^�g�ÿ���R����nRd¼^�g�ÿ���R(¼½�TR�¸8þ/ý!ý/ú p R¾¿�nR$�(ÿ���U�þO��P�ÿ^R v �I��� » �@G�G E ¼'�d���$�{ú ��� ýº�(®a���ÿ��� ®�þÀHJ� ýO�®a� FB�<ÿ ú2°��ú'ÿ ú�p�����þ!ü0ÿüûµ�p�ü$�.ú2þ!ÿ��g�����$�g�®�ú�®�ú��$paq:�6�p�ü���p��$�3®���³ 4 h',O[')Xhm{mh') 5I2�8 [ 2 R ! t » � E ¼'FZC�C�K$Go´�À #(! �ÈOÿ ®��$p�þXRm¥¦�nR�¸6��pa�.þ/ÿDR%¹*�TR�¶N�$p�µ��(®�üs±�®�µ(��R�¸��nR%äW����p�ú�q:�(��R�´:�E¸��TR¸�ÿ��}¥%¯ ÿ(��¨'ú'ý"RÆ�� » �@G�G$GC¼'� � � ü®��� üý!þO��®�ú�q�� þ!ÿ�� ®��.ü���� ú�p�ú q'ú���.ü$p�Hrý/þ!µ(ú���p,���p�ü$�.ú2þ!ÿÁ�ÿ��q2ü0ÿ(��p�üý!®S ®�ú'¯�� ü$���d����ý§� þ/³cú p�ú'ÿ(�.þO���.þ/ü0ÿjþ!ÿZ®��$q q:�g��p�ü�� �dq2ú'®kq'ú p�ú2±�þ!®�þº�ú���Âj¿§)XeI,à ;g['iSR !�E À » À ! ¼'FZC #�# t ! ´�K��È\ þOq�RN�¦�nRN�%ü0¯����^RN���TR��ÿ��lù�ú2þOq:�����ÿ ÿDR�¹���È � »"!$#�# �s¼'��ÈOÿ8þ/ÿ ®�þT���(�)þ!ÿ(�.ü¦� ü$�P�þ/ÿq2ü���� þ/ÿg���.þ/ü0ÿ ®��T¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 R�� E » ¹:¯��1ýX�&�Ǽ'F ¹�K�Co´dG��È\� ý!ú��g�¯���R v � » �@G�G�uC¼%��¸8¯��.¯��ý?þ/ÿ1û@ü�p�������þ!ü0ÿk�ÿ��jq:���ÿ ÿ ú2ý^q���g�$q'þn�J���N´rÿ6��_:e £ 7` £ )-,/)-b1.�`$] 5 0']�|�eI_%ik`$b")XeI]gR�g�$�0ú2®S�@KÀI´���K�u��gy�������p�þT���0ú�©Eÿ þ/±ú p�®�þT�J� � p�ú'®�®��È\$°Tú'þ/ý!ú�p R����nR(È��a�r°bü�ü��^R0ù��I¥¦�nR�A��þOp�ü�q:�DR�È �nR�A����.ú��P�ÿ^R(È��TR$AbþOp�ÿ ú��$R0är�TR$Abþ!®É°��(® R¸��nR�AT¯�q:� ú p�R � �TR�ybú p�¯����.þ"R$UW�nR(ybü�pacú'��R(¶��nR�y�p�ü0ÿ þ!ÿ���R0¸�� v �nR v ¯�p�� þ/ÿDRI���nR(¶*�(ý!²$¯ ú�� RUW�nRO¶�ý!ú'þ/®�q:�����ÿ ÿ^R�¾¿�TRm��ü¯�¨��$Rm���nREÆOú�p��¸Ä��µü��^R�Æ��TREÆO¯1ý!ü�R�M��nR\�ü0ÿg�®�®�ú2ÿDRO´:�nR¥��$� ÿ^R v �TRN¥��ÿg�� þ!ÿDR1È �nRN¥���p��e±�þO� ü�{ü0¯ ý/ü0¯DR�Å��TRNU�ü�{ú ¨�RN���nRc¸6�$pf¶^RNA\�TRc¸8¯ ýT� ú p�RM��I���TR$Q^þ!ÿ ÿDR�ù���¸��nR � �$�0ÿ þ"R¸��TR0¹:ú pɱ$�(ÿ�� R¶��TR¹:þO�$p�þ!®���R�ym�I���nR$�ÿ���¼^� ü$� ÿ üs±*R0är��¸��

���@K

Page 133: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï�Ï@Ð

»"!$#�#�# ¼%�?´rÿ(�.ú�p��p�üI´��ÿ3þ!ÿ(�.ú���p��I�.ú ��� üdq'¯���ú'ÿ(�:�I�.þ!üÿ�p�ú'®�ü¯�p�q2úOû@ü�p=�p�ü$�.ú2þ!ÿ3û1���3þ/ý!þ!ú2® R� ü$�P�þ/ÿ ®¦�ÿ��Zû@¯ ÿ�q'�.þ/ü0ÿg�ý)®�þT�.ú2® �¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 R��@u » � ! ¼'F&���eÀ(t@´�t # � ! �������ot�CÀ�@C$u E HrÀ�K # CS�ü0¯�p�ÿg�ý�È\pa��þOq'ý/ú$�ÈO®���� ¯�p�ÿ ú p�RN¸��TR^A��ý/ýXR�ym�?È��TR^Abýº�µ(ú$RD���?È �nRDATü$�.®��.ú'þ/ÿDR v �nRDAT¯��.ý/ú p RcÆ��nRLy�� ú�p�p���R���:¸��nR v �e±�þ!®�R�È�� � �TR v ü0ý/þ!ÿ ®�µ�þ"R(¥S�TR v °<þO�$��� R:¹�� ¹*�TR:äW� þO��R����$ù��nR Æm��p�p�þ/® R:¸���È �nRÆEþ!ý!ý"R v � � �nRC´r®�®�ú'ýÀHrùµ�$p�±ú p R�UW�nR�¥��®��$p�®�µ$þ!®�R0È �nR�U�ú2°<þ/® R$¹��nR�¸6����ú'®�ú$R����(ym�nR��EþTq:�g�$pa��H®�ü0ÿDR����_är�TR��Eþ/ÿ��°��ýO�^Rb¸��TR��E¯�� þ!ÿDR��S�V¸��nR��(ÿ��h¹�� ú p�ý!üdq"µNRr�S� »X!�#�#�# ¼%���%ú'ÿ úü0ÿ(��ü0ý!ü�����F¹��ü:üý?û@ü�pr��� ú�¯ ÿ1þ/·gq ���.þ/ü0ÿ]üû¹� þ/ü0ý!ü$�$���d��� ú��0ú2ÿ úHüÿ���ü0ý!ü$�$��q2ü0ÿ ®�ü$pa�.þ/¯����³�`$bmY\[']^['b1R ! t » �Ǽ'F ! t@´dG��A���� ú p�R��S� v �nR v ü0ÿg�ýT� ®�ü0ÿ^R�´:�nR�¾Wü0ýn�.þ/ÿ���R�ym�TR�Q^¯ ú'ý/ý!ú��a�.ú�R�A\�1¶��nR � �e°<®�ü0ÿ^R ù��TR��ÿ��ÆEü��0¯ ú�R�ym�(¾¿� »X!$#�# �Ǽ'�BATþ!ÿ��d´(��� ú§� þ/ü��3üý!ú q2¯ ýº��p�þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿ3ÿ1ú��r°Tü�p�µk�g�����$�g�®�ú$�³ 4 h',O[')Xhm{mh') 5I2¸8 [ 2 R ! G » �Ǽ'F ! À ! ´�t��A���� ú p�R(�S� v ���ÿ��6ÆOü��¯ ú$R�ym�o¾¿� »X!$#�#$# ¼'�dAbþ/ÿ��d´��§�g������®�{ú q2þ/·gq ���.þ/ü0ÿHû@ü�pN®a��ü�p�þ/ÿ���ÿ���� ú2®�q p�þO� þ/ÿ���� þ!ü���ü0ý/ú q'¯1ýº�$p`þ/ÿ(�.ú p��$q���þ!ü0ÿ1® R���ü0ý/ú q'¯1ýº�$pSq2ü���1ý!ú'¶:ú2®P�ÿ���g������H°����:®��<¿r)XeI)-]�|�eI_'ik`$b1)Xh 2 R���u » t0¼%FÍÀ�u(t@´ E�E �A���� ú p�R��S� v ���ÿ��>ÆEü��0¯ ú�R�ym��¾¿� »X!$#$#(! ¼'�?È�ÿg�ýn�d¨'þ!ÿ����ú��®��r�p�ü��.ú'þ/ÿ�HJ�p�ü$��ú'þ!ÿIþ/ÿ�H��ú p���q��.þ/ü0ÿP�����:��ü����:�(þ!ÿ ú���û�p�ü����1þ/³cú p�ú2ÿ(�F®�ü¯�p�q2ú'® �=³�`$b�¿r)XeIbf[:h:;d]^eI,/R !$#�» � # ¼%F·G�G��'´E �A��(þOp�üdq:�DR�È �¹�(ÿ���Abü�ú q"µ����ÿ ÿDR=Am� » ��G�GN�Ǽ%�Pùr� ú>®É°<þ!®�®�HJ�p�ü$� �p�ü$��ú'þ/ÿj®�ú2²�¯1ú'ÿ�q2ú�g�I�:�S�g�ÿ µN��³ 4 h',O[')Xhm{mh') 5I2�8 [ 2 R��@G�¹:¯��1ýX�nF !�! À E ´�G��A���p��$�g�(®�þXROÈ � »"!$#�#(! ¼%�òùr� ú�K # � !$# p�¯ ý!ú��Ô´rÿ¿»µ)-]�«([ 5 Rm��$�0ú'®9u(t@´ E K�� � ú p�®�ú'¯1®� ¯�� ý/þ!®a� þ!ÿ����A��I�.ú ���ÿDR6È �nR�ATþOp�ÿ1ú���RIär�nR v ¯�p�� þ/ÿDR¦���TRIäW�����$R3¹������nRIÆOüs°Tú$Rk¥S��U=�nRk�ÿ��¹:üÿ ÿ��g�$�k��ú p R�är��U=� »"!$#�#�# ¼%�>ùr� ú�1û1�$�Ñ�p�ü$�.ú2þ!ÿ�û1���3þ/ý!þ!ú2®¸�g�����$�g�®�ú$�6³ 4 h',O[')Xh{mh') 5I2¸8 [ 2 R ! K » �Ǽ'F ! u�Co´du��AbýO�®�q:�1µú$R\ym���ÿ���Òx�(ý!ú'ÿ�q'þº��RbÈ � »X!�#�# �Ǽ%�Sùr� ú�{ü$�.ú2ÿ���þº�ý<¯ ®�úPüû^®�¯ þ/®�ú'µ$þm�®���p�ü$�.ú2þ!ÿlþ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿ�� þ!®aq'üs±0ú�pa���.ü�ü0ýX��Y\[']^eIiP[m0']�|�eI_%iV¡D['_9Ó6eI_:« 2 ;ge:&ÔY\[']^eIiP[0%]�|�eI_'iSRÑ� ! F&� ! Co´dCÀ��W©E®�þ!ÿ���¹d�P�$p��O¹:ü0¯�paq'ú � ��p�®�þ/ÿ����Abü$p�µNR � �nR v �(ÿ�� ú'µI�$p�R�ù��TR v þº�$¨%HfUL�$¨�q'ü�¨�R�ÅS�nRcä_þ/®�ú'ÿ��g�$�{ú p Rc¶��nR{ÆO¯���ÿ ú2ÿDRU¸��TR��ÿ��Å[¯g�(ÿDRNÅ�� » �@G�G�K0¼'� � p�ú�� þOq'�.þ!ÿ��3û@¯ ÿ�q'�.þ/ü0ÿDFbû�p�ü��Õ�0ú'ÿ ú2®\��ü��0ú'ÿ1ü��3ú2®m�(ÿ����g�$q"µN��¾�eI,?¿§)XeI,/R ! K$C » À$¼%F E�#(E ´ ! td�

Page 134: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö�×

Abü¯ ýT��ü0ÿDR$¹��d���nR(Ò^þ/ÿ�q'ú2ÿ�� R:¹��TRd�ÿ��¦Ò�þO�g�(ýXR$¸�� »"!$#�# �s¼'�*©O®�úEü(û^�p�ü$�.ú2þ!ÿ�Hoþ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿ���$ ®���üIû@ü$p��`¯ ýO���.úm� þ!ü0ý/ü��0þTq��ý{²$¯ ú'®��.þ!üÿ ® � à 4 _'_kص&*)-] à ;g['i⿧)XeI,/RNt » �Ǽ'F·t E ´�u ! �A�p�����R v � » ��G�G(t0¼%� � p�ü$�.ú2þ!ÿ���ü0ý!ú�q'¯ ý/ú'®��®µq'ü��k ¯������.þ/ü0ÿg�ýCú2ý!ú ��ú'ÿ(��®�þ!ÿHý!þ7±:þ/ÿ��§q'ú2ý!ý!®��³�`$b 4 _�['RNC E u » u(t$C�K0¼'FZC #(E ´�� ! �y�� ú2ÿDRg¼½���ÿ��>Æm�ÿDR1¸�� »X!$#�#$# ¼'�LAb¯1þ!ýO�1þ!ÿ���� �p�ü$�.ú2þ!ÿ3þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ!üÿP���$DF½p�ú'®�ú��$paq:�þ/ÿ���� ú�cü®a�aH��0ú'ÿ1ü��3ú�ú p����)¿r)Xe@[ 2:2 `$. 2 R !�! » u0¼'F·t # Co´�u��y�� ú�p�p���RW���N¸��TR�Èm� ý/ú p Rµym�nR¹A��(ý!ýXR�ym�nR½y�� ú pɱ:þn��¨�R_¹���È �nR v °<þO���(��R�¹��N¹*�TR�ÆOú'®��.ú�p Rär�ù��nRd�þº��RIÅS�nR��¯1±�þ/µ*R(�¦�nR(�<ü:ú�R0ù��TR�¹dq:��p�ü�ú � ú�p R�¸��nR�¾�ú'ÿ���RC¹��TR��(ÿ��SAbü$��®a��ú'þ!ÿ^R v �» �@G�G�KC¼%� ¹d���DF�¹��$q q:���$p�ü�����q2ú'®W�0ú2ÿ ü���ú������:�$���®�ú���³ 4 h',O[')Xhx{mh') 5I2�8 [ 2 R ! u » �s¼'F E Co´G��y�� þ/ú'ÿDR\ym�Fù��nR\A��$pa��ú'ý"R � ��UW�nRO¹d�.ú�p�ÿ��0ýO�ÿ�¨�R\���nRm�ÿ��¶�þ!ú2ýO� ®�RE¹�� » �@G�GN�Ǽ%� ùr� ú�r°Tü�HJ�(�d��p�þO�Y®��:®��.ú��9F§�k�3ú'��� üd�9��ü�þO�1ú'ÿ(�.þ7û-���ÿ��6q2ý!ü0ÿ1ú��0ú2ÿ ú'®Oû@ü�p\�p�ü$��ú'þ!ÿ1®����g���þ/ÿ���ú p��$q��T°<þT����� �p�ü��.ú'þ/ÿ>üû�þ/ÿ���ú p�ú'®a� �x��_�e@h\³�`$b1,N{¸h�` 5 ¡Dh')m­®¡j{�R�K�K »"! �Ǽ'FZG(t E Ko´K ! �ybü�pa�3ú2ÿDR?ù��nRDU�ú2þ!®�ú�p�®�ü0ÿDRBym�?är�TR^�ÿ���<þ/±ú'®a� RD��� » �@G�G�G0¼'�\M\�H�q'ü��k ý!ú'�.ú2ÿ ú'®�® ��´rÿ0%]gb"_�e 5$4 h'b")XeI]�bJe {m,ÙcdeI_%)-b�;di 2 R�g�$�0ú2®\G��@uo´�GÀ�u���¸8´rù � p�ú'®�® �ybü0®��:�ÿ�¨'ü�R:¸���ym�nR:ÆEü��(�ÿ^R���� v �nRdyb¯ ®�þOq"µNR ¸��:är�nR v �s±�þ/® RdAm� � �nR�¶N�ÿ�q:� ú�p R$È ��¸��nRÆEü����ú'® R � �Fär�TR\¥%ü0ÿ�� ¯^R � �TR\U�ú'ÿ��þ!ú ¨ ��R\ym�TR\U�ú2°�H�¹��3þn���DR����bär�TR\U�þ!ÿ��0ÿ1ú p R�ym�nR�<ü��{ú p��IH � ú�p�ú�¨$RD¥S�����nR?ù)þ!ý/ýO�{ú pa��R{¸��nRDA�p�ü:ü0µ$®�RD���cär�TR^�ÿ������$p�p�ú'ý/® R����c´:� »X!�#�#�# ¼%�ùr� úk�0ú �®a�S�p�ü$��ú'ü���úP�g�I�:�$�g�(®�ú » �d���¼��ÿ��wq �ú'ÿ1ü�p��g����� þn�.þ/®Hú2ý!ú ���ÿ ®��p�ü$��ú'ü���ú�g�I�:�$�g�(®�ú » °bü�pa��*��¼%Fµq2ü����p�ú �1ú'ÿ ®�þ/±0úrp�ú'®�ü0¯�p�q2ú'®�û@ü�pµ��� úFü$p��(�ÿ1þO¨��I�.þ!üÿ �ÿ��Sq'ü��SHg��p�þ!®�ü0ÿ%üû��3üd� ú2ý0ü�p����ÿ þ!®a�ª�p�ü$��ú'þ!ÿ�þ/ÿ1û@ü�p�������þ!ü0ÿD�$³ 4 h',O[')XhW{mh') 5I2W8 [ 2 R ! K » �s¼'F E Co´u��v ú �ÿ ú$Rdym��¸��TR:¹��ý7°<þ!ÿ ®�µ$þXR(UW�nR�Ú�ú'ÿg��p�þ!ü® RC´:�nR��ÿ��3äVþ/®�ú2ÿd�{ú pa��R v � »X!�#�#(! ¼%� � p�ü$�.ú2þ!ÿþ/ÿ���ú p��$q���þ!ü0ÿ ®�F�ùF°Tü ��ú���� üd� ®�û@ü�p=�®�®�ú'®�®���ú'ÿ(�Fü(û���� ú§p�ú'ý/þº�$�1þ!ý!þn�J��üû�� þO���S����p�ü0¯�����H ¯��Oü$� ®�ú�p�±����.þ/ü0ÿ ®��b¾�eI, à [',-,���_�eIbJ[:eIiS)Xh 2 R�� » t¼'FZCÀ(Go´�C�t$u��v þ/ú������ÿ ÿ^R$¹��nR � �$p�µ*R����nR�MEü$��p�ú �g���3ú�Rdym�TR�ÆOú��0ú p�R$È �nR�UL�$�cú�R�¸��TRd�ÿ���ÆEü0ýO��R(UW�»"!$#�# �Ǽ%��ÈQû@¯ ý!ýn���¯��.ü$�P����þOq�ú2±ü0ý!¯���þ!ü0ÿ��$pa��q'ýO�®�®�þ/·gq ���.þ/ü0ÿPü(û=�p�ü$��ú'þ/ÿPû@ü0ýO�1® F v �ý/þ� ü$�P�þ/ÿj� þOq'�.þ/ü0ÿg�$p��3±ú p�®�þ!ü0ÿ9C���³ 4 h',O[')Xhm{mh') 5I2�8 [ 2 R ! G » �Ǽ'F·t�t@´ E �v ü�p�ü��0üs±��.®�ú2±*R�¹��LM��L�ÿ��j¸8ú2ÿ�� ú2® RW����¶�� »X!$#$# �Ǽ'��¹dq��ý/þ!ÿ��j�p�ü�{ú pa��þ!ú2®�ü(ûb®aq��ý/ú'Hû�p�ú'ú�ú9±0ü0ý7±�þ!ÿ��`ÿ1ú��r°Tü�p�µ$® F�ybü0ÿ(�.þ/ÿ$¯ ü0¯ ®r����p�ü��$q:�D�W�x;d. 2�8 ['~�½Û¡NbX`$b½³�eI]g,/)-]�¡Def|%b¾`$b"bJ['_��x;d. 2 Rgu�C » t � � ! ¼'F # t$uN� ! t��

Page 135: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö�Ï

ä_þ!®�ú'ÿ��{ú p���R v �nRE¸6�$paq'ü$�a�.ú�ROär�F¸��TRrÚ�ú'ÿg�$p�þ!ü0®�R)´:�TR��ÿ��ÔÅ[ú�����ú'®�ROù���QS� »X!�#�#�# ¼%�� p�ü��.ú'þ/ÿgû@¯ ÿ�q���þ!ü0ÿ]þ/ÿ���� ú�cü®a�aH��0ú'ÿ1ü��3þTq^ú p�����³�`$b 4 _�['R{À # t » u E K�KC¼%F·K ! Co´�u��ä_ÿ�p�þO���(��R�È��*���TR�´rý/þ!ü�{ü0¯ ý/ü0® R�´:�nRN¥��dpa þO� ú2® R*M��*ym�nRN�ÿ��6Q^¯�¨'ü¯ ÿ þ!®�R*ym��È � » ��G�G�GC¼%�� p�ü��.ú'þ/ÿ=þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿ����$ ®�û@ü�p½q'ü��k ý!ú'�.ú��ú'ÿ ü���ú'®W���®�ú���üÿS�0ú'ÿ úFû@¯1®�þ!üÿ=ú2±0ú2ÿ(�.® �³�`$b 4 _�['R�À #(! » u E t E ¼'FZK�uo´�G # �¶gp��(®�ú p�RVÆ��½Am�TRVÆEþOp�®��DR_È���är�TRT¹d��ú'þ/ÿ��3ú'��¨�RWUW�_¸��nRT¹�q:�g�$pÉû@ú$R�ym�TR=�(ÿ��Z¶�ú'ýO���P�ÿ^R¸��@¾¿� »"!$#�#(! ¼%�Cä�±0ü0ý/¯��.þ/ü0ÿg�$p���p��I�.úVþ!ÿ���� úx�p�ü$�.ú2þ!ÿ�þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ!üÿ�ÿ1ú��r°Tü�p�µN�N¡Dh')X[']^h:['R! G$u » t�t�u�KC¼'F E t # ´ ! �¶gp��(®�ú p�R$Æ��(A\�TR�¾®�ý!ý"R v �nR(�ÿ���ÆEþOp�®a�DRCÈ � »X!$#�# CC¼'��ÈÑ®�þO�k ý!ú�� ú {ú'ÿ��1ú'ÿ�q2ú\�{ú��r°Tú'ú2ÿ�p�ü$�.ú2þ!ÿ=ú9±0ü0ý/¯��.þ/ü0ÿ�p��I�.ú§�ÿ������ ú)ÿ$¯����{ú p_üû*�p�ü$�.ú2þ!ÿ�H��p�ü��.ú'þ/ÿ`þ!ÿ(��ú p���q��.þ/ü0ÿ ®��?¿F¾ ý�~$eI,c¿§)XeI,n�OR�C » ���s¼'����e±:þ/ÿDR_È �Wym�TR�Abü0®aq:� ú$RF¸��TRx¥�p��(¯ ®�ú�R����TR���p��ÿ�� þXR � �TRb¸6�$pa¨'þ!üdq:�DRT¸��nRxA��¯ ú�p RÈ��TR[¹�q:�$¯ ýn��¨�R����nR=�EþTq"µNRx���V¸��nRb¸lþOq:� ü0ÿ^R_È �_¸��TR�y�p�¯�q'þº�I��Rxym�V¸��nRx�Eú��3ü$p RV¸��nRÆEüû@ú p���Rxym�nRb¹dq:� ú'ýT� ú p�Rb¸��TR=A�p��oÄ�ú'ÿ1üDZ�þTq$RT¸��nR��<¯1³cÿ ú p�RVÆ��nRT¸8ú p�þ!ÿ ü�R_È��TR=¥%ý/ú'þ!ÿ^R¥S�nR�ÆE¯��g�µNR�¸��nR v þTq"µ�®�ü0ÿDR v �TR��<¯�� þ"R�ù��TR½��ÿ��¯DRBÒ��nR½A��¯�q:�DRNÈ �nR½A��®a��¯�q"µNR�¹��nRÆE¯�� ®�ú�R�Am�nR�U�ú2¯��r°Tú'þ!ÿ^Rrym�nRFÆOú2¯�pa��þ!ú�p Rb¸��_È �nR�ybü$ ý!ú'��R����W���nRbäW� ú2ýO���ÿ ÿDR[È �nRÜ ¯ ú�p�û@¯�p����DR�är�nRB�r���1þ!ÿDR^Ò �TR v p�ú2°Tú'®�R��¦�nRD���þT�g��R�¸��TRBATü0¯C°§�3ú2ú'®a��ú p�R�ù��TRBATü�p�µNR� �TRN¹:ú�p��$�� þ!ÿDRDAm�TRL¥%¯ ®��.ú�p RLAm�nRLMOú2¯��g�¯ ú�p R��S�TRD�ÿ���¹:¯�{ú p��.þnHr¶�¯�p��(��RB�S� »X!�#�#(! ¼%�¶�¯ ÿ�q'�.þ/ü0ÿg�ýOü�p��(�(ÿ þO¨ ���.þ/ü0ÿdüû����1ú��0ú��(®a���p�ü��.ú'ü$�3ú��(�S®���®a�.ú��P�I�.þOq��(ÿg�ýT��®�þ!®>üû�p�ü$�.ú2þ!ÿ�q'ü$�� ý/ú'¶:ú'®���³�`$b 4 _�['R�À��@t » u�K$u�KC¼'F&�eÀ��%´ E ��%ú$R<Æ��TR�U�þ!¯DR�¼½�nR\y��$¯�p�q:�DR¸�¦�b¸��nR��ÿ��ÝÒ^þT�g�ý"R<¸�� »X!$#�# �Ǽ'�}ybü�p�p�ú'ýº�I�.þ!üÿ��{ú'H�r°Tú'ú2ÿÁ��p��ÿ ®aq p�þO���ü��3ú6�ÿ��þ!ÿ(��ú p���q��.ü$�3ú9�P�$� þ!ÿ��®�g���:�Wû�p�ü�� ®��$q�q:�g�$p�ü$� �dq'ú'®q2ú p�ú9±�þ!®�þO�ú$��³�`$b¸Y\[']^['b1R ! G » À$¼'FaÀ(K ! ´�u���%ü��DRDym�U¹��nRBAbü$�(�ÿDRcÈ �{È �nRL�ü(�$q:� þT�3þO�µNRc¸��TR�¾w�ýn��� ú�p R v �TR��ÿ���ybü��1ú'ÿDR�¶��?är�»"!$#�#�# ¼%�*ybü�Hrú9±0ü0ý/¯��.þ/ü0ÿ`üû��p�ü$�.ú2þ!ÿ ®�°<þn���S���1ú'þOp�þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ!üÿSg�$pa��ÿ ú p�® �BÂ=¾�eI,1¿r)XeI,/R! G$G »X! ¼%F ! K�Co´�G�C��Æ\�$� ý!ú'��R=ym�½�ÿ����üÿ ú'®�R v ��ù�� » �@G�G$GC¼'�lÈË®��:®��.ú��P����þOq�q2ü��kg�$p�þ/®�ü0ÿ�üûr�p�ü$�.ú2þ!ÿ®���p�¯�q��.¯�p�ú�q2ýº�®�®�þ7·gq�����þ!ü0ÿ1® FN¹�q2ü�DR$q �������ÿ���û@®�®aD�*¡Nb1_ 4 h'b 4 _:[ + eI, 5 < [ 2 R E1» GC¼%F:� # G�Go´��� ! �ÆEþ!®��1þO�(�µ$þ"RVÆ��nR�Mm�(µ��(þXRx¥S�TR�Q^ÿ ü�R[ù��TRTù½�ÿ1þO�(�$��þXR_È��TR��ÿ��Zùµ�µI�$�0þXR[ù�� »X!�#�# �Ǽ%�ÈO®�®�ú2®�®a�3ú2ÿ��Tüû*�p�ú � þTq��.þ/ü0ÿ¦�$q�q'¯�p��$q��Iüû*�p�ü$�.ú2þ!ÿ`û@¯ ÿ�q��.þ/ü0ÿ=û�p�ü��Þ�p�ü$�.ú2þ!ÿd´��p�ü$�.ú2þ!ÿþ/ÿ���ú p��$q���þ!ü0ÿj�g�I�:��� > [�` 2 b1R��@K » uC¼'F·t ! Co´dCN���

Page 136: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö�Ö

ÆEü�R�ÅS�nR$��p�¯�� ý!ú�p RÇÈ �nR�ÆOú'þ/ýO� ¯���RÇÈ �nRIA��$� ú�p R$�¦� v �nR�¸8ü�ü�p�ú�R$UW�nRÇÈm�g�$��® R(¹���U=�nR¸8þ!ýÀHýO�$p R�È �nR?ùµ����ý!ü�p�R � �TR^Abú'ÿ ÿ1ú���� RD¥S�nR^Abü¯��.þ/ý!þ!ú�p RN¥S�nR*Å��ÿ���R^UW�nR*¾�ü0ýT��þ!ÿ���R^ym�nR v üÿ�H�ýT� ®�üÿDR1´:�nR�¹�q:�g�(ÿ�� ü�pɳ½R�¹*�TR�¹d� ú2°<ÿg��p��ÿ ú�R*���TR�ÒVü�R�¸��nR ùµ�$���(�$p���R����TRN�%ü0¯���p�ú��(¯ ýT� R¸��nR¸8¯ ®�µI��� R�Am�nRÈOý/û1�$p��ÿ ü�RIym�nR v ú9°���p R v �TR�U�þ!ÿDR�¼½�nR0¸8þTq:�g�ý/þOq"µüs±���R�¥S�TRo¾þ!ý/ý!ú ��® RÈ��@���nR(¹��®�®�þXR(Æ��nRIMOþ/ú'ý!®�ú'ÿDR � �eÈ �nR$���®a�`¯ ®�®�ú'ÿDR$¥S�o���TRÇÈOÿ�� ú p�®�ú2ÿDR(���o���TR��ü����ÿ ®�ú2ÿDRUW��är�nR�Æ\�ÿ ®�ú'ÿDRµUW��Æ��nRµ�ú'®�{ú p�®�ú2ÿDR�Æ��TR � ü�����ú'ý/úfÄ�ÿ þ/µüs±*RNÈ��TR�MEþ!ú'ý/®�ú2ÿDR�är�TRµy�p��e°�Hû@ü�pa�DRB���nR � ü0¯ ý/®�ú'ÿ^R^Ò��nR�¹:ü�p�ú'ÿ ®�ú'ÿDRDAm� v �nR�¸6�I�����1þ!ú'®�ú'ÿDRB���TR?ÆOú'ÿ���p�þTq"µ�®�ü0ÿDRL���Dym�nR�%ý!ú2ú'®�üÿDRN¶��TR � �e°<®�ü0ÿDR�ù��nR�¸lü�p��ÿ^R�¸��N¶��nR v ¯�p�üdq:� ú�p R v �TR�¸6�ÿ ÿ^R�¸��nR�ÆEü��0¯ ú�Rym�N¾¿�TR?¶�þO�ú���® R v �TR��ÿ��Yù=�0ú�p�®�RN¸�� »"!$#�#(! ¼'��¹d��®a�.ú��P�I�.þOqHþO� ú2ÿ(�.þ/·�q�����þ!ü0ÿlüûW�p�ü�H��ú'þ!ÿ9q'ü��k ý/ú'¶:ú'®Oþ!ÿP®��$q q:���$p�ü�����q2ú'®¸q2ú p�ú2±�þ!®�þº�ú����9���®�®E®�{ú q'��p�ü$�3ú'��pa�$��³�`$b 4 _�['RÀ��@t » u�K$u�KC¼'F&�@K # ´�C��ÆE¯�� ®����ÿDR ¸��nR�Å[¯�� µ(üDZ�®�µ��$RD�S�nR��ÿ��gÈ\p�ü0ÿ�� ú'þT�9R�È � »X!$#�# �Ǽ'�NÈ ÿ üs±0ú2ýB�$��p�ü(�$q:�û@ü�p���� ú%þT� ú'ÿ(�.þ7·gq��I�.þ!üÿ>üû��p�ü��.ú'þ/ÿ�HJ�p�ü$��ú'þ!ÿ�þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ!üÿ�°<þT���gþ!ÿ(�.ú���p��ý��3ú�����p��ÿ ú�p�ü$�.ú2þ!ÿ ®���³ 4 h',O[')Xhm{mh') 5I2�8 [ 2 R ! G » ÀC¼'FÍä���K��ÆE¯���ÿ ú'ÿDRN¸��TR�¹�ÿ ú'ý"RDAm�nRBUL�����1ú$R^¾¿�nRDp �nRD�(ÿ���Abü�p�µ*R � � »"!$#�#�# ¼'� � p�ú � þTq��.þ/ÿ����p�ü�H��ú'þ!ÿGû@¯ ÿ�q'�.þ/ü0ÿ��(���0ú2ÿ ü���þOq¦q'üÿ���ú'¶d��F6²�¯��ÿ(�.þT�����.þ7±0úIú2±��ý/¯g����þ!ü0ÿ��ÿ��u²$¯g�ý/þT�:�I�.þ/±úþ/ÿ1û@ú p�ú'ÿ�q2ú'® ��Y\[']^eIiP[ 8 [ 2 R�� # » KC¼%F:� !�# ÀI´�� # �´���ü�RVù��TR�y�� þT�g��RVù��TR�Q¸¨��e°���R����nR¹Å[ü0®�� þT�g��R[¸��nRTÆm���a�.ü�p�þXRV¸��nR��ÿ��\¹��µI�µ$þ"RWÅ��»"!$#�# �Ǽ%�6Èlq'ü$���p�ú � ú2ÿ ®�þ7±0úS�r°Tü�HJ�(�d��p�þT�®�(ÿg�ýT��®�þ!®¸�.ü]ú%¶�1ý!ü�p�ú���� úS�0ú �®a���p�ü$�.ú2þ!ÿþ/ÿ���ú p��$q���ü��3ú�����_�e@h�³�`$b1,�{¸h�` 5 ¡Dh')�­�¡9{�RNG�K » K0¼'FaÀ�t$u�Go´ E À���ú2ÿ ®�®�ú'ÿDR<ù���¥¦�nRrUL�ú���p�ú2þO�DRFÈ��TR�¥�ü$�3ü�p�üs°<®�µ$þXR����TR§�ÿ��ÑÆOüs±�þO��R)är� »"!$#�# �Ǽ%�ÑÈý/þT�.ú�p�����¯�p�úOÿ ú��r°Tü�p�µ>üûL�$¯����ÿ��0ú'ÿ ú2®Fû@ü�p�� þT����HX����p�ü0¯�����1¯��r�ÿ��ýT��®�þ/®Füû��0ú2ÿ ú%ú'¶�H�p�ú'®�®�þ!üÿD��³�`$b\Y\[']^['b"R ! K » �Ǽ%F ! �'´�K���ú2ü0ÿ���RCÆ��TR�¸9�®�ü0ÿ^R�¹�� � �nR�A��$p��$�g�®�þXR(È �(UW�nR(�ÿ��kQ^ýT��±��þXR�¼½��M�� »X!$#$# �Ǽ'��U�ú'���g�(ý!þT�J��ÿ���q2ú'ÿ(��p��ý!þn�J�gþ!ÿ��p�ü$�.ú2þ!ÿ]ÿ ú'�r°bü�p�µ$® �r³�`$b 4 _�['R�À���� » u�K�C$CC¼'FaÀ��'´ ! ��ú2ü0ÿ���RÆ��nRùNü����{ü�p R�Am�nRÈ�ýT�cú�pa� R����TR$Q^ýT��±��þ"R�¼½��M��TR$�ÿ�� A��$p����g�®�þ"R(È��$UW� »X!�#�#�# ¼%�ùr� úEýº��p��0ú%Hr®�q �ý!úbü�p��(�(ÿ þO¨ ���.þ/ü0ÿ=üû��3ú'�:�$�{ü0ý!þTqFÿ ú'�r°bü�p�µ$® �½³�`$b 4 _�['R�À #(E » u$K # À$¼%F·u(t��'´À���ü�pa�g�ÿDR�´:�d¥S�TR�¾Wüý/ûfR$ÅS��´:�nR��ÿ���¥%ü:üÿ þ!ÿDR$är��Ò�� »X!�#�# CC¼%�BMOüH®�þO�k ý/úr� ú {ú'ÿ��1ú'ÿ�q2ú�{ú��r°Tú'ú2ÿ��p�ü$�.ú2þ!ÿwú9±0ü0ý/¯��.þ/ü0ÿp�����úS�ÿ����� ú=ÿ$¯����{ú p%üûx�p�ü$�.ú2þ!ÿ�H��p�ü$��ú'þ/ÿPþ!ÿ(��ú p���q'H��þ!ü0ÿ ®�F�ü0ÿ ýT�9��� úk��ü0®a���p�ü0ý!þ7·gq`þ!ÿ(��ú p���q��.ü$p�®��.ú2ÿ�����ü8ú9±0ü0ý7±0ú�®�ý!üs°<ýn���g¿F¾ à ½�~$eI,¿§)XeI,/R�C » �Ǽ%F:�$�

Page 137: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö�ß

¥��$paDR=��� » �@G E�! ¼'���<ú �1¯�q'þT� þ!ý/þT�J���$��ü0ÿ���q2ü���� þ/ÿg����ü�p�þO�ý=�p�ü��1ý!ú ��® �w´rÿh¸8þ/ý!ý/ú p R���d�ÿ��>ùr�g�I��q:� ú�p RN���nR:ú�� þT��ü�p�®�R à eIim&*,O[a¤�)-b1.kef| à eIim& 4 bf['_ à eIim& 4 bX`$b")XeI] 2 R�g���0ú'®K(t�´�� # C�� � ý!ú'ÿ$¯�� � p�ú'®�® �¥��¯1³����ÿDR�¹*� » �@G$G(t0¼'�¹Q¸p�� ú�p<û@ü$pbû�p�ú2ú$�_´rÿ9{mb=à�eIiP[�)-]�b-;g[�­L]g)-~$['_ 2 ['R�g�$�0ú�G # �Q\¶�û@ü�p���©Eÿ þ/±ú p�®�þT�J� � p�ú2®�®��¥%ú �k��ú p�ú2ÿDR � �nRs±$�(ÿ�ATú p�µ$¯���RIM��@UW�nRIÒ�þ!ý/ü�Ro���nR�ATþáÄa����Reù��nR v ü0ÿ�� ú p�® R����nRIA�p��$¨��P��RÈ��TRµ�ÿ��WÆOü0ý/®a�.ú��0ú$R�¶���ym� »X!$#�#�! ¼'� � p�ü$��ú'þ!ÿ�þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿu±ú p�þ/·gq ���.þ/ü0ÿ®�(ÿ���û@¯ ÿ�q'H��þ!ü0ÿg�(ý��ÿ ÿ1ü$�:����þ!ü0ÿ®���jþ!ÿ(�.ú���p�����ú �â�ÿg�(ýT��®�þ/®=üû��0ú'ÿ ü$�3ú%Hr®�q �ý!úP�g���:���h¾�eI, à [',-,/RG » t0¼'F&���@C$Co´�À(C��¥%þO��RLAm�����nRLÅ[ü�ü0ÿDRµym��M��nR�Æm�ÿDR�¹��L¥S�nR½�ÿ��w�ú2ü0ÿ���R�Æ�� »"!$#�#(! ¼%� � ������·�ÿ��1þ!ÿ��®���p��I�.ú �þ!ú'®[þ!ÿ�®�q �ý!ú%Hoû�p�ú'ú�ÿ1ú��r°Tü�p�µ$® �W�=;d. 2�8 ['~^½Ý¡NbX`$bµ³�eI]g,/)-]j¡Def|%b�¾`$b1bf['_\�=;d. 2 Ru(t »X! � � ! ¼'F #(!�E � # C��¥%¯����$p R:È �nR Èm���$p�°��ýXR ¹��nR�ÆOú��d���ÿDRN���nR�¸6�I�.®�üÿDR{¹��nR�ÆOú2þO�����P�ÿ^R�¸��nR � þOq�q'þOp�þ!ý/ý!ü�R¹��nRW©��P�ÿ1®�µ(��RWUW�nR v p��e°<þT�DR�È��TR=���(ÿ ®�ú2ÿDR=����U�þ!¯^R�ÅS�nR=y�� ú2¯ ÿ���R=¥S�nRV¸8þ/ý!ý!ú�p R � �nR�%ú p�®a�.ú2þ!ÿDR�¸��TRL�<ü�ú � ú�p RL�S�TRD�ÿ��u¹:ÿ(�d� ú p�R�¸�� »X!�#�#(! ¼%��¹:¯��*q'ú'ý/ý!¯ ýO�$p�ý/ü�q �ý!þT¨�����þ!ü0ÿüû����1ú��ú��®��m�p�ü$��ú'ü���ú$��Y\[']^[ 2 < ['~I�OR��@u�F E$#(E ´ �@G��¥%¯����$p R(È �$�ÿ���¹:ÿ(�d� ú p�R:¸�� »X!�#�#(! ¼%� � p�ü$��ú'þ/ÿSq'ü��k ý!ú%¶:ú'®½���µú���� ú��g�þn����³�`$b 4 _�['RÀ��@t » u�K$u�KC¼'F&� ! C@´�À��UL�$�{ú$R1¸��nR � �$p�µNRg���nR�MOþO�$�0ú ���ÿ ÿDR�Q��nR��ÿ��gÆOü0ýT�9RdUW� »X!$#$# �Ǽ'���%ú'ÿ1ú p��I�.þ!ÿ����p�ü�H��ú'þ!ÿ=þ/ÿ(�.ú p��$q���þ!ü0ÿS���$ ®�û�p�ü��Qþ!ÿ�q2ü���1ý!ú���ú��g������Fµ�$� ý/þOq��I�.þ!üÿ �.ü^û@ü0ýT�¦�®�®�þO�0ÿ��3ú2ÿ�� �¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b1)Xh 2 R�� E1» ¹:¯�� ýG�Ǽ'F ¹Ñ�eÀ�Go´�t$u��U�ú���¯ ÿ þTq$R$´:�TR��%ü:üd� ®��:�$��� R(UW�TR v þTq"µú'ÿ1® R�M��d���nR v ü�ú p�µ$® R$ù��TR:¹�q:�$¯ ýn��¨�R����nR:¸8ü$��� Rd���nRybþTq q���p�ú'ý/ý!þ"RU¶��nR�ybü� ý/ú���R����B���TR � ü0ÿ(�.þ!ÿ���R�ym� � �nR��ÿ���Abü�p�µ*R � � »X!$#$#(! ¼'���Eú�q'ú'ÿ(�þT���p�üs±0ú ��ú'ÿ(��®���üâ��� úu®����$pa��� ü����þ/ÿ�HJ�g�(®�ú �®�ú'²$¯ ú'ÿ�q'ú��ÿ1ÿ ü$�:�I�.þ!üÿÁp�ú'®�ü0¯�p�q2ú$�³ 4 h',O[')Xhm{mh') 5I2¸8 [ 2 RNC #�» �Ǽ'F ! À ! ´�À��U�þ!¯^R�¼½�nRxUL�þXR¹ÅS�Wym�TR��ÿ��wÅ[ú$R�M�� »"!$#�#(! ¼%�4¹d�����.þ/®a��þOq��(ý��p�ü�cú�pa��þ!ú'®¦�(ÿ��â�������$q"µ��ü0ý!ú�p��ÿ�q2ú�üûL�$p�üs°<þ!ÿ��Hÿ ú��r°Tü�p�µ�®)°<þn���j�ýT�0ú ��p��þTq��p�ú2û@ú�p�ú2ÿ���þº�ý^�������$q:����ú'ÿ(���W�=;d. 28 ['~H½Á¡NbX`$bx³�eI]g,/)-]6¡Def|%bV¾`$b1bf['_��=;d. 2 Rgu$u » C � � ! È%¼%F # C$uN��� ! �¸6��p�q'ü����.ú�R<är�b¸��TR � ú'ý!ý/ú ��p�þ!ÿ þ"RF¸��TR§M���R)Æ���UW�TR��EþTq'ú$R v �=¾¿�nR�Å[ú��I�.ú'®�R)ù���Q��nR�ÿ��Wä_þ!®�ú'ÿ��{ú p���R v � » ��G�G�GC¼%� v ú'�.ú q'�.þ/ÿ��9�p�ü$��ú'þ!ÿGû@¯ ÿ�q'�.þ/ü0ÿ®�(ÿ����p�ü$��ú'þ!ÿdHJ�p�ü$�.ú2þ!ÿþ/ÿ���ú p��$q���þ!ü0ÿ ®Fû�p�ü��ã�ú'ÿ ü���ú%®�ú2²$¯ ú'ÿ�q2ú'®��m¡Dh')X[']^h:['R ! K�t » t(À ! KC¼'F E t��%´�C��

Page 138: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö$ä

¸6��p�q'ü����.ú�R?är�c¸��nR*Ú�ú'ÿg��p�þ!ü® R�´:�TR��ÿ��Pä_þ!®�ú2ÿ��cú�p���R v � »X!$#�# �Ǽ'�<¸lþ!ÿ þ/ÿ��Iý!þT��ú p����.¯�p�úû@ü�pr�p�ü$��ú'þ!ÿdHJ�p�ü$�.ú2þ!ÿgþ!ÿ(��ú p���q��.þ/ü0ÿ ®��b¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 R�� E » À$¼'FZC(t$Go´du�C��¸6�(®�ý!üs±*R_¹*�µ�(ÿ��4¹:ÿ1ú �{ú'ÿDR¹¥¦� »"!$#�#(! ¼%� � p�ü��.ú'þ/ÿWþ/ÿ���ú p��$q���þ!ü0ÿuÿ ú��r°Tü�p�µ�® �cú'�0ü0ÿ���$p��.þ7û1�$q���® � + ½V¿r¡9»�['b1b1R^t�C #�» �'HfCC¼%F ! t$t@´�u��¸6���ú p Rc¸��*UW�N�ÿ��8ÆOþ/ú���ú p R � � »X!$#$#�# ¼'� � p�ü��.ú'þ/ÿ]ÿ ú��r°Tü�p�µ$®fHJ� ¯ þ/ýT���(���®�®�ü�q2þº����þ!ü0ÿ^�³�`$bV¿r)XeIbf[:h:;d]^eI,/R���K » � ! ¼'F&� ! À ! ´dC��¸9q���¯��3ÿ^R�UW�I���TR�A�p��:®�ü0ÿDR(¥S�nR$�(ÿ����üÿ ú'®�R v �sù�� »X!$#$# �Ǽ'��¾��g���µ�$p�úW��� ú����®�ú2ý!þ!ÿ1ú'®û@ü�pr�p�ü$��ú'þ!ÿgû@ü0ýT�jp�ú�q'ü��0ÿ1þT�.þ/ü0ÿNå¿r)XeI)-]�|�eI_'ik`$b1)Xh 2 R�� E » �Ǽ%F·u$Co´ E�! �¸8ú9°bú2® R<Æ��¹¾¿�TRTÈ�ýO�{ú pa�P�(ÿ ÿDR�¥¦�nRTÆOú'¯��P�ÿ1ÿDR�¥S�nR�U�þ!ú�� ýXRT¹��nR��ÿ�� � û@ú'þ7³?ú�p RT¶��» �@G�G E ¼%�H¸8þO ®�F����g�����$�g�®�ú=û@ü�p¸�p�ü$�.ú2þ!ÿw®�ú2²$¯ ú'ÿ�q2ú'®�R½� ü���ü0ý/ü��$���g�������ÿ���0ú �®a��0ú2ÿ ü���ú%þ!ÿ1û@ü$p������.þ/ü0ÿD�W³ 4 h',O[')Xhm{¸h') 5I2�8 [ 2 R ! t » �Ǽ%F ! Ko´�C # �¸8ü®�q:�DRNÆ��D©��nRL¥�¯�� ý!ú�p R�är�TRL¥�p��$�����ÿ ÿDRN¹*�TR�¶�þ/ÿ µNRL�S�B���nRL�ÿ���A�p��¯ ®�R��¦��Æ��» �@G�G�GC¼%��y�p�ü0®�®��:�ý/µ��cú'�r°bú2ú'ÿ���� úPp��® ! �HJq2ü0ÿ(��p�ü0ý!ý/ú �®��þT��ü��0ú2ÿ�Hf�$q'�.þ7±$�I�.ú ���p�ü$�.ú2þ!ÿµ$þ!ÿ��®�ú��ÿ���q��$�k�g�����C°����:® � ¯�p�þ/ÿ��lþ!ÿC±��®�þ7±0úk��p�üs°r����üûF®��$q q:���$p�ü�����q2ú'®�q'ú p�ú'H±�þ!®�þº�ú��T¾�eI,?¿§)XeI, à [',-,/R�� # » t0¼%F:�@C ! t@´�C(td�¸9p�üs°<µ���R(���nR�U�þ/ú �{ú p���ú'þ/®a��ú p Ro¾¿�nR��ÿ��`ÆOü0ý/®a�.ú�R v � »X!�#�# CC¼%� v ü�ú'®µ�P��� þ!ÿ��\p�ú2±0ú �ýq2ü�p�p�ú'ýº�I�.þ!üÿ9�{ú��r°Tú'ú2ÿ�0ú'ÿ ú6ú'¶��p�ú2®�®�þ!ü0ÿ��ÿ����p�ü��.ú'þ/ÿ�H��p�ü��.ú'þ/ÿPþ/ÿ���ú p��$q���þ!ü0ÿNåæ³�`$bY\[']^['b1RNC�C » �Ǽ'F&�ot@´�u�s��¯���� ü�prp�ú ýn�;�@uo´ E �¸8¯�p�¨'þ/ÿDR1È��g�S�TR�A�p�ú'ÿ ÿ ú�p R�¹*� är�TR ÆO¯������$p��DR:ù��TR��ÿ���y�� ü$��� þº��R�ym� » �@G�G�t0¼'��¹�q2ü�DF�P®���p�¯�q���¯�p��ý�q'ýO�®�®�þ/·gq ���.þ/ü0ÿjüû§�p�ü$�.ú2þ!ÿ ®��g�����$�g�®�ú�û@ü�p���� ú>þ/ÿ$±ú'®��.þO�����.þ/ü0ÿWüûE®�ú'H²$¯ ú2ÿ�q'ú2®¸�ÿ��]®���p�¯�q��.¯�p�ú'®��\Âg¾�eI,?¿§)XeI,/R ! À E » À$¼%Fçt�C�uo´�À # �Q^ý!þ7±0ú�p R(¹�� »X!�#�#�# ¼%�(�%¯ þ!ýn�aHJ�(�(Hf�(®�®�üdq'þO���.þ/ü0ÿ¸�0ü�ú'®B�ý!ü��g�(ýX�d³�`$b 4 _�['R�À # C » u E�E$# ¼%F·u # �'´�C��Q¸p�q:���$p��DRb¹��nR�¥%ú�p�®�ú'��R � �nR�¼^�$¯DR=¾¿�TRb¸8ü0ÿ(��ú q q:�1þnH � �ýº��¨ ¨'þ"R�UW�nRbÆEú pa��Ä��µ(ü��DRTÆ��nR�ÿ��\È\C°bú2þ!ý!ú�p Rx��� »X!$#$# CC¼'� � p�ü��$p�ú'®�®Iþ!ÿ4ú'®��:�$�1ý!þ!®a� þ!ÿ��q'ü��k�3üÿ4®a�:�(ÿ��g�$pa� ®`û@ü�pú%¶�q:���ÿ��0þ/ÿ��6�p�ü$�.ú2ü���þOq'®��g�I�:��FHùr� ú�®�ú q'üÿ��w��ú'ú���þ!ÿ��lüû���� úk�$¯�cü6�p�ü$��ú'ü���þOq2®®��:�ÿ����$p�� ®<þ/ÿ þT��þº����þ/±0ú�� à eIim&�`$_a`$b1)-~$[�`$] 5¦+^4 ]^h'b1)XeI]*`$,¹Y\[']^eIiS)Xh 2 R À »X! ¼%F !$# Co´ !$# u��Q¸p�ú2ÿ��0ü�R�ym��È �nR ¸lþOq:� þ/ú$R$È � v �nR��ü0ÿ1ú'® R1¹��nR��üÿ ú'®�R v �Cù��nR�¹�°<þ/ÿ�� ú'ý/ý!®�R�¸���A\�TR��ÿ��ùr� ü$p�ÿ(�.ü0ÿ^R^���{¸�� » �@G�G E ¼'��y������d´��¦� þ!ú�p��$paq:� þOq�q'ýO�®�®�þ/·gq ���.þ/ü0ÿgüû½�p�ü$��ú'þ/ÿ9� ü$�P�þ/ÿ®���p�¯�q��.¯�p�ú'®���¡Nb1_ 4 h'b 4 _:['R�t » KC¼'F&� # G$Co´�� # K��

Page 139: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö$è

Q�±0ú�p��{ú'ú2µ*R����nR�UL�$p�®�ú2ÿDR�M��TR � ¯ ®�q:�DRg�¦� v �nR v�é ¹:ü0¯�¨ ��R1¸��TR ¹:ú'ý/µüs±*R är�nR����nR�¥¸�dp� þÀH� ú2® R^M��nR?¶�ü0ÿ ®��.ú2þ!ÿDRc¸��nR�¸6�(ýT�.®�ú2±*R�M��nR^�ÿ��w¹:ú2ý!µüs±*RUär� »X!$#$#�# ¼'��¾þn��FTþ!ÿ(�.ú���p�����ú �®��:®��.ú��Ôû@ü$pW� þO���dH�����p�ü0¯��$�� ¯��x�0ú2ÿ ü���ú)®�ú'²$¯ ú2ÿ�q'ú¸�ÿg�ýn�:®�þ!®x�ÿ��k��ú��:���cü0ý/þOq�p�ú q2ü0ÿ�H®���p�¯�q��.þ/ü0ÿD��³ 4 h',O[')Xhm{mh') 5I2�8 [ 2 R ! K » �Ǽ'F&� ! C@´�t��� �ÿDR�Ú �TRUÆm�$p��®�� þT�P��R{ù��nRB�ÿ��wÆOú2þT�����ÿDR^��� »"!$#�#�# ¼'��¹:þO�0ÿ��ýB��p��(ÿ ®�� ¯�q��.þ/ü0ÿq��(®�Hq �$� ú'®�p�ú��0¯ ýO���.þ/ÿ��� ®�ú2¯�� ü��(�d��g�ý�� þ/³cú p�ú'ÿ(�.þO���.þ/ü0ÿwüûb®��$q�q:�g�$p�ü$� �dq'ú'®�q'ú�p�ú2±�þ/®�þº�(ú$�à 4 _%_�ص&*)-]l¾�)Xh'_�e £ )XeI,/RgC » uC¼'F·t$u E ´ E�! �� �$p�µNRN���nR�UL�$�{ú$R ¸��nR��ÿ��gùNú'þTq:�����ÿ ÿDR1¹��1È�� »"!$#�# �Ǽ%��¸6�$� þ/ÿ�� �p�ü$��ú'þ!ÿ3û1�$�3þ/ýT�þ/ÿ���ú p��$q���þ!ü0ÿ ®�F`þ!ÿ(��p��$��ü0ý!ú�q'¯ ýO�$p��ÿ��Wþ!ÿ(�.ú�p���ü0ý!ú�q'¯ ýO�$p��p�ü��.ú'þ/ÿWû1�$��þ!ýn�Yþ!ÿ(��ú p���q��.þ/ü0ÿp�ú {ú pa��ü0þOp�ú'®)þ/ÿ���� ú�����6�ÿ����ú��®����rÂg¾�eI,?¿§)XeI,/R�C #(E » CC¼'FZG ! Go´dC�K��� � þ/ý!þO^R�Am�N�(ÿ���U�ú9±�þ!ÿDR v � ä§� »"!$#�# �s¼'�½¾®aq#���ÿ����3þT� ! �$p�ú�q'ú'ý/ýU®�¯�p�û1�$q2ú�®�ú'ÿ ®�ü�p�®û@ü�pxq'ú2ý!ý�°��(ý!ý�þ!ÿ(�.ú���p�þn�J�I®�þT�0ÿg�ý/þ!ÿ����������r�$q'������p�ü¯�����p�ü�� ! R����0¯g�ÿ þ/ÿ úEÿ�¯�q'ý!ú2ü$�.þT� úú%¶�q:���ÿ��0ú�û1�$q���ü�pFû@ü�prpa� ü����b¾�eI, à [',-,c¿§)XeI,/R ! � » �Ǽ%F !$E �'´�K # ����þ!ÿ^R*���Dym�nRU¹�ú'ý!þT��RNUW�TR v ú��Eú2¯ ®�ú�RUÆ��TR�A����a�:�$�0ý/þº��R�Ò��nR^�<ú2±ú p�����RBym�nR?¹:þO��ü0ÿDR{¹��nRU�ú'ÿ�¨'ú'ÿ^R��S�nR � ú'�.ú'ý"R$¶��nR�¾WüIÄaq2þ!µNRd���nR�¹�q:�g�$q:�(�.ú�p R�Ò��nRdy�� ú ���$����RIÅ��TR�UL�$�1þO�0ÿ ú�RCÈ �nR�ÿ��PU�ú �$p��þ/ÿDR � � »X!�#�# �Ǽ%�cùr� ú��p�ü$�.ú2þ!ÿ�H��p�ü$��ú'þ/ÿ�þ/ÿ(�.ú p��$q���þ!ü0ÿ¦���$�üû^�1ú'ý!þTq'ü����$q���ú p(��ý!ü�p�þX��³�`$b 4 _�['R�À # G » u�KN� E ¼'F ! ���'´�t���<¯ ÿ���R����TR ¹�q:� ý/þT��� R:ù��nR�A�p��$¨��P��R:È �nR ¶gp�ú2þ/±��ýT� ® Rd¥S�TR��ÿ���Ò�þ!ý!ü�R���� »X!$#$#(! ¼'��Ab¯1þ!ýO�dHþ/ÿ��j�ÿ����(ÿg�ýT��®�þ!ÿ����ú'ÿ ü���ú'H,°<þO� ú �0ú'ÿ ú � þ!®ap�¯����þ!ü0ÿPÿ ú��r°Tü�p�µ$®��3¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 R�@K�¹:¯�� ý ! F ¹ !$#(! ´�� # ��§¨ � ú'�.®�µ��$RcÈ��TR*¥%ü0þ/µú$R�ù��nR*¥��ýº�$q:�1þ!µüs±*R{¹��nR���ü���ú ¨�R{¹��{¸��nR*¥�p��¯����g�$�k�3ú�p R�¸��nR¥��$ ýO�ÿDR�¹���Æ��TR�¥�p���R � �nR��E¯ ®�®�ü�R��������TRd�ÿ���¶gp�þ!ú������ÿDRdym� »X!$#�#$# ¼'�cÈzµ$ÿ üs°<ý!ú����0ú��ü��1ú'ý�û@ü�p��ÿg�(ýT��®�þ/®¸�ÿ��w®�þO�`¯1ýº����þ!ü0ÿlüûxp�ú��0¯ ýº�I�.ü�p��8ÿ1ú��r°Tü�p�µ$® �I¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 R�@u » � ! ¼%F:�#� !$# ´�K��¹��(ý!þXR:È �nRN�%ýº�ú2®�ú p�RN���nR�ä=�$p�ÿ ú'®���R�ù��TRN�(ÿ���A��¯���ú'þ/®a�.ú�p R�¾¿� »"!$#�# C0¼'�V¶gp�ü��â°bü$p�� ®��ü�ý/þT��ú p��I�.¯�p�ú^þ!ÿ]®a��p�¯�q'�.¯�p��ýB�p�ü$�.ú2ü��3þTq'®���³�`$b 4 _�['R�À !$! » u�G ! KC¼'F ! �@u@´ ! t��¹��(ÿ�� ú p�R�ym�(�ÿ���¹�q:� ÿ ú2þO� ú�p Rd��� » �@G$GN�Ǽ'� v �����$�g�®�ú)üû�� ü���ü0ý!ü�����H�� ú p�þ/±ú ���p�ü$�.ú2þ!ÿ®���p�¯�q��.¯�p�ú'®9�ÿ��Û��� úG®a��p�¯�q���¯�p��(ý��3ú �ÿ þ!ÿ��4üû6®�ú'²$¯ ú2ÿ�q'ú®�ý!þT�0ÿ���ú'ÿ(���l��_�eIbJ[')-] 2 RG » �Ǽ'F·t$uo´du�K��¹�q:��p�þOq"µNR\¥S�TR\���$p�±�þ!µNR�Am�nR��ÿ��Æm��pa�r°Tú'ý!ý"R�U=�TÆ�� » �@G$G E ¼'� ¸6���.þ/ÿ��jþ/ÿÑ®��$q�q:�g�IHp�ü�� �dq'ú2®�q2ú p�ú2±�þ!®�þº�ú�F=��� ú�p�ü0ý/ú%üû���� ú��� ú�p�ü���ü0ÿ ú�®�þO�0ÿg�(ý^��p��ÿ ®��1¯�q���þ!ü0ÿ�g�����C°����þ/ÿ���� ú�q:� ú ��ü$��p�ü� þTq�p�ú2®�{ü0ÿ ®�ú��.ü¦��1ú p�ü$�3ü0ÿ1ú$��Y\[']^['b1)Xh 2 R��eÀ E » �Ǽ'F&�@Go´�C ! �

Page 140: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö0Ì

¹�q:�C°<þ/µüs°<®�µ$þXR�Am�nRr©Eú���¨�R � �nRr�ÿ��d¶�þ!ú2ýO� ®�R)¹�� »"!$#�#�# ¼%�ÑÈ÷ÿ ú��r°Tü�p�µZüû¸�p�ü$��ú'þ/ÿ�H�p�ü$�.ú2þ!ÿ]þ!ÿ(��ú p���q��.þ/ü0ÿ ®)þ/ÿ��ú��®�����³�`$b[¿§)XeIbJ[:h:;d]^eI,/R��@K » � ! ¼%F:� ! t E ´�u����¹:ÿ1ú'ýXRLA\�TRLAbü$p�µNR � �nR��ÿ��uÆO¯���ÿ ú2ÿDR�¸���È � »X!$#�#�! ¼'��ùr� úIþO� ú2ÿ(�.þ/·�q�����þ!ü0ÿYü(ûTû@¯ ÿ�q'H��þ!ü0ÿg�(ý���üd� ¯ ý!ú2®Eû�p�ü��ê��� ú �0ú'ÿ ü$�3þTq �®�®�üdq'þO���.þ/ü0ÿ8ü(û=�0ú'ÿ ú2® ����_�e@h�³�`$b1,B{mh�` 5 ¡Dh')­�¡9{�RNG$G » GC¼%Fçt�K�G # ´�td�¹��p��$�0¯1ú$R$�¦�'¶��o���o�ÿ���ùr� ü$p�ÿ ú�p R$��� ¾¿� » �@G$G ! ¼'� � � ú p�ü���ü0ÿ ú=p�ú2®�{ü0ÿ ®�úx�ÿ���®�þO�0ÿ��ý��p��ÿ ®a� ¯�q'�.þ!üÿÁ�1¯�p�þ/ÿ������ ú������.þ/ÿ��w�p�ü�q2ú'®�®lüûH®��$q�q:�g�$p�ü�� �dq'ú2®6q'ú�p�ú9±:þ/®�þO�ú$�Ê´rÿ�ü0ÿ1ú'® R ä§�d¾¿�TR � p�þ!ÿ��ý!ú$R��������nR��ÿ���A�p�ü(�$q:�^RN�������TR:ú � þn�.ü�p�® Rx D;g[�¾�eI,O[:h 4 ,n`$_�`$] 5à [',-, 4 ,n`$_6¿§)XeI,Oe�c$.�ef|Sb-;g[ > [�` 2 b§¡�`dh:h:;�`$_�eIiS.(h:[ 2 3 Y\[']^[=½½¤�&*_�[ 2:2 )XeI]gRU±0ü0ý/¯���ú ! Rg���0ú'®Lu(t E ´ E À0À���ybü0ýT�H¹��p�þ/ÿ��<Æm��p��{ü0¯�p � p�ú2®�®�R(ybü0ýT��¹��p�þ/ÿ��<Æm��p��{ü0¯�p RIMEú2°�Å[ü$p�µN�¹d���$ ý/ú���R$Am�$���$�ÿ��¦Abú'ÿ üþT��R��¦� »"!$#�#�# ¼%��ATþ!ü�� þT� ý!þ/ü���ú���p�þOq2® F?þ/ÿ1û@ü�pa�P����þ!ü0ÿ�p�ú���p�þ!ú9±��ý�ÿ��]±�þ/®�¯g�ý/þO¨ ���.þ/ü0ÿ�û�p�ü$�Vq'ü�H[üdq q2¯�p�p�ú'ÿ�q2ú'®Eüûµ�0ú'ÿ ú�ÿg���3ú2®Eþ/ÿ��3ú�� ý!þ/ÿ ú��$� ®���p��$q���® ���`dh�¡N.Iim&w¿§)Xe@h:eIim& 4 b"R���$�0ú'®\t ! Go´�À # �¹d��ú2³cú'ÿDRC¸��TR � ú��a�.þXR(È �nR0ȸ��q:�DRd���TR v�é Æ\�ú'®�ú'ý!ú2ú p�R � �nR(�ÿ��Sy���¯�p�q:�DR��S� »"!$#�#(! ¼%�:ÈO¯�H��ü��P�I�.ú �6�3üd� ú'ý/ý!þ/ÿ��3ü(ûT®�þO�0ÿ��ýµ��p��ÿ ®a� ¯�q'�.þ!üÿwÿ ú��r°Tü�p�µ$®��3¿F¾ à ¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 RC » �Ǽ'FZCÀ��ùµ���.¯1®�üs±*R�����UW�TR¸¥�ü�ü0ÿ þ/ÿDR^är�rÒ��nR��ÿ��}U�þO����ÿDR v ����� » �@G$G E ¼'�âÈë�0ú'ÿ1ü��3þTq{ú p�®�{ú q���þ/±úHü0ÿ��p�ü$�.ú2þ!ÿgû1�$��þ!ý/þ!ú'®���¡Dh')X[']^h:['R !�E K » t$C�C�KC¼%F·u$CN�'´ E �ùNú'þTq:���P�(ÿ ÿDR$¹��(È �nR�y�� ü$��� þº��R�ym�TR(y���¯�p�q:�DR��S�C¸��nR(�ÿ�� � �$p�µNRd��� »X!$#�#$# ¼'�1¶*�(®a�W�(®�H®�þO�0ÿ���ú'ÿ(�_ü(û��p�ü$��ú'þ!ÿ=®���p�¯�q���¯�p�ú2®x��ü%®�ú'²$¯ ú2ÿ�q'ú2®b¯ ®�þ!ÿ��¸��� ú<þ!ÿ(�.ú�p���ú � þO���.úT®�ú2²�¯1ú'ÿ�q2úý/þO��p��$pa�������Hrþ/®�ýX�[¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 R��@u »"! ¼'F&��� E ´ ! À��©Eú���¨�R � �TR��%þ!ü$� RoUW�TR�y��$�0ÿ1ú���R$�S�TR(¸6�ÿ1®�·�ú2ýO�DR�ù��eÈ �nR$�¯�� ®�üÿDR$���ǹ��nRI¥%ÿ þO���(� R$�������nRU�üdq"µ�®a� ü0ÿDR v �nRgMm��p����(�ÿ^R�Ò��nR{¹�p�þ/ÿ þ/±��®��ÿDR�¸��TR � ü�q:�g��pa��R � �TR Ü ¯�p�ú'®a� þnHrä=��þ!ý/þXR�È �nRU�þXR$Å��TR��%ü��:°<þ!ÿDR�Am�nR�ybü0ÿ üs±0ú�p R v �TRd¥��ýO��ì�ú'þ/®�q:�DRCù��nRdÒ�þáÄ����(���g�$��ü��g��p R��S�TR�Å��ÿ���R¸��nR��ü�� ÿ ®��.ü0ÿDR ¸��nR1¶�þ/ú'ýT� ® R:¹��nR��ÿ����<ü$�����{ú p���R����:¸�� »X!$#$#�# ¼'�?Èíq'ü$���p�ú � ú2ÿ ®�þ7±0ú�ÿ��ýT��®�þ/®�üû��p�ü��.ú'þ/ÿ�HJ�p�ü$��ú'þ!ÿ6þ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ!üÿ ®_þ!ÿ=®��$q q:�g��p�ü�� �dq2ú'®xq'ú p�ú2±�þ!®�þº�ú��L³�`$b 4 _�['RÀ # C » u E$E$# ¼'FZu ! C@´ E �Òx�$¨2²$¯ ú ¨�R:È��TR:¶�ýº������þ!ÿ þ"RÇÈ �nR ¸6��p�þT���ÿDRCÈ��TRd�ÿ��kÒVú'®a þO�0ÿ��ÿ þXRCÈ�� »X!$#$# CC¼'�^�%ý!ü��g�(ý�p�ü$�.ú2þ!ÿ]û@¯ ÿ�q'�.þ!üÿ6�p�ú � þTq��.þ/ü0ÿ8û�p�ü��ê�p�ü$�.ú2þ!ÿ�H��p�ü$��ú'þ/ÿlþ/ÿ(�.ú p��$q���þ!ü0ÿ8ÿ ú��r°Tü�p�µ�®���³�`$b¿§)XeIbJ[:h:;d]^eI,/R ! � » uC¼%F·u$G E ´ E$#$# �

Page 141: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö�î

ÒVú2ÿ���p�¯1®�q'üý!ü�RH¸��nR v üµd�1ü0ýT���ÿDR�M��§Ò��nR � �$q2þXR�är�TR��ÿ���¥��$p� ý/¯ ® RH¸�� »X!�#�#(! ¼%�¹����ý/ýnHo°Tü�p�ýO�=±�þ!ú2°ºüûB��� ú¸���3þ/ÿ ü��$q2þO� ®x���g�I�� ýO�@�P�6µ(ú���p�ü0ý!úEþ!ÿP�p�ü$��ú'þ/ÿ�û@ü0ýO�1þ!ÿ�����=;d. 2�8 ['~�½ª¡NbX`$bx³�eI]g,/)-]6¡Def|%b_¾�`$b1bJ['_��=;d. 2 Rgu(t » u � �-�Ǽ%F # u��@GN� # �ÒVú2ÿ���p�¯1®�q'üý!ü�R?¸��nR � ��q'þXR?är�TR v ü�� ®�ü0ÿDRBym�?¸��nRD�ÿ��¥��$p� ý/¯ ® R?¸�� »X!$#$# �Ǽ'�<ùr��p�ú'úµ(ú��9p�ú'®�þO� ¯1ú'®�û@ü�pa�ï��q p�þT��þOq��(ý�q2ü0ÿ(�:�$q'�^ÿ ú'�r°bü$p�µPþ/ÿ��k�p�ü$��ú'þ/ÿPû@ü0ýO�1þ!ÿ��S��p��ÿ ®�þT�.þ/ü0ÿ®��:����ú$��³�`$b 4 _:['R�À # G » u$K !$# ¼%F·uÀN�'´�t��Ò�þT�.µ$¯�^R v �nR{¸8ú2ýº�$�`¯��DR{ä§�nRc¸8ü0¯ ýn��R*���nR*�ÿ��w¹��ÿ�� ú�p R^ym� »"!$#�# �s¼'��ybü���1ý!ú���ú'ÿ ú2®�®þ/ÿl®���p�¯�q���¯�p��ýB�ú'ÿ ü���þOq2® ��³�`$bx¡Nb1_ 4 h'bV¿§)XeI,/RgK » uC¼'F·t�t$G@´�u�u��±ü0ÿw¸8ú�p�þ/ÿ���R*ym�nR�¥�p��¯ ®�ú�R^���nR{¹:ÿ ú'ý"R*Am�TR�ybü�p�ÿ ú'ý/ýXR�¸��TR�Q^ý!þ7±0ú p�R{¹����¦�nR�¶�þ/ú'ýO�1® R�¹��nR�ÿ���Abü$p�µNR � � »X!$#�#�! ¼'�âybü��kg�$p����.þ7±0ú��®�®�ú2®�®���ú'ÿ(��üû�ýO�$p��ú'Hr®aq��ý/új�g�����G®�ú���®3üû�p�ü$�.ú2þ!ÿ�H��p�ü��.ú'þ/ÿgþ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿ ® ��³�`$b 4 _�['R�À�� E1» u�K�K E ¼'FZC�G�Go´$À # C��¾®�$�0ÿ ú�p R�È�� »X!$#$# �Ǽ'�Hùr� úS�0ú �®a���p�ü$�.ú2þ!ÿGþ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ/ü0ÿwÿ ú��r°Tü�p�µYú2±ü0ý/±ú'®�p��$ þT� ýT��ÿ��jq'ü0ÿ(�:�(þ!ÿ ®[û@ú2°ªp�ú �1¯ ÿ��g�ÿ(�r�1¯� ý!þTq�����úm�0ú2ÿ ú'®��T¾�eI,{¿§)XeI,�½�~$eI,/R��@K »"E ¼'F&� ! K$Co´�G ! �¾®�ý!µ(ú p�RF¸����S�TR=ÒVü0ý/µd�6¯����DRW¾¿�nR)¹��p�þ!ÿ�¨��µNRFär�nRFÆEü����®�ü0ÿDR v �nR��ÿ���¥%ý!þ/ÿ��0ý/ú p Rù�� » �@G$G�GC¼'� � p�ú�� þOq'�.þ/ü0ÿ�üûL�ú'ÿ ú�û@¯1ÿ�q���þ!ü0ÿ������0ú2ÿ ü���ú'Hr®aq��ý/ú�ú%¶��p�ú'®�®�þ/ü0ÿ��ÿg�ýn��®�þ!®�F�p�ü0®a�����.ú�q �ÿ�q'ú�p�HJ�®�®�ü�q2þº����ú ���0ú'ÿ ú2® ��Y\[']^eIiP[ 8 [ 2 RNG » � ! ¼'F&���@G$Ko´ !$# C��¾�üIÄaq'þ/µNR=���½�(ÿ��Z¹�q:�g��q:����ú p�R=Ò � »"!$#�# �s¼'� � p�ü$��ú'þ!ÿdHJ�p�ü$�.ú2þ!ÿuþ!ÿ(�.ú�p��$q'�.þ!üÿ®���$Wþ/ÿ�Hû@ú�p�ú'ÿ�q'úw¯ ®�þ!ÿ��4þ/ÿ���ú p��$q���þ!ÿ��w�1ü��P�(þ!ÿ��p�ü·�ý/ú�g�þTp�®�� ¿§)XeI)-]�|�eI_%ik`$b")Xh 2 Rw� E » ¹:¯�� ý�Ǽ%F�¹ ! G�uo´�C # t��¾�ü0ý/ûfR§ÅS�)´:�nR�¥��$p�ú9±�R��¦�nR��ÿ��ª¥%ü:üÿ þ!ÿDR�är�§Ò � »X!$#$#(! ¼'�è¹�q �ý!ú%Hoû�p�ú'úGÿ ú��r°Tü�p�µ�®þ/ÿâ�1þ!ü0ý/ü��$�*F�ÿ ú9°�þ!ÿ1®�þO�$����®=þ!ÿ(�.ü��� úgû@¯ ÿ��g�$��ú'ÿ(���ý!®=üûOú2±ü0ý!¯��.þ!üÿNå ¿§)Xe@[ 2:2 `$. 2 R! À »X! ¼%F:� # t@´�G��¾�ü0ÿ���R�UW� »X!$#�# �Ǽ'� � þ!ú2® R����p�ü$�.ú2þ!ÿPþ/ÿ(�.ú p��$q���þ!ü0ÿ8ú'¶d��p��$q���þ!ü0ÿ8®a��®a��ú ������`dh�¡N.�im&¿§)Xe@h:eIim& 4 b1R�g�$�0ú2®\t !$# ´�C����¾�¯�q:�(�J��Rb¹�� »"!$#�# �Ǽ%��¹�q��ý/ú'H,û�p�ú'úP�cú��g�e±:þ/ü�p`þ/ÿw�p�ü��.ú'þ/ÿ�� ü����þ!ÿWÿ ú��r°Tü�p�µ$®��h¾�eI,¿§)XeI,{½�~$eI,/R��@K » G0¼'F&�@u�GÀI´ E$#(! �Ú�ú'ÿg�$p�þ!ü0®�R0´:�nR(�EþTq'ú�R v ��¾¿�nR$¹��ý7°<þ!ÿ ®�µ$þXR(UW�nR(A��$p�ü0ÿDR$¸���¥¦�nR$¸6��p�q'ü����.ú�R$är�C¸��nR��ÿ��ä_þ!®�ú'ÿ��{ú p���R v � »"!$#�#�# ¼%� v þTDF����1ú��g�����$�g�®�ú>üû<þ!ÿ(��ú p���q��.þ/ÿ��6�p�ü$��ú'þ!ÿ1® ��³ 4 h',O[')Xh{mh') 5I2¸8 [ 2 R ! K » �Ǽ'F ! K�Go´dGN���

Page 142: Novel Algorithms for Protein Interaction Networks · ñ ò ó ô õ÷ö øÎù÷ú û4ù÷ü ù÷ôþýíÿ ê¹ØsÙ |êsë bê¦ÜÞÝ2Ù ÝQëbÙ]Ú Ãêsë bê Ù Û aë ÜGë

ÆBÇÀÆBÈ�Ç Å�ɵÊ�Ë=Ì�Í�Î Ï@Ö�ð

¼D�ÿ�¨'ü0ÿ þ"RVÈ �nR)¸8ü0ÿ(��ú q q:�1þnH � �ýº��¨ ¨'þ"R�UW�nR Ü ¯ üÿ��g�$��RF¸��TRTÈ�¯ ®�þ!ú'ý/ý!ü�Rx�S�nRbÆEú'ýO��ú pfHybþn���.ú�p�þTq:�DRH¸��TR �ÿ��¿ybú2®��$p�ú'ÿ þ"RS�S� »X!$#�#�! ¼'��¸8þ!ÿ(��FÁ����ü0ý/ú q'¯1ýº�$p]þ!ÿ(��ú p���q��.þ/ü0ÿ�g�I�:�$�g�(®�ú$� + ½V¿r¡9»�['b1b1R*t��@C » �Ǽ'F&�@C(t@´$À # �¼^� ü$� ÿ üs±*R�är�N¸��nR�U�ü�cú�¨$RL���TR�È\$°Tú'þ/ý!ú�p R����nRL�ÿ��uä¹��¨2ü0ýO�^RNù�� »"!$#�#(! ¼'�6ùr�1ú�ú�� þ®ap�®<®�ú�p�±0ú�p�Hoÿ ú2° û@ú ���.¯�p�ú'®��)¿r)XeI)-]�|�eI_'ik`$b1)Xh 2 R���K » KC¼%F:�#�eÀ(Go´�t # �


Recommended